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Lors de la semaine banalisée du 21 au 24 Mars 2016, j’ai effectué un stage d’observation à L’Hôpital Universitaire de Bâle, « Universitätsspital Basel (USB) ». Pour ce faire, j’ai auparavant demandé au PD Dr. Michel BIHL de bien accepter d’être mon tuteur de stage, ce qu’il à accepter, et dont je l’en remercie fortement. Monsieur BIHL exerce le métier de Biologiste Moléculaire au service Pathologie de l’« Unispital ». Il m’a fait découvrir son métier, ainsi que celui de certains de ses collègues, que je citerais par la suite.

Le Bureau du PD Dr. BIHL

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INTRODUCTION

Nombre de Salariés

170 personnes travaillent au département de Pathologie. Parmi ces 170 salariés, il y a 75 Laborantins, qui se chargent des préparations de matériel (Humain ou outils), et qui aident les 39 Chercheurs dans leur travail. Il y a bien sur des Médecins : 25. Ils se partagent en deux catégories : Les Médecins traitant, et les Médecins-Chef. Pour les seconder, il y a 8 Médecin assistants. En plus, au sous-sol de l’hôpital se trouve une morgue, ou travail 2 personnes. Et enfin, le reste des salariés se composent de Secrétaires.

Organigramme

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PRÉSENTATION GÉNÉRALE DE L’ENTREPRISE

Consultaion clinique génétique – PD Dr. I Filges

Neuro- / Ophtalmopathologie – Prof. Stephan Frank

Cytogénétique – PD Dr. Isabel Filges

Cytogénétique tumorale – Dipl. Biol. Friedel Wenzel

Génétique Moléculaire – Prof. Karl Heinimann

Histopathologie / Autopsie – Prof. Alexandar Tzankov

Cytopathologie – Prof. Lukas Bubendorf

Pathologie Moléculaire – Prof. Luigi Terracciano

PathologieProf. Dr. med. Markus TolnayProf. Dr. Med. Stephan Dirnhofer (Stv.)

Médecine GénétiqueProf. Dr. Rer. Net. Sven ChichonPD Dr. Med. Isabel Flges (Stv.)

Pathologie und Médecine Génétique USB (Unispital Basel)Direction : Prof. Dr. med. Markus Tolnay / Prof. Dr. Rer. Net. Sven Chichon

Activité

La particularité de l’institut de pathologie de Bâle, est, qu’il abrite conjointement l’activité de pathologie et de génétique humaine. Ces deux spécialités recherches des mutations et des anomalies chromosomiques dans les tumeurs, mais se distingue par l’origine même de la tumeur. Tandis que la pathologie ne recherche que des altérations génétiques dîtes « somatiques », c’est-à-dire acquise au cours de la vie, la génétique humaine est spécialisée dans l’étude des mutations héréditaires

Ethiquement, la recherche de mutations héréditaires est sévèrement encadrée et dépend du consentement des patients. Le travail effectué par le personnel de l’institut de pathologie commence par la réception de plusieurs matériels humains (organes, parties d’organe, sang périphérique, moelle osseuse….) et la préparation de ce matériel pour son analyse à des fins de diagnostiques. Ces analyses peuvent se faire au niveau de l’Histologie (étude des structures des tissus), par une recherche de caractérisation des cellules en présence (présence de marqueurs au niveau des cellules) immunohistochimie, ou par des marqueurs de biologie moléculaire par la recherche de mutations et de translocations. Dans le personnel du travail, beaucoup de personnes sont là pour préparer le matériel (étiquetages, préparation des blocs de paraffine, préparation des coupes…), et du personnel analytique faire des rapports et répondre aux questions des oncologues.

La pathologie est un des maillons d’une chaîne qui est propre au diagnostic et à la thérapie des patients, mais dont le rôle est croissant grâce aux nouvelles technologies. Il est en interaction avec les différentes spécialités, et influence extérieur, que je décris dans le schéma ci-dessous.

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Assurance Maladie(Tarmed Tarif)

Industrie pharmaceutiques(Nouveaux traitements)

Science(Nouveaux objectifs)

Utilisation de médicaments spéciaux

Cible thérapeutique

Diagnostic

GénétiqueMorphologie/Immuno coloration

MoléculaireCytologieHistologieHématologie

Pathologue

Oncologue

Patient

Le dossier d’un patient que reçoit Mr BIHLLe Métier que j’ai observé durant cette semaine, est celui de

Biologiste moléculaire, dont l’activité principale est de faire un diagnostic génétique des patients cancéreux. On peut noter que ce type d’activité en France est réservé à titre professionnel à un possesseur du titre de médecin (diplôme de médecine). Cependant, les connaissances moléculaires et les techniques de nouvelles générations demandent une formation spécifique, et il n’est dans la plus part des cas pas possible au médecin d’acquérir la connaissance nécessaire pour pouvoir faire en bonne connaissance de cause un diagnostic génétiquePour faire ce métier, le PD. Dr. BIHL a achevé ses études en France avec un DEA de Pharmacologie à l’Université d’Illkirch-Graffenstaden (Strasbourg), puis est venu en Suisse faire une Thèse de Biologie Cellulaire au département de recherche de la Pneumologie. Il s’est intéressé au rôle des cytokines dans le cancer du poumon.

La plus importante des qualités requises, est, de savoir remettre en question les méthodes utilisées, et leurs analyses

respectives réalisées. Cette lise à jour permanente doit être faite dans le cadre technique des méthodes, dans le cadre des connaissances scientifiques et médicales. Si une analyse est mal interprétée, elle peut conduire à la prescription d’un mauvais médicament, qui n’auras non seulement pas d’effet sur la tumeur, mais des effets secondaires non-désirés. Bien d’autres qualités sont requise au détenteur de ce poste, mais une retiens mon attention, la créativité. En effet, il en faut beaucoup, pour pouvoir interpréter différentes analyses.

J’ai également observé une partie du métier de Neuropathologue. L’homme qui m’a fait découvrir cela m’a montré la facette la plus importante de son métier, la connaissance parfaite de l’encéphale. Pour cela il m’a montré une autopsie cérébrale de trois personnes, afin de déceler la présence éventuelle de métastases. J’ai trouvé cette observation très intéressante. De plus, le Dr HENCH (le Neuropathologue) m’a parlé des études qu’il a faites, à savoir, médecine, avec spécialisation en Neurologie.

L’AutopsieCérébrale

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PRÉSENTATION GÉNÉRALE DU MÉTIER OBSERVÉ

Observations lors du stage

L’« Universitätsspital » de Bâle est équipé avec des machines nouvelles générations. Notamment la NGS (Next Generation Sequencing). Ces machines analysent des « CHIP », qui regroupent plusieurs millions de séquences nucléotidiques sur leurs petites plaquettes

Cette technique reprend le principe de la PCR, mais celle-ci se déroule non pas dans un tube de laboratoire, mais de manière aléatoire et simultanée dans des millions de « bulles » formées par émulsion. Les informations obtenues sont donc considérables, et doivent être traitées par informatique.

Mais la PCR, qu’est-ce que c’est ?C’est la technique qui était la plus utilisée avant la NGS. Ici, le principe de duplication de l’ADN est contrôlé In Vitro, c’est-à-dire dans un tube avec un milieu artificiel. L’amplification va devenir de moins en moins efficace à partir d’une vingtaine de cycle. La PCR permet l’amplification très rapide de l’ADN, contrairement à la NGS, qui traite les informations nucléotides par nucléotides.

En génétique moléculaire, ensemble de fragments d'ADN clonés dépend des résultats souhaités. Ils ne peuvent être représentés que par une petite quantité d’exon, par l’ensemble des séquences codantes (transcriptome étude des parties transcrite en ADN), ou par le génome en entier. Aujourd’hui, les investigations sur le génome en entier ne se font qu’au niveau de la recherche. Le diagnostic médical ne s’intéresse qu’au gène dont les mutations sont connues dont le cancer, et pour lesquelles une option thérapeutique existe

Déroulement du stage

Le premier jour, le 21 Mars, j’ai pu observer le plus grande partie du Travail de mon tuteur, qui est de vérifier/contrôler les analyses de leur plus performante machine, le NGS, ou Next Generation Sequencing. Cette machine permet le séquençage extrêmement rapide de l’ADN. Mais j’ai déjà expliqué son fonctionnement plus tôt.

Le lendemain, 22 Mars, à mon arrivé, j’ai pu visiter le bâtiment au complet, du 3 ème étage, au 1er

sous-sol. Aux 3 premiers étages ainsi qu’au rez-de-chaussée, se trouvent les laboratoires. Puis au sous-sol, se trouve la salle des autopsies, où j’ai pu assister à une autopsie cérébrale de 3 personnes. Ces trois personnes sont décédées de cause d’un cancer, et le Docteur HENCH Juergen est chargé de contrôler l’encéphale, à la recherche d’une ou plusieurs Métastases.

Plus tôt dans la journée, le même médecin est venu me chercher pour me montrer, ce qui, en Suisse et en Allemagne, est appelé « Schnellschitt ». En français, cela se traduirait par « examen extemporané ». Il s’agit d’un examen qui intervient au cours d’une intervention chirurgical pour une tumeur. Cette tumeur peut-être maligne ou bénigne. Pour déterminer cela, les chirurgiens font parvenir cette tumeur préalablement retirée, et l’a font parvenir à d’autre médecin, qui font une analyse, pour savoir si le chirurgien doit ou non ajuster son acte chirurgical. Ici, l’analyse s’est faîte pour une tumeur cérébrale, qui s’est révélée être inopérable, en raison de sen emplacement (Dans le Thalamus).

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OBSERVATIONS ET DÉROULEMENT

Le jour suivant, 23 Mars, mon Tuteur m’a proposé de, à nouveau regarder son travail et sa façon de travailler. Puis, dans l’après-midi, il m’a encouragé à commencer mon rapport de stage. Il m’a beaucoup aidé à écrire les différentes parties de ce rapport en me conseillant d’y mettre différentes explications.

Le dernier jour, 24 Mars, Mr. BIHL m’a donné des informations en plus concernant ses diagnostics. Il m’a également aidé dans l’écriture de mon rapport de stage

A gauche, le laboratoire des examens extemporanés avec son plan de travail et les instruments pour disséquer. A droite, un cryostat qui permet de congeler rapidement les échantillons (pour conserver l’histologie des tissus) en vue de les couper en fine lame pour l’analyse anatomopathologique.

Lors de cette analyse des morceaux de tumeurs sont fixés dans des blocs de paraffines pour être analysés ultérieurement par coloration, par immunohistochimie ou pour des examens de biologie moléculaire.

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Ce stage m’a apporté une meilleure connaissance du monde professionnel, ainsi qu’une découverte de plusieurs métiers. Certains sont méconnus, mais n’en sont pas moins importants et intéressants. Le PD Dr. BIHL, n’a, par exemple, que quelques homologues dans le Pays. Ce n’est donc pas un métier très répandu.

Quant au Dr. HENCH, lui, pratique la neuropathologie. A ne pas confondre avec la neurologie. Ce n’est pas non plus très répandu, car ce n’est qu’une partie d’un métier : Pathologue. Le Dr. Juergen HENCH n’a pas le FMH de Pathologie (diplôme), il n’a fait que la spécialité Neuropathologie.

Ces deux personnes m’ont tous deux donné le même conseil, que je vais tenter de suivre. Comme étude Post-Bac, je comptais faire une Licence puis un Master en Biologie Moléculaire et Cellulaire. Le Dr HENCH m’a expliqué, qu’avant de se lancé en Médecine, son choix était le même que le mien, mais, il s’est rendu compte que les découchées de cette filière ne sont pas grandes, en dehors de la recherche. Il a donc fait Médecine, et il s’est spécialisé par la suite en Biologie Moléculaire.

C’est donc cette voie que je vais tenter de suivre.

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CONCLUSION

En premier lieu, il me faut remercier le Dr BIHL, pour m’avoir accepté en stage chez lui, malgré les difficultés de compréhension que je pouvais avoir concernant les activités de l’entreprise.

Puis par la suite j’aimerais remercier le Dr HENCH pour m’avoir, lui aussi montré les différentes facettes de son métier, à savoir, comme le Dr BIHL, analyser des cellules tumorales, mais aussi réaliser des autopsies cérébrales sur les patients de l’hôpital décédés pour causes de cancer.

Et enfin, il me faut remercier tout le service de Pathologie pour m’avoir accueilli chaleureusement cette courte semaine.

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REMERCIEMENTS

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