Alix PANTEL, Jean-Philippe LAVIGNE

Laboratoire de Microbiologie

CHRU Nîmes

Ecologie et Microbiologie urinaire : Critères microbiologiques d'une

infection urinaire

RIPPH, 12 Avril 2016

Physiopathologie

Stérile

Arbre urinaire stérilesauf urètre distal

Non stérile

Flore périnéale

– flore digestive : entérobactéries, entérocoques ± anaérobies

– flore cutanée : SCN, corynébactéries– flore génitale (femme) :

Lactobacillus spp., S. agalactiae

F. Caron, Med Mal Infect 2003;33:433-46

Stérile

Non stérile

Réaction inflammatoire

Colonisation bactérienne

+ Infection Urinaire CYSTITE PYELONEPHRITE PROSTATITE

Flore périnéale

– flore digestive : entérobactéries, entérocoques ± anaérobies

– flore cutanée : SCN, corynébactéries– flore génitale (femme) :

Lactobacillus spp., S. agalactiae

F. Caron, Med Mal Infect 2003;33:433-46

Arbre urinaire stérilesauf urètre distal

Physiopathologie

VOIE ASCENDANTE +++

VOIE HEMATOGENE

– Staphylococcus spp. – Salmonella spp.– Candida spp.

Physiopathologie

⇒ Anatomiques - Mécaniques– Longueur de l’urètre– Sphincter vésico-urétéral– Effet mécanique de la miction– Exfoliation des cellules urothéliales

infectées

⇒ Physico-chimiques– Composition de l’urine : inhibition

croissance et adhésion– Immunité locale– Secrétions prostatiques

Facteurs favorisant

⇒ Liés à l’hôte – Brièveté de l’urètre– Activité sexuelle– Grossesse, Ménopause– Anomalie organique ou fonctionnelle

de l’arbre urinaire: lithiase, tumeur, reflux

– ID

⇒ Liés au microorganisme– Pili– Uréases

⇒ IUAS– Intervention sur les voies urinaires– Sondage

Mécanismes de défense

Physiopathologie

ENP 2012

Infections Associées aux Soins, par site (N=16024)

Sources: InVS, RAISIN, 2013

1,6% des patients hospitalisés

29,9%

80 % des IUAS = IU sur sonde

Voie extra-luminale– Précoce: mise en place de la

sonde– Tardive: migration vers

l’urètre par capillarité

Voie endo-luminale– Violation du système clos– Contamination du sac

collecteur

Favorise l’acquisition mais aussi la pérennisation de l’IU biofilm, érosion de la muqueuse, résidu vésical

Epidémiologie

IU Communautaires : 2 millions /an en France

⇒ Escherichia coli +++ (70-95%)

⇒ Autres entérobactéries: Proteus mirabilis, Klebsiella pneumoniae

⇒ Staphylococcus saprophyticus, Enterococcus spp.

IUAS: 1,6% des patients

⇒ Escherichia coli (40-50%)

⇒ K. pneumoniae, Enterobacter spp., Proteus spp.

⇒ Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii

⇒ S. aureus, Enterococcus spp.

Données ONERBA, réseaux de laboratoires de ville (AFORCOPI-BIO, EPIVILLE, MEDQUAL)

Epidémiologie

IU Communautaires : 2 millions /an en France

⇒ Escherichia coli +++ (70-95%)

⇒ Autres entérobactéries: Proteus mirabilis, Klebsiella pneumoniae

⇒ Staphylococcus saprophyticus, Enterococcus spp.

IUAS: 1,6% des patients

⇒ Escherichia coli (40-50%)

⇒ K. pneumoniae, Enterobacter spp., Proteus spp.

⇒ Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii

⇒ S. aureus, Enterococcus spp.

Données ONERBA, réseaux de laboratoires de ville (AFORCOPI-BIO, EPIVILLE, MEDQUAL)

Prélèvement urinaire

Patient usuel:⇒ > 4 h miction précédente (matin)⇒ Après une toilette soigneuse +++

– Femme: vulve et méat– Homme: prépuce et méat

⇒ Milieu de jet

Patient sondé:⇒ Clamper la sonde 10 min.⇒ Désinfection et ponction chambre

de prélèvement

Nouveau-né:⇒ Désinfection⇒ Poche adhésive

Incontinent ou handicapé:⇒ Femme: sonde de petit calibre⇒ Homme: collecteur pénien

Qualité du prélèvement

Qualité de l’examen

Avant tout traitement

antibiotique !!

Acheminement rapide au

laboratoire

Ac. borique, ≤ 48h à TA

≤ 2h à TA ≤ 24h à 4°C

Bandelette urinaire

Rapide, au lit du patient

Tests:⇒ Activité Estérasique = Leucocyturie⇒ Présence de Nitrites = Bactériurie (entérobactéries)

Intérêts⇒ VPN > 90% chez la femme; VPP > 90 % chez l’homme⇒ Utilisable chez l’enfant > 3 mois (1 mois?)

Limites:⇒ Faible VPP chez la femme, faible VPN chez l’homme⇒ Pas chez les patients sondés, vessie neurologique ⇒ Pas d’identification bactérienne ni antibiogramme⇒ FN++: Staphylocoques, Bacilles à Gram négatif non fermentants

1er épisode cystite non compliquée ++Suivi colonisation urinaire gravidique (> 4ème mois)

Autres situations: Aide au diagnostic

ECBU: indications et seuils

Indications

⇒ Toute suspicion d’IU, sauf cystites simples

⇒ Dépistage de colonisations relevant d’une ATB

⇒ Suppression de l'ECBU de contrôle en cas d'évolution clinique favorable dans les PNA et les IU masculines

Seuils⇒ Leucocyturie: ≥ 104/ml⇒ Bactériurie:

ECBU: principe

CytologiqueLeucocyturie /ml

J0

Examen direct

Prélèvement urinaire

Mise en culture 37°C

Encemencement / anse calibrée

Bactériurie / ml

Identification(s)

J1-J2

J2-J3Antibiogramme(s)

ECBU: interprétation

BU-

Suspicion IU

Leuco ≥ 104

Bact +

IU

AntibiothérapieAdaptation

Pas d’IU+

ECBU

Leuco < 104

Bact +

- IU débutante- Contamination

- ID- Infection chronique

± AntibiothérapieAdaptation

Leuco ≥ 104

Bact -Leuco < 104

Bact -

Pas d’IU - IU décapitée- Autres étiologies

infectieuses- Causes non infectieuses

± Examenscomplémentaires

Colonisation urinaire

Définition

⇒ Mise en évidence d’un microorganisme, lors d’un prélèvement urinaire correctement réalisé, sans que ce micro-organisme ne génère en soi de manifestations cliniques

⇒ Pas de seuil (sauf femme enceinte)⇒ La leucocyturie n’intervient pas dans la définition

Fréquente:

⇒ Sujets âgés > 65 ans: 10% des hommes, 20% des femmes ⇒ Femmes enceintes⇒ Patients sondés (100 % à 1 mois, 3 % d’acquisition / journée de sondage)⇒ Diabétiques⇒ Patient ayant une vessie neurologique

Qui dépister?

⇒ Procédure urologique invasive⇒ Femme enceinte (≥ 4ème mois) ATB

Résistance: données communautaires

Enquête ONERBA «Transville 2012» (EHPAD et cliniques exclus)⇒ Réseaux de laboratoires AFORCOPI-BIO, EPIVILLE France, MEDQUAL

J Caillon, T Gueudet, A Mérens, RICAI 2013

J Caillon, T Gueudet, A Mérens, RICAI 2013

Résistance: données communautaires

Enquête ONERBA «Transville 2012» (EHPAD et cliniques exclus)⇒ Réseaux de laboratoires AFORCOPI-BIO, EPIVILLE France, MEDQUAL

J Caillon, T Gueudet, A Mérens, RICAI 2013

Résistance: données communautaires

Enquête ONERBA «Transville 2012» (EHPAD et cliniques exclus)⇒ Réseaux de laboratoires AFORCOPI-BIO, EPIVILLE France, MEDQUAL

Etude régionale « COLICOM» 2013⇒ 50 287 E. coli isolés d’urines dans des LABM du Languedoc-Roussillon

Données JP Lavigne, A Pantel

Résistance: données communautaires

Données JP Lavigne, A Pantel

Résistance varie avec l’âge et le sexe

2,2

4

2,5

5,8

9,3

0

2

4

6

8

10

12

14

16

18

20

0-6 ans 6-18 ans 18-65 ans 65-85 ans >85 ans

% d

e Ré

sis

tan

ce

(I+

R)

C3G

Résistance aux C3G

Résistance: données communautaires

Etude régionale « COLICOM» 2013⇒ 50 287 E. coli isolés d’urines dans des LABM du Languedoc-Roussillon

Résistance: données hospitalières

Peu de données ciblant le site urinaire dans un contexte nosocomial

CHU Nîmes: Evolution de la sensibilité des E. coli

Données: Laboratoire de Microbiologie, CHU Nîmes

%S 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014

AMX 42,4 48,1 48,3 45,3 48,1 47,8 49,2 49,1

AMC 60,3 56,6 58,3 54,9 51,7 67,9 62,6 60,7

CAZ 96,1 94,5 94,9 94,8 92,7 92,7 91,3 92,8

IMP 100,0 100,0 100,0 100,0 100 100,0 100,0 100,0

GEN 94,4 94,5 94,1 93,6 95,1 94,8 94,6 95,3

TOB 92,7 92,0 92,7 92,7 94,1 94,0 86,4 87,9

AMK 96,6 96,9 96,7 96,6 96,9 98,3 98,1 98,6

SXT 71,5 74,6 73,5 74,3 74,5 74,6 74,3 76,1

NAL 75,2 76,8 75,6 76,8 74,5 74,3 75,9 76,1

CIP 83,3 81,9 82,9 84,7 83,4 85,1 85,6 86,3

FOS 98,1 99 99,3 98,9 98,6 98,8 98,5 98,9

7,2% de résistance aux C3G

Résistance: données hospitalières

CHU Nîmes: Evolution du % de l’espèce parmi les entérobactéries BMR

Données: Laboratoire de Microbiologie, CHU Nîmes

0.0

5.0

10.0

15.0

20.0

25.0

30.0

35.0

40.0

45.0

50.0

2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014

% d

e l'

esp

èce

par

mi l

'en

sem

ble

de

s B

MR

Citrobacter sp.

E. aerogenes

E. coli

Klebsiella sp.

Morganella sp.

E. cloacae

Résistance: données hospitalières

Bactériémies: Evolution de la résistance aux C3G chez E. coli

20142009

9,9%6,7%

2004

1%

Données: European Antimicrobial Resistance Surveillance Network (EARS-Net)

Résistance: succès des CTX-M

« Pandémie » mondiale

Canton R, Current Opinion in Microbiology, 2006

Résistance: succès des CTX-M

Clone prédominant ST131

* BLSE +* FQ R, BLSE –

Nicolas-Chanoine MH et al., CMR 2014

53 patients avec IU à E. coli CTX-M

67,9%

32 proches ne vivant pas sous le même toit

15,6%

73 proches vivant sous le même toit

27,4%

54 contrôles sans relation avec les autres groupes

7,4%

Rodriguez-Bano et al., J Antimicrob Chemother, 2008

Résistance: succès des CTX-M

53 patients avec IU à E. coli CTX-M

67,9%

32 proches ne vivant pas sous le même toit

15,6%

73 proches vivant sous le même toit

27,4%

54 contrôles sans relation avec les autres groupes

7,4%

Rodriguez-Bano et al., J Antimicrob Chemother, 2008

Résistance: succès des CTX-M

Importance +++ de l’hygiène

Résistance: succès des EPC

724 souches résistantes aux carbapénèmes analysées depuis février 2011

Critères de choix des antibiotiques

Effet collatéral sur le microbiote intestinal (Gupta K et al., CID 2011)

⇒ fosfomycine⇒ nitrofurantoïne⇒ pivmécillinam

Alternative aux carbapénèmes pour les PNA à EBLSE

Faible effet collatéral Effet collatéral important

⇒ C3G +++⇒ fluoroquinolones +++⇒ amox + ac. clav. ++⇒ cotrimoxazole ++

⇒ fluoroquinolones⇒ cotrimoxazole⇒ pipéracilline-tazobactam⇒ témocilline⇒ céfoxitine (E. coli)⇒ aminosides

1er choix

2ème choix

Conclusion

Bouleversement de l’épidémiologie de la résistance dans les IU

Suivi de l’épidémiologie ++ nouvelles recommandations

fosfomycine, pivmécillinam dans les cystites

témocilline, céfoxitine dans les PNA à E. coli BLSE

Modalités de prélèvement

Indications et durées de sondage limitées

Différenciation infection vs colonisation

Place essentielle de l’hygiène

Merci pour votre attention