CAS CLINIQUE n°3

Dr C. Charasse / Dr J. Van-Gils – CHU Bordeaux

17/10/2017

N. 10 mois

• Dyspnée depuis la naissance

• Encombrement et sibilants chroniques bilatéraux

N. 10 mois

• Dyspnée depuis la naissance

• Encombrement et sibilants chroniques bilatéraux

• Examens complémentaires :– GB 19,3 G/l dont 3 G/l PNN,13,5 G/L Ly

– Hb 12,1g/dl, PLT 616 G/l

– Test sueur 14 mmol/l

• Situs Inversus

• Situs Inversus

• Hypothèses

diagnostiques ?– Syndrome de

Kartagener

• Situs Inversus

• Hypothèses

diagnostiques ?– Syndrome de

Kartagener

Dyskinésie ciliaire

primitive

– Modalités

diagnostiques ?

Suspicion dyskinésie ciliaire primitive

• Démarche diagnostique repose sur un faisceau

d’argument

• Lesquels ?

Suspicion dyskinésie ciliaire primitive

• Démarche diagnostique repose sur un faisceau

d’argument

• Lesquels ?

• Score de PiCaDar

Score de PiCaDar

Score de PiCaDar

Explorations réalisées

• Fibroscopie :– sécrétions verdâtres rhinopharynx, trachée et bronches

– > 25 leuco/champ, 10^5 Haemophilus Influenzae

– Biopsies :

• Microscopie optique : pas de battement ciliaire

Explorations réalisées

• Fibroscopie :– sécrétions verdâtres rhinopharynx, trachée et bronches

– > 25 leuco/champ, 10^5 Haemophilus Influenzae

– Biopsies :

• Microscopie optique : pas de battement ciliaire

Confirmation diagnostic DCP

En réalité…diagnostic difficile

• Actuellement pas de gold standard

En réalité…diagnostic difficile

• Actuellement pas de gold standard

• Pathologie rare (1/10 000)

• Sous diagnostiquée

En réalité…diagnostic difficile

• Actuellement pas de gold standard

• Multiplicité des phénotypes car hétérogénéité

génétique avec conséquences variables :– Anomalies morphologiques

– Anomalies fonctionnelles des cils

• 36 mutations connues, identifiant seulement 60 %

patients

En réalité…diagnostic difficile

• Actuellement pas de gold standard

• Multiplicité des phénotypes car hétérogénéité génétique avec conséquences variables :– Anomalies morphologiques

– Anomalies fonctionnelles des cils

• 36 mutations connues, identifiant seulement 60 % patients

• Faisceau d’arguments cliniques guidant la réalisation d’examens complémentaires

Critères cliniques

Critères cliniques

• Infections VA récurrentes < 1an

Critères cliniques

• Infections VA récurrentes < 1an

• Associées à l’un des signes suivants

Critères cliniques

• Infections VA récurrentes < 1an

• Associées à l’un des signes suivants• Situs inversus/hétérotaxie

• DRNN inexpliquée

• Rhinite per annuelle < 1an, OSM avec otorrhée

• Encombrement < 1an, DDB

• DCP familiale, stérilité

Modalités diagnostiques

Modalités diagnostiques

• Mesure NO nasal– Effondré => en faveur DCP mais 6 % faux négatifs

Modalités diagnostiques

• Mesure NO nasal– Effondré => en faveur DCP mais 6 % faux négatifs

• Etude FBC en MO (N : 8-11 hz)– Si FBC = 0 => DCP confirmée

– Faux négatifs, prélèvements

Modalités diagnostiques

• Mesure NO nasal– Effondré => en faveur DCP mais 6 % faux négatifs

• Etude FBC en MO (N : 8-11 hz)– Si FBC = 0 => DCP confirmée

– Faux négatifs, prélèvements

• Etude VHMF– Prélèvements et expertise

Modalités diagnostiques

• Mesure NO nasal– Effondré => en faveur DCP mais 6 % faux négatifs

• Etude FBC en MO (N : 8-11 hz)– Si FBC = 0 => DCP confirmée

– Faux négatifs, prélèvements

• Etude VHMF– Prélèvements et expertise

• Analyse structurale en ME– Prélèvements, expertise

– 20-30% FN

Modalités diagnostiques

… et la génétique ?

Avant le haut débit…

Séquençage par technique de Sanger

TAGCTAGCTCTC*TAGCTAGCTCTCG*TAGCTAGCTCTCGA*TAGCTAGCTCTCGAT*TAGCTAGCTCTCGATC*TAGCTAGCTCTCGATCG*

TAGCTAGCTCTCGATCGCT*TAGCTAGCTCTCGATCGC*

TAGCTAGCTCTCGATCGCTG*

+

Caractéristiques des technologies de NGS

Sanger : 96 ADNs différents analysés en une fois

(fragments de 700 bp)

� Exemple : DMD, 79 exons codants

• NGS : millions d’ADN différents analysés en une fois

NGS : millions d’ADN différents analysés en une fois

(séquençage à haut débit, Next Generation Sequencing NextGen

Sequencing, NGS, Massively Parallel Sequencing )

Saut technologique

Historique

2003: Séquençage du

génome humain

(~3 milliards de $, 13 ans)

2007: Séquençage d’un

individu

(JC Venter)

Méthode Sanger

(Levy et al. Plos Bio

2007)

2008: Séquençage

d’un individu

(J.D Watson)

Méthode haut débit

(454 Roche)

(Wheeler et al. Nature

2008)

(1 million de $, 2 mois)

NGS: panel de gènes VS Exome

Librairie par capture Séquençage haut débit

Pipeline bioinformatique

.fastq Alignement .bamVariant calling

.vcf

.fastq Alignement .bamVariant calling

.vcf

245 millions de lignes

Pipeline bioinformatique

.fastq Alignement .bamVariant calling

.vcf

Pipeline bioinformatique

.fastq Alignement .bamVariant calling

.vcf

Pipeline bioinformatique

Annotation et filtrage des variants

.vcf Annotation Filtrage Résultats

≈20000-50000

variants0-2 variants

Annotation et filtrage des variants

• Fonction du gène

• Bases de données de variants:

• Patients atteints : HGMD, Clinvar, etc…

• Cohorte de population générale : ExAc

• Prédiction de l’effet du variant sur la protéine :

• Type de variants

• Logiciels de prédiction

DCP et panel NGS

• Laboratoire du CHU de

Lille

• Analyse de 36 gènes

impliqués dans les

bronchectasies

• Importance de la clinique

pour l’interprétation des

résultats

DCP et panel NGS

• Laboratoire du CHU de

Lille

• Analyse de 36 gènes

impliqués dans les

bronchectasies

• Importance de la clinique

pour l’interprétation des

résultats

DCP et panel NGS

• Laboratoire du CHU de

Lille

• Analyse de 36 gènes

impliqués dans les

bronchectasies

• Importance de la clinique

pour l’interprétation des

résultats

BIBLIOGRAPHIE

• PICADAR: a diagnostic predictive tool for primary ciliary dyskinesia, L. Behan, 2016

• ERS guidelines for the diagnosis of primary ciliary dyskinesia, 2017

• Clinical care for primary ciliary dyskinesia : current challenges and future directions,

Rubbo, 2017

• Dyskinésie Ciliaire Primitive: vers un nouvel algorithme diagnostic ?, A. Tamalet