SALMONELLA, UN PAS ENTRE

LA FILÈRE AVICOLE ET LA FILIÈRE BOVINE ?

Laetitia Bonifait, Louise Baugé, Amandine Thépault, Valérie Rose, Sandra Rouxel et Marianne Chemaly

SPACE, 11 Octobre 2019

Anses, Laboratoire de Ploufragan - Plouzané - Niort

Unité Hygiène et Qualité des Produits Avicoles et Porcins (HQPAP)

Laboratoire National de Référence pour Salmonella

Les salmonelles (Salmonella) sont l’une des 4 causes principales de maladies diarrhéiques dans le

monde

Bactéries (Gram-) pouvant causer une maladie appelée salmonellose

Famille : Enterobacteriaceae

Genre : Salmonella

Espèces : 2

S. bongori : 1 sous-espèce

S. enterica : 6 sous-espèces

Bien que tous les sérotypes puissent être pathogènes pour l’Homme, quelques-uns d’entre eux

sont spécifiques et adaptés à une seule ou à quelques espèces animales

Salmonella enterica sérotype Dublin chez les bovins

https://eng.sheba.co.il/Salmonella_Under_the_Microscope

Introduction : Salmonella

2500 sérotypes

Zoonoses dont la plupart des cas sont bénins (la gravité de l’affection dépend de facteurs liés à

l’hôte et du sérotype de la salmonelle)

Les symptômes habituels

Fièvres typhoïdes et paratyphoïdes

Gastro-entérite

Manifestations extra-digestives chez les sujets à risque

Introduction : Salmonelloses

https://www.sante-sur-le-net.com/maladies/maladies-infectieuses/salmonellose/

Deuxième cause de zoonoses bactériennes d’origine alimentaire en Europe

Salmonella : 9 800

Salmonella : 190 000

Cas

rap

po

rté

sC

as

est

imé

s

Introduction : Salmonelloses

Van Cauteren et al., 2015 ; EFSA and ECDC, 2018

Le principal réservoir des salmonelles est l’animal

Présentes au niveau du tube digestif de mammifères (porc, bovins) et d’oiseaux (volailles)

Présentes dans les matières fécales

Portage asymptomatique

Présentes dans l’environnement

Contamination possible des pâturages, des sols et de l’eau

Capacité de survivre plusieurs mois

Introduction : Source de contamination

SALMONELLOSE

https://agriculture.gouv.fr/les-zoonoses-ces-maladies-transmissibles-entre-lhomme-et-lanimal

Dans 95% des cas, l’homme se contamine par le biais d’aliments contaminés

Les aliments les plus souvent impliqués :

Les œufs, les produits à base d’œufs crus

Les produits laitiers

Les viandes peu cuites (volailles, porcs, bovins)

Introduction : Source de contamination

22%

23%6%

1%

7%

22%

2%

6%7%

4%

Aliments mixtes, plats cuisinés, ect.

Aliments non identifiés

Viande

Poissons

Volaille

Œufs / produits a base d'œufs

Coquillages

Charcuterie

Fromage / produits laitiers

Crustacés

TIAC à Salmonellaen France

Contamination via des contacts avec des individus ou des animaux infestés, ou des porteurs sains

SPF, 2018

SURVEILLANCE DE SALMONELLA

DANS L’UNION EUROPEENE

Directive 2003/99/CE : Surveillance des zoonoses et agents zoonotiques

Garantir que les zoonoses, les agents zoonotiques et la résistance antimicrobienne associée soient

adéquatement surveillés

Appliquée aux stades de la chaine alimentaire qui sont les plus propices à l’apparition des zoonoses

L’étude épidémiologique des foyers de toxi-infection alimentaire

Objectifs du règlement (CE) No 2160/2003 : Contrôle des salmonelles et d'autres agents

zoonotiques spécifiques présents dans la chaîne alimentaire

Mesures adaptées et efficaces pour détecter et contrôler les salmonelles

A tous les stades pertinents de la production, de la transformation et de la distribution

Particulièrement au niveau de la production primaire

Autres étapes de la chaîne alimentaire (denrées alimentaires et aliments pour animaux)

Réduire leur prévalence et le risque qu'ils représentent pour la santé publique

Surveillance de Salmonella dans l’UE : Directive 2003/99/CE

Baisse significative de la salmonellose

observée entre 2008 et 2017

Au cours des dernières années, la tendance

est stable

2017, diminution du nombre total de cas

confirmés

0

15000

30000

45000

60000

75000

90000

105000

120000

135000

150000

2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017

No

mb

re t

ota

l de

cas

con

firm

és

chez

l'h

om

me

Surveillance de Salmonella dans l’UE

0

10

20

30

40

50

Ré

par

titi

on

de

s ca

s co

nfi

rmés

p

ar s

éro

typ

es

2017 2016 2015

Information sur les sérotypes disponibles dans

75% des cas humains confirmés

Les cinq sérotypes les plus fréquemment signalés

parmi les cas humains contractés dans l'Union

européenne

S. Enteritidis, S. Typhimurium, Variant

monophasique de S. Typhimurium , S. Infantis et

S. Newport

EFSA and ECDC, 2018

Association entre les principaux sérovars et l’espèce animale

Les données animales et alimentaires ont été fusionnées

Surveillance de Salmonella dans l’UE

Pondeuses

Bovins

Porcs

Dindes

Poulet de chair

EFSA and ECDC, 2018

SURVEILLANCE DE SALMONELLA

EN FRANCE

Sélection

Multiplication

Production

Objectifs du programme national de lutte contre les salmonelles

Prévenir les TIAC liées à la consommation de produits de volaille (œufs et viande)

Prophylaxie sanitaire

Assainissement continu et progressif

Lutte contre la transmission verticale : contrôles des reproducteurs

Lutte contre la transmission horizontale : Bonnes pratiques d’hygiène et d’élevage

Réglementation dans la filière avicole

FACTEURS HUMAINS

FACTEURS A L’ÉLEVAGE

FACTEURS ENVIRONNEMENTAUX

Poulets reproducteurs (Gallus gallus)

Règlement (CE) No 200/2010 : Réduction de la prévalence de sérotypes de salmonelles dans les cheptels

d’animaux adultes de reproduction de l’espèce Gallus gallus

Poules pondeuses

Règlement (CE) No 517/2011 : Réduction de la prévalence de certains sérotypes de salmonelles chez les

poules pondeuses de l’espèce Gallus gallus

Règlement (CE) No 1237/2007 : Mise sur le marché d’œufs provenant de cheptels de poules pondeuses

infectés par les salmonelles

Guide sur les bonnes pratiques d'hygiène dans les élevages de poulettes et de pondeuses

Poulets de chair

Règlement (CE) No 200/2012 : réduction de la prévalence de Salmonella Enteritidis et de Salmonella

Typhimurium dans les cheptels de poulets de chair

Guide sur les bonnes pratiques d'hygiène dans les élevages de poulets de chair

Dindes

Règlement (CE) No 1190/2012 : Réduction de la prévalence de Salmonella Enteritidis et de Salmonella

Typhimurium dans les cheptels de dindes

Règlements spécifiques à la filière avicole (No 2160/2003)

0

500

1000

1500

2000

2500

3000

3500

4000

2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017

No

mb

re d

'iso

lat

de Salm

onella

Sou

cho

thè

qu

e d

u L

NR

Baisse significative du nombre de souches

reçues au LNR Salmonella observée entre

2011 et 2014

Surveillance de Salmonella dans la filière avicole en France

Sérotypes les plus fréquemment retrouvés dans

la filière avicole

S. Seftenberg, S. Typhimurium, S. Enteritidis,

S. Anatum, S. Montevideo

EFSA and ECDC, 2018

0

20

40

60

80

100

2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017

% d

’iso

lats

de Salm

onella

Autres

S. Agona

S. Napoli

S. Indiana

S. Mbandaka

S. Livingstone

S. Montevideo

S. Anatum

S. Enteritidis

S. Typhimurium

S. Senftenberg

SALMONELLA,

UN LIEN ENTRE LES FILIERES ?

Dans le cadre d’une alerte, le LNR a été sollicité par la DGAl pour :

Suivre l’évolution d’une contamination à Salmonella spp. dans la filière avicole

Déterminer l’origine de contamination des élevages

Circulation d’isolats persistants et communs

32 isolats de S. Enteritidis

LNR : 28 souches

Issues de bâtiments avicoles (Souchothèque du LNR)

DGAl : 4 souches

2 souches issues d’élevages bovins

2 souches isolées de véhicules routiers motorisés

Enquête épidémiologique

?

Enquête épidémiologique

PFGE MLVA MLST cgMLST

Méthodes classiquesElectrophorèses

Nouvelles méthodesSéquençage du génome entier

Pouvoir discriminant

95.2

92.9

PFGE-XbaI

100

95

PFGE-XbaI

S18TYP007

S18TYP008

S18TYP009

S18TYP010

S18TYP011

S18TYP012

S18TYP013

S18TYP014

S18TYP015

S18TYP016

S18TYP017

S18TYP018

S18TYP019

S18TYP020

S18TYP021

S18TYP022

S11LNR0253

S12LNR0667

S16LNR1595

S17LNR0045

S17LNR0059

S18TYP001

S18TYP002

S18TYP003

S18TYP004

S18TYP005

S18TYP006

S18TYP023

S18TYP024

S13LNR1517

S14LNR2052.

S18TYP025

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Enteritidis

Enteritidis

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Elevage 1

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Elevage 1

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Elevage 1

Elevage 2

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Elevage 2

Elevage 2

Elevage 2

Elevage 2

Elevage 2

Elevage 2

Bovin 1

Elevage 3

Elevage 4

Elevage 5

Elevage 3

Elevage 6

Elevage 7

Elevage 7

Elevage 5

Elevage 5

Elevage 5

Elevage 5

Véhicule 1

Bovin 2

Elevage 1

Elevage 6

Véhicule 2

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2017

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2017

2017

2017

2013

2014

2017

Profil 1

Profil 2

Profil 3

Caractérisation des souches par PFGE

32 isolats de S. Enteritidis : Restriction enzymatique par XbaI

3 profils génotypiques distincts Profil 1 : 16 isolats Profil 2 : 13 isolats Profil 3 : 3 isolats

Relation possible entre les isolats à travers les années et les différentes filières

90.5

92.1

88.4

XbaI-BlnI

100

95

90

S18TYP007

S18TYP008

S18TYP014

S18TYP015

S18TYP022

S16LNR1595

S17LNR0045

S17LNR0059

S18TYP001

S18TYP002

S18TYP003

S18TYP004

S18TYP023

S18TYP024

S13LNR1517

S18TYP025

S14LNR2052.

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S.

Enteritidis

Enteritidis

Enteritidis

Enteritidis

Enteritidis

Enteritidis

Enteritidis

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Enteritidis

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Elevage 1

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Elevage 2

Elevage 2

Bovin 1

Elevage 5

Elevage 3

Elevage 6

Elevage 7

Elevage 7

Elevage 5

Elevage 5

Véhicule 1

Bovin 2

Elevage 1

Véhicule 2

Elevage 6

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2017

2017

2017

2013

2017

2014

Caractérisation des souches par Puseld Field Gel Elect.

17 isolats : Restriction enzymatique par XbaI et BlnI

4 profils génotypiques distincts

Séparation du profil 3 en deux profils

(3a et 3b) contenant respectivement 2

et 1 isolats

Relation entre ces isolats au sein d’une

même zone géographique:

Au cours des années

Entre les bâtiments d’élevages

A travers les différentes filières bovine

et avicole

Orientation des résultats vers une origine de contamination commune

1

2

3a

3b

Analyse des séquences par cgMLST

Souches françaises regroupées dans 1 cluster

Bien que différentes, elles sont

phylogénétiquement proches entre elles

Phylogénétiquement distantes des autres

souches européennes

Conclusions

Importance de la réglementation dans la mise en place des moyens de lutte contre Salmonella

Le LNR est appui scientifique pour la DGAl et son réseau de laboratoire

Meilleure discrimination entre les isolats grâce au WGS

Souches de S. Enteritidis circulant dans une même zone géographique

Implication d’un véhicule motorisé

Lien épidémiologique entre les filières ?

Importance de maintenir la surveillance des salmonelles en élevages en France

Perspectives

Mise en place du séquençage WGS au LNR lors d’enquêtes éidémiologiques

Collecte de données sur la présence de Salmonella dans des élevages multi-filères en France

laetitia.bonifait@anses.fr

Remerciements

Equipe du LNR Salmonella

Unité Hygiène Qualité des Produits Avicoles et Porcins (ANSES)

François Guillon (Direction Générale de l’Alimentation)

SPACE, 11 Octobre 2019