Microbiologie

L’Étude des Microorganismes

Définition d’un Microorganisme

• Dérivé du grec: Mikros, «petit» et Organismos, «organisme» – Organisme microscopique qui comprend soit une

seule cellule (unicellulaires) ou amas de cellules identiques (non différentiées)

– Ils comprennent les bactéries, les champignons, les algues, les virus, et les protozoaires

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Travailler en Microbiologie

La Technique Stérile

Le Matériel

• Le matériel utilisé pour la culture et la manipulation de microorganismes doit être stérile et maintenu stérile– Milieu de culture– Éprouvettes– Assiettes de Pétris– Boucle d’ensemencement– Etc.

• Utiliser la technique stérile pour tous les transferts de microorganismes– Préviens la contamination de vos cultures– Préviens la contamination de votre

environnement– Préviens la contamination de soi

• Toutes les bactéries sont des opportunistes

Transferts par la Technique Stérile

• Stériliser la boucle d’ensemencement au bruleur– Le fil entier doit devenir

rouge

• Ne pas déposer sur la table!

• Laisser refroidir

Boucle d’ensemencement

Transferts par la Technique Stérile

• Retirer le capuchon avec le petit doigt de la main qui tient la boucle d’inoculation– Ne pas déposer le

capuchon sur la table!

Enlever capuchon

Transferts par la Technique Stérile

• Chauffer l’ouverture du tube au bruleur– Garder l’orientation

du tube aussi prêt de l’horizontal que possible

– Garder l’ouverture du capuchon vers le bas

Réchauffement de l’ouverture

Transferts par la Technique Stérile

• Utiliser la boucle stérile pour retirer l’inoculum– Liquide de bouillons– Solide de géloses– Solide de pentes Retirer

l’inoculum

Transferts par la Technique Stérile

• Chauffer l’ouverture du tube au bruleur encore une fois!– Garder l’orientation

du tube aussi prêt de l’horizontal que possible

Réchauffement de l’ouverture

Transferts par la Technique Stérile

• Remettre le capuchon sur la culture pure

• Retourner le tube au support à éprouvettes

Refermer le tube

Transferts par la Technique Stérile

• Répéter les mêmes étapes pour inoculer le nouveau tube– Retirer capuchon– Chauffer l’ouverture– Inoculer– Chauffer l’ouverture– Fermer le tube

Inoculation

Microorganismes en Laboratoire

Les Milieux de Croissance

Buts

• Croissance sous des conditions contrôlées• Maintien• Isolation de cultures pures• Tests métaboliques

Types

• Liquides (bouillons)– Permets la culture en suspension– Distribution uniforme des éléments nutritifs,

environnementaux et autres– Permets la croissance de grands volumes

• Milieux Solides– Mêmes que milieux liquides + agent de

solidification• L’agar : Polysaccharide dérivé d’une algue

La Croissance en Bouillon

Non-inoculéLimpide

Turbide + sédiment

Limpide + sédimentTurbide

Croissance sur Gélose

• Croissance sur surface solide• Croissance isolée• Permets l’isolation de

colonies simples• Permets l’isolation de cultures

pures

Colonie simple

Milieux Solides (suite)

• Pente– Croissance en surface et en profondeur

– Différentes disponibilités d’oxygène

– Entreposage à long terme

• Tube profond– Milieu semi-solide

– Entreposage à long terme

– Faible disponibilité d’oxygène

La Microscopie

Les Colorations

Colorations Simples

• Coloration positive– Coloration du spécimen– Coloration indépendante de l’espèce

• Colorations Négatives– Coloration de l’environnement de fond– Coloration indépendante de l’espèce

Méthodes

• Coloration simple: – Un seul agent de coloration– Permet de déterminer la taille, la forme, et

l’arrangement des cellules

Les Formes Cellulaires

• Coccus: – Sphères – Division sur 1,2 ou 3 plans– Nombre de plans de division donne différents

arrangements– Arrangements typiques de différents genres

bactériens

Les Cocci (Coccus)

Diplococcus

Streptococcus(4-20)

Tétrade

Staphylococcus

ArrangementsPlans de division

Les Formes Cellulaires (suite)

• Bacilles:– Bâtonnets

– Division sur 1 plan seulement

– Arrangements typiques de différents genres bactériens

Les Bacilles

Diplobacille

Streptobacille

ArrangementsPlans de division

Quantifier les Microorganismes

• Mesure de turbidité: densité optique• Comptes viables• Nombre le plus probable• Comptes directs

Mesure de la Turbidité

• Mesure la quantité de lumière qui peut traverser un échantillon

• Le moins de lumière qui traverse l’échantillon le plus dense est la population

• Mesure la densité optique ou le pourcentage de transmission

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Mesure de la Turbidité

• Spectrophotomètre (A600): – Mesure de la Densité Optique

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Lumière

600nm

Détecteur….lecture

Lecture différente

290

2.0

1.0

D.O. 600nm % Transmission

100

0

50

Densité cellulaire

Comptes Viables

• Dilutions en séries de l’échantillon• Étalement des dilutions sur milieu approprié• Chaque colonie simple est originaire d’une

unité formatrice de colonie (UFC)• Le nombre de colonies équivaut à une

approximation du nombre de bactéries vivantes dans l’échantillon

63 UFC/0.1 ml de 10-5

630 UFC/1.0 ml de 10-5

630 UFC/ml X 105 = 6.3 x 107/ml dans l’échantillon original

• Avantages::– Dénombre les microorganismes viables– Peu distinguer différents microorganismes

• Limites:– Pas de milieu universel– Nécessite la croissance du microorganisme

– UFC une bactérie• Ex. Un UFC de Streptococcus un de E.coli=?