Les logiciels au laboratoire de Biologie Structurale

Principe

Organisation

Accès

Documentation

Un programme

• Commande système :– ls, cp, netscape, etc.

– se trouve en• /sbin, /bin, /usr/bin,

/usr/local/bin, etc.

– est toujours accessible

• Logiciel installé :– cns, setor, truc, etc.

– se trouve en • /biolo/cns, ~/bin,

/home/ripp/truc, etc.

– est visible à condition d’être dans le bon environnement ...

Les ordinateurs

L’espace disque

• /home/ripp /work/ripp

• /biolo /tools /local – sur DEC /biolo = /dec/biolo– sur SGI /biolo = /sgi/biolo– etc. – /local = /usr/local

C’est quoi une commande ?

• alias – gcg8, setcns

Les alias définis dans :– /etc/csh.cshrc

• /tools/settools.com

• /biolo/setbiolo.com

– ~/.cshrc ~/.aliases• vos propres alias

• fichier exécutable– ls, cns, o, …

Le fichier est accessible

en temps que commande

si le répertoire dans

lequel il se trouve est cité

dans le path

(echo $path)

setxxxx

Nous avons défini les alias setxxxx pour

• mettre à jour le path• positionner des variables d’environnement

– fichiers pris par défaut– valeurs initiales, etc.

Pour comprendre :

which setxxxx

cat /biolo/xxxx/setxxxx.com

Un exemple setcns(source /biolo/cns/setcns.com)

set sys=`uname -s`if ( $sys == OSF1 ) set archi="dec-alpha-osf-4"if ( $sys == IRIX64 ) set archi="sgi-r8k10k-irix-6.2"

unalias cnsrempath /biolo/cnsdev/$archi/object_libraryrempath /biolo/cns/object_libraryrempath /biolo/cns-0.3/object_library

setenv CNS /biolo/cns-0.4 <<< importantsetenv CNS_PRELIB $CNS/prelib...setenv CNS_HELPLIB $CNS_LIB/help

source $CNS/$archi/arch_env addpath $CNS/$archi/object_library <<< le pathaddpath $CNS/$archi/utils <<< le path

alias cns_help $CNS/bin/cns_help <<< d’autresalias cns_header $CNS/bin/cns_header <<< aliasalias cns_info 'cat $CNS/bin/cns_info'lsx -C $CNS/$archi/utils

/tools

/tools/endian/tools/java/tools/latex2html/tools/mpack/tools/mpeg/tools/perl/tools/povray/tools/raster3d/tools/raster3d-2.0/tools/raster3d-2.3b/tools/rayshade

/tools/rrtools/tools/sced/tools/tex/tools/tiff/tools/timt/tools/urt/tools/xfig/tools/Rlangage/tools/aptools/tools/caldera/tools/iditis/tools/jmwtools

/biolo6d_mapmanALSClustalW1.6MidasModeller2Mopac93Namot2NucAOmlPrattProsaII3.0Unichem3.0VrpXray-s

adxvarpbabel-1.6ballascopebbdep94bbdep96binbiotkcactvtoolscathsiftccp4clustalx

cns-0.5cnsdevconforconnollycritxpldatabasesdejavu_etcdejavu_sgidelphidenzo1.9.1denzonewdinodiscus-2.02

discus-2.02dmdmmultidrawnadsdsspfragmentgraspgrsheavyhkl2000i2tifiditis

lgglibligplot4.0mapsmaputilsmarmarxmodellermolscriptmolsoftmosflmmsimsmsnamot2

...

… /biolo ncbinewsetornormannovel_rnuclin-nuclsqoomacoops_alloprgover6over622patternphasespredict

procheckprofile3dpromotif-v2.0qdbrasse3.1rave_docrave_irix6rave_r10krave_sgireplaceribbonsrnaangroadmaprotamer

sapssassegsetorsetupsfcheck.5.3sftoolssharpshelxsprout3.0strategythreadertomtrna

uhbdvmdvoidoo_etcvoidoo_sgiwhatifxdsxds1997_aoutxplorxplor64xrayviewxtalviewxutil_etcxutil_irix6xutil_sgi

Que fait chaque logiciel ?

• … s’il y avait de la doc pour chacun,

• … dans un fichier Abstract,

• … au bon format ……………………

• …………….. Ça se saurait !

Pour le moment … on a

• … des fois des README, TUTORIALs, WUP,

• … peut-être des répertoires Doc

• … des pages man • ………………………. ou rien

• les fichiers d’installation Alire.rr (et autres)

file:/home/ripp/html/labo/leslogidulabo.dir

• Vous y trouverez – les README de /biolo et /tools– les *.doc– les fichiers d’installation Alire.rr

• C’est en vrac …

• C’est à jour aujourd’hui ...

Alors n’hésitez pas

• à fouiller dans les répertoires /biolo/…,

• à écrire le fichier Abstract.xx,

• à documenter sous HTML,

• à faire part de vos remarques.

• ...

merci.

De plus, il y en a ...

• … chez chacun. Il faut donc :– les centraliser

• sur /biolo/machin/… (vous en serez propiétaire responsable)

– les documenter (un peu)

• … ailleurs.– les essayer – les installer