Les logiciels au laboratoire de Biologie Structurale
Principe
Organisation
Accès
Documentation
Un programme
• Commande système :– ls, cp, netscape, etc.
– se trouve en• /sbin, /bin, /usr/bin,
/usr/local/bin, etc.
– est toujours accessible
• Logiciel installé :– cns, setor, truc, etc.
– se trouve en • /biolo/cns, ~/bin,
/home/ripp/truc, etc.
– est visible à condition d’être dans le bon environnement ...
Les ordinateurs
L’espace disque
• /home/ripp /work/ripp
• /biolo /tools /local – sur DEC /biolo = /dec/biolo– sur SGI /biolo = /sgi/biolo– etc. – /local = /usr/local
C’est quoi une commande ?
• alias – gcg8, setcns
Les alias définis dans :– /etc/csh.cshrc
• /tools/settools.com
• /biolo/setbiolo.com
– ~/.cshrc ~/.aliases• vos propres alias
• fichier exécutable– ls, cns, o, …
Le fichier est accessible
en temps que commande
si le répertoire dans
lequel il se trouve est cité
dans le path
(echo $path)
setxxxx
Nous avons défini les alias setxxxx pour
• mettre à jour le path• positionner des variables d’environnement
– fichiers pris par défaut– valeurs initiales, etc.
Pour comprendre :
which setxxxx
cat /biolo/xxxx/setxxxx.com
Un exemple setcns(source /biolo/cns/setcns.com)
set sys=`uname -s`if ( $sys == OSF1 ) set archi="dec-alpha-osf-4"if ( $sys == IRIX64 ) set archi="sgi-r8k10k-irix-6.2"
unalias cnsrempath /biolo/cnsdev/$archi/object_libraryrempath /biolo/cns/object_libraryrempath /biolo/cns-0.3/object_library
setenv CNS /biolo/cns-0.4 <<< importantsetenv CNS_PRELIB $CNS/prelib...setenv CNS_HELPLIB $CNS_LIB/help
source $CNS/$archi/arch_env addpath $CNS/$archi/object_library <<< le pathaddpath $CNS/$archi/utils <<< le path
alias cns_help $CNS/bin/cns_help <<< d’autresalias cns_header $CNS/bin/cns_header <<< aliasalias cns_info 'cat $CNS/bin/cns_info'lsx -C $CNS/$archi/utils
/tools
/tools/endian/tools/java/tools/latex2html/tools/mpack/tools/mpeg/tools/perl/tools/povray/tools/raster3d/tools/raster3d-2.0/tools/raster3d-2.3b/tools/rayshade
/tools/rrtools/tools/sced/tools/tex/tools/tiff/tools/timt/tools/urt/tools/xfig/tools/Rlangage/tools/aptools/tools/caldera/tools/iditis/tools/jmwtools
/biolo6d_mapmanALSClustalW1.6MidasModeller2Mopac93Namot2NucAOmlPrattProsaII3.0Unichem3.0VrpXray-s
adxvarpbabel-1.6ballascopebbdep94bbdep96binbiotkcactvtoolscathsiftccp4clustalx
cns-0.5cnsdevconforconnollycritxpldatabasesdejavu_etcdejavu_sgidelphidenzo1.9.1denzonewdinodiscus-2.02
discus-2.02dmdmmultidrawnadsdsspfragmentgraspgrsheavyhkl2000i2tifiditis
lgglibligplot4.0mapsmaputilsmarmarxmodellermolscriptmolsoftmosflmmsimsmsnamot2
...
… /biolo ncbinewsetornormannovel_rnuclin-nuclsqoomacoops_alloprgover6over622patternphasespredict
procheckprofile3dpromotif-v2.0qdbrasse3.1rave_docrave_irix6rave_r10krave_sgireplaceribbonsrnaangroadmaprotamer
sapssassegsetorsetupsfcheck.5.3sftoolssharpshelxsprout3.0strategythreadertomtrna
uhbdvmdvoidoo_etcvoidoo_sgiwhatifxdsxds1997_aoutxplorxplor64xrayviewxtalviewxutil_etcxutil_irix6xutil_sgi
Que fait chaque logiciel ?
• … s’il y avait de la doc pour chacun,
• … dans un fichier Abstract,
• … au bon format ……………………
• …………….. Ça se saurait !
Pour le moment … on a
• … des fois des README, TUTORIALs, WUP,
• … peut-être des répertoires Doc
• … des pages man • ………………………. ou rien
• les fichiers d’installation Alire.rr (et autres)
file:/home/ripp/html/labo/leslogidulabo.dir
• Vous y trouverez – les README de /biolo et /tools– les *.doc– les fichiers d’installation Alire.rr
• C’est en vrac …
• C’est à jour aujourd’hui ...
Alors n’hésitez pas
• à fouiller dans les répertoires /biolo/…,
• à écrire le fichier Abstract.xx,
• à documenter sous HTML,
• à faire part de vos remarques.
• ...
merci.
De plus, il y en a ...
• … chez chacun. Il faut donc :– les centraliser
• sur /biolo/machin/… (vous en serez propiétaire responsable)
– les documenter (un peu)
• … ailleurs.– les essayer – les installer
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