COVID-19 - Réponse de laboratoire dans les Amériques : leçons apprisesJairo Méndez-RicoRegional Advisor Viral DiseasesHealth Emergencies Department, PHEPAHO/WHO

Virtual meeting2 8 - 30 October 2019

27 octobre43,457,772 cas confirmés

627,817 décès

11 février43,102 cas confirmés

1,018 décès

Cas confirmés dans les Amériques27 octobre 2020

En Janvier 2020, l’agent étiologique de la maladie fut identifié comme étant un nouveau coronavirus [nom provisoire nouveau coronavirus 2019 (2019-nCoV)].

SARS-CoV-2: agent étiologique de la COVID-19

https://www.cdc.gov/media/dpk/diseases-and-conditions/coronavirus/coronavirus-2020.html

En Janvier 2020, l’agent étiologique de la maladie fut identifié comme étant un nouveau coronavirus [nom provisoire nouveau coronavirus 2019 (2019-nCoV)].

La séquence complète du génome montre qu’il s’agit d’un betacoronavirus, diffèrent du SARS-CoV et du MERS-CoV: Essentiel pour le développement des protocoles de détection et de diagnostic

REPONSE DE LABORATOIR DE L’OPS

INCIDENT MANAGERSylvain Aldighieri

DEPUTY INCIDENT MANAGERIan Stein

INFORMATION MANAGEMENTInbox mgmt: Noemi PoloKnowledge mgmt: Oscar Galan Website: Web team

PROJECT MANAGEMENTNatalie Tan

Angella Smith, Oscar Galan

ADMINISTRATION Valerie Valdivieso

General: Nicole Wynter, ADMHuman resources: ADM

OPERATIONAL SUPPORTLeonardo Hernandez

General: EOC teamLogistics: Jeronimo Venegas, EOCProcurement: Jordi Balleste

Team: PROMarkets: EOC, PRO

PAHO STAFF WELL-BEINGAnne-Gaelle SelodMental Health Unit

EPI SURVEILLANCE• IBS: Andrea VicariTeam: Flu team, Nathalie El Omeiri, Monica Alonso, Margherita Ghiselli• EBS: Enrique PerezTeam: HIM team, PrabhjotSingh, Antonio Sanhueza, Oscar Mujica

IPCJoao Toledo

Valeska StempliukRISK COMMUNICATIONS

Sebastian Oliel

Team: CMU, Sonia CaffeMental Health team: Arantxa Cayon Nieto

PUBLIC HEALTH & TRAVEL-RELATED MEASURES

Roberta AndraghettiTeam: Pablo Jimenez, Eldonna Boisson

27 March 2020

PARTNERSHIP Dionne Patz &

Nicolas Lagomarsino

Nicole Wynter

SPOKESPERSONSJarbas Barbosa, Marcos Espinal

LABORATORYJairo Mendez

Team: Lionel Gresh, Juliana Leite, Jean-Marc Gabastou, Aleida Domingo

MODELLING & FORECASTING

Ana RiviereTeam: Manuel Sanchez, Thais dos Santos, HIM team, Flu team, EIH team MEDIA RELATIONS

Ashley Baldwin

Team: CMU

CLINICAL MANAGEMENT Ludovic Reveiz

Joao Toledo, Sasha Peiris, Ludovic Reveiz, Mark Kortepeter

REORG. HEALTH SERVICES & MED. SURGEHernan Luque

Alex Camacho, Luis de la Fuente, Ludovic Reveiz, Pilar Ramon-Pardo, Soledad Urrutia, Maria Claudia Guzman, HSS/HR

PAHO/WHO Regional COVID-19 Incident Management Team

REGIONAL EMERGENCY DIRECTORCiro Ugarte

REGIONAL DIRECTORCarissa Etienne

ENABLING FUNCTIONSPUBLIC HEALTH

MEASURESRoberta Andraghetti

EPIDEMIC INTELLIGENCEEnrique Perez

STRENGTHEN HEALTH SYSAmalia del Riego

COMMUNICATIONLeticia Linn

STRATEGIC ANALYSISAndrea Vicari

MEDICINES & TECHAnalia Porras

Team: Ludovic Reveiz, Charlie Preston, Jose Luis Castro, Alexandre Lemgruber, HSS/MT

RESEARCH & DEVELOPMENTLudovic Reveiz, Analia Porras

WATER, SANITATION & HYGIENE

Ton VlugmanHenry Hernandez

MENTAL HEALTHAntony Duttine

Team: Mental Health Unit

COMMUNITY ENGAGEMENT

CMU Team

HOME CAREIPC & Clinical

Management Teams

RESOURCE MOBILIZATIONJulie Mauvernay

Regina Campa Sole, Vanessa Castillo, Mariana Faria, Oscar Galan, Nicolas Lagomarsino, Natalie Tan, Nicole Wynter

PLANNINGNicole Wynter

Maite Villen, Travis High, Andrea

Morales

32 Centres nationaux de la grippe (NIC)

Laboratoire de référence de l'OMS pour la COVID-19Laboratoire national de santé publique

• La réponse et la surveillance de laboratoire reposent sur les plateformes grippe et autre virus respiratoires (Réseau des NIC et laboratoires nationaux)

• Tous avec une expertise dans le prélèvement d'échantillons

• Tous avec des plate-forme moléculaires en place

Réponse de laboratoire de l’OPS

Réponse de laboratoire de l’OPS

Réactifs de PCR (kits, amorces, sondes, contrôles) achetés et distribués à partir du 27 janvier

Réponse de laboratoire de l’OPS

Réactifs de PCR (kits, amorces, sondes, contrôles) achetés et distribués à partir du 27 janvier

7 missions pour la mise en oeuvre

Réponse de laboratoire de l’OPS

Réactifs de PCR (kits, amorces, sondes, contrôles) achetés et distribués à partir du 27 janvier

7 missions pour la mise en oeuvre

2 ateliers sous-régionaux pratiques: BRA and MEX (18 pays)

Réponse de laboratoire de l’OPS

Réactifs de PCR (kits, amorces, sondes, contrôles) achetés et distribués à partir du 27 janvier

7 missions pour la mise en oeuvre

2 ateliers sous-régionaux pratiques: BRA and MEX (18 pays)

Jan 27 Fév 2129 pays avec réactifs disponibles et

protocole de détection mis en œuvre

Actuellement, les NIC et laboratoires nationaux de santé publique dans 35 pays ont la capacité de détection

32 Centres nationaux de la grippe (NIC)

Laboratoire de référence de l'OMS pour la COVID-19Laboratoire national de santé publique

• 40 laboratoires dans 35 pays ont participé

• 38 laboratoire: score de 5 sur 5• 1 laboratoire: score de 4 sur 5• 1 laboratoire: score de 3 sur 5

Certaines régions sous-représentées en termes de données

D’autres régions sur-représentées

18 pays participants (dans toutes les sous-régions):

• Amérique du Nord : Mexique• Caraïbes : Bahamas, Barbade, Haïti et

Jamaïque• Amérique centrale : Costa Rica,

Guatemala et Honduras• Andes : Colombie, Equateur, Pérou et

Venezuela• Cône Sud : Argentine, Bolivie, Brésil, Chili,

Paraguay et Uruguay

Objectifs principaux:• Etablir et renforcer un réseau de surveillance génomique COVID-19 dans la Région

des Amériques• Contribuer à rendre disponibles plus de données de séquençage génétique provenant

des pays d'Amérique latine et des Caraïbes.Résultats attendus:• Plus de données de séquençage génétique du SARS-CoV-2 circulant dans la Région

des Amériques disponibles afin de soutenir le développement de protocoles de diagnostic, et le développement de vaccins et d'antiviraux.

• Analyse phylogénétique pour mieux comprendre l'évolution génétique et l'épidémiologie moléculaire du SARS-CoV-2.

• Renforcement de la capacité de réponse des laboratoires des pays participants.• Analyse régionale avec métadonnées pour sa diffusion à travers la communauté

scientifique.• Réseau régional de surveillance génomique du SARS-CoV-2.

EchantillonsSéquençagein situ

Envoi Publication rapide des données de séquençage

Réponse de laboratoire de l’OPS

Réponse de laboratoire de l’OPS

• Il existe un réseau de laboratoires (NIC) très solide dans la région de l'OPS; avantage pour la réponse COVID-19– Echantillonnage

– Capacite moléculaire / interprétation

– Assurance qualité et biosécurité

• Néanmoins, les laboratoires ont été surchargés et la capacité est devenue insuffisante– Réponse centralisée

– Retard dans les tests / augmentation des délais

– Manque de matériel (pénurie mondiale)

– La surveillance des autres agents pathogènes a été impactée

• Il y avait trop d’avis en même temps ... Et pas de stratégie de test globale claire / homogène

Défis et leçons apprises

• La décentralisation doit être une priorité (tests virologiques)– Renforcement des réseaux nationaux

• En raison des pénuries, nous avons dû «apprendre» à travailler autrement

• Nécessité de développer / mettre à jour les plans de contingence des laboratoires

• Les stratégies de test doivent être claires; les décisions doivent être coordonnées avec les laboratoires– Type de test (virologique vs sérologique)

– Quand et comment

– Interprétation…

Défis et leçons apprises

• Il reste encore beaucoup à apprendre…– Echantillons alternatifs

– Réponse immunitaire

– Coinfections / Réinfections

– Vaccins

• Sommes-nous prêts à passer à une surveillance intégrée de laboratoire de la grippe et la COVID-19 en routine…?– Transition prudente et progressive

– Algorithmes de laboratoire clairs

– Etudes pilotes pour mieux tester la mise en œuvre

Défis et leçons apprises

departamento de

EMERGENCIASen salud

OPS Equipe de Réponse de

Laboratoire

Merci !!

OPS Influenza: http://www.paho.org/influenza

OPS FluNet: http://ais.paho.org/phip/viz/ed_flu.asp

OPS FluID: http://ais.paho.org/phip/viz/flumart2015.as

Rapports régionaux grippe: http://www.paho.org/influenzareport

Réseau Infections respiratoires aiguës sévères – SARInet: http://www.sarinet.org

Merci !

ricoj@paho.org