Post on 16-Mar-2021
REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE
MINISTERE DE L’ENSEGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA
RECHERCHE SCIENTIFIQUE
Université Larbi Ben M’Hidi Oum El Bouaghi
Faculté des Sciences Exactes et des Sciences de la Nature et de la Vie
Département des Sciences de la Nature et de la vie
N °d’ordre …… N ° de série …..
Mémoire
Présenté pour l’obtention du diplôme de
MASTER
Filière : sciences biologiques
OPTION : MICROBIOLOGIE APPLIQUEE
Thème :
Evaluation de l’antibiorésistance des entérobactéries en milieu hospitalier
Présenté par
ABABSA Achwak BELLOULA Bochra Devant le jury
Présidente du jury : Benslama Ouided. M.A.A Université OEB
Encadrant : Khennouchi Nour Chems el Houda M.A.B Université OEB
Co-encadreur : Meradi Laarem. M.A.A Université OEB
Examinatrice : Aberkane Meriem. M.A.B Université OEB
Année universitaire : 2019-2020
Remerciements
Tout d'abord, nous nous remercions Dieu « Allah » Tout Puissant, le Généreux et le
miséricordieux pour nous avoir donné la force, la patience, la volonté et le courage de terminer
ce modeste travail, et pour nous avoir guidé vers la lumière de la recherche du savoir et de la
science.
Nous tenons en premier lieu à exprimer nos sincères remerciements à notre encadreur Mme.
Khennouchi Nour Chems El Houda Maitre de conférences B et Mme. Meradi Laarem Maitre
de conférences A à l’université L’arbi Ben M’hidi Oum El Bouaghi pour avoir dirigé ce travail,
pour son aide, ses précieux conseils, sa compréhension et son soutien moral lors de la rédaction
de ce manuscrit ;
Nos remerciements s’adressent également à Mme. BENSLAMA Ouided maitre de conférences
A à l’université L’arbi Ben M’hidi Oum El Bouaghi d’avoir accepté la présidence du jury, qu’il
trouve ici l’expression de notre profond respect. On tient également à remercier Mme. Abrken
Mariem maitre de conférences B à l’université L’arbi Ben M’hidi Oum El Bouaghi qui a
accepté d’examiner ce travail.
Nos remerciements les plus sincères et les plus profonds sont adressés à : Tous les responsables
du département des sciences de la nature et de la vie pour leur entière.
Un très grand merci à l’ensemble du personnel du laboratoire et tous les employeurs de
l’hôpital ZERDANI SALAH d’Ain Beida, pour leurs aides, leurs conseils et pour leurs
complicités
Enfin nous remerciement tous ceux qui m’ont aidée de près ou de loin à la réalisation de ce
travail.
A CŒUR VAILLANT RIEN D’IMPOSSIBLE
A conscience tranquille tout est accecible
Quand il y a la soif d’apprendre
Tout vient à point à qui sait attendre
Quand il y a le souci de réaliser un dessein
Tous devient facile pour arriver à nos fins
Malgré les obstacles qui s’opposent
En dépit les difficultés qui s’interposent
Les études sont avant tout
Elles représentent la lumière de notre existence
L’Etoile brillante de notre réjouissance
Comme un vol de gerfauts hors de chamier natal
Nous partons ivres d’un rêve héroïque et brutal
Espérant des lendemains épiques
Un avenir glorieux et magique
Souhaitant que le fruit de nos efforts fournis
Jour et nuit, nous mènera vers le bonheur fleuri
Aujourd’hui, ici rassembles auprès des jurys,
Nous prions dieu que cette soutenance
Fera signe de persévérance
Et que nous serions enchantées par notre travail honoré
DEDICECE
Je dédie le fruit de ce travail
A mon très cher père :
Je te dis merci papa pour tout
Ce que tu as fait pour moi et mes frères et sœurs pour
Nous encourager dans les études financièrement avec la grâce de Dieu et moralement.
A ma très chère mère :
Les mots ne suffisent pas pour exprimer toute l’affection que
J’éprouve pour toi ; je te dois ma réussite,
Mon éducation, ma fierté. Tu m’as aimé très profondément et tu as été toujours une mère idéale.
Le plus Grand merci Dédicace à : mon père et ma mère, Merci et mille Merci.
A ma chère sœur :
« Amira », son mari « Amar » et ses filles « Hadil et Assil »
A mes chers frères :
« Aymen », sa femme « Sara » et leur fils « Anes »
Et surtout mon frère « Mouhamed »
A mon mari « Amine », ma 2eme mère « Fayza », et à toute la famille : Ababsa ; Remache et
Harnan
Je dédie ce travail aussi
A mes chères amies : « Fatma », « Nour », « Houda », « Asma », « dhikra», …
Et Surtout à ma binôme : belloulabochra
A tous mes collègues, A mes amis de Master 2.
Achwak
DEDICECE
A vous Allah Tout puissant Qui m’a inspiré Qui m’a guidé dans le bon chemin
Je vous dois ce que je suis devenu Louanges et remerciements Pour votre clémence
Et miséricorde
A Mon trésor Ma très chère Mère
A celle qui m’a donné la vie, qui a marqué chaque moment de mon existence avec son
intarissable tendresse, à celle à qui je dois le meilleur de moi même
Tu as veillé sur mon éducation et mon bien être avec amour, tendresse, dévouement et perfection.
Tu étais toujours mon refuge qui me prodiguait sérénité, soutien et conseil.
Tes prières m’ont été d’un grand soutien au cours de ce long parcours
Tu sais très bien que mon amour et mon respect pour toi sont sans limite et dépassent toute
description.
J’espère qu’en ce jour l’un de tes rêves se réalise à travers moi en concrétisant le fruit de tes
sacrifices.
A toi, je dédie ce travail en gage de mon amour et mon respect les plus profonds. Puisse Dieu te
préserver et faire de moi un fils à la hauteur de ton espérance.
Puisse Dieu tout puissant t’accorder longue vie, santé, bonheur pour que notre vie soit illuminée
pour toujours
L’homme de ma vie mon très cher Papa
A celui l'exemple du courage, du dévouement, de l’honnêteté, de la persévérance et du sacrifice.
Tu m’as appris comment affronter la vie, et c’est grâce à tes enseignements des valeurs et du
devoir que j’ai pu m’accomplir.
En ce jour ta fille espère réaliser l'un de tes plus grands rêves, et couronner tes années de sacrifice
et d’espoir.
Tu es toujours présent dans mon cœur, tu étais et tu resteras mon premier exemple
Aucun mot ne saurait exprimer ma reconnaissance et ma gratitude
à ton égard.
Pour tous tes encouragements, pour le réconfort qui n’ont cessé de m’épauler et pour tes prières
quand t’était au pèlerinage.
Je te dédie ce travail en témoignage de mon grand amour que je n'ai su exprimer avec les mots.
Puisse Dieu tout puissant t’accorder longue vie, santé et bonheur pour que notre vie soit illuminée
pour toujours.
A mes très chers frères les mots ne suffisent guère pour exprimer l’attachement, l’amour et
l’affection que je porte pour vous, vous avez été toujours présents pour les bons conseilles
A ma très chère sœur mon ange gardien et mon accompagnant dans les moments les plus délicats
de cette vie .
Et surtout à mes nièces et mes neveux que j’adore
J’espère avoir été à la hauteur de vos estimes
Que Dieu vous protège et vous accorde un brillant avenir avec une vie pleine de joie, de bonheur
et Succès.
A mes très chères copines mes mon âme sœur les personnes qui m’ont toujours aidé ,aimer et
encourager qui étaient toujours à mes coté durant toute mon chemin
A mon amie d’enfance ma sœur et non pas ma cousine
A ma très chère sœur et mon binôme ma belle
A tous les membres de la famille petits et grands
BOUCHRA
Liste des abbreviations
ADH Arginine décarboxylase GyrB La sous unité B de l’ADN gyrase
ADN Acide désoxyribonucléique KPC Klebseillapneumoniaecarbapénémase
Ampc Béta lactamase chromosomique LDC Lysine décarboxylase
API 20E Appareillage et procédé
d’identification LPS Lipo polysaccharide
ARNr Acide ribonucléique ribosomique Min Minute
B Béta Ml Millilitre
BCP Bromorésol pourpre ODC Ornithine Décarboxylase
BLSE Béta-lactamases à spectre etendu OMs Organisation mondial de la santé
C° Degré Celsis OXA Oxacillinase
CA-SFM Comité D’antibiogramme- Société
Française De Microbiologie % Pourcentage
C3G Céphalosporines de 3ème génération PARc Topoisomerase IV
CTx-M Céfotaxinase PLPs Protéine liant à la pénicilline
E.coli Escherichia coli R Résistanant
EMB Gélose éosine bleu de méthylène S Sensible
H Heure SHV Sulfhydryl variable
I Intermédiaires spp Especes
GN Gélose nutritive TEM Témoineira
GyrA La sous unité A de l’ADN gyrase Zn Zinc
Liste des tableaux
N° de
tableau Le titre des tableaux Page
1 Subdivisions hiérarchiques de classification des entérobactéries 4
2 Classification des entérobactéries les plus rencontres en pathologie
humain 4 Ŕ 5
3 Principales réactions de diagnostic utilisées pour la distinction des
principaux genres d’entérobactéries 7
4 Résistance naturelle chez les entérobactéries. 15
5 Les souches d’isolement clinique testées dans notre etude 30 Ŕ 31
6 Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour
les entérobactéries (CA-SFM-2010) 33
7 Les caractères culturaux des souches isolées 34
8 Résultats de l’examen microscopique 36
9 Résultat de la galerie biochimique 37
10 Résultats d’antibiogramme 40
Listes des figures
N° de
figure Le titre des tableaux Page
1 Mecanismes d’action des quinolones 25
2 Aspect macroscopique des souches isolées sur milieu BCP. 35
3 résultats de la galerie biochimique des souches . 39
4 Résultats de l’antibiogramme de la souche 01 (E.coli) 43
5 Résultats de l’antibiogramme de la souche 05 (Proteus) 43
6 Résultats de l’antibiogramme de la souche 06 (Enterobacter cloacae). 43
Introduction ………………………………………………………………………………………………………………………….……….…..……….( 01 )
Chapitre 01 : Recherche bibliographie
1. Historique ………………………………………………………………………………………………………….………………….……………...( 03 )
2. Définition …………………………………………………………………………………………………………………………..…..………..…...( 03 )
3. Habitats ……………………………………………………………………………………………………………………………………..………..( 03 )
4. Taxonomie ……………………………………………………………………………………………………………...………………….………( 04 )
5. Caractères biologiques ……………………………………………………………………….…………………………………………( 05 )
5.1. Caractères culturaux ………………………………………………………………………..……………...…………………………( 05 )
5.2. Caractères biochimiques …………………………………………………………………..……………………………………….( 06 )
5.3. Caractères antigéniques ……………………………………………………………………//………………………………….…( 07 )
6. Facteurs de virulence ……………………………………………………………………………..………………………………………( 08 )
7. Répartition clinique de la famille d’Enterobacteriaceae ……………………………………………………( 08 )
7.1. Escherichia ……………………………………………………………………………………………………………………………………( 08 )
7.2. Klebsiella ……………………………………………………………………………………………………………..…………………………( 09 )
7.3. Proteus ……………………………………………………………………………………………………………………………………………( 09 )
7.4. Shigella …………………………………………………………………………………………………………………..………………………( 09 )
7.5. Salmonella ……………………………………………………………………………………………………………..………………………( 10 )
7.6. Enterobacter ………………………………………………………………………………………………………….………………………( 10 )
7.7. Serratia ……………………………………………………………………………………………………………………...……………………( 10 )
7.8. Providencia ……………………………………………………………………………………………………………………………………( 10 )
7.9. Citrobacter …………………………………………………………………………………………………………..…………………………( 11 )
7.10. Morganella ……………………………………………………………………………………………………….…………………………( 11 )
7.11. Hafnia ………………………………………………………………………………………………………......………………………………( 11 )
7.12. Yersinia ………………………………………………………………………………………………...………………………………………( 11 )
8. Epidémiologie …………………………………………………………………………………….……………………………………………( 12 )
9. Les types de résistance des entérobactéries aux antibiotiques : …………………………………..…( 14 )
9.1. Résistance naturelle ………………………………………………………………………………………………………………...…( 14 )
9.2 Résistance acquise : ……………………………………………………………………………………………………….……………( 16 )
a) Résistance chromosomique : …………………………………………………………………………………………………...…( 16 )
b) La résistance extra-chromosomique ……………………………………………………………………………….………( 16 )
10. Résistance des entérobactéries aux bêta lactamines …………………………………………...……………( 16 )
10.1. Définition des béta lactamines …………………………………………………………………………..…………………( 16 )
10.2. La classification des béta-lactamine ……………………………………………………………..……………………( 17 )
10.3. Mode d’action des béta-lactamine …………………………………………………………...…………………………( 18 )
10.4. Les mécanismes de résistance des entérobactéries aux béta-lactamines ……..…………( 18 )
10.4.1. Résistance non enzymatique : …………………………………………………………………………..………………( 18 )
a) Modification de le cible protéines de liaison à la pénicilline (PLP) ………………………( 18 )
b) Diminution de la perméabilité ……………………………..……………………………………………..……..………( 18 )
c) Système d’efflux ………………………………………………………………………………………………………….…………( 19 )
10.4.2. Résistance enzymatique : ………………...…………………………………………………………………………………( 19 )
10.4.2.1. Production de Béta lactamase ………………………………………………………………………………………( 19 )
a) Définition de béta lactamase ……………………………………………………………………………………..…………( 19 )
b) classification de béta lactamases …...……………………………………………………………………………………( 19 )
c) Mode d’action de beta-lactamases …………………………………………………………………………..…………( 20 )
10.4.2.2. Les céphalosporinases ………………………………………………………………………………………….…..………( 20 )
10.4.2.3.β-lactamases à spectre étendu (BLSE) …………………………………………………………………...……( 21 )
10.4.2.4. Les carbapénèmases …………………………………………………………………………………………………………( 21 )
10.3. La résistance des entérobactéries aux aminoglycosides ………………………………………………( 21 )
10.3.1. Définition des aminosides ………………………………………………………………………………………………..…( 21 )
10.3.2. Classification des aminosides ……………………………………………………………………………………………( 22 )
10.3.3. Mode d’action des aminosides ……………………………………………………………………………………….…( 22 )
10.3.4. Les mécanismes de résistance des entérobactéries aux aminoglycosides …………...( 23 )
a) Modification de la cible biologique ………………………………………………………………………………………( 23 )
b) Pénétration cellulaire et pompes à efflux ………………………………………………………………………………( 23 )
c) Modification enzymatique ………………………………………………………………………………..…………………………( 24 )
10.4. La résistance des entérobactéries aux Les quinolones …………………………………………………( 24 )
10.4.1. Définition des quinolones ………………………………...…………………………………………………………………( 24 )
10.4.2. Classification des quinolones ………………………………………………………………….…………………………( 24 )
10.4.3. Mode d’action des quinolones ………………………………………………………………..…………………………( 25 )
10.4.4. Mécanisme de résistance ……………………………………………………………………………………………….……( 25 )
Chapitre 02 : Materiels et methods
1. Objectif de l’étude : …………………………………………………………………………………………………………………........…( 27 )
2. Isolement ………………………………………………………………………………………………………………………..……………………( 27 )
3. Identification des souches …………………………………………………………………………………………....…………………( 28 )
3.1.Etude macroscopique ………………………………………………………………………………………………………………….…( 28 )
3.2. Étude microscopique ………………………………………………………………………………………………………………….…( 28 )
3.3. Identification biochimique …………………………………………………………………………………………………….……( 28 )
3.3.1. Tests biochimiques …………………………………………………………………………………………………….……….………( 28 )
a. Test de l’oxydase ………………………………………………………………………………………………………………........…………( 28 )
b. Les tests de fermentation des sucres …………………………………………………………………………….….…………( 29 )
c. Test de fermentation du mannitol (Mannitol Mobilité) ……………………………………..…….……..……( 29 )
d. Test rouge de méthylène (RM) ………………………………………………………………………………..……………………( 29 )
e. Test Voges-Proskauer (VP) …………………………………………………………………………………..………………….……( 29 )
f. L’utilisation du citrate de Simmons ……………………………………………………………….……………………..……( 29 )
g. Les acides aminés …………………………………………………………………………………………………………………….…….…( 30 )
4.Détermination de la sensibilité aux antibiotiques ………………………………………………………………….…( 32 )
4.1. Principe ………………………………………………………………………………………………………………………………………….…( 32 )
4.2. Mode operatories ……………………………………………………………………………………………………………..…………..( 32 )
4.3. Lecture et interprétation ………………………………………………………………………………………………………….…( 32 )
Chapitre 03 : Résultats et discussions
1. Identification des souches isolées ………………………………………………………………………………………...…….…( 34 )
1.1. Caractères morphologiques et culturaux …………………………………………………………………….....…...…( 34 )
1.2.Identification biochimique des souches : ……………………………….………………………………….….…………( 37 )
2. Etude de la résistance aux antibiotiques ……………………………….…………………………………………………( 40 )
Conclusion
Reference bibliographiques
Annexe
Introduction
Introduction
1
Les entérobactéries forment une grande famille de bactéries de Gram négatif, d‘un intérêt
médical major du fait de leurs interventions dans la majorité des pathologies infectieuses
humaines et sont à l’origine de maladies de gravité très variable. Ces microorganismes sont
fréquemment impliqués dans les infections hospitalières et même au cours des infections
communautaires (septicémies, infections nosocomiales, méningites …). La diversité des
espèces de cette famille d’Enterobacteriaceae telles que Escherichia coli (E.coli), Klebsiella
pneumoniae (K.pneumoniae) ou encore Enterobacter cloacae (E.cloacae) est accompagnée
par une diversité de comportements vis-à-vis des antibiotiques traduisant des difficultés de
prise en charge liées principalement à leur résistance aux antibiotiques. (53) (25) (46) (5)
La résistance aux antibiotiques est un problème majeur de santé publique, en particulier
dans les pays où l'utilisation des antibiotiques n’est souvent pas contrôlée.Cependant, la
résistance bactérienne aux antibiotiques est en perpétuelle évolution, cette résistance est le
résultat d’interactions complexes entre la bactérie d’une part et son environnement d’autre
part, elle est liée essentiellement à un usage excessif des antibiotiques aussi bien en médecine
humaine, qu’en médecine vétérinaire ou dans l’alimentation animale. Les microorganismes
pour faire face à la pression de sélection exercée par les antibiotiques utilisent des parades
leur permettant de s’adapter aux conditions hostiles de leur environnement. (34)
Il existe de nombreux antibiotiques, qui peuvent être classés en familles selon leurs
modes d’action. Parmi ceux-ci, les bêta-lactamines (les pénèmes, les céphèmes, les
monobactames et les oxapènames) inhibent la synthèse de la paroi bactérienne, les quinolones
(quinolones et fluoroquinolones.) empêchent la réplication de l'ADN bactérien en bloquant
l'ADN gyrase et aussi les aminoside perturbent la synthèse protéique (29). L’usage intensif et
souvent abusif de ces antibiotiques a été rapidement suivi par l’apparition de souches
multirésistantes .La résistance aux β-lactamines chez les bacilles à Gram négatif est dominée
actuellement par la production de BLSE de type CTX-M et des carbapénémases de type KPC,
OXA et métallo-enzymes. Les gènes codant pour ces enzymes sont essentiellement localisés
sur des plasmides souvent associés à d’autres gènes de résistance aux autres classes
d’antibiotiques, ce qui conduit à une impasse thérapeutique. (13)
Devant cette situation mondiale qui constitue une menace majeure pour la santé
publique, des plans épidémiologiques de surveillance de la résistance aux antibiotiques sont
nécessaires pour mesurer l'évolution du phénomène et détecter les épidémies probables. Ces
actions visent notamment les antibiotiques considérés comme critiques, en raison de la forte
pression de sélection qu’ils induisent.
Introduction
2
Dans notre étude nous réalisons une étude épidémiologique afin d’évaluer le niveau de
résistance de la famille des entérobactéries dans le laboratoire de bactériologie au niveau de
l’hôpital zerdani Salah –Ain beida-
Ce manuscrit contiendra :
- Une première partie bibliographique sur la famille des entérobactéries, ses caractères
bactériologiques, son épidémiologie et ces caractères de résistance aux antibiotiques.
- Une deuxième partie qui présentera tous les outils et les méthodes expérimentaux.
- Une troisième partie consacrée à l’exposition des résultats et leur discussion.
- Une quatrième partie de conclusion.
Les principaux objectifs de cette étude sont :
L’isolement et l’identification des entérobactéries les plus fréquemment retrouvées
dans des prélèvements provenant des déférents services.
La détermination de leurs profils de résistance aux antibiotiques par antibiogramme.
La proposition des phénotypes de résistances aux B-lactamines .
Chapitre 1 :
Recherche
bibliographique
Chapitre 1 Recherche bibliographique
3
1. Historique
La naissance de la famille des Enterobacteriaceae se situe en 1937, lorsque Otto Rahn
proposa le genre Enterobacter pour regrouper des micro-organismes présentant des propriétés
biochimiques et morphologiques communes et parmi lesquelles on trouvait déjà des noms tels
que Escherichia, Salmonella, Klebseilla , Proteus, Serratia, ou Shigella. Deux années après
cette description qui concernait 112 espèces, ce nombre fut ramené à 67.
Avec les travaux de Don Brenner et de Patrick Grimont, cette famille a connu beaucoup de
nouveaux genres et d’espèces qui furent alors découvertes. En 1972, Edward et Ewing
intégraient 11 genres et 26 espèces dans la famille des Enterobacteriaceae. (29)
Une année après et jusqu’à actuellement, la famille des entérobactéries regroupe, 31 genres et
139 espèces (10).
2. Définition
Toutes les espèces de cette famille répondent à la définition générale suivante :
Ce sont des bacilles à Gram négatifs (2 à 4 microns de longue sur 0,4 à 0,6 microns de large) ;
oxydase négative ; catalase positive ; non sporulés, poussent sur milieux de culture ordinaires,
en aéro-anaérobies facultatifs et fermentant le glucose avec ou sans production de gaz.
(7)(22)(24)(52)(36)
3. Habitats
Les Entérobactéries sont des hôtes du tube digestif de l’homme et de nombreux animaux à
sang chaud (52) où ils sont retrouvés soit à l’état pathogène, soit à l’état commensal, bien
qu’ils soient également présents dans l’environnement. (7)
Chapitre 1 Recherche bibliographique
4
4. Taxonomie
Tableau 01 : Subdivisions hiérarchiques de classification des entérobactéries (Bergy’s)(10)
Rangs taxonomiques Classification
Domaine Bactéria
Embranchement Proteobacteria
Classe Gammaproteobacteria
Ordre Enterobacteriales
Famille Enterobacteriaceae
Les espèces les plus communément isolées en bactériologie clinique appartiennent à 12
genres :Citrobacter,Enterobacter,Escherichia, Hafnia,klebsiella, Morganella, Proteus, Provid
encia, Salmonella, serratia, Shigella et Yersinia présentés dans le tableau 02. (24)(46)
Tableau 02 : classification des entérobactéries les plus rencontres en pathologie humain (10)
Genre Espèces
Groupe1 Salmonella Salmonella typhi
Salmonella paratyphi
Salmonella entertidis
Groupe2
Escherichia Escherichia coli
Shigella Shigella dysenteriae
Shigella flexnerti
Shigella boydii
Shigella sonnei
Citrobacter Citrobacter freundii
Chapitre 1 Recherche bibliographique
5
Groupe3 Klebsiella Klebsiella pneumoniae
Klebsiella oxytoca
Enterobacter Enterobacter aerogenes
Enterobacter cloacae
Serratia Serratia marcescens
Hafnia Alvei
Morganella Morganella morganii
Groupe4 Proteus Proteus mirabilis
Proteus vulgaris
Providencia Provdencia alcalifaciens
Providencia rettgeri
Groupe5 Yersinia Yersinia enterolitica
Yersinia pseudotuberculosis
5. Caractères biologiques
5.1. Caractères culturaux
A l’exception de certaines bactéries exigeantes qui nécessite pour leur croissance un ou
plusieurs facteurs de croissance. Les entérobactéries poussent facilement sur les milieux
ordinaires (Gélose nutritive) ou milieux sélectifs des Gram négatifs (Mac Conkey, EMB…..)
en 24 heures à 37°C en aérobiose et en anaérobiose (36). On distingue les formes de colonies
suivantes :
Formes S (smooth) : aspect habituel hors l’organisme. Les colonies sont : rondes,
lisses, bombées, blanches voire translucides, brillantes et humides. Elles sont entre 2 et
4 mm de diamètre (Escherichia coli) (7) (15)
Formes R (rough) : les colonies sont : rugueuses, sèches, à contours plats réguliers et
de teinte mate (Citrobacter et enterobacter cloacae).
Chapitre 1 Recherche bibliographique
6
Colonies M (muqueuses) : grosses colonies ± confluentes (Klebsiella spp).
Colonies envahissantes ou nappantes : formation d’un tapis uniforme (Proteus).
(49)(47)
5.2. Caractères biochimiques
Les caractères d'identification sont essentiellement "biochimiques" et utilisent des tests qui
étudient le métabolisme protéique ou fermentation de sucre, certaines caractères biochimiques
peuvent être communs et d’autres peuvent être présents uniquement chez certaines espèces
(28)
Les principaux caractères biochimiques communs sont :
Fermentation du glucose avec ou sans production de gaz.
Réduction des nitrates en nitrites.
Oxydase négative.
Catalase positive.
Aérobies-anaérobies facultatifs.
Les caractères de différenciation sont :
Les caractères biochimiques de différentiation utilisent des tests qui étudient :
Le métabolisme protéique (Par exemple : présence d’uréase, production d’indole,
dégradation du tryptophane).
La fermentation des sucres (Par exemple : glucose, lactose, saccharose).
La capacité d’utiliser le citrate comme seule source de carbone.
La production d’enzymes (décarboxylases, désaminases).
La production d’hydrogène sulfuré.
Chapitre 1 Recherche bibliographique
7
Tableau 03 : Principales réactions de diagnostic utilisées pour la distinction des principaux
genres d’entérobactéries. (30)(53)
Genre Lactose H2S
(TSI) Uréase VP Indole Mobilité
Gaz sur
glucose B-galactosidase
Escherichia + - - - + +ou- + +
Enterobacter + - - + - + + +
Shigella - - - - +ou- - - +ou-
Salmonella - + - - - + + +ou-
Klebsiella + - + +ou- - - + +
Citrobacter + +ou- - - - + + +
Proteus - +ou- + - +ou- + +ou- -
Providensia - - - - + + - -
Yersinia - - + - - + - +
Hafnia - - - + - + + +ou-
Serratia - - - + - + +
Morganella - - + - + +
5.3. Caractères antigéniques
Au sein de chaque genre, on individualise des espèces, par l'étude des caractères biochimiques
ou antigéniques. Les entérobactéries possèdent différents antigènes :
Antigènes O ou somatiques : correspondent aux polyosides fixés sur les
lipopolysaccharides (LPS), ils sont thermostables et résistent à l’alcool (les shigelles).
Antigènes H ou antigènes flagellaires : n’existent que chez les souches mobiles
(Escherichia).
Antigène K : antigène capsulaire (Klebsiella, certaines souches d’E. coli, Shigella,
Citrobacter et Salmonella « antigène Vi ») (28) (53).
Antigène de Kunin ou (ECA) : constitué d'un glycophospholipide spécifique des
entérobactéries (Yersinia) (49).
Antigènes d’adhérence ou adhésines : de nature protéique, portés par des pili communs.
(8)
Chapitre 1 Recherche bibliographique
8
6. Facteurs de virulence
La définition des facteurs de virulence et la compréhension des mécanismes impliqués dans le
pouvoir pathogène des souches d’entérobactéries sont des préalables indispensables à
l’évaluation du risque pour la santé publique lié à l’existence de ces pathogènes. (59)
Les souches pathogènes diffèrent des souches commensales par l’expression de facteurs de
virulence dont les gènes sont le plus souvent situés sur des plasmides. On distingue :
Antigènes d’adhésion ou adhésines : représentés par les fimbriae qui permettent à la
bactérie d’adhérer aux cellules (urinaires, entérocytes). L'adhérence constitue une étape
essentielle de la pathogenèse des infections dues aux bactéries entériques (53).
Toxines : Il existe de nombreux types des toxines, certaines sont voisines de celles des
Shigelles, d’autres de celles du vibrion cholérique.
Enzymes inactivant les antibiotiques : qui confèrent un mécanisme de résistance aux
bactéries. Les plus connues sont les bêta-lactamases (pénicillinases, céphalosporinases)
et les enzymes inactivant les aminosides. (10)
La capsule : selon la spécificité des polysaccharides capsulaires l’antigène K 77
Sérotypes ont été déterminés, différentes études montrent que l’hyper glycémie semble
constituer un facteur favorisant la formation de la capsule et donc la virulence du germe.
La capsule représente l’un des facteurs de virulence chez Klebsiella et certaines souches
d’E. coli. (65)
7. Répartition clinique de la famille d’Enterobacteriaceae
7.1. Escherichia
Les bactéries du genre Escherichia sont des bacilles non halophiles et non sporulée.
Escherichia est constitué notamment par cinq autres espèces en plus d’Escherichia coli qui est
un membre du groupe des coliformes. (15)
Hôte normal de l’intestin de l’homme et des animaux, c’est l’espèce aérobie la plus
représentée dans le tube digestif. (47)(45). Escherichia est la cause majeure des maladies
diarrhéique, de pritonite, de colite, de bactériémie, de mortalité infantile et d’infections des
voies urinaires. (56) C’est l’espèce la plus souvent associée aux infections sanguines et
urinaires. (15)
Chapitre 1 Recherche bibliographique
9
7.2. Klebsiella
Les Klebsiella sont des entérobactéries immobiles et capsulées. Elles expriment des antigènes
K, capsulaires utilisables comme marqueurs épidémiologiques, On distingue 5 espèces dans le
genre qu'on peut différencier par des caractères biochimiques. Klebsiella pneumoniae est la
plus fréquemment retrouvée en clinique humaine (53)(47).
Ce sont des commensaux du tube digestif des animaux et de l'homme qui peut également en
héberger dans l'oropharynx.
Klebsiella est la cause des maladies d’infections urinaires au 2éme rang après E. coli,
d'infections respiratoires, de bactériémies et d'infections neuro-méningées post traumatiques
ou post-chirurgicales. (53)
7.3. Proteus
Les espèces du genre Proteus sont des bactéries très mobiles, qui se distinguent facilement
des autres entérobactéries par leurs caractères biochimiques (uréase, tryptophane
désaminase+) et largement distribués dans l'environnement naturel, y compris l'eau pollué, le
sol, le fumier et également présents dans le tube digestif de l’homme et des animaux. Ces
bactéries sont impliquées dans la décomposition de la matière organique d'origine animale.
C’est une espèce bactérienne sensible aux antibiotiques (25)(39).
le genre Proteus rassemble cinq espèces, Proteus mirabilis est l’espèce la plus fréquemment
isolée de prélèvements cliniques. (50)
Elles sont des pathogènes opportunistes, provoquant différents types d’infections : entérites,
cystites, otites et méningites du nouveau-né. Ces infections sont de plus en plus fréquentes.
(47)(25)
7.4. Shigella
Les Shigella sont des entérobactéries immobiles extrêmement proches d’Escherichia coli. Ce
sont des parasites intestinaux rencontrés seulement chez l'homme, On ne les retrouve que chez
les malades (47). Il existe 4 espèces : Shigella dysenteriae, Shigella flexneri, Shigella boydi et
Shigella sonnei. (50)
Elles sont des pathogènes pour l’intestin dont l’ingestion provoque une infection intestinale
(infection du tube digestif) (12), et entraîne une colite infectieuse endémo-épidémique et la
dysenterie bacillaire (shigellose) (7).
Chapitre 1 Recherche bibliographique
10
7.5. Salmonella
Les Salmonella sont des parasites de l'homme, des mammifères, des oiseaux, et des animaux à
sang froid. Le genre Salmonella comporte une seule espèce, Salmonella enterica. Cette espèce
comprend 7 sous-espèces différenciées par leurs biotypes. Les salmonelles sont
responsables après pénétration de nombreuses infections notamment des fièvres typhoïde et
paratyphoïdes qui représentent une cause majeure de diarrhées avec un taux important de
mortalité infantile, des gastro-entérites et des toxi-infections alimentaires collectives. (7)(50).
7.6. Enterobacter
Les espèces du genre Enterobacter peuvent être trouvées dans l’environnement (l’eau, sol), et
sont également des commensaux du tube digestif. Ce sont des pathogènes opportunistes
responsables d'infections nosocomiales diverses y compris les infections urinaires, de
bactériémies, de méningites ou de suppurations diverses en milieu hospitalier surtout. Ce
genre comporte 29 espèces. Enterobacter claocae est l'espèce type. (32) (53)(23)
7.7. Serratia
Ce genre comporte dix espèces dont Serratia marcescens est l’espèce type et la plus
fréquemment isolée chez l'homme. Les autres espèces sont des bactéries de l'environnement.
Elles sont très protéolytiques et liquéfient la gélatine, et elles produisent une lipase. Serratia
marcescens se comporte comme un pathogène opportuniste responsable, à l'hôpital,
d'infections nosocomiales, surtout urinaires. (53)
7.8. Providencia
Ce genre contient plusieurs espèces dont l’espèce type est Providencia rettgeri. (47)(50)
Elles sont des hôtes normaux du tube digestif de l’homme et des animaux.
Certaines espèces (Providencia stuartii et Providencia alcalifaciens) sont considérées comme
des pathogènes opportunistes, et ont été isolés à partir de cas cliniques chez les humains et les
animaux. Ces bactéries causent des infections urinaires, entérites, cystites, otites et
méningites. Ces infections sont de plus en plus fréquentes.
Chapitre 1 Recherche bibliographique
11
7.9. Citrobacter
Le genre Citrobacter comporte 11 espèces. L’espèce type est Citrobacter freundii (32). Elles
utilisent généralement le citrate comme seule source de carbone, et sont présentes dans
l’environnement et dans l’intestin de l’homme et de l’animale.
Elles sont des pathogènes opportunistes responsables de gastroentérites et d’infections
nosocomiales à l’hôpital. (2) (32)
7.10. Morganella
Le genre Morganella se compose actuellement d'une seule espèce, Morganella morganii,
avec deux sous-espèces, M.morganii ssp Morganii et M.morganii ssp Sibonii. Elle se trouve
normalement dans le sol, l'eau et les eaux usées. Les souches de M. morganii sont connues
pour infecter le tractus urinaire humain, le système respiratoire et le sang. (25)
7.11. Hafnia
Hafnia alvei peut être isolée des matières fécales chez des individus apparemment en bonne
santé, ainsi que des mammifères, des oiseaux, des reptiles et des poissons. Elle peut
également être isolée de diverses sources environnementales. H. alvei cause principalement
des gastro-entérites, des infections opportunistes, des septicémies, des méningites, des
péritonites, des pneumonies et des infections urinaires. (32)
7.12. Yersinia
Ce genre est actuellement composé de 11 espèces, l’espèce type est Yersinia pestis.
Yersinia est un parasite des animaux et de l’homme, agent de la peste animale et humaine
(32). Elle est responsable d'entérocolite chez le jeune enfant, d’adénite mésentérique chez
l'adolescent et l'adulte jeune. (52)
Chapitre 1 Recherche bibliographique
12
8. Epidémiologie
Les entérobactéries représentent la flore endogène de l’intestin, Elles sont à l’origine d’un
grand nombre d’infections communautaires et nosocomiales (54).Ces infections sont causées
essentiellement par E. coli, Proteus et Klebsiella pneumoniae.
Une infection nosocomiale est une infection survenant plus de 48 heures après l’admission
hospitalière, les services les plus concernés sont : le service de réanimation, service des
brulés, service de Chirurgie et service d’hématologie (10), dans ce dernier environ 35 % des
bactériémies d’origine nosocomiale et plus de 50 % des bactériémies d’origine
communautaire, recensées en France en 2002 étaient dues à des entérobactéries. (29)
Dix à 35 % des entérobactéries nosocomiales sont capables de développer des résistances à
plusieurs familles d’antibiotiques par production de béta-lactamases à spectre large et/ou
acquisition de nouveaux modes de résistance. Cependant, depuis quelques années, ces
entérobactéries multirésistantes ont également pu être isolées en dehors de l’hôpital : en 2006,
elles représentaient moins de 5 % des entérobactéries communautaires (29)
Dans le monde, on constate des fréquences vastes de résistances aux quinolones. Chez les
entérobactéries d’origine communautaires et nosocomiales, le taux est supérieur à 50 %,
particulièrement en Asie. Cependant, cette résistance est plus fréquente chez les
entérobactéries résistantes aux C3G (14)
En Algérie ,les infections urinaires à entérobactéries productrices de bêta lactamases à spectre
élargi (E-BLSE) constituent un risque infectieux, un enjeu thérapeutique de taille et peuvent
même conduire dans certains cas à des impasses du fait de leur multi-résistante aux
antibiotiques. Il s'agit d'une étude rétrospective sur une période de trois ans (du 1er
janvier
2013 au 31 décembre 2015) concernant toutes les souches d'E-BLSE isolées de tous les
ECBU traités au laboratoire de microbiologie de à l'Hôpital Militaire Moulay Ismail de
Meknès. La culture a été faite selon les techniques usuelles, et l'antibiogramme a été réalisé
par méthode de disque diffusion sous gélose Muller-Hinton selon les recommandations du
Comité de l'antibiogramme de la Société française de microbiologie CA-SFM 2013/2014.
L’étude du profile épidémiologique permis de noter une importante prévalence globale
d'isolement des E-BLSE (12.2%), particulièrement chez les patients hospitalisés (54.8%) dont
la plus grande prévalence (72%) a été enregistrée dans le service d'urologie. Parmi ces E-
Chapitre 1 Recherche bibliographique
13
BLSE Escherichia coli constitue la majorité (61%) des isolats, cependant au sein de la même
espèce Klebsiella pneumoniae est le plus producteur de BLSE (25.8%). L'étude de
l'antibiorésistance des E-BLSE durant ces trois ans a mis en évidence des co-résistances à la
ciprofloxacine (92.5%), au sulfametoxazoletrimethoprime (88,4%), à la gentamycine (67,2%).
Globalement nos résultats sont en accord avec les données des autres pays méditerranéens
exception faite pour l'amikacine dont la résistance est très basse (6.1%) dans notre étude.
Cette étude a montré que la prévalence des E-BLSE en milieu hospitalier est importante et
que sa diffusion en milieu communautaire est un fait préoccupant. Ces E-BLSE sont
généralement résistantes aux antibiotiques, notamment des aux molécules utiles en urologie
(57)
En Tunisie une étude des mécanismes responsables de la résistance aux carbapénèmes chez
les K. pneumoniae non producteurs de carbapénémases (NCPK) a été réaliser , Toutes les
entérobactéries résistantes aux carbapénèmes (CRE) à l'hôpital Charles Nicolle (Tunis,
Tunisie) ont été collectées sur une période de 6 ans (2010-2015). Parmi les 334 souches CRE
collectées, 44 (13,2%) étaient NCPK. Les gammes de CMI pour l'ertapénem, l'imipénem et le
méropénem étaient de 1 à> 32 mg / L, 0,125-8 mg / L et 0,125-32 mg / L, respectivement.
Toutes les souches présentaient un phénotype multirésistant (MDR) et étaient négatives pour
l'activité carbapénémase. Aucun des gènes de carbapénémase recherchés n'a été trouvé. La
production de BLSE a été confirmée dans tous les isolats sauf un [CTX-M-15 (n = 39) et
SHV-5 (n = 4)].
Une Étudie de la résistance aux carbapénèmes chez les Enterobacteriaceae et les mécanismes
de résistance sous-jacents au nord du Liban entre 2008 et 2012.Un total de 2767 isolats
d'entérobactéries récupérés à partir d'échantillons cliniques prélevés à l'hôpital de Nini (nord
du Liban) ont été testés pour une diminution de la sensibilité ou de la résistance à
l'ertapénème (CMI> 0,25 mg / L). Les entérobactéries ont été testées de manière similaire à
partir de 183 échantillons fécaux prélevés sur des patients non hospitalisés. Les isolats
bactériens ont été attribués à des lignées clonales par PFGE et typage de séquence multilocus.
Les gènes de la carbapénémase, leur environnement génétique et les gènes de virulence ont
été caractérisés par des approches moléculaires. Le taux d'entérobactéries présentant une
diminution de la sensibilité ou de la résistance à l'ertapénème est passé de 0,4% en 2008-10 à
1,6% en 2012 pour les isolats cliniques récupérés sur des patients hospitalisés. Parmi ces
isolats, dispersés parmi sept espèces d'entérobactéries, 88% ont produit de l'OXA-48
carbapénémase. Cependant, Escherichia coli représentait 73% des Enterobacteriaceae
Chapitre 1 Recherche bibliographique
14
productrices d'OXA-48 collectées en 2012 dans cet hôpital. Lors de l'étude de portage fécal
réalisée chez des patients non hospitalisés, E. coli était la seule espèce produisant de l'OXA-
48. Le gène Bla (OXA-48) a été principalement trouvé dans les transposons de type Tn1999.2
insérés dans les chromosomes d'E. Coli ou dans les plasmides ∼50, ∼62 ou ∼85 kb. Les
plasmides et les inserts chromosomiques étaient liés à pOXA-48a. Le typage moléculaire des
isolats a révélé une diversité clonale d'E. Coli et de Klebsiella pneumoniae produisant OXA-
48. OXA-48 a été observé dans tous les principaux phylogroupes d'E. Coli, y compris D et
B2, et des isolats contenant des gènes de virulence d'E. Coli pathogènes extra-intestinaux.
Bien que n'appartenant pas à des génotypes capsulaires hautement virulents, K. pneumoniae,
producteur d'OXA-48, abritait des gènes associés à la virulence ou à la colonisation de l'hôte.
Conclusions: Le transfert horizontal de plasmides apparentés a facilité la propagation du gène
bla (OXA-48) dans plusieurs espèces d'Enterobacteriaceae, y compris E. coli virulent. Leur
diversité clonale et la présence de porteurs fécaux dans la communauté suggèrent une
propagation endémique d'OXA-48
9. Les types de résistance des entérobactéries aux antibiotiques :
Un antibiotique est une substance antibactérienne d’origine naturelle ou synthétique produite
par des bactéries ou des champignons, ayant la capacité d'arrêter la multiplication des
bactéries, mais également d’autres agents infectieux. La découverte des antibiotiques a permis
de lutter efficacement contre plusieurs types d’infections bactériennes (48). Cependant peu de
temps après, ces bactéries ont pu s’adapter aux antibiotiques et devenir résistantes. (9). On
distingue deux types de résistance bactérienne, la résistance naturelle et la résistance acquise.
9.1. Résistance naturelle
La résistance naturelle à un antibiotique donné est un caractère présent chez toutes les souches
de la même espèce. L’expression d’un caractère inné, héréditaire et transmissible
verticalement à la descendance partagée par l’ensemble de la communauté bactérienne. (36)
La résistance naturelle est permanente, stable mais elle n’est pas transférable d’une bactérie à
une autre (42). Les espèces de la famille des entérobactéries ont des profils de résistance
naturelle plus au moins différents. Les quelques souches apparemment sensibles aux
antibiotiques auxquels l’espèce est naturellement résistante devraient donc être interprétées
«R ». (59)
Chapitre 1 Recherche bibliographique
15
Tableau 04. Résistance naturelle chez les entérobactéries. (59)
Espèces AMP AMC TIC/
PIP C1G FOX CXM GEN TOB TET TIG COL NIT
C.freundii,
C.braakii,
C.murliniae,
C.werkmanii,
C. youngae
R R R R
C.amalonaticus,
C.sedlakii,
C. farmeri,
C. rodentium
R R R R
E. aerogenes R R R R
E. cloacae complex R R R R R*
E. hermannii R R
H.alvei,
H. paraalvei R R R R
Klebsiella spp ,
Raoultella spp ,
C. koseri
R R
M. morganii R R R R R R R
P. mirabilis R R R R
P. vulgaris,
P. penneri R R R R R R R
P. rettgeri R R R R R R R R
P. stuartii R R R R R R R R R R
S. marcescens R R R R R R R R R
Y.Enterocolitica R R R R R
R, résistant ; R*, résistance hétérogène observée dans plusieurs sous-groupes phylogénétiques
AMP, ampicilline ; AMC, amoxicilline-acide clavulanique ; TIC, ticarcilline ; PIP,
piperacilline; C1G,céphalosporine de première génération : céfazoline, céfalotine, céfalexine,
céfadroxil ; FOX, cefoxitine ; CXM, céfuroxime ; TET, tétracycline ; TIG, tigécycline ; COL,
colistine ; NIT, nitrofuranes
Chapitre 1 Recherche bibliographique
16
9.2 Résistance acquise :
Il s’agit d’un caractère qui ne concerne alors que quelques (ou parfois de nombreuses)
souches d’une espèce donnée. C’est une résistance qui résulte d’une modification génétique
par mutation ou par l’acquisition de matériel génétique étranger, lui permettant de tolérer une
concentration d’antibiotique plus élevée que celle qui inhibe les souches sensibles de la même
espèce. Elle est moins stable, mais elle se propage souvent de façon importante dans le monde
bactérien. (26)(7) Cette acquisition résulte de deux mécanismes génétiques :
a) Résistance chromosomique :
La résistance dépend d’une mutation au niveau du chromosome bactérien. Elle est rare,
spontanée, stable, indépendante de l’antibiotique (spécifique), Cette mutation aura pour
conséquence la modification ou la perte d’un gène pouvant entraîner soit une modification de
la perméabilité à un ou plusieurs antibiotiques soit une modification de la cible pariétale ou
intracellulaire de l’antibiotique (48)
b) La résistance extra-chromosomique
Ce type de résistance procède de l’acquisition de gènes de résistances par l’intermédiaire d’un
plasmide, un transposon ou un intégrant acquis par conjugaison ou plus rarement par
transduction, ou transformation. Cette résistance est multiple (elle peut conférer à la bactérie
la résistance à plusieurs antibiotiques d’une même famille ou de familles différentes) et
transférable entre bactéries de la même espèce ou de genres différents. (10)
10. Résistance des entérobactéries aux bêta lactamines
10.1. Définition des béta lactamines
Les bêta-lactamines sont des composés naturels à activité antibiotique produits à l’origine par
certaines espèces bactériennes et fongiques. (68)
L’ensemble des bêta-lactamines forme une large classe d’antibiotiques qui comprend les
dérivés de la pénicilline, les céphalosporines, les monobactames, les carbapénèmes et les
inhibiteurs de bêta- lactamases. Ces molécules contiennent toutes un noyau bêta-lactame dans
leur structure moléculaire, et ce noyau confère à la molécule son activité antibiotique. (6)
Chapitre 1 Recherche bibliographique
17
10.2. La classification des béta-lactamine
Les antibiotiques de la famille des bêta-lactamines sont classés en quatre sous classes :
pénicillines, céphalosporines, carbapénèmes et monobactames selon leur structure chimique et
leur activité antimicrobienne (68) :
Les pénicillines
Également appelées pénames comportent un noyau thiazolidine à côté du cycle bêta-lactame.
Selon la nature des chaînes latérales (19), on distingue différents sous-groupes de pénicilline :
pénicilline G, pénicilline M, pénicilline A, pénicilline V, carboxy- pénicilline et uréido-
pénicillines. (7) Ils sont activent sur les coques et les bacilles GRAM négatif. (31)
Les céphalosporines
Comportent un noyau céphème, constituées de 4 générations : la première (céfalotine,
céfaloridine…), la deuxième (céfamandole, céfoxitine…), la troisième (céfotaxime,
ceftazidime…) et la quatrième génération (céfépime, cefpirome….).les céphalosporines sont
actives sur quelques bacilles à GRAM négatif .(E. coli, Proteus Mirabilis, Klebsiella) (8)
Les carbapénèmes
Les carbapénèmes sont les béta-lactamines souvent utilisées en dernier recours dans le
traitement des infections à bacilles à Gram négatif multirésistants, Contiennent un noyau dit
pénème. Les carbapénèmes demeurent les béta-lactamines dont le spectre d’activité est le plus
large (43)
Les monobactames
Les monobactames sont des béta -lactames monocycliques. Ils comportent le noyau azétidine
substitué par une fonction sulfonate (SO3-). Leur structure monocyclique les différencie des
pénicillines et des céphalosporines présentant une structure bicyclique. Les monobactames
sont inactifs sur les bactéries Gram positif et les anaérobies. Par contre, ils sont très actifs sur
les entérobactéries et sur Pseudomonas aeroginosa. (11) De plus, les monobactames
constituent les seules β-lactamines non hydrolysées par la métallo- β-lactamases. (7)
Chapitre 1 Recherche bibliographique
18
10.3. Mode d’action des béta-lactamine
Les bêta-lactamines agissent en se fixant sur des enzymes présents dans la synthèse de la
paroi bactérienne. L’inhibition de ces enzymes fait accumuler des précurseurs du
peptidoglycane qui activent le système autolytique de la bactérie, c’est-à-dire Les bêta-
lactamines inhibent la synthèse de la paroi bactérienne. (8)
10.4. Les mécanismes de résistance des entérobactéries aux béta-lactamines
Les entérobactéries utilisent différents mécanismes pour développer une résistance aux
β-lactamines.
10.4.1. Résistance non enzymatique :
a) Modification de le cible protéines de liaison à la pénicilline (PLP)
La résistance aux β-lactamines, conférée par les PLPs (protéine liant à la pénicilline), chez les
bactéries à Gram négatif joue un rôle mineur dans la résistance comparativement aux
bactéries à Gram positif. Cette résistance peut avoir lieu par des mutations dans les gènes
chromosomiques codant pour les PLPs ou par l'acquisition de gènes étrangers codant pour des
nouveaux PLPs ayant une affinité différente aux β- lactamines (12)
b) Diminution de la perméabilité
La pénétration des β-lactamines, molécules hydrophiles, à travers la membrane externe
s’effectue à travers les porines qui sont des canaux protéiques remplis d’eau. Ainsi, la
sensibilité aux β-lactamines dépend du nombre de porines fonctionnelles. L’altération des
porines par mutation est à l’origine de résistances acquises aux β lactamines, soit par une
modification structurale d’une porine essentielle, ce qui a été décrit chez E. coli avec la porine
OMPx, soit par une diminution quantitative des porines, qui est la situation la plus fréquente.
(34)
Chapitre 1 Recherche bibliographique
19
c) Système d’efflux
Il s’agit d’un système actif reposant sur la présence de protéines particulières jouant le rôle de
pompe permettant l’expulsion des molécules nocives pour la bactérie, dont les antibiotiques y
compris les beta lactamines, dès qu’ils pénètrent dans la cellule bactérienne. Cela entraîne
une diminution de la quantité d’antibiotique atteignant la cible. La résistance par efflux est
souvent associée à une imperméabilité par altération des porines. (35)
10.4.2. Résistance enzymatique :
10.4.2.1. Production de Béta lactamase
La résistance aux beta lactamine est basée sur la production d’enzymes appelées béta-
lactamases. Cette résistance peut être naturelle (béta lactamase chez Klebsiella spp) ou
acquise.(21)
a) Définition de béta lactamase
Les β-lactamases sont des enzymes bactériennes qui hydrolysent la liaison amide du cycle β-
lactame inactivant les β-lactamines (55). Ces enzymes sont sécrétées dans le milieu de
culture ou dans le périplasme respectivement par les bactéries à Gram+ ou Gram–. (44).
b) classification de béta lactamases
Les beta lactamases sont nombreuses. Elles sont classées actuellement en fonction de leurs
substrats, ainsi que leur sensibilité aux inhibiteurs des béta lactamases. Les deux
classifications couramment utilisées sont :
Celle d’Ambler (structurale) les divisent en quatre classes A, C, D qui sont des
enzymes à serine active, et de classe B qui sont des métallo-enzymes nécessitant des
ions Zn2+.
Classe moléculaire A (comprenant les familles TEM, SHV et CTX-M)
Classe moléculaire B (comprend des métallo-béta lactamase)
Classe moléculaire C (AmpC)
Classe moléculaire D (OXA)
Celle de Bush, Jacoby et Medeiros (fonctionnelle). (41)(55) (35)
Chapitre 1 Recherche bibliographique
20
c) Mode d’action de beta-lactamases
Les β-lactamases catalysent de manière efficace et irréversible l'hydrolyse du pont amide de
l'anneau β- Lactame des pénicillines, des céphalosporines, des monobactames et des
carbapénèmes ; pour donner un acylenzyme qui sera ensuite dégradé en acide inactif. Ainsi,
les pénicillines sont dégradées en acide pénicilloïque et les céphalosporines en acide
céphalosporoïque (24). Entraînant ainsi l’inactivation de l’antibiotique
10.4.2.2. Les céphalosporinases
Sont des β-lactamases de la classe C (AmpC), codées par des gènes chromosomiques ou
plasmidiques.
Ces céphalosporinases sont cliniquement importantes chez :
Citrobacter freundii : est naturellement résistant à l’amoxicilline-clavulanate, et à la
céfoxitine par production des béta-lactamases chromosomique de la classe C
Enterobacter spp : sont naturellement résistant à l’amoxicilline-clavulanate ;
l’amoxicilline ; céphalotine et à la céfoxitine par production des béta-lactamases
chromosomique de la classe C
E coli ; Morganella morganii, Klebsiella (oxytoca et pnomoniae) ; providencia
stuartii ; proteus vulgaris ; Serratia marcescens; productrices des béta lactamase
chromosomique certaines de classe A et d’autre de classe C (Les premières souches
cliniques de Klebsiella pneumoniae ayant acquis un plasmide codant pour une β-
lactamase de classe C sont décrites en 1988)
Selmonella et proteus mirabilis pas de céfalosporinase chromosomique de classe C
Ces enzymes sont capables d’hydrolyser les céphalosporines y compris les céphamycines
(céfoxitine) ainsi que les pénicillines, mais pas la céfépime. Ces β-lactamases sont résistantes
aux inhibiteurs de β-lactamases. (25) (66)
Chapitre 1 Recherche bibliographique
21
10.4.2.3.β-lactamases à spectre étendu (BLSE)
Les BLSE sont définies comme des enzymes appartenant à la classe A (À l’exception des
BLSE de type OXA classe D) de la classification d’Ambler. Capables d’hydrolyser les
pénicillines, céphalosporines (10).
Elles sont inhibées in vitro par les inhibiteurs des β-lactamases (acide clavulanique,
tazobactam et sulbactam) Par contre, les BLSE sont sensibles aux céphamycines (céfotétan et
cefoxitine) ainsi qu’aux carbapénèmes. Elles sont classées selon leurs types moléculaires, les
plus fréquents étant les types TEM, SHV, CTX-M (8)
10.4.2.4. Les carbapénèmases
Enzymes capables d’hydrolyser le cycle β-lactame des β-lactamines. Elles hydrolysent les
carbapénèmes, avec une plus ou moins grande efficacité, l’hydrolyse des autres β-lactamines
étant variable, en fonction du type d’enzyme. Les carbapénèmases sont des β-lactamases de
classes A, B ou D.
Exemple : Les carbapénèmases de type KPC décrites tout d’abord aux États-Unis chez
Klebsiella pneumoniae ont maintenant une diffusion mondiale. KPC un gène (augmentant la
résistance) responsable de plusieurs épidémies dans le monde (5)
10.3. La résistance des entérobactéries aux aminoglycosides
10.3.1. Définition des aminosides
Les antibiotiques aminosidiques ou aminoglycosides sont des molécules de petite taille,
présente un large spectre, bactéricide. La cible principale des aminosides est le ribosome, ils
agissent en inhibant la synthèse protéique des bactéries par fixation sur le ribosome 30S.
Ils sont constitués de plusieurs cycles substitués par des fonctions notamment amines dont
certains sont des cycles sucrés. Les aminosides sont inactifs sur les bactéries anaérobies
strictes (7) (44)
Chapitre 1 Recherche bibliographique
22
10.3.2. Classification des aminosides
Ils ont été séparés en trois classes selon la position des sucres fixés sur le cycle
désoxystreptamine.
La première étant composée de ceux qui sont liés à l’unité 2-désoxystreptamine de
façon 4-5
par des unités saccharides : néomycine, paromomycine, lividomycine, ribostamycine
et butyrosine
La deuxième classe est celle composée de ceux qui sont liés de façon 4-6 à unité 2-
désoxystreptamine : kanamycine, tobramycine, dibékacine et amikacine,
gentamicine, sisomicine et nétilmicine
Et finalement les aminoglycosides considérés comme atypiques constituent la
troisième classe :spectinomycine, apramycine, fortimicines, kasugamycine ces
trois derniers ne sont pas utilisés en thérapeutique humaine (7)(3)
10.3.3. Mode d’action des aminosides
Les aminosides se fixent sur la fraction 30S du ribosome et perturbent la lecture du code lors
de la synthèse des protéines. Il en résulte une altération de la synthèse protéique, soit en
inhibant la traduction, soit en induisant des erreurs de lecture du code génétique : ce qui
entraîne la synthèse de protéines anormales incompatibles avec la vie de la cellule
bactérienne. (4)
Chapitre 1 Recherche bibliographique
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10.3.4. Les mécanismes de résistance des entérobactéries aux aminoglycosides
Les bactéries ont développé trois stratégies efficaces leur permettant de résister aux
traitements antibiotiques par aminosides :
a) Modification de la cible biologique
Les ribosomes sont le lieu de la synthèse protéique. Ils peuvent être altérés dans leur
structure et leur fonctionnement par la fixation d'un antibiotique.
Une modification de la cible ribosomale acquise par mutation diminue l'affinité du
site de fixation de l'antibiotique et rend la bactérie résistante. Ce mécanisme est
responsable de la résistance aux tétracyclines, aux macrolides et lincosamindes,
aux phénicoles, et plus rarement aux aminosides.les aminoglycosides antibiotiques
interagissent avec le ribosome bactérien lors de la synthèse protéique. (67)
la modification de la cible par méthylation post-transcriptionnelle de l’ARNr 16s
au niveau du site de laissions des aminosides est émergeant chez les
entérobactéries particulièrement enterobacter .
b) Pénétration cellulaire et pompes à efflux
Pour qu’un aminoglycoside antibiotique soit actif, il doit être en mesure de pénétrer
efficacement la paroi cellulaire de la bactérie pour aller se lier au ribosome. Pour qu’il
traverse la paroi, celle-ci doit avoir un potentiel électrique. Le potentiel de la paroi cellulaire
est généré en grande partie par la respiration cellulaire. Les bactéries à Gram négatif
possèdent des pompes à efflux qui se chargent de diminuer la concentration intracellulaire. La
présence de pompes leur confère une résistance à plusieurs aminoglycosides. (3)
Il Ya des principales pompes à efflux y a compris la pompe AcrD chez Escherichia coli
Chapitre 1 Recherche bibliographique
24
c) Modification enzymatique
Mécanisme le plus fréquent. Les enzymes inactivatrices sont des gènes situés sur des
plasmides autotransférables ou sur des transposons, sources d'épidémies hospitalières. Les
modifications enzymatiques sont principalement responsables du problème de résistance chez
les aminoglycosides. Il existe trois familles d’enzymes distinctes agissant sur les
aminoglycosides antibiotiques, soit les aminoglycosides phosphotransférases (APH), les
aminoglycosides acétylases (AAC) et finalement les aminoglycosides adényltransférases
(ANT). (1)
10.4. La résistance des entérobactéries aux Les quinolones
10.4.1. Définition des quinolones
Les quinolones sont des antibiotiques bactéricides très largement utilisés en médecine
humaine et vétérinaire. Ces molécules sont généralement classées en générations en fonction
de leur spectre d'activité (7)
Appelée aussi les fluoroquinolones sont des molécules obtenues par synthèse chimique. (7)
10.4.2. Classification des quinolones
On peut classer les quinolones en fluorées et non fluorées, ou en générations selon la
chronologie d’apparition :
La première génération n’est active que sur quelques bactéries Gram (-) et comprend :
l’acide nalidixique, la cinoxacine,l’acidepipémidique l’acide oxolinique, la
fluméquine. Cette génération comprend un seul produit fluoré : la fluméquine.
La deuxième génération : norfloxacine, ofloxacine, péfloxacine, ciprofloxacine,
présentent un spectre élargi à d'autres bacilles à Gram négatif.
Les molécules de troisième génération ou dites fluoroquinolones : sparfloxacine,
lévofloxacine, moxifloxacine.
Les fluoroquinolones de quatrième génération : trovafloxacine, gatifloxacine
présentant une activité accrue sur les bactéries anaérobies strictes (40)(7)
Chapitre 1 Recherche bibliographique
25
10.4.3. Mode d’action des quinolones
Les quinolones agissent par formation d’un complexe ternaire entre ADN et l'ADN gyrase
(topoisomérases II) (gènes gyr A et gyr B) ou les topoisomérases IV (gènes par C et par E).
Ces enzymes sont directement impliquées dans les mécanismes de désenrouement et de
superenroulement de l'ADN au cours de la réplication afin de faciliter l'action de l'ADN
polymérase. L'activité antibactérienne Gram – passe surtout par l’inhibition des activités ADN
gyrases tandis que l'activité anti-Gram+ semble passer par le blocage de la topoisomérase
(55)(35)
Figure 01: Mécanisme d'action des quinolones(55)
10.4.4. Mécanisme de résistance
Le support de résistance des entérobactéries aux quinolones est essentiellement en premier
lieux chromosomique par la suite (en 1998 une première souche de Klebsiella pneumonie dont
le support est plasmidique a été décrite) (33)
Plusieurs types de mécanismes de résistance ont été décrits
•Diminution de l’accumulation intra-cytoplasmique par diminution de la perméabilité
De la paroi ou augmentation de l’efflux :
Une diminution de la concentration intracellulaire peut également causer une résistance aux
fluoroquinolones par réduction de la production de porine ou par modification de l’activité de
diverses pompes à efflux ,les bactéries a GRAM négatifs disposent de systèmes actifs d’efflux
non spécifiques ,dont certaines sont exprimés de façon constitutive d’autres sont contrôles et
Chapitre 1 Recherche bibliographique
26
exprimes par défirent systèmes de régulation global, enfin d’ sont encore inductibles par des
diverses mutations chez E coli, la pompe a efflux AcrAB-TolC, joue un rôle majeur dans la
résistance aux fluoroquinolones par efflux .E coli ne possède pas moins de 20 pompes a
efflux responsables de résistances a de multiples antibiotiques dont les fluoroquinolones et
d’autres bactéries entériques semblent équipées de façon analogue (37)
•Inactivation enzymatique :
Les cibles principales des fluoroquinolones sont les enzymes bactériennes :
-ADN gyrase aussi appelé topoisomérase II, l’ADN topoisomerase IV.
Les deux enzymes interviennent au cours des processus de réplication, de transcription, de
recombinaison et de réparation de l’ADN. L’ADN gyrase principalement responsable du
surenroulement négatif de L’ADN, est également impliquée dans le retrait de surenroulement
négatif ou positif de l’ADN et dans la Liaison (caténation) ou la séparation (décantation) de
molécules circulaires d’ADN.(40)
Chacune de ces deux enzymes est constitué de quatre sous-unité la sous-unité A formant des
liens Covalent via une tyrosine en position 122 avec l’extrémité 5’de l’ADN et la sous-unité B
responsable de la Liaison a l’ADN et de la production d’énergie par hydrolyse de l’ATP .le
site de la liaison pour les fluoroquinolones est localise dans la bulle ménagée lors de
l’ouverture locale de la molécule d’ADN ces dernières se fixent de manière irréversible a
l’enzyme ,entrainent la séparation de la double chaine hélicoïdale. En bloquant la progression
de la fourche de réplication, les fluoroquinolones inhibent ainsi la synthèse bactérienne
d’ADN(63).
• Diminution de l’affinité des cibles par mutation ou par protection des cibles (5
Une mutation de gène codant pour la sous-unité « GyrA »de l’ADN –gyrase ou pour la sous-
unité « ParC »de la topoisomerase IV diminue l’affinité de l’antibiotique pour sa cible. Les
domaines spécifiques de ces gènes sont connus comme des régions de résistances
déterminantes des fluoroquinolones. Moins fréquemment des mutations sont localisées dans
les régions du gène RRRQde « GyrB »et « ParE » (63)
Chapitre 2:
Matériels
et méthodes
Chapitre 2 Matériels et méthodes
27
1. Objectif de l’étude :
Notre travail a été effectué durant une période de 15 jours du mois de Mars 2020 au
niveau de laboratoire de microbiologie, à l’hôpital d’Ain Beida Zardani Saleh dans lequel
nous avons réalisé un ensemble d’analyses microbiologiques sur les différentes souches des
entérobactéries isolées. Pour but d’étudier la sensibilité de ces souches aux antibiotiques.
Les prélèvements correspondaient aux différents sites de colonisation (urines, pus, liquides de
ponction ; hémocultures et prélèvements rectaux), isolés essentiellement aux différents
services de :
_ Un service de médecine homme et service femmes
_ Un service de chirurgie générale ;
_ Un service d’orthopédie ;
_ Un service de pneumologie ;
_ Un service de réanimation …
Les principaux objectifs de cette étude sont :
L’isolement et l’identification des entérobactéries les plus fréquemment retrouvées
dans des prélèvements provenant des déférents services.
La détermination de leurs profils de résistance aux antibiotiques par antibiogramme.
La proposition des phénotypes de résistances aux B-lactamines
2. Isolement
Au cours des 15 jours du stage, 6 prélèvements provenant de déférents services ont été
analysés au niveau du laboratoire de microbiologie. Ces prélèvements sont accompagnés
d’une fiche qui comporte les renseignements suivants (nom et prénom du patient, âge et sexe,
origine du prélèvement (service), nature du prélèvement, signes cliniques et traitement
antibiotique administré) (annexe 01).
Les souches bactériennes ont été isolées sur le milieu héktoèn ; BCP et incubées pendant 24h
à 37c°.
Chapitre 2 Matériels et méthodes
28
3. Identification des souches
3.1.Etude macroscopique
Dans cet examen, après incubation de 24h, on peut déterminer :
La forme des colonies soit ronde, bombée, lisse, (régulier ou irrégulier) ;
La couleur des colonies : soit des colonies avec couleurs ou bien des colonies
incolores ;
La taille des colonies par la mesure du diamètre ;
Le contour ;
Le type.
3.2. Étude microscopique
Après l’examen macroscopique et à l’aide d’une pipette stérile on prend une colonie des
souches bactériens, on rajoute une goutte d’eau physiologique entre la lame et lamelle sous un
microscope optique et on observe X 40 (mobilité).
3.3. Identification biochimique
L’identification biochimique basée sur les tests qui étudient la fermentation des sucres ; la
capacité d’utilisation le citrate comme une seul source de carbone ;la production de gaz ;le
type respiratoire et la mobilité.
L’identification des espèces des entérobactéries dans le laboratoire est plus facile par
l’utilisation de galeries classique.
3.3.1. Tests biochimiques
a. Test de l’oxydase
Ce test permet de mettre en évidence la production, par la bactérie étudiée, d’une enzyme : «
l’oxydase ».Les bactéries possédant une chaine respiratoire complète sont dotées d’une
cytochrome oxydase. L’oxydation du Tétraméthyl-p-phénylènediamine indique que la
bactérie étudiée possède une oxydase. Dans le cas des entérobactéries, les bactéries sont non
productrices d’oxydases, le test doit être négatif.
Chapitre 2 Matériels et méthodes
29
b. Les tests de fermentation des sucres
Ces tests permettent la détection de la fermentation de différents sucres tels que le glucose, le
lactose et le saccharose. La fermentation des sucres engendre une modification du pH du
milieu se traduisant par un virage de la coloration indiquant ainsi la positivité du test. Ces
tests de fermentation des sucres contribuent significativement à l’identification de l’espèce
bactérienne étudiée.
c. Test de fermentation du mannitol (Mannitol Mobilité)
Le milieu mannitol mobilité c’est un milieu semi solide (faible quantité d’agar) permet de
rechercher aussi bien la fermentation de mannitol que la mobilité bactérienne. Le milieu est
ensemencé par piqure centrale puis incuber à 37c° pendent 18 h.
Le virage de couleur au jaune indique la fermentation du mannitol et cela par acidification du
milieu, et la présence de stries diffuses indique la mobilité du germe.
d. Test rouge de méthylène (RM)
Le milieu utilisé est clarck et lubs. Après ensemencement et l’incubation à 37 c° pendant 24h-
48h ajouter quelques gouttes de rouge de méthylène.
L’apparition d’une couleur rouge : (RM+) c’est l’indicateur que la bactérie produit les acides
mixtes, et la couleur jaune indique que le test est négatif (RM-).
e. Test Voges-Proskauer (VP)
Apres incubation à 37c°, 24h d’un milieu clarck et lubs ensemencé, ajouter 10 gouttes de
réactif et laisser agir en inclinant le tube pendant 15 min à 1h.
- Réaction VP (+) : couleur rouge.
- Réaction VP (-) : couleur jaune
f. L’utilisation du citrate de Simmons
Ce test consiste à mettre en culture la bactérie à étudier dans un milieu contenant le citrate
comme seule source de carbone. Seules les bactéries capables d’utiliser le citrate vont pouvoir
se développer sur ce milieu. Cette utilisation du citrate se traduit par le virage de l’indicateur
coloré du pH témoignant ainsi de la positivité du test.
Chapitre 2 Matériels et méthodes
30
g. Les acides aminés
Les décarboxylases telles que la lysine décarboxylase « LDC », ornithine décarboxylase «
ODC » et arginine décarboxylase « ADH » sont des enzymes capables de scinder les acides
aminés correspondants et entrainent la libération de l’amine et du dioxyde de carbone. La
synthèse de ces enzymes est favorisée par un pH acide et des conditions d’anaérobiose (dans
un tube étroit).
Ensemencer chacun des trois tubes avec deux gouttes d’une suspension bactériennes dense.
Recouvrir la surface des milieux avec da la paraffine liquide pour satisfaire la condition
d’anaérobie (LDC, ODC, ADH) et incuber à 37C° pendant 24 h
Tableau 05 : Lecture de la galerie biochimique.
Tube Substrat Caractère recherche Lecture directe
ou indirecte
Résultat -
Résultat+
ADH Arginine Arginine
d’hydrolase Directe Jaune Violet
LDC Lysine Lysine
décarboxylase Directe Jaune Violet
ODC Ornithine Orthynine
décarboxylase Directe Jaune Violet
TDA Tryptophane Tryptophane
désaminase
Indirecte
Test : ajouter 1
goutte de
perchlorure de
fer
Jaune Marron-
rougeâtre
VP Pyruvate de
sodium
Production
d’acétone
Indirecte
Test :ajouter 1
goutte de KOH
et d’α-napthol
Jaune Rose
Chapitre 2 Matériels et méthodes
31
RM Rouge de
méthyle
Production des
acides mixtes
Indirecte :
ajouter quelques
gouttes de rouge
de méthylène
Jaune
Rose
TSI
Glucose
Saccharose
Lactose
Fermentation du
glucides
production du gaz
Directe
Rouge
Jaune
MANNITOL
MOBILITE Mannitol
Utilisation de
mannitol comme
source de carbone
el la mobilité
Directe
Rouge
Jaune
CITRAT DE
SIMONS Citrate
Utilisation de
citrate comme
source de carbone
et de l’Energie
Directe
Vert
Bleu
EAU
PEPTONE
EXEMPTE
D’INDOL
Indole
Dégradation du
tryptophane pour
la dégradation
d’indole
Indirecte :
ajouter le réactif
de Kovacs
Incolore
Rose claire
BOUILLON
NITRATE
Nitrates
(NO3) Nitrate réductase
Indirecte dans la
cupule GLU
Test : ajouter 1
goutte de réactif
de Griess
Ajouter de la
poudre de zinc en
cas de résultat-
Jaune
Rose
Rose
Jaune
Chapitre 2 Matériels et méthodes
32
4. Détermination de la sensibilité aux antibiotiques
4.1. Principe
Pour la réalisation du test de sensibilité, on utilise 16 antibiotiques déterminés par la méthode
de diffusion en disque sur gélose Mueller Hinton (MH) selon les recommandations du Comité
Français de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (CA-SFM)
4.2. Mode opératoire
Préparation de l'inoculum
Préparer une suspension bactérienne : à partir d'une culture jeune de 18 à 24, prélever au
moins 03 colonies et émulsionner dans 0,5 ml d’eau physiologique stérile (correspondant à
0.5 Mc Ferland).
Ensemencement
L’ensemencement se fait par la méthode d’écouvillonnage :
- Tremper un écouvillon stérile dans la suspension bactérienne et laisser s'imbiber.
- Le sortir du tube en l'essorant doucement sur la paroi.
- Ensemencer la boîte de Mueller-Hinton, en frottant l'écouvillon sur sa surface et en tournant
la boîte 3 fois de 60°C afin d'assurer une bonne distribution de l'inoculum.
- Laisser sécher les boîtes pendant 15 à 20 minutes.
-Disposer des disques d’antibiotique par un distributeur.
L’incubation
Incuber les boites à 37°C pendant 24 heures.
4.3. Lecture et interprétation
La lecture de l’antibiogramme se fait par la mesure des diamètres d’inhibition à l’aide du pied
à coulisse ou par une règle graduée. Les résultats sont comparés aux valeurs critiques
standards, pour classer les bactéries dans l’une des catégories : Sensible (S), Intermédiaire (I),
Résistante (R)
Chapitre 2 Matériels et méthodes
33
Tableau 06 : Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et des CMI pour les
entérobactéries (CA-SFM-2010) :
Familles
d’antibiotiques
Antibiotiques
testés
Signe
Charge
des
disques
Diamètres
critiques
(mm)
Concentrations
critiques
(mg /L)
S R S R
Béta-
lactamines
Ceftazidime CAZ 30 ug >26 <19 <1 >8
Céfotaxime CTX 30 ug ≤22 ≥26 ≥4 ≤1
Cefazoline CZ 30 ug ≤19 ≥23 ≥8 ≤2
Imipénème IMP 10 ug ≤19 ≥23 ≥4 ≤1
Amoxicilline AMX 25 ug ≥21 <16 ≤4 >8
Pénicilline P 10 UI <28 >29 >0.25 <0.12
Amoxicilline-
acide
clavulanique
AMC 20 ug ≤16 ≥21 ≥32/16 ≤8/4
Ticarcilline TIC 75 ug ≥23 <20 ≤8 >16
Aminosides
Tobramycine TOB 10 ug ≤12 ≥15 ≥16 ≤4
Amykacine AK 30 ug ≤14 ≥17 ≥64 ≤16
Quinolones
Ofloxacine OFX 5 ug <14 >18 >4 <1
Acide nalixdique NA 30 ug ≤13 ≥19 ≥32 ≤16
Acide
fusidique Acide fusidique FA 10 ug <24 ≥24 >1 ≤1
Divers Tetracycline TE 30 ug ≤30 ≥38 ≥2 ≤0.25
Divers Fosfomycine FF 200 ug ≤12 ≥16 ≥256 ≤64
Divers Nitrofurantoine F 100 ug ≤64 ≥64 ≥11 ≤11
Chapitre 3 :
Résultats
et discussions
Chapitre 3 Résultats et discussions
34
1. Identification des souches isolées
1.1. Caractères morphologiques et culturaux
L’examen macroscopique des entérobactéries sur gélose BCP
Aprés culture des six (06) souches collectées sur milieu BCP pendant 24h, plusieurs types
de colonies ont été observées sur les boites de Pétri : des colonies de grande / petite taille, de
couleur jaune à saumon, sèches / muqueuses…..ce qui indique une diversité dans les espèces
d’entérobactéries isolées en milieu hospitalier.
Une modification de couleur du milieu a été observée chez 5 souches, cette modification est
due au virage de l'indicateur coloré de pH (le pourpre de bromocrésol) vers le jaune en
présence d’acide (acidification du milieu) due à l’utilisation du lactose ce qui indique
l’utilisation du lactose comme source d’énergie par ces souches. Cependant, le milieu a gardé
sa couleur violette chez une seule souche, cette dernière est donc incapable d’utiliser le
lactose.
Tableau 07 : Caractères culturaux des souches isolées.
Souches Milieu Observation et aspect des colonies
Souche 01
BCP
*Petites colonies saumon ; sèches.
*Acidification du milieu.
Souche 02 *Petites colonies saumon ; sèches.
*Acidification du milieu.
Souche 03 *Grandes colonies saumon ; très muqueuse.
*Acidification du milieu.
Souche 04 *Grandes colonies saumon ; très muqueuse.
*Acidification du milieu.
Souche 05 *Des colonies jaune envahissent la surface.
*Sans acidification du milieu.
Souche 06 *Colonies saumon ; vert à orange.
*Acidification du milieu.
Chapitre 3 Résultats et discussions
35
Souche 01 Souche 02 Souche 03
Souche 04 Souche 05 Souche 06
Figure N°2 : Aspect macroscopique des souches isolées sur milieu BCP.
Examen microscopique :
Après réalisation d’un frottis de chaque souches à l’état frais, et observation sous microscope
optique, 4 souches étaient des bacilles très mobiles, tandis que 2 étaient immobiles.
Tableau 08 : Résultats de l’examen microscopique.
Les souches Etats frais
Souche 01 Mobile
Souche 02 Mobile
Souche 03 Immobile
Souche 04 Immobile
Souche 05 Mobile
Souche 06 Mobile
Chapitre 3 Résultats et discussions
36
1.2.Identification biochimique des souches :
Tableau 09. Résultats de la galerie biochimique
Souche 01 Souche 02 Souche 03 Souche 04 Souche 05 Souche 06
Nitrate - - - - - +
TSI + + - - + +
H2S - - - - - -
GAZ + + + + - +
INDOLE + + - - - -
CITRATE - - + + - +
VP - - + + - +
RM + + - - + +
MANNITOL + + + + - +
MOBILITE + + - - + +
TDA - - - - - -
ADH - - - - + +
LDC - - - - + -
ODC - - - - - +
Selon les résultats de la galerie biochimique, et on s’appuyant sur la bibliographie
d’identification des entérobactéries les six souches isolées ont été identifiées comme suit :
Les souches 01 et 02 : Escherichia coli (caractérisée par une désaminase -, citrate- ,
VP- et RM+).
Les souches 03 et 04 : Klebsiella (caractères clé immobilité et VP+).
La souche 05 :Proteus (caractérisée par LDC+, mannitol-, Lactose- et envahissement
du milieu de culture)
La souche06 : Enterobacte rcloacae (caractérisée par VP+, ODC+, citrate+).
Ces résultats sont similaires avec plusieurs autres études qui ont indiqué l’augmentation de la
fréquence de ces espèces en milieu hospitalier, et leur implication dans plusieurs types
d’infections.
Chapitre 3 Résultats et discussions
37
Souche 01 (E.coli)
Souche 03 (Klebsiella)
Chapitre 3 Résultats et discussions
38
Souche 05 (Proteus)
Souche 06 ( Enterobacter cloacae)
Figure N° 03 : résultats de la galerie biochimique des souches .
Chapitre 3 Résultats et discussions
39
2. Etude de la résistance aux antibiotiques
Tableau 10. Résultats d’antibiogramme
Antibiotiques S 01
E.coli
S 02
E.coli
S 03
K.pneumoniae
S 04
K.pneumoniae
S 05
Proteus
S 06
Enterobacter
Amoxiciline R R R R R R
Amoxicilline+clavul
anique R R S R R R
Pénicilline R R R R R R
Ticarcilline R R R R R R
Céfazoline S S S R S R
Cefotaxime S S S R S R
Ceftazidime S S S R S R
Imipenème S S S S S S
Tobramycine S S S S S S
Amikacine S S S S S S
Acide nalixidique S S S S S S
Ofloxacine S S S S S S
Tétracycline S S S S R S
Nitrofurantione S S S S R S
Acide fusidique R R R R R R
Fosfomycine S S S S S S
Chapitre 3 Résultats et discussions
40
L’étude de la sensibilité aux bêta-lactamines par la méthode de diffusion de disque a révélé
que toutes les souches d’entérobactéries isolées ont été sensibles à l’imipénème, cependant :
Les souche 01 et 02 d’E.coli ont présenté le même profil de résistance indiquant ainsi
une probable apparenté phylogénique, ces souches ont révélé une résistance à
l’amoxicilline, la ticarcilline, la pénicilline et l’association amoxicilline+ acide
clavulanique, cette résistance s’explique par la production d’une pénicillinase à haut
niveau (pas d’activité d’inhibition de l’acide clavulanique), mais cette dernière
n’affecte pas le reste des céphalosporines testés (Céfazoline, Cefotaxine, Ceftazidime).
Il est important de noter que la céphalosporinase chromosomique de classe C chez
E. coli est exprimée à très bas niveau (présente mais non détectable).
Les souches 01 et 02 sont alors du phénotype Pénicillinase à haut niveau (PHN).
La souche 03 de Klebsiellaa été résistante à la pénicilline, l’amoxicilline et la
ticarcilline, ce résultat est expliqué par la production naturelle d’une beta-lactamase
chromosomique (pénicillinase) de classe A appelée K2, inhibée par l’acide
clavulanique, ce dernier responsable du caractère sensible vis-à-vis l’association
amoxicilline+ acide clavulanique. La souche 03 reste sensible aux céphalosporines
testées car la pénicillinase est sans effet sur ces antibiotiques.
La souche 03 est alors du phénotype Sauvage (naturelle).
La souche 04 de Klebsiellaa été résistante à la pénicilline, l’amoxicilline, la
ticarcilline, l’amoxicilline+ acide clavulanique, la Céfazoline, la Céfotaxine et la
Ceftazidime, ce résultat est expliqué par la présence d’une beta-lactamases de classe
A à spectre étendu (BLSE), la production de BLSE se traduit par des images de
synergie très caractéristiques entre les céphalosporines de troisième génération et
l’acide clavulanique, mais certaines BLSE ont une activité plus ou moins faible vis-à-
vis des céphalosporines de troisième génération, ce qui explique l’images de synergies
discrète sur notre boite de Pétri.
La souche 04 est alors du phénotype beta-lactamases à spectre étendu (BLSE).
La souche 05 de Proteusa présenté une résistance à la pénicilline, l’amoxicilline, la
ticarcilline, l’amoxicilline+ acide clavulanique, sachant que ce genre ne possède pas
de céphalosporinase chromosomique, cette résistance est donc due à la production
Chapitre 3 Résultats et discussions
41
d’une pénicillinase à haut niveau insensible aux inhibiteurs des beta-lactamases
(l’acide clavulanique), mais cette dernière n’affecte pas le reste des céphalosporines
testées (Céfazoline, Cefotaxine, Ceftazidime).
La souche 05 est alors du phénotype Pénicillinase à haut niveau (PHN).
La souche 06 d’Enterobacter a présenté une résistance à la pénicilline, l’amoxicilline,
l’amoxicilline+ acide clavulanique et la Céfotaxine par production naturelle d’une
beta-lactamase chromosomique de classe C (céphalosporinase) inductible AmpC, la
résistance additionnelle à la ticarcilline, la Céfazoline, et la Ceftazidime s’explique par
la production constitutive à haut niveau de cette céphalosporinase (déreprimée), qui
est un mécanisme fréquent chez les souches d’Enterobacter.
La souche 06 est alors du phénotype Céphalosporinase à haut niveau (CHN).
L’évaluation de la résistance des souches isolées a indiqué une sensibilité totale aux
quinolones (acide nalidixique, ofloxacine), aux aminosides (Tobramycine, amikacine) et à la
fosfomycine. Toutes les souches ont été également sensibles à la tétracycline et à la
nitrofurantoine à l’exception de la souche Proteus qui est naturellement résistante à ces deux
derniers antibiotiques. Par ailleurs, les six souches collectées ont été résistantes à l’acide
fusidique.
Ces résultats sont très encourageants pour le traitement des infections des entérobactéries
spécialement en milieu hospitalier, mais vu le nombre réduit des souches isolées, on ne peut
pas donner des conclusions fiables surtout que plusieurs études récentes indiquent une
augmentation des niveaux de résistance des entérobactéries en Algérie et dans le monde.
Chapitre 3 Résultats et discussions
42
Figure N°4 : Résultats de l’antibiogramme de la souche 01 (E.coli)
Figure N°05 : Résultats de l’antibiogramme de la souche 05 (Proteus)
Figure N°06 : Résultats de l’antibiogramme de la souche 06 (Enterobacter cloacae)
Conclusion
Conclusion
Les entérobactéries sont des bacilles à Gram négatif qui constituent une part importante des
bactéries isolées lors du diagnostic bactériologique des infections humaines. Leur abondance
dans l’intestin, leur mobilité, leur rapidité de multiplication, leur fréquente résistance aux
antibiotiques expliquent qu’elles soient les bactéries les plus impliquées en pathologie
infectieuse humaine.
Ce travail, réalisé dans période de 15 jours du mois de Mars 2020 pour objectif de définir le
profil de sensibilité des souches isolées essentiellement aux différents services ( urines, pus,
liquides de ponction ; hémocultures et prélèvements rectaux) .
Alors, dans cette étude 6 souches d’entérobactéries ont été identifié au laboratoire de
microbiologie sur la base des tests d’identifications morphologiques et biochimiques. Les
résultats révèlent d’abord une certaine diversité pour les espèces d’entérobactéries identifiées.
Les espèces les plus prédominantes Escherichia spp(33 %) , suivie de Klebsiella (33%), de
Proteus (17%) et de enterobacter (17%).
Dans notre étude nous avons essayée aussi de déterminer le profil de la sensibilité de nos
souches collectées et identifiées vis-à-vis 16 antibiotiques par la méthode de diffusion des
disques en milieu gélosé, selon les normes du CA-SFM. Les résultats obtenus nous ont permit
de constater que :
les souches de bacilles à Gram négatif isolées sont marquées par une fortes
sensibilités vis-à-vis des antibiotiques : les aminosides , Quinolones , béta-lactamine.
L’évolution des résistances des entérobactéries aux antibiotiques est un phénomène réel dans
l 'Algérie. Il expose à des difficultés de prise en charge thérapeutique des infections. La
maitrise actuelle de ce phénomène est une véritable urgence et nécessite une implication des
pouvoirs publics. Des tests spécifiques de recherche des bétalactamases à spectre élargi
(BLSE) et AmpC doivent être mis en place dans nos laboratoires afin de mettre en évidence
les différents phénotypes de résistances.
Liste
de référence
Liste de référence
A
Adnene.T 2008 : les aminosides. [PDF] (11/2008), disponible sur : http ://les aminosides
faculté de médecine CHU Fattouma Bourguiba/page consulté le 31/3/2020
Adoui M., (2018). Les entérobactéries. Cour de 3éme année : microbiologie appliquée.
Université de Oum el bouaghi
Alexandre G., (2012). Conception et synthèse d’aminoglycosides semi-synthétique.
Mémoirede master II : étude supérieure. Université de Montréal,133 p.
Amadou Y., (2008). L’étude prospective de la précipitation et de la consommation des ATP
dans le centre de santé de référence de la commune III des district Bamako. Thèse de doctorat
: médecine de pharmacie. Université de Bamako,59 p.
Aweille l., (2017). Détection des carbapenemases chez les entérobactéries. Thèse de doctorat :
sciences pharmaceutiques. Université Toulouse Paul Sabatier ,140 p.
B
Bibbal D., (2008). Impact des bactéries sur l’émergence d’entérobactéries résistantes dans le
foie digestif de prévention. Thèse de doctorat : pharmacologie. Université de Toulouse ,151p.
Belkaid K ., (2014) . profil de virulence et de résistance au béta-lactamine de souche clinique
Klebsiella pneumoniae isolée de souche endotradéale. Mémoire de master 2 : control de
développement microbien. Université de telmcen , 42 p.
Badri N. ,Necib T., (2016). Étude de la sensibilité aux antibiotiques des souches
d’entérobactérie isolée de fromage frais antisamable « J ben ». Mémoire de master II :
microbiologie appliquée à la santé de l’environnement. Université de l’arbi tbessi. Tbessa ,
47 p.
Bouazzar S., Bouakka N., (2016). Recherche des entérobactéries productrice de β-lactamases
à spectre élargi dans la viande rouge. Microbiologie appliquée à la santé et à l’environnement.
Université de Tbessa ,62 p.
Bouzaoui N., Haridi.Z., (2013). Détermination de l’effet antibactérien de l’huile essentielle de
saliveofficinalis L. Mémoire de master 2 : biologie moléculaire et cellulaire, Biologie
moléculaire de procaryotes. Université 8 mai 45 1945 Guelma ,71 p.
Bouzeraa A., Berihil H., (2018). Bactériologie des entérobactéries isolée au niveau du service
de réanimation de l’hôpital militaire régional universitaire de Constantine (HMRUC).
Mémoire de master II : microbiologie et hygiène hospitalière. Université de frères Mentouri
Constantine 1 ; 59 p.
C
Cazes M., (2017) .la dispensation des fluoroquinolones par le pharmacien d’officine . Thèse
pour le diplôme d’état de docteur en pharmacie : science pharmaceutique. Université toulous,
15 p.
Chemelle J., (2010). Etude par modification moléculaire de l’effet allergique des antibiotiques
de la famille des β-Lactamases tant seul plan immédiat que retardé. Thèse de doctorat :
science santé. Université de Lyon ,221 p.
Chekroud R., Fathi R., (2017). Etude de profil bactériologique de la sensibilité aux
antibiotiques des entérobactéries responsables des infection urinaires. Mémoire de master II :
hygiène hospitalière et santé. Université de Mantouri Constantine ,39 p.
Couchari C ., Marrakchi R.,EISA (2011).. Evaluation of β-lactamases resistances in Gram
negative bacteriain Tunisia Grit.Revmicobiol,37:167-77.
D
Dalhoff A., (2012).,Interdisciplinary perspective or Infection Diseases .
Diassana A., (2018). Identification des souches de E coli dans les selles en rapport avec la
malnutrition a diow. Thèse de doctorat : Pharmacie. Université des sciences des techniques et
des technologies de Bmako,85 p.
Derguini L.,Messaoudene C., (2014). Caractérisation de la résistance aux β-lactamines chez
les bacilles a Gram négatif isolées de surface de l’environnement hospitalier du CHU
Constantine. Mémoire de master II : microbiologie moléculaire et médicale. Université de
Bejaia ,24 p.
Doit C. , et all., (2012). Entérobactéries productrices des β-lactames à spectre étendu. Elsiver.,
vol17, supplément ,144 p.
E
Elhani D.,(2012).les beta lactamases à spectre étendu :le defi s’accentae .The
wideninchammenge of extendedstecarumBétalactamases .Ann Biol Gnin. ,70 (the :117-40).
F
Forest G., (2016) .Protocoles de réintroduction des beta-lactames aux CHU de DIJON:vers
une harmonisation des pratiques .Thèse de doctorat : pharmacie .Université de Bourgogne ,
93 p.
G
Grimont F.,GrimontP.A.D (2012).Enterobacteriesin :Bergys’sMannuel of systimatic
Bacteriology (2nd ,vol2:the Protobacteria).USA,Springer , pp:589-730.
H
Houchi S.,(2014).Les metallo-batalactamase .Recherche de souche bactérienne productrice
.Mémoire de magister :Biochimie .Université Ferhat Abbes Sétif 1.
J
Jinnifer R..,(2013).la résistance aux antibiotiques carbapénèmes. Thèse de doctorat :
pharmacie. Université de Strasbourg,160 p.
K
Khennouchi N.,(2016). L’évaluation de l’antibiorésistance du germe entérobactérie aux
antibiotiques. Thèses de doctorat : microbiologie appliquée université Annaba ;172 p.
L
Lagha N., (2015). Etude de la résistance aux antibiotiques des Entérobactéries productrices de
bêta-lactamase à spectre étendu BLSE isolées de l’hôpital de Laghouat. Thèse de doctorat :
Biologie. Université de Telemcen,48 p.
Leulmi Z.,(2015). Les Proteus incriminé dans les infections commentaire et
hospitalière :étude moléculaire de la résistance aux antibiotiques. Thèse de doctorat :
microbiologie. Université de Mentouri Constantine ,188 p.
Lozniewski A . , et all (2010).Résistance bactérienne aux antibiotique .CCLIN SUD-EST.
M
Maamer N.,(2012). Etude de la sensibilité aux antibiotiques des bacilles a Gram négatif aux
niveaux de l’EPSP de Bougui Tizi Ouzou. Mémoire de master II : microbiologie appliquée de
l’agroalimentaire. Université de Bejaia ,21 p.
Mamoud A.,(2016).Entérobactéries résistantes aux céphalosporines de 3eme génération.
Quelles altérations aux carbapénèmes ? Thèse de doctorat : pharmacie. Université de
Poitiers,35 p.
Mamouni A.(2015). Caractérisation des gènes de résistance aux quinolones chez les
entérobactéries productrices de beta-lactamases à spectre élargi isolées chez les enfants de 6 a
59 mois dans la région de mardi au Niger. Mémoire de master II : biologie moléculaire
appliquée. Université de Ouagadougou ,44 p.
Mandel G., et all .,(2009).principal and practice of infectious disease.6eme edition
.Elsiverchurchil living stone editor .USA.
Marilyse V.,(2015).Résistance aux antibiotiques : Beta lactames à large spectre chez les
bactéries à Gram négative. Epidémiologie et diagnostic, université Laval Canada.
Martin D., et all., (2004).The prokaryotes .3eme edition ,USA ,Israel ,Gemany,1193p.
Martinez M., et all. (1998).Quinolones résistances srom transférable plasmide. Lancet. Mar
:14,351(9105):797-9.
Mellouk F., (2017). Evaluation de la résistance des bacilles a Gram négatif aux antibiotiques
« Bactéries isolées dans l’est algérien ». Thèse de doctorat microbiologie appliquée.
Université Badji Mokhtar Annaba ,196 p.
Merradi L.,(2008). Apport des quinolones et fluoroquinolones dans la lutte contre les
infections bactériennes. Thèse de doctorat : microbiologie appliquée.Université de Badji
Mokhtar Annaba ,102 p.
Mohammed C .,(2007).étude épidmio-moléculaire des entérobactéries productrices de beta-
lactamases à spectre élargi au CHU de Marrakech .Thèse de doctorat :biologie médicale
.Université de Mohamed V Rebat,144 p.
Muylaert A.,Mainilj G.,(2012).la résistance aux fluoroquinolones la situation actuelle .Ann
Med ,Vol 157 : p 17-18 .
Muylaert A., et all.,(2012). Résistances bactériennes aux antibiotiques :le mécanisme et leur
« contagiosité »,L’iege. AnnMed Vet.,2012,156,109-123.
N
Niveau DCMM1., (2003) . Bactériologie. Université Pierre et Marie Curie,paris .72
Ouaidy O.,(2013).Les quinolones en néonatalogie : indication et effets secondaires ( à propos
de 96 cas). Thèse de doctorat : médecine et pharmacie. Université Sidi Mohamed Ben
Abdellah ,181 p.
Oufella N., (2012). Contribution à l’étude de la colonisation digestive par les entérobactéries
productrices de betalactamases à spectre élargi chez des nouveau-nés hospitalisés au CHU
Hussein Dey Alger. Mémoire de master II : microbiologie. Université Abderrahmane Mira
Bejaia ,48 p.
P
Pierrot S.,, (2015).Le portage de bactérie multi résistante en structure d’accueil pour certains
âgés :évaluation d’une politique d’épissage cible en fonction des facteurs de risque université
de Lorraine.
Patrice N., (2010). Résistance aux carbapénèmes chez les bacilles à Gram négatif. Médecine
science,26 p950-951.
Paulette C.,Jaques C.,Dominique., GeorgeD., colettes D ., jean D., eveline F., claudine F.,
jean M., (1998).Résistance bactérienne aux beta-lactamines .M/S SYNTHESE ,547-548.
S
Savoy F.,(2011).Optimisation du protocole de recherche des E Coli producteurs de Shiga.
Toxine (STEC) dans les aliments. Thèse de doctorat. Université de Bourgogne.
seydina. , (2016). Mécanisme de résistance des bactéries aux agents antimicrobiens.
Solayman A.,(2015).Les entérobactérie productrices de beta-lactamases à spectre élargi
(BLSE) :profile épidémiologique actuel et conséquences thérapeutiques .Thèse de
doctorat :Médecine et pharmacie .Université CDI AYYAD,80 p.
Soulayman K.,(2018).sensibilité aux antibiotiques des souches d’entérobactérie isolées en
2016au laboratoire de biologie médicale et hygiènehospitalière de CHUdu point G.Thèse de
doctorat pharmacie .université de Bamoko .99 p.
Sophie Z.,(2014).La résistance bactérienne aux antibiotiques .apparition et stratégie de lutte
..thèse de doctorat :pharmacie .Université de Limoges 147 p.
Soukaina T.,(2019).Epidémiologie des entérobactéries multi résistantes productrices de
carbapénèmaseà l’HTI .Thèse de doctorat :médecine .université CADI AYYAD , 101 p.
Souma D.,(2011).Epidémiologie de la résistance aux antibiotiques des entérobactéries au
niveau de CHU de Sidi Belabbes .Mémoire de magister :biochimie appliquée .Université
Aboubaker BelkaidTlemcen , 126 p.
Sadrati I .,Hadjou I.,(2018).Evaluation de la résistance aux antibiotiques des
entérobactéries :cas de Beta-lactamases àspectre étendu (BLSE).mémoire de master II :
microbiologieappliquée .Université d’Oumbouagui .48 p.
Savadogo M.,Boubkeir Y.,(2016).Isolement et étude de quelques entérobactéries pathogènes
dans les eaux usées d’oued Boumerzougue à Constantine. Mémoire de master II
.microbiologie .Université de Constantine . 50 p.
W
waldimir S., david T., (2003) .Résistance aux béta-lactamine. Mémoire de master 2 :
bactériologie-hygiène-pitie .Université de marie curie , 78 p.
Y
Yacine K .,(2011).comportement des entérobactéries isolées des urines vis-à-vis l’amicilline –
acide clavulanique l’épinâmes et l’értapenème .Thèse de doctorat :pharmacie ,université
Med.81 p.
Yadri N.,(2012).Epidémiologie des infections nosocomiales dues aux bactérie a Gram négatif
a l’unité de néonatalogie de l’EHS de Tlemcen du 14 mai au 22 juin 2012.Memoire de master
II. Microbiologie. Université Aboubakr Belkaid .49 p.
Yaici L.,ZekarF .,(2012).caractérisation de phénotype de résistance aux betalactamines de
souches se bacilles a Gram négatifisolées des surfaces de l’environnement .Mémoire de
master II :microbiologieappliquée au génie biologique .Université de Bejaia ,36 p.
Z
Zechary D.,(2015).The unexhausted potentiel of E coli .10.7554/e Life .05826.
Les sites d’internet :
http://www.ajol.info/pan africain médical journal/article/page consulté le 27/7/2020
Annex
Résumé
Les entérobactéries sont des bacilles à Gram négatif constituant l’une des plus importantes
familles des bactéries. Certaines bactéries sont pathogènes strictes et d’autres pathogènes
opportunistes, elles sont souvent responsables d’infections urinaires, pulmonaires, de
septicémies et également d’ infections intra-abdominales.
Les bacilles GRAM négatif sont de plus en plus résistants aux antibiotiques. Cette résistance
aux antibiotiques chez les bacilles à Gram négatif est un problème important en Algérie et
elle est devenue une préoccupation clinique majeure, par conséquent la surveillance locale
continue de la résistance aux antibiotiques est cruciale.
Notre objectif est l’isolement et l’étude des entérobactéries résistantes aux antibiotiques en
milieu hospitalier et la détermination de leur profil de résistance vis-à-vis de 16 antibiotiques.
Une collection de 6 souches d’entérobactéries a été effectuée durant une période de quinze
(15) jours au cours du mois de Mars 2020, l’identification a été faite par la galerie
biochimique classique. L’antibiogramme a été réalisé selon les recommandations du comité
de la société française de microbiologie par la méthode de la diffusion des disques sur un
milieu gélosé.
Les résultats obtenus montrés que :
Les deux souches 01 et 02 d’E.coli et la souche de Proteus 05 sont du phénotype pénécillinase
à haut niveau.
La souche 03 de klebseilla du phénotype sauvage.
La souche 04 de klebseilla du phénotype béta lactamase à spectre étendu (BLSE).
La souche 06 d’Enterobacter est alors du phénotype céphalosporinase à haut niveau
Résumé
Abstract
Enterobacteriaceae are Gram-negative bacilli that constituting one of the most important
family of bacteria. Some bacteria are strict pathogens the other are opportunistic pathogens,
they are often responsible for urinary infection, pulmonary infections, septicemia or intra-
abdominal infections.
GRAM negative bacilli are increasingly resistant to antibiotics. This resistance in Gram-
negative bacilli is a significant problem in Algeria and has become a major clinical concern,
therefore local and continuous surveillance of antibiotic resistance is crucial.
Our objective is the isolation and the study of enterobacteriaceae resistant to antibiotics in
hospital environment and the determination of their resistance profile against 16 antibiotics.
A collection of six (6) strains of enterobacteriaceae was carried out over a period of fifteen
(15) days during the month of March 2020, the identification was made by the classical
biochemical gallery. The antibiogram was carried out according to the recommendations of
the committee of the French society of microbiology by the method of diffusion of the discs
on an agar medium.
The results obtained show that:
Both strains 01 and 02 of E. coli and the strain of Proteus 05 are of the high-level
penecillinase phenotype.
Wild phenotype klebseilla strain 03.
Klebseilla strain 04 of the extended spectrum beta lactamase (ESBL) phenotype.
Enterobacter strain 06 is then of the high-level cephalosporinase phenotype