Apport de la biologie

moléculaire dans le

diagnostic bactériologique

d’Helicobacter pylori DJENNANE F*, BACHTARZI M.A, LAYAIDA K, ALI AROUSS N, BERKANE S, NAKMOUCHE M, RAMDANI-BOUGUESSA.N, TAZIR.M

*Laboratoire de microbiologie du CHU Mustapha d’Alger

Infection à Hp : Epidémiolgie

L’infection à Hp est acquise dans l’enfance et perdure pendant des 10aines années

C’est l’infection bactérienne la plus répandue, près de la moitié de la population mondiale en

est infectée.

Prévalence à H.pylori : 2 profils épidémiologiques distincts :

- Pays industrialisés : 25 à 50 %

- Pays en voie de développement : 60 à 90%

Infection à Hp : Epidémiolgie

En Algérie: Etudes de séroprévalence

Ouest à Oran (Mégraud et al)* 1989 : 78%

Centre à Alger (Guechi et al)** 2008 : 87,7%

Sud à Ghardaia (Guechi et al)*** 2009: 79%

*Megraud F et al. Seroepidemiology of Campylobacter pylori infection in various populations. J Clin Microbiol. 1989; 27: 1870-1873.

**Guechi Z et al. Seroprevalence of Helicobacter pylori infection in Algiers region. (Absract 0430). Helicobacter. 2004; 9: 487-604.

***Guechi Z et al. Seroprévalence de l’infection à Helicobacter pylori dans l’Algérois. Journal Algérien de médecine. 2008; XVI (1): 12-14.

Pays à haute

prévalence de

l’infection à Hp

Diagnostic d’H.pylori

Nombreuses méthodes

Méthodes invasives (Biopsie

gastrique)

Méthodes non

invasives

Anapath

Culture

PCR

Test rapide urée (TRU)

Examen Direct (ED)

Test respiratoire

Ag Selles

Sérologie

Objectif de l’étude :

• Mettre en place le diagnostic moléculaire par PCR d’H.pylori et

d’en évaluer l’apport par rapport aux techniques

conventionnelles : détection d’H.pylori et sa résistance à la

Clarithromycine

(Au laboratoire de microbiologie du CHU Mustapha-Alger)

Méthodologie: Critères de l’étude

Etude rétro-prospective 6ans de 2008 à 2014

Multicentrique : 3 services, pratiquant l’endoscopie digestive haute, d’Alger

(CHU Mustapha , CHU BEO, EPH Bologhine)

Patients: Adulte, symptomatique consultant pour une EDH (Douleurs épigastriques), jamais traités

Biopsies gastriques : 320 263 sélectionnées (PCR vs Culture)

Méthodologie: Diagnostic au laboratoire

Biopsies

gastriques

(2 paires)

Diagnostic conventionnel : Sur fragement biopsique

Diagnostic moléculaire : Sur éxtrait d’ADN

TRU Gram Culture Test de sensibilité Cl

1ère paire

2ème paire

PCR H.pylori +

Résistance à Cl

PCR gènes de

virulence H.pylori

(CagA + vacA)

PCR multiplex : Détection du gène ureA et des

mutations à l’origine de la résistance à la

Clarithromycine (A2143G,A2142G)

Culture

Etalement sur gélose Columbia + (Dent, sang frais humain, PVX)

Incubation : 12jrs en jarre avec générateur de microaérophilie à 37°C

Lecture : J4, J8 et J12

Colonie suspecte : Gram , uréase, Oxydase, Catalase

Antibiogramme : Subculture sur MH-CMI par E-test

(CLSI)

Broyat de

biopsie

Méthodologie: Diagnostic au laboratoire

Biopsies

gastriques

(2 paires)

Diagnostic conventionnel : Sur fragement biopsique

Diagnostic moléculaire : Sur éxtrait d’ADN

TRU Gram Culture Test de sensibilité Cl

1ère paire

2ème paire

PCR H.pylori +

Résistance à Cl

PCR gènes de

virulence H.pylori

(CagA + vacA)

PCR multiplex : Détection du gène ureA et des

mutations à l’origine de la résistance à la

Clarithromycine (A2143G,A2142G)

PCR multiplex

( Hp et résistance Cl)

Broyat de

biopsie

Extrait d’ADN

Amplification

d’ADN

Kit

commerciaux

Révélation

24H

Résultats

Résultats :

Détection de l’Hp

24%

61%

15%

Positive N=63 Négative N=160 Contaminée N=40

Résultats de la culture d’Hp N=263

24% 62,40%

37,60%

Positive N=164 Négative N=99

Résultats de la PCR N=263

62,4% Vs

Optimisation du taux de détection de 101 cas supplémentaires : 38,4%

Résultats :

Détection d’Hp: cas appariés culture/PCR

Culture Positive Négative Positive Négative Contaminée Contaminée

PCR Positive Négative Négative Positive Positive Négative

Nombre 63 93 00 67 34 06

Commentaire

Vrai

positif

24%

Vrai

négatif

36%

/ Formes

coccoïdes

Pb de transport et de

prélèvement

101 cas

Résultat:

Sensibilité à la CL

263

Bx gastriques

63

Culture +

31 CMI réalisées (49,2%)

25 Sensible Cl

81%

06 Résistant Cl

19%

164

PCR +

100 Sensible Cl 61%

64 Résistant Cl

39%

20%

Résultat:

PCR Hp

La PCR a permis en plus de déterminer la taux de

résistance à la Clarithromycine mais aussi de savoir la

principale mutation à l’origine de cette résistance qui est la

A2143G (87,5%) qui confère une résistance de haut niveau

à la Clarithromycine

Discussion

Le taux faible de détection d’Hp par les techniques conventionnelles (culture) de 24% est

étroitement lié aux exigences atmosphériques et culturales de la bactéries (1ere expérience dans le

domaine)

-En Fr ce taux est de 39,2%* (984 bx) dans une étude réalisée en 2014 au Centre de référence des

Helicobacters à Bordeaux

-En Turquie: 29,6%** (149 patients) de 2012

-Au Maroc: 26%*** (64 patients) de 2002

La PCR a optimisé les taux de détection de l’Hp de 30% (101 cas supp) palliant ainsi aux contraintes

culturales liées à la bactérie.

-En Fr la PCR a permis d’optimiser le taux de détection de 3% avec 42,3%* (30 cas supp)

*Lehous P, Ducournau A, Bénédjat L, Sifré E, Bessède E, Mégraud F.Résistance de Helicobacter pylori aux antibiotiques. Bilan d’une étude nationale menée en 2014. (Communication orale N°74).Ricai; 2015 Dec 14-15; Paris, France.

***Seffar M et al. Helicobacter pylori : diagnostic biologique. Med Mal Infect. 2002; 32: 735–737.

**Cağdaş U et al. Detection of Helicobacter pylori and antimicrobial resistance in gastric biopsy specimens. Mikrobiyol Bul. 2012 Jul; 46(3): 398-409.

Discussion

La résistance primaire d’Hp à la Clarithromycine est de 19% par antibiogramme standard, ce

taux est passé à Alger de 6%* en 2004 à 12% **en 2008 (LNRH)

Cependant par technique moléculaire (PCR) on obtient un taux de 39%*** largement

optimisé et étudié pour la première à l’aide de cette technique en Algérie.

*Touchene , Résumé SNFGE 2004

**Mouffok F et al. Résistances primaires et secondaires de Helicobacter pylori aux antibiotiques : épidémiologie et impact sur l’efficacité du traitement éradicateur de l’infection. Saidal Santé. Fev 2013; 14: 32-37.

*** High-level primary clarithromycin resistance of Helicobacter pylori in Algiers, Algeria: a prospective multicenter molecular study. Microbial Drug Resistance .2015

Pays

Taux de

résistance

primaire

Année de publication /

Période d’étude

Nombre

éch

Auteur /Journal

Europe

Allemagne 3,3% 2002 /1995-2000 - Wolle K (JMM)

Finlande 4% 2011/2000-2008 505 Pirkko Kostamo (IJAA)

Bulgarie 20% 2014 /NP 50 Boyanova.L (DMID)

France 19,1%

29,3%

22,2%

2010 /2004-2007

2012 /2010-2012

Pylorikine

2015/ 2014 CNR Hp

530

-

416

Raymond.J (Helicobacter 2010)

Burucoa.C (Ricai 2014)

Lehous (Ricai 2015)

Italie 23% 2003 /1998-2002 406

Turquie 30% 2010/NP 40 Demet Kaya (CTR)

Asie

Iran 14,3% 2012/ 2010-2011 112 Milani (JIC)

Vietnam 34,2% 2014/2012-2014 92 Trung Nam Phan (IJAA)

Chine 37,5% 2014/2008-2012 600 Zhiqiaang Song (DLD)

Pakistan 37% 2012/2009-2010 162 Rajper (JPMA)

Maghreb Tunisie 15,4% 2010/2005-2007 273 Ben Mansour (ACMA)

Maroc 25% 2012/-NP 144 Alaoui (Ricai 2012)

Situation mondiale de la résistance primaire à la Clarithromycine

Au final ….

La PCR contribue sans doute à l’optimisation de la détection au laboratoire d’Hp et de sa résistance à la Cl.

Progression du Taux de résistance primaire à la Cl : Actualisation des données locales impact sur la prise en charge thérapeutique

Notre espoir : Pour une meilleure prise ne charge de ces patients

-La disponibilité du diagnostic bactériologique d’Hp dans les laboratoires : Réseau de biologiste

( diagnostic , surveillance et études comparatives)

-Adapter le traitement d’éradication de l’Hp en fonction des données locales de sa résistance à la Cl en accord

avec les recommandations internationales*

-Privilégier une thérapeutique guidée par PCR ou Antibiogramme.

*Malfertheiner P, Mégraud F, O’Morain C and al. Management of Helicobacter pylori infection - The Maastricht IV/Florence Consensus Report. Gut 2012; 61: 646-664.

Merci de votre attention