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Apport de la biologie
moléculaire dans le
diagnostic bactériologique
d’Helicobacter pylori DJENNANE F*, BACHTARZI M.A, LAYAIDA K, ALI AROUSS N, BERKANE S, NAKMOUCHE M, RAMDANI-BOUGUESSA.N, TAZIR.M
*Laboratoire de microbiologie du CHU Mustapha d’Alger
Infection à Hp : Epidémiolgie
L’infection à Hp est acquise dans l’enfance et perdure pendant des 10aines années
C’est l’infection bactérienne la plus répandue, près de la moitié de la population mondiale en
est infectée.
Prévalence à H.pylori : 2 profils épidémiologiques distincts :
- Pays industrialisés : 25 à 50 %
- Pays en voie de développement : 60 à 90%
Infection à Hp : Epidémiolgie
En Algérie: Etudes de séroprévalence
Ouest à Oran (Mégraud et al)* 1989 : 78%
Centre à Alger (Guechi et al)** 2008 : 87,7%
Sud à Ghardaia (Guechi et al)*** 2009: 79%
*Megraud F et al. Seroepidemiology of Campylobacter pylori infection in various populations. J Clin Microbiol. 1989; 27: 1870-1873.
**Guechi Z et al. Seroprevalence of Helicobacter pylori infection in Algiers region. (Absract 0430). Helicobacter. 2004; 9: 487-604.
***Guechi Z et al. Seroprévalence de l’infection à Helicobacter pylori dans l’Algérois. Journal Algérien de médecine. 2008; XVI (1): 12-14.
Pays à haute
prévalence de
l’infection à Hp
Diagnostic d’H.pylori
Nombreuses méthodes
Méthodes invasives (Biopsie
gastrique)
Méthodes non
invasives
Anapath
Culture
PCR
Test rapide urée (TRU)
Examen Direct (ED)
Test respiratoire
Ag Selles
Sérologie
Objectif de l’étude :
• Mettre en place le diagnostic moléculaire par PCR d’H.pylori et
d’en évaluer l’apport par rapport aux techniques
conventionnelles : détection d’H.pylori et sa résistance à la
Clarithromycine
(Au laboratoire de microbiologie du CHU Mustapha-Alger)
Méthodologie: Critères de l’étude
Etude rétro-prospective 6ans de 2008 à 2014
Multicentrique : 3 services, pratiquant l’endoscopie digestive haute, d’Alger
(CHU Mustapha , CHU BEO, EPH Bologhine)
Patients: Adulte, symptomatique consultant pour une EDH (Douleurs épigastriques), jamais traités
Biopsies gastriques : 320 263 sélectionnées (PCR vs Culture)
Méthodologie: Diagnostic au laboratoire
Biopsies
gastriques
(2 paires)
Diagnostic conventionnel : Sur fragement biopsique
Diagnostic moléculaire : Sur éxtrait d’ADN
TRU Gram Culture Test de sensibilité Cl
1ère paire
2ème paire
PCR H.pylori +
Résistance à Cl
PCR gènes de
virulence H.pylori
(CagA + vacA)
PCR multiplex : Détection du gène ureA et des
mutations à l’origine de la résistance à la
Clarithromycine (A2143G,A2142G)
Culture
Etalement sur gélose Columbia + (Dent, sang frais humain, PVX)
Incubation : 12jrs en jarre avec générateur de microaérophilie à 37°C
Lecture : J4, J8 et J12
Colonie suspecte : Gram , uréase, Oxydase, Catalase
Antibiogramme : Subculture sur MH-CMI par E-test
(CLSI)
Broyat de
biopsie
Méthodologie: Diagnostic au laboratoire
Biopsies
gastriques
(2 paires)
Diagnostic conventionnel : Sur fragement biopsique
Diagnostic moléculaire : Sur éxtrait d’ADN
TRU Gram Culture Test de sensibilité Cl
1ère paire
2ème paire
PCR H.pylori +
Résistance à Cl
PCR gènes de
virulence H.pylori
(CagA + vacA)
PCR multiplex : Détection du gène ureA et des
mutations à l’origine de la résistance à la
Clarithromycine (A2143G,A2142G)
PCR multiplex
( Hp et résistance Cl)
Broyat de
biopsie
Extrait d’ADN
Amplification
d’ADN
Kit
commerciaux
Révélation
24H
Résultats
Résultats :
Détection de l’Hp
24%
61%
15%
Positive N=63 Négative N=160 Contaminée N=40
Résultats de la culture d’Hp N=263
24% 62,40%
37,60%
Positive N=164 Négative N=99
Résultats de la PCR N=263
62,4% Vs
Optimisation du taux de détection de 101 cas supplémentaires : 38,4%
Résultats :
Détection d’Hp: cas appariés culture/PCR
Culture Positive Négative Positive Négative Contaminée Contaminée
PCR Positive Négative Négative Positive Positive Négative
Nombre 63 93 00 67 34 06
Commentaire
Vrai
positif
24%
Vrai
négatif
36%
/ Formes
coccoïdes
Pb de transport et de
prélèvement
101 cas
Résultat:
Sensibilité à la CL
263
Bx gastriques
63
Culture +
31 CMI réalisées (49,2%)
25 Sensible Cl
81%
06 Résistant Cl
19%
164
PCR +
100 Sensible Cl 61%
64 Résistant Cl
39%
20%
Résultat:
PCR Hp
La PCR a permis en plus de déterminer la taux de
résistance à la Clarithromycine mais aussi de savoir la
principale mutation à l’origine de cette résistance qui est la
A2143G (87,5%) qui confère une résistance de haut niveau
à la Clarithromycine
Discussion
Le taux faible de détection d’Hp par les techniques conventionnelles (culture) de 24% est
étroitement lié aux exigences atmosphériques et culturales de la bactéries (1ere expérience dans le
domaine)
-En Fr ce taux est de 39,2%* (984 bx) dans une étude réalisée en 2014 au Centre de référence des
Helicobacters à Bordeaux
-En Turquie: 29,6%** (149 patients) de 2012
-Au Maroc: 26%*** (64 patients) de 2002
La PCR a optimisé les taux de détection de l’Hp de 30% (101 cas supp) palliant ainsi aux contraintes
culturales liées à la bactérie.
-En Fr la PCR a permis d’optimiser le taux de détection de 3% avec 42,3%* (30 cas supp)
*Lehous P, Ducournau A, Bénédjat L, Sifré E, Bessède E, Mégraud F.Résistance de Helicobacter pylori aux antibiotiques. Bilan d’une étude nationale menée en 2014. (Communication orale N°74).Ricai; 2015 Dec 14-15; Paris, France.
***Seffar M et al. Helicobacter pylori : diagnostic biologique. Med Mal Infect. 2002; 32: 735–737.
**Cağdaş U et al. Detection of Helicobacter pylori and antimicrobial resistance in gastric biopsy specimens. Mikrobiyol Bul. 2012 Jul; 46(3): 398-409.
Discussion
La résistance primaire d’Hp à la Clarithromycine est de 19% par antibiogramme standard, ce
taux est passé à Alger de 6%* en 2004 à 12% **en 2008 (LNRH)
Cependant par technique moléculaire (PCR) on obtient un taux de 39%*** largement
optimisé et étudié pour la première à l’aide de cette technique en Algérie.
*Touchene , Résumé SNFGE 2004
**Mouffok F et al. Résistances primaires et secondaires de Helicobacter pylori aux antibiotiques : épidémiologie et impact sur l’efficacité du traitement éradicateur de l’infection. Saidal Santé. Fev 2013; 14: 32-37.
*** High-level primary clarithromycin resistance of Helicobacter pylori in Algiers, Algeria: a prospective multicenter molecular study. Microbial Drug Resistance .2015
Pays
Taux de
résistance
primaire
Année de publication /
Période d’étude
Nombre
éch
Auteur /Journal
Europe
Allemagne 3,3% 2002 /1995-2000 - Wolle K (JMM)
Finlande 4% 2011/2000-2008 505 Pirkko Kostamo (IJAA)
Bulgarie 20% 2014 /NP 50 Boyanova.L (DMID)
France 19,1%
29,3%
22,2%
2010 /2004-2007
2012 /2010-2012
Pylorikine
2015/ 2014 CNR Hp
530
-
416
Raymond.J (Helicobacter 2010)
Burucoa.C (Ricai 2014)
Lehous (Ricai 2015)
Italie 23% 2003 /1998-2002 406
Turquie 30% 2010/NP 40 Demet Kaya (CTR)
Asie
Iran 14,3% 2012/ 2010-2011 112 Milani (JIC)
Vietnam 34,2% 2014/2012-2014 92 Trung Nam Phan (IJAA)
Chine 37,5% 2014/2008-2012 600 Zhiqiaang Song (DLD)
Pakistan 37% 2012/2009-2010 162 Rajper (JPMA)
Maghreb Tunisie 15,4% 2010/2005-2007 273 Ben Mansour (ACMA)
Maroc 25% 2012/-NP 144 Alaoui (Ricai 2012)
Situation mondiale de la résistance primaire à la Clarithromycine
Au final ….
La PCR contribue sans doute à l’optimisation de la détection au laboratoire d’Hp et de sa résistance à la Cl.
Progression du Taux de résistance primaire à la Cl : Actualisation des données locales impact sur la prise en charge thérapeutique
Notre espoir : Pour une meilleure prise ne charge de ces patients
-La disponibilité du diagnostic bactériologique d’Hp dans les laboratoires : Réseau de biologiste
( diagnostic , surveillance et études comparatives)
-Adapter le traitement d’éradication de l’Hp en fonction des données locales de sa résistance à la Cl en accord
avec les recommandations internationales*
-Privilégier une thérapeutique guidée par PCR ou Antibiogramme.
*Malfertheiner P, Mégraud F, O’Morain C and al. Management of Helicobacter pylori infection - The Maastricht IV/Florence Consensus Report. Gut 2012; 61: 646-664.
Merci de votre attention