Recherche documentaire et critique de l'information ...€¦ · Master complémentaire en médecine...

Master complémentaire en médecine vétérinaire spécialisée - ULg – 1er cours 9/10/2012 S. Vandenput

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Recherche documentaire et critique de l’information scientifique (DOCU0445)

Bibliothèque des Sciences de la Vie

Sandrine Vandenput [email protected]

Master complémentaire en médecine vétérinaire spécialisée Université de Liège

Recherche documentaire et critique de l'information

scientifique DOCU0445

2012-2013

Pourquoi ce cours ?

Prendre des

décisions

La situ

ation,

le cont

exte

(patie

nt…)

Les meilleures preuves du

moment Vos connaissances,

votre expérience

Qu’entend-on par « preuves » ?

Preuves (evidence en anglais) = données scientifiques qui sont fondées sur les connaissances actuelles

Cette notion de preuve n’a de sens que si elle respecte le contexte dans lequel elle sera interprétée

⇒ notion d’evidence-based (veterinary) medicine ou d’evidence-based practice

Tenir compte des meilleures preuves du moment = maîtrise de l’information

•  reconnaître son besoin d’information(s)

•  pouvoir déterminer la nature et l’étendue de l’information nécessaire

•  être capable de trouver les documents adéquats

•  être capable d’évaluer l’information de manière critique

•  être capable d’utiliser l’information efficacement

Compétences requises


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Plan du cours

þ  où est publiée l’info scientifique ? documents primaires þ  comment trouver ce dont on a besoin ? outils

þ  références bibliographiques : typologie þ  rédaction scientifique þ  publication scientifique

Plan du cours

  Recherche d’information scientifique : méthodologie

  Communication scientifique

  Principes de la lecture critique

þ  et notions d’Evidence-based Medicine (ou Practice)

Théorie : 2 h le 9/10, le 16/10, le 23/10 et le 30/10

Formation pratique : le 6/11 et le 13/11

Programme

+ à envisager : visite de la Bibliothèque des Sciences de la Vie (CHU)

Ø  à l’antenne VT de la Bibliothèque - sur ordinateurs Ø  par groupe de 10 étudiants dates

Notes de cours : sur MyULg

Bibliothèque des Sciences de la Vie

au CHU (niveau -1) Horaire d’ouverture :

§  du lundi au vendredi : de 8.30 à 21.00 §  samedi de 9.00 à 18.00

Particularité pour la médecine vétérinaire Antenne de proximité en FMV :

§  du lundi au vendredi : de 17.00 à 19.00 §  lundi et jeudi matin : de 9.00 à 13.00 §  mercredi PM : de 14.00 à 17.00

§  ouvrages de la discipline !


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§  sujet de votre choix !

§  recherche documentaire

-> min. 5 articles scientifiques pertinents & min. 1 site Web pertinent

§  rédiger une synthèse d’une page

selon les instructions aux auteurs d’une revue

et les règles de la rédaction scientifique

Programme

= un travail à venir présenter oralement

  Modalités d’examen

Programme

Procédure à suivre (Aide-mémoire pour l’examen) : disponible à partir du site web de la Faculté -> horaires

  Modalités d’examen

dans quels documents trouve-t-on l’information scientifique ?

documents primaires

par déf. (AFNOR*) : document présentant une information à caractère original

… apportant une contribution nouvelle à la science

Sources d’information

du point de vue du « contenu intellectuel »

*Association française de Normalisation


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= documents primaires chapitre de livre article scientifique « littérature grise »

3 sources majeures :

Chaque document primaire est (notamment) identifié par la (les) personne(s) qui l’ont rédigé

par définition : personne(s) ou collectivité(responsable(s) du contenu intellectuel d’un document

auteur (author)

1re source d’information scientifique :

le contenu des monographies (ouvrages, livres)

Sources d’information Document primaire : chapitre /livre

Le livre (monographie, ouvrage) = document physique

= assemblage de feuilles imprimées et reliées ! minimum de 48 pages

-> l’unité d’information qui est considérée = chapitre du livre

ouvrage collectif, dont les chapitres sont rédigés par différentes personnes,

sous la responsabilité d’un éditeur scientifique

les chapitres sont écrits par une (ou plusieurs) même(s) personne(s) (auteur(s))

à distinguer :

deux types d’ouvrages


= monographie écrite par une seule personne

Auteur : N.J. Salkind

Titre : Statistics for People Who (Think They) Hate Statistics

Mention d’édition : 3rd edition



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= monographie écrite par 2 personnes

Auteurs : M. Moll & N. Moll

Titre : Précis des risques alimentaires. 2e édition

ISBN : 978-2-7430-1053-9


Depuis le 1er janvier 2007 : 10 -> 13 chiffres

pour augmenter la capacité de numérotation du système ISBN

Auteur = collectivité

Auteur : Organisation mondiale de la Santé animale Titre de l’ouvrage : Code sanitaire pour les animaux aquatiques. 11e édition Editeur commercial : Organisation mondiale de la Santé animale


La rédaction de chaque chapitre est confiée à un ou plusieurs auteurs mais le tout est supervisé par un ou plusieurs éditeurs scientifiques

par définition : personne(s) ou collectivité(s) responsable(s) de la préparation, pour la publication, d’un document du point de vue de son contenu intellectuel

Éditeur scientifique (editor)

Cas particulier des ouvrages collectifs


t i t r e d e l ’ o u v r a g e : C l i n i c a l Biochemistry of Domestic Animals mention d’édition : sixth edition éditeurs scientifiques : Kaneko, Harvey & Bruss éditeur commercial : Academic Press

= ouvrage collectif càd la rédaction de chaque chapitre a été confiée à un

(des) spécialiste(s)



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Chapitre 1 du « Clinical biochemistry of domestic animals. 6th edition », rédigé par T.B. Farver = ouvrage collectif


Ouvrage collectif

éditeurs scientifiques (sur page de couverture) + collaborateurs (contributors)


En pratique : nom et ville

Dernière notion concernant les ouvrages scientifiques

par définition : personne(s) ou collectivité(s) responsable(s) de la production et de la diffusion d’un document

Éditeur commercial (publisher)

exemple : Mosby - St Louis


éditeur commercial (publisher)



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LC

DA40

2012 LC DA40 2010

Classement thématique alpha-numérique

à l’antenne de proximité (FMV) de la Bibliothèque

des Sciences de la Vie

LC DA40 2012


ouvrages E-books

de plus en plus d’ouvrages sont également (ou exclusivement) accessibles en version électronique

avec ou non une plus-value quant à l’information disponible


-> à l’ULg, à cette date, ± 8500 e-books dans le domaine des Sciences de la Vie

2e source majeure d’information scientifique :

  source la plus importante : + de 90 % de l’information scientifique   information structurée, publiée, selon certaines règles, dans un périodique scientifique (= document physique)

  de 2-3 à ± 30 pages

  1 ou plusieurs auteur(s) (on parle alors des co-auteurs)

l’article scientifique

Sources d’information Document primaire : article scientifique

Principalement 3 types d’articles scientifiques

1. Article de recherche

2. Synthèse (narrative) de la littérature

3. Article descriptif : cas clinique(s)


On verra cela en détail à un prochain cours


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1. Article de recherche

Il peut être le fruit :

•  d’une analyse (synthèse) méthodique des connaissances actuelles

•  d’une expérimentation

•  d’une observation


Structure de l’article de recherche

Titre et résumé (abstract)

Introduction

Matériel et méthodes Résultats Discussion

Références

modèle IMReD et

(IMRaD en anglais)


structure

Article de recherche


18 juments

ttt n°1 ttt n°2 placebo

3 groupes constitués au hasard

à  expérimentation (étude contrôlée randomisée)

Equine Veterinary Journal, 2010, vol. 42, 438-443.



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T0 T1 (1 an)

Groupe étudié : 32 chiens avec paralysie du larynx

comparés à 34 chiens sains - évaluation des risques de pneumonie par erreur de lieu -  évaluation clinique neurologique

à  observation (étude de cohorte prospective)

Veterinary Surgery, 2010, vol. 39, 139-149.


publié dans Veterinary Dermatology 2010

Volume 21 Pages 4-22


à  synthèse méthodique de la littérature

Digital object identifier (DOI) littéralement « identifiant d'objet numérique » = mécanisme d'identification des ressources numériques, dont les articles scientifiques

En pratique ? http://www.doi.org


= synthèse aussi complète que possible des connaissances sur un sujet

Mais, contrairement à la synthèse méthodique, l’auteur de la revue de la littérature procède lui-même à la sélection des données qu’il va inclure dans son article En pratique : (en général) beaucoup de pages, avec beaucoup de références bibliographiques & une structure propre à la volonté de(s) auteur(s)

2. Synthèse (narrative) de la littérature



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publié dans Neuromuscular Disorders 2008

Volume 18 Pages 277-287


Synthèse narrative (revue) de la littérature

(review)


cela ressemble très fort à un

chapitre de livre

Synthèse narrative

(revue) de la littérature

Synthèse narrative

(revue) de la littérature


Le titre est, dans ce cas, explicite : (…) review of the literature

publié dans Journal of Feline

Medicine and Surgery, 2012

a pour but de rapporter la description d’un cas (ou d’une série de cas) et de le commenter brièvement

3. Article descriptif



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þ  publication à intervalles réguliers

þ  ISSN (International Standard Serial Number)

þ  disponible en format papier (à la BSV au CHU) et/ou électronique

= document physique, contenant des articles scientifiques

Périodique scientifique


L’Hebdo Vétérinaire

Le Point Vétérinaire

Antimicrobial Agents and Chemotherapy

Poultry Science

Journal of Comparative Pathology

American Journal of Physiology

Equine Veterinary Journal

Périodiques scientifiques ou revues scientifiques


Dans le « monde vétérinaire » :

ü  ± 7400 périodiques (+ de 50 langues différentes)

titres « essentiels » : ± 500

+ tous les titres multi-disciplinaires (agriculture, médecine, éthologie…)

À l’ULg : ü  170 titres format papier (à la BSV) ü  + 690 autres titres accessibles uniquement en format

électronique

dont 72 % également électronique


fascicule de mars

n° 1

fascicule de juin

n° 2

Chaque fascicule est composé de x articles

scientifiques

volume



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En pratique :

Le périodique “Poultry Science ”

Août 2012 Volume 91, fascicule 8 pages 1745-2078 Ce fascicule contient 45 articles

Périodique publié pour la première fois en 1921

ISSN : 0032-5791


En pratique :

Le périodique“Veterinary Record ”

1 fascicule par semaine

2 volumes par an comprenant chacun 26 fascicules

Pour 2012 : volume 170 et volume 171


Table des matières du fascicule 4, volume 171 (July 2012)


« Notoriété » des périodiques

« index bibliométriques » = mesures internationalement validées permettant d’estimer la notoriété d’un périodique dans la communauté scientifique

  facteur d’impact

  demi-vie citée

  index d’instantanéité

calculées par l’ISI (Institute for Scientific Information)



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Accessible uniquement via l’intranet


= données récupérées dans + de 8000 périodiques pour la partie Science

Raccourci (qui vaut pour tous les outils et liens qui vous seront utiles) :

à partir de la page web de la Faculté de Médecine vétérinaire

Clic sur Ressources documentaires


Clic sur ce lien pour accéder à une page dédicacée aux

outils et liens utiles pour la recherche d’information


Pour le Veterinary Journal en 2011



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Facteur d’impact (Impact Factor)

= rapport entre (i) le nombre de fois que des articles publiés dans un périodique sont cités sur une période de deux ans et (ii) le nombre d’articles publiés par ce périodique pendant la même période.

Par ex. pour le Veterinary Journal nbre de citations en 2011 (d’articles publiés en 2009 & en 2010) : 589 + 468 = 1057 nbre d’articles publiés (2009 & 2010) : 231 + 241 = 472 FI du Vet. J. en 2011 = 1057/472 = 2.239


Limites du facteur d’impact

•  prise en compte uniquement des périodiques peer-reviewed (pas des ouvrages ni de la littérature grise…)

•  ne mesure pas directement la qualité scientifique d’un périodique ou des articles qui y sont publiés mais aussi le dynamisme de la publication et la disponibilité du périodique

•  influence des auto-citations (surtout à court-terme)

•  différence importante en fonction des domaines de recherche

-> il ne devrait pas être utilisé pour évaluer le CV d’un chercheur


Demi-vie citée (cited half-life)

rend compte de l’ancienneté ou du caractère récent des articles cités dans une revue Pour le Veterinary Journal, en 2011 :

Cited Half-Life = 4.2 years Cela signifie que la moitié des articles issus de ce périodique et cités en 2011 ont été publiés depuis moins de 4,2 années


Index d’instantanéité (immediacy index) = rapport, pour l’année concernée, du nombre d’articles publiés dans une revue faisant l’objet de citations sur le nombre total d’articles publiés par cette revue la même année = rapidité avec laquelle un article est cité (moyenne par revue)

Par ex. pour le Veterinary Journal 210 citations d’articles publiés en 2011 ont été citées en 2011 sur les 266 articles publiés en 2011 dans le Vet. J. -> 210/266 = 0.789



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1 2 3

1. périodiques citant des articles publiés dans le Vet. J. 2.  périodiques cités par le Vet. J. 3.  graphe représentant l’évolution du facteur d’impact sur les 5

dernières années




Subject categories Veterinary Sciences : n = 145



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les plus hauts facteurs d’impact

(2011)

Pour le périodique « Animal Conservation »

Journal ranking : en terme de

facteur d’impact


Définition AFNOR* : « document dactylographié ou imprimé, produit à l’intention d’un public restreint, en dehors des circuits commerciaux de l’édition et de la diffusion »

= « non conventionnelle » ou « souterraine »

Sources d’information Document primaire : littérature grise

3e source d’information scientifique :

la « littérature grise »

* Association française de Normalisation

§  plus difficile à consulter (plus difficile à se procurer) §  et donc plus délicat à référencer !

la « littérature grise »

Attention : par définition, une bonne référence doit être pertinente et facile à consulter par tout lecteur !

  compte-rendus de congrès (proceedings)   thèses non publiées, mémoires   rapports de commission d’étude, etc.   brevets et normes   notes de cours, syllabus   etc.

Sources d’information Document primaire : littérature grise


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comment trouver ce dont on a besoin ? outils de recherche

1.  localisation des documents physiques : catalogue consultation d’un CATALOGUE

Localisation d’un document

à partir d’une référence bibliographique dans un texte scientifique

à partir d’une notice bibliographique issue d’une base de données

bibliographiques

Outils de recherche de l’information Catalogue

Extrait d’un document primaire

extrait d’un article scientifique, d’un chapitre de monographie, etc.

Référence bibliographique


Notice bibliographique

Extrait d’une base de données bibliographiques



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Catalogue

 par définition ayant pour fonction principale de recenser les documents présents dans une bibliothèque ou un groupe de bibliothèques


À l’ULg : Source

http://source.ulg.ac.be

Quelles infos trouve-t-on dans les catalogues ?

§  présence du document recherché

§  pour les périodiques : état de collection et accès (quand possible) au format électronique

  parmi les bibliothèques   dans la bibliothèque : cote de rangement

§  sa localisation = document physique


Catalogue de l’Université de Liège Source


Source


Adresse URL : http://source.ulg.ac.be:

Raccourci (qui vaut pour tous les outils et liens qui vous seront utiles) :

à partir de la page web de la Faculté de Médecine vétérinaire

Clic sur Ressources documentaires


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Document primaire

Chapitre de livre

Article scientifique

Communication à un congrès

Document physique

•  Livre

•  Périodique scientifique

•  Acte du congrès (proceedings)


1 document primaire = 1 unité d’information

Ce qui peut être localisé grâce au catalogue

Plusieurs options pour affiner les recherches

1.

2.


Pour localiser un livre à l’ULg : deux options de recherche

  nom de famille de ou des auteur(s) / éditeur(s) scientifique(s)

  titre du document (partiel ou entier)

http://source.ulg.ac.be/

Localisons le Saunders Manual of Small Animal Practice


En cliquant sur BSV-vétérinaire

dans la bibliothèque, à la cote de rangement DF44



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Pour localiser un périodique : une seule option de recherche

  titre du périodique (entier ou partiel)

parfois deux options : format papier et/ou électronique (généralement uniquement accessible en intranet)


Notion très importante

État de collection d’un périodique

  propre à une bibliothèque

  donne la date de début de collection et la date (éventuelle) de fin de collection ainsi que les éventuelles lacunes

-> disponible à l’ULg, dans la Bibliothèque des Sciences de la Vie, depuis le volume 57 de 1920 jusqu’aujourd’hui (dernier fascicule papier reçu : celui d’août 2012, c’est-à-dire le fascicule 4 du volume 241). Il manque juste les fascicules 1 et 2 du volume 190 (1987).


Journal of the American Veterinary Medical Association

Version papier

Version électronique

Exemple


Davidson A.P., Baker T.W. Reproductive ultrasound of the bitch and queen. Topics in Companion Animal Medicine, 2009, 24: 55-63.

Les infos utiles pour trouver le document ? méthodologie

Ø  document physique = périodique 1. document primaire ? -> article scientifique

3. l’année de publication de l’article (4. n° du volume)

-> titre du périodique ? 2. document physique ?



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Topics in Companion Animal Medicine, 2009, 24: 55-63


en cliquant sur

Mais il y a mieux :

…la possibilité d’avoir l’article en version .pdf ssi vous êtes en intranet ULg

clic


Outil « Primo » = nouvelle interface pour interroger (notamment) le contenu du catalogue de l’ULg

permettra d’effectuer des recherches en même temps sur le catalogue, sur le web et les bases de données…

Implémentation prévue : 1er trimestre 2013

Wait and see


comment trouver ce dont on a besoin ? outils de recherche

2. Recherche de références : bases de données bibliographiques


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Outils de recherche de l’information

Comment répondre à un besoin d’information(s) ?

Outils spécifiques très performants : bases de données bibliographiques

①  principes et élaboration de la question documentaire

②  bases de sommaire

③  bases analytiques

? difficulté

n°1

sélection de références (normalement)

pertinentes

difficulté n°2

Outils de recherche de l’information BdD : principes

Comment ? en recensant la table des matières des périodiques

 par définition  ayant pour fonction principale de signaler les documents au fur et à mesure de leur parution

Base de données bibliographiques

§  bases de sommaire §  bases analytiques


Comment l’information est-elle stockée dans une base de données bibliographiques

et sous quelle forme ?

infos utiles

Analyse du contenu par des spécialistes !

Rédaction d’une notice

bibliographique

chapitre / livre article scientifique littérature grise

Document primaire

1 notice par document primaire



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Octobre 2009

notice bibliographique base de données

11 (10) : 783-792

Base de données constituée de

millions de notices

Question(s)

Interrogation logiciel

La pertinence des réponses dépendra de la pertinence de la formulation de la question !


Comment fonctionne un logiciel d’interrogation ?

? kliovsm logiciel

sélection des notices ! Aucune intelligence de la part du logiciel !

impératif de bien rédiger sa question

documentaire (concepts, opérateurs

booléens et parenthèses, thésaurus)

!


producteur usager

documents question(s)

Représentation formalisée

des documents

Représentation formalisée

des questions Appariement

D’après Lefèvre, 2000



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Chaque notice bibliographique regroupe trois types d’informations :

1.  permettant l’identification du document : titre, auteur(s), nom du périodique, date de publication…

2. décrivant le contenu informationnel : titre, mots-clés, résumé, type de publication (article expérimental, synthèse…)… 3. décrivant sa constitution physique : nombre de pages, langue de rédaction…


1re étape : analyse du besoin

2e étape : quel(s) outil(s) interroger ? = quelle(s) base(s) de données bibliographiques ?

3e étape : élaboration de l’équation de recherche

ultime étape : critique des résultats obtenus

besoin d’information(s) scientifique(s)

Outils de recherche de l’information ? Question documentaire ?

Outil : bases de données bibliographiques

besoin d’information(s) scientifique(s)

1. élaborer l’équation de recherche (processus intellectuel)

1.  définir son besoin : concepts 2.  en fonction de l’outil interrogé, traduire ces concepts 3.  les associer : opérateurs booléens

2. soumettre l’équation de recherche au logiciel


1. définir son besoin : les concepts

ssi bonne définition préalable du sujet de recherche qui ? quoi ? quand? où? comment ? pourquoi ?

= éléments de la requête

v  peut être multicritérielle : la recherche s’effectue sur tous les champs interrogeables, tels que prévus par le logiciel (par ex. auteur, titre, année de publication…)

processus intellectuel

!



25


Tout ce que vous avez toujours voulu savoir sur…

les dernières avancées en matière de vaccination chez le chat

1er concept : vaccination 2e concept : chat

1. déterminer les concepts

?


Tout ce que… F. Bart a écrit sur les pathologies

respiratoires d’origine allergique chez les équidés

1er concept : Bart F. 2e concept : pathologies respiratoires d’origine allergique 3e concept : équidés


?


Tout ce qui… est paru dans le Journal of Immunity

depuis 2000 sur la rage


1er concept : Journal of Immunity 2e concept : 2000 à 2012 inclus 3e concept : rage

?



Tout sur… l’aspect épidémiologique de la toxoplasmose en

Belgique et en France

1er concept : aspect épidémiologique de la toxoplasmose 2e concept : Belgique 3e concept : France

?



26


1.  définir son besoin : les concepts

1’. ce que vous ferez de ces concepts dépendra de l’outil que vous interrogerez !

soit vous recherchez une page web : vous utiliserez le langage naturel

soit vous recherchez des articles scientifiques --> dans une base de données bibliographiques analytique : vous devrez traduire chaque concept --> emploi du thésaurus --> descripteurs



concept

langage naturel descripteur issu d’un thésaurus

tous les synonymes + singulier-pluriel

en général : 1 descripteur pour 1

concept

web & bases de sommaire bases analytiques


concept

langage naturel

tous les synonymes swine, swines, pig,

pigs, hog, hogs, piglet, piglets, sow… + autres langues

descripteur issu du thésaurus

thésaurus : swine


Et si je vous dis « jaguar »

À quoi pensez-vous ?

… …



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2. combinaison des termes grâce aux opérateurs booléens

ET, OU et SAUF, les opérateurs de l’algèbre de Georges Boole (1815-1864)



Union Ou, Or A B

A or B

Intersection

A and B

Et, And, +

Sauf, Not, -

A Not B

Exclusion


dogs AND cats AND respiratory diseases

!

équation de recherche


(dogs OR cats) AND respiratory diseases

!

(dogs respiratory diseases) OR (cats AND respiratory diseases)

équations de recherche



28


dogs OR cats OR respiratory diseases

!

équation de recherche


La rédaction d’une équation de recherche utilisant différents opérateurs booléens

requiert d’isoler les groupes de concepts/descripteurs par des parenthèses

!


Bruit = toute référence qui se trouverait dans la sélection finale mais qui ne correspondrait pas au besoin !

Silence = fait que certaines références pertinentes ne soient pas trouvées lors de la recherche !

Les dangers d’une mauvaise interrogation


En résumé pour aujourd’hui

Question : vous cherchez des publications récentes sur la l’intoxication par des pesticides chez les chiens et les chats

Concepts :

Concept 1 intoxication pesticides

Concept 2 chiens

Concept 3 chats

Opérateurs booléens :

AND ( OR )



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Outils de recherche de l’information

Comment répondre à un besoin d’information(s) ?

Outils spécifiques très performants : bases de données bibliographiques

①  principes et élaboration de la question documentaire

②  bases de sommaire

③  bases analytiques la semaine prochaine

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