MERS-CoV : Middle-Est Respiratory

Syndrome Coronavirus

Astrid Vabret

Laboratoire de Virologie, CHU de Caen

Centre de Référence National de Référence

pour les paramyxoviridae et la rougeole

EA4655 Unité de Recherche Risques Microbiens

Université de Caen Basse-Normandie

CEMI 19

4 avril 2019

Institut Pasteur - Paris

MERS-CoV : histoire d’une émergence

Emergence récente (2012) liée à l’infection

de l’homme par un virus nouveau

Pathologie respiratoire grave

Emergence dans une zone géographique

limitée au Moyen – Orient actuellement

Probable réservoir animal, plus ou complexe

: x populations animales

épidémiologiquement liées et permettant le

maintien dans la nature du virus

Le virus responsable est un coronavirus

(connaissances acquises ++)

Contact Homme -

Réservoir animal

Franchissement(s) de barrière

d’espèce

Transmission interhumaine

Adaptation

Sélection des variants

R0 > 1

Virus respiratoires émergents : 3 familles virales sous surveillance

Paramyxoviridae Coronaviridae Virus Influenza

MIB ? MIC ?

MIA H1N1

H2N2

H3N2

H5N1

H7N9,etc

HCoV « classiques »

1967

229E

OC43 *

HCoV « nouveaux »

2004 - 2005

NL63 *

HKU1

HCoV « émergents »

2003 et 2012

SARS-CoV *

MERS-CoV

Tropisme respiratoire

* : origine zoonotique

Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.

20 septembre 2012 : Dr Zaki,

microbiologiste, annonce Online, sur le site

ProMED qu’un nouveau coronavirus a été

identifié

Juin : cas index

Arabie Saoudite

MERS-CoV : l’émergence, année 2012

Publié le 17 octobre 2012

Patient n°1 : homme de 60 ans, sans antécédent notable

Djeddah, Arabie Saoudite, hospitalisation le 13 juin 2012

Admission J+2

Infection respiratoire sévère

Et défaillance rénale aiguë

Décès à J+11

Patient 1

Virus obtenu en culture

cellulaire

Identification moléculaire d’un

virus du genre coronavirus

Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.

20 septembre 2012 : Dr Zaki,

microbiologiste, annonce Online, sur le site

ProMED qu’un nouveau coronavirus a été

identifié

Juin : cas index

Arabie Saoudite

26 septembre 2012 : l’équipe de Ron Fouchier

à Rotterdam dépose la séquence complète du

nouveau coronavirus dans GenBank :

betacoronavirus 2c EMC/2012

Corman VM et al., Eurosurveillance.org

MERS-CoV : l’émergence, année 2012

27 septembre 2012 :

publication des premiers tests

diagnostiques moléculaires

Coronavirus : 4 genres alpha-, beta-, gamma-, et delta-

Beta Coronavirus

Arbres phylogénétiques construits à partir de 42 séquences

complètes de génomes de coronavirus. Kin N et al., en préparation

OC43

γ

α

β

Coronavirus : un très large spectre d’hôte, un réservoir animal potentiel étendu

OC43 1966

HKU1 2005

229E 1966

NL63 2004 SARS-CoV 2003

MERS-CoV 2012

Corman WN et al., 2014

Woo PC et al., J. Virol. 2014

Woo PC., EID 2014

2010 : Betacoronavirus (VM314/2008) de Pipistrellus pipistrellus bat

aux Pays-Bas : 88% identité nt avec MERS-CoV dans RdRp 332 nt

(ORF1b) Reusken CB et al., 2010, Vector Borne Zoonotic Dis

Emerging Infectious Diseases :

Memish ZA et al., 2013, Vol 19, Number 11

MERS-CoV in Bats, Saudi Arabia : Prélèvements en Octobre 2012 et

Avril 2013 : 28% CoV ARN prevalence, MERS-CoV chez 1 chauve-

souris (Taphozous perforatus), 100% d’identité nucléotidique sur 190 nt

Tests diagnostiques : dépistage et confirmation. Agent classe 3

Corman VM et al, Eurosurveillance 27.09.2012 / Eurosurveillance 06.12.12

ORF 1a ORF 1b L

5

’ 3

’

HE S NS E M N

M Le Gouil, JC Manuguerra, 2013

Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.

20 septembre 2012 : Dr Zaki,

microbiologiste, annonce Online, sur le site

ProMED qu’un nouveau coronavirus a été

identifié

Juin : cas index

Arabie Saoudite

26 septembre 2012 : l’équipe de Ron Fouchier

à Rotterdam dépose la séquence complète du

nouveau coronavirus dans GenBank :

betacoronavirus 2c EMC/2012

Corman VM et al., Eurosurveillance.org

MERS-CoV : l’émergence, année 2012

27 septembre 2012 :

publication des premiers tests

diagnostiques moléculaires

22 septembre 2012 : the UK

Health Protection Agency

confirme un cas n°2

originaire du Qatar : nCoV

Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.

MERS-CoV : l’émergence, année 2012

24 Avril 2012 : 13 cas groupés de

pneumopathies non étiquetées à

l’hôpital d’Amman, Jordanie. Cas index

: étudiant, début des symptômes le 21

mars 2012, hospitalisation le 5 avril

Tests rétrospectifs en Novembre 2012 :

MERS-CoV chez 2 cas mortels.

3 décembre 2012 : l’OMS

(Suisse) incite à une

surveillance des infections à

coronavirus, avec investigation

des cas suspects

Menace : MERS-CoV : un « remake » ?

Coronavirus associé au SRAS ou SARS-CoV :

Emergence en novembre 2002 en Chine du Sud

Circulation jusqu’en août 2003

Existence de superpropagateurs

8000 cas, 800 morts

Mortalité ≈ 50% chez les > 65 ans

Coùt du contrôle de la pandémie estimé à 30 – 60

billions de dollars

Connaissance de la biologie du SARS-CoV :

cycle de réplication, récepteur, évolution

I MacKay. VDU

MERS-CoV : 1er avril 2014: 207 cas, 87 décès. Mortalité 42%

Prédominance masculine. > 50 ans

Augmentation progressive du nombre de cas :

Mise en place des tests de détection

Facteur de risque de décès de l’infection par MERS-CoV :

existence de comorbidités

Source ECDC septembre 2013

Distribution des cas confirmés d’infections à MERS-COV. Avril 2012 au 24 septembre 2013

Mise en évidence d’un cluster nosocomial à Al-Ahsa (1,1 M d’habitants)

Assiri et al., NEJM 2013

N =23 cas du 1er avril au 23 mai 2013

15 décès (65% mortalité)

21 cas nosocomiaux dans 3 unités de soins

Incubation : 1,9 à 14,7 jours

Cas pauci-symptomatiques

Chaîne de transmission

hypothétique

Difficultés du diagnostic

sur prélèvement

respiratoire haut ?

Evolution de la charge

virale dans le temps ?

Lancet 2013

Patient 1 : patient index

Homme de 64 ans

9 – 17 avril 2013 : voyage organisé Dubai

ATCD : diabète, greffe rénale en 1998

Traitement par Ciclosporine, Cellcept et

corticoïdes

Sigmoïdite fin 2012

Hospitalisé pour fièvre et diarrhées

Patient 2 : cas secondaire

Homme de 51 ans

Hospitalisé le 26 avril pour

thrombose veineuse profonde

Aucun ATCD de voyage

HTA, dyslipidémie, pathologie

nécessitant corticoïdes depuis

juin 2012

Décès le 28 mai 2013

Chambre partagée (20 m2) pendant 3 jours, lits distants de 1,5 m, patient 1 confiné au lit, patient 2 mobile

Pas de nébulisation générée. Pas de protection particulière (masque, gants, casaques, visites)

Cotten M. et al., Mbio Février 2014

65 séquences MERS-CoV

Circulation de plusieurs

clades

L’étude conclue qu’il

existe probablement

une transmission

interhumaine limitée et

plusieurs

franchissements de

barrière d’espèce à

partir d’une source encore inconnue

tMRCA = mars 2012

R0 estimé < 1

26 mars 2014 : 200 cas, 85 mortels

Distribution des

différentes clades dans le

temps et l’espace

Persistance limitée de la

circulation des différentes

clades dans le temps :

absence de transmission

homme-homme soutenue

Peu de pression sélective

sur la protéine S (peu de

mutations d’adaptation)

Moyen – Orient :

Dromadaires : sources majeures de viande et de lait au Moyen-Orient (avec vaches,

chèvres, et moutons)

Ecuries de dromadaires de courses

Dromadaires :

réservoir animal ?

Reusken CB et al., Lancet Infect Dis 2013. Pereira RA et al., Euro Surveil, 2013. Haagmans BL et al., Lancet Infectious Dis 2014

. Woo PC et al., EID 2014

Mise en évidence chez les dromadaires (Oman, Iles Canaries) d’anticorps réactifs contre le

MERS-CoV (Ac neutralisant)

Détection de fragments ARN MERS-CoV dans les voies respiratoires de dromadaires (Qatar)

d’un élevage dont le propriétaire a été infecté par le MERS-CoV

A signaler : Identification récente d’un nouveau CoV dans les selles de jeunes dromadaires aux

EAU : betacoronavirus clade A : le DcCoV-HKU23 (prévalence 4,8%, séroprévalence 53 %,

séroprévalence MERS-CoV 100% !)

M. Le Gouil.. 2014

Ferguson NM et al., 2013

Scénario le plus probable :

Réservoir impliquant chiroptères et

dromadaires ?

Multiples franchissement de

barrières d’espèces à partir du

réservoir dromadaires

R0 < 1 chez Hommes

Pas de « super-propagateurs »

? Dc CoV (entérique)

MERS-CoV (respiratoire)

OC43 et HKU1

SARS-CoV

MERS-CoV

Beta coronavirus

Données manquantes :

Incidence de l’infection par le

MERS-CoV dans la

population dromadaire ?

Route de transmission

Dromadaires – Hommes ?

Consortium EPICOREM, projet ANR 2014 – 2017 Eco-epidemiology of coronaviruses from wildlife to humans

Université de Caen Basse-Normandie

EA4655

Astrid Vabret

Fabien Miszczak

Nathalie Kin

UMR1161 ANSES, ENVA, INRA

Sophie Le Poder

Stéphan Zientara

Institut Pasteur Paris

Meriadeg Ar Gouilh

Jean-Claude Manuguerra

Hervé Bourrhy

Valérie Caro

ANSES Nancy

Elodie Montchatre

Franck Boué

François Moutou

ANSES Ploufragan

Nicolas Eteradossi

Olivier Guionie

Ecole Vétérinaire Toulouse

Jean-Luc Guérin

Mariette Ducatez

Christine Legall-Reculé