LES AGENTS INFECTIEUX

Dr H. MANDIN – 20/10/2016

CLASSIFICATION DU VIVANT

� Organismes cellulaires :

� Procaryotes (unicellulaires) ►Bactéries

� Eucaryotes :

� Unicellulaires ►Protozoaires

� Parasites

� Pluricellulaires :� Mycètes� Végétaux� Animaux

� Organismes acellulaires :

=Nécessité d’1 cellule hôte pour se multiplier

� Présence d’acides nucléiques :

� Virus

� Absence d’acides nucléiques :

� Prions

BACTERIES

DEFINITION

� Procaryote unicellulaire d’~ 1µm

� Ubiquitaire :� Environnement

� Chez l’homme quantité de bactéries 10X > quantité de cellules

� Reproduction par scissiparité(division binaire)

FORMES POSSIBLES

� Sphéroïde = cocci

� Cocci gram positif :

� En amas : Staphylococcus spp

� Staphylococcus aureus = Staphylocoque doré

� Staphylocoques blancs

� En chaînettes : Streptocoques spp

� Streptococcus pyogenes = Strepto A

� Streptococcus agalactiae = Strepto B

� Streptococcus pneumoniae = Pneumocoque

� En diplocoques : Enterococcus spp

� Enterococcus faecalis

� Enterococcus faecium

� Sphéroïde = cocci

� Cocci gram négatif :

� Neisseria meningitidis = méningocoques > méningites

� Neisseria gonorrhoeae = gonocoque > IST

� Bâtonnets = bacilles :

� Bacilles gram négatifs :

� Entérobactéries � Escherichia coli� Salmonella spp.

� Pseudomonas aeruginosa (=Pyo)

� Bacilles gram positifs :

� Corynébactéries� Listeria monocytogenes

� Lactobacillus

� Bactéries spiralées = spirochètes :

� Treponema pallidum (=Syphilis)

� Leptospirose (endémique aux Antilles+++)

� Bactéries incurvées :

� Campylobacter spp.

� Bactéries fuselées :

� Fusobacterium (angine de Vincent)

STRUCTURE : éléments constants

� ADN chromosomique

� Membrane cytoplasmique interne� bicouche de

phospholipides

� Paroi

STRUCTURE : éléments inconstants

� Membrane externe :

� LPS (lipopolysaccharide)

� Lipide A ► Endotoxine : � TA, hyperthermie, leucopénie…

� Antigène O ► spécificité antigénique = sérotypage Ex : Salmonella typhi (Fièvre typhoïde) / Salmonella entéritidis (GE)

� Adhésines : � Adhérence aux cellules� Formation de biofilms sur matériel étranger (KT, prothèses…)

� Porines : Passage de molécules hydrophiles (ex : ATB)

� COLORATION DE GRAM

GRAM POSITIF (bleu)� Membrane interne� Paroi épaisse � Pas membrane externe

GRAM NEGATIF (rose)� Membrane interne� Paroi peu épaisse� Membrane externe

Coloration de gram

� +/- ADN plasmidique � Ex : gènes de résistance aux ATB

� Capsule :

� Résistance à la bactéricidie sérique► facteur de pathogénicité� Ex : Klebsielle > BMR

� Antigène de capsule K► sérotypage � Ex : Méningocoque A/B/C

� Pili :

� Pili sexuels : � Conjugaison des bactéries ► transmission de matériel génétique

� Ex : gènes de résistance ATB

� Pili communs : � production d’adhésine ► adhérence aux cellules / matériel

� Flagelles :� mobilité des bactéries� Antigène flagellaire H► sérotypage

� Cytoplasmique ► synthèse protéique :

� Toxines � Ex : choléra, E.coli entérotoxinogène (turista), Staph

doré (exfoliations, choc toxique, TIAC…)

� Permettant la pénétration intra-cellulaire :� Ex :mycobactéries (tuberculose), Légionelles

� Molécules de résistance : � Aux réactions immunitaires de l’hôte + ATB

RELATION HÔTE / AGENT INFECTIEUX

� Espèces commensales ► Flores� Normalement présentes = résidentes� Rôle protecteur � Jamais pathogènes ou pathogènes opportunistes dans certaines

conditions

� Espèces pathogènes� Systématiquement responsables d’infections� Différentes localisations, différents mode de transmission

� Espèces saprophytes� Environnement +++� Habituellement inoffensives � Pathogènes opportunistes dans certaines conditions

Espèces commensales = Flores

� Flore cutanée (102 à 106/cm2) :

� Propionibactrium acnes � Staphylocoque blanc (=coagulase négative) � Corynébactéries � Autres espèces (Entérobactéries…) > flore transitoire

� Flore voies aériennes supérieures (108/ml de sécrétion pharyngée) :

� Streptocoque : αhémolytique, S. pneumoniae � Neisseria : saprophytes, meningitidis � Haemophilus : parainfluenzae, influenzae

� Flore digestive (1011-1012 bactéries/gr selle) :

� Aérobies (entérobactéries (E.coli), entérocoques,…) � ↓ en descendant

� Anaérobies (Bactéroïdes fragilis, Clostridium…)� ↑ en descendant

� Flore vaginale (108-109 bactéries/ml sécrétions) :

� Anaérobies +++� Lactobacillus ++� Autres espèces :

� Gardnerella vaginalis / Atopobium vaginae / Mobiluncus� Ureaplasmes / Mycoplasmes� Streptocoque B/ Staphylocoque / Entérobactéries…

Espèces pathogènes

� Localisations humaines et environnementales ►Pathogénicité liée au mode de transmission

� Tellurique :

� Clostridium tetani ► tétanos

� Clostridium perfringens ► gangrène gazeuse

� Bacillus anthracis ► anthrax

� Listeria monocytogenes ► infections NN

� Hydrique :

� Vibrio cholerae ► choléra � Leptospirose (urines des rats)� Légionellose (tours réfrigérées, bras morts…)

� Agents strictement humains :

� Chlamydia trachomatis : 1èr agent d’IST bactérienne� Neisseria gonorrhoeae chez l’homme (blennoragie) :

2ème agent d’IST bactérienne� Bordetella pertussis : agent de la coqueluche

Espèces saprophytes

� Habituellement inoffensives

� Environnement� Chez l’homme (flore, portage asymptomatique)

� Environnement : � Pseudomonas aeruginosa (=Pyo)

� tropisme hydrique � Surinfections de plaies / Otites…

� Acinetobacter baumannii

� Stenotrophomonas maltophilia

Pathogènes opportunistes

� Quand ? : � baisse d’immunité� surinfection � altération des muqueuses….

� Notion de seuils établis par des référentiels différencie :� � Colonisation � � Infection

AU LABORATOIRE

� QUALITE DU PRELEVEMENT +++

� Respect des conditions d’asepsie ► contamination flore� Ex : hémocultures positives à SCN � Ex : urines contaminées par la flore vaginale et cutanée

� Respect des modalités de prélèvements :� Ex : IST Chlamydia ► 1er jet urinaire car germe intracellulaire

� Respect des conditions d’acheminement� Ex abcès, épanchement, digestif…:

si écouvillon : avec milieu de transport ► anaérobies † avec l’air � Ex prélèvement urétral : délai d’1 heure ► gonocoque † car fragile +++

Démarche de l’examen bactériologique

� Examen direct J0 ► germes, cellules…:

� Etat frais :� Présence de bactéries, levures, trichomonas…� Numération : leucocytes, hématies…

� Coloration de Gram :� Forme : cocci, bacille…� Coloration : gram +, gram -

� Cultures J1:

� Milieux solides : boîtes de Pétri� Milieux liquides� Fonction des besoins nutritionnels, sélectifs…

� Identification des germes J2 :

� Caractères biochimiques, sucres…� Galeries d’identification : API� Techniques automatisées

� Antibiogramme J3 :

� Sensibilité aux ATB

� Milieux liquides� Milieux solides (disques, CMI)

� Autres techniques :

� Sérologies : recherche d’anticorps dans le sang� Ex : Syphilis

� Recherche d’antigènes dans les sites infectés� Toxine Ex : Clostridium difficile� Sérotypage Ex : Salmonelles, Méningocoques

� Amplification génique PCR

ATB : mécanisme d’action

1) ß-lactamines, glycopeptides, fosfomycine

2) Colistine, Daptomycine

3) Aminosides , tétracyclines, macrolides et apparentés (MLSK), acide fusidique, phénicolés

4) Fluoroquinolones, rifampicine, nitroimidazolés

5) Sulfamides + Triméthoprime (inhibition synthèse des

folates)

� Pourquoi tester les ATB ?

� Antibiothérapie probabiliste :

� Infection non documentée� Spectre large ► plusieurs ATB � Pression de sélection de résistance

� Antibiothérapie curative :

� Infection documentée� Spectre restreint ► suppression d’ATB, mode d’action ciblé

RESISTANCE AUX ATB� Résistance naturelle :

� Sur le chromosome bactérien → transmission verticale

� Caractéristique d’un genre ou d’une espèce

� Phénotype « sauvage »

� Résistance acquise� Espèce naturellement sensible

� 1ou plusieurs mécanismes de résistance

� Acquisition de gènes 80-90%� Transmission horizontale

� Éléments génétiques mobiles Ex : plasmides

� Mutation chromosomique 10-20%� Transmission verticale

� Modes de résistances

� Imperméabilité membranaire : � Résistance naturelle (taille) ou acquise (porine)

� Efflux actif : � Protéines transmembranires > pompes

� Inactivation enzymatique ► hydrolyse des ATB� Ex : Betalactamase (BLSE+++) ► BMR

� Modifications de la cible � Ex : substitution de la cible SAUR � SARM ► BMR

� Résistance croisée contre plusieurs familles d’ATB ►BMR

� Les ATB, c’est pas automatique

� Utilisation des bons ATB aux bonnes posologies sinon :

� Acquisition de résistance +++

� BMR = Bactérie Multi-Résistantes

� Impasse thérapeutique

Infections nosocomiales

� Définition :

� Infection contractée dans un établissement de santé

� Nosocomiale si absente à l’entrée dans l’établissement

� Délais (statut infectieux non connu à l’admission) : � Après 48h d’hospitalisation

� Site opératoire : 30 jours

� Sur matériel in situ : 1 an

� 3500 décès/an seraient directement imputables aux IN

� Prévalence des patients infectés +/- 5,3% (2012)

� Facteurs de risque :

1. Age (personnes âgées, préma…)2. Pathologie (immunodépression, brûlés, trauma…) 3. Traitements (déséquilibre flore, chimio…) 4. Actes invasifs (sonde, intubation, KT…)

� Services :

1. Réanimation 26%2. Chirurgie 6% 3. Services médecine 6%

� Sites infectieux :

� Germes :

� Mode de transmission :

� Infections exogènes :

�� ManuportageManuportage +++ (personnel/patient ou patient/patient)

� Contamination de l’environnement (eau, air, matériel…)

� Infection endogène :

� Acte invasif� Fragilité particulière

MOYENS DE LUTTE� Buts :

� Réduire le nombre d’IN� Réduire la fréquence des BMR aux ATB

� Dispositifs :� Comité de Lutte contre les Infections Nosocomiales (CLIN)� Equipe Opérationnelle d’Hygiène Hospitalière (EOHH)

� Actions :� Recommandations nationales de référence, bonnes pratiques..� Surveillance et signalement � Formation, prévention et sensibilisation du personnel hospitalier +++