Le Laboratoire des Leishmanioses · 9:00-10:30 Manipulation des fichiers avec Linux 10:30- 10:45...

Analyse des Données Génomiques Introduction à Linux et langage R Introduction à l’analyse de données NGS Le Laboratoire des Leishmanioses Organise un Atelier Sur Salle de conférences Institut Pasteur du Maroc Casablanca, du 27 au 29 Mars 2019 Contact Dr Meryem LEMRANI – GSM +212661464818 - [email protected] Fiche d’inscription téléchargeable sur le site www.pasteur.ma A envoyer au [email protected] Projet Leishield-MATI- RISE Enseignantes Ø Dr. Fatma GUERFALI Institut Pasteur de Tunis Ø Dr. Amel GHOUILA H3ABioNet, Institut Pasteur de Tunis Organisateurs Ø Dr Meryem LEMRANI Laboratoire des Leishmanioses Ø Dr Adil El HAMOUCH Laboratoire des Leishmanioses Ø Dr Fatima MAACHI Service Enseignement

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Analyse des Données Génomiques Introduction à Linux et langage R

Introduction à l’analyse de données NGS

Le Laboratoire des Leishmanioses

Organise un Atelier

Sur

Salle de conférences Institut Pasteur du Maroc

Casablanca, du 27 au 29 Mars 2019

Contact Dr Meryem LEMRANI – GSM +212661464818 - [email protected]

Fiche d’inscription téléchargeable sur le site www.pasteur.ma A envoyer au [email protected]

Projet Leishield-MATI- RISE

Enseignantes Ø  Dr. Fatma GUERFALI Institut Pasteur de Tunis Ø  Dr. Amel GHOUILA H3ABioNet, Institut Pasteur de Tunis

Organisateurs Ø  Dr Meryem LEMRANI Laboratoire des Leishmanioses Ø  Dr Adil El HAMOUCH Laboratoire des Leishmanioses Ø  Dr Fatima MAACHI Service Enseignement

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PROGRAMME

Mercredi27Mars 9:00-10:30 IntroductionauxplateformesNGS

10:30-10:45 Pause 10:45-12:30 IntroductionàlapréparationdelibrairiesNGSetl’analysededonnées 12:30-14:00 Pause 14:00-15:30 Introductionàl’environnementLinux 15:30-15-45 Pause 15:45-17:15 CommandesbasiquesLinux

Jeudi28Mars 9:00-10:30 ManipulationdesfichiersavecLinux

10:30-10:45 Pause 10:45-12:30 Introductionàlaprogrammationbash 12:30-14:00 Pause 14:00-15:30 IntroductionàR 15:30-15-45 Pause 15:45-17:15 Rstudioetlibrairiespourl’analysededonnéesBioinformatiques

Vendredi29Mars 9:00-10:30 FormatsdefichiersetoutilsutilisésdanslesanalysesNGS(DNAseq)

10:30-10:45 Pause 10:45-12:30 Pipelined’analysesNGS:Exercice(I) 12:30-14:00 Pause 14:00-15:30 Pipelined’analysesNGS:Exercice(II) 15:30-15-45 Pause 15:45-17:15 IntroductionàlaplateformeGalaxy

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PROGRAMME

Outils à installer: � PuTTY Pour les utilisateurs de Windows, il faut installer l’outil PuTTy Instructions d’installation de PuTTY https://www.01net.com/telecharger/windows/Internet/serveur_ftp/fiches/20166.html �  R Studio Pour installer R Studio, télécharger sur ce site la version appropriée en fonction de votre système d’exploitation https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/