IE | Ingénieur en expérimentation et instrumentation biologiques profil n° : IE11-MICA-1

emploi-type n°: A2A22

Jouy-en-josas concours : IEA01

Lieu du concours (Centre Organisateur): Paris

::::::::::::::::::::::::::::: FICHE DE PROFIL || Concours Externes INRA 2011 :::::::::::::::::::::::::::::

L'ingénieur en expérimentation et instrumentation biologiques développe et conduit en spécialiste une des approches méthodologiques de la biologie en réponse aux questions scientifiques posées par les utilisateurs du service.

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Domaine professionnel : Biologie/ BAP A | Sciences du vivant

Département : Dpt Microbiologie et Chaîne Alimentaire

unité n° 1319 MICALIS | MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé Humai

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personne(s) à contacter : Jean-Marie HERRY 01 69 53 64 79 jean-marie.herry@jouy.inra.fr

Romain BRIANDET 01 39 53 64 77 romain.briandet@jouy.inra.fr

Environnement :

L'ingénieur(e) exercera son activité au sein de la plate-forme de « Microscopie-Imagerie des Microorganismes, Animaux et Aliments » (MIMA2) de l'INRA de Jouy-en-Josas composée de différents plateaux de microscopies, parmi lesquelles « MIMA2-MICALIS », spécialisé en imagerie des microorganismes, et notamment pathogènes de classe 2. Ce plateau regroupe des équipements de microscopie électronique à balayage à effet de champ (FE-SEM) et de microscopie confocale laser à balayage (CLSM). MIMA2-MICALIS, actuellement situé sur le campus d'AgroParisTech Massy, rejoindra le site de Jouy-en-Josas en 2013-2014 dans le cadre du programme immobilier MICALIS. Cet ingénieur(e) assurera le fonctionnement courant du plateau d'imagerie MIMA2-MICALIS, en réalisant les analyses FE-SEM et CLSM pour des utilisateurs internes ou externes à l'unité. En outre, il(elle) aura en charge la formation et l'accompagnement des personnes ressources des différentes équipes utilisatrices et sera personne ressource MICALIS pour les analyses en microscopie électronique à transmission (MET). En plus de cette activité, l'ingénieur(e) participera activement aux développements technologiques en lien très étroit avec l'ensemble des acteurs de la plateforme MIMA2 (plateau de microscopie électronique à transmission, CLSM eucaryote, analyse d'images...). Ces développements porteront en particulier sur une approche innovante de microscopie corrélative. Cette approche, basée sur l'analyse microscopique d'un même échantillon à l'aide de différents types de microscopies permet de combiner des informations multi-échelles complémentaires permettant d'aborder par exemple des questions biologiques fondamentales telles que l'ultra-structure des interfaces biologiques ou l'organisation tridimensionnelle de biofilms plus ou moins complexes. Le développement d'approches « haut débit » de screening de structures biologiques 3D sera également une des priorités pour répondre aux demandes croissantes des scientifiques MICALIS (analyse de banques de mutants ou de la diversité naturelle de structures...).

Activités :

Choisir et adapter les technologies d'analyse et d'expérimentation en fonction des objectifs de recherche dans le cadre d'une approche spécialisée (imagerie, protéomique, transgénèse) Connaissance générale de la biologie Connaître les communautés scientifiques et technologiques du domaine Connaître les réglementations du domaine en hygiène et sécurité Connaître les principes éthiques et les réglementations afférentes Utiliser des instruments dédiés à l'analyse et l'expérimentation en biologie (RMN, spectroscopes, microscopes, cytomètre, séquenceur) et en assurer la maintenance Mettre en oeuvre des expériences dans le cadre d'un domaine d'étude de la biologie : biochimie des protéines, biologie cellulaire, biologie du développement, transgénèse Utiliser les outils informatiques et des logiciels dédiés au traitement de données (statistiques, modélisation) et au pilotage d'expériences Communiquer et gérer les relations avec les interlocuteurs internes et externes Planifier les activités de l'entité en tenant compte des contraintes et des échéances Mettre en oeuvre une négociation en matière d'achat Maîtrise de l'anglais oral et écrit Notions de base sur les techniques des disciplines voisines (mathématiques, physique, chimie, informatique appliquée)

Compétences :

Connaissance approfondie d'une approche méthodologique appliquée à la biologie (imagerie, protéomique, transgénèse) Développer des techniques et des instruments adaptés à une approche méthodologique de la biologie (génie logiciel, optique) Former et assurer un transfert technologique auprès des utilisateurs Conseiller les utilisateurs sur les possibilités et limites des techniques, sur l'interprétation des données Définir avec les utilisateurs une méthode d'analyse des données et en assurer le suivi Rédiger des notes techniques et des tutoriaux sur les différents systèmes et approches expérimentales Concevoir, en spécialiste, des expériences dans le cadre d'un domaine d'étude de la biologie : biochimie des protéines, biologie cellulaire,

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10/02/2011http://www.inra.fr/drh/ce2011-ferme/bdd/profil.php?numprofil=IE11-MICA-1

2011 | conception et réalisation : DRH - DSI

biologie du développement, transgénèse Gérer les moyens techniques, humains et financiers alloués aux expérimentations Organiser et contrôler l'utilisation collective de l'appareillage et des postes de travail Concevoir ou animer des actions de formation en interne et en externe Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité Assurer l'application d'un dispositif d'hygiène et de sécurité

Capacités personnelles :

Licence, Maîtrise, Master 1 Très bonnes qualités relationnelles Personne méticuleuse, ordonnée et organisée Goût de l'expérimentation, la technologie et l'imagerie Goût pour la formation des utilisateurs, pédagogie Esprit d'innovation, d'investifation, curiosité

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IE | Ingénieur en techniques biologiques profil n° : IE11-GAP-4

emploi-type n°: A2A23

Versailles-Grignon concours : IEA01

Lieu du concours (Centre Organisateur): Paris

::::::::::::::::::::::::::::: FICHE DE PROFIL || Concours Externes INRA 2011 :::::::::::::::::::::::::::::

L'ingénieur en techniques biologiques choisit, adapte et met en oeuvre les techniques de biologie dans le cadre des projets scientifiques d'une équipe de recherche.

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Domaine professionnel : Biologie/ BAP A | Sciences du vivant

Département : Dpt Génétique et Amélioration des Plantes

unité n° 1318 IJPB | Institut Jean-Pierre BOURGIN

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personne(s) à contacter : Mathilde Grelon 130833308 mathilde.grelon@versailles.inra.fr

Christine Mézard 130833739 christine.mezard@versailles.inra.fr

Environnement :

L'activité s'exercera au sein d'un laboratoire de recherche. L'ingénieur(e) recruté(e) intégrera le groupe Méiose et Recombinaison, qui comprend cinq équipes de recherche. L'ingénieur(e) travaillera dans l'équipe de Raphael Mercier. Cette équipe est aujourd'hui constituée de deux chargés de recherche, un post-doc, deux doctorants, un ingénieur contractuel et deux adjoints techniques. La personne recrutée participera aux programmes de recherche et assistera aux réunions d'équipe et de groupe. Le travail s'effectuera en laboratoire de biologie moléculaire et de cytologie, ainsi qu'en serre. Il consistera pour l'essentiel à l'analyse de plantes transgéniques ou mutantes : transformation génétique, culture de plantes, biologie moléculaire (extraction d'ADN et d'ARN, PCR, clonage...), cytologie (préparation de lame et observation microscopique), cytométrie (analyse de ploïdie). Certaines expériences peuvent nécéssiter l'utilisation de produits radiactifs ou mutagènes.

Adresse WEB de l'unité : http://www-ijpb.versailles.inra.fr/fr/index.htm

Activités :

Choisir et adapter les protocoles de préparation et d'analyse des échantillons biologiques dans le cadre d'un ou plusieurs domaines d'étude : biochimie, génétique, biologie moléculaire, biologie cellulaire et morphologique, physiologie animale ou humaine, transgénèse Connaissance générale de la biologie Connaître les communautés technologiques du domaine Connaître les réglementations du domaine en hygiène et sécurité Connaître les principes éthiques et les réglementations afférentes Utiliser des instruments dédiés à l'analyse et l'expérimentation en biologie (RMN, spectroscopes, microscopes, cytomètre, séquenceur) et en assurer la maintenance Mettre en oeuvre des expériences dans le cadre d'un domaine d'étude de la biologie : biochimie des protéines, biologie cellulaire, biologie du développement, transgénèse Utiliser les outils informatiques et des logiciels dédiés au traitement de données (statistiques, modélisation) et au pilotage d'expériences Situer son activité dans la thématique et les projets scientifiques de l'unité Adapter les protocoles expérimentaux dans le cadre d'un projet scientifique Maîtriser les techniques de présentations orales et écrites Maîtrise de l'anglais oral et écrit Connaissance générale des disciplines voisines (mathématiques, physique, chimie) Notions de base en informatique Rédiger des rapports Communiquer et gérer les relations avec les interlocuteurs internes et externes

Compétences :

Connaissance approfondie d'un domaine de la biologie Conduire, en adaptant les conditions expérimentales, un ensemble de techniques (électrophorèse, techniques immunologiques, histologiques, de transgénèse, génotypage, clonage, séquençage, PCR, microscopies, cytométrie) Exploiter et présenter les résultats des analyses, en garantir la qualité Rédiger des rapports d'expérience ou d'étude, des notes techniques Gérer les moyens techniques dans le cadre d'un projet scientifique Conduire l'appareillage dédié à l'approche méthodologique et en assurer le fonctionnement Encadrer les personnels techniques et les stagiaires pour l'élaboration et la conduite de protocoles expérimentaux Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en oeuvre des techniques de l'expérimentation en biologie, encadrer les utilisateurs Assurer l'application d'un dispositif d'hygiène et de sécurité Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité

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2011 | conception et réalisation : DRH - DSI

Capacités personnelles :

Licence, Maîtrise, Master 1 La personne recrutée devra être particulièrement organisée et rigoureuse car elle sera amenée à gérer d'importantes collections de plantes. Elle devra être capable d'organiser son temps pour pouvoir gérer efficacement des expériences de génétique à grande échelle, de biologie moléculaire et de cytologie en parallèle.

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DRH - SRM

C O N C O U R S E X T E R N E S I T S E S S I O N 2 0 1 1

CONCOURS N° IEA01

INGENIEUR D’ETUDES

Ingénieur en techniques biologiques

EPREUVE ECRITE D’ADMISSION : DOSSIER TECHNIQUE

Date : 06/06/2011

Durée : 4 heures Coefficient : 3 ______________________________________________________________________________ Consignes générales : A lire attentivement

L’épreuve étant anonyme, aucun signe distinctif ne devra être porté sur les copies d’examen (signature, inscription de votre nom et votre prénom ailleurs que dans le cadre réservé à cet effet, etc…).

Veuillez vérifier que votre questionnaire est complet. Les réponses doivent être rédigées directement sur le sujet et rendu avec la copie d’examen. L’usage de la calculatrice n'est pas autorisé.

Composition de l’épreuve : Partie 1 ……………………………………………………….…………………………… 30 points Partie 2 …………………….……………………………………………………………… 30 points TOTAL…………….. 60 points

EPREUVE ECRITE D’ADMISSION : DOSSIER TECHNIQUE

Partie 1 – Sujet commun (30 points, 2 heures) QUESTION 1. Décrire les intérêts et inconvénients d’une espèce modèle de votre choix. (4 points)

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QUESTION 2. Définir ce qu’est un marqueur fluorescent et donner 2 exemples d’utilisation. (2 points)

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QUESTION 3. Donner un exemple d’utilisation de la GFP (Green Fluorescent Protein). (3 points)

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QUESTION 4. Comparer la microscopie confocale laser à balayage et la microscopie à épifluorescence. (3 points)

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QUESTION 5. Comment préparer 100 ml de thiosulfate de sodium 1M avec des cristaux de Na2S2O3-5H2O (MNa=23, MS=32, MH=1, MO=16). (2 points)

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QUESTION 6. Vous disposez d’une population de 80 individus obtenus par autofécondation

d’une plante hétérozygote pour une mutation récessive. Vous observez 14 individus avec le

phénotype mutant et 66 avec le phénotype sauvage. Cette ségrégation suit-elle les lois de

Mendel ? Justifier votre réponse. (2 points)

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QUESTION 7. Quel est le nombre de chromosomes et la taille approximative du génome (Mb) des espèces suivantes (1 point) : Homo sapiens : Saccharomyces cerevisiae : Arabidopsis thaliana : Escherischia coli :

QUESTION 8. Quelles sont les contaminations possibles d’une culture cellulaire et quels sont les moyens de les prévenir. (2points)

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QUESTION 9. La réaction de PCR de votre technicien(enne) ne fonctionne pas. Que faîtes-vous ? (4 points)

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QUESTION 10. Voici un protocole dans lequel quatre erreurs se sont glissées, quelles sont elles ? (2 points)

A Rapid Method to Isolate Plant Genomic DNA Weigh 100 mg of fresh leaf tissue and grind it to powder in Liquid Nitrogen in a chilled mortar

and pestle. Transfer the ground tissue to an eppendorf tube. Add 400 mL of “B” buffer. Mix well for 5 min. Centrifuge at 13 rpm for 1 min. Transfer 300 µL to a fresh tube, add 300 µL of Isopropanol, mix, and keep at room temperature

for 2 min. Centrifuge for 10 min to collect the precipitate. Discard the supernatant. Wash the DNA pellet with 200 µL of 70% Ethanol. Centrifuge for 2 min. Discard the supernatant and dry the inside of the tube with a paper towel (do not dry the pellet). Dissolve DNA in 20 to 100 μl of Ethanol by gentle pipetting and freeze until required.

Buffer « B » : 200 mM Tris HCl pH 7.5 250 mM NaCL 250 mM EDTA 0.5% SDS

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QUESTION 11. Sur le poste sur lequel vous vous présentez, vous aurez à mettre au point et à faire évoluer des techniques. Quels sont les arguments qui vous feront tester un nouveau kit ou un nouveau protocole, comment comptez-vous le tester, le valider et éventuellement le recommander, et dans ce cas le mettre à disposition des autres membres du laboratoire ? Réponse attendue sous forme de schéma. (4 points)

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QUESTION 12. Donner les étapes de préparation de 300ml d’une solution 0,05M à partir d’une solution 10M de H2SO4. Quelles précautions prendre ? Quel est le pH de cette solution ? (2 points)

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Partie 2 - Sujet au choix - (30 points, 2 heures)

SUJET A

1. Faire une représentation schématique des protocoles de préparation de bactéries pour une observation en microscopie électronique à balayage et en microscopie électronique à transmission. Décrire les méthodes d’observation. (4 points)

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2. La microscopie regroupe sous ce vocable une grande variété de techniques avec des domaines d’utilisations différents et/ou complémentaires. Citez 6 techniques différentes de microscopie avec leur grand domaine d’application, des exemples types et les résolutions afférentes. (6 points)

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3. Traduire en français le tableau des pictogrammes du tableau suivant. Que représentent-t-ils ? Quelles sont les consignes appliquées dans ces cas-là ? (5 points)

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4. Votre mission principale sera d’assurer le fonctionnement d’une plate-forme de microscopies sur notamment des bactéries pathogènes de classe L2 (L. monocytogenes, Staphylococcus aureus …). Vous aurez ainsi des « prestations de service » à effectuer pour différents demandeurs qui peuvent avoir le besoin d’observer leur échantillon avec différentes techniques de microscopies. Décrivez la démarche que vous allez mettre en place afin d’observer un même échantillon bactérien avec un microscope confocal laser à balayage (microscope inversé) et un microscope électronique à balayage à effet de champ. Cette description devra prendre en compte, non seulement, toutes les étapes de votre prestation, mais peut-être aussi des détails techniques de votre expérimentation. Pour rappel, l’observation d’un même échantillon avec différentes techniques est souvent nommée « microscopie corrélative ». (15 points)

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SUJET B

Questions générales

QUESTION 1. Pour observer un double mutant homozygote pour deux gènes non liés combien de plantes issues de l’autofécondation d’un double hétérozygote semez-vous ? (1 point)

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QUESTION 2. Pour rechercher dans une base de données des séquences d’acide nucléiques homologues à la séquence nucléotidique de mon gène favori, j’utilise Ras Mol, PubMed, Allociné, BLASTN, CLUSTALW. (1 point)

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QUESTION 3. A l’aide d’un exemple (à trois lettres) donnez la nomenclature pour désigner la protéine, le gène et le mutant d’Arabidopsis? (1 point)

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Examen d’articles (ci-joint)

QUESTION 4. Traduire le second paragraphe de l’introduction. (3 points)

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QUESTION 5. Quel est le phénotype recherché des mutants lors de ce crible ? (1 points)

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QUESTION 6. Dans quel objectif à long terme les auteurs mènent-ils ces expériences ? (2 points)

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QUESTION 7. Décrire le principe du criblage. (5 points)

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QUESTION 8. Peut-on trouver des mutations récessives ? Pourquoi ? (1 point)

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QUESTION 9. Décrire en détail la figure 1C. Avez-vous des critiques ? Proposez une technique alternative pour établir le niveau de ploïdie. (4 points)

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QUESTION 10. Résumer l’analyse phénotypique et génétique de DRN4 (11 points)

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DRH - SRM

C O N C O U R S E X T E R N E S I T S E S S I O N 2 0 1 1

CONCOURS N° IEA01

INGENIEUR D’ETUDES

Ingénieur en techniques biologiques

EPREUVE ORALE D’ADMISSION

Temps de préparation : 15 minutes

Durée : 35 minutes coefficient : 3 Question à préparer par les candidats : En quoi pensez-vous que vos connaissances et votre expérience répondent au profil de poste proposé ? Temps de l’exposé devant le jury : 5 - 10 minutes maximum (inclus dans les 35 minutes)