Construction et réalisation d’un projet européen : exemple du projet M3S - Molecular detection with the multi-

modal microscopy scanner

Réunion GIR 20 mai 2016

Les financements européens

Depuis 1984, la Commission Européenne a mis en place 8 programmes de financements pour encourager la collaboration scientifique.

Année Budget

FP1 1984-1987 3,87 G€

FP2 1987-1991 5,40G€

FP3 1991-1994 6,6G€

FP4 1994-1998 13,2G€

FP5 1998-2002 14,96G€

FP6 2002-2006 17,83G€

FP7 2007-2013 50G€ Lancé en 2013, le programme Horizon 2020 possède un budget de 80 milliards d’euros dont 8 milliards seront attribués au domaine de la santé. Le programme est basé sur trois piliers:

• L’excellence scientifique (24,7G€) • La primauté industrielle(17G€) • Les défis sociétaux (30G€)

Complété par des projets et axes parallèles (Euratom, programme EIT…)

Ces financements sont attribués en grande partie à des projets collaboratifs

14,13G€ ont déjà été attribués à des projets depuis 2013 dont 582 M€ à la Belgique

Les projets collaboratifs européens

Les projets collaboratifs Horizon 2020 sont ouverts aux centres académiques, au Petites et Moyennes Entreprises et aux industries souhaitant mettre des moyens en commun pour développer un projet innovant.

La demande de financement se fait sous la forme de réponse à des appels à projets.

Ces projets doivent généralement regrouper au minimum trois participants de trois pays différents parmi ceux du tableau de droite.

Les projets collaboratifs ont une durée moyenne de 3 à 4 ans et peuvent regroupés une dizaine de partenaires.

Les budgets peuvent atteindre les millions d’euros et les subventions représentent 100% des coûts éligibles pour les organismes de recherche +25 % des coûts directs remboursés au titre des coûts indirects.

Pour les entreprises le financement va de 70% à 100% +25 % des coûts directs remboursés au titre des coûts indirects.

Union Européenne Pays associés

Allemagne, Autriche, Belgique, Bulgarie, Chypre, Croatie, Danemark, Espagne, Estonie, Finlande, France, Grèce, Hongrie, Irlande, Italie, Lettonie, Lituanie, Luxembourg, Malte, Pays-Bas, Pologne, Portugal, République, tchèque, Roumanie, Royaume-Uni, Slovaquie, Slovénie, Suède

Islande, Norvège, Albanie, Bosnie-Herzégovine, l'ancienne République yougoslave de Macédoine, Monténégro, Serbie, Turquie, Israël, Moldavie, la Suisse (association partielle), îles Féroé, Ukraine, Tunisie, Géorgie

La définition du projet et le choix de l’appel à projet

La première étape consiste à définir le projet: • Quelle est l’étendue du projet, ses limites, ses objectifs, les résultats visés? • Comment les résultats seront-ils utilisés (Exploitaion/Diffusion/Transfert de

connaissance)? • Avec qui allez-vous monter ce projet? De quelles compétences supplémentaires

avez-vous besoin? • Pourquoi doit-il être financé par la Commission? • Comment va-t-on le mener à termes? • Combien cela va-t-il coûter? • Ai-je le soutien de mon organisation? • Suis-je prêt à être coordinateur?

Il faut ensuite identifier l’appel à projet qui correspond le mieux au projet, à ses objectifs et à son budget parmi ceux présentés sur le site du programme H2020

Enfin, après avoir lu dans le détail le texte de l’appel à projet, on ajuste le projet pour qu’il réponde à l’ensemble des points évoqués par l’appel

Consortium et plan opérationnel

L’appel à projets défini, on rassemble les compétences nécessaires à l’aboutissement du projet au sein d’un consortium de partenaires satisfaisant les exigences de l’appel en terme de nombre et de diversité de nationalités.

Puis on établit le plan opérationnel du projet: les tâches à réaliser (par qui? , en combien de temps?), les livrables (document, prototype…) à produire et les résultats importants attendus ou jalons. Cela permet d’établir le calendrier et le budget prévisionnel du projet.

Rédaction et Evaluation

La rédaction de la proposition de projet, se fait selon un template spécifique à chaque appel. Elle doit répondre aux questions suivantes:

• Pourquoi ce projet est-il décisif (quel est le défi/difficulté qu’il cherche à résoudre) ? • Mon projet a-t-il une dimension européenne? • Quel est l’impact du projet? Qu’apporte-t-il aux citoyens, à l’industrie, à l’Europe? • La solution n’existe-t-elle pas déjà? • Pourquoi le moment est-il particulièrement opportun? • Pourquoi votre projet plutôt qu’un autre devrait-il être financé?

Les propositions sont notées par trois évaluateurs sur trois critères:

• Excellence scientifique • Impacts attendus • Qualité de l’implémentation

Elles sont notés sur 5 pour chacun des sous-critères puis classées.

Les premières propositions obtiennent le financement et la compétition est très forte (10-15% de projets sélectionnés).

Le critère « Impact » est le plus déterminant dans H2020.

Gestion du projet

Le coordonnateur de projet est l’unique personne référente pour le projet auprès de la commission européenne. Son interlocuteur privilégié est le « Project Officer ».

Des rapports périodiques d’avancement technique et budgétaire sont envoyés à l’Europe une fois par an ou tous les 18 mois selon la durée du projet avec l’ensemble des délivrables de la période.

Les membres du consortium sont ensuite invités à venir présentés leur résultats au Project Officer responsable du projet au niveau de l’Europe et à deux experts.

Ces rapports permettent à la Commission d’évaluer l’avancement du projet, de décider de sa continuation ou de proposer des modifications le cas échéant.

Outils disponibles

• www.uclouvain.be/adre

Outils disponibles

• http://www.ncpwallonie.be/fr/

Le NCP (Point de contact national) est votre interlocuteur privilégié pour toute participation à un projet de recherche et innovation européen. Il vous conseille, vous oriente et vous propose une aide personnalisée pour monter votre projet et augmenter vos chances de décrocher des financements auprès de la Commission européenne et de la Wallonie.

M3S 2015

Molecular Signature Detection with Multi-Modal Microscopy Scanner

Godinne, 19 - 05 - 2016

Project objectives Project core

Designing a system for more efficiently localize and characterise representative leukaemia cells, directly on blood smears routinely prepared in clinics

Final objectives

• To detect early stages of CLL and to determine personalized evolution of CLL in patients at a lower cost

• To provide a new mainstream technology with high potential economic benefits

Plan

The project has two main phases: • Instrumentation phase : device finalisation in 2015 • Evaluation phase: implementation in nuanced clinical life

Financial resources

Half of the budget is available for the clinical evaluation

Achievments

As scheduled the Workstation is finalized and installed in clinical context

Overview of partners expertise in relation to M3S

University of Reims – project leader academic partner with wide experience in label free microscopy with biology associates

CHU Caen clinical research centre specialized in diagnosis, treatment and follow up of Leukaemia

CHU Dinant Mont-Godinne clinical research centre specialized in diagnosis, treatment and follow up of Leukaemia

Polytec industry partner with high expertise in designing and manufacturing spectroscopy solution

NIKON industry partner with high expertise in the design of optical and mechanical components

Objective Imaging – OI SME experienced in the design of electronics and software for microscope automation

Quinten SME specialized in data mining and artificial intelligence

CMM–ARMINES - academic partner with high expertise in mathematical morphology analysis of image and data classification

TRIBVN SME specialized in developing and selling fully integrated medical image workstation for laboratories and research

Project Workplan WP1 – Standardisation of methodology and procedures

WP2 – Biophotonic instrument integration

WP6 - Demonstration of efficiency in clinical settings for diagnosis and monitoring of CLL

WP7

- Di

ssem

inat

ion

and

expl

oita

tion

WP8 - Project m

anagement

WP4 – M3S solution calibration and operational support URCA

Polytec

MGD UHC

Quinten URCA URCA

Task 2.1. Tuning and integration of the biophotonic solution and the Raman Micro-Spectrometer (Polytec) Task 2.2. Integration of the stage controller (OI) Task 2.3. Hardware platform specification and integration (Nikon)

Task 4.1. M3S imaging module benchmarking (URCA) Task 4.2. Development of multi-variate classifiers (Quinten) Task 4.3. Pre-clinical evaluation (URCA) Task 4.4. Training and operational support to the clinical centres (URCA) Task 4.5. Developing lymphocytes morphological classifiers (CMM)

WP3 – Integration of the workstation

TRIBVN

Task 3.1. Integration of the Scanner Workstation-SWS (TRIBVN) Task 3.2. Adaptation of the Image Workstation-IWS (TRIBVN) Task 3.3. Multimodal data acquisition with the workstation (URCA)

Task 6.1. Integration in hospital workflow (MGD/Caen UHC) Task 6.2. Comparison of M3S with current methods (MGD/Caen UHC) Task 6.3. M3S solution evaluation and guidelines for management of CLL patients (MGD/Caen UHC)

Achievements WP2: biophotonic instrument integration

Microscopy hardware platform: Nikon Ni frame Nikon controller

Motorised lens changer Natively motorised z axis Light intensity control

4 slides Märzhäuser X-Y stage

M3S-configuration2 ready to be evaluated before clinical implementation: it is built with the M3S selected components

Polytec Raman Microspectrometer: Very robust structure Wide spectrum application: laser and bandwidth range Spectrometer independent from the microscope: connection through an optical fibre and a connection box

Available functions

automated X-Y precise and repeatable positioning

Z control

ready for semi-automated workflow:

i) 40x to image the region of interest,

ii) 150x to acquire images and Raman spectra

M3S-configuration1 multimodal WorkStation ready to install in Clinics: updated prototype previously used for preclinical data acquisition

Achievements WP2: instrument ready to install in clinics

Quantitative phase imaging device, provided by Nikon to be evaluated by URCA and ARMINES

Currently under evaluation to differentiate lymphocytes subclasses

Microscope integration: Quantitative Phase Imaging evaluation

Dual camera Nikon adapter • intensity monochrome image • Quantitative Phase Image

SWS and IWS integration for clinical workflow

The SWS actually allows the creation of virtual slide and the acquisition of morphological and Raman data

All data acquired can be consulted and classified on the IWS interface

Classifiers development

3

Lymphocytes

Healthy cells

CLL cells

Leukocytes

1 Other White Blood Cells

2

B Lymphocytes

T or NK lymphocytes

4

Good prognosis Bad prognosis

Morphological classifiers

- Intensity and Quantitative Phase information visualisation technique

- Leukocyte segmentation algorithm

Raman classifiers

- B/non B lymphocytes sub-classification - Optimisation of the previous CLL B vs Healthy

lymphocytes classifier

Multivariate classifiers

- Q-Finder validation of the Binet classification current features

Summary of achievements WP7 and WP8 Dissemination and exploitation - Management

WP 7: Dissemination and exploitation

- Knowledge transfer into the consortium: teleconferences, phone calls, meetings…

- Website completed - Ongoing drafting of a patent on multimodal data combination - Communication through international congress about the efficiency of

a collaborative approach M3S like for Market Uptake

WP 8: Management

- Consortium agreement finalized - Exchanges between local managers and project

managers - Day to day management: to ensure the different

amendments - Financial management: money transfer - Internal meetings (twice a month)

Budget execution: Actual expenditure vs plan for 36 months

Per work package

0

100000

200000

300000

400000

500000

600000

700000

800000

900000

WP1 WP2 WP3 WP4 WP5 WP6 WP7 WP8

Actual M24 Planned M36

State of expenses per WP

Actual: 24 months

Planned: 36 months Ratio

WP1 300 239 453 457 66% WP2 318 215 701 900 45% WP3 258 564 496 608 52% WP4 274 224 794 719 35% WP5 22 062 23 474 94% WP6 127 909 598 600 21% WP7 95 575 394 923 24% WP8 173 933 374 318 46% Total 1 570 721 3 837 999 40,9%

Progress versus Schedule M3S-Configuration1 has been upgraded and it has been set up recently at MGD UHC M3S-Configuration2 has been developed, it is now under evaluation An automated workflow has been defined and implemented QPI combined with classic intensity imaging and Raman spectroscopy has been assessed as potential accelerator for leucocyte and more specifically lymphocytes sub-classes characterisation Lymphocytes sub-classification Raman classifiers have been developed and all available tools are now available for the development of prognosis classifier Classification efforts are now focused on prognosis

To compensate the delay in evaluating and finalizing Configuration2 Configuration1 and C2 are simultaneously SW upgraded at TRIBVN The workflow will be continuously updated with new classifiers QPI could limit Raman data acquisition on specific cell lines and accelerate prognostic classifiers development

Workplan for 2016 WP2

Finalising Quantitative Phase Imaging modality evaluation

WP3

Polytec Raman module integration in the M3S-Configuration2 workstation

Integration of the Quantitative Phase Imaging module after proof of efficiency

Classifiers integration into the Image WorkStation

M3S WorkStation setting up in clinical environment

WP4

Finalisation of morphological classifiers

Development and finalisation of prognosis classifiers

Operational support to clinical centres

WP6

Using the workstation in the hospital workflow

Data acquisition in synergy with WP4 for prognosis classifiers development

WP7

Dissemination and market uptake