Bilan d’activités PHYTOCOT 2012

Natacha Guiselin (CDD-IR)

Base de données postgreSQL (D. Dessailly )

Base de données

Conversion carbone

BdD Cyto2 postgreSQL (D. Dessailly et X. Mériaux )

BdD terrain2

Exploitation et valorisation données de cytométrie en flux

Base de données

Base de données

Matchups Seawifs

200 analyses pigmentaires5000 analyses taxons (CPR)

Matchups Seawifs

200 analyses pigmentaires5000 analyses taxons (CPR)

Alternative cytométrie en flux

Apports de la cytométrie en flux (CytoSense)

Ex: Beckman Coulter Epics XL Flow Cytometer

Cytomètre Cytosense Cytomètre « classique »

Analyse automatisable in situ Analyse en laboratoire

Jusqu’à 5 mL < 1 mL

De 1 à > 1000 µm 0.5 - 30 µm

Profils optiques

(pulse-shape cytometry)

Intégration de pics

Concentration (nb cell.L-1) FLR/FWS SWS/FWS

pico

euca

ryot

esPh

aeocystis

glob

osa

diat

omée

sApports de la cytométrie en flux (CytoSense)

Température

Salinité

Informations supplémentaires sur les IOPs

Variabilité liée à la composition phytoplanctonique, à la physiologie en relation avec les conditions environnementales

Informations supplémentaires sur les IOPs

Variabilité liée à la composition phytoplanctonique, à la physiologie en relation avec les conditions environnementales

Apports de la cytométrie en flux(CytoSense)

Estimation biomasse

Fluorescence rouge = proxy chla(coll. M. Thyssen) Diffusion avant (FWS) = proxy

biovolume

Estimation biomasse

Fluorescence rouge = proxy chla(coll. M. Thyssen) Diffusion avant (FWS) = proxy

biovolume

Relation biovolume-FWSCultures phytoplanctoniques

Relation biovolume-FWSCultures phytoplanctoniques

Apports de la cytométrie en flux (CytoSense)

Aide à la labellisation pour la méthode PHYSAT (coll. Thyssen)

Expertise et connaissances sur les populations phytoplanctoniques locales par cytométrie

Aide à la labellisation pour la méthode PHYSAT (coll. Thyssen)

Expertise et connaissances sur les populations phytoplanctoniques locales par cytométrie

R² = 0,9829

R² = 0,9245

100

1000

10000

100000

1000000

100 1000 10000 100000 1000000

Side

war

d sc

atter

(UA

)

Forward scatter (UA)

Polystyren beads

Silica beads

1 µm

2 µm

90 µm

3 µm

4 µm

6 µm

10 µm

15 µm

20 µm25 µm

45 µm

75 µm

1 µm

2 µm

4,5 µm

5 µm

Conversion des mesures de diffusion par cytométrie (FWS et SWS) (coll. L. Duforêt)

Exercices de calibration et simulations théoriques (théorie de Mie, T-matrix...)

Conversion des mesures de diffusion par cytométrie (FWS et SWS) (coll. L. Duforêt)

Exercices de calibration et simulations théoriques (théorie de Mie, T-matrix...)

ΘDETECTOR

PARTICLEΔΩ

Etudes optiques et expériences

Exercice de calibrationBilles d'indice de réfraction et taille connus

Exercice de calibrationBilles d'indice de réfraction et taille connus

Détection et fonction de poidsParticularités instrumentales

Détection et fonction de poidsParticularités instrumentales

Etudes optiques et expériences

Activité de cultures et dispositif expérimental (microcosme)Aspects pratiques, mesures en laboratoire, acquisition de données

Activité de cultures et dispositif expérimental (microcosme)Aspects pratiques, mesures en laboratoire, acquisition de données

Guiselin Natacha, Duforêt-Gaurier Lucile and Alvain Séverine. CytoSense potential use in a remote sensing context. Poster Ocean Optics XXI, Glasgow, 08-12 October 2012