Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool...

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Analyse statique des r´ eseaux Bool´ eens pour la biologie syst´ emique Partie 1 : ´ Etude des points fixes par une approche combinatoire Adrien Richard, I3S, CNRS & Universit´ e Cˆ ote d’Azur en collaboration avec Julio Aracena & Lilian Salinas Universidad de Concepci´on, Chile et Maximilien Gadouleau Durham University, UK Partie 2 : ´ Etude des trajectoires par interpr´ etation abstraite Lo¨ ıc Paulev´ e, LRI, CNRS & Universit´ e Paris-Sud EJCIM 2018, Nancy, 26-30 mars 2018 Adrien RICHARD Analyse static des r´ eseaux Bool´ eens EJCIM 2018 1/53

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Analyse statique des reseaux Booleenspour la biologie systemique

Partie 1 : Etude des points fixes par une approche combinatoire

Adrien Richard, I3S, CNRS & Universite Cote d’Azur

en collaboration avec

Julio Aracena & Lilian Salinas

Universidad de Concepcion, Chileet

Maximilien Gadouleau

Durham University, UK

Partie 2 : Etude des trajectoires par interpretation abstraite

Loıc Pauleve, LRI, CNRS & Universite Paris-Sud

EJCIM 2018, Nancy, 26-30 mars 2018

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Un reseau Booleen est un systeme dynamique discret compose d’unnombre fini de variables binaires qui evoluent, dans un temps discretet par interactions mutuelles, selon une loi predefinie.

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Un reseau Booleen est un systeme dynamique discret compose d’unnombre fini de variables binaires qui evoluent, dans un temps discretet par interactions mutuelles, selon une loi predefinie.

0 1 2 3 4 5

••

Dynamique

Graphe d’interaction

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Un reseau Booleen est un systeme dynamique discret compose d’unnombre fini de variables binaires qui evoluent, dans un temps discretet par interactions mutuelles, selon une loi predefinie.

0 1 2 3 4 5

••

Dynamique Graphe d’interaction

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Un reseau Booleen est un systeme dynamique discret compose d’unnombre fini de variables binaires qui evoluent, dans un temps discretet par interactions mutuelles, selon une loi predefinie.

→ Les variables sont indexees de 1 a n.

→ L’ensemble des etats/configurations possibles est 0, 1n ,

Exemple avec n = 3

0, 13 =

000001010011100101110111

000

001

010

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Un reseau Booleen est un systeme dynamique discret compose d’unnombre fini de variables binaires qui evoluent, dans un temps discretet par interactions mutuelles, selon une loi predefinie.

→ Les variables sont indexees de 1 a n.

→ L’ensemble des etats/configurations possibles est 0, 1n ,

Exemple avec n = 3

0, 13 =

000001010011100101110111

000

001

010

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Un reseau Booleen (RB) a n composantes est une fonction

f : 0, 1n → 0, 1n

x = (x1, . . . , xn) 7→ f (x ) = (f1(x ), . . . , fn(x ))

fonction de transition globale

(loi d’evolution)

fonctions de transitions locales(de 0, 1n dans 0, 1)

La dynamique est decrite par les iterations successive de f :

x → f (x )→ f 2(x )→ f 3(x )→ · · ·

Un point point est une configuration x telle que x = f (x ).

points fixes = etats stables

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Un reseau Booleen (RB) a n composantes est une fonction

f : 0, 1n → 0, 1n

x = (x1, . . . , xn) 7→ f (x ) = (f1(x ), . . . , fn(x ))

fonction de transition globale

(loi d’evolution)

fonctions de transitions locales(de 0, 1n dans 0, 1)

La dynamique est decrite par les iterations successive de f :

x → f (x )→ f 2(x )→ f 3(x )→ · · ·

Un point point est une configuration x telle que x = f (x ).

points fixes = etats stables

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Un reseau Booleen (RB) a n composantes est une fonction

f : 0, 1n → 0, 1n

x = (x1, . . . , xn) 7→ f (x ) = (f1(x ), . . . , fn(x ))

fonction de transition globale

(loi d’evolution)

fonctions de transitions locales(de 0, 1n dans 0, 1)

La dynamique est decrite par les iterations successive de f :

x → f (x )→ f 2(x )→ f 3(x )→ · · ·

Un point point est une configuration x telle que x = f (x ).

points fixes = etats stables

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Un reseau Booleen (RB) a n composantes est une fonction

f : 0, 1n → 0, 1n

x = (x1, . . . , xn) 7→ f (x ) = (f1(x ), . . . , fn(x ))

fonction de transition globale

(loi d’evolution)

fonctions de transitions locales(de 0, 1n dans 0, 1)

La dynamique est decrite par les iterations successive de f :

x → f (x )→ f 2(x )→ f 3(x )→ · · ·

Un point point est une configuration x telle que x = f (x ).

points fixes = etats stables

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Exemple 1 avec n = 3

f1(x ) = x2 ∨ x3f2(x ) = x1 ∧ x3f3(x ) = x3 ∧ (x1 ∨ x2)

x f (x)

000 000001 110010 101011 110100 001101 100110 101111 100

000 110

101

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001

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Le graphe d’interaction de f est le graphe signe G definie par :

- l’ensemble des sommets est 1, . . . ,n

- il existe un arc positif j → i s’il existe x ∈ 0, 1n tel que

fi(x1, . . . , xj−1,0, xj+1, . . . , xn) = 0fi(x1, . . . , xj−1,1, xj+1, . . . , xn) = 1

- il existe un arc negatif j → i s’il existe x ∈ 0, 1n tel que

fi(x1, . . . , xj−1,0, xj+1, . . . , xn) = 1fi(x1, . . . , xj−1,1, xj+1, . . . , xn) = 0

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Exemple 1

f1(x ) = x2 ∨ x3f2(x ) = x1 ∧ x3f3(x ) = x3 ∧ (x1 ∨ x2)

x f (x)000 000001 110010 101011 110100 001101 100110 101111 100

Dynamique

000 110

101

100

001

011

010

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Graphe d’interaction

1 2

3

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Exemple 2

f1(x ) = x2 ∨ x3f2(x ) = x1 ∧ x3f3(x ) = x3 ∧ (x1 ∨ x2)

x f (x)000 000001 100010 100011 101100 000101 110110 101111 111

Dynamique

000 110 101 111

100 011

001 010

Graphe d’interaction

1 2

3

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Exemple 3

f1(x ) = x2 + x3f2(x ) = x1 ∧ x3f3(x ) = x3 ∧ (x1 ∨ x2)

x f (x)000 000001 100010 100011 001100 000101 110110 101111 011

Dynamique

000 110 100

100

001 010

011

111 Graphe d’interaction

1 2

3

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Exemple 3

f1(x ) = x2 + x3f2(x ) = x1 ∧ x3f3(x ) = x3 ∧ (x1 ∨ x2)

x f (x)000 000001 100010 100011 001100 000101 110110 101111 011

Dynamique

000 110 100

100

001 010

011

111 Graphe d’interaction

1 2

3

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Exemple 4

f1(x ) = x2 + x3f2(x ) = x3 + x1f3(x ) = x1 + x2()

x f (x)000 000001 110010 101011 011100 011101 101110 110111 000

Dynamique

000 011 101 110

001010100111

Graphe d’interaction

1 2

3

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Beaucoup d’applications, en particulier :

- Reseaux de neurones [McCulloch & Pitts 1943]

- Reseaux de genes [Kauffman 1969, Thomas 1973]

Question

1. Que peut-on dire sur la dynamique d’un reseau Booleen1. en fonction de son graphe d’interaction seulement ?

2. Que peut-on dire sur le nb de points fixes d’un reseau Booleen2. en fonction de son graphe d’interaction seulement ?

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Dans le contexte des reseaux de genes, les premiere informationsfiables concernent souvent le graphe d’interaction

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Beaucoup d’applications, en particulier :

- Reseaux de neurones [McCulloch & Pitts 1943]

- Reseaux de genes [Kauffman 1969, Thomas 1973]

Question

1. Que peut-on dire sur la dynamique d’un reseau Booleen1. en fonction de son graphe d’interaction seulement ?

2. Que peut-on dire sur le nb de points fixes d’un reseau Booleen2. en fonction de son graphe d’interaction seulement ?

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Beaucoup d’applications, en particulier :

- Reseaux de neurones [McCulloch & Pitts 1943]

- Reseaux de genes [Kauffman 1969, Thomas 1973]

Question

1. Que peut-on dire sur la dynamique d’un reseau Booleen1. en fonction de son graphe d’interaction seulement ?

2. Que peut-on dire sur le nb de points fixes d’un reseau Booleen2. en fonction de son graphe d’interaction seulement ?

Question difficile

→ le nombre de RBs sur un graphe G donne est au moins 22Ω(∆−)

,→ ou ∆− est le degre entrant max de G .

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Beaucoup d’applications, en particulier :

- Reseaux de neurones [McCulloch & Pitts 1943]

- Reseaux de genes [Kauffman 1969, Thomas 1973]

Question

1. Que peut-on dire sur la dynamique d’un reseau Booleen1. en fonction de son graphe d’interaction seulement ?

2. Que peut-on dire sur le nb de points fixes d’un reseau Booleen2. en fonction de son graphe d’interaction seulement ?

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Beaucoup d’applications, en particulier :

- Reseaux de neurones [McCulloch & Pitts 1943]

- Reseaux de genes [Kauffman 1969, Thomas 1973]

Question

1. Que peut-on dire sur la dynamique d’un reseau Booleen1. en fonction de son graphe d’interaction seulement ?

2. Que peut-on dire sur le nb de points fixes d’un reseau Booleen2. en fonction de son graphe d’interaction seulement ?

Nombre de points fixes dans le reseaude genes d’un organisme multicellulaire ≈

Nombre de types cellulairesdans l’organisme

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Definitions

max(G) := nombre max de points fixes dans un RB sur G

min(G) := nombre min de points fixes dans un RB sur G

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Definitions

max(G) := nombre max de points fixes dans un RB sur G

min(G) := nombre min de points fixes dans un RB sur G

K+3

1 2

3

8 reseaux possibles

max(K+3 ) = 2

min(K+3 ) = 2

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Definitions

max(G) := nombre max de points fixes dans un RB sur G

min(G) := nombre min de points fixes dans un RB sur G

K+3

1 2

3

8 reseaux possibles

max(K+3 ) = 2

min(K+3 ) = 2

Il y a 8 reseaux possibles sur K+3 , car pour chaque composante i ,

fi(x ) = xi−1 ∧ xi+1 ou fi(x ) = xi−1 ∨ xi+1

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Definitions

max(G) := nombre max de points fixes dans un RB sur G

min(G) := nombre min de points fixes dans un RB sur G

K+3

1 2

3

8 reseaux possibles

max(K+3 ) = 2

min(K+3 ) = 2

x f (x) f (x) f (x) f (x) f (x) f (x) f (x) f (x)000 000 000 000 000 000 000 000 000001 000 100 010 110 000 100 010 110010 000 100 000 100 001 101 001 101011 100 100 110 110 101 101 111 111100 000 000 010 010 001 001 011 011101 010 110 010 110 011 111 011 111110 001 101 011 111 001 101 011 111111 111 111 111 111 111 111 111 111

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Definitions

max(G) := nombre max de points fixes dans un RB sur G

min(G) := nombre min de points fixes dans un RB sur G

K+3

1 2

3

8 reseaux possibles

max(K+3 ) = 2

min(K+3 ) = 2

x f (x) f (x) f (x) f (x) f (x) f (x) f (x) f (x)000 000 000 000 000 000 000 000 000001 000 100 010 110 000 100 010 110010 000 100 000 100 001 101 001 101011 100 100 110 110 101 101 111 111100 000 000 010 010 001 001 011 011101 010 110 010 110 011 111 011 111110 001 101 011 111 001 101 011 111111 111 111 111 111 111 111 111 111

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Definitions

max(G) := nombre max de points fixes dans un RB sur G

min(G) := nombre min de points fixes dans un RB sur G

K−3

1 2

3

8 reseaux possibles

max(K−3 ) = 3

min(K−3 ) = 1

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Definitions

max(G) := nombre max de points fixes dans un RB sur G

min(G) := nombre min de points fixes dans un RB sur G

K−3

1 2

3

8 reseaux possibles

max(K−3 ) = 3

min(K−3 ) = 1

Il y a 8 reseaux possibles sur K−3 , car pour chaque composante i ,

fi(x ) = xi−1 ∧ xi+1 ou fi(x ) = xi−1 ∨ xi+1

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Definitions

max(G) := nombre max de points fixes dans un RB sur G

min(G) := nombre min de points fixes dans un RB sur G

K−3

1 2

3

8 reseaux possibles

max(K−3 ) = 3

min(K−3 ) = 1

x f (x) f (x) f (x) f (x) f (x) f (x) f (x) f (x)000 111 111 111 111 111 111 111 111001 001 101 011 111 001 101 011 111010 010 110 010 110 011 111 011 111011 000 000 010 010 001 001 011 011100 100 100 110 110 101 101 111 111101 000 100 000 100 001 101 001 101110 000 100 010 110 000 100 010 110111 000 000 000 000 000 000 000 000

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Definitions

max(G) := nombre max de points fixes dans un RB sur G

min(G) := nombre min de points fixes dans un RB sur G

K−3

1 2

3

8 reseaux possibles

max(K−3 ) = 3

min(K−3 ) = 1

x f (x) f (x) f (x) f (x) f (x) f (x) f (x) f (x)000 111 111 111 111 111 111 111 111001 001 101 011 111 001 101 011 111010 010 110 010 110 011 111 011 111011 000 000 010 010 001 001 011 011100 100 100 110 110 101 101 111 111101 000 100 000 100 001 101 001 101110 000 100 010 110 000 100 010 110111 000 000 000 000 000 000 000 000

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 11/53

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1 2

3

8 reseaux possibles

max(K+3 ) = 2

min(K+3 ) = 2

1 2

3

8 reseaux possibles

max(K−3 ) = 3

min(K−3 ) = 1

1 2

3

45

6

∼ 1041 reseaux possibles

4 ≤ max(K+6 ) ≤ 16

min(K+6 ) = 2

1 2

3

45

6

∼ 1041 reseaux possibles

max(K−6 ) = 20

min(K+6 ) = 0

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 12/53

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1 2

3

8 reseaux possibles

max(K+3 ) = 2

min(K+3 ) = 2

1 2

3

8 reseaux possibles

max(K−3 ) = 3

min(K−3 ) = 1

1 2

3

45

6

∼ 1041 reseaux possibles

4 ≤ max(K+6 ) ≤ 16

min(K+6 ) = 2

1 2

3

45

6

∼ 1041 reseaux possibles

max(K−6 ) = 20

min(K+6 ) = 0

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 12/53

Page 35: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

1 2

3

8 reseaux possibles

max(K+3 ) = 2

min(K+3 ) = 2

1 2

3

8 reseaux possibles

max(K−3 ) = 3

min(K−3 ) = 1

1 2

3

45

6

∼ 1041 reseaux possibles

4 ≤ max(K+6 ) ≤ 16

min(K+6 ) = 2

1 2

3

45

6

∼ 1041 reseaux possibles

max(K−6 ) = 20

min(K+6 ) = 0

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 12/53

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Sommaire

1. Absence de cycle

2. Cycles positifs et negatifs

3. Absence de cycle d’un signe donne

4. Borne du feedback positif

5. Cliques positives et negatives

6. Le cas monotone

7. Conclusion

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 13/53

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Sommaire

1. Absence de cycle

2. Cycles positifs et negatifs

3. Absence de cycle d’un signe donne

4. Borne du feedback positif

5. Cliques positives et negatives

6. Le cas monotone

7. Conclusion

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1 2 3

4 5

6 7 8

9 10

G

stabilisation

Theoreme [Robert, 1980]

Si G est acyclique alors f n est constante, donc

min(G) = max(G) = 1.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 14/53

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1 2 3

4 5

6 7 8

9 10

G

fonctions locales constantes

stabilisation

Theoreme [Robert, 1980]

Si G est acyclique alors f n est constante, donc

min(G) = max(G) = 1.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 14/53

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0 1 1iteration 1

4 5

6 7 8

9 10

fonctions locales constantes

stabilisation

Theoreme [Robert, 1980]

Si G est acyclique alors f n est constante, donc

min(G) = max(G) = 1.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 14/53

Page 41: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

0 1 1iteration 1

1 0iteration 2

6 7 8

9 10

fonctions locales constantes

stabilisation

Theoreme [Robert, 1980]

Si G est acyclique alors f n est constante, donc

min(G) = max(G) = 1.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 14/53

Page 42: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

0 1 1iteration 1

1 0iteration 2

0 1 1iteration 3

9 10

fonctions locales constantes

stabilisation

Theoreme [Robert, 1980]

Si G est acyclique alors f n est constante, donc

min(G) = max(G) = 1.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 14/53

Page 43: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

0 1 1iteration 1

1 0iteration 2

0 1 1iteration 3

1 1iteration 4

fonctions locales constantes

stabilisation

Theoreme [Robert, 1980]

Si G est acyclique alors f n est constante, donc

min(G) = max(G) = 1.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 14/53

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0 1 1iteration 1

1 0iteration 2

0 1 1iteration 3

1 1iteration 4

fonctions locales constantes

stabilisation

Theoreme [Robert, 1980]

Si G est acyclique alors f n est constante, donc

min(G) = max(G) = 1.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 14/53

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0 1 1iteration 1

1 0iteration 2

0 1 1iteration 3

1 1iteration 4

stabilisation

Theoreme [Robert, 1980]

Si G est acyclique alors f n est constante, donc

min(G) = max(G) = 1.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 14/53

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Exemple 1

f1(x ) = 0f2(x ) = x1f3(x ) = x1 ∧ x2

x f (x)000 010001 010010 010011 010100 000101 000110 001111 001

Dynamique

010

000 001 011

100 101 110 111

Graphe d’interaction

1

2

3

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 15/53

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Exemple 2

f1(x ) = 0f2(x ) = x1f3(x ) = x1 ∨ x2

x f (x)000 010001 010010 011011 011100 001101 001110 001111 001

Dynamique

011

010

000 001

001 001 001 001

Graphe d’interaction

1

2

3

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 16/53

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Francois Robert [1980]

pas de cycle ⇒ dynamique ‘simple’

pynamique ‘complexe’ ⇒ cycles

Rene Thomas [1981] : deux types de cycles, positifs et negatifs.

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1. Cycle positif : nombre pair d’arcs positifs

••• ••

••

••

2. Cycle negatif : nombre impair d’arcs negatifs

••• ••

••

••

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Page 50: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

Sommaire

1. Absence de cycle

2. Cycles positifs et negatifs isoles

3. Absence de cycle d’un signe donne

4. Borne du feedback positif

5. Cliques positives et negatives

6. Le cas monotone

7. Conclusion

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Dans un cycle, chaque sommet i a un unique predecesseur j , et

fi(x ) =

xj si j → i est positif

xj si j → i est negatif

Exemple1

2

34

5

f1(x ) = x5f2(x ) = x1f3(x ) = x2f4(x ) = x3f5(x ) = x4

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 20/53

Page 52: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

Points fixes pour un cycle positif

1

2

34

5

f1(x ) = x5f2(x ) = x1f3(x ) = x2f4(x ) = x3f5(x ) = x4

x = f (x ) ⇐⇒

x1 = x5x2 = x1x3 = x2

= x1

x4 = x3

= x1

x5 = x4

= x1

⇐⇒ x = (x1, x1, x1, x1, x1)

Il y a exactement deux points fixes : 00100 et 11011.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 21/53

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Points fixes pour un cycle positif

1

2

34

5

f1(x ) = x5f2(x ) = x1f3(x ) = x2f4(x ) = x3f5(x ) = x4

x = f (x ) ⇐⇒

x1 = x5x2 = x1x3 = x2 = x1x4 = x3

= x1

x5 = x4

= x1

⇐⇒ x = (x1, x1, x1, x1, x1)

Il y a exactement deux points fixes : 00100 et 11011.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 21/53

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Points fixes pour un cycle positif

1

2

34

5

f1(x ) = x5f2(x ) = x1f3(x ) = x2f4(x ) = x3f5(x ) = x4

x = f (x ) ⇐⇒

x1 = x5x2 = x1x3 = x2 = x1x4 = x3 = x1x5 = x4

= x1

⇐⇒ x = (x1, x1, x1, x1, x1)

Il y a exactement deux points fixes : 00100 et 11011.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 21/53

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Points fixes pour un cycle positif

1

2

34

5

f1(x ) = x5f2(x ) = x1f3(x ) = x2f4(x ) = x3f5(x ) = x4

x = f (x ) ⇐⇒

x1 = x5x2 = x1x3 = x2 = x1x4 = x3 = x1x5 = x4 = x1

⇐⇒ x = (x1, x1, x1, x1, x1)

Il y a exactement deux points fixes : 00100 et 11011.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 21/53

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Points fixes pour un cycle positif

1

2

34

5

f1(x ) = x5f2(x ) = x1f3(x ) = x2f4(x ) = x3f5(x ) = x4

x = f (x ) ⇐⇒

x1 = x5x2 = x1x3 = x2 = x1x4 = x3 = x1x5 = x4 = x1

⇐⇒ x = (x1, x1, x1, x1, x1)

Il y a exactement deux points fixes : 00100 et 11011.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 21/53

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Points fixes pour un cycle positif

1

2

34

5

f1(x ) = x5f2(x ) = x1f3(x ) = x2f4(x ) = x3f5(x ) = x4

x = f (x ) ⇐⇒

x1 = x5x2 = x1x3 = x2 = x1x4 = x3 = x1x5 = x4 = x1

⇐⇒ x = (x1, x1, x1, x1, x1)

Il y a exactement deux points fixes : 00100 et 11011.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 21/53

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Points fixes pour un cycle positif

0

0

10

0

1

1

01

1

f1f2f3f4f5

x = f (x ) ⇐⇒

x1 = x5x2 = x1x3 = x2 = x1x4 = x3 = x1x5 = x4 = x1

⇐⇒ x = (x1, x1, x1, x1, x1)

Il y a exactement deux points fixes : 00100 et 11011.

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Points fixes pour un cycle negatif

1

2

34

5

f1(x ) = x5f2(x ) = x1f3(x ) = x2f4(x ) = x3f5(x ) = x4

x = f (x ) ⇐⇒

x1 = x5x2 = x1x3 = x2

= x1

x4 = x3

= x1

x5 = x4

= x1

⇒ contradiction

Il n’y a pas de point fixe !

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 22/53

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Points fixes pour un cycle negatif

1

2

34

5

f1(x ) = x5f2(x ) = x1f3(x ) = x2f4(x ) = x3f5(x ) = x4

x = f (x ) ⇐⇒

x1 = x5x2 = x1x3 = x2 = x1x4 = x3

= x1

x5 = x4

= x1

⇒ contradiction

Il n’y a pas de point fixe !

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 22/53

Page 61: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

Points fixes pour un cycle negatif

1

2

34

5

f1(x ) = x5f2(x ) = x1f3(x ) = x2f4(x ) = x3f5(x ) = x4

x = f (x ) ⇐⇒

x1 = x5x2 = x1x3 = x2 = x1x4 = x3 = x1x5 = x4

= x1

⇒ contradiction

Il n’y a pas de point fixe !

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 22/53

Page 62: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

Points fixes pour un cycle negatif

1

2

34

5

f1(x ) = x5f2(x ) = x1f3(x ) = x2f4(x ) = x3f5(x ) = x4

x = f (x ) ⇐⇒

x1 = x5x2 = x1x3 = x2 = x1x4 = x3 = x1x5 = x4 = x1

⇒ contradiction

Il n’y a pas de point fixe !

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 22/53

Page 63: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

Points fixes pour un cycle negatif

1

2

34

5

f1(x ) = x5f2(x ) = x1f3(x ) = x2f4(x ) = x3f5(x ) = x4

x = f (x ) ⇐⇒

x1 = x5x2 = x1x3 = x2 = x1x4 = x3 = x1x5 = x4 = x1

⇒ contradiction

Il n’y a pas de point fixe !

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 22/53

Page 64: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

Points fixes pour un cycle negatif

1

2

34

5

f1(x ) = x5f2(x ) = x1f3(x ) = x2f4(x ) = x3f5(x ) = x4

x = f (x ) ⇐⇒

x1 = x5x2 = x1x3 = x2 = x1x4 = x3 = x1x5 = x4 = x1

⇒ contradiction

Il n’y a pas de point fixe !

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 22/53

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Proposition

1. Si G est un cycle positif,

min(G) = max(G) = 2.

1. Si G est un cycle negatif,

min(G) = max(G) = 0.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 23/53

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Sommaire

1. Absence de cycle

2. Cycles positifs et negatifs

3. Absence de cycle d’un signe donne

4. Borne du feedback positif

5. Cliques positives et negatives

6. Le cas monotone

7. Conclusion

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 24/53

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Theoreme [Aracena, 2008]

Soit G un graphe d’interaction.

1. Si G n’a que des cycles positifs, alors min(G) ≥ 1.

2. Si G n’a que des cycles negatifs, alors max(G) ≤ 1.

Soit G un graphe d’interaction fortement connexe.

3. Si G n’a que des cycles positifs, alors min(G) ≥ 2.

4. Si G n’a que des cycles negatifs, alors max(G) = 0.

Corollary [Robert 1980]

Si G est acyclique, alors min(G) = max(G) = 1.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 25/53

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Theoreme [Aracena, 2008]

Soit G un graphe d’interaction.

1. Si G n’a que des cycles positifs, alors min(G) ≥ 1.

2. Si G n’a que des cycles negatifs, alors max(G) ≤ 1.

Soit G un graphe d’interaction fortement connexe.

3. Si G n’a que des cycles positifs, alors min(G) ≥ 2.

4. Si G n’a que des cycles negatifs, alors max(G) = 0.

Corollary [Robert 1980]

Si G est acyclique, alors min(G) = max(G) = 1.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 25/53

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Theoreme [Aracena, 2008]

Soit G un graphe d’interaction.

1. Si G n’a que des cycles positifs, alors min(G) ≥ 1.

2. Si G n’a que des cycles negatifs, alors max(G) ≤ 1.

Soit G un graphe d’interaction fortement connexe.

3. Si G n’a que des cycles positifs, alors min(G) ≥ 2.

4. Si G n’a que des cycles negatifs, alors max(G) = 0.

Corollary [Robert 1980]

Si G est acyclique, alors min(G) = max(G) = 1.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 25/53

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Theoreme [Aracena, 2008]

Soit G un graphe d’interaction.

1. Si G n’a que des cycles positifs, alors min(G) ≥ 1.

2. Si G n’a que des cycles negatifs, alors max(G) ≤ 1.

Soit G un graphe d’interaction fortement connexe.

3. Si G n’a que des cycles positifs, alors min(G) ≥ 2.

4. Si G n’a que des cycles negatifs, alors max(G) = 0.

Corollary [Robert 1980]

Si G est acyclique, alors min(G) = max(G) = 1.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 25/53

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Question : peut-on comparer fi(x ) et fi(y) ?

situation en x

i

1 1 1 0 0 1

situation en y

i

1 0 0 1 0 1

Reponse : oui ! On a fi(x) ≥ fi(y).

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 26/53

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Question : peut-on comparer fi(x ) et fi(y) ?

situation en x

i

1 1 1 0 0 1

situation en y

i

1 0 0 1 0 1

Reponse : oui ! On a fi(x) ≥ fi(y).

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 26/53

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Preuve. Soit x et y deux points fixes distincts de f . Nous allons montrerque G possede un cycle positif. Pour tout i on pose vi := yi − xi .

1. Supposons xi < yi (cad vi = 1).

xj ≥ yj pour tout j → i

xj ≤ yj pour tout j → i

⇒ fi(x ) ≥ fi(y) ⇒ xi ≥ yi ⇒ <>

situation en x

i

1 1 1 0 0 1

situation en y

i

1 0 0 1 0 1

fi(x ) ≥ fi(y)

1. Donc il existe j → i tel que xj < yj ou j → i tel que xj > yj .

1. Donc il existe j → i de signe vj vi .

2. Si xi > yi il existe de meme j → i de signe vj vi .

3. Il existe un cycle i0i1i2 . . . i`i0 ou le signe de ik → ik+1 est vik vik+1.

4. Le signe S de ce cycle est S = v0v1 · v1v2 · v2v3 · . . . · v`v0 = 1.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 27/53

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Preuve. Soit x et y deux points fixes distincts de f . Nous allons montrerque G possede un cycle positif. Pour tout i on pose vi := yi − xi .

1. Supposons xi < yi (cad vi = 1).

xj ≥ yj pour tout j → i

xj ≤ yj pour tout j → i

⇒ fi(x ) ≥ fi(y) ⇒ xi ≥ yi ⇒ <>

situation en x

i

1 1 1 0 0 1

situation en y

i

1 0 0 1 0 1

fi(x ) ≥ fi(y)

1. Donc il existe j → i tel que xj < yj ou j → i tel que xj > yj .

1. Donc il existe j → i de signe vj vi .

2. Si xi > yi il existe de meme j → i de signe vj vi .

3. Il existe un cycle i0i1i2 . . . i`i0 ou le signe de ik → ik+1 est vik vik+1.

4. Le signe S de ce cycle est S = v0v1 · v1v2 · v2v3 · . . . · v`v0 = 1.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 27/53

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Preuve. Soit x et y deux points fixes distincts de f . Nous allons montrerque G possede un cycle positif. Pour tout i on pose vi := yi − xi .

1. Supposons xi < yi (cad vi = 1).

xj ≥ yj pour tout j → i

xj ≤ yj pour tout j → i

⇒ fi(x ) ≥ fi(y) ⇒ xi ≥ yi ⇒ <>

situation en x

i

1 1 1 0 0 1

situation en y

i

1 0 0 1 0 1

fi(x ) ≥ fi(y)

1. Donc il existe j → i tel que xj < yj ou j → i tel que xj > yj .

1. Donc il existe j → i de signe vj vi .

2. Si xi > yi il existe de meme j → i de signe vj vi .

3. Il existe un cycle i0i1i2 . . . i`i0 ou le signe de ik → ik+1 est vik vik+1.

4. Le signe S de ce cycle est S = v0v1 · v1v2 · v2v3 · . . . · v`v0 = 1.

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Preuve. Soit x et y deux points fixes distincts de f . Nous allons montrerque G possede un cycle positif. Pour tout i on pose vi := yi − xi .

1. Supposons xi < yi (cad vi = 1).

xj ≥ yj pour tout j → i

xj ≤ yj pour tout j → i

⇒ fi(x ) ≥ fi(y) ⇒ xi ≥ yi ⇒ <>

situation en x

i

1 1 1 0 0 1

situation en y

i

1 0 0 1 0 1

fi(x ) ≥ fi(y)

1. Donc il existe j → i tel que xj < yj ou j → i tel que xj > yj .

1. Donc il existe j → i de signe vj vi .

2. Si xi > yi il existe de meme j → i de signe vj vi .

3. Il existe un cycle i0i1i2 . . . i`i0 ou le signe de ik → ik+1 est vik vik+1.

4. Le signe S de ce cycle est S = v0v1 · v1v2 · v2v3 · . . . · v`v0 = 1.

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Preuve. Soit x et y deux points fixes distincts de f . Nous allons montrerque G possede un cycle positif. Pour tout i on pose vi := yi − xi .

1. Supposons xi < yi (cad vi = 1).

xj ≥ yj pour tout j → i

xj ≤ yj pour tout j → i

⇒ fi(x ) ≥ fi(y) ⇒ xi ≥ yi ⇒ <>

situation en x

i

1 1 1 0 0 1

situation en y

i

1 0 0 1 0 1

fi(x ) ≥ fi(y)

1. Donc il existe j → i tel que xj < yj ou j → i tel que xj > yj .

1. Donc il existe j → i de signe vj vi .

2. Si xi > yi il existe de meme j → i de signe vj vi .

3. Il existe un cycle i0i1i2 . . . i`i0 ou le signe de ik → ik+1 est vik vik+1.

4. Le signe S de ce cycle est S = v0v1 · v1v2 · v2v3 · . . . · v`v0 = 1.

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Preuve. Soit x et y deux points fixes distincts de f . Nous allons montrerque G possede un cycle positif. Pour tout i on pose vi := yi − xi .

1. Supposons xi < yi (cad vi = 1).

xj ≥ yj pour tout j → i

xj ≤ yj pour tout j → i

⇒ fi(x ) ≥ fi(y) ⇒ xi ≥ yi ⇒ <>

situation en x

i

1 1 1 0 0 1

situation en y

i

1 0 0 1 0 1

fi(x ) ≥ fi(y)

1. Donc il existe j → i tel que xj < yj ou j → i tel que xj > yj .

1. Donc il existe j → i de signe vj vi .

2. Si xi > yi il existe de meme j → i de signe vj vi .

3. Il existe un cycle i0i1i2 . . . i`i0 ou le signe de ik → ik+1 est vik vik+1.

4. Le signe S de ce cycle est S = v0v1 · v1v2 · v2v3 · . . . · v`v0 = 1.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 27/53

Page 79: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

Preuve. Soit x et y deux points fixes distincts de f . Nous allons montrerque G possede un cycle positif. Pour tout i on pose vi := yi − xi .

1. Supposons xi < yi (cad vi = 1).

xj ≥ yj pour tout j → i

xj ≤ yj pour tout j → i

⇒ fi(x ) ≥ fi(y) ⇒ xi ≥ yi ⇒ <>

situation en x

i

1 1 1 0 0 1

situation en y

i

1 0 0 1 0 1

fi(x ) ≥ fi(y)

1. Donc il existe j → i tel que xj < yj ou j → i tel que xj > yj .

1. Donc il existe j → i de signe vj vi .

2. Si xi > yi il existe de meme j → i de signe vj vi .

3. Il existe un cycle i0i1i2 . . . i`i0 ou le signe de ik → ik+1 est vik vik+1.

4. Le signe S de ce cycle est S = v0v1 · v1v2 · v2v3 · . . . · v`v0 = 1.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 27/53

Page 80: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

Preuve. Soit x et y deux points fixes distincts de f . Nous allons montrerque G possede un cycle positif. Pour tout i on pose vi := yi − xi .

1. Supposons xi < yi (cad vi = 1).

xj ≥ yj pour tout j → i

xj ≤ yj pour tout j → i

⇒ fi(x ) ≥ fi(y) ⇒ xi ≥ yi ⇒ <>

situation en x

i

1 1 1 0 0 1

situation en y

i

1 0 0 1 0 1

fi(x ) ≥ fi(y)

1. Donc il existe j → i tel que xj < yj ou j → i tel que xj > yj .

1. Donc il existe j → i de signe vj vi .

2. Si xi > yi il existe de meme j → i de signe vj vi .

3. Il existe un cycle i0i1i2 . . . i`i0 ou le signe de ik → ik+1 est vik vik+1.

4. Le signe S de ce cycle est S = v0v1 · v1v2 · v2v3 · . . . · v`v0 = 1.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 27/53

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Theoreme [Aracena, 2008]

Soit G un graphe d’interaction.

1. Si G n’a que des cycles positifs, alors min(G) ≥ 1.

2. Si G n’a que des cycles negatifs, alors max(G) ≤ 1.

Soit G un graphe d’interaction fortement connexe.

3. Si G n’a que des cycles positifs, alors min(G) ≥ 2.

4. Si G n’a que des cycles negatifs, alors max(G) = 0.

Pour tout x , y ∈ 0, 1n , on pose ∆(x , y) := i ∈ [n] : xi 6= yi.

Lemme. Si x et y sont deux points fixes distincts de f , alors

G [∆(x , y)] a un cycle positif.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 28/53

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Theoreme [Aracena, 2008]

Soit G un graphe d’interaction.

1. Si G n’a que des cycles positifs, alors min(G) ≥ 1.

2. Si G n’a que des cycles negatifs, alors max(G) ≤ 1.

Soit G un graphe d’interaction fortement connexe.

3. Si G n’a que des cycles positifs, alors min(G) ≥ 2.

4. Si G n’a que des cycles negatifs, alors max(G) = 0.

Pour tout x , y ∈ 0, 1n , on pose ∆(x , y) := i ∈ [n] : xi 6= yi.

Lemme. Si x et y sont deux points fixes distincts de f , alors

G [∆(x , y)] a un cycle positif.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 28/53

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Question : Est-il difficile de decider si G a un cycle positif/negatif ?

G

• •

→ D

••

G a un cycle positif ⇐⇒ D a un cycle pair

G a un cycle negatif ⇐⇒ D a un cycle impair⇐⇒ D n’est pas bipartite

O(nd)

O(n2)

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 29/53

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Question : Est-il difficile de decider si G a un cycle positif/negatif ?

G

• •

→ D

••

G a un cycle positif ⇐⇒ D a un cycle pair

G a un cycle negatif ⇐⇒ D a un cycle impair⇐⇒ D n’est pas bipartite

O(nd)

O(n2)

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 29/53

Page 85: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

Question : Est-il difficile de decider si G a un cycle positif/negatif ?

G

• •

→ D

••

G a un cycle positif ⇐⇒ D a un cycle pair

G a un cycle negatif ⇐⇒ D a un cycle impair⇐⇒ D n’est pas bipartite

O(nd)

O(n2)

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 29/53

Page 86: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

Question : Est-il difficile de decider si G a un cycle positif/negatif ?

G

• •

→ D

••

G a un cycle positif ⇐⇒ D a un cycle pair

G a un cycle negatif ⇐⇒ D a un cycle impair⇐⇒ D n’est pas bipartite

O(nd)

O(n2)

On peut decider en O(n2) si D est bipartite :

1. Reduction au composantes fortement connexes.

2. On prend un arbre-recouvrant T ⊆ D , et une 2-coloration c de T .

3. D est bipartite ⇐⇒ c est une coloration de D .

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 29/53

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Question : Est-il difficile de decider si G a un cycle positif/negatif ?

G

• •

→ D

••

G a un cycle positif ⇐⇒ D a un cycle pair

G a un cycle negatif ⇐⇒ D a un cycle impair⇐⇒ D n’est pas bipartite

O(nd)

O(n2)

Theoreme [Robertson-Seymour-Thomas, 1999]

On peut decider si D a un cycle pair en temps polynomial.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 29/53

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Sommaire

1. Absence de cycle

2. Cycles positifs et negatifs

3. Absence de cycle d’un signe donne

4. Borne du feedback positif

5. Cliques positives et negatives

6. Le cas monotone

7. Conclusion

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 30/53

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Nous avons vu que

G acyclique ⇒ G sans cycle positif ⇒ max(G) ≤ 1

Avons-nous quelque chose de la forme

G n’est pas trop “loin” d’etre cyclique ⇒ max(G) n’est pas trop grand ?

Comment definir une distance a l’acyclicite ?

→ par le nb de cycles ?

→ par le nb min de sommets a supprimer→ pour rendre le graphe acyclique ?

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 31/53

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Nous avons vu que

G acyclique ⇒ G sans cycle positif ⇒ max(G) ≤ 1

Avons-nous quelque chose de la forme

G n’est pas trop “loin” d’etre cyclique ⇒ max(G) n’est pas trop grand ?

Comment definir une distance a l’acyclicite ?

→ par le nb de cycles ?

→ par le nb min de sommets a supprimer→ pour rendre le graphe acyclique ?

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 31/53

Page 91: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

Nous avons vu que

G acyclique ⇒ G sans cycle positif ⇒ max(G) ≤ 1

Avons-nous quelque chose de la forme

G n’est pas trop “loin” d’etre cyclique ⇒ max(G) n’est pas trop grand ?

Comment definir une distance a l’acyclicite ?

→ par le nb de cycles ?

→ par le nb min de sommets a supprimer→ pour rendre le graphe acyclique ?

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 31/53

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τ (G) := nombre transversal

:= taille min d’un ensemble de sommets intersectanttous les cycles

:= minimum Feedback Vertex Set (FVS)

• •

••

• •

τ = 1 τ = 2 τ = 3

τp(G) := nombre transversal positif:= taille min d’un ensemble de sommets intersectant

tous les cycles positifs

τ = 1τp = 0

τ = 1τp = 1

Remarque 1 τp ≤ τ (egalite lorsque tous les arcs sont positifs)

Remarque 2 τ et τp sont invariant par subdivisions des arcs

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Page 93: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

τ (G) := nombre transversal

:= taille min d’un ensemble de sommets intersectanttous les cycles

:= minimum Feedback Vertex Set (FVS)

• •

••

• •

τ = 1 τ = 2 τ = 3

τp(G) := nombre transversal positif:= taille min d’un ensemble de sommets intersectant

tous les cycles positifs

τ = 1τp = 0

τ = 1τp = 1

Remarque 1 τp ≤ τ (egalite lorsque tous les arcs sont positifs)

Remarque 2 τ et τp sont invariant par subdivisions des arcs

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 32/53

Page 94: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

τ (G) := nombre transversal

:= taille min d’un ensemble de sommets intersectanttous les cycles

:= minimum Feedback Vertex Set (FVS)

• •

••

• •

τ = 1 τ = 2 τ = 3

τp(G) := nombre transversal positif:= taille min d’un ensemble de sommets intersectant

tous les cycles positifs

τ = 1τp = 0

τ = 1τp = 1

Remarque 1 τp ≤ τ (egalite lorsque tous les arcs sont positifs)

Remarque 2 τ et τp sont invariant par subdivisions des arcs

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 32/53

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τ (G) := nombre transversal

:= taille min d’un ensemble de sommets intersectanttous les cycles

:= minimum Feedback Vertex Set (FVS)

• •

••

• •

τ = 1 τ = 2 τ = 3

τp(G) := nombre transversal positif:= taille min d’un ensemble de sommets intersectant

tous les cycles positifs

τ = 1τp = 0

τ = 1τp = 1

Remarque 1 τp ≤ τ (egalite lorsque tous les arcs sont positifs)

Remarque 2 τ et τp sont invariant par subdivisions des arcs

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 32/53

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τ (G) := nombre transversal

:= taille min d’un ensemble de sommets intersectanttous les cycles

:= minimum Feedback Vertex Set (FVS)

• •

••

• •

τ = 1 τ = 2 τ = 3

τp(G) := nombre transversal positif:= taille min d’un ensemble de sommets intersectant

tous les cycles positifs

τ = 1τp = 0

τ = 1τp = 1

Remarque 1 τp ≤ τ (egalite lorsque tous les arcs sont positifs)

Remarque 2 τ et τp sont invariant par subdivisions des arcs

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 32/53

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τ (G) := nombre transversal

:= taille min d’un ensemble de sommets intersectanttous les cycles

:= minimum Feedback Vertex Set (FVS)

• •

••

• •

τ = 1 τ = 2 τ = 3

τp(G) := nombre transversal positif:= taille min d’un ensemble de sommets intersectant

tous les cycles positifs

τ = 1τp = 0

τ = 1τp = 1

Remarque 1 τp ≤ τ (egalite lorsque tous les arcs sont positifs)

Remarque 2 τ et τp sont invariant par subdivisions des arcs

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 32/53

Page 98: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

Borne du feedback positif [Aracena 2008]

max(G) ≤ 2τp ≤ 2τ

G

Positif FVS S de taille τp

Remarque G n’a pas de cycle positif ⇒ τp = 0 ⇒ max(G) ≤ 1

C’est a peut pres la seule borne sup sur max(G)qui dependent de la structure des cycle

Pas de borne inf sur max(G) !

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 33/53

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Borne du feedback positif [Aracena 2008]

max(G) ≤ 2τp ≤ 2τ

GPas de cycle positif

Positif FVS S de taille τp

Remarque G n’a pas de cycle positif ⇒ τp = 0 ⇒ max(G) ≤ 1

C’est a peut pres la seule borne sup sur max(G)qui dependent de la structure des cycle

Pas de borne inf sur max(G) !

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 33/53

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Borne du feedback positif [Aracena 2008]

max(G) ≤ 2τp ≤ 2τ

GPas de cycle positif

Positif FVS S de taille τp

Soit f un RB sur G .

Soit A l’ensemble des points fixes.

Soit x et y deux points fixes distincts.

Remarque G n’a pas de cycle positif ⇒ τp = 0 ⇒ max(G) ≤ 1

C’est a peut pres la seule borne sup sur max(G)qui dependent de la structure des cycle

Pas de borne inf sur max(G) !

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 33/53

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Borne du feedback positif [Aracena 2008]

max(G) ≤ 2τp ≤ 2τ

G

Positif FVS S de taille τp

∆(x , y)

cyclepositif!

Soit f un RB sur G .

Soit A l’ensemble des points fixes.

Soit x et y deux points fixes distincts.

- G [∆(x , y)] a un cycle positif

Remarque G n’a pas de cycle positif ⇒ τp = 0 ⇒ max(G) ≤ 1

C’est a peut pres la seule borne sup sur max(G)qui dependent de la structure des cycle

Pas de borne inf sur max(G) !

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 33/53

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Borne du feedback positif [Aracena 2008]

max(G) ≤ 2τp ≤ 2τ

G

Positif FVS S de taille τp

∆(x , y)

Soit f un RB sur G .

Soit A l’ensemble des points fixes.

Soit x et y deux points fixes distincts.

- G [∆(x , y)] a un cycle positif

- ∆(x , y) intersecte S , cad xS 6= yS

Remarque G n’a pas de cycle positif ⇒ τp = 0 ⇒ max(G) ≤ 1

C’est a peut pres la seule borne sup sur max(G)qui dependent de la structure des cycle

Pas de borne inf sur max(G) !

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Borne du feedback positif [Aracena 2008]

max(G) ≤ 2τp ≤ 2τ

G

Positif FVS S de taille τp

∆(x , y)

Soit f un RB sur G .

Soit A l’ensemble des points fixes.

Soit x et y deux points fixes distincts.

- G [∆(x , y)] a un cycle positif

- ∆(x , y) intersecte S , cad xS 6= yS

- x 7→ xS est injective de A dans 0, 1S

Remarque G n’a pas de cycle positif ⇒ τp = 0 ⇒ max(G) ≤ 1

C’est a peut pres la seule borne sup sur max(G)qui dependent de la structure des cycle

Pas de borne inf sur max(G) !

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Borne du feedback positif [Aracena 2008]

max(G) ≤ 2τp ≤ 2τ

G

Positif FVS S de taille τp

∆(x , y)

Soit f un RB sur G .

Soit A l’ensemble des points fixes.

Soit x et y deux points fixes distincts.

- G [∆(x , y)] a un cycle positif

- ∆(x , y) intersecte S , cad xS 6= yS

- x 7→ xS est injective de A dans 0, 1S

Donc |A| ≤ |0, 1S | = 2τp

Remarque G n’a pas de cycle positif ⇒ τp = 0 ⇒ max(G) ≤ 1

C’est a peut pres la seule borne sup sur max(G)qui dependent de la structure des cycle

Pas de borne inf sur max(G) !

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Borne du feedback positif [Aracena 2008]

max(G) ≤ 2τp ≤ 2τ

G

Positif FVS S de taille τp

∆(x , y)

Soit f un RB sur G .

Soit A l’ensemble des points fixes.

Soit x et y deux points fixes distincts.

- G [∆(x , y)] a un cycle positif

- ∆(x , y) intersecte S , cad xS 6= yS

- x 7→ xS est injective de A dans 0, 1S

Donc |A| ≤ |0, 1S | = 2τp

Remarque G n’a pas de cycle positif ⇒ τp = 0 ⇒ max(G) ≤ 1

C’est a peut pres la seule borne sup sur max(G)qui dependent de la structure des cycle

Pas de borne inf sur max(G) !

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 33/53

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Borne du feedback positif [Aracena 2008]

max(G) ≤ 2τp ≤ 2τ

G

Positif FVS S de taille τp

∆(x , y)

Soit f un RB sur G .

Soit A l’ensemble des points fixes.

Soit x et y deux points fixes distincts.

- G [∆(x , y)] a un cycle positif

- ∆(x , y) intersecte S , cad xS 6= yS

- x 7→ xS est injective de A dans 0, 1S

Donc |A| ≤ |0, 1S | = 2τp

Remarque G n’a pas de cycle positif ⇒ τp = 0 ⇒ max(G) ≤ 1

C’est a peut pres la seule borne sup sur max(G)qui dependent de la structure des cycle

Pas de borne inf sur max(G) !

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Theoreme [Aracena, 2008]

Soit G un graphe d’interaction.

1. Si G n’a que des cycles positifs, alors min(G) ≥ 1.

2. Si G n’a que des cycles negatifs, alors max(G) ≤ 1.

3. Plus generalement, max(G) ≤ 2τp .

Soit G un graphe d’interaction fortement connexe.

4. Si G n’a que des cycles positifs, alors min(G) ≥ 2.

5. Si G n’a que des cycles negatifs, alors max(G) = 0.

Remarques

– Pas de borne inf. sur max(G).

– Tres peu de resultat sur min(G).

– Tres peu de resultat de complexite concernant min(G) et max(G).

Theoreme [Durbec-Perrot, 2018+]

On peut decider en temps polynomial si max(G) ≥ 1.

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Theoreme [Aracena, 2008]

Soit G un graphe d’interaction.

1. Si G n’a que des cycles positifs, alors min(G) ≥ 1.

2. Si G n’a que des cycles negatifs, alors max(G) ≤ 1.

3. Plus generalement, max(G) ≤ 2τp .

Soit G un graphe d’interaction fortement connexe.

4. Si G n’a que des cycles positifs, alors min(G) ≥ 2.

5. Si G n’a que des cycles negatifs, alors max(G) = 0.

Remarques

– Pas de borne inf. sur max(G).

– Tres peu de resultat sur min(G).

– Tres peu de resultat de complexite concernant min(G) et max(G).

Theoreme [Durbec-Perrot, 2018+]

On peut decider en temps polynomial si max(G) ≥ 1.

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Theoreme [Aracena, 2008]

Soit G un graphe d’interaction.

1. Si G n’a que des cycles positifs, alors min(G) ≥ 1.

2. Si G n’a que des cycles negatifs, alors max(G) ≤ 1.

3. Plus generalement, max(G) ≤ 2τp .

Soit G un graphe d’interaction fortement connexe.

4. Si G n’a que des cycles positifs, alors min(G) ≥ 2.

5. Si G n’a que des cycles negatifs, alors max(G) = 0.

Remarques

– Pas de borne inf. sur max(G).

– Tres peu de resultat sur min(G).

– Tres peu de resultat de complexite concernant min(G) et max(G).

Theoreme [Durbec-Perrot, 2018+]

On peut decider en temps polynomial si max(G) ≥ 1.

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La borne 2τp est tres perfectible

• ••

••

••

· · · • ••

max(G) ∼ 2n/6

2τp ∼ 2n/4

• ••

••

••

· · · • ••

max(G) = 1

2τp ∼ 2n/4

Comment introduire les cycles negatifs dans la borne ?

→ Probleme difficile : les cycles positifs sont parfois defavorables→ ... et parfois favorables a la presence de nombreux points fixes.

1 2

3

max(K+3 ) = 2

1 2

3

max(K−3 ) = 3

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 35/53

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La borne 2τp est tres perfectible

• ••

••

••

· · · • ••

max(G) ∼ 2n/6

2τp ∼ 2n/4

• ••

••

••

· · · • ••

max(G) = 1

2τp ∼ 2n/4

Comment introduire les cycles negatifs dans la borne ?

→ Probleme difficile : les cycles positifs sont parfois defavorables→ ... et parfois favorables a la presence de nombreux points fixes.

1 2

3

max(K+3 ) = 2

1 2

3

max(K−3 ) = 3

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 35/53

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La borne 2τp est tres perfectible

• ••

••

••

· · · • ••

max(G) ∼ 2n/6

2τp ∼ 2n/4

• ••

••

••

· · · • ••

max(G) = 1

2τp ∼ 2n/4

Comment introduire les cycles negatifs dans la borne ?

→ Probleme difficile : les cycles positifs sont parfois defavorables→ ... et parfois favorables a la presence de nombreux points fixes.

1 2

3

max(K+3 ) = 2

1 2

3

max(K−3 ) = 3

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 35/53

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Deux approches :

1. Fixer le graphe et faire varier les signes → clique Kn .

2. Fixer les signes et faire varier le graphe → tous les signes positifs.

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Sommaire

1. Absence de cycle

2. Cycles positifs et negatifs

3. Absence de cycle d’un signe donne

4. Borne du feedback positif

5. Cliques positives et negatives

6. Le cas monotone

7. Conclusion

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 37/53

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1 2

3

8 reseaux possibles

max(K+3 ) = 2

2τp = 22 = 4

1 2

3

8 reseaux possibles

max(K−3 ) = 3

2τp = 22 = 4

1 2

3

45

6

∼ 1041 reseaux possibles

4 ≤ max(K+6 ) ≤ 16

2τp = 25 = 32

1 2

3

45

6

∼ 1041 reseaux possibles

max(K−6 ) = 20

2τp = 25 = 32

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 38/53

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1 2

3

8 reseaux possibles

max(K+3 ) = 2

2τp = 22 = 4

1 2

3

8 reseaux possibles

max(K−3 ) = 3

2τp = 22 = 4

1 2

3

45

6

∼ 1041 reseaux possibles

4 ≤ max(K+6 ) ≤ 16

2τp = 25 = 32

1 2

3

45

6

∼ 1041 reseaux possibles

max(K−6 ) = 20

2τp = 25 = 32

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1 2

3

8 reseaux possibles

max(K+3 ) = 2

2τp = 22 = 4

1 2

3

8 reseaux possibles

max(K−3 ) = 3

2τp = 22 = 4

1 2

3

45

6

∼ 1041 reseaux possibles

4 ≤ max(K+6 ) ≤ 16

2τp = 25 = 32

1 2

3

45

6

∼ 1041 reseaux possibles

max(K−6 ) = 20

2τp = 25 = 32

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Definitions

1. La distance de Hamming entre deux configurations x , y ∈ 0, 1n est

dH (x , y) := #∆(x , y) := #i ∈ [n] : xi 6= yi.

Exemplex = 00110011y = 11110000

dH (x , y) = 4.

2. On definit l’ordre partiel ≤ sur 0, 1n comme suit :

x ≤ y ⇐⇒ xi ≤ yi ∀i ∈ [n].

3. Une chaıne est un ensemble de configs 2 a 2 comparables.

4. Une antichaıne est un ensemble de configs 2 a 2 incomparables.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 39/53

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Definitions

1. La distance de Hamming entre deux configurations x , y ∈ 0, 1n est

dH (x , y) := #∆(x , y) := #i ∈ [n] : xi 6= yi.

Exemplex = 00110011y = 11110000

dH (x , y) = 4.

2. On definit l’ordre partiel ≤ sur 0, 1n comme suit :

x ≤ y ⇐⇒ xi ≤ yi ∀i ∈ [n].

3. Une chaıne est un ensemble de configs 2 a 2 comparables.

4. Une antichaıne est un ensemble de configs 2 a 2 incomparables.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 39/53

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Definitions

1. La distance de Hamming entre deux configurations x , y ∈ 0, 1n est

dH (x , y) := #∆(x , y) := #i ∈ [n] : xi 6= yi.

Exemplex = 00110011y = 11110000

dH (x , y) = 4.

2. On definit l’ordre partiel ≤ sur 0, 1n comme suit :

x ≤ y ⇐⇒ xi ≤ yi ∀i ∈ [n].

3. Une chaıne est un ensemble de configs 2 a 2 comparables.

4. Une antichaıne est un ensemble de configs 2 a 2 incomparables.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 39/53

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Definitions

1. La distance de Hamming entre deux configurations x , y ∈ 0, 1n est

dH (x , y) := #∆(x , y) := #i ∈ [n] : xi 6= yi.

Exemplex = 00110011y = 11110000

dH (x , y) = 4.

2. On definit l’ordre partiel ≤ sur 0, 1n comme suit :

x ≤ y ⇐⇒ xi ≤ yi ∀i ∈ [n].

3. Une chaıne est un ensemble de configs 2 a 2 comparables.

4. Une antichaıne est un ensemble de configs 2 a 2 incomparables.

000

100 010 001

110 101 011

111

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 39/53

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Definitions

1. La distance de Hamming entre deux configurations x , y ∈ 0, 1n est

dH (x , y) := #∆(x , y) := #i ∈ [n] : xi 6= yi.

Exemplex = 00110011y = 11110000

dH (x , y) = 4.

2. On definit l’ordre partiel ≤ sur 0, 1n comme suit :

x ≤ y ⇐⇒ xi ≤ yi ∀i ∈ [n].

3. Une chaıne est un ensemble de configs 2 a 2 comparables.

4. Une antichaıne est un ensemble de configs 2 a 2 incomparables.

000

100 010 001

110 101 011

111

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 39/53

Page 123: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

Definitions

1. La distance de Hamming entre deux configurations x , y ∈ 0, 1n est

dH (x , y) := #∆(x , y) := #i ∈ [n] : xi 6= yi.

Exemplex = 00110011y = 11110000

dH (x , y) = 4.

2. On definit l’ordre partiel ≤ sur 0, 1n comme suit :

x ≤ y ⇐⇒ xi ≤ yi ∀i ∈ [n].

3. Une chaıne est un ensemble de configs 2 a 2 comparables.

4. Une antichaıne est un ensemble de configs 2 a 2 incomparables.

000

100 010 001

110 101 011

111

chaıne

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 39/53

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Definitions

1. La distance de Hamming entre deux configurations x , y ∈ 0, 1n est

dH (x , y) := #∆(x , y) := #i ∈ [n] : xi 6= yi.

Exemplex = 00110011y = 11110000

dH (x , y) = 4.

2. On definit l’ordre partiel ≤ sur 0, 1n comme suit :

x ≤ y ⇐⇒ xi ≤ yi ∀i ∈ [n].

3. Une chaıne est un ensemble de configs 2 a 2 comparables.

4. Une antichaıne est un ensemble de configs 2 a 2 incomparables.

000

100 010 001

110 101 011

111

chaıne

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 39/53

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Definitions

1. La distance de Hamming entre deux configurations x , y ∈ 0, 1n est

dH (x , y) := #∆(x , y) := #i ∈ [n] : xi 6= yi.

Exemplex = 00110011y = 11110000

dH (x , y) = 4.

2. On definit l’ordre partiel ≤ sur 0, 1n comme suit :

x ≤ y ⇐⇒ xi ≤ yi ∀i ∈ [n].

3. Une chaıne est un ensemble de configs 2 a 2 comparables.

4. Une antichaıne est un ensemble de configs 2 a 2 incomparables.

000

100 010 001

110 101 011

111

chaıne

antichaıne

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 39/53

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Theoreme [Gadouleau-R-Riis, 2015](nb n2 c)

n≤ max(K+

n ) ≤ 2n+1

n + 2≤ max(K−

n ) =

(n

bn2 c

)

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Theoreme [Gadouleau-R-Riis, 2015](nb n2 c)

n≤ max(K+

n ) ≤ 2n+1

n + 2≤ max(K−

n ) =

(n

bn2 c

)

Borne de Graham-Sloane

Borne de Varshamov

Lemme de Sperner

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Page 128: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

Theoreme [Gadouleau-R-Riis, 2015](nb n2 c)

n≤ max(K+

n ) ≤ 2n+1

n + 2≤ max(K−

n ) =

(n

bn2 c

)

Borne de Graham-Sloane

Borne de Varshamov

Lemme de Sperner

Remarque : Dans les deux cas, la borne du feedback positif est 2n−1, or(n

bn2 c

)= O(2n−log n) = o(2n−1)

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Page 129: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

Theoreme [Gadouleau-R-Riis, 2015](nb n2 c)

n≤ max(K+

n ) ≤ 2n+1

n + 2≤ max(K−

n ) =

(n

bn2 c

)

Borne inf pour la clique positive

Soit B(n, k) les x ∈ 0, 1n contenant k uns ; donc |B(n, k)| =(nk

).

000

100 010 001

110 101 011

111

B(3, 0)

B(3, 1)

B(3, 2)

B(3, 3)

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Theoreme [Gadouleau-R-Riis, 2015](nb n2 c)

n≤ max(K+

n ) ≤ 2n+1

n + 2≤ max(K−

n ) =

(n

bn2 c

)

Borne inf pour la clique positive

Soit B(n, k) les x ∈ 0, 1n contenant k uns ; donc |B(n, k)| =(nk

).

Soit A ⊆ B(n, k) avec dH (x , y) ≥ 4 pour tout x , y ∈ A distincts.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 40/53

Page 131: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

Theoreme [Gadouleau-R-Riis, 2015](nb n2 c)

n≤ max(K+

n ) ≤ 2n+1

n + 2≤ max(K−

n ) =

(n

bn2 c

)

Borne inf pour la clique positive

Soit B(n, k) les x ∈ 0, 1n contenant k uns ; donc |B(n, k)| =(nk

).

Soit A ⊆ B(n, k) avec dH (x , y) ≥ 4 pour tout x , y ∈ A distincts.

→ Il y a un RB sur K+n qui fixe A ; donc max(K+

n ) ≥ |A|.

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Theoreme [Gadouleau-R-Riis, 2015](nb n2 c)

n≤ max(K+

n ) ≤ 2n+1

n + 2≤ max(K−

n ) =

(n

bn2 c

)

Borne inf pour la clique positive

Soit B(n, k) les x ∈ 0, 1n contenant k uns ; donc |B(n, k)| =(nk

).

Soit A ⊆ B(n, k) avec dH (x , y) ≥ 4 pour tout x , y ∈ A distincts.

→ Il y a un RB sur K+n qui fixe A ; donc max(K+

n ) ≥ |A|.

Borne de Graham-Sloane [1980]

Il existe A ⊆ B(n, k) tel que dH (x , y) ≥ 4 pour tout x , y ∈ A, x 6= y , et

|A| ≥(nk

)n.

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Theoreme [Gadouleau-R-Riis, 2015](nb n2 c)

n≤ max(K+

n ) ≤ 2n+1

n + 2≤ max(K−

n ) =

(n

bn2 c

)

Borne sup pour la clique positive

Soit f un RB sur K+n . Si x et y sont deux points fixes distincts de f , alors

dmax(x , y) := max( |i : xi < yi| , |i : xi > yi| ) ≥ 2.

Borne de Varshamov [1965]

Si A ⊆ 0, 1n et dmax(x , y) ≥ 2 pour tout x , y ∈ A distincts, alors

|A| ≤ 2n+1

n + 2.

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Theoreme [Gadouleau-R-Riis, 2015](nb n2 c)

n≤ max(K+

n ) ≤ 2n+1

n + 2≤ max(K−

n ) =

(n

bn2 c

)

Borne sup pour la clique positive

Soit f un RB sur K+n . Si x et y sont deux points fixes distincts de f , alors

dmax(x , y) := max( |i : xi < yi| , |i : xi > yi| ) ≥ 2.

Borne de Varshamov [1965]

Si A ⊆ 0, 1n et dmax(x , y) ≥ 2 pour tout x , y ∈ A distincts, alors

|A| ≤ 2n+1

n + 2.

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Theoreme [Gadouleau-R-Riis, 2015](nb n2 c)

n≤ max(K+

n ) ≤ 2n+1

n + 2≤ max(K−

n ) =

(n

bn2 c

)

Egalite pour la clique negative

Soit f un RB sur K−n . On a x ≤ y ⇒ f (x ) ≥ f (y).

Donc si x et y sont des points fixes, on a x ≤ y ⇒ f (x ) ≥ f (y)⇒ x ≥ y .

Les PFs sont incomparables deux a deux : ils forment une antichaıne.

Lemme de Sperner [1928]

La taille maximum d’une antichaıne de 0, 1n est(

nb n2 c).

Donc max(K−n ) ≤(

nb n2 c), et la borne est atteinte par la “minorite stricte”.

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Theoreme [Gadouleau-R-Riis, 2015](nb n2 c)

n≤ max(K+

n ) ≤ 2n+1

n + 2≤ max(K−

n ) =

(n

bn2 c

)

Egalite pour la clique negative

Soit f un RB sur K−n . On a x ≤ y ⇒ f (x ) ≥ f (y).

Donc si x et y sont des points fixes, on a x ≤ y ⇒ f (x ) ≥ f (y)⇒ x ≥ y .

Les PFs sont incomparables deux a deux : ils forment une antichaıne.

Lemme de Sperner [1928]

La taille maximum d’une antichaıne de 0, 1n est(

nb n2 c).

Donc max(K−n ) ≤(

nb n2 c), et la borne est atteinte par la “minorite stricte”.

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Theoreme [Gadouleau-R-Riis, 2015](nb n2 c)

n≤ max(K+

n ) ≤ 2n+1

n + 2≤ max(K−

n ) =

(n

bn2 c

)

Egalite pour la clique negative

Soit f un RB sur K−n . On a x ≤ y ⇒ f (x ) ≥ f (y).

Donc si x et y sont des points fixes, on a x ≤ y ⇒ f (x ) ≥ f (y)⇒ x ≥ y .

Les PFs sont incomparables deux a deux : ils forment une antichaıne.

Lemme de Sperner [1928]

La taille maximum d’une antichaıne de 0, 1n est(

nb n2 c).

Donc max(K−n ) ≤(

nb n2 c), et la borne est atteinte par la “minorite stricte”.

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Theoreme [Gadouleau-R-Riis, 2015](nb n2 c)

n≤ max(K+

n ) ≤ 2n+1

n + 2≤ max(K−

n ) =

(n

bn2 c

)

Egalite pour la clique negative

Soit f un RB sur K−n . On a x ≤ y ⇒ f (x ) ≥ f (y).

Donc si x et y sont des points fixes, on a x ≤ y ⇒ f (x ) ≥ f (y)⇒ x ≥ y .

Les PFs sont incomparables deux a deux : ils forment une antichaıne.

Lemme de Sperner [1928]

La taille maximum d’une antichaıne de 0, 1n est(

nb n2 c).

Donc max(K−n ) ≤(

nb n2 c), et la borne est atteinte par la “minorite stricte”.

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 42/53

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Theoreme [Gadouleau-R-Riis, 2015](nb n2 c)

n≤ max(K+

n ) ≤ 2n+1

n + 2≤ max(K−

n ) =

(n

bn2 c

)

max(K−n )

max(K+n )

n

non borne

Corollaire. Pour tout k fixe,si n est suffisamment grand,

max(K−n ) > max(K+n+k ).

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Theoreme [Gadouleau-R-Riis, 2015](nb n2 c)

n≤ max(K+

n ) ≤ 2n+1

n + 2≤ max(K−

n ) =

(n

bn2 c

)

max(K−n )

max(K+n )

n

non borne

Corollaire. Pour tout k fixe,si n est suffisamment grand,

max(K−n ) > max(K+n+k ).

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 42/53

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Theoreme [Gadouleau-R-Riis, 2015](nb n2 c)

n≤ max(K+

n ) ≤ 2n+1

n + 2≤ max(K−

n ) =

(n

bn2 c

)

Conjecture

Si K σn est un graphe signe sur Kn sans cycle neg. de long. deux, alors

max(K+n ) ≤ max(K σ

n ) ≤ max(K−n )

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Deux approches :

1. Fixer le graphe et faire varier les signes → clique Kn .

2. Fixer les signes et faire varier le graphe → tous les signes positifs.

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Sommaire

1. Absence de cycle

2. Cycles positifs et negatifs

3. Absence de cycle d’un signe donne

4. Borne du feedback positif

5. Cliques positives et negatives

6. Le cas monotone

7. Conclusion

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1. Que se passe-t-il quand il n’y a que des cycles positifs ?

→ Dans ce cas, 2τp = 2τ

2. Que se passe-t-il quand il n’y a que des arcs positifs ?

Proposition

1. Supposons que G est fortement connexe et n’a que des cycles positifs.

1. Soit G+ obtenu a partir de G en rendant positif tous les arcs. Alors

max(G) = max(G+).

2. De plus, tout reseau Booleen f sur G+ est monotone, c’est-a-dire,

∀x , y ∈ 0, 1n x ≤ y ⇒ f (x ) ≤ f (y).

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1. Que se passe-t-il quand il n’y a que des cycles positifs ?

→ Dans ce cas, 2τp = 2τ

2. Que se passe-t-il quand il n’y a que des arcs positifs ?

Proposition

1. Supposons que G est fortement connexe et n’a que des cycles positifs.

1. Soit G+ obtenu a partir de G en rendant positif tous les arcs. Alors

max(G) = max(G+).

2. De plus, tout reseau Booleen f sur G+ est monotone, c’est-a-dire,

∀x , y ∈ 0, 1n x ≤ y ⇒ f (x ) ≤ f (y).

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1. Que se passe-t-il quand il n’y a que des cycles positifs ?

→ Dans ce cas, 2τp = 2τ

2. Que se passe-t-il quand il n’y a que des arcs positifs ?

Proposition

1. Supposons que G est fortement connexe et n’a que des cycles positifs.

1. Soit G+ obtenu a partir de G en rendant positif tous les arcs. Alors

max(G) = max(G+).

2. De plus, tout reseau Booleen f sur G+ est monotone, c’est-a-dire,

∀x , y ∈ 0, 1n x ≤ y ⇒ f (x ) ≤ f (y).

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Theoreme [Knaster-Tarski, 1928]

Si f est monotone alors Fixe(f ) est un treillis non-vide

ν(G) := “packing number”:= nombre maximum de cycles sommet-disjoints

• •

• •

••

••

• •ν = 1 ν = 2 ν = 2τ = 2 τ = 3 τ = 2

Remarque ν ≤ τ

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Theoreme [Knaster-Tarski, 1928]

Si f est monotone alors Fixe(f ) est un treillis non-vide

ν(G) := “packing number”:= nombre maximum de cycles sommet-disjoints

• •

• •

••

••

• •ν = 1 ν = 2 ν = 2τ = 2 τ = 3 τ = 2

Remarque ν ≤ τ

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Theoreme [Knaster-Tarski, 1928]

Si f est monotone alors Fixe(f ) est un treillis non-vide

ν(G) := “packing number”:= nombre maximum de cycles sommet-disjoints

• •

• •

••

••

• •ν = 1 ν = 2 ν = 2τ = 2 τ = 3 τ = 2

Remarque ν ≤ τ

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Theoreme [Knaster-Tarski, 1928]

Si f est monotone alors Fixe(f ) est un treillis non-vide

ν(G) := “packing number”:= nombre maximum de cycles sommet-disjoints

• •

• •

••

••

• •ν = 1 ν = 2 ν = 2τ = 2 τ = 3 τ = 2

Remarque ν ≤ τ

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de l’isomorphisme ∀x , y ∈ Fixe(f ) xS ≤ yS ⇐⇒

=⇒

x ≤ y

Fixe(f ) est iso a L := xS : x ∈ Fixe(f ), et L ⊆ 0, 1S

• • •

• •

• • •

1 1 0

• •

• • •

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de l’isomorphisme

∀x , y ∈ Fixe(f ) xS ≤ yS ⇐⇒

=⇒

x ≤ y

Fixe(f ) est iso a L := xS : x ∈ Fixe(f ), et L ⊆ 0, 1S

• • •

• •

• • •

1 1 0

• •

• • •

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de l’isomorphisme

∀x , y ∈ Fixe(f ) xS ≤ yS ⇐⇒

=⇒

x ≤ y

Fixe(f ) est iso a L := xS : x ∈ Fixe(f ), et L ⊆ 0, 1S

• • •

• •

• • •

S

FVS de taille τ

1 1 0

• •

• • •

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de l’isomorphisme

∀x , y ∈ Fixe(f ) xS ≤ yS ⇐⇒

=⇒

x ≤ y

Fixe(f ) est iso a L := xS : x ∈ Fixe(f ), et L ⊆ 0, 1S

• • •

• •

• • •

S

FVS de taille τ

1 1 0

• •

• • •

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de l’isomorphisme ∀x , y ∈ Fixe(f ) xS ≤ yS ⇐⇒

=⇒

x ≤ y

Fixe(f ) est iso a L := xS : x ∈ Fixe(f ), et L ⊆ 0, 1S

• • •

• •

• • •

S

FVS de taille τ

1 1 0

• •

• • •

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de l’isomorphisme ∀x , y ∈ Fixe(f ) xS ≤ yS ⇐⇒

=⇒

x ≤ y

Fixe(f ) est iso a L := xS : x ∈ Fixe(f ), et L ⊆ 0, 1S

• • •

• •

• • •

S

1 1 0

• •

• • •

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de l’isomorphisme ∀x , y ∈ Fixe(f ) xS ≤ yS

⇐⇒

=⇒ x ≤ y

Fixe(f ) est iso a L := xS : x ∈ Fixe(f ), et L ⊆ 0, 1S

• • •

• •

• • •

S

1 1 0

• •

• • •

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de l’isomorphisme ∀x , y ∈ Fixe(f ) xS ≤ yS

⇐⇒

=⇒ x ≤ y

Fixe(f ) est iso a L := xS : x ∈ Fixe(f ), et L ⊆ 0, 1S

0 1 0

• •

• • •

xS ≤ ySS 1 1 0

• •

• • •

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de l’isomorphisme ∀x , y ∈ Fixe(f ) xS ≤ yS

⇐⇒

=⇒ x ≤ y

Fixe(f ) est iso a L := xS : x ∈ Fixe(f ), et L ⊆ 0, 1S

0 1 0

• •

• • •

xS ≤ ySS

T

1 1 0

• •

• • •

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de l’isomorphisme ∀x , y ∈ Fixe(f ) xS ≤ yS

⇐⇒

=⇒ x ≤ y

Fixe(f ) est iso a L := xS : x ∈ Fixe(f ), et L ⊆ 0, 1S

0 1 0

i •

• • •

xS ≤ ySS

T

1 1 0

i •

• • •

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 47/53

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de l’isomorphisme ∀x , y ∈ Fixe(f ) xS ≤ yS

⇐⇒

=⇒ x ≤ y

Fixe(f ) est iso a L := xS : x ∈ Fixe(f ), et L ⊆ 0, 1S

0 1 0

i •

• • •

xS ≤ ySS

fi(x ) ≤ fi(y)T

1 1 0

i •

• • •

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de l’isomorphisme ∀x , y ∈ Fixe(f ) xS ≤ yS

⇐⇒

=⇒ x ≤ y

Fixe(f ) est iso a L := xS : x ∈ Fixe(f ), et L ⊆ 0, 1S

0 1 0

i •

• • •

xS ≤ ySS

xi ≤ yiT

1 1 0

i •

• • •

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de l’isomorphisme ∀x , y ∈ Fixe(f ) xS ≤ yS

⇐⇒

=⇒ x ≤ y

Fixe(f ) est iso a L := xS : x ∈ Fixe(f ), et L ⊆ 0, 1S

0 1 0

0 1

• • •

xS ≤ ySS

xT ≤ yTT

1 1 0

1 1

• • •

Adrien RICHARD Analyse static des reseaux Booleens EJCIM 2018 47/53

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de l’isomorphisme ∀x , y ∈ Fixe(f ) xS ≤ yS

⇐⇒

=⇒ x ≤ y

Fixe(f ) est iso a L := xS : x ∈ Fixe(f ), et L ⊆ 0, 1S

0 1 0

0 1

• • •

xS ≤ ySS

xT ≤ yTT

U

1 1 0

1 1

• • •

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de l’isomorphisme ∀x , y ∈ Fixe(f ) xS ≤ yS

⇐⇒

=⇒ x ≤ y

Fixe(f ) est iso a L := xS : x ∈ Fixe(f ), et L ⊆ 0, 1S

0 1 0

0 1

0 1 0

xS ≤ ySS

xT ≤ yTT

xU ≤ yUU

1 1 0

1 1

1 1 0

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de 2 Si Fixe(f ) a une chaıne de taille k + 1 alors ν ≥ k .

Donc Fixe(f ) n’a pas de chaıne de taille ν + 2, et L aussi.

x1 =

x2 =

x3 =

x4 =

x5 =

0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

∆(x1, x2) ∆(x2, x3) ∆(x3, x4) ∆(x4, x5)

C1 C2 C3 C4

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de 2 Si Fixe(f ) a une chaıne de taille k + 1 alors ν ≥ k .

Donc Fixe(f ) n’a pas de chaıne de taille ν + 2, et L aussi.

x1 =

x2 =

x3 =

x4 =

x5 =

0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

∆(x1, x2) ∆(x2, x3) ∆(x3, x4) ∆(x4, x5)

C1 C2 C3 C4

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de 2 Si Fixe(f ) a une chaıne de taille k + 1 alors ν ≥ k .

Donc Fixe(f ) n’a pas de chaıne de taille ν + 2, et L aussi.

x1 =

x2 =

x3 =

x4 =

x5 =

0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

∆(x1, x2) ∆(x2, x3) ∆(x3, x4) ∆(x4, x5)

C1 C2 C3 C4

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de 2 Si Fixe(f ) a une chaıne de taille k + 1 alors ν ≥ k .

Donc Fixe(f ) n’a pas de chaıne de taille ν + 2, et L aussi.

x1 =

x2 =

x3 =

x4 =

x5 =

0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

∆(x1, x2) ∆(x2, x3) ∆(x3, x4) ∆(x4, x5)

C1 C2 C3 C4

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Theoreme [Aracena-Salinas-R, 2017]

Si f est monotone, Fixe(f ) est iso. a un sous-ensemble L ⊆ 0, 1τ t.q.

1. L est un treillis non-vide

2. L n’a pas de chaıne de taille ν + 2

Preuve de 2 Si Fixe(f ) a une chaıne de taille k + 1 alors ν ≥ k .

Donc Fixe(f ) n’a pas de chaıne de taille ν + 2, et L aussi.

x1 =

x2 =

x3 =

x4 =

x5 =

0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

∆(x1, x2) ∆(x2, x3) ∆(x3, x4) ∆(x4, x5)

C1 C2 C3 C4

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Theoreme [Erdos, 1945]

Si A ⊆ 0, 1n n’a pas de chaıne de taille `+ 1 alors

|A| ≤ la somme des ` plus grands coefficients(nk

)

Remarque Le cas ` = 1 est le lemme de Sperner sur les antichaınesCorollaire Si f est monotone alors

|Fixe(f )| − 2 ≤ somme des ν − 1 plus grands coefficients(τk

)Preuve Soit L ⊆ 0, 1τ un treillis non-vide isomorphe a Fixe(f )

max a

min b

Lpas de chaıne

de taille ν + 2≤ somme des ν − 1 plus grands

(τk

)

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Theoreme [Erdos, 1945]

Si A ⊆ 0, 1n n’a pas de chaıne de taille `+ 1 alors

|A| ≤ la somme des ` plus grands coefficients(nk

)Remarque Le cas ` = 1 est le lemme de Sperner sur les antichaınes

Corollaire Si f est monotone alors

|Fixe(f )| − 2 ≤ somme des ν − 1 plus grands coefficients(τk

)Preuve Soit L ⊆ 0, 1τ un treillis non-vide isomorphe a Fixe(f )

max a

min b

Lpas de chaıne

de taille ν + 2≤ somme des ν − 1 plus grands

(τk

)

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Page 173: Analyse statique des r eseaux Bool eens pour la biologie syst … · 2018-04-05 · Un r eseau Bool een est un syst eme dynamique discret compos e d’un nombre ni de variables binaires

Theoreme [Erdos, 1945]

Si A ⊆ 0, 1n n’a pas de chaıne de taille `+ 1 alors

|A| ≤ la somme des ` plus grands coefficients(nk

)

Remarque Le cas ` = 1 est le lemme de Sperner sur les antichaınes

Corollaire Si f est monotone alors

|Fixe(f )| − 2 ≤ somme des ν − 1 plus grands coefficients(τk

)

Preuve Soit L ⊆ 0, 1τ un treillis non-vide isomorphe a Fixe(f )

max a

min b

Lpas de chaıne

de taille ν + 2≤ somme des ν − 1 plus grands

(τk

)

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Theoreme [Erdos, 1945]

Si A ⊆ 0, 1n n’a pas de chaıne de taille `+ 1 alors

|A| ≤ la somme des ` plus grands coefficients(nk

)

Remarque Le cas ` = 1 est le lemme de Sperner sur les antichaınes

Corollaire Si f est monotone alors

|Fixe(f )| − 2 ≤ somme des ν − 1 plus grands coefficients(τk

)Preuve Soit L ⊆ 0, 1τ un treillis non-vide isomorphe a Fixe(f )

max a

min b

Lpas de chaıne

de taille ν + 2

≤ somme des ν − 1 plus grands(τk

)

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Theoreme [Erdos, 1945]

Si A ⊆ 0, 1n n’a pas de chaıne de taille `+ 1 alors

|A| ≤ la somme des ` plus grands coefficients(nk

)

Remarque Le cas ` = 1 est le lemme de Sperner sur les antichaınes

Corollaire Si f est monotone alors

|Fixe(f )| − 2 ≤ somme des ν − 1 plus grands coefficients(τk

)Preuve Soit L ⊆ 0, 1τ un treillis non-vide isomorphe a Fixe(f )

max a

min b

Lpas de chaıne

de taille ν + 2

L \ a, bpas de chaıne

de taille ν

≤ somme des ν − 1 plus grands(τk

)

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Theoreme [Erdos, 1945]

Si A ⊆ 0, 1n n’a pas de chaıne de taille `+ 1 alors

|A| ≤ la somme des ` plus grands coefficients(nk

)

Remarque Le cas ` = 1 est le lemme de Sperner sur les antichaınes

Corollaire Si f est monotone alors

|Fixe(f )| − 2 ≤ somme des ν − 1 plus grands coefficients(τk

)Preuve Soit L ⊆ 0, 1τ un treillis non-vide isomorphe a Fixe(f )

max a

min b

Lpas de chaıne

de taille ν + 2

L \ a, bpas de chaıne

de taille ν≤ somme des ν − 1 plus grands

(τk

)

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Corollaire max(G+) ≤ la somme des ν − 1 plus grands(τk

)+ 2

(τ0

) (ττ/2

) (ττ

)

ν − 1 coefficients

τ − 1 coefficients

Corollaire max(G+) = 2τ ⇒ ν = τ

La borne est interessante quand ν est bien plus petit que τ

Le plus grand ecart connu est ν log ν ≤ 30τ [Alon-Seymour 93]

Pour ν fixe, τ ne peut pas etre arbitrairement grand...

Theoreme [Reed-Robertson-Seymour-Thomas, 1995]

Il existe h : N→ N telle que, pour tout graphe dirige G ,

τ ≤ h(ν)

La borne h(ν) est astronomique (utilisation iteree du thm de Ramsey)

Corollaire max(G) ≤ 2τp ≤ 2τ ≤ 2h(ν)

Conjecture max(G) ≤ 2O(ν log ν)

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Corollaire max(G+) ≤ la somme des ν − 1 plus grands(τk

)+ 2

(τ0

) (ττ/2

) (ττ

)

ν − 1 coefficients

τ − 1 coefficients

Corollaire max(G+) = 2τ ⇒ ν = τ

La borne est interessante quand ν est bien plus petit que τ

Le plus grand ecart connu est ν log ν ≤ 30τ [Alon-Seymour 93]

Pour ν fixe, τ ne peut pas etre arbitrairement grand...

Theoreme [Reed-Robertson-Seymour-Thomas, 1995]

Il existe h : N→ N telle que, pour tout graphe dirige G ,

τ ≤ h(ν)

La borne h(ν) est astronomique (utilisation iteree du thm de Ramsey)

Corollaire max(G) ≤ 2τp ≤ 2τ ≤ 2h(ν)

Conjecture max(G) ≤ 2O(ν log ν)

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Corollaire max(G+) ≤ la somme des ν − 1 plus grands(τk

)+ 2

(τ0

) (ττ/2

) (ττ

)

ν − 1 coefficients

τ − 1 coefficients

Corollaire max(G+) = 2τ ⇒ ν = τ

La borne est interessante quand ν est bien plus petit que τ

Le plus grand ecart connu est ν log ν ≤ 30τ [Alon-Seymour 93]

Pour ν fixe, τ ne peut pas etre arbitrairement grand...

Theoreme [Reed-Robertson-Seymour-Thomas, 1995]

Il existe h : N→ N telle que, pour tout graphe dirige G ,

τ ≤ h(ν)

La borne h(ν) est astronomique (utilisation iteree du thm de Ramsey)

Corollaire max(G) ≤ 2τp ≤ 2τ ≤ 2h(ν)

Conjecture max(G) ≤ 2O(ν log ν)

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Corollaire max(G+) ≤ la somme des ν − 1 plus grands(τk

)+ 2

(τ0

) (ττ/2

) (ττ

)ν − 1 coefficients

τ − 1 coefficients

Corollaire max(G+) = 2τ ⇒ ν = τ

La borne est interessante quand ν est bien plus petit que τ

Le plus grand ecart connu est ν log ν ≤ 30τ [Alon-Seymour 93]

Pour ν fixe, τ ne peut pas etre arbitrairement grand...

Theoreme [Reed-Robertson-Seymour-Thomas, 1995]

Il existe h : N→ N telle que, pour tout graphe dirige G ,

τ ≤ h(ν)

La borne h(ν) est astronomique (utilisation iteree du thm de Ramsey)

Corollaire max(G) ≤ 2τp ≤ 2τ ≤ 2h(ν)

Conjecture max(G) ≤ 2O(ν log ν)

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Corollaire max(G+) ≤ la somme des ν − 1 plus grands(τk

)+ 2

(τ0

) (ττ/2

) (ττ

)ν − 1 coefficients

τ − 1 coefficients

Corollaire max(G+) = 2τ ⇒ ν = τ

La borne est interessante quand ν est bien plus petit que τ

Le plus grand ecart connu est ν log ν ≤ 30τ [Alon-Seymour 93]

Pour ν fixe, τ ne peut pas etre arbitrairement grand...

Theoreme [Reed-Robertson-Seymour-Thomas, 1995]

Il existe h : N→ N telle que, pour tout graphe dirige G ,

τ ≤ h(ν)

La borne h(ν) est astronomique (utilisation iteree du thm de Ramsey)

Corollaire max(G) ≤ 2τp ≤ 2τ ≤ 2h(ν)

Conjecture max(G) ≤ 2O(ν log ν)

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Corollaire max(G+) ≤ la somme des ν − 1 plus grands(τk

)+ 2

(τ0

) (ττ/2

) (ττ

)ν − 1 coefficients

τ − 1 coefficients

Corollaire max(G+) = 2τ ⇒ ν = τ

La borne est interessante quand ν est bien plus petit que τ

Le plus grand ecart connu est ν log ν ≤ 30τ [Alon-Seymour 93]

Pour ν fixe, τ ne peut pas etre arbitrairement grand...

Theoreme [Reed-Robertson-Seymour-Thomas, 1995]

Il existe h : N→ N telle que, pour tout graphe dirige G ,

τ ≤ h(ν)

La borne h(ν) est astronomique (utilisation iteree du thm de Ramsey)

Corollaire max(G) ≤ 2τp ≤ 2τ ≤ 2h(ν)

Conjecture max(G) ≤ 2O(ν log ν)

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Corollaire max(G+) ≤ la somme des ν − 1 plus grands(τk

)+ 2

(τ0

) (ττ/2

) (ττ

)ν − 1 coefficients

τ − 1 coefficients

Corollaire max(G+) = 2τ ⇒ ν = τ

La borne est interessante quand ν est bien plus petit que τ

Le plus grand ecart connu est ν log ν ≤ 30τ [Alon-Seymour 93]

Pour ν fixe, τ ne peut pas etre arbitrairement grand...

Theoreme [Reed-Robertson-Seymour-Thomas, 1995]

Il existe h : N→ N telle que, pour tout graphe dirige G ,

τ ≤ h(ν)

La borne h(ν) est astronomique (utilisation iteree du thm de Ramsey)

Corollaire max(G) ≤ 2τp ≤ 2τ ≤ 2h(ν)

Conjecture max(G) ≤ 2O(ν log ν)

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Corollaire max(G+) ≤ la somme des ν − 1 plus grands(τk

)+ 2

(τ0

) (ττ/2

) (ττ

)ν − 1 coefficients

τ − 1 coefficients

Corollaire max(G+) = 2τ ⇒ ν = τ

La borne est interessante quand ν est bien plus petit que τ

Le plus grand ecart connu est ν log ν ≤ 30τ [Alon-Seymour 93]

Pour ν fixe, τ ne peut pas etre arbitrairement grand...

Theoreme [Reed-Robertson-Seymour-Thomas, 1995]

Il existe h : N→ N telle que, pour tout graphe dirige G ,

τ ≤ h(ν)

La borne h(ν) est astronomique (utilisation iteree du thm de Ramsey)

Corollaire max(G) ≤ 2τp ≤ 2τ ≤ 2h(ν)

Conjecture max(G) ≤ 2O(ν log ν)

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Corollaire max(G+) ≤ la somme des ν − 1 plus grands(τk

)+ 2

(τ0

) (ττ/2

) (ττ

)ν − 1 coefficients

τ − 1 coefficients

Corollaire max(G+) = 2τ ⇒ ν = τ

La borne est interessante quand ν est bien plus petit que τ

Le plus grand ecart connu est ν log ν ≤ 30τ [Alon-Seymour 93]

Pour ν fixe, τ ne peut pas etre arbitrairement grand...

Theoreme [Reed-Robertson-Seymour-Thomas, 1995]

Il existe h : N→ N telle que, pour tout graphe dirige G ,

τ ≤ h(ν)

La borne h(ν) est astronomique (utilisation iteree du thm de Ramsey)

Corollaire max(G) ≤ 2τp ≤ 2τ ≤ 2h(ν)

Conjecture max(G) ≤ 2O(ν log ν)

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Sommaire

1. Absence de cycle

2. Cycles positifs et negatifs

3. Absence de cycle d’un signe donne

4. Borne du feedback positif

5. Cliques positives et negatives

6. Le cas monotone

7. Conclusion

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1. Les RBs sont des modeles classiques pour les systemescomplexes : faciles a definir, mais dynamiques riches.

2. Question centrale : que peut-on dire sur la dynamique d’un RB f apartir de son graphe d’interaction G ?

3. Etude des points fixes, a travers min(G) et max(G).

→ Bornes superieures sur max(G) interessantes !

→ Pas de borne inf sur max(G).

→ Peu de resultat sur min(G).

→ Peu de resultat de complexite.

→ Cycles positifs assez bien compris.

→ Cycles negatifs beaucoup moins bien compris.

3. BEAUCOUP d’autres proprietes dynamiques a etudier.

→ Nombre de points periodiques, de cycles limites.

→ Longueur des cycles limites et des transitoires.

→ Atteignabilite → Partie 2

Theorie des graphes

Cycles paires/impairesProprietes d’Erdos-Posa

Theorie des ensemble

Lemme de SpernerExtension d’ErdosTheoreme de Tarski

Theorie des codes

Borne de Graham-SloaneBorne de Varshamov

Conjecture : Il est possible de borner max(G) en fonction du nombreConjecture : maximum de cycles positifs disjoints dans G .

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1. Les RBs sont des modeles classiques pour les systemescomplexes : faciles a definir, mais dynamiques riches.

2. Question centrale : que peut-on dire sur la dynamique d’un RB f apartir de son graphe d’interaction G ?

3. Etude des points fixes, a travers min(G) et max(G).

→ Bornes superieures sur max(G) interessantes !

→ Pas de borne inf sur max(G).

→ Peu de resultat sur min(G).

→ Peu de resultat de complexite.

→ Cycles positifs assez bien compris.

→ Cycles negatifs beaucoup moins bien compris.

3. BEAUCOUP d’autres proprietes dynamiques a etudier.

→ Nombre de points periodiques, de cycles limites.

→ Longueur des cycles limites et des transitoires.

→ Atteignabilite → Partie 2

Theorie des graphes

Cycles paires/impairesProprietes d’Erdos-Posa

Theorie des ensemble

Lemme de SpernerExtension d’ErdosTheoreme de Tarski

Theorie des codes

Borne de Graham-SloaneBorne de Varshamov

Conjecture : Il est possible de borner max(G) en fonction du nombreConjecture : maximum de cycles positifs disjoints dans G .

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1. Les RBs sont des modeles classiques pour les systemescomplexes : faciles a definir, mais dynamiques riches.

2. Question centrale : que peut-on dire sur la dynamique d’un RB f apartir de son graphe d’interaction G ?

3. Etude des points fixes, a travers min(G) et max(G).

→ Bornes superieures sur max(G) interessantes !

→ Pas de borne inf sur max(G).

→ Peu de resultat sur min(G).

→ Peu de resultat de complexite.

→ Cycles positifs assez bien compris.

→ Cycles negatifs beaucoup moins bien compris.

3. BEAUCOUP d’autres proprietes dynamiques a etudier.

→ Nombre de points periodiques, de cycles limites.

→ Longueur des cycles limites et des transitoires.

→ Atteignabilite → Partie 2

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Theorie des ensemble

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Theorie des codes

Borne de Graham-SloaneBorne de Varshamov

Conjecture : Il est possible de borner max(G) en fonction du nombreConjecture : maximum de cycles positifs disjoints dans G .

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1. Les RBs sont des modeles classiques pour les systemescomplexes : faciles a definir, mais dynamiques riches.

2. Question centrale : que peut-on dire sur la dynamique d’un RB f apartir de son graphe d’interaction G ?

3. Etude des points fixes, a travers min(G) et max(G).

→ Bornes superieures sur max(G) interessantes !

→ Pas de borne inf sur max(G).

→ Peu de resultat sur min(G).

→ Peu de resultat de complexite.

→ Cycles positifs assez bien compris.

→ Cycles negatifs beaucoup moins bien compris.

3. BEAUCOUP d’autres proprietes dynamiques a etudier.

→ Nombre de points periodiques, de cycles limites.

→ Longueur des cycles limites et des transitoires.

→ Atteignabilite → Partie 2

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Theorie des ensemble

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Conjecture : Il est possible de borner max(G) en fonction du nombreConjecture : maximum de cycles positifs disjoints dans G .

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1. Les RBs sont des modeles classiques pour les systemescomplexes : faciles a definir, mais dynamiques riches.

2. Question centrale : que peut-on dire sur la dynamique d’un RB f apartir de son graphe d’interaction G ?

3. Etude des points fixes, a travers min(G) et max(G).

→ Bornes superieures sur max(G) interessantes !

→ Pas de borne inf sur max(G).

→ Peu de resultat sur min(G).

→ Peu de resultat de complexite.

→ Cycles positifs assez bien compris.

→ Cycles negatifs beaucoup moins bien compris.

3. BEAUCOUP d’autres proprietes dynamiques a etudier.

→ Nombre de points periodiques, de cycles limites.

→ Longueur des cycles limites et des transitoires.

→ Atteignabilite → Partie 2

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Conjecture : Il est possible de borner max(G) en fonction du nombreConjecture : maximum de cycles positifs disjoints dans G .

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1. Les RBs sont des modeles classiques pour les systemescomplexes : faciles a definir, mais dynamiques riches.

2. Question centrale : que peut-on dire sur la dynamique d’un RB f apartir de son graphe d’interaction G ?

3. Etude des points fixes, a travers min(G) et max(G).

→ Bornes superieures sur max(G) interessantes !

→ Pas de borne inf sur max(G).

→ Peu de resultat sur min(G).

→ Peu de resultat de complexite.

→ Cycles positifs assez bien compris.

→ Cycles negatifs beaucoup moins bien compris.

3. BEAUCOUP d’autres proprietes dynamiques a etudier.

→ Nombre de points periodiques, de cycles limites.

→ Longueur des cycles limites et des transitoires.

→ Atteignabilite → Partie 2

Theorie des graphes

Cycles paires/impairesProprietes d’Erdos-Posa

Theorie des ensemble

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Conjecture : Il est possible de borner max(G) en fonction du nombreConjecture : maximum de cycles positifs disjoints dans G .

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1. Les RBs sont des modeles classiques pour les systemescomplexes : faciles a definir, mais dynamiques riches.

2. Question centrale : que peut-on dire sur la dynamique d’un RB f apartir de son graphe d’interaction G ?

3. Etude des points fixes, a travers min(G) et max(G).

→ Bornes superieures sur max(G) interessantes !

→ Pas de borne inf sur max(G).

→ Peu de resultat sur min(G).

→ Peu de resultat de complexite.

→ Cycles positifs assez bien compris.

→ Cycles negatifs beaucoup moins bien compris.

3. BEAUCOUP d’autres proprietes dynamiques a etudier.

→ Nombre de points periodiques, de cycles limites.

→ Longueur des cycles limites et des transitoires.

→ Atteignabilite → Partie 2

Theorie des graphes

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1. Les RBs sont des modeles classiques pour les systemescomplexes : faciles a definir, mais dynamiques riches.

2. Question centrale : que peut-on dire sur la dynamique d’un RB f apartir de son graphe d’interaction G ?

3. Etude des points fixes, a travers min(G) et max(G).

→ Bornes superieures sur max(G) interessantes !

→ Pas de borne inf sur max(G).

→ Peu de resultat sur min(G).

→ Peu de resultat de complexite.

→ Cycles positifs assez bien compris.

→ Cycles negatifs beaucoup moins bien compris.

3. BEAUCOUP d’autres proprietes dynamiques a etudier.

→ Nombre de points periodiques, de cycles limites.

→ Longueur des cycles limites et des transitoires.

→ Atteignabilite → Partie 2

Theorie des graphes

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Conjecture : Il est possible de borner max(G) en fonction du nombreConjecture : maximum de cycles positifs disjoints dans G .

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1. Les RBs sont des modeles classiques pour les systemescomplexes : faciles a definir, mais dynamiques riches.

2. Question centrale : que peut-on dire sur la dynamique d’un RB f apartir de son graphe d’interaction G ?

3. Etude des points fixes, a travers min(G) et max(G).

→ Bornes superieures sur max(G) interessantes !

→ Pas de borne inf sur max(G).

→ Peu de resultat sur min(G).

→ Peu de resultat de complexite.

→ Cycles positifs assez bien compris.

→ Cycles negatifs beaucoup moins bien compris.

3. BEAUCOUP d’autres proprietes dynamiques a etudier.

→ Nombre de points periodiques, de cycles limites.

→ Longueur des cycles limites et des transitoires.

→ Atteignabilite → Partie 2

Theorie des graphes

Cycles paires/impairesProprietes d’Erdos-Posa

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Conjecture : Il est possible de borner max(G) en fonction du nombreConjecture : maximum de cycles positifs disjoints dans G .

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1. Les RBs sont des modeles classiques pour les systemescomplexes : faciles a definir, mais dynamiques riches.

2. Question centrale : que peut-on dire sur la dynamique d’un RB f apartir de son graphe d’interaction G ?

3. Etude des points fixes, a travers min(G) et max(G).

→ Bornes superieures sur max(G) interessantes !

→ Pas de borne inf sur max(G).

→ Peu de resultat sur min(G).

→ Peu de resultat de complexite.

→ Cycles positifs assez bien compris.

→ Cycles negatifs beaucoup moins bien compris.

3. BEAUCOUP d’autres proprietes dynamiques a etudier.

→ Nombre de points periodiques, de cycles limites.

→ Longueur des cycles limites et des transitoires.

→ Atteignabilite → Partie 2

Theorie des graphes

Cycles paires/impairesProprietes d’Erdos-Posa

Theorie des ensemble

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Conjecture : Il est possible de borner max(G) en fonction du nombreConjecture : maximum de cycles positifs disjoints dans G .

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1. Les RBs sont des modeles classiques pour les systemescomplexes : faciles a definir, mais dynamiques riches.

2. Question centrale : que peut-on dire sur la dynamique d’un RB f apartir de son graphe d’interaction G ?

3. Etude des points fixes, a travers min(G) et max(G).

→ Bornes superieures sur max(G) interessantes !

→ Pas de borne inf sur max(G).

→ Peu de resultat sur min(G).

→ Peu de resultat de complexite.

→ Cycles positifs assez bien compris.

→ Cycles negatifs beaucoup moins bien compris.

3. BEAUCOUP d’autres proprietes dynamiques a etudier.

→ Nombre de points periodiques, de cycles limites.

→ Longueur des cycles limites et des transitoires.

→ Atteignabilite → Partie 2

Theorie des graphes

Cycles paires/impairesProprietes d’Erdos-Posa

Theorie des ensemble

Lemme de SpernerExtension d’ErdosTheoreme de Tarski

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Conjecture : Il est possible de borner max(G) en fonction du nombreConjecture : maximum de cycles positifs disjoints dans G .

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1. Les RBs sont des modeles classiques pour les systemescomplexes : faciles a definir, mais dynamiques riches.

2. Question centrale : que peut-on dire sur la dynamique d’un RB f apartir de son graphe d’interaction G ?

3. Etude des points fixes, a travers min(G) et max(G).

→ Bornes superieures sur max(G) interessantes !

→ Pas de borne inf sur max(G).

→ Peu de resultat sur min(G).

→ Peu de resultat de complexite.

→ Cycles positifs assez bien compris.

→ Cycles negatifs beaucoup moins bien compris.

3. BEAUCOUP d’autres proprietes dynamiques a etudier.

→ Nombre de points periodiques, de cycles limites.

→ Longueur des cycles limites et des transitoires.

→ Atteignabilite → Partie 2

Theorie des graphes

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Theorie des ensemble

Lemme de SpernerExtension d’ErdosTheoreme de Tarski

Theorie des codes

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Conjecture : Il est possible de borner max(G) en fonction du nombreConjecture : maximum de cycles positifs disjoints dans G .

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1. Les RBs sont des modeles classiques pour les systemescomplexes : faciles a definir, mais dynamiques riches.

2. Question centrale : que peut-on dire sur la dynamique d’un RB f apartir de son graphe d’interaction G ?

3. Etude des points fixes, a travers min(G) et max(G).

→ Bornes superieures sur max(G) interessantes !

→ Pas de borne inf sur max(G).

→ Peu de resultat sur min(G).

→ Peu de resultat de complexite.

→ Cycles positifs assez bien compris.

→ Cycles negatifs beaucoup moins bien compris.

3. BEAUCOUP d’autres proprietes dynamiques a etudier.

→ Nombre de points periodiques, de cycles limites.

→ Longueur des cycles limites et des transitoires.

→ Atteignabilite → Partie 2

Theorie des graphes

Cycles paires/impairesProprietes d’Erdos-Posa

Theorie des ensemble

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1. Les RBs sont des modeles classiques pour les systemescomplexes : faciles a definir, mais dynamiques riches.

2. Question centrale : que peut-on dire sur la dynamique d’un RB f apartir de son graphe d’interaction G ?

3. Etude des points fixes, a travers min(G) et max(G).

→ Bornes superieures sur max(G) interessantes !

→ Pas de borne inf sur max(G).

→ Peu de resultat sur min(G).

→ Peu de resultat de complexite.

→ Cycles positifs assez bien compris.

→ Cycles negatifs beaucoup moins bien compris.

3. BEAUCOUP d’autres proprietes dynamiques a etudier.

→ Nombre de points periodiques, de cycles limites.

→ Longueur des cycles limites et des transitoires.

→ Atteignabilite → Partie 2

Theorie des graphes

Cycles paires/impairesProprietes d’Erdos-Posa

Theorie des ensemble

Lemme de SpernerExtension d’ErdosTheoreme de Tarski

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Merci !

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