1Philippe Bardou – Séminaire GA/GAP – Transcriptôme et Statistiques associées – 12 juin...

1Philippe Bardou – Séminaire GA/GAP – Transcriptôme et Statistiques associées – 12 juin 2008

Gestion des données - BASEGestion des données - BASE


SIGENAESIGENAE

Projet AGENAE : Analyse des GENomes des Animaux d'Elevage

SIGENAE – Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage

SIGENAE – une équipe de service en bioinformatique

L'équipe 7 ingénieurs – 6,3 ETP :

5 permanents

1 IR chef de projet : C. Klopp

4 IE

2 non-permanents

Accueil

Contexte : - AGENAE SIGENAE

BASE

BASE Sigenae

Conclusion


Accueil

Contexte : - AGENAE SIGENAE

- L'offre de service

BASE

BASE Sigenae

Conclusion

Puces à ADN :

Traitement d'image – AGScan

Gestion des données et publication – BASE / GEO

Traitement des données – TMeV (connecteur BASE)

SIGENAE – Offre de serviceSIGENAE – Offre de service


Accueil

Contexte

BASE : - Présentation

BASE Sigenae

Conclusions

BASEBASE

BASE : BioArray Software Environment

Plate-forme (interface web + base de données) spécialisée dans le

stockage des données de puces à ADN

Répond aux recommandations MIAME (Minimum Information About

a Microarray Experiment) du groupe MGED (Microarray Gene

Expression Data)

Stockage et gestion organisée :

d'informations sur les sondes déposées sur les supports

du suivi des plaques, des supports et des plans associés

des données d'expériences, de protocoles et des résultats de

quantification, ...

Visualisation, Analyse (filtre, statistique) et Export


BASE : qui, ou, quand, ... ?BASE : qui, ou, quand, ... ?

Quand : Eté 2001: présentation MGED4 (Microarray Gene Expression Data) en Février 2002

BASE 1.0 : 18 mai 2002

Lao H. Saal and all, Carl Troein, Johan Vallon-Christersson, Sofia Gruvberger, Åke Borg and

Carsten Peterson

BioArray Software Environment: A Platform for Comprehensive Management and

Analysis of Microarray Data

Genome Biology 2002 3(8): software0003.1-0003.6

Partenaires Développeurs

Université de Lund Lao H. Saal

Fondation Knut et Alice Wallenberg Carl Troein

Swegene Johan Vallon-Christersson

Société suédoise contre le cancer Actuellement plus d'une 10aine !

Accueil

Contexte

BASE : - Présentation - Qui / Ou / Quand

BASE Sigenae

Conclusions


BASE – Schéma (dépendances)BASE – Schéma (dépendances)

Plates

Extracts

Array Design

Arrays

SamplesLabeled extracts

Hybridization Images Raw result fileVisualisation

Analysis Export datas

dépendances

Analyse d'images : AGScan, ...

Logiciel autonome : Gestion de ses utilisateurs.

Données sécurisées : Groupe d'utilisateurs pour le

partage (lecture et/ou écriture) des données.


Plates

Création du support en fonction d'un Array design

Array batch

Array slides

Array LIMS Biomaterials

ReportersExtracts

Labeled extracts

Samples

Sample origins Sample annotations

BASE – Array LIMS / BiomaterialsBASE – Array LIMS / Biomaterials


Hybridization

Scan

Labeled extractsArray slide

AGScan...Image(s) Raw data set(s)

BASE – HybridizationBASE – Hybridization


BASE - ExperimentBASE - Experiment

Experiment explorer

HTML plot tool

Export data

Filter data

Run application

Accueil

Contexte

BASE : - Présentation - Qui / Ou / Quand - Schéma - LIMS / Biomaterials - Hybridization - Experiment

BASE Sigenae

Conclusions

Vue hiérarchique des

traitements (historique)


BASE vs SigenaeBASE vs Sigenae

BASE aujourd'hui, deux versions :

Version 1.2.17 : PHP – Mysql/PostgreSQL

Version 2.7.0 : Java – Mysql/PostgreSQL

BASE Sigenae :

Mise en production Juin 2003

Version 1.2.16 – PHP 5.1.6 – PostgreSQL 8.1.11

Ajout de fonctionnalités :

Gestion des données de radioactivité

Découpage des images

Import des données en masse

Publication GEO

Ajout de plugins

Accueil

Contexte

BASE

BASE Sigenae : - Présentation

Conclusions


BASE SigenaeBASE Sigenae

87 utilisateurs enregistrés dans BASE Sigenae :

1 Bordeaux - 2 Clermont - 22 Jouy - 23 Rennes - 10 Toulouse - 14

Tours - 15 Others

Quelques chiffres :

238 074 reporters

9 241 slides

3 905 hybridations

41 588 820 spots

151 expériences

Sauvegarde de la base : 12 Go en mars 2008

Accueil

Contexte

BASE

BASE Sigenae : - Présentation - Chiffres

Conclusions


Import en masseImport en masse

Radioactivité Mass file upload Mass data import Mass sample annotation Mass data update

Fluorescence (Plan en étoile / contre une référence) Mass file upload Création du sample/extract/labextract Mass data import Mass sample annotation Mass data update

Fluorescence (Plan en boucle / Loop design) Mass file upload Mass data import Mass data create Mass sample annotation Mass data update

Accueil

Contexte

BASE

BASE Sigenae : - Présentation - Chiffres - Import en masse

Conclusions


Publication GEOPublication GEO

Accueil

Contexte

BASE

BASE Sigenae : - Présentation - Chiffres - Import en masse - Publication GEO

Conclusions

Données brutes + données

normalisées => normalisation

dans BASE !


Conclusion – PerspectivesConclusion – Perspectives

Accueil

Contexte

BASE

BASE Sigenae

Conclusions

Services :

Support

Prise en charge de sections de BASE (« Array LIMS », « sample origin », ...)

Aide à la publication

Développement de plugins à la demande

Formation

Perspective 2008 :

BASE 2

Ajout de tutoriel vidéo

Biomaterials : Amplification

Gestion RT-PCR

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