Laboratoire de Biotechnologie et Amélioration des Plantes

Variabilité génétique et identification des QTLs

liés à la qualité des semences chez le tournesol

(Helianthus annuus L.)

Ghias RACHID ALCHAARANI

Directeur de thèse : Ahmad SARRAFI

Qualité de semences

Résistances aux maladies

Caractères agronomiques

Germination etdéveloppement

des plantules

Teneur des graines en

huile

Objectifs

Etude génétique et identification des QTLs pour :

3- des paramètres de germination et de développement des plantules

1- la résistance aux maladies (mildiou et phoma)

2- des caractères agronomiques

Matériels et méthodes

LIRs (F8) et leurs deux parents (PAC2 et RHA266)

Dispositifs en Blocs randomisés

PAC2 : INRA {H. petiolaris restorer x lignée d’USDA (HA61)}

RHA266 : USDA {H. annuus sauvage x Peredovik}

Résistance aux maladies (mildiou et phoma)

1- Résistance au mildiou (Plasmopara halstedii) :

2- Résistance au phoma (Phoma macdonaldii) :

conditions naturelles

conditions contrôlées

83 LIRs et leurs deux parents (PAC-2 et RHA-266)

77 LIRs et leurs deux parents (PAC-2 et RHA-266)

Plante attaquée par le mildiou

Contamination artificielle(conditions contrôlées)

Echelle de notation

Gain génétique pour la résistance au mildiou

Gain génétique pour la résistance au phoma

Héritabilité = 81.32%(au sens étroit)

Héritabilité = 58.23%(au sens étroit)

0

20

40

60

80

100

PAC-2 (P1) RHA-266 (P2) XLIRs M LIR 10% M LIRs

*ns

ns

*

%

des

pla

nte

s m

alad

es

0

1

2

3

4

5

6

7

8

9

PAC-2 (P1) RHA-266 (P2) XLIRs M LIR 10% M LIRs

nsns

**

Ech

elle

de

sen

sib

ilit

é

Combinaison d’amorces

Nombre de marqueurs

Combinaison d’amorces

Nombre de marqueurs

E32M49E40M62E41M62E38M50E33M48E40M47E35M60E37M47E40M50E35M48E36M59E38M48E32M61E35M61

2722222120201817161515141212

E38M60E35M62E40M59E41M48E41M50E41M59E32M47E33M60E35M49E33M50E33M62E37M49E37M61

1211111111119876661

Combinaison des amorces AFLP et nombre de marqueurs

Combinaison d’amorces

Nombre de marqueurs

Combinaison d’amorces

Nombre de marqueurs

ORS5ORS8ORS31ORS53ORS78IUB6SSL3SSL20SSL22SSL27SSL29SSL30SSL33SSL49SSL66

113111122111112

SSU6SSU11SSU21SSU25SSU39SSU41SSU100SSU123SSU129SSU139SSU195SSU217SSU223SSU227

21111112211111

Combinaison des amorces SSR

Groupe de liaison

Nombre de marqueurs

Longueur(cM)

Distance Moyenne (cM)

123456789101112

21161616161720245228256

165.9105.1132.0114.2181.8132.3161.2210.1329.9190.3242.8 49.6

7.96.68.37.111.47.88.18.86.36.89.78.3

Distribution des marqueurs dans la carte génétique

Groupe de liaison

Nombre de marqueurs

Longueur(cM)

Distance Moyenne (cM)

1314151617181920 21

non liés

Totale

20 14 27 7 19 7 7 5 4 42

409

176.3 143.2 269.6 36.7 154.5 35.1 38.3 20.9 26.1 -

2915.9

8.810.210.0 5.2 8.1 5.0 5.5 4.2 6.5

-

7.9

Distribution des marqueurs dans la carte génétique

E35M60_60,0

E40M59_1311,0

E40M47_1040,3E32M49_355,2E38M50_1859,8E33M62_665,8E38M60_972,5E40M50_280,5E41M48_1184,3E41M50_1386,2E33M48_889,8E32M49_191,5E40M50_1095,4E37M47_25110,1

E37M61_5130,5SSU129_2134,9SSU129_1140,2E35M62_13145,6SSU123_2151,7E33M48_15154,5E40M59_11165,9

RIL-group 1

E33M50_20,0E38M50_28,7E32M49_1113,8E35M48_119,5E38M60_822,3E41M62_2926,6E33M60_730,1E33M48_135,0E36M59_1436,1E35M60_1038,4E40M62_2143,0E40M62_149,0E35M60_2261,8E35M49_971,0E38M50_187,1

E38M60_7114,3

RIL-group 4

E40M62_180,0E33M50_612,8E35M48_322,1ORS528,8E41M50_631,3E32M49_234,4E35M60_2138,8E32M49_547,5E35M48_1060,9E41M50_1168,9SSL2773,4E41M62_478,6E38M50_1584,8E36M59_990,9E38M50_17104,2E38M50_24105,3

RIL-group 2E32M49_80,0ORS534,9E32M61_1016,2E33M62_1121,8E33M60_326,7E35M60_1131,3E40M62_440,1E40M50_1549,6E33M48_1654,2E33M48_256,9E37M47_1562,3E38M48_367,6E40M50_1878,7

E40M62_1993,4

E35M61_3104,9

E32M47_10132,0

RIL-group 3

E33M48_260,0

E35M48_1717,5

SSL66_131,3

E32M49_2444,7E32M49_1951,9E32M49_3356,5

E41M62_1168,3

E40M50_5105,0E40M59_3119,0E40M59_9123,5E32M49_21126,4E41M48_2132,2E35M49_5138,2E33M60_1146,8

E32M47_14161,2

E38M60_13181,7

RIL-group 5

E32M49_230,0

E41M62_2511,3

E41M62_725,7

E40M62_837,0

E37M61_1050,5E33M48_2157,6E41M62_3060,8E35M60_169,2E41M59_1082,7E35M60_1890,2E41M48_1395,3ORS31_299,0E33M48_19104,6E33M48_23113,0E35M49_6120,6E35M48_16124,8E35M61_7132,2

RIL-group 6

E41M62_60,0

E38M50_916,2E33M60_822,6E37M47_831,5E35M49_436,2E35M62_1241,1E40M59_744,8E40M59_1247,2

E41M62_1267,5

E38M60_382,5E38M50_1687,9E40M50_1394,2E40M59_6100,0E40M59_5108,1E35M62_1114,9E32M49_28123,9E41M62_24130,3E41M59_3139,8

E40M62_11154,3E40M62_10161,2

RIL-group 7

E41M59_20,0SSL20_24,0

E37M47_2619,4

E41M48_629,0

E35M61_445,1

E32M47_160,5E33M48_2569,4

E38M60_1185,6IUB-694,3

E40M62_5114,0E32M49_29125,3E40M50_1133,8E37M47_10142,7E37M47_9146,7E37M61_8152,3E37M47_5160,3E37M61_1169,4E38M48_2178,4ORS128185,1ORS31_1186,2SSL22_1188,0ORS126189,8E41M48_4195,1E32M61_5210,2

RIL-group 8E40M50_110,0E33M62_712,8E35M60_729,6SSL4946,6SSL352,4SSL66_257,9E35M61_959,6E41M59_1179,5E32M49_3287,2E35M62_497,2E35M61_11104,1E35M62_9109,8E32M49_34112,8E41M59_9114,7E41M50_3116,0E35M61_12118,1E41M50_4120,4E41M50_7123,1E40M50_16127,6E40M62_24133,6E40M62_15139,2E40M62_2145,1E37M61_6156,0E32M61_7163,9E36M59_2170,7E37M47_2174,7E35M60_13179,1E35M60_12183,2E35M60_20185,9E37M49_5191,1E36M59_6196,0E35M48_8205,0E41M62_1211,7E37M49_4218,1E32M49_30222,5E32M49_17224,9E37M47_4228,9E35M62_3232,5E41M59_1234,1E33M50_1237,5E41M59_6239,6ORS78240,7E35M62_7242,3E32M49_35244,8E33M60_2249,5E35M61_6253,4E35M48_5258,7E35M60_5268,8E37M49_3278,4E40M50_8295,8E40M47_22321,3E40M47_12329,7

RIL-group 9

E41M59_20,0SSL20_24,0

E37M47_2619,4E41M48_629,0

E35M61_445,1

E32M47_160,5E33M48_2569,4

E38M60_1185,6IUB-694,3

E40M62_5114,0E32M49_29125,3E40M50_1133,8E37M47_10142,7E37M47_9146,7E37M61_8152,3E37M47_5160,3E37M61_1169,4E38M48_2178,4ORS128185,1ORS31_1186,2SSL22_1188,0ORS126189,8E41M48_4195,1E32M61_5210,2

RIL-group 8

E32M47_20,0

E40M62_720,5E37M61_230,1E37M61_739,1E35M62_1146,7SSL3050,0E33M48_553,4E38M48_1058,5E38M48_962,3E38M48_872,6E33M48_1881,0E36M59_1387,6E37M47_1993,4E41M48_797,0E41M48_9110,5

E38M48_12126,0

E41M48_8141,2E33M48_14144,9E37M47_3154,3

RIL-group 17

E32M47_80,0E37M47_188,3E38M48_511,3E32M61_618,0E33M60_524,3E32M49_2030,5E35M48_1435,8E38M50_1438,5E38M50_1339,5E41M59_540,5E32M49_742,4E33M62_845,0E36M59_1749,3E41M62_255,1E40M62_2266,0E40M62_2371,8E37M49_779,4E37M61_1184,4E33M48_996,0E40M50_19107,6E40M47_11124,2E40M47_7130,6E40M47_13143,3E38M60_4161,3

E38M60_6181,1SSL29182,4SSL13185,7E38M60_5190,2

RIL-group 10E40M47_20,0

E35M61_832,3

E38M50_2252,3E38M50_857,8E33M48_2461,7SSU22766,7SSU123_167,8SSL20_170,3E37M61_474,2E41M50_981,7E32M61_1391,8SSL3397,9E40M62_12105,6E36M59_3117,5E35M61_10123,3E37M47_24130,7SSU6_1136,8E33M62_9147,9E41M48_12156,9E37M61_3164,2E41M62_9171,9E36M59_8183,8E41M62_26192,0E32M49_12205,4

E40M50_6242,9

RIL-group 11

E33M48_200,0

E40M50_1210,2

E40M62_2524,7E36M59_1833,6E41M50_540,0E40M47_2149,6

RIL-group 12E40M50_90,0E35M61_29,9

E38M50_424,0E38M48_628,8E37M47_1640,8E38M50_646,6

E40M62_1460,7E40M62_1364,5E33M48_2276,7E37M47_2285,0E37M49_690,7E40M59_8102,5E32M61_9114,6E35M60_16121,6SSU62127,4SSU100129,0SSU41132,9E32M49_26148,0E40M50_14153,2

E35M49_7176,3

RIL-group 13E32M47_90,0

E35M60_2316,8E37M61_928,7E36M59_733,7E41M50_1236,8E38M50_341,5E38M60_1045,6E41M62_2850,5E40M47_2366,0

E40M47_390,4

E41M50_2103,5E38M50_26112,3E40M62_17121,2

E32M61_2143,1

RIL-group 14E32M61_140,0

E35M48_1318,0E38M50_727,2E41M50_1032,9E35M62_843,5E38M50_549,2E41M62_2152,9E41M48_359,5E40M62_1666,9E36M59_1272,7E41M62_1877,0E41M62_1982,8E33M50_492,7E35M48_7101,8

E38M48_1119,3

E40M47_20155,8

E35M62_5174,2SSL22_2184,9E33M50_3196,8E35M48_9212,2SSU139217,7E38M50_21228,6E33M48_3231,1E41M62_23235,7

E41M59_7252,2E41M59_8260,6ORS31_3269,5

RIL-group 15

E32M49_250,0E33M60_64,3E38M48_49,4E37M49_915,3E33M48_619,2E35M48_423,8E33M50_536,7

RIL-group 16E35M60_190,0E38M48_143,1E38M60_126,1E35M48_1810,2E36M59_516,8E32M61_1627,9E32M61_1535,1

RIL-group 18

E32M49_270,0ORS811,4E35M60_1718,9SSU22323,1SSU2525,2E35M61_533,8E38M60_238,1

RIL-group 19

E35M49_100,0SSU394,0E40M59_108,4E38M48_1112,3E35M62_220,8

RIL-group 20

E40M62_200,0E36M59_156,9E41M59_411,2

E35M48_626,0

RIL-group 21

Carte génétique d’AFLP et de SSR de tournesol basée sur une population de 123 lignées recombinantes

QTLs de la résistance au mildiou

QTLGroupe

de liaison Position LOD R²Effet additif

rm-3

rm-5

rm-13

rm-15

rm-17

III

V

XIII

XV

XVII

103.46

44.71

121.70

52.89

18.01

6.98

11.83

8.98

5.67

10.28

-8.38

-10.62

9.95

7.37

11.64

11.40

17.17

14.06

6.80

16.42

PAC-2

RHA-266

QTLs de la résistance au phoma

QTLGroupe

de liaison Position LOD R²Effet additif

rph-1

rph-8

rph-9

rph-13

rph-15

I

VIII

IX

XIII

XV

55.25

168.21

163.91

24.05

49.21

6.98

6.14

11.75

6.76

14.20

-0.66

-0.78

0.89

0.66

1.27

10.41

10.15

19.51

9.81

25.57

PAC-2

RHA-266

0

2

4

6

8

10

12

14

0.2 0.4 0.6 0.8 1 1.2 1.4 1.6 1.8 2

LO

D S

core

Position en Morgans

Un seul QTL lié à la résistance au mildiou dans le groupe de liaison 5

rm-5

0

2

4

6

8

10

12

14

0.5 1 1.5 2 2.5 3

LO

D S

core

Position en Morgans

rph-15

rm-15

Deux QTLs liés à la résistance au mildiou et au phoma dans le groupe de liaison 15

2

4

6

8

10

12

14

0 0.5 1 1.5 2 2.5 3 3.5

LO

D S

core

Position en Morgans

rph-9

Un seul QTL lié à la résistance au phoma dans le groupe de liaison 9

Caractères d’intérêt agronomique

Rendement en graines par plante

Poids de mille grains

Teneur des graines en huile

Caractères étudiés :

Précocité de floraison

Diamètre du capitule

Longueur de la tige

Diamètre de la tige

Précocité de floraison Longueur de la tigeGain génétique pour

Diamètre de la tige Diamètre du capitule

0

20

40

60

80

100

120

PAC-2 RHA-266 X LIRs M LIR 10%M LIRs

ns ns

ns*

Lo

ng

ueu

r d

e la

tig

e (c

m)

75

80

85

90

95

100

PAC-2 RHA-266 X LIRs M LIR 10%M LIRs

*ns

nsns

No

mb

re d

e J

ou

rs

0

1

2

3

4

5

6

PAC-2 RHA-266 X LIRs M LIR 10%M LIRs

nsns

**

Dia

mèt

re d

e l

a ti

ge

(cm

)

0

5

10

15

20

25

30

PAC-2 RHA-266 X LIRs M LIR 10%M LIRs

ns ns

* *D

iam

ètre

du

cap

itu

le (

cm)

Gain génétique pourRendement en graines par plante Poids de mille grains

Teneur des graines en huile

0

5

10

15

20

25

30

35

40

45

50

PAC-2 RHA-266 X LIRs M LIR 10%M LIRs

* nsnsns

% d

e l’

hu

ile

en g

rain

es

0

10

20

30

40

50

60

PAC-2 RHA-266 X LIRs M LIR 10%M LIRs

**

ns

ns

Ren

dem

ent

par

pla

nte

(g

)

0

10

20

30

40

50

60

70

80

90

100

PAC-2 RHA-266 X LIRs M LIR 10%M LIRs

** *

ns

Po

ids

de

mil

le g

rain

s (g

)

Préc.Flor.

Diam.Tige

Diam.Cap.

Long.Tige

Rend.Gr.

PMG

Long. Tige

Diam. Tige

Diam. Cap.

Rend. Gr.

PMG

Ten. Huile

-0.515***

-0.065

-0.149

-0.034

0.200

-0.076

0.290**

0.474***

0.406***

0.170

-0.102

0.652***

0.429***

0.348**

-0.024

0.632***

0.536***

-0.057

0.545***

0.176 -0.226*

Corrélations phénotypiques entre les caractères agronomiques

Précocité de floraison

Rendement en graines

Poids de 1000-grains

Teneur en huile

Caractères

pf(3)

rgp(4)

pmg(3)

th(4)

Nombre de QTLs

Groupe de liaison

LOD R²

4, 9 et 14

4, 6, 9 et 21

4, 6 et 9

8, 11, 13 et 21

7.5-10.5

5.6-12.3

4.8-13.5

4.0-8.5

13-20

5-15

7-37

8-13

QTLs liés aux caractères agronomiques

E33M50_20,0E38M50_28,7E32M49_1113,8E35M48_119,5E38M60_822,3E41M62_2926,6E33M60_730,1E33M48_135,0E36M59_1436,1E35M60_1038,4E40M62_2143,0E40M62_149,0E35M60_2261,8E35M49_971,0E38M50_187,1

E38M60_7114,3

RIL-group 4

pf-4

lt-4-1

lt-4-2

dt-4-2dt-4-1

dc-4 rgp-4

pmg-4 E32M49_230,0

E41M62_2511,3

E41M62_725,7

E40M62_837,0

E37M61_1050,5E33M48_2157,6E41M62_3060,8E35M60_169,2E41M59_1082,7E35M60_1890,2E41M48_1395,3ORS31_299,0E33M48_19104,6E33M48_23113,0E35M49_6120,6E35M48_16124,8E35M61_7132,2

RIL-group 6

rgp-6 pmg-6

rgp-9 pmg-9

E40M50_110,0E33M62_712,8E35M60_729,6SSL4946,6SSL352,4SSL66_257,9E35M61_959,6E41M59_1179,5E32M49_3287,2E35M62_497,2E35M61_11104,1E35M62_9109,8E32M49_34112,8E41M59_9114,7E41M50_3116,0E35M61_12118,1E41M50_4120,4E41M50_7123,1E40M50_16127,6E40M62_24133,6E40M62_15139,2E40M62_2145,1E37M61_6156,0E32M61_7163,9E36M59_2170,7E37M47_2174,7E35M60_13179,1E35M60_12183,2E35M60_20185,9E37M49_5191,1E36M59_6196,0E35M48_8205,0E41M62_1211,7E37M49_4218,1E32M49_30222,5E32M49_17224,9E37M47_4228,9E35M62_3232,5E41M59_1234,1E33M50_1237,5E41M59_6239,6ORS78240,7E35M62_7242,3E32M49_35244,8E33M60_2249,5E35M61_6253,4E35M48_5258,7E35M60_5268,8E37M49_3278,4E40M50_8295,8E40M47_22321,3E40M47_12329,7

RIL-group 9

pf-9

dc-9

dt-8

E41M59_20,0SSL20_24,0

E37M47_2619,4E41M48_629,0

E35M61_445,1

E32M47_160,5E33M48_2569,4

E38M60_1185,6IUB-694,3

E40M62_5114,0E32M49_29125,3E40M50_1133,8E37M47_10142,7E37M47_9146,7E37M61_8152,3E37M47_5160,3E37M61_1169,4E38M48_2178,4ORS128185,1ORS31_1186,2SSL22_1188,0ORS126189,8E41M48_4195,1E32M61_5210,2

RIL-group 8

th-8

E40M47_20,0

E35M61_832,3

E38M50_2252,3E38M50_857,8E33M48_2461,7SSU22766,7SSU123_167,8SSL20_170,3E37M61_474,2E41M50_981,7E32M61_1391,8SSL3397,9E40M62_12105,6E36M59_3117,5E35M61_10123,3E37M47_24130,7SSU6_1136,8E33M62_9147,9E41M48_12156,9E37M61_3164,2E41M62_9171,9E36M59_8183,8E41M62_26192,0

E32M49_12205,4

E40M50_6242,9

RIL-group 11

lt-11-1

lt-11-2

th-11

E40M50_90,0E35M61_29,9

E38M50_424,0E38M48_628,8E37M47_1640,8E38M50_646,6

E40M62_1460,7E40M62_1364,5E33M48_2276,7E37M47_2285,0E37M49_690,7E40M59_8102,5E32M61_9114,6E35M60_16121,6SSU62127,4SSU100129,0SSU41132,9

E32M49_26148,0E40M50_14153,2

E35M49_7176,3

RIL-group 13

th-13

rgp-9 pmg-9

E40M50_110,0E33M62_712,8E35M60_729,6SSL4946,6SSL352,4SSL66_257,9E35M61_959,6E41M59_1179,5E32M49_3287,2E35M62_497,2E35M61_11104,1E35M62_9109,8E32M49_34112,8E41M59_9114,7E41M50_3116,0E35M61_12118,1E41M50_4120,4E41M50_7123,1E40M50_16127,6E40M62_24133,6E40M62_15139,2E40M62_2145,1E37M61_6156,0E32M61_7163,9E36M59_2170,7E37M47_2174,7E35M60_13179,1E35M60_12183,2E35M60_20185,9E37M49_5191,1E36M59_6196,0E35M48_8205,0E41M62_1211,7E37M49_4218,1E32M49_30222,5

RIL-group 9

pf-9

dc-9

E32M61_140,0

E35M48_1318,0E38M50_727,2E41M50_1032,9E35M62_843,5E38M50_549,2E41M62_2152,9E41M48_359,5E40M62_1666,9E36M59_1272,7E41M62_1877,0E41M62_1982,8E33M50_492,7E35M48_7101,8

E38M48_1119,3

E40M47_20155,8

E35M62_5174,2SSL22_2184,9

E33M50_3196,8

E35M48_9212,2SSU139217,7E38M50_21228,6E33M48_3231,1E41M62_23235,7

E41M59_7252,2E41M59_8260,6ORS31_3269,5

RIL-group 15

lt-15

dt-15

E35M60_190,0E38M48_143,1E38M60_126,1E35M48_1810,2E36M59_516,8E32M61_1627,9E32M61_1535,1

RIL-group 18

dc-18

E32M49_270,0ORS811,4E35M60_1718,9SSU22323,1SSU2525,2E35M61_533,8E38M60_238,1

RIL-group 19

dc-19

th-21 E40M62_200,0E36M59_156,9E41M59_411,2

E35M48_626,0

RIL-group 21

rgp-21

Localisation des QTLs liés aux caractères agronomiques étudiés sur la carte génétique établie.

E32M47_90,0

E35M60_2316,8E37M61_928,7E36M59_733,7E41M50_1236,8E38M50_341,5E38M60_1045,6E41M62_2850,5

E40M47_2366,0

E40M47_390,4

E41M50_2103,5E38M50_26112,3E40M62_17121,2

E32M61_2143,1

RIL-group 14

pf-14

dt-14

Mesure de la vitesse et du pourcentage de germination

Mesure des différents paramètres

Paramètres de germination et de développement des plantules

Paramètres de germination et de développement des plantules

Longueur de l’hypocotyle (cm)

Poids frais et sec de la partie aérienne (g)

Poids frais et sec de la racine(g)

Longueur de la racine(cm)

Pourcentage de plantules normales

98765432

15

10

5

0

Longueur de la racine (cm)

No

mbr

e de

LIR

s

RHA-266PAC-2

Distribution des LIRs pour LR

Analyses des composantes principales

-3

-2,5

-2

-1,5

-1

-0,5

0

0,5

1

1,5

2

2,5

3

-3 -2 -1 0 1 2 3

T50PG

PPNPPN

PGG

C153C56

C38

LR11

C142 LR64LR45

LR18

C114RHA266

C104C124

PAC2

LR52

C100LR35

Pourcentage de germination

Vit

ess

e d

e g

erm

inat

ion

Analyses en composantes principales

VG

PGG

LH

LR

PFA

PFR

PPN

Nombre de QTLs

Groupe de liaison

LOD R²

2

4

5

4

3

8

6

Paramètres

4.1-4.3

4.4-7.4

4.6-10.8

3.9-4.6

7.6-14.5

3.9-9.4

5.0-8.8

1 et 8

3, 6 et 9

5, 8, 9, 11 et 15

8, 18 et 21

9 et 12

6, 7, 9, 12 et 15

6, 8, 9 et 12

13-18

8-16

6-20

8-13

23-33

7-19

8-16

QTLs liés aux paramètres de germination et de développement des plantules

E35M60_60,0

E40M59_1311,0

E40M47_1040,3E32M49_355,2E38M50_1859,8E33M62_665,8E38M60_972,5E40M50_280,5E41M48_1184,3E41M50_1386,2E33M48_889,8E32M49_191,5E40M50_1095,4E37M47_25110,1

E37M61_5130,5SSU129_2134,9SSU129_1140,2E35M62_13145,6SSU123_2151,7E33M48_15154,5E40M59_11165,9

RIL-group 1

vg-1

E33M48_260,0

E35M48_1717,5

SSL66_131,3

E32M49_2444,7E32M49_1951,9E32M49_3356,5

E41M62_1168,3

E40M50_5105,0E40M59_3119,0E40M59_9123,5E32M49_21126,4E41M48_2132,2E35M49_5138,2E33M60_1146,8

E32M47_14161,2

E38M60_13181,7

RIL-group 5

lh-5

E41M62_60,0E38M50_916,2E33M60_822,6E37M47_831,5E35M49_436,2E35M62_1241,1E40M59_744,8E40M59_1247,2

E41M62_1267,5

E38M60_382,5E38M50_1687,9E40M50_1394,2E40M59_6100,0E40M59_5108,1E35M62_1114,9E32M49_28123,9E41M62_24130,3E41M59_3139,8

E40M62_11154,3E40M62_10161,2

RIL-group 7

pfr-7

E32M49_80,0ORS534,9E32M61_1016,2E33M62_1121,8E33M60_326,7E35M60_1131,3E40M62_440,1E40M50_1549,6E33M48_1654,2E33M48_256,9E37M47_1562,3E38M48_367,6E40M50_1878,7

E40M62_1993,4

E35M61_3104,9

E32M47_10132,0

RIL-group 3

psa-3-1

psa-3-2

pgg-3

E32M49_230,0

E41M62_2511,3

E41M62_725,7

E40M62_837,0

E37M61_1050,5E33M48_2157,6E41M62_3060,8E35M60_169,2E41M59_1082,7E35M60_1890,2E41M48_1395,3ORS31_299,0E33M48_19104,6E33M48_23113,0E35M49_6120,6E35M48_16124,8E35M61_7132,2

RIL-group 6

pfr-6-1

pfr-6-2psr-6

pgg-6-1

pgg-6-2

ppn-6

E40M50_110,0E33M62_712,8E35M60_729,6SSL4946,6SSL352,4SSL66_257,9E35M61_959,6E41M59_1179,5E32M49_3287,2E35M62_497,2E35M61_11104,1E35M62_9109,8E32M49_34112,8E41M59_9114,7E41M50_3116,0E35M61_12118,1E41M50_4120,4E41M50_7123,1E40M50_16127,6E40M62_24133,6E40M62_15139,2E40M62_2145,1E37M61_6156,0E32M61_7163,9E36M59_2170,7E37M47_2174,7E35M60_13179,1E35M60_12183,2E35M60_20185,9E37M49_5191,1E36M59_6196,0E35M48_8205,0E41M62_1211,7E37M49_4218,1E32M49_30222,5E32M49_17224,9E37M47_4228,9E35M62_3232,5E41M59_1234,1E33M50_1237,5E41M59_6239,6ORS78240,7E35M62_7242,3E32M49_35244,8E33M60_2249,5E35M61_6253,4E35M48_5258,7E35M60_5268,8E37M49_3278,4E40M50_8295,8E40M47_22321,3E40M47_12329,7

RIL-group 9

lh-9

pfa-9-1

pfa-9-2

pfr-9-1

pfr-9-2

pfr-9-3

psr-9

pgg-9-1

ppn-9-1

ppn-9-2

E41M59_20,0SSL20_24,0

E37M47_2619,4E41M48_629,0

E35M61_445,1

E32M47_160,5E33M48_2569,4

E38M60_1185,6IUB-694,3

E40M62_5114,0E32M49_29125,3E40M50_1133,8E37M47_10142,7E37M47_9146,7E37M61_8152,3E37M47_5160,3E37M61_1169,4E38M48_2178,4ORS128185,1ORS31_1186,2SSL22_1188,0ORS126189,8E41M48_4195,1E32M61_5210,2

RIL-group 8

vg-8 lh-8

lr-8

ppn-8-1

ppn-8-2

E32M49_230,0

E41M62_2511,3

E41M62_725,7

E40M62_837,0

E37M61_1050,5E33M48_2157,6E41M62_3060,8E35M60_169,2E41M59_1082,7E35M60_1890,2E41M48_1395,3ORS31_299,0E33M48_19104,6E33M48_23113,0E35M49_6120,6E35M48_16124,8E35M61_7132,2

RIL-group 6

pfr-6-1

pfr-6-2

psr-6

pgg-6-1

pgg-6-2

ppn-6

E40M47_20,0

E35M61_832,3

E38M50_2252,3E38M50_857,8E33M48_2461,7SSU22766,7SSU123_167,8SSL20_170,3E37M61_474,2E41M50_981,7E32M61_1391,8SSL3397,9E40M62_12105,6E36M59_3117,5E35M61_10123,3E37M47_24130,7SSU6_1136,8E33M62_9147,9E41M48_12156,9E37M61_3164,2E41M62_9171,9E36M59_8183,8E41M62_26192,0E32M49_12205,4

E40M50_6242,9

RIL-group 11

lh-11

E35M60_190,0E38M48_143,1E38M60_126,1E35M48_1810,2E36M59_516,8E32M61_1627,9E32M61_1535,1

RIL-group 18

lr-18

E32M47_90,0

E35M60_2316,8E37M61_928,7E36M59_733,7E41M50_1236,8E38M50_341,5E38M60_1045,6E41M62_2850,5

E40M47_2366,0

E40M47_390,4

E41M50_2103,5E38M50_26112,3E40M62_17121,2

E32M61_2143,1

RIL-group 14

pfr-14

E40M62_200,0E36M59_156,9E41M59_411,2

E35M48_626,0

RIL-group 21

lr-21-2

lr-21-1

E32M61_140,0

E35M48_1318,0E38M50_727,2E41M50_1032,9E35M62_843,5E38M50_549,2E41M62_2152,9E41M48_359,5E40M62_1666,9E36M59_1272,7E41M62_1877,0E41M62_1982,8E33M50_492,7E35M48_7101,8

E38M48_1119,3

E40M47_20155,8

E35M62_5174,2SSL22_2184,9

E33M50_3196,8

E35M48_9212,2SSU139217,7E38M50_21228,6E33M48_3231,1E41M62_23235,7

E41M59_7252,2E41M59_8260,6ORS31_3269,5

RIL-group 15

lh-15

psa-15

psr-15

E33M48_200,0

E40M50_1210,2

E40M62_2524,7E36M59_1833,6E41M50_540,0E40M47_2149,6

RIL-group 12 pfa-12

pfr-12

psa-12

ppn-12

Localisation des QTLs liés aux paramètres de germination et de développement des plantules étudiés sur la carte génétique établie.

Synthèse de résultats

1- Différence significative entre les deux parents pour la résistance partielle au mildiou.

2- Gain génétique chez 10% de lignées recombinantes sélectionnées pour les deux maladies.

3- Héritabilité importante pour la résistance au mildiou et au phoma (0.81 et 0.58 respectivement).

4- Cinq QTLs détectés pour la résistance au mildiou (6.8% < R² < 17.2%) et six QTLs pour la résistance au phoma (9.8% < R² < 25.6%).

a- Résistance aux maladies

1- Différence significative entre les deux parents pour la précocité de floraison, le rendement en graines par plante, le poids de mille grains et la teneur des graines en huile.

2- Gain génétique chez la meilleure lignée recombinante pour tous les caractères exceptées la précocité de floraison et la teneur des graines en huile.

3- Identification de 28 QTLs pour l’ensemble des caractères agronomiques étudiés (5% < R² < 37%), appartenant parfois au même groupe de liaison.

4- Des corrélations significatives entre les caractères.

b- Caractères agronomiques

2- Détection de 39 QTLs impliqués aux paramètres étudiés (6% < R² < 33%).

3- Des QTLs appartenant parfois au même groupe de liaison.

4- Des corrélations significatives entre les paramètres étudiés.

c- Paramètres de germination et de développement des plantules

1- Distribution normale pour les 84 LIRs utilisées et leurs deux parents pour l’ensemble des paramètres étudiés.

E32M49_230,0

E41M62_2511,3

E41M62_725,7

E40M62_837,0

E37M61_1050,5E33M48_2157,6E41M62_3060,8E35M60_169,2E41M59_1082,7E35M60_1890,2E41M48_1395,3ORS31_299,0E33M48_19104,6E33M48_23113,0E35M49_6120,6E35M48_16124,8E35M61_7132,2

RIL-group 6

pfr-6-1

pfr-6-2psr-6

pgg-6-1

pgg-6-2

ppn-6 rgp-6 pmg-6

E35M60_60,0

E40M59_1311,0

E40M47_1040,3E32M49_355,2E38M50_1859,8E33M62_665,8E38M60_972,5E40M50_280,5E41M48_1184,3E41M50_1386,2E33M48_889,8E32M49_191,5E40M50_1095,4E37M47_25110,1

E37M61_5130,5SSU129_2134,9SSU129_1140,2E35M62_13145,6SSU123_2151,7E33M48_15154,5E40M59_11165,9

RIL-group 1

vg-1 rph-1-1

rph-1-2

E41M62_60,0E38M50_916,2E33M60_822,6E37M47_831,5E35M49_436,2E35M62_1241,1E40M59_744,8E40M59_1247,2

E41M62_1267,5

E38M60_382,5E38M50_1687,9E40M50_1394,2E40M59_6100,0E40M59_5108,1E35M62_1114,9E32M49_28123,9E41M62_24130,3E41M59_3139,8

E40M62_11154,3E40M62_10161,2

RIL-group 7

pfr-7

rph-7

E32M49_80,0ORS534,9E32M61_1016,2E33M62_1121,8E33M60_326,7E35M60_1131,3E40M62_440,1E40M50_1549,6E33M48_1654,2E33M48_256,9E37M47_1562,3E38M48_367,6E40M50_1878,7

E40M62_1993,4

E35M61_3104,9

E32M47_10132,0

RIL-group 3

psa-3-1

psa-3-2

pgg-3

rph-3

rm-3

E33M50_20,0E38M50_28,7E32M49_1113,8E35M48_119,5E38M60_822,3E41M62_2926,6E33M60_730,1E33M48_135,0E36M59_1436,1E35M60_1038,4E40M62_2143,0E40M62_149,0E35M60_2261,8E35M49_971,0E38M50_187,1

E38M60_7114,3

RIL-group 4

pf-4

lt-4-1

lt-4-2

dt-4-2 dt-4-1

dc-4rgp-4

pmg-4

rph-4

E33M48_260,0

E35M48_1717,5

SSL66_131,3

E32M49_2444,7E32M49_1951,9E32M49_3356,5

E41M62_1168,3

E40M50_5105,0E40M59_3119,0E40M59_9123,5E32M49_21126,4E41M48_2132,2E35M49_5138,2E33M60_1146,8

E32M47_14161,2

E38M60_13181,7

RIL-group 5

lh-5 rm-5

RHA-266PAC-2

E33M48_200,0

E40M50_1210,2

E40M62_2524,7E36M59_1833,6E41M50_540,0E40M47_2149,6

RIL-group 12

pfa-12

pfr-12

psa-12

ppn-12

E41M59_20,0SSL20_24,0

E37M47_2619,4E41M48_629,0

E35M61_445,1

E32M47_160,5E33M48_2569,4

E38M60_1185,6IUB-694,3

E40M62_5114,0E32M49_29125,3E40M50_1133,8E37M47_10142,7E37M47_9146,7E37M61_8152,3E37M47_5160,3E37M61_1169,4E38M48_2178,4ORS128185,1ORS31_1186,2SSL22_1188,0ORS126189,8E41M48_4195,1E32M61_5210,2

RIL-group 8

vg-8lh-8

lr-8

ppn-8-1

ppn-8-2

dt-8

th-8

rph-8-3

rph-8-1

rph-8-2

rm-8-2

rm-8-1

E40M50_90,0E35M61_29,9

E38M50_424,0E38M48_628,8E37M47_1640,8E38M50_646,6

E40M62_1460,7E40M62_1364,5E33M48_2276,7E37M47_2285,0E37M49_690,7E40M59_8102,5E32M61_9114,6E35M60_16121,6SSU62127,4SSU100129,0SSU41132,9

E32M49_26148,0E40M50_14153,2

E35M49_7176,3

RIL-group 13

th-13

rph-13

rm-13

E40M47_20,0

E35M61_832,3

E38M50_2252,3E38M50_857,8E33M48_2461,7SSU22766,7SSU123_167,8SSL20_170,3E37M61_474,2E41M50_981,7E32M61_1391,8SSL3397,9E40M62_12105,6E36M59_3117,5E35M61_10123,3E37M47_24130,7SSU6_1136,8E33M62_9147,9E41M48_12156,9E37M61_3164,2E41M62_9171,9E36M59_8183,8E41M62_26192,0E32M49_12205,4

E40M50_6242,9

RIL-group 11

lt-11-1

lt-11-2

th-11

lh-11

E40M50_110,0E33M62_712,8E35M60_729,6SSL4946,6SSL352,4SSL66_257,9E35M61_959,6E41M59_1179,5E32M49_3287,2E35M62_497,2E35M61_11104,1E35M62_9109,8E32M49_34112,8E41M59_9114,7E41M50_3116,0E35M61_12118,1E41M50_4120,4E41M50_7123,1E40M50_16127,6E40M62_24133,6E40M62_15139,2E40M62_2145,1E37M61_6156,0E32M61_7163,9E36M59_2170,7E37M47_2174,7E35M60_13179,1E35M60_12183,2E35M60_20185,9E37M49_5191,1E36M59_6196,0E35M48_8205,0E41M62_1211,7E37M49_4218,1E32M49_30222,5E32M49_17224,9E37M47_4228,9E35M62_3232,5E41M59_1234,1E33M50_1237,5E41M59_6239,6ORS78240,7E35M62_7242,3E32M49_35244,8E33M60_2249,5E35M61_6253,4E35M48_5258,7E35M60_5268,8E37M49_3278,4E40M50_8295,8E40M47_22321,3E40M47_12329,7

RIL-group 9

lh-9

pfa-9-1

pfa-9-2

pfr-9-1

pfr-9-2

pfr-9-3

psr-9

pgg-9

ppn-9-1

ppn-9-2 rph-9

rgp-9pmg-9 pf-9

dc-9

RHA-266PAC-2

E35M60_190,0E38M48_143,1E38M60_126,1E35M48_1810,2E36M59_516,8E32M61_1627,9E32M61_1535,1

RIL-group 18

lr-18

dc-18

E32M49_270,0ORS811,4E35M60_1718,9SSU22323,1SSU2525,2E35M61_533,8E38M60_238,1

RIL-group 19

dc-19 lr-21-2

lr-21-1 th-21 E40M62_200,0E36M59_156,9E41M59_411,2

E35M48_626,0

RIL-group 21

rgp-21

E32M61_140,0

E35M48_1318,0E38M50_727,2E41M50_1032,9E35M62_843,5E38M50_549,2E41M62_2152,9E41M48_359,5E40M62_1666,9E36M59_1272,7E41M62_1877,0E41M62_1982,8E33M50_492,7E35M48_7101,8

E38M48_1119,3

E40M47_20155,8

E35M62_5174,2SSL22_2184,9E33M50_3196,8

E35M48_9212,2SSU139217,7E38M50_21228,6E33M48_3231,1E41M62_23235,7

E41M59_7252,2E41M59_8260,6ORS31_3269,5

RIL-group 15

lh-15

psa-15

psr-15

lt-15

dt-15

rph-15rm-15

E32M47_20,0

E40M62_720,5E37M61_230,1E37M61_739,1E35M62_1146,7SSL3050,0E33M48_553,4E38M48_1058,5E38M48_962,3E38M48_872,6E33M48_1881,0E36M59_1387,6E37M47_1993,4E41M48_797,0E41M48_9110,5

E38M48_12126,0

E41M48_8141,2E33M48_14144,9E37M47_3154,3

RIL-group 17

rm-17-1

rm-17-2

rm-17-3

E32M47_90,0

E35M60_2316,8E37M61_928,7E36M59_733,7E41M50_1236,8E38M50_341,5E38M60_1045,6E41M62_2850,5

E40M47_2366,0

E40M47_390,4

E41M50_2103,5E38M50_26112,3E40M62_17121,2

E32M61_2143,1

RIL-group 14

pf-14

dc-14

pfr-14

Localisation des QTLs liés à l'ensemble des caractères étudiés sur la carte génétique établie.

RHA-266PAC-2

LIR

C81

C91

C138

LR64

LR67

-

-

+

+

+

-

+

+

-

-

+

+

+

-

-

+

+

-

+

+

Phénotypes et génotypes des LIRs

rph-15 rm-15 psr-15 dt-15lh-15

P

P

R

R

R

Allèle

Groupe 15

RHA266

PAC2

C138LR64 et LR67C81 et C91

Indéfini

LIR

C37

C54

C91

C84

C142

LR19

-

-

-

+

+

+

-

-

-

+

+

+

-

+

+

+

+

-

+

+

Phénotypes et génotypes des LIRs

rgp-9 pmg-9 pf-9lh-9

P

P

P

R

R

R

Allèle

RHA266

PAC2

Groupe 9

C37C54 et C91

C84C142 et LR19

Indéfini

Ten.Hui.

th-8LIRE41592 SSL20_2

th-11SSL20_1 SSU100

th-13SSU41

th-21E406220

C37

C120

C84

LR46

C115

C101

29.84

33.18

33.58

34.67

45.42

45.66

R

R

R

R

P

P

R

R

R

R

P

P

P

P

P

P

R

R

P

P

P

P

-

R

P

P

P

P

R

R

P

P

-

P

-

-

Phénotypes et génotypes des LIRs riches et pauvres en huile

PAC2: 37.73RHA266: 44.38

LIRs pauvres

en huileLIRs riches

en huileLIRs pauvres

en huileLIRs riches

en huile

Groupe 11Groupe 8

RHA266

PAC2

Indéfini

LIRs pauvres

en huileLIRs riches

en huileLIRs pauvres

en huileLIRs riches

en huile

Groupe 21Groupe 13

RHA266

PAC2

Indéfini

E40M62_180,0

E33M50_612,8

E35M48_322,1

ORS528,8

E41M50_631,3

E32M49_234,4

E35M60_2138,8

E32M49_547,5

E35M48_1060,9

E41M50_1168,9

SSL2773,4

E41M62_478,6

E38M50_1584,8

E36M59_990,9

E38M50_17104,2

E38M50_24105,3

RIL-group 2

ORS5 61.5

E32M49_230,0

E41M62_2511,3

E41M62_725,7

E40M62_837,0

E37M61_1050,5E33M48_2157,6E41M62_3060,8E35M60_169,2E41M59_1082,7E35M60_1890,2E41M48_1395,3ORS31_299,0E33M48_19104,6E33M48_23113,0E35M49_6120,6E35M48_16124,8E35M61_7132,2

RIL-group 6

E41M59_20,0SSL20_24,0

E37M47_2619,4E41M48_629,0

E35M61_445,1

E32M47_160,5E33M48_2569,4

E38M60_1185,6IUB-694,3

E40M62_5114,0E32M49_29125,3E40M50_1133,8E37M47_10142,7E37M47_9146,7E37M61_8152,3E37M47_5160,3E37M61_1169,4E38M48_2178,4ORS128185,1ORS31_1186,2SSL22_1188,0ORS126189,8E41M48_4195,1E32M61_5210,2

RIL-group 816

ORS31 16.1

ORS 310 ORS 126 13.2 CRT22-16

ORS1017 13.8

E40M50_110,0E33M62_712,8E35M60_729,6SSL4946,6SSL352,4SSL66_257,9E35M61_959,6E41M59_1179,5E32M49_3287,2E35M62_497,2E35M61_11104,1E35M62_9109,8E32M49_34112,8E41M59_9114,7E41M50_3116,0E35M61_12118,1E41M50_4120,4E41M50_7123,1E40M50_16127,6E40M62_24133,6E40M62_15139,2E40M62_2145,1E37M61_6156,0E32M61_7163,9E36M59_2170,7E37M47_2174,7E35M60_13179,1E35M60_12183,2E35M60_20185,9E37M49_5191,1E36M59_6196,0E35M48_8205,0E41M62_1211,7E37M49_4218,1E32M49_30222,5E32M49_17224,9E37M47_4228,9E35M62_3232,5E41M59_1234,1E33M50_1237,5E41M59_6239,6ORS78240,7E35M62_7242,3E32M49_35244,8E33M60_2249,5E35M61_6253,4E35M48_5258,7E35M60_5268,8E37M49_3278,4E40M50_8295,8E40M47_22321,3E40M47_12329,7

RIL-group 9 10

ORS78 59.9ORS591

ORS78240,7

E32M49_270,0

ORS811,4

E35M60_1718,9

SSU22323,1

SSU2525,2

E35M61_533,8

E38M60_238,1

RIL-group 19 15

ORS7 8.8ORS8

Conclusions

2- Identification de QTLs contrôlant différents caractères et liés positivement aux même marqueurs.

3- Détections de liaisons défavorables entre différents caractères.

4- Existence de cinq marqueurs SSRs communs avec les cartes présentées par (Tang et al., 2002) et (Yu et al., 2003).

1- Détection de 10 QTLs liés à différents marqueurs SSRs

Perspectives

1- Etablissement d’une carte génétique dense par l’intégration des résultats de cartographie de différentes populations.

2- Recherche de QTLs sur cette carte et réalisation des croisements entre LIRs.

3- Sélection assistée par marqueurs pour des caractères ayant des QTLs liés aux marqueurs SSRs.

Merci à tout le personnel et tous les étudiants du BAP …

Bienvenue en Syrie