Variété génétique et identification ....
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Laboratoire de Biotechnologie et Amélioration des Plantes
Variabilité génétique et identification des QTLs
liés à la qualité des semences chez le tournesol
(Helianthus annuus L.)
Ghias RACHID ALCHAARANI
Directeur de thèse : Ahmad SARRAFI
Qualité de semences
Résistances aux maladies
Caractères agronomiques
Germination etdéveloppement
des plantules
Teneur des graines en
huile
Objectifs
Etude génétique et identification des QTLs pour :
3- des paramètres de germination et de développement des plantules
1- la résistance aux maladies (mildiou et phoma)
2- des caractères agronomiques
Matériels et méthodes
LIRs (F8) et leurs deux parents (PAC2 et RHA266)
Dispositifs en Blocs randomisés
PAC2 : INRA {H. petiolaris restorer x lignée d’USDA (HA61)}
RHA266 : USDA {H. annuus sauvage x Peredovik}
Résistance aux maladies (mildiou et phoma)
1- Résistance au mildiou (Plasmopara halstedii) :
2- Résistance au phoma (Phoma macdonaldii) :
conditions naturelles
conditions contrôlées
83 LIRs et leurs deux parents (PAC-2 et RHA-266)
77 LIRs et leurs deux parents (PAC-2 et RHA-266)
Plante attaquée par le mildiou
Contamination artificielle(conditions contrôlées)
Echelle de notation
Gain génétique pour la résistance au mildiou
Gain génétique pour la résistance au phoma
Héritabilité = 81.32%(au sens étroit)
Héritabilité = 58.23%(au sens étroit)
0
20
40
60
80
100
PAC-2 (P1) RHA-266 (P2) XLIRs M LIR 10% M LIRs
*ns
ns
*
%
des
pla
nte
s m
alad
es
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
PAC-2 (P1) RHA-266 (P2) XLIRs M LIR 10% M LIRs
nsns
**
Ech
elle
de
sen
sib
ilit
é
Combinaison d’amorces
Nombre de marqueurs
Combinaison d’amorces
Nombre de marqueurs
E32M49E40M62E41M62E38M50E33M48E40M47E35M60E37M47E40M50E35M48E36M59E38M48E32M61E35M61
2722222120201817161515141212
E38M60E35M62E40M59E41M48E41M50E41M59E32M47E33M60E35M49E33M50E33M62E37M49E37M61
1211111111119876661
Combinaison des amorces AFLP et nombre de marqueurs
Combinaison d’amorces
Nombre de marqueurs
Combinaison d’amorces
Nombre de marqueurs
ORS5ORS8ORS31ORS53ORS78IUB6SSL3SSL20SSL22SSL27SSL29SSL30SSL33SSL49SSL66
113111122111112
SSU6SSU11SSU21SSU25SSU39SSU41SSU100SSU123SSU129SSU139SSU195SSU217SSU223SSU227
21111112211111
Combinaison des amorces SSR
Groupe de liaison
Nombre de marqueurs
Longueur(cM)
Distance Moyenne (cM)
123456789101112
21161616161720245228256
165.9105.1132.0114.2181.8132.3161.2210.1329.9190.3242.8 49.6
7.96.68.37.111.47.88.18.86.36.89.78.3
Distribution des marqueurs dans la carte génétique
Groupe de liaison
Nombre de marqueurs
Longueur(cM)
Distance Moyenne (cM)
1314151617181920 21
non liés
Totale
20 14 27 7 19 7 7 5 4 42
409
176.3 143.2 269.6 36.7 154.5 35.1 38.3 20.9 26.1 -
2915.9
8.810.210.0 5.2 8.1 5.0 5.5 4.2 6.5
-
7.9
Distribution des marqueurs dans la carte génétique
E35M60_60,0
E40M59_1311,0
E40M47_1040,3E32M49_355,2E38M50_1859,8E33M62_665,8E38M60_972,5E40M50_280,5E41M48_1184,3E41M50_1386,2E33M48_889,8E32M49_191,5E40M50_1095,4E37M47_25110,1
E37M61_5130,5SSU129_2134,9SSU129_1140,2E35M62_13145,6SSU123_2151,7E33M48_15154,5E40M59_11165,9
RIL-group 1
E33M50_20,0E38M50_28,7E32M49_1113,8E35M48_119,5E38M60_822,3E41M62_2926,6E33M60_730,1E33M48_135,0E36M59_1436,1E35M60_1038,4E40M62_2143,0E40M62_149,0E35M60_2261,8E35M49_971,0E38M50_187,1
E38M60_7114,3
RIL-group 4
E40M62_180,0E33M50_612,8E35M48_322,1ORS528,8E41M50_631,3E32M49_234,4E35M60_2138,8E32M49_547,5E35M48_1060,9E41M50_1168,9SSL2773,4E41M62_478,6E38M50_1584,8E36M59_990,9E38M50_17104,2E38M50_24105,3
RIL-group 2E32M49_80,0ORS534,9E32M61_1016,2E33M62_1121,8E33M60_326,7E35M60_1131,3E40M62_440,1E40M50_1549,6E33M48_1654,2E33M48_256,9E37M47_1562,3E38M48_367,6E40M50_1878,7
E40M62_1993,4
E35M61_3104,9
E32M47_10132,0
RIL-group 3
E33M48_260,0
E35M48_1717,5
SSL66_131,3
E32M49_2444,7E32M49_1951,9E32M49_3356,5
E41M62_1168,3
E40M50_5105,0E40M59_3119,0E40M59_9123,5E32M49_21126,4E41M48_2132,2E35M49_5138,2E33M60_1146,8
E32M47_14161,2
E38M60_13181,7
RIL-group 5
E32M49_230,0
E41M62_2511,3
E41M62_725,7
E40M62_837,0
E37M61_1050,5E33M48_2157,6E41M62_3060,8E35M60_169,2E41M59_1082,7E35M60_1890,2E41M48_1395,3ORS31_299,0E33M48_19104,6E33M48_23113,0E35M49_6120,6E35M48_16124,8E35M61_7132,2
RIL-group 6
E41M62_60,0
E38M50_916,2E33M60_822,6E37M47_831,5E35M49_436,2E35M62_1241,1E40M59_744,8E40M59_1247,2
E41M62_1267,5
E38M60_382,5E38M50_1687,9E40M50_1394,2E40M59_6100,0E40M59_5108,1E35M62_1114,9E32M49_28123,9E41M62_24130,3E41M59_3139,8
E40M62_11154,3E40M62_10161,2
RIL-group 7
E41M59_20,0SSL20_24,0
E37M47_2619,4
E41M48_629,0
E35M61_445,1
E32M47_160,5E33M48_2569,4
E38M60_1185,6IUB-694,3
E40M62_5114,0E32M49_29125,3E40M50_1133,8E37M47_10142,7E37M47_9146,7E37M61_8152,3E37M47_5160,3E37M61_1169,4E38M48_2178,4ORS128185,1ORS31_1186,2SSL22_1188,0ORS126189,8E41M48_4195,1E32M61_5210,2
RIL-group 8E40M50_110,0E33M62_712,8E35M60_729,6SSL4946,6SSL352,4SSL66_257,9E35M61_959,6E41M59_1179,5E32M49_3287,2E35M62_497,2E35M61_11104,1E35M62_9109,8E32M49_34112,8E41M59_9114,7E41M50_3116,0E35M61_12118,1E41M50_4120,4E41M50_7123,1E40M50_16127,6E40M62_24133,6E40M62_15139,2E40M62_2145,1E37M61_6156,0E32M61_7163,9E36M59_2170,7E37M47_2174,7E35M60_13179,1E35M60_12183,2E35M60_20185,9E37M49_5191,1E36M59_6196,0E35M48_8205,0E41M62_1211,7E37M49_4218,1E32M49_30222,5E32M49_17224,9E37M47_4228,9E35M62_3232,5E41M59_1234,1E33M50_1237,5E41M59_6239,6ORS78240,7E35M62_7242,3E32M49_35244,8E33M60_2249,5E35M61_6253,4E35M48_5258,7E35M60_5268,8E37M49_3278,4E40M50_8295,8E40M47_22321,3E40M47_12329,7
RIL-group 9
E41M59_20,0SSL20_24,0
E37M47_2619,4E41M48_629,0
E35M61_445,1
E32M47_160,5E33M48_2569,4
E38M60_1185,6IUB-694,3
E40M62_5114,0E32M49_29125,3E40M50_1133,8E37M47_10142,7E37M47_9146,7E37M61_8152,3E37M47_5160,3E37M61_1169,4E38M48_2178,4ORS128185,1ORS31_1186,2SSL22_1188,0ORS126189,8E41M48_4195,1E32M61_5210,2
RIL-group 8
E32M47_20,0
E40M62_720,5E37M61_230,1E37M61_739,1E35M62_1146,7SSL3050,0E33M48_553,4E38M48_1058,5E38M48_962,3E38M48_872,6E33M48_1881,0E36M59_1387,6E37M47_1993,4E41M48_797,0E41M48_9110,5
E38M48_12126,0
E41M48_8141,2E33M48_14144,9E37M47_3154,3
RIL-group 17
E32M47_80,0E37M47_188,3E38M48_511,3E32M61_618,0E33M60_524,3E32M49_2030,5E35M48_1435,8E38M50_1438,5E38M50_1339,5E41M59_540,5E32M49_742,4E33M62_845,0E36M59_1749,3E41M62_255,1E40M62_2266,0E40M62_2371,8E37M49_779,4E37M61_1184,4E33M48_996,0E40M50_19107,6E40M47_11124,2E40M47_7130,6E40M47_13143,3E38M60_4161,3
E38M60_6181,1SSL29182,4SSL13185,7E38M60_5190,2
RIL-group 10E40M47_20,0
E35M61_832,3
E38M50_2252,3E38M50_857,8E33M48_2461,7SSU22766,7SSU123_167,8SSL20_170,3E37M61_474,2E41M50_981,7E32M61_1391,8SSL3397,9E40M62_12105,6E36M59_3117,5E35M61_10123,3E37M47_24130,7SSU6_1136,8E33M62_9147,9E41M48_12156,9E37M61_3164,2E41M62_9171,9E36M59_8183,8E41M62_26192,0E32M49_12205,4
E40M50_6242,9
RIL-group 11
E33M48_200,0
E40M50_1210,2
E40M62_2524,7E36M59_1833,6E41M50_540,0E40M47_2149,6
RIL-group 12E40M50_90,0E35M61_29,9
E38M50_424,0E38M48_628,8E37M47_1640,8E38M50_646,6
E40M62_1460,7E40M62_1364,5E33M48_2276,7E37M47_2285,0E37M49_690,7E40M59_8102,5E32M61_9114,6E35M60_16121,6SSU62127,4SSU100129,0SSU41132,9E32M49_26148,0E40M50_14153,2
E35M49_7176,3
RIL-group 13E32M47_90,0
E35M60_2316,8E37M61_928,7E36M59_733,7E41M50_1236,8E38M50_341,5E38M60_1045,6E41M62_2850,5E40M47_2366,0
E40M47_390,4
E41M50_2103,5E38M50_26112,3E40M62_17121,2
E32M61_2143,1
RIL-group 14E32M61_140,0
E35M48_1318,0E38M50_727,2E41M50_1032,9E35M62_843,5E38M50_549,2E41M62_2152,9E41M48_359,5E40M62_1666,9E36M59_1272,7E41M62_1877,0E41M62_1982,8E33M50_492,7E35M48_7101,8
E38M48_1119,3
E40M47_20155,8
E35M62_5174,2SSL22_2184,9E33M50_3196,8E35M48_9212,2SSU139217,7E38M50_21228,6E33M48_3231,1E41M62_23235,7
E41M59_7252,2E41M59_8260,6ORS31_3269,5
RIL-group 15
E32M49_250,0E33M60_64,3E38M48_49,4E37M49_915,3E33M48_619,2E35M48_423,8E33M50_536,7
RIL-group 16E35M60_190,0E38M48_143,1E38M60_126,1E35M48_1810,2E36M59_516,8E32M61_1627,9E32M61_1535,1
RIL-group 18
E32M49_270,0ORS811,4E35M60_1718,9SSU22323,1SSU2525,2E35M61_533,8E38M60_238,1
RIL-group 19
E35M49_100,0SSU394,0E40M59_108,4E38M48_1112,3E35M62_220,8
RIL-group 20
E40M62_200,0E36M59_156,9E41M59_411,2
E35M48_626,0
RIL-group 21
Carte génétique d’AFLP et de SSR de tournesol basée sur une population de 123 lignées recombinantes
QTLs de la résistance au mildiou
QTLGroupe
de liaison Position LOD R²Effet additif
rm-3
rm-5
rm-13
rm-15
rm-17
III
V
XIII
XV
XVII
103.46
44.71
121.70
52.89
18.01
6.98
11.83
8.98
5.67
10.28
-8.38
-10.62
9.95
7.37
11.64
11.40
17.17
14.06
6.80
16.42
PAC-2
RHA-266
QTLs de la résistance au phoma
QTLGroupe
de liaison Position LOD R²Effet additif
rph-1
rph-8
rph-9
rph-13
rph-15
I
VIII
IX
XIII
XV
55.25
168.21
163.91
24.05
49.21
6.98
6.14
11.75
6.76
14.20
-0.66
-0.78
0.89
0.66
1.27
10.41
10.15
19.51
9.81
25.57
PAC-2
RHA-266
0
2
4
6
8
10
12
14
0.2 0.4 0.6 0.8 1 1.2 1.4 1.6 1.8 2
LO
D S
core
Position en Morgans
Un seul QTL lié à la résistance au mildiou dans le groupe de liaison 5
rm-5
0
2
4
6
8
10
12
14
0.5 1 1.5 2 2.5 3
LO
D S
core
Position en Morgans
rph-15
rm-15
Deux QTLs liés à la résistance au mildiou et au phoma dans le groupe de liaison 15
2
4
6
8
10
12
14
0 0.5 1 1.5 2 2.5 3 3.5
LO
D S
core
Position en Morgans
rph-9
Un seul QTL lié à la résistance au phoma dans le groupe de liaison 9
Caractères d’intérêt agronomique
Rendement en graines par plante
Poids de mille grains
Teneur des graines en huile
Caractères étudiés :
Précocité de floraison
Diamètre du capitule
Longueur de la tige
Diamètre de la tige
Précocité de floraison Longueur de la tigeGain génétique pour
Diamètre de la tige Diamètre du capitule
0
20
40
60
80
100
120
PAC-2 RHA-266 X LIRs M LIR 10%M LIRs
ns ns
ns*
Lo
ng
ueu
r d
e la
tig
e (c
m)
75
80
85
90
95
100
PAC-2 RHA-266 X LIRs M LIR 10%M LIRs
*ns
nsns
No
mb
re d
e J
ou
rs
0
1
2
3
4
5
6
PAC-2 RHA-266 X LIRs M LIR 10%M LIRs
nsns
**
Dia
mèt
re d
e l
a ti
ge
(cm
)
0
5
10
15
20
25
30
PAC-2 RHA-266 X LIRs M LIR 10%M LIRs
ns ns
* *D
iam
ètre
du
cap
itu
le (
cm)
Gain génétique pourRendement en graines par plante Poids de mille grains
Teneur des graines en huile
0
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
PAC-2 RHA-266 X LIRs M LIR 10%M LIRs
* nsnsns
% d
e l’
hu
ile
en g
rain
es
0
10
20
30
40
50
60
PAC-2 RHA-266 X LIRs M LIR 10%M LIRs
**
ns
ns
Ren
dem
ent
par
pla
nte
(g
)
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
PAC-2 RHA-266 X LIRs M LIR 10%M LIRs
** *
ns
Po
ids
de
mil
le g
rain
s (g
)
Préc.Flor.
Diam.Tige
Diam.Cap.
Long.Tige
Rend.Gr.
PMG
Long. Tige
Diam. Tige
Diam. Cap.
Rend. Gr.
PMG
Ten. Huile
-0.515***
-0.065
-0.149
-0.034
0.200
-0.076
0.290**
0.474***
0.406***
0.170
-0.102
0.652***
0.429***
0.348**
-0.024
0.632***
0.536***
-0.057
0.545***
0.176 -0.226*
Corrélations phénotypiques entre les caractères agronomiques
Précocité de floraison
Rendement en graines
Poids de 1000-grains
Teneur en huile
Caractères
pf(3)
rgp(4)
pmg(3)
th(4)
Nombre de QTLs
Groupe de liaison
LOD R²
4, 9 et 14
4, 6, 9 et 21
4, 6 et 9
8, 11, 13 et 21
7.5-10.5
5.6-12.3
4.8-13.5
4.0-8.5
13-20
5-15
7-37
8-13
QTLs liés aux caractères agronomiques
E33M50_20,0E38M50_28,7E32M49_1113,8E35M48_119,5E38M60_822,3E41M62_2926,6E33M60_730,1E33M48_135,0E36M59_1436,1E35M60_1038,4E40M62_2143,0E40M62_149,0E35M60_2261,8E35M49_971,0E38M50_187,1
E38M60_7114,3
RIL-group 4
pf-4
lt-4-1
lt-4-2
dt-4-2dt-4-1
dc-4 rgp-4
pmg-4 E32M49_230,0
E41M62_2511,3
E41M62_725,7
E40M62_837,0
E37M61_1050,5E33M48_2157,6E41M62_3060,8E35M60_169,2E41M59_1082,7E35M60_1890,2E41M48_1395,3ORS31_299,0E33M48_19104,6E33M48_23113,0E35M49_6120,6E35M48_16124,8E35M61_7132,2
RIL-group 6
rgp-6 pmg-6
rgp-9 pmg-9
E40M50_110,0E33M62_712,8E35M60_729,6SSL4946,6SSL352,4SSL66_257,9E35M61_959,6E41M59_1179,5E32M49_3287,2E35M62_497,2E35M61_11104,1E35M62_9109,8E32M49_34112,8E41M59_9114,7E41M50_3116,0E35M61_12118,1E41M50_4120,4E41M50_7123,1E40M50_16127,6E40M62_24133,6E40M62_15139,2E40M62_2145,1E37M61_6156,0E32M61_7163,9E36M59_2170,7E37M47_2174,7E35M60_13179,1E35M60_12183,2E35M60_20185,9E37M49_5191,1E36M59_6196,0E35M48_8205,0E41M62_1211,7E37M49_4218,1E32M49_30222,5E32M49_17224,9E37M47_4228,9E35M62_3232,5E41M59_1234,1E33M50_1237,5E41M59_6239,6ORS78240,7E35M62_7242,3E32M49_35244,8E33M60_2249,5E35M61_6253,4E35M48_5258,7E35M60_5268,8E37M49_3278,4E40M50_8295,8E40M47_22321,3E40M47_12329,7
RIL-group 9
pf-9
dc-9
dt-8
E41M59_20,0SSL20_24,0
E37M47_2619,4E41M48_629,0
E35M61_445,1
E32M47_160,5E33M48_2569,4
E38M60_1185,6IUB-694,3
E40M62_5114,0E32M49_29125,3E40M50_1133,8E37M47_10142,7E37M47_9146,7E37M61_8152,3E37M47_5160,3E37M61_1169,4E38M48_2178,4ORS128185,1ORS31_1186,2SSL22_1188,0ORS126189,8E41M48_4195,1E32M61_5210,2
RIL-group 8
th-8
E40M47_20,0
E35M61_832,3
E38M50_2252,3E38M50_857,8E33M48_2461,7SSU22766,7SSU123_167,8SSL20_170,3E37M61_474,2E41M50_981,7E32M61_1391,8SSL3397,9E40M62_12105,6E36M59_3117,5E35M61_10123,3E37M47_24130,7SSU6_1136,8E33M62_9147,9E41M48_12156,9E37M61_3164,2E41M62_9171,9E36M59_8183,8E41M62_26192,0
E32M49_12205,4
E40M50_6242,9
RIL-group 11
lt-11-1
lt-11-2
th-11
E40M50_90,0E35M61_29,9
E38M50_424,0E38M48_628,8E37M47_1640,8E38M50_646,6
E40M62_1460,7E40M62_1364,5E33M48_2276,7E37M47_2285,0E37M49_690,7E40M59_8102,5E32M61_9114,6E35M60_16121,6SSU62127,4SSU100129,0SSU41132,9
E32M49_26148,0E40M50_14153,2
E35M49_7176,3
RIL-group 13
th-13
rgp-9 pmg-9
E40M50_110,0E33M62_712,8E35M60_729,6SSL4946,6SSL352,4SSL66_257,9E35M61_959,6E41M59_1179,5E32M49_3287,2E35M62_497,2E35M61_11104,1E35M62_9109,8E32M49_34112,8E41M59_9114,7E41M50_3116,0E35M61_12118,1E41M50_4120,4E41M50_7123,1E40M50_16127,6E40M62_24133,6E40M62_15139,2E40M62_2145,1E37M61_6156,0E32M61_7163,9E36M59_2170,7E37M47_2174,7E35M60_13179,1E35M60_12183,2E35M60_20185,9E37M49_5191,1E36M59_6196,0E35M48_8205,0E41M62_1211,7E37M49_4218,1E32M49_30222,5
RIL-group 9
pf-9
dc-9
E32M61_140,0
E35M48_1318,0E38M50_727,2E41M50_1032,9E35M62_843,5E38M50_549,2E41M62_2152,9E41M48_359,5E40M62_1666,9E36M59_1272,7E41M62_1877,0E41M62_1982,8E33M50_492,7E35M48_7101,8
E38M48_1119,3
E40M47_20155,8
E35M62_5174,2SSL22_2184,9
E33M50_3196,8
E35M48_9212,2SSU139217,7E38M50_21228,6E33M48_3231,1E41M62_23235,7
E41M59_7252,2E41M59_8260,6ORS31_3269,5
RIL-group 15
lt-15
dt-15
E35M60_190,0E38M48_143,1E38M60_126,1E35M48_1810,2E36M59_516,8E32M61_1627,9E32M61_1535,1
RIL-group 18
dc-18
E32M49_270,0ORS811,4E35M60_1718,9SSU22323,1SSU2525,2E35M61_533,8E38M60_238,1
RIL-group 19
dc-19
th-21 E40M62_200,0E36M59_156,9E41M59_411,2
E35M48_626,0
RIL-group 21
rgp-21
Localisation des QTLs liés aux caractères agronomiques étudiés sur la carte génétique établie.
E32M47_90,0
E35M60_2316,8E37M61_928,7E36M59_733,7E41M50_1236,8E38M50_341,5E38M60_1045,6E41M62_2850,5
E40M47_2366,0
E40M47_390,4
E41M50_2103,5E38M50_26112,3E40M62_17121,2
E32M61_2143,1
RIL-group 14
pf-14
dt-14
Mesure de la vitesse et du pourcentage de germination
Mesure des différents paramètres
Paramètres de germination et de développement des plantules
Paramètres de germination et de développement des plantules
Longueur de l’hypocotyle (cm)
Poids frais et sec de la partie aérienne (g)
Poids frais et sec de la racine(g)
Longueur de la racine(cm)
Pourcentage de plantules normales
98765432
15
10
5
0
Longueur de la racine (cm)
No
mbr
e de
LIR
s
RHA-266PAC-2
Distribution des LIRs pour LR
Analyses des composantes principales
-3
-2,5
-2
-1,5
-1
-0,5
0
0,5
1
1,5
2
2,5
3
-3 -2 -1 0 1 2 3
T50PG
PPNPPN
PGG
C153C56
C38
LR11
C142 LR64LR45
LR18
C114RHA266
C104C124
PAC2
LR52
C100LR35
Pourcentage de germination
Vit
ess
e d
e g
erm
inat
ion
Analyses en composantes principales
VG
PGG
LH
LR
PFA
PFR
PPN
Nombre de QTLs
Groupe de liaison
LOD R²
2
4
5
4
3
8
6
Paramètres
4.1-4.3
4.4-7.4
4.6-10.8
3.9-4.6
7.6-14.5
3.9-9.4
5.0-8.8
1 et 8
3, 6 et 9
5, 8, 9, 11 et 15
8, 18 et 21
9 et 12
6, 7, 9, 12 et 15
6, 8, 9 et 12
13-18
8-16
6-20
8-13
23-33
7-19
8-16
QTLs liés aux paramètres de germination et de développement des plantules
E35M60_60,0
E40M59_1311,0
E40M47_1040,3E32M49_355,2E38M50_1859,8E33M62_665,8E38M60_972,5E40M50_280,5E41M48_1184,3E41M50_1386,2E33M48_889,8E32M49_191,5E40M50_1095,4E37M47_25110,1
E37M61_5130,5SSU129_2134,9SSU129_1140,2E35M62_13145,6SSU123_2151,7E33M48_15154,5E40M59_11165,9
RIL-group 1
vg-1
E33M48_260,0
E35M48_1717,5
SSL66_131,3
E32M49_2444,7E32M49_1951,9E32M49_3356,5
E41M62_1168,3
E40M50_5105,0E40M59_3119,0E40M59_9123,5E32M49_21126,4E41M48_2132,2E35M49_5138,2E33M60_1146,8
E32M47_14161,2
E38M60_13181,7
RIL-group 5
lh-5
E41M62_60,0E38M50_916,2E33M60_822,6E37M47_831,5E35M49_436,2E35M62_1241,1E40M59_744,8E40M59_1247,2
E41M62_1267,5
E38M60_382,5E38M50_1687,9E40M50_1394,2E40M59_6100,0E40M59_5108,1E35M62_1114,9E32M49_28123,9E41M62_24130,3E41M59_3139,8
E40M62_11154,3E40M62_10161,2
RIL-group 7
pfr-7
E32M49_80,0ORS534,9E32M61_1016,2E33M62_1121,8E33M60_326,7E35M60_1131,3E40M62_440,1E40M50_1549,6E33M48_1654,2E33M48_256,9E37M47_1562,3E38M48_367,6E40M50_1878,7
E40M62_1993,4
E35M61_3104,9
E32M47_10132,0
RIL-group 3
psa-3-1
psa-3-2
pgg-3
E32M49_230,0
E41M62_2511,3
E41M62_725,7
E40M62_837,0
E37M61_1050,5E33M48_2157,6E41M62_3060,8E35M60_169,2E41M59_1082,7E35M60_1890,2E41M48_1395,3ORS31_299,0E33M48_19104,6E33M48_23113,0E35M49_6120,6E35M48_16124,8E35M61_7132,2
RIL-group 6
pfr-6-1
pfr-6-2psr-6
pgg-6-1
pgg-6-2
ppn-6
E40M50_110,0E33M62_712,8E35M60_729,6SSL4946,6SSL352,4SSL66_257,9E35M61_959,6E41M59_1179,5E32M49_3287,2E35M62_497,2E35M61_11104,1E35M62_9109,8E32M49_34112,8E41M59_9114,7E41M50_3116,0E35M61_12118,1E41M50_4120,4E41M50_7123,1E40M50_16127,6E40M62_24133,6E40M62_15139,2E40M62_2145,1E37M61_6156,0E32M61_7163,9E36M59_2170,7E37M47_2174,7E35M60_13179,1E35M60_12183,2E35M60_20185,9E37M49_5191,1E36M59_6196,0E35M48_8205,0E41M62_1211,7E37M49_4218,1E32M49_30222,5E32M49_17224,9E37M47_4228,9E35M62_3232,5E41M59_1234,1E33M50_1237,5E41M59_6239,6ORS78240,7E35M62_7242,3E32M49_35244,8E33M60_2249,5E35M61_6253,4E35M48_5258,7E35M60_5268,8E37M49_3278,4E40M50_8295,8E40M47_22321,3E40M47_12329,7
RIL-group 9
lh-9
pfa-9-1
pfa-9-2
pfr-9-1
pfr-9-2
pfr-9-3
psr-9
pgg-9-1
ppn-9-1
ppn-9-2
E41M59_20,0SSL20_24,0
E37M47_2619,4E41M48_629,0
E35M61_445,1
E32M47_160,5E33M48_2569,4
E38M60_1185,6IUB-694,3
E40M62_5114,0E32M49_29125,3E40M50_1133,8E37M47_10142,7E37M47_9146,7E37M61_8152,3E37M47_5160,3E37M61_1169,4E38M48_2178,4ORS128185,1ORS31_1186,2SSL22_1188,0ORS126189,8E41M48_4195,1E32M61_5210,2
RIL-group 8
vg-8 lh-8
lr-8
ppn-8-1
ppn-8-2
E32M49_230,0
E41M62_2511,3
E41M62_725,7
E40M62_837,0
E37M61_1050,5E33M48_2157,6E41M62_3060,8E35M60_169,2E41M59_1082,7E35M60_1890,2E41M48_1395,3ORS31_299,0E33M48_19104,6E33M48_23113,0E35M49_6120,6E35M48_16124,8E35M61_7132,2
RIL-group 6
pfr-6-1
pfr-6-2
psr-6
pgg-6-1
pgg-6-2
ppn-6
E40M47_20,0
E35M61_832,3
E38M50_2252,3E38M50_857,8E33M48_2461,7SSU22766,7SSU123_167,8SSL20_170,3E37M61_474,2E41M50_981,7E32M61_1391,8SSL3397,9E40M62_12105,6E36M59_3117,5E35M61_10123,3E37M47_24130,7SSU6_1136,8E33M62_9147,9E41M48_12156,9E37M61_3164,2E41M62_9171,9E36M59_8183,8E41M62_26192,0E32M49_12205,4
E40M50_6242,9
RIL-group 11
lh-11
E35M60_190,0E38M48_143,1E38M60_126,1E35M48_1810,2E36M59_516,8E32M61_1627,9E32M61_1535,1
RIL-group 18
lr-18
E32M47_90,0
E35M60_2316,8E37M61_928,7E36M59_733,7E41M50_1236,8E38M50_341,5E38M60_1045,6E41M62_2850,5
E40M47_2366,0
E40M47_390,4
E41M50_2103,5E38M50_26112,3E40M62_17121,2
E32M61_2143,1
RIL-group 14
pfr-14
E40M62_200,0E36M59_156,9E41M59_411,2
E35M48_626,0
RIL-group 21
lr-21-2
lr-21-1
E32M61_140,0
E35M48_1318,0E38M50_727,2E41M50_1032,9E35M62_843,5E38M50_549,2E41M62_2152,9E41M48_359,5E40M62_1666,9E36M59_1272,7E41M62_1877,0E41M62_1982,8E33M50_492,7E35M48_7101,8
E38M48_1119,3
E40M47_20155,8
E35M62_5174,2SSL22_2184,9
E33M50_3196,8
E35M48_9212,2SSU139217,7E38M50_21228,6E33M48_3231,1E41M62_23235,7
E41M59_7252,2E41M59_8260,6ORS31_3269,5
RIL-group 15
lh-15
psa-15
psr-15
E33M48_200,0
E40M50_1210,2
E40M62_2524,7E36M59_1833,6E41M50_540,0E40M47_2149,6
RIL-group 12 pfa-12
pfr-12
psa-12
ppn-12
Localisation des QTLs liés aux paramètres de germination et de développement des plantules étudiés sur la carte génétique établie.
Synthèse de résultats
1- Différence significative entre les deux parents pour la résistance partielle au mildiou.
2- Gain génétique chez 10% de lignées recombinantes sélectionnées pour les deux maladies.
3- Héritabilité importante pour la résistance au mildiou et au phoma (0.81 et 0.58 respectivement).
4- Cinq QTLs détectés pour la résistance au mildiou (6.8% < R² < 17.2%) et six QTLs pour la résistance au phoma (9.8% < R² < 25.6%).
a- Résistance aux maladies
1- Différence significative entre les deux parents pour la précocité de floraison, le rendement en graines par plante, le poids de mille grains et la teneur des graines en huile.
2- Gain génétique chez la meilleure lignée recombinante pour tous les caractères exceptées la précocité de floraison et la teneur des graines en huile.
3- Identification de 28 QTLs pour l’ensemble des caractères agronomiques étudiés (5% < R² < 37%), appartenant parfois au même groupe de liaison.
4- Des corrélations significatives entre les caractères.
b- Caractères agronomiques
2- Détection de 39 QTLs impliqués aux paramètres étudiés (6% < R² < 33%).
3- Des QTLs appartenant parfois au même groupe de liaison.
4- Des corrélations significatives entre les paramètres étudiés.
c- Paramètres de germination et de développement des plantules
1- Distribution normale pour les 84 LIRs utilisées et leurs deux parents pour l’ensemble des paramètres étudiés.
E32M49_230,0
E41M62_2511,3
E41M62_725,7
E40M62_837,0
E37M61_1050,5E33M48_2157,6E41M62_3060,8E35M60_169,2E41M59_1082,7E35M60_1890,2E41M48_1395,3ORS31_299,0E33M48_19104,6E33M48_23113,0E35M49_6120,6E35M48_16124,8E35M61_7132,2
RIL-group 6
pfr-6-1
pfr-6-2psr-6
pgg-6-1
pgg-6-2
ppn-6 rgp-6 pmg-6
E35M60_60,0
E40M59_1311,0
E40M47_1040,3E32M49_355,2E38M50_1859,8E33M62_665,8E38M60_972,5E40M50_280,5E41M48_1184,3E41M50_1386,2E33M48_889,8E32M49_191,5E40M50_1095,4E37M47_25110,1
E37M61_5130,5SSU129_2134,9SSU129_1140,2E35M62_13145,6SSU123_2151,7E33M48_15154,5E40M59_11165,9
RIL-group 1
vg-1 rph-1-1
rph-1-2
E41M62_60,0E38M50_916,2E33M60_822,6E37M47_831,5E35M49_436,2E35M62_1241,1E40M59_744,8E40M59_1247,2
E41M62_1267,5
E38M60_382,5E38M50_1687,9E40M50_1394,2E40M59_6100,0E40M59_5108,1E35M62_1114,9E32M49_28123,9E41M62_24130,3E41M59_3139,8
E40M62_11154,3E40M62_10161,2
RIL-group 7
pfr-7
rph-7
E32M49_80,0ORS534,9E32M61_1016,2E33M62_1121,8E33M60_326,7E35M60_1131,3E40M62_440,1E40M50_1549,6E33M48_1654,2E33M48_256,9E37M47_1562,3E38M48_367,6E40M50_1878,7
E40M62_1993,4
E35M61_3104,9
E32M47_10132,0
RIL-group 3
psa-3-1
psa-3-2
pgg-3
rph-3
rm-3
E33M50_20,0E38M50_28,7E32M49_1113,8E35M48_119,5E38M60_822,3E41M62_2926,6E33M60_730,1E33M48_135,0E36M59_1436,1E35M60_1038,4E40M62_2143,0E40M62_149,0E35M60_2261,8E35M49_971,0E38M50_187,1
E38M60_7114,3
RIL-group 4
pf-4
lt-4-1
lt-4-2
dt-4-2 dt-4-1
dc-4rgp-4
pmg-4
rph-4
E33M48_260,0
E35M48_1717,5
SSL66_131,3
E32M49_2444,7E32M49_1951,9E32M49_3356,5
E41M62_1168,3
E40M50_5105,0E40M59_3119,0E40M59_9123,5E32M49_21126,4E41M48_2132,2E35M49_5138,2E33M60_1146,8
E32M47_14161,2
E38M60_13181,7
RIL-group 5
lh-5 rm-5
RHA-266PAC-2
E33M48_200,0
E40M50_1210,2
E40M62_2524,7E36M59_1833,6E41M50_540,0E40M47_2149,6
RIL-group 12
pfa-12
pfr-12
psa-12
ppn-12
E41M59_20,0SSL20_24,0
E37M47_2619,4E41M48_629,0
E35M61_445,1
E32M47_160,5E33M48_2569,4
E38M60_1185,6IUB-694,3
E40M62_5114,0E32M49_29125,3E40M50_1133,8E37M47_10142,7E37M47_9146,7E37M61_8152,3E37M47_5160,3E37M61_1169,4E38M48_2178,4ORS128185,1ORS31_1186,2SSL22_1188,0ORS126189,8E41M48_4195,1E32M61_5210,2
RIL-group 8
vg-8lh-8
lr-8
ppn-8-1
ppn-8-2
dt-8
th-8
rph-8-3
rph-8-1
rph-8-2
rm-8-2
rm-8-1
E40M50_90,0E35M61_29,9
E38M50_424,0E38M48_628,8E37M47_1640,8E38M50_646,6
E40M62_1460,7E40M62_1364,5E33M48_2276,7E37M47_2285,0E37M49_690,7E40M59_8102,5E32M61_9114,6E35M60_16121,6SSU62127,4SSU100129,0SSU41132,9
E32M49_26148,0E40M50_14153,2
E35M49_7176,3
RIL-group 13
th-13
rph-13
rm-13
E40M47_20,0
E35M61_832,3
E38M50_2252,3E38M50_857,8E33M48_2461,7SSU22766,7SSU123_167,8SSL20_170,3E37M61_474,2E41M50_981,7E32M61_1391,8SSL3397,9E40M62_12105,6E36M59_3117,5E35M61_10123,3E37M47_24130,7SSU6_1136,8E33M62_9147,9E41M48_12156,9E37M61_3164,2E41M62_9171,9E36M59_8183,8E41M62_26192,0E32M49_12205,4
E40M50_6242,9
RIL-group 11
lt-11-1
lt-11-2
th-11
lh-11
E40M50_110,0E33M62_712,8E35M60_729,6SSL4946,6SSL352,4SSL66_257,9E35M61_959,6E41M59_1179,5E32M49_3287,2E35M62_497,2E35M61_11104,1E35M62_9109,8E32M49_34112,8E41M59_9114,7E41M50_3116,0E35M61_12118,1E41M50_4120,4E41M50_7123,1E40M50_16127,6E40M62_24133,6E40M62_15139,2E40M62_2145,1E37M61_6156,0E32M61_7163,9E36M59_2170,7E37M47_2174,7E35M60_13179,1E35M60_12183,2E35M60_20185,9E37M49_5191,1E36M59_6196,0E35M48_8205,0E41M62_1211,7E37M49_4218,1E32M49_30222,5E32M49_17224,9E37M47_4228,9E35M62_3232,5E41M59_1234,1E33M50_1237,5E41M59_6239,6ORS78240,7E35M62_7242,3E32M49_35244,8E33M60_2249,5E35M61_6253,4E35M48_5258,7E35M60_5268,8E37M49_3278,4E40M50_8295,8E40M47_22321,3E40M47_12329,7
RIL-group 9
lh-9
pfa-9-1
pfa-9-2
pfr-9-1
pfr-9-2
pfr-9-3
psr-9
pgg-9
ppn-9-1
ppn-9-2 rph-9
rgp-9pmg-9 pf-9
dc-9
RHA-266PAC-2
E35M60_190,0E38M48_143,1E38M60_126,1E35M48_1810,2E36M59_516,8E32M61_1627,9E32M61_1535,1
RIL-group 18
lr-18
dc-18
E32M49_270,0ORS811,4E35M60_1718,9SSU22323,1SSU2525,2E35M61_533,8E38M60_238,1
RIL-group 19
dc-19 lr-21-2
lr-21-1 th-21 E40M62_200,0E36M59_156,9E41M59_411,2
E35M48_626,0
RIL-group 21
rgp-21
E32M61_140,0
E35M48_1318,0E38M50_727,2E41M50_1032,9E35M62_843,5E38M50_549,2E41M62_2152,9E41M48_359,5E40M62_1666,9E36M59_1272,7E41M62_1877,0E41M62_1982,8E33M50_492,7E35M48_7101,8
E38M48_1119,3
E40M47_20155,8
E35M62_5174,2SSL22_2184,9E33M50_3196,8
E35M48_9212,2SSU139217,7E38M50_21228,6E33M48_3231,1E41M62_23235,7
E41M59_7252,2E41M59_8260,6ORS31_3269,5
RIL-group 15
lh-15
psa-15
psr-15
lt-15
dt-15
rph-15rm-15
E32M47_20,0
E40M62_720,5E37M61_230,1E37M61_739,1E35M62_1146,7SSL3050,0E33M48_553,4E38M48_1058,5E38M48_962,3E38M48_872,6E33M48_1881,0E36M59_1387,6E37M47_1993,4E41M48_797,0E41M48_9110,5
E38M48_12126,0
E41M48_8141,2E33M48_14144,9E37M47_3154,3
RIL-group 17
rm-17-1
rm-17-2
rm-17-3
E32M47_90,0
E35M60_2316,8E37M61_928,7E36M59_733,7E41M50_1236,8E38M50_341,5E38M60_1045,6E41M62_2850,5
E40M47_2366,0
E40M47_390,4
E41M50_2103,5E38M50_26112,3E40M62_17121,2
E32M61_2143,1
RIL-group 14
pf-14
dc-14
pfr-14
Localisation des QTLs liés à l'ensemble des caractères étudiés sur la carte génétique établie.
RHA-266PAC-2
LIR
C81
C91
C138
LR64
LR67
-
-
+
+
+
-
+
+
-
-
+
+
+
-
-
+
+
-
+
+
Phénotypes et génotypes des LIRs
rph-15 rm-15 psr-15 dt-15lh-15
P
P
R
R
R
Allèle
Groupe 15
RHA266
PAC2
C138LR64 et LR67C81 et C91
Indéfini
LIR
C37
C54
C91
C84
C142
LR19
-
-
-
+
+
+
-
-
-
+
+
+
-
+
+
+
+
-
+
+
Phénotypes et génotypes des LIRs
rgp-9 pmg-9 pf-9lh-9
P
P
P
R
R
R
Allèle
RHA266
PAC2
Groupe 9
C37C54 et C91
C84C142 et LR19
Indéfini
Ten.Hui.
th-8LIRE41592 SSL20_2
th-11SSL20_1 SSU100
th-13SSU41
th-21E406220
C37
C120
C84
LR46
C115
C101
29.84
33.18
33.58
34.67
45.42
45.66
R
R
R
R
P
P
R
R
R
R
P
P
P
P
P
P
R
R
P
P
P
P
-
R
P
P
P
P
R
R
P
P
-
P
-
-
Phénotypes et génotypes des LIRs riches et pauvres en huile
PAC2: 37.73RHA266: 44.38
LIRs pauvres
en huileLIRs riches
en huileLIRs pauvres
en huileLIRs riches
en huile
Groupe 11Groupe 8
RHA266
PAC2
Indéfini
LIRs pauvres
en huileLIRs riches
en huileLIRs pauvres
en huileLIRs riches
en huile
Groupe 21Groupe 13
RHA266
PAC2
Indéfini
E40M62_180,0
E33M50_612,8
E35M48_322,1
ORS528,8
E41M50_631,3
E32M49_234,4
E35M60_2138,8
E32M49_547,5
E35M48_1060,9
E41M50_1168,9
SSL2773,4
E41M62_478,6
E38M50_1584,8
E36M59_990,9
E38M50_17104,2
E38M50_24105,3
RIL-group 2
ORS5 61.5
E32M49_230,0
E41M62_2511,3
E41M62_725,7
E40M62_837,0
E37M61_1050,5E33M48_2157,6E41M62_3060,8E35M60_169,2E41M59_1082,7E35M60_1890,2E41M48_1395,3ORS31_299,0E33M48_19104,6E33M48_23113,0E35M49_6120,6E35M48_16124,8E35M61_7132,2
RIL-group 6
E41M59_20,0SSL20_24,0
E37M47_2619,4E41M48_629,0
E35M61_445,1
E32M47_160,5E33M48_2569,4
E38M60_1185,6IUB-694,3
E40M62_5114,0E32M49_29125,3E40M50_1133,8E37M47_10142,7E37M47_9146,7E37M61_8152,3E37M47_5160,3E37M61_1169,4E38M48_2178,4ORS128185,1ORS31_1186,2SSL22_1188,0ORS126189,8E41M48_4195,1E32M61_5210,2
RIL-group 816
ORS31 16.1
ORS 310 ORS 126 13.2 CRT22-16
ORS1017 13.8
E40M50_110,0E33M62_712,8E35M60_729,6SSL4946,6SSL352,4SSL66_257,9E35M61_959,6E41M59_1179,5E32M49_3287,2E35M62_497,2E35M61_11104,1E35M62_9109,8E32M49_34112,8E41M59_9114,7E41M50_3116,0E35M61_12118,1E41M50_4120,4E41M50_7123,1E40M50_16127,6E40M62_24133,6E40M62_15139,2E40M62_2145,1E37M61_6156,0E32M61_7163,9E36M59_2170,7E37M47_2174,7E35M60_13179,1E35M60_12183,2E35M60_20185,9E37M49_5191,1E36M59_6196,0E35M48_8205,0E41M62_1211,7E37M49_4218,1E32M49_30222,5E32M49_17224,9E37M47_4228,9E35M62_3232,5E41M59_1234,1E33M50_1237,5E41M59_6239,6ORS78240,7E35M62_7242,3E32M49_35244,8E33M60_2249,5E35M61_6253,4E35M48_5258,7E35M60_5268,8E37M49_3278,4E40M50_8295,8E40M47_22321,3E40M47_12329,7
RIL-group 9 10
ORS78 59.9ORS591
ORS78240,7
E32M49_270,0
ORS811,4
E35M60_1718,9
SSU22323,1
SSU2525,2
E35M61_533,8
E38M60_238,1
RIL-group 19 15
ORS7 8.8ORS8
Conclusions
2- Identification de QTLs contrôlant différents caractères et liés positivement aux même marqueurs.
3- Détections de liaisons défavorables entre différents caractères.
4- Existence de cinq marqueurs SSRs communs avec les cartes présentées par (Tang et al., 2002) et (Yu et al., 2003).
1- Détection de 10 QTLs liés à différents marqueurs SSRs
Perspectives
1- Etablissement d’une carte génétique dense par l’intégration des résultats de cartographie de différentes populations.
2- Recherche de QTLs sur cette carte et réalisation des croisements entre LIRs.
3- Sélection assistée par marqueurs pour des caractères ayant des QTLs liés aux marqueurs SSRs.
Merci à tout le personnel et tous les étudiants du BAP …
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