Post on 21-Mar-2016
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Réseau IGEC (GAP – EA – MIA)
Arnaud GAUFFRETEAUCéline RICHARD-MOLLARD
Pierre ROUMETHervé MONOD
Le 01/04/2009 à Paris
Informations préalables sur le réseau
Petit historiqueLa lettre de mission
Le réseau IGEC : historique rapide• Réseau IGE (A. Charcosset & F. Tardieu) :
– Objectif réflectif : apporter des réponses à des questions ponctuelles des départements et de la DS sur la thématique des IGE ;
– Moyens/Animation : petits groupes d’experts réunis autours d’une question précise.
→Structuration des actions de recherche sur la thématique des IGE
→Identification des besoins / Recrutements concertés→Rédaction de la lettre de mission du réseau actuel
• Réseau IGEC (31/01/2008) : Objectif d’animation (technique et scientifique) autours de la thématique des IGEC.
Les missions du réseau (lettre de mission)
• Phénotypage à moyen et haut débit (échelle plante)– Identification des besoins (outils informatiques, MO…)– Mutualisation méthodologique (nouveaux concepts…)
• Caractérisation et valorisation des IGEC (échelle parcelle)– Structuration des données expérimentales– Caractérisation environnementale– Intérêts et limites de modèles stat et écophysio pour analyser les
essais variétaux– Extrapolation des résultats dans des milieux virtuels
• Développement de BDD et d’outils statistiques et bioinformatiques permettant d’analyser et de caractériser les IGEC
Les résultats de l’enquête préliminaire
Mise en marche du réseau :Identification des membres, leurs
opinions, leurs attentes
L’enquête préliminaireDescription des répondants
• 32 réponses ~ 50 personnes
• Localisation géographiqueToulouse, Montpellier, Avignon, Bordeaux, Lusignan, Clermont-Ferrand, Angers-Nantes, Dijon, Versailles-Grignon, Le Moulon, Nancy, Lille-Mons.
• Espèces étudiéesgrandes cultures (blé, maïs, pois, tournesol et colza)Espèces modèles (Arabidopsis Thaliana et Medicago Truncatula)Arbres fruitiers (vigne, pêcher et pommier)Plantes d’ornement (rosier, hydrangea et Mandevilla) Espèces fourragères
MIA GAP EA6% 47% 47%
L’enquête préliminaireDescription des répondants
• Echelles d’étude génétiqueGénotypage : 37% (moyen & haut débit)
• Echelle d’étude phénotypique
Phénotypage : 73% (faible & moyen débit)
• niveau de complexification pour le milieu
Gène QTL Génome entier population
34% 48% 38% 10%
cellule organe plante population/parcelle paysage
13% 57% 77% 67% 3%
A : Faible
A-BB :
MoyenB-C
C : Elevé
A-B-CPas de
réponse10% 30% 23% 13% 0% 13% 10%
L’enquête préliminaireLes attentes vis-à-vis du réseau
Actions prioritaires du réseau
Améliorer la connaissance mutuelle des équipes de recherche travaillant sur les IGEC (carnet d’adresses, programmes scientifiques, principaux résultats)
45 – 59 %
Favoriser / Faciliter les échanges (outils, expérience, concepts, modèles, méthodes…) 38 – 86 %
Elaborer des procédures concertées, des protocoles communs pour les expérimentations menées à l’INRA
0 – 10 %
Construire une offre de recherche coordonnée (identifier des thèmes de recherche porteurs, faciliter le montage de projets en commun…)
38 – 52 %
Travailler sur le développement de bases de données par espèce 10 – 28 %
Problème de visibilité
Manque d’animation
Cette action ne découle-t-elle pas
des autres?
Demande forte des UE
Action structurante pour les départements
L’enquête préliminaireLes attentes vis-à-vis du réseau
Forme d’organisation/d’animation du réseauRéunions périodiques organisées autour de thèmes ayant suscité l’intérêt 62 – 79 %
Mise en place de formations (école chercheur, formations formelles) 38 – 62 %
Réalisation de pages web informatives et contributives (projets en cours, à venir, modèles, méthodes, outils, …)
3 – 28 %
Liste de diffusion par email pour échanger questions, idées, demandes et propositions 21 – 38 %
Préférence aux rencontres physiques nécessaires à la vie
du réseau
Liste de diffusion : +facile à mettre en place et circulation rapide de l’information- Risque d’encombrement des boitesSite internet : + visible par tous et stockage de l’information : meilleure lisibilité- Main d’œuvre nécessaire
Echanges informatique en
complément
L’enquête préliminaireLes attentes vis-à-vis du réseau
Améliorer la Visibilité
95% des personnes ayant donné leur opinion pensent que la visibilité des recherches réalisées au sein de l’INRA sur l’analyse et la modélisation des IGEC est insuffisante
Comment recenser les recherches passés et en cours sur l’analyse et la modélisation des IGEC ?Recensement exhaustif et mise à jour difficileDescription fine des actions et études des chercheurs impliqués dans le réseau IGEC basée sur l’enquête? Nécessité d’élargir le réseau à d’autre départements ?Comment les rendre visible ?Site internet pour le réseau IGEC ?
L’enquête préliminaireLes attentes vis-à-vis du réseau
Thèmes à aborder dans le cadre du réseau
Le phénotypage à moyen et haut débit : Les différents concepts, les outils disponibles / en cours de développement
52 – 62 %
Méthodes, concepts et outils statistiques et éco-physiologiques pour analyser l’IGEC 55 – 66 %
Utilisation de modèle pour prévoir le comportement des variétés dans des milieux virtuels
52 – 62 %
Méthodes, concepts et outils pour caractériser le milieu de culture 21 – 31 %
Place des disciplines en « omique » dans l’analyse des IGEC 31– 31 %
Spécificité / généricité dans les IGEC et place des espèces modèles 28– 31 %
On se situe plus dans l’action
« Besoin d’outils pour
agir/produire »
Le milieu de culture semble poser moins de
problème de caractérisation
Les axes de travail du réseau
Définition des axesOrganisation du travail
Animation
Les axes de travail du réseauDépartement vs utilisateurs
DépartementsAxe BdD : Nécessité d’un outil de base de données commun pour faciliter les échanges entre unités travaillant sur la thématique des IGEC.
Axe UE : Valoriser la richesse humaine et environnementale des UE pour l’analyse des IGEC.
Axe « modèles et modélisation » : Mutualiser les méthodologies/modèles disponibles pour analyser les IGEC et former les chercheurs à l’utilisation de ces outils.
UtilisateursAxe caractérisation du milieu : nécessité de caractériser finement le milieu de culture à l’échelle de l’essai et du réseau d’essaiAxe phénotypage : mettre en place des outils pour aller plus vite et harmoniser les protocoles de mesureAxe analyse et modélisation : les méthodes les mieux adaptées pour passer des données recueillies à de la connaissance et éventuellement de la prédictionAxe changement d’échelle : Comment intégrer des résultats obtenus à des échelles et des niveaux d’organisation variés?
Axe Bases de donnéesEphesis : notre projet structurant – Stockage dans une BdD nationale de données
phénotypiques, génétiques et environnementales acquises localement pour faciliter l’étude des IGEC
– Informaticien : Cyril Pommier (Versailles)– Manque de visibilité du projet– Multiplication des projets de BdD plus ou moins localement– Le réseau doit communiquer sur Ephesis de manière à éviter
les redondances et faire coexister les projets de base de données pertinents en maximisant leur compatibilité
– Présentation du 18/06/2009– Site internet
Axe phénotypage et caractérisation du milieu / UE
• Travail sur la CARACTERISATION:– Des milieux : conditions de culture explorées localement
(essai) et globalement (réseau d’essais)– Des génotypes au sein des essais : phénotypage moyen et
haut débit
• Qui consiste à mettre au point et à partager des protocoles, des outils et des méthodes adaptés aux contraintes des essais et aux objectifs des chercheurs
• Les éléments structurants : • Le travail de Marie-Noël Mistou sur la caractérisation des milieux sur le
réseau des UE de EA et GAP• Travaux de recherche sur l’approche proxi-détection• Plateformes de phénotypage (Diaphen, PhenoArche …)
Organisation du travail
UE utilisatrices des protocoles, outils et
méthodologies mises au point
→ Test à grande échelle→Acquisition de
compétences nouvelles→ Homogénéisation
des mesures réalisées
Cercle 1 Cercle 2
Retours sur les outilsAdaptation des
protocoles…
Transmissiondes méthodes
Formation aux outils…
Journées d’échanges
A définir (En partenariat avec Marie-Noël Mistou)
→ Production et mise à disposition de protocoles,
d’outils et de méthodologies
Quelques UEPlateformes de phénotypage
U(M)R - RéseauxCaractérisation des milieu
Phénotypage
Axe statistique,modèles et modélisation
• Actions encore à définir:• réunions périodiques sur ce thème?• identifier un animateur et des correspondants
pour cet axe • préciser les besoins et attentes: support méthodo,
échanges, montage de collaborations bio-maths applis?
• établir des liens avec d’autres actions sur la modélisation, ex: record
Axe changement d’échelle
• Pas d’action concrètes actuellement pour cet axe• Faire un groupe de travail sur cette thématique ?• Présentation du 18/06/2009
Conclusion
Ambitions du réseauPoints à discuter
Nos ambitions• A court terme (1 an):
– améliorer la connaissance et les échanges entre équipes: inter-départt, inter-discipline, inter-espèces
– quelques actions volontaristes plus ciblées:– sur les bases de données– sur l’axe « modélisation »– Sur la caractérisation des UE– …
• A moyen terme:– favoriser/accompagner des constructions de projets
de recherche intégrateurs• Pour cela: besoin de répondant
Les questions à discuter
• Les axes vous conviennent-ils ?(BdD, Caractérisation des milieux et phénotypage (UE), Statistiques, modèles et modélisation,Changement d’échelle ?)
Réintégration de l’axe « changement d’échelle » dans Statistique, modèle et modélisation?
Les questions à discuter
• Le mode de fonctionnement vous semble-t-il approprié ?BdD : Autour du travail de CyrilUE : Autour du travail de Marie-Noël, des avancées sur le phénotypage (proxi-détection…), des plateformes de phénotypage existantes ou en projet (milieu contrôlé ou pas?)Modèles et modélisation : mise en place d’un sous-réseau ? Qui l’anime ? Comment l’animer ? Changement d’échelle ?
Les questions à discuter
• Comment améliorer la visibilité pour faciliter les échanges
Mise en place d’une liste de diffusion ?Mise en place d’un site internet qui référencera l’ensemble des avancées du réseau ?Mettre un descriptif des travaux de chaque membre du réseau sur le site (en se basant sur l’enquête)→ Implique que les membres répondent à l’enquête !