Post on 03-Apr-2015
Marqueurs moléculaires pour les études génétiques et taxonomiques
chez les végétaux
Spécificité des études génétiques chez
les plantes • Hermaphrodisme (fréquent)
• Clonage possible (bouturage, greffage, in vitro, etc…)
• Croisements interspécifiques fréquents
• Systèmes d’auto-incompatibilité
• Dispersion du pollen, flux de gènes sauvage/cultivé
• Chez les plantes pérennes (arbre, vigne) Longueur des périodes juvéniles, des générations, des programmes d’hybridation
Identification variétale
à l’aide de microsatellites chez
les pêchers et les cerisiers
Etude du polymorphisme et calcul du pouvoir discriminant
PD No. d’alleles PD No. d’alleles PD No. d’alleles PD
BPPCT 001BPPCT 002BPPCT 004BPPCT 005BPPCT 006 BPPCT 007BPPCT 008BPPCT 009BPPCT 010BPPCT 011BPPCT 012BPPCT 013BPPCT 014BPPCT 015BPPCT 016BPPCT 017BPPCT 018BPPCT 019BPPCT 020BPPCT 021BPPCT 022BPPCT 023BPPCT 024BPPCT 025BPPCT 026BPPCT 027BPPCT 028
BPPCT 001
BPPCT 004
BPPCT 007
BPPCT 011
BPPCT 015
BPPCT 018BPPCT 019
BPPCT 022
BPPCT 025BPPCT 026
BPPCT 028
8531648
m.p.242
m.p.49453
m.p.4
m.p.4539323
8
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m.p.242
m.p.49453
m.p.
m.p.4539323
0.850.270.400.000.660.730.69
-0.260.660.27
-0.670.890.730.760.76
-0.78
-0.490.670.210.700.690.070.58
0.270.400.000.660.730.69
-0.260.660.27
-0.670.890.730.760.76
-0.78
-0.490.670.210.700.690.070.58
N42612
m.p.m.p.
2N4
m.p.3
m.p.N11
m.p.N
m.p.1N1N613
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m.p.m.p.
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m.p.N
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N0.710.570.790.000.48
--
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0.64-
0.6-N
0.000.00
-N-
0.00N
0.00N
0.850.000.63
N0.710.57
0.00
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-0.6-N
0.000.00
-N-
0.00N
0.00N
0.850.000.63
Pêcher CerisierNo. d’alleles
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190
180
170
160
150
140
BPPCT 028
PêcherPrunier Myrobolan
Merisier Cerisier
Amandier x pêcher
(UDP96018)
(UDP98022)
(UDP98406)(UDP98410)
(UDP98416)
(UDP96010)
(UDP98415)
(UDP96015)
(PS12e2)
Carte de référence Prunus : Amandier ‘Texas ‘ x pêcher ‘Earlygold’
Cartographie des microsatellites
Résultats : Pêcher
UDP 98022 70.821CPPCT 029 60.691
BPPCT 001 90.852UDP 98025 50.812
BPPCT 007 70.733CPPCT 002 20.633
BPPCT 015 130.894CPPCT 005 40.774
BPPCT 038 100.755BPPCT 017 80.765
BPPCT 025 100.706UDP 98407 60.826
CPPCT 017 60.697UDP 98408 20.607
UDP 96015 80.828
Nbr d'allelePDchr
BPPCT 006 80.668
Total 111
7 BPPCT4 CPPCT5 UDP
Sélection des microsatellites pour le pêcher
• 283 variétés (12 variétés en commun : INRA, Ctifl, IRTA)- 4 variétés de référence ( Redhaven, Fantasia, Snow Queen,Julie)- 3 prélèvements sur le même arbre pour 3 variétés- 2 arbres différents pour 3 variétés
Résultats : Pêcher
• Résultats sur 68 variétés analysées avec les 16 microsatellites (111 allèles)
toutes distinguées avec seulement 6 microsatellites (46 allèles)
BPPCT001, BPPCT015, BPPCT017, BPPCT025UDP98025, UDP98407
BPPCT025
BPPCT001
Pêchers
Pratt's Compact Redhaven
Bradember Summergrand
Zairupe Andrus
Esja Fantasia
Flavortop Ferjalou Fuzador
Harko Valandine
Clio Redhaven
Snow Queen Anita
Zainara Minastar
Nectared 9 RoyalGold
Julie Zaifer
Babiole Fairhaven Michelini
Summergold 783
Flavorcrest Ferradine
Harbrite Harken
Grabelle Redtop
Maygold Sibelle
Symphonie Sundance
Desertgold Nectarine Cerise
Semis de roussanne Millecoton de la toussaint
Tardive du mont d‘or Klamt
Merriam Baladin
Madame Guilloux Sanguine vineuse
Belle impériale Incomparable Guilloux
Madame Gired Senateur Cazeneuve
Charles Roux Madeleine Blanche
Galande Belle de Montelimar
Angevine rouge Royale de Barsac
Tardive valla Colomba
Robin Genadix 7
Amsden Meystar
Esgin Sensation
Granbo Babygold 5
Nemared
Coefficient de similarité
0.03 0.30 0.56 0.83 1.09
68 PECHERS 16 microsatellites111 allèlesNei UPGMA
Brugnon jaune
Pavie jaune
Pêche blanche
Pêche jaune
Pêche rouge
Nectarine blanche
Nectarine jaune
obtenus à partir des 283 variétés, analysées avec les 6 microsatellites distinguant les 68 variétés : BPPCT-001, -015, -017, -025 ; UDP98-025, -407
Résultats
▶ Mêmes profils obtenus pour les 12 variétés analysées indépendamment à l’INRA et au Ctifl
▶ 268 (95%) sont distinguées les unes des autres
•Mutants distingués: Redhaven , Compact Redhaven et Clio
▶ 15 variétés non distinguées:
•6 groupes de 2, 1 groupe de 3 et un groupe de 5
•Mutants non distingués:
-Royal Gold, Springtime
-Summer Lady, Mercil O. Henry, Snow Queen
▶ Analyse des 6 microsatellites sur l’ensemble des variétés
▶ Discrimination des variétés non distinguées par des microsatellites supplémentaires parmi les 10 microsatellites sélectionnés restant
⇒Jusqu’à leur distinction
▶ Base de données
Microsatellite 1 Microsatellite n
Variété 1 Taille allèle 1Taille allèle 2
Taille allele1Taille allele2
Variété 2 Taille allèle 1Taille allèle 2
Taille allele1Taille allele2
Variété n Taille allèle 1Taille allele 2
Taille allele1Taille allele2
Résultats
Mise en place d’une stratégie pour l’identification des variétés de Pêcher