UER Microbiologie Générale 2

Corinne ARPIN

LABORATOIRE MICROBIOLOGIE FONDAMENTALE ET

PATHOGENICITE

Université Bordeaux / UMR-CNRS 5234

Initiation à l’analyse d’article

scientifique

UER Microbiologie Générale 2

Partie 1 : ThéorieI – Recherche d’articles sur PUBMED II – Bibliométrie

Impact factor, nombre de citations, index H, Ordre des auteurs, ‘’corresponding’’ auteurs

III – Comment rédiger un article scientifique

IV – Comment présenter à l’oral un article scientifique

Partie 2 : Exemple d’une analyse d’article

Initiation à l’analyse d’article

Exemples de bases de données scientifiques

I – Recherche d’articles sur PUBMED

I – Recherche d’articles sur PUBMED

La plus utilisée en biologie/santé :

PubMed : 30 millions de citations (2021)

Avantages :

- Informations validées d’un point de vue scientifique

(Reviewers, Editor)

- Information indexée => bons ‘’mots-clefs’’

- Vocabulaire ‘’contrôlé’’ : MeSH (Medical Subject Heading =

dictionnaire en ligne)

MOTEUR DE RECHERCHE : PubMed

Saisie des termes de la

recherche (anglais)

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/

MOT CLEF recherche trop vaste

Certaines publications ont des fichiers additionnels (‘’supplemental data’’ / information) : lien indiqué au début ou à la fin (dans le text : souvent noté S)

II – Bibliométrie

La bibliométrie : largement utilisée dans de nombreuses disciplines pour

l'évaluation des individus ou des institutions.

L'outil bibliométrique = simplicité d'utilisation

Mais ne remplace pas : l'évaluation qualitative par les pairs

Les principaux indicateurs à partir de bases de données :

Ceux qui classent un journal = facteur d’impact

Ceux qui se rapportent aux citations des articles (H index,

auteur)

Evaluation d’un article scientifiqueCalcul de l’impact factor (facteur d’impact) d’une revue scientifique

Le facteur d'impact (ou IF pour impact factor) est calculé sur une période de trois ans.

Ex : IF de 2019, disponible en Juin 2020.

Exemple, IF de 2019 de la revue ‘’NATURE’’ :

IF2019 ‘’Nature’’ = Nb de citations pour les années n-2 (2017) + n-1 (2018)

Nb total d’articles publiés pour les années n-2 (2017) + n-1 (2018)

• ISI Web of Knowledge est une base de données bibliographiques en ligne fournie par l'Institute for Scientific Information (ISI).

• Elle permet l'accès à de nombreuses bases de données et ressources : Web of Science (dont Science Citation Index (SCI), ISI Proceedings, Current Contents Connect, Medline, ISI Essential Science Indicators, …

• Sciences de la vie : ISI ne comptabilise que les articles originaux.

• ISI Web of Knowledge est utilisée par des institutions telles que les universités et les départements de recherches de grandes entreprises.

Page d’accueil du journal (dernier IF et son classement dans la discipline)

Journal citation report (JCR) fourni par ISI Web of knowledge

Où trouver les IF d’une revue scientifique

Evaluation d’un article scientifique

IF2020 = Editée en juin 2021

http://fr.wikipedia.org/wiki/Institute_for_Scientific_Information

http://fr.wikipedia.org/wiki/Web_of_Science

http://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Science_Citation_Index&action=edit&redlink=1

http://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=ISI_Proceedings&action=edit&redlink=1

http://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Current_Contents&action=edit&redlink=1

http://fr.wikipedia.org/wiki/Medline

http://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=ISI_Essential_Science_Indicators&action=edit&redlink=1

https://impactfactorforjournal.com/journal-impact-factor-list-2019/

Publications dans journaux avec IF élevé = fonction de la nouveauté et l’importance scientifique impliquant une percée conceptuelle Nature = Journal + généraliste intéresse une communauté scientifique plus large => plus de citations

Différentes catégories (3 à 5 selon les comités d’évaluation) :IF < 1 : très moyen 3>IF<5 : bon1>IF<3 : moyen 5>IF<10 : très bon

IF > 10 : excellent

• Certaines disciplines plus spécifiques : journaux mieux ‘’côtés’’ que d’autres (ex : immunologie >>> Pharmacologie)

• Autres index du journal (Moins utilisé) :• Immediacy index (indice ‘’d'immédiateté’’) d’un journal (nb de citations /nb d’articles de l’année en cours

• Cited half-life (½ vie) : temps au bout duquel la moitié (ou >) des articles ne sera plus cités

Valeur de l’impact facteur d’une revue scientifique

*corresponding author

L’ordre des auteurs

1, 2, et dernier auteurs +++

Evaluation des auteurs de publication

Signature des publications et l’identité

numérique = rôle important dans l’analyse

et l’observation de l’activité scientifique

Calcul de l’index h :

Nb d’articles publiés avec un nb de citations au moins

égal au Nb d’articles publiés

=> Un chercheur a un indice de h a publié n articles qui

ont été cités h fois

Index h : évaluation d’un auteur de la publication


Scopus ou Web of Science

Scopus



ORCID, Open Researcher and Contributor ID,

Les différentes sections d’un article scientifique (‘’full paper’’)

Choix de la revue selon l’originalité des données et résultats : incombe à l’auteur/aux auteursAvant de rédiger : lire attentivement la Note aux auteurs de la revue choisie

Certains articles : Mixte Résultats et discussion


Différent types d’articles : voir sur PUBMED (Limits)Revue, cas cliniques, Note, ‘’brief report’’ ; lettre à l’éditeur …

INTRODUCTION

MATERIEL ET METHODES

RESULTATS

and

DISCUSSION

INTRODUCTION

Elle comprend en général trois parties

Première partie : aspect général du sujet

Deuxième partie : aspect particulier du problème

Troisième partie : but du travail

Cette troisième partie = importante (phrases clefs).

Elle pose une question qui doit appeler une réponse.

Cette phrase peut servir à bâtir le résumé


MATERIEL ET METHODES

Savoir identifier quel est le ‘’matériel ‘’ de l’étude (souches, malades…)

Bien comprendre les méthodes utilisées Sont-elles bien cohérentes avec les résultats obtenus?


RESULTATS

Section = que des résultats

+ tableaux et/ou figures : adéquation avec les résultats ?

Cohérence avec le but du travail, méthodes utilisées ?

Objectivité et critique des résultats


Construction => réponse à plusieurs objectifs :

1/ Répondre à la question posée2/ Qualité du travail et la validité des résultats3/ Comparer les résultats avec ceux de la littérature et montrer l’originalité de l’étude

DISCUSSION

CONCLUSION GENERALERésumé des principaux résultats obtenus (avec éventuellement) des perspectives


REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUESStyle différent selon journal (voir note aux auteurs)Adaptées à l’étude

(logiciel gratuit zotero pour formater la biblio dans un texte, relier au logiciel de traitement de texte Word)


+ AUTRES (remerciements, conflits d’intérêt …)

EN DERNIER :

TITRE : doit être informatif et représenté le contenu de l’articleCaractère informatif, bons mots-clés

RESUMEEn général 150 à 250 mots maxClarté, concision, expliqué clairement le

contenu de l’étude


IV – Présentation orale d’un article scientifique

Ne pas dépasser le temps : si 20 min = ~ 20 diapos

Adapter le vocabulaire et la présentation à l’auditoire

Faire des diapos claires (pas de phrases, mots-clefs =

fil conducteur)

Taille des caractères assez grande (min = 18)

Pas trop d’abréviations (sauf si connues, ex ADN, PCR …)

Si possible : données sous forme de figures ou tableaux

=> plus synthétique

4.1 - Quelques rappels de base :

Nb de diapositives

Contenu de la diapo Commentaires

1 Titre, auteur

1 à 3 Introductionou Contexte de l’étude

Rappels des données de base pour bien comprendre l’étude

1 But du sujet Clairement énoncé

Mat et Méth

Matériel

Méthodes

Peut se faire sous forme de tableau

Sous forme de tableaux, schémas, figures, si possible.

Ex : différentes souches et/ou caractéristiques de patients…

Une ou 2 Méthodes ‘’clefs’’ de l’article peu(ven)t être plus détaillée(s).

4.2 - Quelques éléments de structuration :

Suite

Résultats et conclusions

Textes, mais si possible tableaux, figures

Si différents de ceux donnés dans la publi, avec effort de simplification ou au contraire de précision = +++

Discussion Brève, nécessite une connaissance approfondie du sujet

Conclusion générale

Rappels des principales conclusions de l’article

Critiques de l’article

Pas nécessaire, mais souhaité (nécessite souvent une connaissance approfondie du sujet)

4.2 - Quelques éléments de structuration :

Exemple : article distribué à l’UER MG2 en 2020

Acquisition d’entérobactéries productrices de

céphalosporinase plasmidique au retour d’un

voyage en zone tropicale

Florian Lorme, Naouale Maataoui, Emilie Rondinaud, Marina Esposito-Farèse,

Olivier Clermont, Etienne Ruppe, Guillaume Arlet, Nathalie Genel, the VOYAG-R

study group, Sophie Matheron, Antoine Andremont, Laurence Armand-Lefevre

PLOS ONE, 2018

Tinévez Claire

20 à 25 min = 23 DIAPOS

Introduction :

Les entérobactéries

Définition :

• BGN non exigeants

• Oxydase négative

• Nitrate réductase positive (réduction des nitrates en nitrites)

• Fermentant le glucose

• Aéro-anaérobie facultatifs

Escherichia coli, Klebsiella spp, Enterobacter spp, Serratia spp, Proteus spp, Salmonella spp, Shigella spp, Yersinia spp,

Citrobacter spp

Introduction : Les entérobactéries

Mécanismes de résistance :

– Naturelles : Pénicillines G et M, acide fusidique, Glycopeptides, Oxazolidinone

- -lactamase chromosomique (ordre de Enterobacterales):

Mécanismes de résistance acquis :

Détoxification enzymatique : production de -lactamases +++

Classe A Sérines--lactamases

Classe B Métallo--lactamases

Classe C Céphalosporinases

Classe DOxacillinases

Chromosomiques Pénicillinases

AmpC non inductibles

AmpC inductiblesAmpC déréprimées

Eléments génétiques mobiles

transférables(Plasmides ou Transposons)

Pénicillinases (TEM, SHV)

BLSE (TEM, SHV, CTX-M)Carbapénémases (KPC)

Carbapénémases(VIM, IMP, NDM)

AmpC plasmidiquesBLSE

Carbapénémases(OXA 48)

Introduction : Résistance des entérobactéries aux -lactamines

• Classification des AmpC plasmidiques issue de la phylogénie (selon progéniteurs) :

H. alvei

ACC

M. morganii

DHA

C. freundiiCMY-like-

2/LAT

Enterobacter sp

ACT/MIR

Aeromonascaviae

FOX

Aeromonashydrophyla

CMY-1-like/MOX


+ variants

Céphalosporinases plasmidiques : AmpC

Résistance à amoxicilline + acide clavulanique

Céphalosporines : C1G, Céfoxitine, C3G, Monobactame.

• Transmission horizontale : acquisition de matériel génétique plasmidique par conjugaison gènes bla



• Augmentation de la résistance des entérobactéries aux -lactamines

• Pays en développement fortement touchés

• Haut risque d’acquisition d’entérobactérie multirésistante au retour d’un voyage (BLSE-E)

=> selon études 80% au retour d’Inde

resistancemap.cddep.org

Introduction : Problématique : • Absence d’étude de la prévalence du portage d’entérobactéries

productrices d’une AmpC plasmidique (pAmpC-E) au retour de voyage vs EBLS-E

Objectif : étude VOYAG-R (MRE, MultiResistant entérobactéries productrices de BLSE, pAmpC et Carbapénémase)

- Déterminer la prévalence du portage pAmpC-E au retourdes tropiques.

- Comparer aux autres MRE- Recherche des facteurs de risque- Analyser le support génétique des résistance- Evaluer sa persistance

Matériel et Méthodes :

• Cohorte et Sélection des souches : Etude VOYAG-R : 824 participants - Centres Vaccination Internationaux

Fev 2012 à Avr 2013 :

=> Selles de 574 voyageurs au retour des tropiques

Absence de MRE

Au retour Si MRE + : M1, M2, M3, M6 et M12….

Age, sexeDate et type de voyage

Diarrhée au retourAntibiothérapie

MRE = BLSE-E, pAmpC-E, CPE

• Ensemencement des selles sur milieux + C3G (cefotaxime)

• Antibiogrammes selon recommandations de l’EUCAST/CA-SFM

Diffusion gélose :

CMI : E-Test

• Inclusion des souches résistantes au C3G

• Suspicion AmpC : céfoxitine R, résistance à amoxicilline + acide clavulanique (pas d’image de synergie (phénotype de résistance

• Exclusion des espèces + AmpC chromosomique


• Typage du support génétique : Identification des plasmides : replicons and relaxases plasmidiques par PCR = PRaseT (plasmid relaxase gene typing) Classification des souches d’E. coli (A, B1, B2, C, D, E, F et Escherichia cryptic clade I)

• Identification de la persistance d’une même souche au cours du temps par méthode de typage rep-PCR

Matériel et Méthodes : Recherche AmpC plasmidique par PCR : blaCMY-2 like, blaDHA, blaMOX, blaACC


• Amplification par PCR ciblant des séquences d’ADN répétées = Repetitive sequence-based PCR

Typage génotypique des souches

Analyse avec une seule amorce de séquence répétées = multilocus

Semi-automatisée (Diversilab) : Puces microfluidiques

Similarité génétique : Analyse du dendogramme avec cut-off fixé à 95%

Technique de typage par rep-PCR :

Résultats :

574 selles49 voyageurs

+ pAmpC-E

34 associées à une autre MRE

33 EBLSE associée

1 EBLSE + Carbapénémase

15 pAmpC-E isolée

• Parmi les 526 MRE identifiées : 57 (10,8%) pAmC-E

Taux d'acquisition des MRE

8,5% (49/574)

• pAmC-E

Résultats :

Répartition selon les zones

5,1% en Afrique, 7,7% en Amérique latine et 12,8% en Asie

Facteurs de risques associés à l’acquisition d’une pAmp-C-E

Pas de différence pour l’âge, le sexe, le

type de voyage et la durée du séjour.

Résultats :

• Voyageurs :

- 61 % entre 18 et 34 ans

- 61% de femmes

Facteurs de risque :

Diarrhées pendant le voyage

Asie : région la plus à risque

Antibiothérapie durant le voyage

Etude des entérobactérie + pAmp-C

• Antibiorésistance :

- 77% fluoroquinolones

- 75% tetracycline

- 53% cotrimoxazole

• Enzymes :

- 96,5% CMY-2-like (55/57) toutes retrouvées chez E. coli

- 3,5% DHA enzymes (2/57) toutes chez K. pneumoniae

Molécules actives :

- aminosides (R 5 et 19% amikacine et gentamicine)

- fosfomycine (R 11%)

Résultats :

* 2 nouvelles variantes : CMY-2m (CMY-2, G234R) et CMY-42m (CMY-42, (S309N)

*

*

CMI vis-à-vis C3G et C4G plus élevées chez E. coli producteurs de CMY-42 vs CMY-2

Résultats :

Etude des entérobactérie + pAmp-C

CMY-42 : spectre plus large de cette enzyme pourrait être une explication de son taux qui augmente

Résultats :

Etude du support génétique de gènes blaAmpC

Plasmides : Inc (Incompatibilité types )

49 selles pAmp-C-E +

37 - à M1 3 + à M1

1 + à M2

0 + à M3

9 n’ont pas fourni de selles

à M1

Souches persistantes : E. coli

Rep-PCR : pas de différence entre les isolats à M1 et M2

Résultats :

Persistance des entérobactéries + pAmpC

Portage de pAmpC-E : diminution rapide après le retour (92,5% des voyageurs colonisés négatifs à un mois).

Conclusion-Discussion :

• Colonisation par les MRE (Entérobactéries multi-R) au retour : 8,5% pAmpC-E vs 48% EBLSE

• Majorité de souches appartenant aux phylogroupes non-virulent (A, B1 and C) SAUF les souches persistantes : B2 et D extra-intestinales virulentes

Clairance naturelle : intérêt d’une détection précoce vs M1 ?

• Support génétique :

IncI 1 : CMY-2-like 29/55 (dont 10/12 CMY-42)

vs CTX-M des BLSE : IncF (4 seulement)

Moindre capacité de dissémination ?

Moins répandu dans l’environnement ?

• Mesures isolement ?

Retour Zone endémie EBLSE Précautions contact et dépistage EBLSE x 3Idem pAmpC-E ?

Avantage des milieux chromogènes avec CefpodoximeMAIS risque d’être faussement rassuré sur le risque

épidémique en cas d’identification Céphalosporinase vs BLSE


• Forces :

- pertinence de la sélection des sujets : retour zone tropicale

- prospectif, longitudinal

- sur selles fraiches > écouvillon rectal

• Faiblesses :

- exclusion des AmpC-E chromosomiques

- pas de détections des gènes blaACT/MIR ni blaFOX

- manque de puissance pour la détection des facteurs

de risques associés à l’acquisition d’une p-AmpC-E et pour la

persistance

Sous estimation des pAmpC-E ?


• Accroissement de l’antibiorésistance

• Souches BMR communautaires

• Voyages dans certaines zones du monde = Facteur de risque majeur +++

• Détection précoce dans les services hospitaliers : éviter épidémies

Différencier Amp-C hyperproduites/déréprimées vs plasmidiques


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