SERVICE COMMUN DE MICROSCOPIE

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Retrouvez ce guide en ligne sur le site du SCM dans la section « Fiches techniques »

SERVICE COMMUN DE

MICROSCOPIE

GESTION DES DONNEES

Serveur de Stockage SCMRAID

www.biomedicale.univ-paris5.fr/scm

Sommaire

GENERALITES : ................................................................................................................... 1

LE SERVEUR DE STOCKAGE DU SCM : ........................................................................... 1

Caractéristiques du serveur : ............................................................................................................... 2

INFORMATIONS PRATIQUES : ........................................................................................... 2

CREATION D’UN COMPTE POUR L’UTILISATION DU SERVEUR DE STOCKAGE : ....... 3

PROCEDURE POUR LA SAUVEGARDE PENDANT VOTRE SESSION ............................ 3

Création du dossier personnel sur l’ordinateur (= « dossier personnel local »). ................................ 3

Enregistrement d’un fichier lors de l’utilisation d’un équipement. .................................................... 4

1) Enregistrement en passant par le raccourci de stockage local ................................................... 4

2) Enregistrement en passant par le chemin complet du lieu de stockage local. ........................... 5

PROCEDURE POUR LE TRANSFERT DES IMAGES SUR LE SERVEUR DE STOCKAGE6

ACCES AU SERVEUR DE STOCKAGE DEPUIS VOTRE ORDINATEUR PERSONNEL ET

RECUPERATION DE VOS DONNEES ................................................................................. 7

Accès au serveur de stockage depuis votre ordinateur sous windows : ............................................. 7

Accès au serveur de stockage depuis votre Mac : .............................................................................. 7

LES REGLES A CONNAITRE ET A SUIVRE : ..................................................................... 7

RESUME ET SCHEMAS PRATIQUES : ............................................................................... 8

SCHEMA DE PROCEDURE POUR L’ENREGISTREMENT, LE TRANSFERT ET LA

SUPPRESSSION DES DONNEES ....................................................................................... 9

SERVICE COMMUN DE

MICROSCOPIE

GESTION DES DONNEES Nouveau Serveur de Stockage

Guide : Gestion des données Service Commun de Microscopie 1

GENERALITES :

La qualité des équipements d’imagerie actuels permet d’obtenir des images très détaillées et avec un

maximum d’informations. Pour pouvoir accéder à ces informations après l’acquisition, il est nécessaire

d’enregistrer des fichiers très volumineux. Si la gestion des données enregistrées n’est pas

rigoureuse, ces fichiers peuvent rapidement saturer un ordinateur ou un serveur, et rendre l’utilisation

des équipements difficile voir impossible.

Pour que tout le monde puisse utiliser les équipements de la Plate-Forme de façon optimale, il est

donc indispensable que chaque utilisateur gère ses données régulièrement (à chaque session), et de

façon efficace.

Les ordinateurs et le serveur de stockage du SCM, ne sont pas des lieux de stockage à long

terme de vos données.

Les ordinateurs vous permettent d’enregistrer vos images durant l’acquisition et le serveur vous

permet de transférer ces images, des ordinateurs de la Plate-Forme jusqu’à vos propres postes

informatiques.

Vous trouverez dans les lignes qui suivent, la procédure pour l’enregistrement et le transfert de vos

images lors de l’utilisation des équipements du SCM.

Il est important de suivre cette procédure pour pouvoir utiliser les appareils dans les meilleures

conditions.

LE SERVEUR DE STOCKAGE DU SCM :

Le Service Commun de Microscopie met à votre disposition un serveur de stockage. Ce serveur est

un outil de transfert de données. A la fin de votre session, vous pouvez copier vos images sur le

serveur puis les récupérer directement sur votre ordinateur personnel dès votre retour dans votre

laboratoire.

Pour utiliser le serveur de stockage, vous devez faire une demande de création de compte à l’accueil

du SCM ou par e-mail à l’adresse suivante : [email protected]

www.biomedicale.univ-paris5.fr/scm

mailto:[email protected]


Caractéristiques du serveur :

Nom : SCMRAID / SCMRAID EXT

Capacité : 12 To

Configuration : RAID 1 (Avantage configuration qui permet la création d’une copie

automatique de tous les fichiers transférés sur le serveur. En cas de panne d’un disque

dur, les données sont récupérables. / Inconvénient Seule la moitié de la capacité est

utilisable pour le transfert de données).

Sécurité : En dehors de la plate-forme, les autres utilisateurs ne peuvent pas accéder à

votre dossier personnel.

INFORMATIONS PRATIQUES :

Sur chaque ordinateur, vous trouverez une étiquette jaune portant le chemin à suivre pour accéder à

l’endroit de stockage local (Lieu d’enregistrement de vos images pendant votre session au

microscope).

Par exemple :

Vous trouverez aussi sur tous les bureaux d’ordinateur une icône de raccourci pour

rejoindre directement cet endroit (voir ci-contre).

Enfin, vous trouverez différentes icônes de raccourcis pour accéder au serveur de stockage (voir ci-

dessous).

Accès possible depuis le

Centre Universitaire des

Saints-Pères uniquement.

Accès possible depuis

l’extérieur

Raccourcis Serveur de stockage

Raccourci stockage sur

ordinateur

-> F:\Images TE-2000E

-> F:\Images TE-2000E

Schéma d’un écran

Lieu du stockage local


CREATION D’UN COMPTE POUR L’UTILISATION DU SERVEUR DE

STOCKAGE :

Pour utiliser le serveur de stockage du SCM, vous devez faire une demande d’ouverture de compte à

l’adresse suivante : [email protected]

Suite à cette demande, votre dossier personnel sera créé sur le serveur et vous recevrez par e-mail

un nom d’utilisateur et un mot de passe.

ATTENTION : Ce nom d’utilisateur et ce mot de passe sont strictement personnel.

PROCEDURE POUR LA SAUVEGARDE PENDANT VOTRE SESSION

Pendant votre session, vous devez enregistrer vos images sur le disque dur local de l’ordinateur.

Vous devez stocker vos données dans votre dossier personnel (voir ci-dessous création du dossier

personnel local)

N’enregistrez pas directement vos images sur le serveur de stockage.

Création du dossier personnel sur l’ordinateur (= « dossier personnel local »).

Avant d’utiliser un équipement, vous devez vous assurer que vous disposez bien d’un dossier

personnel sur l’ordinateur du SCM que vous utilisez.

Si vous n’avez pas de dossier, il faut impérativement en créer un. Pour cela, procéder de la façon

suivante :

Rendez-vous sur l’espace dédié à l’enregistrement local des données (suivre le

chemin indiqué par l’étiquette présente sur chaque écran

Par exemple : -> F:\Images TE-2000E ou double cliquez sur l’icône de

raccourci « Images + nom équipement »).

Faites alors un clic-droit dans cet espace et cliquez sur « nouveau dossier ».

Renommez ce nouveau dossier en indiquant Votre unité + votre nom.

Votre dossier personnel pour l’enregistrement local est prêt.

Vous devez créer un « dossier personnel local » suivant cette procédure sur chaque

ordinateur du SCM que vous utilisez.



Enregistrement d’un fichier lors de l’utilisation d’un équipement.

1) Enregistrement en passant par le raccourci de stockage local

Lors de l’enregistrement d’un fichier, le programme que vous utilisez, vous propose toujours de choisir

l’endroit où vous souhaitez sauvegarder votre fichier.

Vous devez donc choisir le lieu de stockage local défini pour l’ordinateur que vous utilisez. Pour cela,

vous pouvez cliquer sur « Bureau » dans la fenêtre d’enregistrement, puis cliquez sur l’icône de

raccourci « Images + nom équipement ». Enfin, vous choisissez votre « dossier personnel local » et

vous enregistrez votre fichier.

Schéma de la procédure pour l’enregistrement local (option 1) :

Certain logiciel ne permettent pas de cliquer directement sur le raccourci de stockage local comme

indiqué ci-dessus. Dans ce cas suivez la procédure ci-après

Etape 1 : Cliquez sur « Bureau » Etape 2 : Double cliquez sur l’icône nommée

« Images + Nom équipement »

Etape 3 : Sélectionnez votre « dossier

personnel local »

Etape 4 : Nommez votre fichier, sélectionnez

le format et cliquez sur « Enregistrer »


2) Enregistrement en passant par le chemin complet du lieu de stockage local.

Certain logiciels vous oblige à suivre le chemin complet du lieu de stockage que vous souhaitez

utiliser pour enregistrer vos données. Dans ce cas, il vous suffit de suivre l’adresse indiqué sur

l’étiquette jaune en haut à droite de l’écran de l’ordinateur.

Schéma de la procédure pour l’enregistrement local (option 2) :

Si l’étiquette jaune indique : -> F:\Images TE-2000E

Etape 1 : Cliquez sur « Poste de travail » Etape 2 : Cliquez sur le lecteur « (F :) »

Etape 3 : Cliquez sur le dossier « Images TE-2000E » Etape 4 : Cliquez sur votre dossier personnel


PROCEDURE POUR LE TRANSFERT DES IMAGES SUR LE

SERVEUR DE STOCKAGE

A la fin de chaque session d’utilisation, vous avez la possibilité de transférer vos données sur le

serveur de stockage de la Plate-Forme dans votre « dossier personnel SCMRAID » Ainsi vous pouvez

récupérer vos images dès votre retour dans votre laboratoire en accédant au serveur de stockage

depuis votre ordinateur personnel. Avec cette méthode, vous n’avez plus besoin de venir sur la Plate-

Forme avec un disque dur externe pour récupérer vos données.

Pour utiliser le serveur de stockage, vous devez impérativement faire une demande de création de

dossier personnel (Voir : CREATION D’UN COMPTE POUR L’UTILISATION DU SERVEUR DE STOCKAGE :

p.3)

Procédure pour le transfert de données sur le serveur de stockage :

Ouvrez votre « dossier personnel local »

Ouvrez votre « dossier personnel SCMRAID »

(Pour rejoindre le SCMRAID, cliquez sur l’icône de raccourci présente à droite de l’écran.

Voir ci-dessous et schéma écran page 2).

Transférez les données présentes dans votre « dossier personnel local » dans

votre « dossier personnel SCMRAID » en faisant un copier – coller (ne pas faire

couper – coller : Si vous faites un couper – coller et que le serveur tombe en

panne avant que vous ayez récupérer vos image sur votre ordinateur, vos

données seront définitivement perdues).

Vos Images


ACCES AU SERVEUR DE STOCKAGE DEPUIS VOTRE

ORDINATEUR PERSONNEL ET RECUPERATION DE VOS DONNEES

Pour utiliser le serveur de stockage, vous devez impérativement faire une demande de création de

dossier personnel (Voir : CREATION D’UN COMPTE POUR L’UTILISATION DU SERVEUR DE STOCKAGE :

p.3)

Accès au serveur de stockage depuis votre ordinateur sous windows :

Suite à votre demande, votre compte sera créé et vous recevrez alors par e-mail :

un raccourci à copier sur votre bureau d’ordinateur pour

rejoindre directement le serveur et stockage.

votre identifiant et votre mot de passe pour pouvoir vous

connecter.

Pour rejoindre le SCMRAID, double-cliquez sur le raccourci qui vous

a été fourni.

Lors de votre première connexion :

entrez votre identifiant et mot de passe.

cochez la case «Mémoriser mon mot de

passe».

cliquez sur valider.

vous êtes maintenant connecté au

SCMRAID.

Accès au serveur de stockage depuis votre Mac :

Passez à l’Accueil du SCM (En face du microscope confocal) pour la mise en place du

compte ou faites une demande de procédure par e-mail à l’adresse suivante :

[email protected]

LES REGLES A CONNAITRE ET A SUIVRE :

Les données locales non enregistrées dans l’emplacement prévu sur chaque

ordinateur (indiqué par l’étiquette jaune présente sur chaque écran et que vous

pouvez rejoindre en double cliquant sur le raccourci présent sur chaque bureau

d’ordinateur) seront automatiquement supprimées sans préavis.

Les données locales et présentes sur le serveur de stockage non enregistrées

dans votre dossier personnel seront supprimées sans préavis.



Les données de plus de 6 mois (à partir de la date de création ou de modification

d’un fichier) présentes dans votre « dossier personnel local » et dans votre

« dossier personnel SCMRAID » seront automatiquement supprimées sans

préavis.

Ces 6 mois sont utiles pour ceux qui souhaitent, suite à une session, traiter leurs

données (par exemple : déconvolution, ImageJ, traitement sur LSM510 off-line…)

ou réutiliser les informations présentes dans les données de l’image pour des

acquisitions ultérieures (par exemple : la fonction reuse du logiciel LSM 510).

RESUME ET SCHEMAS PRATIQUES :

Vous devez impérativement avoir un dossier personnel portant comme nom :

« Votre unité + votre nom » sur chaque ordinateur de la Plate-Forme que vous

utilisez. Ce dossier doit être créé à l’emplacement indiqué par l’étiquette jaune

présente sur chaque écran d’ordinateur. Toutes les données locales non

enregistrées dans votre dossier personnel seront supprimées sans préavis.

Pour utiliser le serveur de stockage, vous devez impérativement faire une

demande de création de dossier personnel (Voir « Création d’un compte pour

l’utilisation du serveur de stockage). Toutes les données présentes sur le serveur,

non enregistrées dans votre dossier personnel SCMRAID seront supprimées sans

préavis.

Les données de plus de 6 mois (à partir de la date de création ou de modification

d’un fichier) présentes dans votre « dossier personnel local » et dans votre

« dossier personnel SCMRAID » seront automatiquement effacées sans préavis.


SCHEMA DE PROCEDURE POUR L’ENREGISTREMENT, LE

TRANSFERT ET LA SUPPRESSSION DES DONNEES

Etape 1 : Enregistrement des images de la session n et suppression des images de la

session n-1.

Etape 2 : Transfert des images de la session n sur le serveur

Etape 3 : Transfert des images de la session n sur votre ordinateur.

En suivant bien ces procédures, les disques durs des ordinateurs de la Plate-Forme et le

serveur de stockage ne seront jamais saturés. Ainsi, l’utilisation des équipements sera plus

agréable et efficace pour tous les utilisateurs.

Ordinateurs

Plate-Forme Acquisition des images de la

session n

Suppression des images acquises

lors de la session n-1

Ainsi, vous ne saturerez pas le

disque dur local.

Serveur SCMRAID Ordinateurs

Plate-Forme

Votre dossier local Votre dossier serveur

Faire un copier-coller et non un

couper-coller (Si le serveur

tombe en panne avant

récupération de vos images sur

votre ordinateur, celles-ci

seront toujours présentes sur

les ordinateurs du SCM).

Votre dossier local

Votre Ordinateur

Faire un couper-coller.

Le serveur est ainsi

nettoyé.

Serveur SCMRAID

Votre dossier serveur Images de la session n-1

Images de la session n


Merci de suivre ces consignes afin que chaque utilisateur puisse

acquérir des images de façon optimale.

ATTENTION

Les données non enregistrées dans les endroits prévus

sur chaque ordinateur sont supprimées sans

avertissement.

Les données de plus de 6 mois enregistrées localement

et sur le serveur de stockage sont supprimées

automatiquement.

Vous êtes responsable de vos images : Pensez donc à les récupérer

sur votre ordinateur dès votre retour en laboratoire et en suivant les

procédures décrites dans ce guide.

Bonne utilisation.

Le Service Commun de Microscopie.

Pour toute question sur la gestion des données, n’hésitez pas à contacter l’accueil du

Service Commun de Microscopie :

Accueil du Service : Pièce H419

Téléphone : 01 42 86 20 64

E-mail : [email protected]

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