Se former sur pub med

se former sur

PubMedavec un

smartphone

Philippe Eveillard

Version juillet-août 2014

Voir page suivante le mode d’emploi pour télécharger ce PowerPoint sur votre smartphone

• Inscrivez-vous sur Slideshare, le site de stockage des présentations PowerPoint.

• Téléchargez sur votre smartphone l’application Slideshare Presentation App (Google Play) ou devenez béta-testeur de l’application iOS (si environnement Apple).http://bit.ly/1uWUS1D

• Téléchargez sur votre smartphone le PowerPoint « se former sur PubMed… ».

COMMENT TÉLÉCHARGER SUR VOTRE SMARTPHONE LA

PRÉSENTATION « SE FORMER SUR PUBMED… »

http://bit.ly/1uWUS1D

C’est l’histoire…

… d’une requête sur le tabagisme passif et lesinfections respiratoires du nourrisson.

… d’une présentation PowerPoint qui :

• annonce d’emblée la difficulté (avertissement, glossaire, deux clés …);

• répond aux quatre questions essentielles ;

• est publiée pour être lisible sur un smartphone.

Contenu

Attention ! vous êtes « dans le dur »

A la différence de Google, Pubmed est compliqué. Ce n’est pas tant la navigation que la formulation qui pose problème.

PubMed, c’est FORMULER UNE REQUÊTE et vos connaissances médicales sont sollicitées.

PubMed, c’est FORMULER UNE ÉQUATION DE

RECHERCHE et, pour cela, vous devez maitriser les techniques documentaires de base (champ, opérateurs) et les spécificités de PubMed(affiliations descripteur/qualificatif).

Contenu

Glossaire, à lire avant d’aller plus loin (1)

Combinaison (mariage) d’un descripteur et d’un qualificatif, au cœur de l’indexation des articles de PubMed.Ex:Respiratory Tract Infections/etiology

AFFILIATION

CHAMP

DESCRIPTEUR

Contenu

Indication de la nature ou de la localisation d’un mot clé. Ex : [pt] champ « type de publication »

Terme appartenant à un thesaurusEx : Tobacco Smoke Pollution

Glossaire, à lire avant d’aller plus loin (2)

Medical Subject Headings = vocabulaire de PubMed = termes du MeSH ou MeSH Terms.

MESH

NOTICE

QUALIFICATIF

Contenu

Document affiché en cliquant sur le titre d’une référence de la page de résultat (notice au format abstract).

Terme qui se combine (s’affilie) à un descripteur pour préciser son sens.

Les deux laissés pour compte

Les AFFILIATIONS et les CHAMPS

sont les deux clés de l’interrogation de PubMed.

Très peu de praticiens le savent et peu s’en servent !

Les responsables de cette ignorance sont : l’AutomaticTerm Mapping et les filtres qui automatisent la formulation de l’équation de recherche.

CONSÉQUENCE

Le praticien perd complètement le contrôle de sa requête en confiant à des automates le soin de formuler l’équation de recherche à sa place.

Contenu

La première clé : l’affiliation

Risk Factors

SMOKING/ADVERSE EFFECTS*

SMOKING/PREVENTION & CONTROL

SMOKING/PSYCHOLOGY

Smoking Cessation

En bleu : les affiliations descripteur/qualificatif.

En noir : les descripteurs

Ci-contre, une partie de l’indexation d’un article de PubMed

Il est facile de comprendre que les équations de recherche doivent être formulées avec ces termes.

Contenu

La deuxième clé : les champs (1)

La notion de champ repose sur le fait qu’un même mot-clé peut être à la fois un descripteur et un titre de journal (Stroke), une langue et un nom d’auteur (french).

Si vous faites une requête avec le mot-clé Infant sans indiquer son champ, PubMed va le rechercher un peu partout, dans le titre, le résumé, la notice des articles et vous allez perdre de la précision.

Contenu

La deuxième clé : les champs (2)

LES CHAMPS DE NATURE

[pt] Type de publication

[dp] Date de publication

[mh] Descripteur

[la] Langue de publication

[sb] Sous rubrique

LES CHAMPS DE LOCALISATION

[ti] mot du titre

[tiab] mot du titre/résumé

[tw] mot de la notice

Contenu

Tous les mots-clés doivent être accompagnés d’un champ sauf les affiliations descripteur/qualificatif.

Contenu

01 Pourquoi ne pas

succomber à la tentation Google ?

Parce que l’interrogation « à la Google » conduit à un résultat décevant.

Les réponses à 4 questions

02 Pourquoi respecter le

langage et la syntaxe de PubMed ?

Parce que c’est la seule façon de tenir compte de l’indexation des articles.

03 Pourquoi faire évoluer

votre requête quel que soit son résultat ?

Parce que la 1ère équation doit être remaniée en fonction de son résultat.

04 Pourquoi ne faut-il pas

formuler la veille comme la recherche ?

Parce que l’équation de veille porte sur la partie non indexée de PubMed.

Ne succombez pas à la tentation…

Google par super bond1 Licence CC BY

Google ≠ PubMed

La « tentation Google » consiste à interroger PubMedcomme vous interrogez Google.

Vous devez oublier cette « mauvaise habitude » car Google et PubMed ont 2 modes d’indexation différents, ce qui justifie de les interroger différemment.

GOOGLEIndexation automatique.L’index est constitué par tous les mots de la page.

PUBMEDIndexation avec des mots clés choisis par des documentalistes.

La tentation Google

En anglais

PubMed est une banque de données nord-américaine qui ne peut pas être interrogée en français, quoi qu’on en dise !

Pour interroger PubMed « à la Google », vous devez traduire les mots clés de la requête en anglais, en vous aidant éventuellement d’un dictionnaire.

Les mots-clés de l’interrogation « à la Google » sont la traduction en anglais des mots de la requête soit :- Passive

smoking- Respiratory

infections- Infant

La tentation Google

« A la Google »

Interroger « à la Google », c’est placer dans la fenêtre d’interrogation de PubMed des mots clés séparés par un espace et mettre entre guillemets les mots composés.

L’espace remplace l’opérateur AND.

Ainsi la requête sur « la responsabilité du tabagisme passif dans les infections… » se formule « à la Google » de la façon suivante :

« PASSIVE SMOKING » « RESPIRATORY INFECTIONS » INFANT

La tentation Google

Search details (1)

Dans la page de résultats de PubMed figure un cadre (search details) contenant l’interprétation de la requête.

Pour cette interprétation, PubMed utilise l’outil AUTOMATIC TERM MAPPING qui compare les différents mots clés à des tables de correspondance (termes MeSH, auteurs, périodiques…)

La tentation Google

Search details (2)

Dans le cadre de droite figure l’interprétation de AutomaticTerm Mapping.

A l’évidence, l’outil n’a pas trouvé de correspondance en dehors du terme Infant.

En conséquence, les mots clés sont recherchés dans tous les champs, ce qui élargit l’espace de recherche démesurément.

"passive smoking"[All Fields] AND "respiratory infections"[All Fields] AND (“infant"[MeSHTerms] OR "infant"[All Fields])

La tentation Google

Le mot de la fin

Vous avez « commandé » des références à PubMed en l’interrogeant « à la Google ».

Vous avez obtenu un résultat décevant parce que les références commandées - ne sont pas toutes là (il en manque) - et sont disséminées parmi d’autres sans aucun rapport avec votre commande.

C’est « l’effet Google ». Pour faire mieux, il suffit de lire les pages suivantes.

La tentation Google

Respectez le langage et la syntaxe de PubMed

Showing respect (RIP Ku, Sept 19, 2008) par gwaar Licence CC BY

La formulation

L’équation de recherche sur la responsabilité du tabagisme passif dans les infections respiratoires du nourrisson s’écrit :

Tobacco Smoke Pollution/adverse effects AND Respiratory Tract Infections/etiology AND Infant [mh]

Dans les prochaines pages, vous apprendrez POURQUOI et COMMENT formuler l’équation de cette façon.

Le langage et la syntaxe

Pourquoi ?

L’étiquette de la notice (1)

L’indexation faite par les documentalistes de la National Library of Medicine n’est pas « top secret ». Elle figure en clair dans le bordereau d’indexation (L’ÉTIQUETTE) de la notice au format abstract.

On y trouve la liste des termes du MeSH qui caractérisent le contenu de l’article.

POUR ACCÉDER À

L’ÉTIQUETTE :

- cliquer sur le titre de l’article dans la page de résultat ;

- cliquer sur l’intitulé MeSHterms dans la notice au format abstract.



Sur l’étiquette des notices d’articles en rapport avec l’équation de recherche, vous retrouvez les 3 termes (Tobacco SmokePollution/adverse effects, Respiratory tract Infections/etiology et Infant).

L’ADÉQUATION ENTRE LA DEMANDE ET LA RÉPONSE est la meilleure possible car les termes employés par celui qui interroge (vous) et celui qui indexe (le documentaliste de la NLM) sont les mêmes.



Ci-contre : une partie de l’étiquette (la liste des termes MeSH) d’un des articles affichés dans la page de résultat.Relationship of secondhandsmoke and infant lowerrespiratory tract infection severity by familial atopy status


Diseases SusceptibilityINFANT

Infant, NewbornMaleMothersRESPIRATORY TRACT

INFECTIONS/ETIOLOGY*Risk FactorsSeverity of Illness IndexTOBACCO SMOKE

POLLUTION/ADVERSE EFFECTS*

Search details

L’interprétation de la requête affichée dans le cadre searchdetails confirme la parfaite adéquation entre la demande et la réponse.

Les mêmes termes MeSH sont employés dans la requête et dans son interprétation. Un must !

“tobacco smoke pollution/adverse effects” [Mesh Terms] AND “respiratory tract infections/etiology“ [Mesh Terms] AND “infant” [MeSH Terms]


Comment ?Le langage

Au cœur de l’équation : l’affiliation

L’AFFILIATION DESCRIPTEUR/QUALIFICATIF

est un mariage entre un descripteur et un qualificatif (v. slides suivants)

Ainsi, les effets indésirables du tabagisme passif sont formulés Tobacco SmokePollution/adverse effects et non pas Tobacco SmokePollution AND adverse effects.

Le mariage du descripteur et du qualificatif se fait en accolant les 2 termes et en les séparant par un slash.

Tobacco SmokePollution/adverse effects

Le langage

27149 descripteurs (version 2014)

Un descripteur est un terme appartenant à un thesaurus.

Un thesaurus est une liste de descripteurs ayant entre eux des relations hiérarchiques.

Ainsi un thesaurus prend l’aspect d’un arbre avec des branches maitresses donnant naissance à des branches secondaires puis à des branches terminales.

Le langage

L’arborescence des descripteurs

Health Care Category

Environmental and Public Health

Public Health

Environmental Pollution

Air Pollution

TOBACCO SMOKE POLLUTION

Le langage

L’arborescence de Tobacco Smoke Pollution.Health Care est une des 16 branches maitresses du thesaurus.

83 qualificatifs

Un qualificatif précise le sens d’un descripteur.

Dans L’ÉTIQUETTE d’une notice, un qualificatif est toujours affilié à un descripteur.

Il est habituel (et plus simple) de formuler un qualificatif sous son abréviation. Ainsi, peut-on écrire :TOBACCO SMOKE POLLUTION/AE

Comme les descripteurs, les qualificatifs ont entre eux des relations hiérarchiques.

Ces relations sont décrites dans les appendices de la rubrique « help » à l’adresse :http://1.usa.gov/X4s8p0

Le langage

« L’effet balance » des qualificatifs (1)

Le croisement (opérateur AND) de 2 affiliations descripteur/qualificatif conduit à se préoccuper de la correspondance entre les 2 qualificatifs.

Par exemple, la relation de cause à effet entre une maladie (les infections respiratoires) et une pollution (le tabagisme passif) se traduit par les qualificatifs ETIOLOGY pour la maladie et ADVERSE EFFECTS pour la pollution.

Le langage

« L’effet balance » des qualificatifs (2)

MALADIE – MÉDICAMENT

Balance entre drugtherapy (pour la maladie) et therapeutic use (pour le médicament)

Exemple :Respiratory Tract Infections/drug therapyAND AntibacterialAgents/therapeutic use

MALADIE –MALADIE

Balance entre complications (pour une des maladies) et etiology(pour l’autre)

Exemple :Respiratory Tract Infections/complications AND Shock, Septic/etiology

Le langage

Comment ?La syntaxe

Les agents de liaison

Les opérateurs booléens sont les agents de liaison. Ce sont les mêmes que dans Google : AND, OR et NOT.

Mais…… il est conseillé de ne pas remplacer AND par un espace et la gestion des OR est parfois compliquée.

RÈGLE DES OR

Deux mots clés unis par OR sont mis entre parenthèses (infant OR child).

Les situations plus complexes sont évoquées dans la 4è partie de ce document.

La syntaxe

Les champs

Les champs précisent la nature (ou la localisation) d’un mot-clé. Exemple avec le mot clé infant.

LA NATURELe mot-clé infant peut être un descripteur (champ [mh]).

LA LOCALISATIONLe mot clé infant peut être un mot du titre (champ [ti]) ; un mot du titre et du résumé (champ [tiab]) ; un mot de la notice (champ [tw]).

La syntaxe

Le poids des mots

Sur l’étiquette de la notice, certains descripteurs et certaines affiliations sont suivis d’un astérisque.

C’est l’indication que ces termes ont été considérés comme « MAJEURS » par le documentaliste qui a indexé l’article.

Pour faire une recherche sélective sur les termes majeurs, il suffit de l’indiquer dans l’équation de recherche avec le champ [majr]

Tobacco SmokePollution/adverse effects [majr]

La syntaxe

L’explosion étend la recherche

L’EXPLOSION D’UN DESCRIPTEUR

correspond à l’extension de sa recherche aux descripteurs issus de lui dans l’arborescence.

Dans une affiliation, l’explosion concerne à la fois le descripteur et le qualificatif.

Dans PubMed, l’explosion se produit par défaut, c’est-à-dire dans tous les cas, sauf si vous avez indiqué le contraire. (champ [mh:noexp])

La syntaxe

L’explosion se produit dans l’arbre

Respiratory Tract Diseases

Respiratory Tract Infections

PHARYNGITIS

Nasopharyngitis

Retropharyngeal Abscess

Tonsillitis

Peritonsillar Abscess

Une recherche sur PHARYNGITIS est étendue, par défaut à Nasopharyngitis, RetropharyngealAbscess, Tonsillitis, Peritonsillar Abscess.

Pour l’éviter :Pharyngitis [mh:noexp]

La syntaxe

Il n’y a qu’une seule « bonne façon » de formuler la première équation… mais, il convient toujours de la faire évoluer.

Evolution ? par Moisturizing Licence CC BY

La « bonne façon »

L’équation de recherche sur la responsabilité du tabagisme passif dans les infections respiratoires du nourrisson croise (opérateur AND) deux affiliations descripteur/qualificatif (TOBACCO SMOKE POLLUTION/ADVERSE EFFECTS et RESPIRATORY TRACT INFECTIONS/ETIOLOGY) et une classe d’âge (INFANT) suivie du champ « MeSHTerms » ([mh]).

Faire évoluer l’équation

La bonne façon « aidée »

L’entrée du mot-clé (en anglais) dans la fenêtre d’interrogation de MeSHDatabase affiche une liste de descripteurs dans laquelle il suffit de faire le « bon choix ».

Il est parfois intéressant de décomposer les mots composés afin d’élargir le choix des descripteurs.

MESH DATABASE

La banque de données du MeSH (MeSHDatabase) vous aide : - à trouver le bon descripteur ;- et à choisir le bon qualificatif à affilier au descripteur.


Autopsie de la « bonne façon »

Rappel de la « bonne façon » :TOBACCO SMOKE POLLUTION/ADVERSE

EFFECTS AND RESPIRATORY TRACT

INFECTIONS/ETIOLOGY AND INFANT [MH]

Le descripteur Infant est suivi du champ MeSH Terms([mh]). S’il ne l’est pas, la recherche est étendue à tous les champs (Infant [mh] OR Infant [all fields]).

Le 28 juillet 2014, l’équation de recherche affiche 108 références.

Les titres des 20 références les plus récentes confirment la bonne adéquation avec la requête.


Pourquoi la bonne façon doit évoluer ?

Après avoir formulé votre équation de la bonne façon, trois possibilités.

C’est parfait : c’est très rare

C’est bruyant : votre équation doit avoir plus de précision.

C’est silencieux : votre équation doit évoluer vers plus de sensibilité.

BRUIT

Les références adéquates sont noyées sous les inadéquates.

SILENCE

Les références sont en nombre très restreint (quelques unités).


Vers plus de précision

Si vous estimez nécessaire d’améliorer la précision, vous pouvez :- pondérer le tabagisme,- et éviter l’explosion des infections respiratoires.

TOBACCO SMOKE POLLUTION/AE [MAJR] AND RESPIRATORY TRACT INFECTIONS/ET [MH:NOEXP] AND INFANT [MH]

Résultat : 32 références (28/07)

PRÉCISION

Rapport documents adéquats trouvés/total des documents trouvés

Exemple : sur 100 documents trouvés, 75 sont adéquats.

Précision : 75%


Vers plus de sensibilité

Pour améliorer la sensibilité vous pouvez :- supprimer les qualificatifs ;- changer les champs [mh] en champs [tw]- ajouter des synonymes avec OR.(TOBACCO SMOKE POLLUTION [TW] OR PASSIVE

SMOKING [TW]) AND (RESPIRATORY TRACT

INFECTIONS [TW] OR RESPIRATORY INFECTIONS

[TW]) AND INFANT [TW]

SENSIBILITÉ

Rapport documentsadéquats trouvés sur documents adéquats de la banque de données

La banque contient 100 documents adéquats et l’outil en affiche 85.

La sensibilité est :85%


Dans PubMed, veiller ce n’est pas rechercher…

Festival Aye Aye VO vu par un bénévole : après le festival, la dernière veille de nuit (20h-1h), le dimanche 9 septembre, sur le site désert par Sylvain Raybaud Licence CC BY.

… parce que

LES RÉFÉRENCES LES PLUS RÉCENTES (celles qui constituent la veille) appartiennent à deux catégories :- les références d’articles indexés dès leur parution,- et les références d’articles indexés avec retard (quelques semaines ou mois).

L’EXPLORATION DES 2 PARTIES (indexées et non indexées) ne se fait pas de la même façon.

Détails dans les pages suivantes.

La veille

PubMed et MEDLINE

Dans PubMed, vous trouvez :

- des références indexées= MEDLINE

- des références en coursd’indexation ;

- des références dePubMed Central.

DANS PUBMED, LA VEILLECONSISTE À EXPLORER LAPARTIE INDEXÉE ET LA PARTIENON INDEXÉE.

La veille

Les prioritaires et les autres

Les documentalistes de la NLM indexent en priorité les articles des dinosaures de la presse médicale internationale (NEJM, Jama, BMJ…).

En revanche, les autres périodiques souffrent d’un retard chronique d’indexation de quelques semaines ou mois.

La veille

Deux formulations différentes

La veille

L’EXPLORATION DE L’ESPACE

DOCUMENTAIRE NON INDEXÉ

ne peut se faire qu’avec des termes recherchés dans les titres et les résumés des articles.

Le résultat obtenu est beaucoup moins précis que dans la partie indexée

L’INTERROGATION DE LA

PARTIE INDEXÉE DE PUBMED

est faite en formulant l’équation de recherche avec le langage et la syntaxe de la banque de données.

C’est dans ce cas-la que la précision de la requête est la plus grande.

En pratique

Votre objectif est de faire la veille la plus performante et la plus exhaustive possible.

La plus performante en interrogeant la partie indexée avec le langage et la syntaxe de PubMed.

La plus exhaustive en interrogeant la partie non indexée avec une méthode plus sensible

L’ÉQUATION DE VEILLE UNIT (OPÉRATEUR OR) L’ÉQUATION DE

LA PARTIE INDEXÉE DE PUBMED ET CELLE DE LA PARTIE NON

INDEXÉE.

La veille

Modèle d’équation de veille

(Descripteur1/qualificatif1 AND Descripteur2/qualificatif2) OR ((descripteur1 [tiab] OR synonymeDES1 [tiab]) AND (qualificatif1 [tiab] OR synonymeQUAL1 [tiab]) AND (descripteur2 [tiab] OR synonyme DES2 [tiab]) AND (qualificatif2 [tiab] OR synonyme QUAL2 [tiab]) NOT MEDLINE [sb])

La veille

Modèle d’équation de veille avec 2 affiliations descripteur/qualificatif et un synonyme pour chaque descripteur et chaque qualificatif.

Exemple d’équation de veille

(Tobacco Smoke Pollution/AE AND RespiratoryTract Infections/ET AND infant [mh]) OR((tobacco smoke pollution [tiab] OR passive smoking [tiab]) AND (Adverse effects [tiab] OR Side effects [tiab]) AND (Respiratory tract infections [tiab] OR Respiratory infections [tiab]) AND (etiology [tiab] OR causes [tiab]) AND infant [tiab] NOT MEDLINE [sb])

La veille

Equation sur le tabagisme et les infections respiratoires (2 affiliations + 1 descripteur) et un synonyme par descripteur et par qualificatif.

Les synonymes de MeSH Database

La banque de données du MeSH (MeSH Database) affiche les synonymes de chaque descripteur.

Vous faites appel à ces synonymes chaque fois que vous souhaitez améliorer la SENSIBILITÉ d’une équation, qu’elle soit de veille ou de recherche.

Smokes, Second HandSECONDHAND SMOKE

SECONDHAND SMOKES

Smoking, InvoluntaryPASSIVE SMOKING

Quelques uns des synonymes de Tobacco SmokePollution

Les synonymes avec une virgule peuvent être oubliés.

La veille

Le casse-tête des parenthèses

Les parenthèses sont un gros obstacle à franchir, surtout quand, dans la même équation figurent des AND, des OR et des NOT.

La règle est : les mots-clés (ou les membres de l’équation) qui encadrent l’opérateur OR sont mis entre parenthèses. (V. ci-contre)

RÈGLES DE BASE

(mot-clé OR mot-clé)

(équation indexée) OR (équation non indexée NOT MEDLINE [sb])

Quand le résultat ne semble pas cohérent, testez chaque partie de votre équation.

La veille

Crédits photosToutes les photos sont sous licence

Creative Commons Paternité (CC BY)

Google par super bond1 Licence CC BYhttps://www.flickr.com/photos/mohmedxpmpa/4627169719/

Showing respect (RIP Ku, Sept 19, 2008) par gwaar Licence CC BYhttps://www.flickr.com/photos/paulsynnott/2479478433/

Evolution ? par Moisturizing Licence CC BYhttps://www.flickr.com/photos/happy_peanuts/6085181678/

Festival Aye Aye VO vu par un bénévole : après le festival, la dernière veille de nuit (20h-1h), le dimanche 9 septembre, sur le site désert.https://www.flickr.com/photos/popiet/8002925982/

Pour vos tablettes

« Se former sur PubMed… » est un document publié spécialement POUR ÊTRE LISIBLE SUR L’ÉCRAN D’UNSMARTPHONE.

Ce n’est pas le cas de « La méthode pour ne plus haïr PubMed » qui est la référence pour tous les utilisateurs de TABLETTES 7-10 POUCES. Cet e-book est disponible, pour un prix modique : sur Google Play (http://bit.ly/1ngOtV2) et sur iTunes (http://bit.ly/1mbCLvy).

Beaucoup plus détaillé et moins spartiate dans sa présentation que le PowerPoint « Se former sur PubMed… », il devrait satisfaire les détenteurs de tablettes.

Se former sur pub med

Health & Medicine

Transcript of Se former sur pub med