Réunion annuelle, le 26 juin 2014 Charlottetown, Île-du ... · commerciaux, les transformateurs...

RAPPORT ANNUEL 2014

Réunion annuelle, le 26 juin 2014Charlottetown, Île-du-Prince-Édouard

Le Centre canadien pour l’amélioration des porcs Inc. est une organisation nationale gérée par un Conseil d’administration représentant les organisations membres

suivantes :

CONSEIL CANADIEN DU PORC

CONSEIL DES VIANDES DU CANADA

ASSOCIATION CANADIENNE DES ÉLEVEURS DE PORCS

ATLANTIC SWINE CENTRE

CENTRE DE DÉVELOPPEMENT DU PORC DU QUÉBEC INC.

ONTARIO SWINE IMPROVEMENT INC.

WESTERN SWINE TESTING ASSOCIATION

La mission du CCAP est d’accroître la capacité du secteur canadien du porc à faire face à la compétition sur les marchés domestiques et internationaux, grâce au leadership, à

la coordination et aux services en matière d’amélioration génétique du porc.

Centre canadien pour l’amélioration des porcs Inc.

Rapport annuel 2014 Table des Matières

À propos du CCAP ............................................................................................................ 1

Message du Président ...................................................................................................... 2

Rapport du Chef de la direction ........................................................................................ 3

Normes nationales ............................................................................................................ 4

Base de données et site Internet du CCAP ...................................................................... 6

Programme national d’amélioration génétique porcine .................................................... 7

Formation, conférences et consultation .......................................................................... 10

Appui génétique pour l’industrie porcine au Canada ..................................................... 11

Services pour les autres espèces animales .................................................................... 13

Recherche et transfert technologique ............................................................................. 15

L’année en images .......................................................................................................... 20

Annexe 1. Membres du Conseil d’administration 2013-2014........................................ 22

Annexe 2. Personnel du CCAP ...................................................................................... 23

Annexe 3. Participants du Comité Génétique ................................................................ 24

Annexe 4. Amélioration génétique par race ................................................................... 26

Annexe 5. Valeurs économiques pour les troupeaux commerciaux ............................. 27

Annexe 6. Évolutions génétiques pour les troupeaux actifs en 2013............................ 28

Annexe 7. Sommaire pour le gras dorsal et l’âge à 100 kg (2013) ............................... 30

Annexe 8. Sommaire de la productivité des truies (2013) ............................................. 31

Annexe 9. Centres d’I.A. Participants ............................................................................ 32

Centre canadien pour l’amélioration des porcs inc. Rapport annuel 2014

Page 1

À propos du CCAP Le CCAP est une organisation nationale à but non lucratif créée par la filière porcine, pour offrir du leadership, de la coordination et des services pour l’amélioration génétique porcine au Canada. Ses principaux domaines d’activités incluent:

Le maintien des normes nationales pour l’enregistrement des données, l’évaluation génétique et la diffusion des résultats;

La supervision du programme national d’accréditation des techniciens pour les mesures aux ultrasons sur les porcs;

La gestion d’une base de données nationale avec accès sécurisé via le site Internet du CCAP;

La coordination du programme national d’amélioration des porcs en coopération avec les organisations membres;

Des activités de formation, consultation et communication pour les membres et clients; L’appui auprès de l’industrie porcine canadienne quant au rôle de la génétique dans les

objectifs généraux de l’industrie; Des services d’amélioration génétique pour d’autres espèces et; La recherche appliquée et le développement de nouveaux outils et services pour leur

application dans l’industrie. Le CCAP est dirigé par un Conseil d’administration nommé par d’autres organisations à but non lucratif de l’industrie à travers le Canada qui représentent les éleveurs porcins, les producteurs commerciaux, les transformateurs de porc et les centres régionaux d’amélioration du porc.

Le CCAP a été créé le 15 décembre 1994, suite à la privatisation du Programme canadien pour l’amélioration des porcs d’Agriculture et agroalimentaire Canada (AAC). Le CCAP est un exemple fructueux de la privatisation d’un programme par AAC. Depuis sa création, le CCAP a réalisé des

progrès considérables dans l’étendue et la qualité de ses services, tout en transférant tous les coûts associés aux utilisateurs de l’industrie.


Page 2

Message du Président Chers membres et amis du CCAP,

Ce fut ma première année en tant que président du CCAP et ce fut un honneur et un plaisir de vous servir ainsi que l’organisation. Comme par le passé, de nombreux défis et opportunités se sont présentés durant l’année. Le CCAP continue à renforcer et resserrer les liens à l’intérieur de l’industrie. À la fin du mois de janvier, le premier cas de DEP a été détecté au Canada. Vous êtes tous au courant de la façon dont ce diagnostic a touché l'industrie porcine canadienne, mais il y aussi eu un impact important au CCAP. Le CCAP étant membre du Conseil canadien de la santé porcine (CCSP), Brian a joué un rôle actif en ce qui a trait à la communication sur l’épidémie à l’échelle nationale. Comme l’avenir du CCSP demeure toujours incertain, le CCAP continue d’appuyer les efforts en cours afin d’orienter le devenir de cette organisation.

Nous sommes également fiers d’être membre de PigGen Canada et nous continuons à appuyer les efforts de ce groupe. C’est fantastique de voir des compétiteurs travailler ensemble sur des questions non-compétitives afin d’améliorer l’industrie porcine dans son ensemble. En mettant un accent important sur la recherche, certains projets se sont terminés au cours de la dernière année et de nouveaux sont en cours. Le projet sur les verrats hypoprolifiques s’est terminé d’excellente façon de telle sorte que la technologie appliquée lors du projet est maintenant utilisée régulièrement par l’industrie. Un deuxième projet sur l’odeur de verrat a été entamé et je suis confiant qu’une solution génétique à l’odeur de verrat pourra être mise en œuvre. Le projet sur les «Nouvelles Technologies» a également été approuvé pour financement au cours de la dernière année. Les applications pratiques que ce projet peut apporter à l’industrie sont infinies. En tant qu’organisation de l’industrie, nous devons nous assurer que la recherche dans laquelle nous sommes impliqués puisse être utilisée à la base. Les normes nationales sur la qualité de la viande sont un excellent exemple de cela. Ces normes fournissent aux transformateurs, grossistes et détaillants un outil canadien pour la commercialisation de viande porcine produite ici. En lisant le texte ci-dessus, à mon avis, une chose ressort clairement – La force du CCAP est sa collaboration avec l’industrie dans son ensemble. Cela peut être réalisé uniquement avec une équipe qui travaille en gardant cette idée à l’esprit. Merci Brian pour tout le temps et les efforts consacrés à faire du CCAP une organisation de classe mondiale. Je tiens également à remercier tout le personnel du CCAP. Grâce à vous, le CCAP est reconnu comme un leader dans l’industrie, non seulement au Canada mais à travers le monde. Meilleures salutations, Rod de Wolde Président, CCAP


Page 3

Rapport du Chef de la direction

Alors que le CCAP amorce sa 20e année d’activité, il ne manque pas d’évènements intéressants et éprouvants qui affectent notre industrie. Heureusement, ces évènements ne sont pas tous négatifs, et en général les perspectives de production de viande porcine sont plus positives aujourd'hui qu'elles ne l'ont été depuis de nombreuses années. Parmi tous les changements et les défis qui apparaissent et réapparaissent d’année en année, il est important que l’industrie maintienne une vue d’ensemble élargie et sur le long-terme. De nouvelles opportunités sont à venir, telles que le marché européen et l’obtention de valeur ajoutée pour les marchés existants, y compris ici au Canada. Avec ces opportunités, il existe de nouveaux défis, entre autres sociaux, auxquels l’industrie doit se mesurer afin de répondre aux besoins des consommateurs dans différents marchés internationaux. Ce sont des domaines qui pourraient avoir peu d’impact à court-terme et qui nécessitent un point de vue national tout en gardant en mémoire l’intérêt collectif de l’industrie. Les

activités plus globales et à plus long terme sont également d’intérêt public et ont donc l’appui du public. Un des plus grands défis est de rassembler les acteurs de la filière et de garder une vision commune. Dans une certaine mesure, chacun doit mettre les avantages collectifs ou ses intérêts individuels de l’avant. La bonne nouvelle est que de telles initiatives nécessitent un investissement relativement limité pour une industrie de plusieurs milliards de dollars et les bénéfices potentiels dépassent largement les coûts. En réalité, nous faisons déjà cela au Canada et l’heure est venue de mettre à profit les collaborations existantes pour le bien collectif de l’industrie porcine. Au CCAP, nous nous spécialisons dans l’amélioration génétique et bien entendu, la génétique est l’objectif principal. Cependant, il est important que nos efforts s’alignent avec d’autres facteurs qui affectent la réussite de la chaîne de valeur entière. Ce ne sont pas toutes nos activités qui sont directement liées à la génétique. Les collaborations avec les spécialistes dans d’autres disciplines telles que les sciences de la viande, la santé porcine, la nutrition, la commercialisation et l’économie sont essentielles à notre approche. Vous trouverez plus loin dans ce rapport des informations sur plusieurs efforts collaboratifs que le CCAP mène ou soutient. Les exemples incluent les normes pour le persillage et la couleur de la viande, les évaluations génomiques pour ces caractères de qualité de la viande et autres, l’utilisation de technologie aux ultrasons pour évaluer le niveau de persillage chez le porc vivant, les alternatives pour le contrôle d’odeurs de verrat incluant une solution génétique prometteuse, l’utilisation de nouvelles technologies afin de mesurer différents caractères sur les porcs en croissance et les carcasses, l’utilisation de la génomique pour la sélection de truies plus résistantes aux maladies, l’utilisation de la génomique plus généralement pour divers caractères importants, des analyses chromosomiques afin de dépister des verrats ayant une fertilité faible avant leur entrée dans les centres d’insémination artificielle, l’impact économique des poids d’abattage plus lourds, l’évaluation de courbes de croissance et de consommation alimentaire à des poids plus lourds ainsi que l’exploration de nouvelles technologies telles que la variation du nombre de copies dans les segments d’ADN et les aptamères d’ADN. Je vous encourage à lire à propos ces développements dans ce rapport et n’hésitez pas à nous contacter au CCAP pour plus d’informations. Comme vous pouvez le constater, le CCAP est impliqué dans de nombreux développements couvrant un très large éventail de domaines qui sont importants pour l'industrie du porc. Ceci est possible est en grande partie grâce à l’approche collective de nombreuses personnes ici au CCAP et à l’extérieur. Je tiens à exprimer ma gratitude envers toutes les personnes impliquées. En particulier, merci à tout le personnel du CCAP pour leur travail acharné et constant et pour leur dévouement. Je tiens à remercier Rod de Wolde au nom de tout le personnel du CCAP et des membres du Conseil d’administration alors qu’il complète sa première année en tant que président du CCAP. Je tiens à remercier les administrateurs pour leur soutien renouvelé et leur dévouement au CCAP et à l’industrie. Enfin, je tiens à souligner l'importante contribution de nombreuses personnes travaillant pour les organisations membres du CCAP, les éleveurs, autres partenaires de l'industrie, les instituts de recherche et le gouvernement. La collaboration et le soutien de tant d’individus sont importants pour la réussite collective de notre industrie. Brian Sullivan Chef de la direction


Page 4

Normes nationales La mise en place et l’application continue des normes assurent la collecte de données précises et cohérentes à travers le pays. Ceci est essentiel pour l’efficacité des évaluations génétiques, et encore davantage pour les futurs systèmes d’évaluation génomique. Des normes nationales sont disponibles pour la collecte et l’enregistrement des données de productivité des truies, de sondage, de conformation, de qualité de carcasse et de qualité de viande. Des procédures standardisées sont également importantes pour le transfert et la validation des données, l’ajustement des données brutes à des poids standardisés, les modèles d’évaluation génétique et la publication des résultats. Programme d’Accréditation National pour les mesures aux ultrasons Le programme d'Accréditation est géré par le CCAP et est une partie importante du programme national d'amélioration génétique porcine. L’officier des normes nationales, Raymond Deshaies, du Centre de développement du porc du Québec (CDPQ), supervise les sessions nationales et la formation des techniciens selon les normes du CCAP. Une session nationale était prévue en avril 2014 mais elle a été remise pour des questions de biosécurité liées au virus de la Diarrhée épidémique porcine (DEP) et au Delta Coronavirus. Plusieurs sessions d’accréditation provinciales et à la ferme ont eu lieu au cours de la dernière année, où des techniciens de niveau I ont été accrédités pour les mesures aux ultrasons de gras dorsal, l’épaisseur de la longe ainsi que le gras intramusculaire. Actuellement, il y a 45 techniciens accrédités pour la collecte de mesures par ultrasons du gras dorsal et de l’épaisseur de longe, dont 38 techniciens de niveau I et 7 techniciens de niveau II. Cela inclut douze techniciens (6 niveau I et 6 niveau II) qui sont actuellement accrédités pour mesurer les niveaux de gras intramusculaire chez les porcs vivants.

Officierdesnormesnationales

38techniciensniveauI

6techniciensniveauII

Raymond Deshaies, CDPQ

Chris Crump, OSI Murray Duggan, Fast Genetics Philippe McSween, CDPQ Rebecca Millar, Fast Genetics Ricky Milton, UPEI Wim VanBerkel, WSTA


Page 5

Autres caractères Les normes concernent également de nombreux autres caractères et mesures, essentiellement tout ce qui peut être saisi dans la base de données du CCAP. Au cours des dernières années, des efforts importants ont été réalisés afin de définir et de valider des normes pour les caractères liés à la qualité de la carcasse et de la viande en collaboration avec Canada Porc International. Des travaux complémentaires sont en cours afin de les appliquer et les centraliser dans la base de données du CCAP dans le cadre de projets ou de la collecte de données en routine. Le CCAP travaille constamment sur l’élaboration de nouveaux phénotypes ainsi que l’évaluation de nouveaux équipements dans le cadre de projets ou durant les sessions d’accréditation afin d’assurer une collecte adéquate des données et d’optimiser la qualité et la pertinence des données utilisées dans les évaluations génétiques nationales. Une communication régulière est également maintenue avec les organisations internationales en charge de la gestion des normes en matière de contrôle de performances des animaux tels qu’ICAR (International Consortium for Animal Recording), ATOL (Animal Trait Ontology for Livestock), et EOL (Environment Ontology for Livestock).


Page 6

Base de données et site Internet du CCAP Un thème commun au cours des dernières années a été l’augmentation de l’utilisation d’ordinateurs et du stockage en raison de l’utilisation croissante. L’année écoulée n’a pas été différente, et en se tournant vers l’avenir, ces tendances continueront. Les projets de recherche continuent, et tous nécessitent des ressources informatiques importantes. La base de données génotypique continue à croitre, de même que les défis de différents laboratoires, des formats de données et des questions d’identification/étiquetage d’échantillons. Les évaluations génétiques bimensuelles régulières se poursuivent et comme le nombre de porcs contrôlés augmente, différents changements doivent être faits afin de s’assurer que les évaluations nationales sont mises à jour de façon régulière. Comme nous sommes l’une des rares organisations, sinon la seule, qui a sauvegardé les données d’évaluations depuis le début, l’espace requis augmente de façon exponentielle. Lorsque la recherche évolue vers l’application, comme pour les mesures par ultrason pour le gras intramusculaire (GIM) chez les porcs vivants, le volume de données augmente encore plus. Avec le GIM, huit images sont collectées sur chaque porc sondé et ces images sont téléchargées sur le site Internet afin d’être analysées. Il y a maintenant 170 000 images sauvegardées, analysées et disponibles sur le site Web. Les projets de recherche à venir, tel que celui sur les “Alternatives pour le contrôle d’odeur de verrat dans la viande porcine canadienne” continueront à contribuer au volume croissant de données stockées, analysées et publiées. Plusieurs génotypes seront ajoutés, des programmes informatiques seront élaborés afin d’afficher et de traiter les données ainsi que d’autres outils afin de mieux partager les informations entre différentes équipes de recherche. L’utilisation de eFerme continue à augmenter rapidement, alors qu’un nombre croissant d’éleveurs et de producteurs commerciaux optent pour l’utiliser exclusivement à des fins de gestion des truies. Ainsi, la demande pour de nouveaux rapports de gestion améliorés continue à croitre ainsi que les améliorations aux applications existantes. Il existe également une forte demande pour de nouvelles applications, telles que la possibilité d’utiliser eFerme sur les téléphones intelligents. On continue à travailler dans d'autres espèces, y compris un nouveau projet sur l'omble chevalier et le développement d'un nouveau système informatique pour la Société canadienne des éleveurs de chèvres. De nombreux défis nous attendent. Cependant, ces défis peuvent également être des opportunités. En ce qui concerne les projets de recherche, alors que plus d’expérience pratique est acquise au moyen de collaborations avec divers laboratoires et différentes équipes de recherche, le processus et les outils deviennent plus raffinés. Cela a déjà été démontré avec le GIM et des améliorations apportées au cours des premières années d’utilisation. Avec la génétique moléculaire, chaque nouveau laboratoire ou à chaque nouveau projet, des outils sont développés ou améliorés. De nouvelles technologies sont évaluées afin de d’être mieux en mesure de gérer un plus grand nombre de données. A mesure que le groupe des utilisateurs de eFerme grandit, les outils s’améliorent progressivement afin de mieux s’adapter aux différents éleveurs et à leurs régies variées. Jim Groves Responsable des Services Informatiques


Page 7

Programme national d’amélioration génétique porcine Le programme national d’amélioration génétique porcine est ouvert à toute organisation de sélection porcine canadienne intéressée. Le programme est offert en collaboration avec les centres régionaux d’amélioration du porc. Les fournisseurs d’animaux de reproduction ont l’option d’obtenir les services d’un technicien provenant d’un centre régional ou d’accréditer leurs propres techniciens. Les données peuvent également être transférées de logiciels à la ferme ou saisies directement dans la base de données du CCAP au moyen d’eFerme. Les évaluations génétiques, rapports et outils de sélection ainsi que les plans d’accouplement sont disponibles par l’entremise du site Internet du CCAP. Contrôle de performances Les quantités de données recueillies par les éleveurs sur le programme et les ressources informatiques nécessaires sont étonnantes. À ce jour, il y a plus de 5,5 millions de porcs dans la base de données du CCAP, avec approximativement 7 500 nouvelles données de sondage et plus de 10 000 données de portées saisies mensuellement. Ci-dessous, vous trouverez un graphique montrant le nombre de porcs testés par race en 2013 ainsi qu’un sommaire sur le nombre de données de performance collectées en 2013. Les performances moyennes par race pour l’âge, le gras dorsal ainsi que les données de productivité sont fournies aux Annexes 7 et 8 du présent rapport.

Porcs testés en 2013 par race

Données collectées dans le programme canadien d’amélioration génétique des porcs

2012 2013

Nombre de fermes avec données de sondage 72 79Nombre de porcs testés 85 934 88 879 nombre de porcs de race pure 81 585 85 609 nombre avec compte de tétines 51 624 57 377 nombre sondés pour le GIM 3 641 3 521Nombre de fermes avec données de productivité 120 120Nombre de portées nées 140 986 123 475 nombre de portées nées de truies de race pure 114 509 105 358 nombre de portées de race pure 43 548 34 867 nombre avec survie périnatale des porcelets 100 783 106 980 Nombre avec poids de portée au sevrage 56 819 55 575

Yorkshire4563951%

Landrace2788631%

Duroc1079212%

Croisés32704%

Autresraces12922%


Page 8

Évaluations génétiques Les évaluations nationales bimensuelles sont fournies pour sept races (Yorkshire, Landrace, Duroc, Lacombe, Hampshire, Pietrain et TaiZumu) et incluent les 18 caractères énumérés dans le tableau à droite. De plus, un indice maternel et un indice paternel sont calculés pour chaque porc. Des évaluations provisoires à la ferme sont fournies pour la croissance, l’efficacité alimentaire, les caractères de carcasse et la taille de portée pour tous les porcs de race pure ou croisés nouvellement sondés. Les IPG sont basés sur les derniers IPG nationaux des parents et les performances des porcs récemment sondés. Les IPG intra-troupeau peuvent être calculés instantanément ou à partir de plusieurs logiciels ayant un lien avec le serveur de base de données du CCAP. Les évaluations génétiques actuelles sont continuellement améliorées et de nouvelles évaluations sont ajoutées afin d’optimiser l’utilisation de toutes les données collectées dans les élevages porcins à travers le Canada. Plusieurs domaines sont actuellement évalués comprenant de nouveaux modèles pour l’évaluation génétique de la prise alimentaire, de la croissance, du dépôt de gras et de viande maigre en utilisant les modèles de régression aléatoire et non-linéaire, les évaluations génétiques pilotes pour la taille de la portée incluant les données collectées sur les truies hybrides et des évaluations spéciales sur la productivité des truies qui fournit des statistiques qui permettent l’identification de verrats hypoprolifiques. Amélioration génétique Le Programme d'amélioration génétique des porcs offert par le CCAP, par l’intermédiaire de ses centres régionaux, offre aux éleveurs participants des évaluations génétiques sur des caractères économiquement importants mesurés sur leurs porcs. Le tableau ci-dessous montre les progrès génétiques obtenus au cours des six dernières années. Ce sont les gains estimés qui seront transférés aux troupeaux commerciaux en utilisant un verrat terminal Duroc sur une truie hybride Landrace-Yorkshire. Les annexes 4, 5 et 6 fournissent plus de détails sur les évolutions génétiques.

Progrès génétique pour les principaux caractères évalués dans le programme national d’amélioration génétique des porcs

Caractères Unités Variation totale Progrès annuel

moyen 2007-2013

Âge à 100kg jours -5,6 -0,9 Rendement en maigre % +0,15 +0,03 Surface d’œil de longe cm2 +0,91 +0,21 Conversion alimentaire kg aliment/kg gain -0,075 -0,013

Gras dorsal mm -0,29 -0,05 Épaisseur de muscle mm +1,06 +0,18

Taille de portée à la naissance porcelets/portée +0,74 +0,12 Survie périnatale des porcelets %/portée +1,84 +0,31

Intervalle entre mises bas jours -0,07 -0,01 Tétines fonctionnelles tétines +0,10 +0,02

Basé sur les progrès génétiques des troupeaux de sélection actifs en 2013


Page 9

La mise en œuvre d’évaluations génomiques pour les porcs canadiens de race pure Bien que l’industrie du porc à travers le monde ait grandement profité de l’application du BLUP, de nouveaux outils génomiques promettent plus de bénéfices. Les études sur les caractères de production, de santé et de qualité de viande ont démontré le pouvoir et le potentiel de la génomique. La puce PorcineSNP60 (Illumina, San Diego, USA) est à la disposition de l’industrie depuis environ quatre ans. Le coût de cette puce est élevé en comparaison des avantages économiques obtenus par le génotypage individuel d’un animal. La puce 60K a été utilisée pour étudier le potentiel de la génomique afin d’améliorer la qualité de la viande, un caractère qui n’est généralement pas mesuré sur l’animal vivant. Il est également possible d’utiliser la génomique afin de fournir des évaluations précoces plus précises sur des caractères mesurés plus tard dans la vie de l’animal ainsi que des caractères liés au sexe tels que la productivité et la longévité des truies. Par exemple, pour les caractères maternels tels que la taille de la portée, il faut presque deux ans avant d’obtenir des valeurs génétiques pour un verrat sur la base des performances de ses descendants femelles. Cependant, dans l’intervalle la plupart des verrats auront été remplacés par des verrats élites plus jeunes afin d’augmenter le progrès génétique sur d’autres caractères d’intérêt. Or, il est possible d’obtenir des IPG relativement précis pour la taille de la portée ainsi que d’autres caractères à un très jeune âge en utilisant la technologie génomique. Cela peut augmenter le progrès génétique pour ces caractères. Le coût de cette technologie est toujours relativement élevé ce qui demeure le facteur principal limitant l’application de la génomique. Fournir un indice de potentiel génomique officiel pour les animaux ne dépend pas seulement du prix des puces SNP. Il y a également les coûts liés à l’échantillonnage, l’extraction de l’ADN, le génotypage, la gestion et le stockage des données, l’estimation des indices de potentiel génomique et leur publication. En 2012, la puce GeneSeek Genomic Profiler for Porcine (GGP-Porcine) LD (GeneSeek, Lansing, USA), qui contient approximativement 8 500 SNPs a été mise à la disposition de l’industrie. L’élaboration de méthodes d’imputation afin de déterminer les génotypes de SNPs non-typés sur la puce 60K qui ne se trouvent pas sur la puce à faible densité est une option prometteuse qui permettrait de réduire les coûts de génotypage. Les études précédentes au CCAP et ailleurs ont montré que l’industrie porcine au Canada pourrait réduire de façon significative les coûts de génotypage au moyen de l’imputation. La précision de la prédiction des génotypes 60K à partir d’une puce 10K est de 97% chez la race Duroc et 99% chez les porcs Landrace et Yorkshire. En utilisant les méthodes d’imputation, les puces à faible densité devraient être assez précises et rentables afin de permettre la sélection à un très jeune âge. Le CCAP a déjà évalué différentes densités de puces et a acquis l’expertise et des outils qui peuvent fournir les outils nécessaires afin de mettre en œuvre les évaluations génomiques. La conception de puces abordables à plus faible densité se poursuit.


Page 10

Formation, conférences et consultation Les échanges réguliers avec les membres, les clients et la communauté scientifique sont importants pour l’utilisation efficace des services d’amélioration génétique par l’industrie, pour l’implication des partenaires et pour maintenir le Canada à la fine pointe de la recherche et de l’innovation en génétique. Un exemple en est le comité consultatif sur la génétique du CCAP qui se réunit deux fois par année pour discuter de différentes questions importantes se rapportant à l’industrie porcine. C’est un comité consultatif composé de chercheurs et d’experts de l’industrie pancanadiens. En 2013, les deux réunions ont eu lieu en Ontario, à Ottawa en mai et à Guelph en novembre. Lors de ces réunions, il y a eu des discussions sur l’implication et l’application potentielle de résultats de recherche pour le bienfait de l’industrie. Ces réunions ont favorisé les interactions et les collaborations pancanadiennes entre différents chercheurs et parties prenantes et sont un moyen d’avancer sur les thèmes importants à l’industrie (pas seulement l’amélioration génétique). Le CCAP a également donné des présentations lors de conférences et réunions régionales, nationales et internationales et a rencontré plusieurs délégations internationales intéressées dans la génétique porcine canadienne. Cela a inclus des visiteurs de la Corée, la Chine, le Brésil ainsi que l’Afrique du Sud. Voyez ci-dessous la liste des conférences auxquelles le personnel du CCAP a assisté en 2013.

Plant and Animal Genome XXI Conference (janvier 2013) Banff Pork Seminar (janvier 2013) Journées de la Recherche Porcine (février 2013) London Swine Conference (mars 2013) Conférence du Centre québécois de valorisation des biotechnologies (CQVB) (mai 2013) Le symposium de l’Association scientifique canadienne de la viande (mai 2013) La conférence conjointe de la Société canadienne de science animale et l’Association

scientifique canadienne de la viande (juin 2013) L’atelier international sur la gestion de données et les évaluations génétiques chez le porc

(juin 2013) La 64e réunion annuelle de la Fédération européenne de zootechnie et conférence Interbull

(août 2013) Réunion annuelle du National Swine Improvement Federation (décembre 2013)

Laurence Maignel présidant la session sur la génétique et qualité de la viande lors des Journées de

la recherche porcine à Paris (France), février 2014

Mohsen Jafarikia assistant à un cours de courte durée sur la génétique des maladies porcines qui

a eu lieu à l’Université d’Iowa en juin 2014


Page 11

Appui génétique pour l’industrie porcine au Canada

Le CCAP est une organisation unique dans le sens où, même si elle fournit des services de coordination, de leadership et d'évaluation génétique pour les éleveurs porcins, l'organisation travaille également en étroite collaboration avec plusieurs partenaires de l'industrie du porc - et non seulement sur le front de l'amélioration génétique. Le CCAP se consacre à favoriser l’application des résultats de la recherche à toute la chaîne de valeur afin d’améliorer l’industrie. Travailler en étroite collaboration avec les partenaires de l’industrie, les centres d’I.A., les fournisseurs de matériel génétique et autres parties prenantes est important pour le succès de l’industrie et ne serait pas possible si de telles collaborations n’étaient pas en place. Le CCAP remercie les nombreuses organisations pour leur participation et leur collaboration dans l’amélioration de l’industrie porcine dans son ensemble. Le CCAP s’intéresse également au transfert des connaissances et grâce à ses séminaires de recherche porcine rassemble les chercheurs et les parties prenantes de l’industrie au Canada afin de favoriser plus de recherche et de collaborations. Deux séminaires de recherche porcine se sont tenus conjointement avec le comité consultatif sur la génétique du CCAP depuis l’été dernier – un à Guelph en novembre 2013 et un en mai 2014 à Saskatoon.

Séminaire sur la recherche porcine (Saskatoon, Saskatchewan - mai 2014)

Le CCAP soutient également les efforts d’autres partenaires de l’industrie tels que le Conseil canadien du porc, le Conseil des viandes du Canada, Canada Porc International, Swine Innovation Porc, l’Association canadienne des exportateurs de porcs et le gouvernement fédéral. Ce soutien inclut la participation à des comités tels que celui sur la traçabilité, l’accueil de délégations internationales, le développement de normes canadiennes pour la qualité de la viande et la participation aux comités de l’Association scientifique canadienne de la viande.

Soutien aux organisations membres du CCAP

Brian Sullivan siège sur le Conseil d’administration de l’OSI et sur le comité de travail sur la traçabilité du CCP. Laurence Maignel est membre du comité génétique du CDPQ et du comité d’orientation des épreuves en station.


Page 12

Association scientifique canadienne des viandes

Le CCAP est une association membre de l’Association scientifique canadienne des viandes. Stefanie Wyss participe à la mise en page du bulletin de l’ASCV. La réunion annuelle de l’ASCV et le symposium technique ont eu lieu conjointement avec le 94ième symposium annuel du Conseil des viandes du Canada à Toronto les 7 et 8 mai derniers. De plus amples informations sur l’ASCV sont disponibles à l’adresse suivante: http://cmsa-ascv.ca/

Conseil canadien de la santé porcine

Le CCAP est membre du Conseil canadien de la santé porcine (CCSP). Brian Sullivan a été élu président du Conseil d’administration en février 2014. Des informations sur le CCSP sont disponibles à l’adresse suivante: www.santeporcine.ca

Association canadienne des exportateurs de porcs

Le CCAP a fourni de l’aide pour les exportateurs, en accueillant des délégations étrangères, en participant à des conférences internationales et à des séminaires, et en fournissant du support technique concernant le programme d’amélioration des porcs. Des ’informations sur l’Association canadienne des exportateurs de porcs sont

disponibles à l’adresse suivante : www.canadianswine.com

Table ronde nationale sur la chaîne de valeur de l'industrie du porc

Le CCAP est membre de la Table ronde nationale sur la chaîne de valeur de l’industrie du porc et participe au groupe de travail du pilier « Innovation ». Des informations sur la Table ronde sont disponibles à l’adresse suivante: www.ats-sea.agr.gc.ca/rt-tr/por-fra.htm.

PigGen Canada

Le CCAP est membre de PigGen Canada, une organisation visant à représenter le secteur canadien de la génétique porcine d’une seule voix et à développer des stratégies et du soutien pour la recherche en génétique porcine au Canada, de concert avec les priorités de l’industrie porcine canadienne. Les principales priorités de recherche de PigGen Canada incluent la santé et la résistance aux maladies, la qualité de viande et le dépôt de viande maigre, la productivité des truies, l’efficacité

de la production et le bien-être des animaux. Des informations sur PigGen Canada sont disponibles à l’adresse suivante: www.piggencanada.ca.

Autres

Le CCAP est membre du Forum Européen des Sélectionneurs d’Animaux de Rente-Surveillance sur les brevets d’inventions. Des informations sont disponibles à l’adresse suivante: www.effab.org.

Le CCAP collabore avec l’Institut pour la Filière Porcine (IFIP) en ce qui a trait aux normes, aux évaluations génétiques et aux projets de recherche. Des informations sont disponibles à l’adresse suivante: www.ifip.asso.fr.


Page 13

Services pour les autres espèces animales L’infrastructure développée pour la livraison du programme national d’amélioration génétique porcin permet au CCAP d’offrir des services semblables à d’autres espèces de façon très rentable. Ceci est important pour les productions animales qui autrement, n’auraient pas les ressources et l’expertise requises pour mettre en place leurs propres programmes. En fournissant ces services, cela contribue également à soutenir financièrement le CCAP et permet d’avoir une plus grande équipe de spécialistes en génétique. Au cours de la dernière année, une variété de services d'amélioration génétique et de consultation a été fournie pour les chèvres, les moutons, les poissons, les bovins et les lapins.

Chèvres

Génétiquecaprine.ca Lancé en 2008, GénétiqueCaprine.Ca est un site Internet bilingue qui centralise les généalogies, les données de contrôle laitier et les notes de conformation ainsi que les évaluations génétiques. Le site fournit également une liste de “Who’s Who dans la génétique caprine”, un classement Top Chèvres et des informations générales sur l’amélioration génétique des chèvres laitières. Une section sécurisée pour les services aux membres permet aux éleveurs de chèvres laitières de consulter les valeurs génétiques des caprins dans leur troupeau et d’utiliser différents rapports et outils de sélection. Le CCAP calcule les évaluations génétiques pour les chèvres laitières sur une base mensuelle.

Utilisation de la génomique pour améliorer la productivité et la santé des troupeaux caprins

En collaboration avec la Société des Éleveurs de Chèvres Laitières de Race du Québec et Ontario Goat, le CCAP a participé à l’évaluation du potentiel de la sélection génomique pour améliorer la productivité et la santé des troupeaux caprins. Ce projet de deux ans a utilisé de nouvelles technologies disponibles en génomique (puces à SNP contenant 50 000 polymorphismes) et a génotypé des chèvres laitières au Québec et en Ontario. Des participants de 16 troupeaux caprins du Québec, 9 troupeaux de l’Ontario, 2 des centres d’I.A. et le Programme canadien des ressources génétiques animales d’Agriculture et agroalimentaire Canada à Saskatoon ont fourni des échantillons de tissus dans le cadre du projet. Au total, 403 chèvres de race Alpine, 318 Saanen, 81 LaMancha, 54 Nubienne, 53 Toggenburg et 67 chèvres Boer ont été génotypés en utilisant la puce à 50K SNP. Le génotypage de SNP a généré une énorme quantité de données pour chaque animal. Au total, plus de 50 millions de résultats SNP ont été chargés dans la base de données nationale. Des études d’association préliminaires à l’échelle du génome ont révélé des SNPs liés de façon significative à divers les caractères de production, conformation et de santé dans les races Alpine et Saanen. Des évaluations génomiques pilotes ont été calculées pour les caprins de race Alpine pour 12 caractères de production et de conformation et comparées aux indices de potentiel génétique officiels des boucs et chèvres génotypés. Les résultats initiaux montrent qu’en incluant des génotypes SNP dans les évaluations génétiques permettrait d’augmenter de façon significative la précision de sélection, particulièrement pour les caractères de conformation et les cellules somatiques.

Groupe consultatif national sur l’amélioration génétique des chèvres laitières En novembre 2013, la réunion inaugurale du groupe consultatif national sur l’amélioration génétique des chèvres laitières a eu lieu à Guelph, Ontario. Le but du groupe est de représenter et d’agir au nom de l’industrie de l’amélioration des chèvres dans son ensemble et de rassembler les parties prenantes dans l’industrie impliquées dans les programmes et les services liés à l’amélioration génétique des chèvres. Le groupe a tenu deux réunions depuis son inauguration. Les membres actuels du groupe sont composés de la Société canadienne des éleveurs de chèvres, Ontario Goat,


Page 14

la Société des éleveurs de chèvres laitières de race du Québec, Eastgen, Canadian DHI, Holstein Canada ainsi que le Centre canadien pour l’amélioration des porcs.

Moutons Depuis plusieurs années, le CCAP offre des services-conseil au Centre d’expertise en production ovine du Québec (CEPOQ). Les services incluent le travail de vulgarisation sur les évaluations génétiques ovines, le

soutien dans la base de données et les analyses de statistiques et plus récemment l’utilisation des informations moléculaires. Au cours de la dernière année, le CCAP a travaillé avec le CEPOQ afin de fournir des rapports de consanguinité aux producteurs afin de contrôler les niveaux de consanguinité dans leurs troupeaux. Un autre projet avec l’Association canadienne des éleveurs de moutons (ACEM) pour évaluer la variabilité génétique dans 52 races ovines canadiennes a été complété en décembre 2013. Finalement, un projet sur l’identification de causes génétiques potentielles lié à un défaut de locomotion reconnu (crampage) a été complété en collaboration avec le CEPOQ en janvier 2014. Le projet comprenait des analyses génomiques utilisant des données sur environ 200 moutons génotypés avec la puce ovine 700K.

Omble chevalier Le CCAP est impliqué dans un nouveau projet sur le développement de l’aquaculture et la commercialisation rentable de l’omble chevalier au Canada. Le projet est dirigé par le Coastal Zones Research Institute Inc et le CCAP est en charge de la conception et du développement d’une base de données centrale en ligne afin d’établir un programme de sélection pour l'omble chevalier. Cela inclut la mise en place d’évaluations génétiques pour l’omble chevalier, la création d’outils en ligne pour la sélection des meilleurs

candidats ainsi que des plans d’accouplement en plus de la création de rapports pour les utilisateurs. Le projet est financé par l'Agence de promotion de l'Atlantique et les partenaires de l'industrie.

Dans la photo ci-dessus: Laurence Maignel (à gauche) et Johanne Cameron (CEPOQ) lors de la

réunion annuelle de l’Association canadienne des éleveurs de

mouton, mai 2013

Réunion de lancement du projet sur l’omble chevalier, avril 2014 De gauche à droite: Brian Sullivan, Dr. Christophe M. Herbinger, Philippe Fullsack,

Moira Ferguson et Jim Groves


Page 15

Recherche et transfert technologique Développement de nouveaux outils génomiques pour améliorer la qualité de viande et l’efficacité de la productivité chez le porc Ce projet qui s’est terminé en janvier 2013 a été rendu possible grâce au financement provenant de nombreuses sources publiques et privées, dont le Conseil pour le Développement de l'agriculture du Québec ( CDAQ ), le Conseil agricole du Nouveau-Brunswick, Agri-Futures Nova Scotia, le Conseil de l'adaptation Agricole de l'Ontario, le Manitoba Rural Adaptation Council, le Ministère de l' Agriculture, des Pêcheries et de l'Alimentation du Québec (MAPAQ) et Agriculture et Agroalimentaire Canada par l'entremise de Swine Innovation Porc. Le CCAP et ses centres régionaux, PigGen Canada, la Fédération des producteurs de porcs du Québec et de nombreux éleveurs de porcs canadiens ont également apporté une contribution financière. Le CCAP a collaboré avec le CDPQ pour évaluer l'application pratique de la génomique. Toutes les activités du projet ont été achevées et un rapport final sur le projet a été soumis à Innovation Porc. Le projet a permis la création d'une population ressource précieuse composée de porcs en provenance de différents éleveurs de race pure à travers le Canada. De nombreuses données phénotypiques ont été recueillies sur les porcs testés en station au cours de deux essais indépendants. Ces porcs ainsi que certains de leurs apparentés (pères, mères et frères /sœurs de portée) avaient des échantillons de tissus prélevés et une partie de ces animaux ont été génotypés avec la puce 60K SNP. Des analyses d’association ont été réalisées pour plusieurs caractères et certaines régions du génome qui n’avaient pas été précédemment rapportées ont été identifiées comme étant liées à des caractères spécifiques. Des marqueurs génétiques précédemment rapportés comme étant liés à des caractères d’intérêt économique ont également été étudiés. Des analyses d’expression génétique ont révélé que pour certains gènes l’expression variait entre animaux ayant des phénotypes de qualité de viande différents. Le séquençage ciblé a mené à la découverte de SNPs qui pourraient être utilisés pour la sélection d’attributs liés à la qualité de viande selon les résultats des analyses d’expression génétiques. Le projet a aussi permis le développement et la mise en place d’évaluations génomiques pour des caractères d’intérêt économique liés à la productivité et la qualité de viande. Production de porc canadien très persillé en combinant les nouvelles technologies, la génétique quantitative et l’alimentation

Ce projet a été financé par le Programme canadien d'adaptation agricole (PCAA) d'Agriculture et Agroalimentaire Canada. Les éleveurs, le CCAP et ses organisations membres ont également fourni du financement privé. Ce projet a pris fin en juin 2013 et a été coordonné par le CCAP en collaboration avec ses organisations membres à travers le Canada. Le projet comprenait le sondage de plus de 7000 porcs de race pure Duroc, pour prédire leur niveau de gras intramusculaire (GIM) dans la longe grâce aux ultrasons. Les données obtenues à partir des images ultrasons ont été utilisées dans les évaluations génétiques pour prédire le potentiel génétique des verrats Duroc disponibles en centre d’IA. Dans une seconde phase, deux tests commerciaux ont été réalisés pour produire 1350 porcs commerciaux issus de deux groupes de verrats avec des valeurs génétiques extrêmes pour le GIM (élevées vs. basses) et soumis à deux régimes alimentaires différents (standard ou formulé pour augmenter le persillage). Les deux essais ont démontré les effets additifs de la génétique et de l’alimentation sur les niveaux de persillage.


Page 16

Des évaluations détaillées de carcasses et de la qualité de viande ont été réalisées à l’abattoir, incluant l’utilisation de nouvelles technologies telles que la vision par ordinateur et l’imagerie hyperspectrale. Des analyses sensorielles ont également été réalisées par des panels de dégustation pour chaque groupe de porcs, démontrant des liens clairs entre le GIM et les critères de qualité sensorielle tels que la tendreté, la jutosité, la saveur, etc. Ce projet a fourni des méthodes objectives pour la production de niveaux spécifiques de persillage de la longe chez les porcs commerciaux au poids de marché actuel, grâce à la combinaison optimale de la génétique et de l’alimentation. L’impact sur de nombreux autres caractères d’intérêt (croissance, efficacité alimentaire, qualité de carcasse, etc.) a également été étudié, suggérant qu’il est possible d’augmenter le persillage en sélectionnant des verrats avec des valeurs génétiques très élevées pour le GIM, sans pour autant détériorer les paramètres économiquement importants pour les producteurs. Le projet a également permis d’établir des normes méthodologiques pour la prédiction du persillage sur les porcs vivants et les carcasses, et des outils permettant aux éleveurs et producteurs de porcs de s’adapter aux exigences de qualité des produits à haute valeur ajoutée dans les années à venir. Définition des normes de qualité de carcasse et de qualité de viande

Le projet visant à développer des méthodes standards pour évaluer de différents caractères de carcasse et de la qualité de viande en utilisant une approche axée sur la recherche et un système d’évaluation à deux niveaux

comprenant des méthodes objectives et subjectives. Un groupe de travail sur les normes de qualité de viande et de carcasse a été créé pour rassembler des experts canadiens des laboratoires d’AAC, des universités et des abattoirs. Ce groupe a travaillé collectivement afin de définir la meilleure approche pour développer des normes canadiennes de mesures de carcasse et de qualité de viande. Une des activités du groupe de travail fut de développer une nouvelle version du manuel Canadian Pork Carcass and Meat Quality Evaluation Standards. Le manuel a été développé à l’aide d’une approche scientifique et axée sur le consensus, pour documenter en détail les méthodes actuellement utilisées pour évaluer la qualité de viande et de la carcasse. A la fin du projet, le manuel incluait 47 caractères différents, classifiés comme méthodes subjectives, objectives ou de référence. A l’aide d’une banque de photos de côtelettes échantillonnées sur environ 1000 porcs, des outils de vision par ordinateur ont été développés pour évaluer la couleur de la viande et du gras, ainsi que le niveau de persillage à partir de photos numériques Comme sous-produit à ce travail, des chartes d’évaluation subjectives de couleur et de persillage ont été développées. Ces chartes ont ensuite été testées et ajustées à l’aide d’un processus itératif pour les rendre faciles à utiliser dans des conditions commerciales. Les méthodes d’évaluation et les chartes développées dans le cadre de ce projet pourraient être utilisées dans des protocoles de collecte de données pour s’assurer de fournir des mesures standardisées, ce qui est capital dans les programmes de sélection et les projets de recherche. Les normes développées pourraient aussi servir pour évaluer la qualité du porc canadien, en les appliquant sur des échantillons représentatifs de carcasses produites à travers le Canada. Bien que les méthodes subjectives soient généralement faciles à mettre en œuvre en conditions commerciales, il est recommandé d’utiliser des méthodes objectives quand cela est possible, car elles produisent des résultats comparables au fil du temps. Le projet a permis entre autres choses d’explorer de nouvelles technologies très prometteuses pour évaluer la qualité de la carcasse et de la viande, particulièrement dans le domaine de la vision artificielle.


Page 17

Développement d'une solution pour les odeurs sexuelles dans la viande par l’utilisation de marqueurs génétiques

Ce projet qui a pris fin en Octobre 2013 et a été rendu possible grâce au financement du Conseil d'adaptation agricole de l'Ontario. Le projet a été mené par Ontario Swine Improvement (OSI) en collaboration avec le CCAP. Western Swine Testing Association (WSTA) et le Centre de développement du porc du Québec (CDPQ) ont également

participé et contribué au financement du projet. L’objectif de ce projet était de déterminer les niveaux d’odeurs sexuelles dans les populations de porcs canadiens et de développer des outils que les éleveurs pourraient utiliser pour réduire les niveaux d’odeur de verrat chez les mâles entiers sans affecter la fertilité ou d'autres caractères de production importants. Un total de 3 474 porcs ont été génotypés pour 97 marqueurs SNP. Les marqueurs étaient plus polymorphes dans les races Landrace et Yorkshire par rapport à la race Duroc. Des niveaux plus élevés d’androsténone ont été mesurés dans des échantillons de gras provenant de porcs Duroc par rapport aux porcs Landrace et Yorkshire. En revanche, les porcs Duroc avaient des niveaux de scatol inférieurs dans les échantillons de gras par rapports à leurs congénères Landrace et Yorkshire. Environ 51 % et 5% des Duroc, 27 % et 15% des Landrace, et 24 % et 11 % des porcs Yorkshire avaient des niveaux d’androsténone et de scatole supérieurs, respectivement, aux seuils d'acceptation par les consommateurs. Dans les trois races, environ 5 % des verrats étaient au-dessus des niveaux d'acceptation des consommateurs pour les deux composés mesurés. Les résultats ont également révélé que plus d’un animal avait des allèles des marqueurs associés à l'androsténone (chez le Duroc) et au scatole (chez le Landrace et le Yorkshire), plus les niveaux d'odeurs étaient élevés dans les échantillons de gras prélevés. Le projet et ses résultats sont significatifs car ils fournissent des informations et des outils pour évaluer et sélectionner éventuellement des porcs avec des niveaux d’odeurs de verrat naturellement faibles sans effets négatifs sur d’autres caractères économiquement importants. Les participants au projet ont reçu des outils leur permettant de consulter les niveaux d’odeurs de verrat sur leurs animaux et d’avoir cette information incluse dans les évaluations génétiques. Une solution génétique naturelle est une alternative intéressante à la castration. Non seulement cela pourrait résoudre de façon proactive la question des odeurs de sexuelles, mais cela épargnerait du temps aux éleveurs car ils n'auraient plus à castrer et éviteraient le stress et les complications possibles consécutives à la castration. De plus, les animaux castrés sont plus gras et beaucoup moins efficaces au niveau alimentaire que les mâles entiers, donc cette solution permettrait d'économiser de l'argent et d'augmenter le rendement en maigre des carcasses. Elle permettrait également aux éleveurs d'adopter une approche proactive pour aborder la question de l’abandon de la castration des porcelets avant que le problème ne soit imposé aux producteurs canadiens. Étude des anomalies chromosomiques et des variations du nombre de copies génomiques (CNV) liées à l’hypoprolificité chez les verrats d’I.A. Les éleveurs et les producteurs de porcs veulent la meilleure génétique dans leur troupeau. L’utilisation d’une génétique adaptée mène à l’amélioration des performances chez la descendance pour les caractères importants pour les éleveurs et les producteurs, tels que la croissance, l’efficacité alimentaire et la prolificité. Ces améliorations dans le troupeau peuvent être entachées si un verrat hypoprolifique est utilisé dans le troupeau. Les objectifs du projet consistait à évaluer 200 verrats d’I.A. pour les anomalies chromosomiques et à analyser les génotypes de plus de 60 000 polymorphismes nucléotidiques simples (60K SNP) chez plus de 4 000 porcs Landrace et Yorkshire précédemment génotypés, sur la base des variations du nombre de copies (CNV). Le projet, mené par l'OSI et en collaboration avec l'Université de Guelph et le CCAP, a démontré l'importance de tester les verrats avant leur entrée dans les centres d’I.A. La fréquence des anomalies chromosomiques dans la population étudiée était de 1,13 % (3 verrats sur 165).


Page 18

Même si cela peut sembler minime, ceci équivalait à plus de deux fois la fréquence des anomalies chromosomiques trouvées dans le dépistage systématique des verrats en France. Depuis plusieurs années, la France teste tous les verrats candidats à l'entrée dans les centres d’I.A. pour les anomalies chromosomiques et a réduit l'incidence à environ 1 sur 200 (0,5 %) des verrats testés. L'analyse de la variation du nombre de copies a été effectuée en utilisant les données génotypiques 60K SNP sur 4 028 porcs, et des CNV ont été identifiés dans 3 603 segments du génome. Il y avait en moyenne 11 CNV par porc, le nombre de CNV variant de 1 à 68 selon les porcs. En ce qui concerne les CNV, le projet comprenait seulement l'identification de régions d'intérêt avec des CNV significatifs. Des analyses complémentaires seront réalisées sur les associations entre les CNV et les caractères d’intérêt. Génomique et santé des truies

PigGen Canada (PGC) a réalisé des progrès incroyables sur l'objectif initial d’encourager le secteur canadien de la génétique porcine à travailler ensemble sur la recherche précompétitive en génomique. Le premier projet majeur est axé sur la génomique de la santé des truies et est basé sur des données recueillies

sur des cochettes hybrides de remplacement provenant de troupeaux au statut sanitaire élevé et transférées dans des troupeaux commerciaux présentant des problèmes de santé. La génétique présente dans les troupeaux de multiplication sera retracée jusqu’aux exploitations de race pure représentant les 9 membres de PigGen Canada et est répartie dans 24 troupeaux commerciaux différents. Le CCAP a travaillé étroitement avec l’Association canadienne des éleveurs de porcs (ACEP) afin d’identifier un total de 343 cochettes F1 provenant de quatre troupeaux commerciaux participant au projet. Au cours de la dernière année, les analyses sérologiques et génotypiques ont été effectuées et des analyses de données sont en cours. Ce projet se terminera au cours de la deuxième moitié de 2014. Utilisation de nouvelles technologies afin d’optimiser la performance des porcs, leur bien-être et la valeur de la carcasse

Ce projet à multiples facettes financé par Swine Innovation Porc étudiera l’utilisation de nouvelles technologies comme moyen d’amasser divers phénotypes sur les porcs vivants et les carcasses. En tout, 2500 porcs commerciaux contrôlés sous différentes pratiques de régie dans les fermes de recherche à travers le Canada seront suivis à partir du sevrage jusqu’à l’abattoir en se basant sur les progrès récents dans les technologies de vision par ordinateur. Ceux-ci comprennent l’utilisation de caméras pour prédire le poids et la conformation des animaux en engraissement ainsi que les systèmes de

vision thermique (infrarouge) pour déceler la température corporelle des animaux. D’autres caractères d’intérêt à mesurer sur les porcs vivants incluront la consommation alimentaire, le comportement, la consommation d’eau, les interactions sociales et la locomotion. A l’abattoir, les systèmes de vision tels que les technologies d’imagerie 3D seront utilisés sur les carcasses afin d’évaluer la composition fine de la carcasse au moyen de méthodes objectives et non invasives et la qualité de la viande sera évaluée sur différentes coupes en utilisant les technologies d’imagerie numérique, proche infra-rouge (NIR) et l’imagerie hyperspectrale. Les effets de chaque pratique de régie seront déterminés à partir de données relatives à l’efficacité alimentaire, le bien-être, la qualité de la viande et de la carcasse obtenus au moyen d’indicateurs objectifs. Toutes les données recueillies (sur les porcs vivants et après abattage) seront utilisées dans les analyses avec les génotypes afin d’identifier des associations entre caractères, traitements et génotypes. Ce projet, auquel participent des chercheurs et des experts de l’industrie de différents secteurs allant de la nutrition à l'ingénierie fournira aux éleveurs et aux producteurs les lignes directrices pour l'application de ces nouvelles technologies en production porcine en plus de fournir des recommandations pour optimiser la performance, le bien-être et la valeur de la carcasse des porcs canadiens.


Page 19

Alternatives pour le contrôle de l'odeur de verrat dans la viande de porc canadienne Ce nouveau projet financé par Agriculture et Agroalimentaire Canada (Programme Agri-Innovation) examinera et effectuera des essais afin de trouver des alternatives pour contrôler les odeurs sexuelles par la génomique, l'alimentation et la régie. Cela inclura l’étude de méthodes innovantes pour mesurer les composés d’odeurs de verrat sur le tissu adipeux de carcasses des porcs et pour prédire le potentiel génétique pour les niveaux d’odeurs sexuelles pour les verrats actifs dans les centres d’I.A. canadiens. Plus de 1000 porcs commerciaux (femelles, mâles entiers, castrats et immunocastrés) issus de deux groupes de verrats présélectionnés en fonction de leur génotype pour des marqueurs génétiques spécifiques connus pour influencer les odeurs sexuelles et nourris avec un programme d’alimentation différent et/ou des additifs alimentaires seront testés dans le cadre d’essais commerciaux. Des analyses sensorielles de la viande de porc produite au cours des essais commerciaux sont prévues, ainsi qu'une analyse économique des différents scénarios testés dans le projet. Ce projet est important pour l'industrie car il vise à accroître le bien-être des animaux dans les troupeaux et s'adapter à l'évolution de la situation en Europe en ce qui concerne l’arrêt de la castration.


Page 20

L’année en images

Li Li et Wim Van Berkel, juin 2013 Visite d’une délégation coréenne, septembre 2013

Jacques Chesnais, conférencier au séminaire du CCAP, juin 2013

Lyse Grenier, récipiendaire du prix décerné à la mémoire de Brian Kennedy pour l’année 2013 De

gauche à droite: Brian Sullivan, Lyse Grenier et Pierre Falardeau

M. Denis Vadnais et son épouse Lucille étaient les récipiendaires du prix décerné aux éleveurs de porcs pour 2013 De gauche à droite: Brian Sullivan, Lucille

Vadnais, Denis Vadnais et Line Théroux

Lyse Grenier (à gauche) et Brian Sullivan (à droite) félicitant Laurence Maignel pour ses 10 ans de service, juin 2013

Stefanie Wyss au travail, octobre 2013

Murray Pettitt et Murray Duggan visitant le synchrotron à l‘Université de la Saskatchewan, juin 2014

Frédéric Fortin et Alison Sullivan de retour de la pêche, mai 2014

Lyse Grenier appréciant la musique, juin 2013

Jim Groves à la pêche, mai 2014

Mohsen Jafarikia et son épouse Elham s’amusant lors du souper croisière organisé

par l’OSI, juillet 2013

Centre canadien pour l’amélioration des porcs, inc. Rapport annuel 2014

Page 22

Annexe 1. Membres du Conseil d’administration 2013-2014

Membre Organisation

Rod de Wolde Président du CCAP, Ontario Swine Improvement

Pierre Falardeau Centre de développement du porc du Québec

Dan Hurnik Atlantic Swine Centre

Donald MacDonald Atlantic Swine Centre

Normand Martineau Centre de développement du porc du Québec

Keith Rasmuson Western Swine Testing Association

Brent Robinson Ontario Swine Improvement

Line Théroux Association canadienne des éleveurs de porcs

Wim Van Berkel Western Swine Testing Association

John Webb Conseil des viandes du Canada

Bill Wymenga Conseil canadien du porc

Conseil d’administration du CCAP, juin 2013 Rangée de gauche (de bas en haut): Pierre Falardeau, Keith Rasmuson, Bill Wymenga, Rod de Wolde Rangée du centre (de bas en haut): Lyse Grenier (ancienne présidente du CCAP), Normand Martineau Rangée de droite (de bas en haut): Wim Van Berkel, Brent Robinson, Line Théroux et Brian Sullivan Administrateurs absents: Donald MacDonald, Dan Hurnik et John Webb


Page 23

Annexe 2. Personnel du CCAP Brian Sullivan, Chef de la direction Francine Roy, Gérante de bureau Jim Groves, Responsable des services informatiques Laurence Maignel, Généticienne Li Li, Programmeure-analyste Mohsen Jafarikia, Généticien Stefanie Wyss, Assistante Technique

1ère rangée (de gauche à droite): Francine Roy, Laurence Maignel, Mohsen Jafarikia, Li Li, Stefanie Wyss Dernière rangée (de gauche à droite): Brian Sullivan, Jim Groves, Rod de Wolde (Président du CCAP)


Page 24

Annexe 3. Participants du Comité Génétique

Nom Organisation

Frédéric Fortin Centre de développement du porc du Québec (Président)

Mahima Agochiya Ontario Genomics Institute

Kristen Alves Université de Guelph

Germain Blouin Centre de développement du porc du Québec

Luiz Brito Université de Guelph

Shu Chen University of Guelph Lab Services

Laura Cider Agriculture Adaptation Council

Laetitia Clouthier Centre de développement du porc du Québec

Chris Crump Ontario Swine Improvement

Kees de Lange Université de Guelph

Rod de Wolde Ontario Swine Improvement

Nicole Dion Coop fédérée

Jim Donaldson Alliance Genetics Canada

Murray Duggan Fast Genetics

Vahab Farzan Université de Guelph

Marlow Gingerich Ontario Swine Improvement

Isabelle Girard Alberta Livestock and Meat Agency

Daniela Grossi Université de Guelph

Jim Groves Centre canadien pour l’amélioration des porcs

John Harding Western College of Veterinary Medicine

Jean Howden Ontario Pork

Mohsen Jafarikia Centre canadien pour l’amélioration des porcs

Neil Karrow Centre for Genetic Improvement of Livestock

Gerrit Kraayenbrink Alliance Genetics Canada

Carl Lessard Agriculture et agroalimentaire Canada

Young-Sub Li Université de Guelph

Brandon Lillie Université de Guelph

Matt Loewen Western College of Veterinary Medicine

Laurence Maignel Centre canadien pour l’amélioration des porcs

Laura McDonald Agriculture Adaptation Council

Benny Mote Fast Genetics

Tim Nelson Livestock Research Innovation Corporation

Murray Pettitt Université de Saskatchewan

Graham Plastow University of Alberta

Walter Preugschas Peak Swine Genetics

Anh Quach Université de Guelph

Cheryl Quinton Université de Guelph

Tamas Revay Université de Guelph

Joël Rivest Centre de développement du porc du Québec


Page 25

Comité génétique du CCAP, mai 2014

Andy Robinson Université de Guelph

Brent Robinson Alliance Genetics Canada

Scott Robinson Alliance Genetics Canada

Ola Sawicka Université de Guelph

Larry Schaeffer Université de Guelph

Flavio Schenkel Université de Guelph

Phil Smith Alliance Genetics Canada

Jim Squires Université de Guelph

Alison Sullivan Université de Guelph

Brian Sullivan Centre canadien pour l’amélioration des porcs

Michael Toombs Ontario Ministry of Agriculture and Food

Bethany Uttaro Agriculture et agroalimentaire Canada

Wim Van Berkel Western Swine Testing Association

Dave Vandenbroek Alliance Genetics Canada

Lee Whittington Prairie Swine Centre

Stefanie Wyss Centre canadien pour l’amélioration des porcs


Page 26

Annexe 4. Amélioration génétique par race

Yorkshire

Caractère

2007 2013 Variation totale

(2007-2013)

Gain moyen annuel

(2007-2013) # porcs IPG moyen # porcs IPG moyen

Rendement en maigre (%) 34298 -0,01 28053 +0,00 +0,02 +0,00

Surface de l’œil de longe (cm2) 34298 -0,58 28053 -0,01 +0,57 +0,10

Âge à 100 kg (jours) 34298 +4,6 39470 -0,3 -4,9 -0,8

Conversion alimentaire (kg/kg) 34298 +0,061 28053 -0,007 -0,068 -0,011

Gras dorsal (mm) 34298 +0,08 39470 -0,02 -0,11 -0,02

Épaisseur de longe (mm) 34298 -0,87 28053 +0,01 +0,88 +0,15

Nés totaux (porcelets/portée) 34298 -0,07 39470 +0,59 +0,65 +0,11

Survie périnatale des porcelets (%) 34287 -0,87 39470 +0,82 +1,68 +0,28

Intervalle entre mises bas (jours) 34287 +0,05 39470 +0,03 -0,02 -0,00

Tétines fonctionnelles (tétines) 15635 -0,12 25600 -0,01 +0,11 +0,02

Landrace

Caractère


(2007-2013) # porcs

Gain moyen annuel

(2007-2013) IPG moyen

# porcs IPG moyen # porcs IPG moyen

Rendement en maigre (%) 22095 +0,02 16813 -0,02 -0,03 -0,01

Surface de l’œil de longe (cm2) 22095 -0,31 16813 +0,02 +0,33 +0,06

Âge à 100 kg (jours) 22095 +3,1 25558 -0,3 -3,4 -0,6


Gras dorsal (mm) 22095 +0,01 25558 +0,01 +0,00 +0,00

Épaisseur de longe (mm) 22095 -0,37 16813 +0,05 +0,41 +0,07

Nés totaux (porcelets/portée) 22095 -0,29 25558 +0,53 +0,82 +0,14

Survie périnatale des porcelets (%) 22071 -1,03 25558 +0,97 +2,00 +0,33

Intervalle entre mises bas (jours) 22071 +0,10 25558 -0,02 -0,12 -0,02

Tétines fonctionnelles (tétines) 10856 -0,11 19028 -0,02 +0,09 +0,02

Duroc

Caractère


(2007-2013) # porcs

Gain moyen annuel

(2007-2013) IPG moyen

# porcs IPG moyen # porcs IPG moyen

Rendement en maigre (%) 8431 -0,30 10132 +0,02 +0,31 +0,05

Surface de l’œil de longe (cm2) 8431 -1,37 10132 +0,01 +1,37 +0,23

Âge à 100 kg (jours) 8431 +6,7 10132 -0,4 -7,1 -1,2


Gras dorsal (mm) 8431 +0,49 10132 -0,03 -0,53 -0,09

Épaisseur de longe (mm) 8431 -1,50 10132 -0,02 +1,48 +0,25

Nés totaux (porcelets/portée) 8431 +0,26 10132 +0,27 +0,01 +0,00

Survie périnatale des porcelets (%) 8431 +0,05 10130 +0,36 +0,31 +0,05

Intervalle entre mises bas (jours) 8431 -0,02 10130 +0,06 +0,08 +0,01

Tétines fonctionnelles (tétines) 518 -0,10 2017 +0,00 +0,10 +0,02


Page 27

Annexe 5. Valeurs économiques pour les troupeaux commerciaux

Évolutions chez les truies hybrides (F1) et les porcs commerciaux dues à l’amélioration génétique de 2007 à 2013

Caractère Lignée

paternelle Duroc

Lignées maternelles Porcs

commerciaux Yorkshire Landrace F1s

Rendement en maigre (%) +0,31 +0,02 -0,03 -0,01 +0,15

Surface de l’œil de longe (cm2) +1,37 +0,57 +0,33 +0,45 +0,91

Âge à 100 kg (jours) -7,1 -4,9 -3,4 -4,2 -5,6

Conversion alimentaire (kg/kg) -0,094 -0,068 -0,047 -0,057 -0,075

Gras dorsal à 100 kg (mm) -0,53 -0,11 +0,00 -0,05 -0,29

Épaisseur de longe à 100kg (mm) +1,48 +0,88 +0,41 +0,65 +1,06

Nés totaux (porcelets/portée) +0,65 +0,82 +0,74

Survie périnatale des porcelets (%) +1,68 +2,00 +1,84

Intervalle entre mises bas (jours) -0,02 -0,12 -0,07

Tétines fonctionnelles (tétines) +0,11 +0,09 +0,10

Indice paternel ($/portée) $20,50

Indice maternel ($/portée) $19,00 $18,00 $37,00

Les truies sont environ 126$ plus productives par an aujourd’hui par rapport à il y a 6 ans grâce aux progrès génétiques sur la croissance, l’efficacité alimentaire, le rendement en maigre, la taille de la

portée, la survie périnatale des porcelets ainsi que le nombre de tétines. .

0

50

100

150

2008 2009 2010 2011 2012 2013

$ / t

ruie

/an

Année

Valeur économique des progrès génétiques

F1

Duroc


Page 28

Annexe 6. Évolutions génétiques pour les troupeaux actifs en 2013

Yorkshire Landrace Duroc


Page 29

Yorkshire Landrace Duroc


Page 30

Annexe 7. Sommaire pour le gras dorsal et l’âge à 100 kg (2013)

#

Troupeaux

# Porcs contrô-

lés

Moyennes pour l’âge Moyennes pour le gras dorsal

# Verrats

Age (jours)

# Co-chettes

Age (jours)

# Verrats

Gras dorsal (mm)

# Co-chettes

Gras dorsal (mm)

Provinces de l’Atlantique

Yorkshire 2 375 42 141 333 153 42 12,1 333 12,8

Landrace 2 113 22 141 91 148 22 11,3 91 12,4

Duroc 2 82 22 146 60 151 22 12,5 60 13,0

Toutes Races 2 570 86 142 484 151 86 12 484 12,8

Québec

Yorkshire 15 8 067 1 357 148 5 091 158 1 357 11,5 5 091 11,5

Landrace 14 7 949 1 628 146 4 796 155 1 628 11,6 4 796 11,5

Duroc 11 3 433 1 462 144 1 803 156 1 462 10,9 1 803 11,1

Toutes Races 18 19 449 4 447 146 11 690 156 4 447 11,3 11 690 11,4

Ontario

Yorkshire 18 5 955 811 147 5 140 155 811 10,6 5 140 11,2

Landrace 17 2 948 636 150 2 312 155 636 10,2 2 312 10,9

Duroc 18 2 209 1 012 148 1 197 154 1 012 9,9 1 197 10,5

Toutes Races 21 11 112 2 459 148 8 649 155 2 459 10,2 8 649 11

L’Ouest canadien

Yorkshire 32 31 242 5 111 157 26 127 165 5 110 9,9 14 335 9,5

Landrace 24 16 876 3 467 154 13 408 159 3 467 10,3 4 439 9,0

Duroc 22 5 068 2 667 155 2 399 162 2 667 10,2 2 399 10,5

Toutes Races 33 53 186 11 245 155 41 934 163 11 244 10,1 21 173 9,5

Canada

Yorkshire 67 45 639 7 321 154 36 691 163 7 320 10,3 24 899 10,3

Landrace 57 27 886 5 753 151 20 607 158 5 753 10,7 11 638 10,4

Duroc 53 10 792 5 163 150 5 459 158 5 163 10,3 5 459 10,7

Toutes Races 74 84 317 18 237 152 62 757 161 18 236 10,4 41 996 10,4

Remarque : 3 377 castrats de race pure, 1 355 animaux d’autres races et 3 270 porcs croisés ont également été sondés au cours de la même période.


Page 31

Annexe 8. Sommaire de la productivité des truies (2013)

Parité #

Troupeau

Porcelets nés totaux Porcelets nés vivants N Moyenne Dixième

centile supérieur

N Moyenne Dixième centile

supérieur

Yorkshire

1 78 14 507 12,3 13,8 13 512 10,8 12,0

2 79 11 212 13,3 15,2 10 437 11,7 12,6

3 73 9 316 14,0 15,4 8 716 12,1 13,3

4 71 7 207 14,2 15,8 6 692 12,1 13,7

5 68 5 654 14,1 15,7 5 201 11,9 13,2

6 64 3 619 13,8 15,5 3 252 11,4 13,7

7+ 65 3 169 13,2 15,9 2 591 10,7 13,0

Toutes 83 54 684 13,4 15,5 50 401 11,5 13,7

Landrace

1 51 5 063 12,0 12,8 4 596 10,7 12,7

2 52 3 928 12,2 13,3 3 616 11,2 13,7

3 50 2 978 13,1 14,9 2 726 11,7 14,0

4 47 2 628 13,1 14,6 2 428 11,6 14,0

5 44 2 508 12,8 14,3 2 360 11,2 13,8

6 46 1 931 12,4 15,0 1 827 10,8 13,4

7+ 41 1 634 12,0 15,0 1 498 10,2 13,5

Toutes 58 20 670 12,5 14,5 19 051 11,1 13,2

Duroc

1 34 736 9,3 11,3 621 8,3 10,3

2 32 515 10,0 12,0 437 9,2 10,7

3 31 354 10,7 12,5 300 9,4 11,5

4 27 246 10,5 13,0 214 9,1 13,0

5 22 146 10,5 12,5 127 9,1 12,0

6 19 60 10,6 15,0 49 8,6 13,0

7+ 13 27 9,6 14,0 21 8,5 12,5

Toutes 35 2 084 10,0 12,5 1 769 8,9 11,5

Remarque: 27 863 portées issues de truies d’autres races sont nées au cours de la même période.


Page 32

Annexe 9. Centres d’I.A. Participants

Centres d’I.A. Participants

CIPQ inc. (Roxton) a/s Ronald Drapeau

2100, Rang 6 Roxton Falls, PQ J0H 1E0

Tél: (514) 375-9977 Télec: (514) 375-2077 Courriel: [email protected]

www.cipq.com

CIPQ inc. (St-Lambert) a/s Ronald Drapeau 1486, rang St-Aimé

Saint-Lambert, PQ G0S 2WO Tél: (418) 889-9748 Télec: (418) 889-8210

Courriel: [email protected] www.cipq.com

International Genetics PEI Ltd. Box 43

Mount Stewart, PE C0A 1T0 Tél: (902) 659-2883

Courriel: [email protected] www.peipork.pe.ca/quality/aiunit

Magnum Swine Genetics Box 1514

Fort Macleod, AB T0L 0Z0 Tél: (403) 553-4844 1-888-553-4844

Télec: (403) 553-4845 Courriel: [email protected]

www.magnumswine.com

OSI Swine A.I. Centre P.O. Box 400

Innerkip, ON N0J 1M0 Tél: (519) 469-3010 Télec: (519) 469-8692

Courriel: [email protected] www.osi.org

Centre canadien pour l’amélioration des porcs, inc. Ferme expérimentale centrale, Immeuble 75, 960 avenue Carling

Ottawa, ON K1A 0C6 Téléphone: (613) 233-8872 Télécopieur: (613) 233-8903

Courriel: [email protected] Site Internet: www.ccsi.ca

Réunion annuelle, le 26 juin 2014 Charlottetown, Île-du ... · commerciaux, les transformateurs...

Documents

Transcript of Réunion annuelle, le 26 juin 2014 Charlottetown, Île-du ... · commerciaux, les transformateurs...