Rapport de synthèse - NF Validation · Application à la microbiologie alimentaire Rapport de...

Creac’h Gwen - F. 29196 QUIMPER Cedex E-mail : adria.developp

ASSOCIATION LOI DE 1901 - N° SIRET 306 964 271 00036

Validation des méthodes alternatives d’analyse

Application à la microbiologie alimentaire

Rapport de synthèse

Validation EN

BAX® System

Ce document comprend 55 pages dont

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L’accréditation du COFRAC atteste de la compéte

essais couverts par l’accréditation qui sont identifiés par le symbole

ADRIA DEVELOPPEMENT F. 29196 QUIMPER Cedex - Tél. (33) 02.98.10.18.18 - Fax (33) 02.98.10.18.08

[email protected] - Site web : http://www.adria.tm.fr

N° SIRET 306 964 271 00036 - N° EXISTENCE 532900006329 - N°TVA FR4530696427100036

DuPont Nutrition & Health

Experimental Station

200 Powder Mill Road

Wilmington, DE 19803

NF VALIDATION



Rapport de synthèse

EN ISO 16140 de la méthod

BAX® System E. coli O157:H7 MP

Méthode qualitative

pages dont 8 annexes.

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L’accréditation du COFRAC atteste de la compétence du laboratoire pour les seuls

essais couverts par l’accréditation qui sont identifiés par le symbole

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N°TVA FR4530696427100036




ISO 16140 de la méthode

O157:H7 MP

nce du laboratoire pour les seuls

essais couverts par l’accréditation qui sont identifiés par le symbole�.

Version 0

27 avril 2016


ADRIA Développement 2/55 27 avril 2016

Rapport de synthèse (Version 0)

BAX E. coli O157:H7 MP

1 INTRODUCTION _______________________________________________ 4

1.1 Date de la première validation et dates de reconduction _______________ 4

1.2 Méthode alternative ______________________________________________ 4

1.3 Méthode de référence à laquelle la méthode alternative a été comparée __ 5

2 HISTORIQUE DE LA VALIDATION ET PRINCIPAUX

RESULTATS OBTENUS _________________________________________ 6

2.1 Etude comparative des méthodes __________________________________ 6

2.1.1 Exactitude relative, spécificité relative et sensibilité relative ________________ 6

2.1.2 Niveau de détection relatif _________________________________________ 14

2.1.3 Inclusivité / exclusivité ____________________________________________ 15

2.2 Praticabilité ___________________________________________________ 16

2.3 Etude inter-laboratoires _________________________________________ 19

2.3.1 Mise en oeuvre __________________________________________________ 19

2.3.2 Contrôle des paramètres expérimentaux ______________________________ 20

2.3.3 Résultats des analyses ___________________________________________ 21

2.3.4 Calculs ________________________________________________________ 23

2.3.5 Interprétation ___________________________________________________ 25

2.3.6 Conclusion _____________________________________________________ 26

2.4 Conclusion ____________________________________________________ 27

Annexe 1 - Protocole de la méthode alternative : BAX® E. coli O157:H7 MP _____________________ 28

Annexe 2 - Protocole de confirmation Qualicon ____________________________________________ 29

Annexe 3 - Méthode de référence EN ISO 16654 : Microbiologie des aliments -

Méthode horizontale pour la recherche des Escherichia coli O157 ____________________________ 30

Annexe 4 - Contamination artificielle des échantillons _______________________________________ 31

Annexe 5 - Résultats bruts de l’exactitude relative __________________________________________ 37

Annexe 6 - Résultats bruts de l’inclusivité et de l’exclusivité __________________________________ 52

Annexe 7 - Calcul du degré d’accord ____________________________________________________ 54

Annexe 8 - Calcul de la concordance ____________________________________________________ 55





Avant Propos

L’ensemble des renseignements permettant de valider la garantie des analyses

est tenu à la disposition de la Société DuPont Nutrition & Health.

Les résultats sont synthétisés au sein de tableaux et interprétés selon la norme

NF EN ISO 16140.

� Fabricant : DuPont Nutrition & Health

Experimental Station

200 Powder Mill Road

Wilmington, DE 19803 (USA)

� Laboratoire expert : ADRIA Développement

ZA Creac’h Gwen

F-29196 QUIMPER Cedex (France)

� Méthode à valider : BAX® System E. coli O157:H7 MP

� Référentiel de validation : EN ISO 16140 (octobre 2003) : microbiologie des

aliments - Protocole pour la validation des

méthodes alternatives

� Méthode de référence♦ : EN ISO 16654 : microbiologie des aliments –

Méthode horizontale pour la recherche de

Escherichia coli O157

� Etendue de la validation : Viandes crues de bœuf

Lait cru

Fruits et végétaux

Plats cuisinés, viandes crues de porcin, de

poulet et d’ovin

� Organisme de validation : AFNOR Certification

♦ Essai effectué sous le couvert de l’accréditation





1 INTRODUCTION

1.1 Date de la première validation et dates de reconduction

La méthode BAX® System E. coli O157:H7 MP a été validée pour les

viandes crues de bœuf, les laits crus, les fruits et végétaux et plats cuisinés,

les viandes crues de porcin, d’ovin et de poulet le 28 mars 2008

(n° attestation QUA 18/04 - 03/08). La méthode a été reconduite en 2012.

Une extension a été obtenue en janvier 2016 pour l’utilisation de la plate-

forme PCR X5.

La méthode a été reconduite en mars 2016 selon l’ISO 16140 (2003).

1.2 Méthode alternative

Le test comprend un enrichissement en :

- bouillon mTSB supplémenté en novobiocine pour toute matrice,

- bouillon spécial base Escherichia coli O157:H7 MP pour la catégorie

viande de bœuf crue.

L’étape d’enrichissement est suivie de l’extraction des acides nucléiques et

de l’amplification par PCR en temps réel d’une séquence cible de

Escherichia coli O157:H7 en présence de Sybr Green. La spécificité des

amplifiats est vérifiée par l’analyse de la courbe de fusion.

� Protocole

Deux protocoles sont définis selon les produits à analyser :

- protocole spécifique pour la viande de bœuf crue : enrichissement en

bouillon BAX® E. coli pendant 8 - 24 heures à 42°C et transfert de 20 µl

pour la lyse,

- protocole pour toutes les autres matrices (lait cru, fruits et végétaux, plats

cuisinés, viandes crues de porc, ovin et poulet) : enrichissement en

bouillon mTSB + novobiocine pendant 18 - 24 heures à 41,5°C et transfert

de 5 µl pour la lyse.

Les protocoles sont donnés en Annexe 1.





Les confirmations sont réalisées :

- par isolement du bouillon d’enrichissement sur gélose sélective

(CT SMAC), avec confirmation des colonies suspectes par le test Latex

Wellcolex E. coli O157:H7.

- par le protocole de confirmation Qualicon (Cf. Annexe 2), dans le cas de

non-confirmation par le protocole précédent ou dans le cas d’obtention de

résultats discordants avec la méthode de référence.

Lors de l’étude inter-laboratoire, le protocole relatif à l’analyse de végétaux

avec un enrichissement en bouillon mTSB à 41,5°C a été réalisé par

l’ensemble des laboratoires.

Dans le cadre de la validation, les deux cycles de PCR ont été évalués :

E. coli MP (3h30) et E. coli MP Express (2h30).

1.3 Méthode de référence♦ à laquelle la méthode alternative a été

comparée

La méthode de référence utilisée est la norme EN ISO 16654: Microbiologie

des aliments – Méthode horizontale pour la recherche de Escherichia coli

O157. Le protocole est présenté en Annexe 3.

♦ Essai effectué sous le couvert de l’accréditation





2 HISTORIQUE DE LA VALIDATION ET PRINCIPAUX

RESULTATS OBTENUS

2.1 Etude comparative des méthodes

2.1.1 Exactitude relative, spécificité relative et sensibilité relative

L’exactitude est l’étroitesse de l’accord entre le résultat d’essai et la valeur de référence acceptée.

La spécificité relative est définie comme le degré auquel la méthode est affectée (ou non) par les

autres composants dans un échantillon en contenant plusieurs. C’est la capacité de la méthode à

mesurer avec exactitude un analyte donné, ou sa quantité, dans l’échantillon sans qu’il y ait

d’interférence avec les composants non ciblés, tels un effet de la matrice ou un bruit de fond.

La sensibilité relative est définie comme la capacité de la méthode alternative à détecter deux

quantités différentes d’analyte qui ont été mesurées avec la méthode de référence en utilisant une

matrice donnée sur toute l’étendue de mesure. C’est la variation de quantité minimale (accroissement

de la concentration d’analyte x) qui donne une variation significative du signal mesuré (réponse y).

2.1.1.1 Nombre et nature des échantillons

266 échantillons ont été analysés au total. La répartition par catégorie est

donnée dans le tableau ci-après :

Tableau 1

Catégorie Type

Positifs Négatifs

mTSB BAX 8 h BAX 24 h mTSB BAX 8 h BAX 24 h

MP MPE MP MPE MP MPE MP MPE MP MPE MP MPE

Viandes crues de

bœuf

Bœuf cru, congelé,

assaisonné 45 36 39 41 34 43 30 38

Lait cru Lait cru 31 31 30 30

Fruits et végétaux Crus, jus et

concentrés,

fermentés

31 31 33 33

Plats cuisinés,

viandes crues de

porcin, de poulet et

d’ovin*

Traiteurs, plats

cuisinés, produits

carnés, divers 32 32 30 30

TOTAL 94 94 45 36 39 41 93 93 34 43 30 38

* Echantillons représentatifs de contamination croisée ou de produits carnés autres que bœuf pouvant être naturellement

contaminés.





2.1.1.2 Contamination artificielle des échantillons

186 échantillons ont été contaminés artificiellement par des inoculations (cf

Annexe 4); 150 ont donné un résultat positif par l’une ou l’autre des

méthodes. Seuls 3 échantillons naturellement contaminés ont été obtenus

dans la catégorie « Viandes crues de bœuf » (éch. n° 2892, 2893, 2997).

2.1.1.3 Complément d’étude pour être en accord avec les règles techniques de

l’AFNOR version 4

10 échantillons ont été inoculés à un taux > 15 UFC/échantillon. Les

échantillons concernés sont listés dans le tableau ci-dessous :

Catégorie N° échantillon Taux d’inoculation

Viandes crues de boeuf

2726 20,0

2727 20,0

2728 20,0

2732 54,4

2733 54,4

2734 54,4

Lait cru

2937 23,6

2938 23,6

2939 23,6

2940 23,6

Un minimum de 36 échantillons positifs ayant été obtenu pour les viandes

crues de bœuf (protocole MPE, 8 h d’incubation), aucun essai

complémentaire n’est requis pour cette catégorie.

Par contre, pour le lait cru, seuls 31 échantillons positifs ont été obtenus.

Compte-tenu du nombre d’échantillons concernés par les taux de

contamination plus élevés, le Bureau Technique de l’AFNOR a jugé qu’il

n’était pas nécessaire de réaliser des compléments d’essais pour cette

catégorie dans le cadre de l’étude de reconduction.

2.1.1.4 Protocoles de confirmation

La confirmation des échantillons positifs a été réalisée par isolement direct

de 50 µl d’enrichissement sur gélose CT SMAC.

Le protocole de confirmation Qualicon a été appliqué dans 52 cas pour

l’étude d’exactitude.





2.1.1.5 Résultats des essais

Les résultats sont donnés en Annexe 5.

Tableau 2 - Viandes crues de bœuf

BAX 8 heures

Réponses

MP MPE

Méthode de référence

positive (R+)


négative (R-)


positive (R+)


négative (R-)

Méthode alternative

positive (A+)

Accord positif (A+/R+)

PA = 18

Déviation positive (R-/A+)

PD = 21


PA = 13


PD = 13


négative (A-)

Déviation négative (A-/R+)

ND = 6* (PPND = 1)

Accord négatif (A-/R-)

NA = 34 (PPNA = 1)


ND = 10


NA = 43

* dont un positif PCR non confirmé (éch. n° 2582)

BAX 24 heures

Réponses

MP MPE


positive (R+)


négative (R-)


positive (R+)


négative (R-)


positive (A+)


PA = 21


PD = 26


PA = 20


PD = 18


négative (A-)


ND = 2


NA = 30


ND = 3


NA = 38 (PPNA = 1)

* dont un positif PCR non confirmé (éch. n° 2579)

Tableau 3 - Lait cru

mTSB

Réponses

MP MPE


positive (R+)


négative (R-)


positive (R+)


négative (R-)


positive (A+) Accord positif (A+/R+)

PA = 30 Déviation positive (R-/A+)

PD = 1 Accord positif (A+/R+)


PD = 1


négative (A-) Déviation négative (A-/R+)

ND = 0 Accord négatif (A-/R-)

NA = 30 (PPNA = 1) Déviation négative (A-/R+)


NA = 30

Tableau 4 - Fruits et végétaux

mTSB

Réponses

MP MPE


positive (R+)


négative (R-)


positive (R+)


négative (R-)






PD = 0




NA = 33 Déviation négative (A-/R+)


NA = 33





Tableau 5 - Plats cuisinés, viandes crues de porcin, de poulet et d’ovin

mTSB

Réponses

MP MPE


positive (R+)


négative (R-)


positive (R+)


négative (R-)






PD = 0




NA = 30 Déviation négative (A-/R+)


NA = 30

Tableau 6 - Toutes matrices testées

mTSB / BAX 8 heures

Réponses

MP MPE


positive (R+)


négative (R-)


positive (R+)


négative (R-)






PD = 14



ND = 7 (PPND = 1) Accord négatif (A-/R-)



NA = 136

mTSB / BAX 24 heures

Réponses

MP MPE


positive (R+)


négative (R-)


positive (R+)


négative (R-)






PD = 19






NA = 131 (PPNA = 1)





Tableau 7 - Calcul de l’exactitude relative (AC), de la sensibilité relative (SE)

et de la spécificité relative (SP)

mTSB / BAX 8 heures / MP

Matrices PA NA ND PD N

Exactitude relative

AC (%)

[100x(PA+NA])/N]

N+

PA + ND

Sensibilité relative

SE (%)

[100xPA]/N+]

N-

NA + PD

Spécificité relative

SP (%)

[100xNA]/N-]

Produits crues de bœuf 18 34 6 21 79 65,8 24 75,0 55 61,8

Lait cru 30 30 0 1 61 98,4 30 100,0 31 96,8

Fruits et végétaux 30 33 1 0 64 98,4 31 96,8 33 100,0

Plats cuisinés, viandes crues

de porcin, de poulet et d’ovin 32 30 0 0 62 100,0 32 100,0 30 100,0

TOTAL 110 127 7 22 266 89,1 117 94,0 149 85,2

mTSB / BAX 8 heures / MPE


Exactitude relative

AC (%)

[100x(PA+NA])/N]

N+

PA + ND


SE (%)

[100xPA]/N+]

N-

NA + PD


SP (%)

[100xNA]/N-]

Produits crues de bœuf 13 43 10 13 79 70,9 23 56,5 56 76,8

Lait cru 28 30 2 1 61 95,1 30 93,3 31 96,8




TOTAL 103 136 13 14 266 89,8 116 88,8 150 90,7

mTSB / BAX 24 heures / MP


Exactitude relative

AC (%)

[100x(PA+NA])/N]

N+

PA + ND


SE (%)

[100xPA]/N+]

N-

NA + PD


SP (%)

[100xNA]/N-]

Produits carnés 21 30 2 26 79 64,6 23 91,3 56 53,6

Lait cru 30 30 0 1 61 98,4 30 100,0 31 96,8




TOTAL 113 123 3 27 266 88,7 116 97,4 150 82,0

mTSB / BAX 24 heures / MPE


Exactitude relative

AC (%)

[100x(PA+NA])/N]

N+

PA + ND


SE (%)

[100xPA]/N+]

N-

NA + PD


SP (%)

[100xNA]/N-]

Produits carnés 20 38 3 18 79 73,4 23 87,0 56 67,9

Lait cru 28 30 2 1 61 95,1 30 93,3 31 96,8




TOTAL 110 131 6 19 266 90,6 116 94,8 150 87,3





2.1.1.6 Calcul de l’exactitude relative (AC), de la sensibilité relative (SE) et de la

spécificité relative (SP)

Les valeurs en pourcentages calculées pour la méthode alternative sont les

suivantes :

mTSB / BAX 8 h mTSB / BAX 24 h

MP MPE MP MPE

Exactitude relative (AC) 89,1 89,8 88,7 90,6

Spécificité relative (SP) 85,2 90,7 82,0 87,3

Sensibilité relative (SE) 94,0 88,8 97,4 94,8

En tenant compte des positifs supplémentaires obtenus par la méthode

alternative, la sensibilité des deux méthodes est la suivante :

mTSB / BAX 8 h mTSB / BAX 24 h

MP MPE MP MPE

Méthode alternative (SE) 95,0 90,0 97,9 95,6

Méthode de référence (SE) 84,2 89,2 81,1 85,9

2.1.1.7 Analyse des discordants

Le nombre de discordants entre la méthode de référence et la méthode

alternative est :

Y = PD + ND d

PD - ND

x² = d²/y Conclusion

mTSB / BAX 8 h

MP Y = 22 + 7 = 30

y > 22, Test de Mc Nemar

15 7,5 7,5 > 3,841

Les 2 méthodes sont

différentes à α < 0,05 en

faveur de la méthode

alternative

MPE Y = 14 + 13 = 27


1 0,04 0,04 < 3,841

Les 2 méthodes ne sont pas

différentes à α < 0,05

mTSB / BAX 24 h

MP Y = 27 + 3 = 30


24 19,2 19,2 > 3,841


différentes à α < 0,05, en


alternative

MPE Y = 19 + 6 = 25


13 6,76 6,76 > 3,841


différentes à α < 0,05, en


alternative





� Déviations négatives

Protocole Catégorie N° échantillon

Protocole mTSB / BAX 8 h / MP Viandes crues de bœuf

2573 2576 2577 2582* 2585

Fruits et végétaux 2840

Protocole mTSB / BAX 8 h / MPE :

Viandes crues de bœuf

2569 2573 2576 2577 2582 2584 2585 2586 2587 2997

Lait cru 2943 2948


Protocole mTSB / BAX 24 h / MP Viandes crues de bœuf

2576 2997


Protocole mTSB / BAX 24 h / MPE

Viandes crues de bœuf 2576 2585 2997

Lait cru 2943 2948


* Résultat PCR positif, mais test de confirmation négatif

Dans la catégorie « Viandes crues de bœuf », certains échantillons ont

donné un résultat positif après une incubation de 24 h, le seuil de détection

n’aurait peut-être pas été atteint après une incubation de 8 h à 42°C.

Toutefois, pour certaines matrices de viande crue de bœuf, les déviations

observées sont probablement imputables à l’échantillonnage, les

enrichissements étant différents pour la méthode alternative et la méthode de

référence.

L’échantillon n° 2840 de la catégorie « Fruits et végétaux » était

probablement très faiblement contaminé ; il n’a été détecté par la méthode

de référence qu’après une incubation de 24 h.





� Déviations positives

Les déviations positives sont réparties comme suit :

Protocole mTSB / BAX 8 h Protocole mTSB / BAX 24 h

MP MPE MP MPE

Viandes crues de bœuf 21 13 26 18

Lait cru (échantillon 2900) 1 1 1 1

La majorité des déviations positives a été observée dans la catégorie

« Viandes crues de bœuf ». Les bouillons d’enrichissement étant différents

entre la méthode de référence et la méthode alternative, ces déviations

pourraient être imputables à l’échantillonnage. Toutefois, il est également

probable que le bouillon spécifique BAX® E. coli permette un meilleur

recouvrement des cellules d’E. coli O157:H7 que le bouillon mTSB dans la

catégorie « Viandes crues de bœuf ».

� Discordances de résultats entre les protocoles d’amplification

MP et MPE

Les différences observées entre les résultats obtenus par les protocoles PCR

MP et MPE pourraient être imputables à l’échantillonnage dans la prise

d’essai de l’extrait d’ADN. Le protocole MP pourrait également permettre une

meilleure efficacité d’amplification que le protocole MPE.

Quatre protocoles incluant toutes les catégories ont été testés :

- enrichissement en mTSB et BAX 24 heures,

suivi d’une amplification MP,


suivi d’une amplification MPE,


suivi d’une amplification MP,


suivi d’une amplification MPE.

Pour ce dernier, la méthode de référence et la méthode alternative ne

sont pas différentes à α 0,05. Les deux méthodes diffèrent pour les

trois autres cas avec α inférieur à 0,05. Toutefois, les résultats sont

largement en faveur de la méthode alternative.





2.1.2 Niveau de détection relatif

Le niveau de détection relatif correspond au nombre le plus petit de micro-organismes cultivables qu’il

est possible de détecter dans l’échantillon, avec une probabilité de 50 %, à l’aide des méthodes

alternative et de référence.

2.1.2.1 Matrices utilisées

Cette étude a pour objectif de déterminer les quantités minimales de

E. coli O157:H7 détectables dans la matrice alimentaire et de les comparer à

celles obtenues par la méthode de référence.

Les limites de détection sont définies par l’analyse du couple (matrice /

souche) à quatre niveaux. Six réplicats de chaque condition ont été réalisés.

Les matrices testées sont les suivantes : steak haché, cidre fermier, salade

composée, lait cru.

2.1.2.2 Protocole de contamination

Les contaminations et les dénombrements ont été réalisés selon le protocole

décrit, pour les faibles taux d’inoculation, dans les exigences relatives aux

études préliminaires et collaboratives.

2.1.2.3 Résultats

Tableau 8 - Résultats des niveaux de détection relatifs

Couples (souche, matrice)

Niveau de détection relatif (UFC / 25 g ou 25 ml) selon le test de Spearman-Kärber 1

Méthode de référence Méthode alternative (MP) Méthode alternative (MPE)

Steak haché / E.coli O157:H7 BAX 8H 0,3 [0,1;0,8] 1,1 [0,7;1,5] 1,1 [0,7;1,5]

Steak haché / E.coli O157:H7 BAX 24H 0,3 [0,1;0,8] 0,9 [0,7;1,3] 1,2 [0,9;1,7]

Lait cru / E.coli O157:H7 0,4[0,1;1,3] 0,4[0,1;1,3] 0,4[0,1;1,3]

Piémontaise au jambon / E.coli O157:H7 0,4 [0,1;1,6] 0,4 [0,1;1,6] 0,4 [0,1;1,6]

Cidre / E.coli O157:H7 0,3 [0,1;1,1] 0,3 [0,1;1,1] 0,3 [0,1;1,1]

Les niveaux de détection relatifs de la méthode de référence sont

compris entre 0,1 et 1,6 UFC/25 g, ceux de la méthode alternative entre

0,1 et 1,7 UFC/25 g.

1 "Hitchins A. Proposed Use of a 50 % Limit of Detection Value in Defining Uncertainty Limits in the Validation of

Presence-Absence Microbial Detection Methods, Draft 10th December, 2003".





2.1.3 Inclusivité / exclusivité

L’inclusivité est la capacité de la méthode alternative à détecter l’analyte cible à partir d’un large

éventail de souches. L’exclusivité est l’absence d’interférences par un éventail approprié de souches

non cibles de la méthode alternative.

2.1.3.1 Protocoles d’essai

- Inclusivité : Cinquante souches E. coli O157:H7 ont été cultivées en

bouillon BHI, puis diluées et inoculées à un taux de 10 à 100 cellules pour

225 ml de bouillon spécifique BAX, incubé 8 heures à 42°C ; le protocole

complet de la méthode alternative a ensuite été appliqué. Deux souches

Escherichia coli O157:H- ont également été testées par ce protocole.

- Exclusivité : Trente-cinq souches négatives ont été cultivées en bouillon

BHI et inoculées, à un taux de 105 UFC, en bouillon EPT, incubé à 41,5°C

pendant 24 heures. Les souches ont ensuite été testées par la méthode

alternative.

2.1.3.2 Résultats

Les résultats sont présentés en Annexe 6.

- Inclusivité : Toutes les souches testées ont donné un test PCR positif,

ainsi qu’un aspect caractéristique sur gélose CT SMAC.

- Exclusivité : La souche E. coli O55:H7 donne un test PCR positif (culture

réalisée en bouillon EPT, mTSB + novobiocine), mais elle présente des

colonies roses non caractéristiques (sorbitol +) sur les géloses de

confirmation.

Les deux souches E. coli O157:H- ont été testées avec le protocole de

l’inclusivité ; ces deux souches montrent un résultat négatif avec le test

BAX et donnent des colonies non caractéristiques sur gélose CT SMAC.

Toutes les autres souches non cibles ont donné une réaction PCR

négative.

2.1.3.3 Conclusion

La méthode alternative montre une exclusivité et une inclusivité

satisfaisantes.





2.2 Praticabilité

La praticabilité a été évaluée d’après les treize critères définis dans les

exigences relatives aux études de validation :

� Mode de conditionnement

des éléments de la méthode

� Volume de réactifs

Les réactifs nécessaires à la réalisation de 96 tests

comprennent :

- 2 x 12 ml de tampon de lyse

- 400 µl de Protéase

- 12 x 8 barrettes pour PCR

- 12 x 8 barrettes de bouchons

� Condition de stockage des

éléments et péremption

des produits non ouverts

La température de stockage du kit est de 2-8°C. Elle

est indiquée sur le coffret et sur les différents

réactifs. La date de péremption est indiquée sur le

coffret et sur les différents réactifs.

� Modalités d’utilisation après

première utilisation

Les différents réactifs sont stockés à 2-8°C.

� Equipements en locaux

spécifiques nécessaires

Le laboratoire doit répondre aux exigences

spécifiques décrites dans la norme NF EN ISO

22174 (§ 6).

� Réactifs prêts à l’emploi

ou à reconstituer

Le tampon de lyse est à reconstituer de la façon

suivante : 150 µl de protéase + 12 ml de tampon.

Ces réactifs se conservent deux semaines à 2-8°C

après reconstitution.

� Durée de formation de

l’opérateur non initié à la

méthode

Pour un opérateur uniquement formé aux

techniques classiques de microbiologie, la formation

à la technique est de 2 jours. Pour un opérateur

formé à l'analyse PCR, la formation à la technique

est de moins d'une journée





� Temps réel de manipulation

et flexibilité de la méthode

Temps en minutes pour des échantillons négatifs

Etapes ISO 16654 BAX E. coli O157:H7

12 éch. 32 éch. 12 éch. 32 éch.

Prélèvement, broyage 54 105 54 105

IMS 6 h 48 85

IMS 24 h, si nécessaire 48 85

Prélèvement pour PCR,

extraction

3 9

PCR 5 16

Lecture géloses 5 10

Total échantillons négatifs 155 285 62 130

Total / échantillon négatif 13 9 5 4

Temps en minutes pour des échantillons positifs ou

présentant des colonies suspectes

Etapes ISO 16654 BAX E. coli O157:H7

12 éch. 32 éch. 12 éch. 32 éch.

Isolement sur gélose CT

SMAC

5 10

Lecture des géloses CT SMAC 2 5

Isolement sur gélose nutritive 10 25 10 25

Indole 24 72

Test latex 18 48 6 15

Total échantillons positifs 207 430 85 185

Total / échantillon positif 17 13 7 6





� Délai d’obtention des

résultats

Dans le cas où aucune colonie suspecte n’est

visible sur les milieux, les délais d’obtention des

résultats sont les suivants :

Etape ISO 16654 BAX E. coli O157:H7

mTSB BAX 8 h BAX 24 h

Prélèvement, broyage J0 J0 J0 J0

IMS 6 h J0 / / /

IMS 24 h J1 / / /

PCR / J1 J0 J1

Obtention résultat

négatif

J1 J1 J0 J1

Dans le cas où des colonies sont présentes sur les

géloses sélectives ou si le test PCR est positif, les

délais d’obtention des résultats sont les suivants :

Etape ISO 16654 BAX E. coli O157:H7

mTSB BAX 8 h BAX 24 h

Prélèvement, broyage J0 J0 J0 J0

IMS 6 h J0 / / /

IMS 24 h J1 / / /

PCR / J1 J0 J1

Isolement sur gélose

CT SMAC

/ J1 J0 J1

Isolement sur gélose

nutritive

J1-J2 J2 J1 J2

Test Indole J2-J3 J3 J2 J3

Test latex J3-J4 J4 J3 J4

� Type de qualification de

l’opérateur

Elle est identique à celle nécessaire à la mise en

œuvre de la méthode de référence.

� Etapes communes avec la

méthode de référence

L’étape d’enrichissement est commune avec la

méthode de référence dans le cas de l’utilisation du

bouillon mTSB + novobiocine.

� Traçabilité des résultats La traçabilité est celle habituellement appliquée

dans un laboratoire de microbiologie

� Maintenance par le

laboratoire

Sans objet

La méthode BAX® E. coli O157:H7 MP permet un gain de manipulation

important par rapport à la méthode de référence, qu’il s’agisse d’échantillons

positifs ou négatifs. Le temps de manipulation est ainsi divisé par 2 à 3 fois.





2.3 Etude inter-laboratoires

2.3.1 Mise en oeuvre

Quinze laboratoires ont participé à l’étude qui a porté sur une matrice

végétale, épinards hachés crus surgelés à la crème, inoculée par la souche

non pathogène E. coli O157 :H7 ATCC 43888.

Les échantillons ont été inoculés individuellement à raison de 8 sachets par

taux et par laboratoire. Ainsi, chaque laboratoire a reçu 24 sachets.

Tous les échantillons ont été répartis par le laboratoire expert en sachets

stériles, à raison de 25 g par sachet, avant d’être contaminés.

Deux suspensions (125 cellules/ml et 25 cellules/ml) ont été préparées à

partir d’une culture d’une nuit en bouillon BHI à 37°C selon le protocole décrit

dans les exigences relatives aux études préliminaires et collaboratives des

règles techniques de l’AFNOR.

L’inoculation au taux faible a été réalisée à l’aide de 600 µl de la suspension

à 25 cellules/ml et l’inoculation à taux fort a été effectuée par 600 µl de la

suspension à 125 cellules/ml.

Après inoculation, les échantillons ont été homogénéisés et fermés

hermétiquement par un parafilm, puis stockés au froid avant expédition.

Les taux d’inoculation visés étaient les suivants :

- 0 UFC/25 ml,

- 1 – 10 UFC/25 ml,

- 5 – 50 UFC/25 ml.

Des instructions détaillées ont été transmises aux laboratoires par le

laboratoire expert.





2.3.2 Contrôle des paramètres expérimentaux

2.3.2.1 Taux de contamination avant ensemencement, taux obtenus après

contamination artificielle et stabilité des échantillons

� Avant ensemencement

La recherche de bactéries cibles dans la matrice a été réalisée sur cinq

prélèvements afin de s’assurer de l’absence de ces bactéries.

� Taux obtenus après contamination artificielle

Les taux de contamination obtenus dans la matrice sont donnés dans le

tableau suivant :

Niveau Echantillons

Taux théorique

ciblé

(bactéries / 25g)

Taux inoculé à J0

(bactéries / 25g)

Taux réel à J1

(bactéries / 25 g)

1 3, 8, 9, 12, 15, 18, 20, 21 0 0 0

2 1, 4, 7, 10, 11, 13, 17, 24 1 à 10 19 9

3 2, 5, 6, 14, 16, 19, 22, 23 5 à 50 89 43

� Stabilité des échantillons

Le dénombrement a été réalisé sur trois échantillons pour le taux

d’inoculation fort. Une recherche a été réalisée pour le taux d’inoculation

faible sur trois échantillons. Les résultats sont reportés dans le tableau

suivant :

Jour UFC/25 g (CT-SMAC) Recherche / 25 g

Flacon 1 Flacon 2 Flacon 3 Flacon 1 Flacon 2 Flacon 3

J0 100 80 130 + + +

J1 40 40 50 + + +

Une perte d’environ 50% du taux de recouvrement de la souche inoculée est

observée après 24 h de conservation des échantillons à 4°C.





2.3.2.2 Température relevée au cours du transport, température à réception et

délais de réception

Les températures au cours du transport et mesurées à réception, ainsi que le

délai de réception des échantillons sont donnés dans le Tableau 9.

Tableau 9 - Température des échantillons à réception

Laboratoires Température relevée par

le thermobouton (°C)

Température mesurée

à réception (°C)

Date de réception

des échantillons

A 1,0 2,6 J1

B 1,0 1,9 J1

C 2,5 3,6 J1

D 1,5 4,1 J1

E 2,5 3,3 J1

F 1,0 2,0 J1

G 2,0 2,1 J1

H / / J2

I 2,5 5,4 J1

J 2,0 4,4 J1

K 1,0 3,5 J1

L 1,0 3,3 J1

M 1,0 2,9 J1

N 1,0 3,0 J1

0 0,5 / J2

ADRIA (P) 2,5 2,9 J1

2.3.2.3 Conclusion

Aucune anomalie n’a été observée pendant le transport à l’exception de deux

colis qui ont été livrés à J2 (laboratoires H et O) ; la température mesurée

pendant le transport était comprise entre 0 et 2,5°C.

2.3.3 Résultats des analyses

2.3.3.1 Dénombrement de la flore aérobie mésophile

Le dénombrement de la flore aérobie mésophile de la matrice a été effectué

sur un échantillon selon la méthode ISO 4833. Le résultat varie entre 220 et

3 300 UFC/g.





2.3.3.2 Résultats obtenus par le laboratoire expert

Tous les échantillons inoculés ont donné un résultat positif ; tous les résultats

sont concordants entre la méthode de référence et la méthode alternative.

Niveau Méthode de référence Méthode alternative

L0 0/8 0/8

L1 8/8 8/8

L2 8/8 8/8

2.3.3.3 Résultats obtenus par les laboratoires collaborateurs

Les résultats obtenus par les laboratoires collaborateurs sont les suivants :


Laboratoire L0 L1 L2

A 0/8 8/8 8/8

B 0/8 5/8 8/8

C 0/8 8/8 8/8

D 0/8 8/8 8/8

E 0/8 8/8 8/8

F 0/8 8/8 8/8

G 8/8 8/8 8/8

I 1/8 8/8 8/8

J 0/8 8/8 8/8

K 1/8 7/8 8/8

L 0/8 8/8 8/8

M 0/8 8/8 8/8

N 0/8 8/8 8/8


Laboratoire L0 L1 L2

A 0/8 8/8 8/8

B 0/8 5/8 8/8

C 0/8 8/8 8/8

D 0/8 8/8 8/8

E 0/8 8/8 8/8

F 0/8 8/8 8/8

G 0/8 8/8 8/8

I 0/8 8/8 8/8

J 0/8 8/8 8/8

K 1/8 7/8 8/8

L 0/8 8/8 8/8

M 0/8 8/8 8/8

N 0/8 8/8 8/8

Deux laboratoires (H et O) ont reçu les échantillons à J2, et n’ont pas

effectué les analyses.

Le laboratoire G a obtenu des résultats positifs par la méthode de référence

pour l’ensemble des échantillons non inoculés, ses résultats ont donc été

exclus.

Il est à noter une probable inversion d’échantillons par le laboratoire K :

l’échantillon non inoculé K8 est positif par les deux méthodes, l’échantillon

inoculé K10 est négatif par les deux méthodes.

Les résultats de 12 laboratoires ont été interprétés : laboratoires A, B,

C, D, E, F, I, J, K, L, M, N.





2.3.4 Calculs

2.3.4.1 Calcul des pourcentages de spécificité (%SP) et de sensibilité (% SE)

pour les deux méthodes

Le pourcentage de spécificité, pour le niveau L0 et pour chaque méthode, est

calculé à l’aide de l’équation suivante :

−−= %1001 x

N

FPSP

avec : N- = nombre total de tous les essais L0

FP = nombre de faux positifs

Le pourcentage de sensibilité, pour chaque niveau de contamination positif et

pour chaque méthode, est calculé à l’aide de l’équation suivante :

%100xN

TPSE

+=

avec : N+ = nombre total de tous les essais L1 ou L2

TP = nombre de vrais positifs

Les résultats sont reportés dans le tableau suivant :


SP/SE % LCL% SP/SE % LCL%

L0(SP) 97,9 93,0 99,0 98,0

L1(SE) 95,8 89,0 95,8 89,0

L2(SE) 100,0 98,0 100,0 98,0

L1+L2(SE) 97,9 93,0 97,9 93,0





2.3.4.2 Calcul de l’exactitude relative (AC)

Les résultats pour tous niveaux confondus sont donnés ci-après :

Tableau 10 - Couples de résultats de la méthode alternative et de la méthode

de référence dans le cadre de l’étude inter-laboratoire

Méthode alternative Méthode de référence

Total + -

+ PA = 189 PD = 0 189

- ND = 1 NA = 98 99

Total N+ = 190 N- = 98 N = 288

L’exactitude relative (AC), exprimée en pourcentage, est calculée à l’aide de

l’équation suivante : %100)(x

N

NAPAAC

+=

avec : N = nombre d’échantillons soumis à essai

PA = nombre d’accords positifs

NA = nombre d’accords négatifs

Les valeurs d’exactitude de la méthode alternative par rapport à la méthode

de référence ont été calculées pour chacun des niveaux et figurent dans les

tableaux ci-après :

Niveau AC % LCL %

L0 99,0 98,0

L1 100,0 98,0

L2 100,0 98,0

L1 + L2 100,0 98,0

Total 99,7 98,0

2.3.4.3 Etude des résultats discordants

Un seul résultat discordant a été observé au niveau 0 pour le laboratoire I,

avec un échantillon positif par la méthode de référence et négatif par la

méthode alternative.





2.3.5 Interprétation

2.3.5.1 Comparaison des valeurs d’exactitude relative, de spécificité et de

sensibilité

Les valeurs obtenues dans les deux parties de l’étude de validation (étude

comparative des méthodes et étude inter-laboratoire) sont reportées dans le

tableau 11 :

Tableau 11 - Comparaison des valeurs obtenues lors

de l’étude inter-laboratoire avec celles obtenues dans le cadre

de l’étude comparative des méthodes, pour la méthode alternative

Etude inter-laboratoire Etude comparative des méthodes

Exactitude relative (AC) 99,7 88,7

Sensibilité (SE) 97,9 97,9

Spécificité (SP) 99,0 82,0

2.3.5.2 Degré d’accord (DA)

Le degré d’accord est le pourcentage de chances de trouver le même résultat (c’est-à-dire tous les

deux positifs ou tous les deux négatifs) pour deux prises d’essai identiques analysées dans le même

laboratoire, dans des conditions de répétabilité (c’est-à-dire un seul opérateur utilisant le même

appareillage et les mêmes réactifs dans l’intervalle de temps le plus court possible).

Le degré d’accord est ainsi l’équivalent de la répétabilité pour les méthodes quantitatives.

Les différents tableaux permettant de déduire le degré d’accord sont donnés

en Annexe 7. Les degrés d’accord pour la méthode de référence et la

méthode alternative et pour chaque niveau sont reportés ci-après :


L0 96,0 98,0

L1 94,0 94,0

L2 100,0 100,0





2.3.5.3 Concordance

La concordance est le pourcentage de chances de trouver le même résultat pour deux échantillons

identiques analysés dans deux laboratoires différents. La concordance est donc l’équivalent de la

reproductibilité pour les méthodes quantitatives.

Les calculs de la concordance sont donnés en Annexe 8. Les pourcentages

de concordance pour la méthode de référence et la méthode alternative, à

chaque niveau, sont repris dans le tableau ci-après :


L0 96,0 97,0

L1 92,0 92,0

L2 100,0 100,0

2.3.5.4 Odds Ratio (COR)

Il est calculé selon la formule suivante :

( ))'deg100(

100'deg

accorddréxeconcordanc

econcordancxaccorddréCOR

−−

=

Les Odds ratio pour la méthode de référence et la méthode alternative sont

donnés ci-après :


L0 1,0 1,0

L1 1,0 1,0

L2 1,0 1,0

2.3.6 Conclusion

La variabilité de la méthode alternative (degré d’accord, concordance, odds

ratio) est identique à celle de la méthode de référence.





2.4 Conclusion

Les conclusions de l’étude comparative des méthodes sont les

suivantes :

� La méthode BAX® E. coli O157:H7 MP est spécifique et sélective, quels

que soient le temps d’enrichissement et le protocole d’amplification. Elle

montre des performances d’exactitude, de spécificité et de sensibilité

relatives, et de niveau de détection relatif satisfaisantes pour l’analyse :

- de viandes de bœuf crues, avec un enrichissement en milieu

BAX,

- de laits crus, avec un enrichissement en mTSB,

- de fruits et végétaux, avec un enrichissement en mTSB,

- de plats cuisinés, ainsi que de viandes crues de porc, ovin et

poulet, avec un enrichissement en mTSB.

� Les performances de la méthode BAX® E. coli O157:H7 MP pour la

détection de souches E. coli O157:H7 dans la viande de bœuf crue

apparaissent nettement meilleures que celles de la méthode de

référence.

� Le protocole usuel de confirmation retenu est un isolement direct sur

gélose CT SMAC avec un test d’agglutination sur colonies

caractéristiques. Le protocole alternatif proposé par Qualicon a toutefois

permis de confirmer 52 échantillons trouvés positifs par PCR et négatifs

par le protocole de confirmation usuel.

� La méthode BAX® E. coli O157:H7 MP permet un gain de manipulation

important par rapport à la méthode de référence, qu’il s’agisse

d’échantillons positifs ou négatifs.

Les conclusions de l’étude interlaboratoires sont les suivantes :

� La variabilité de la méthode alternative (degré d’accord, concordance,

odds ratio) est identique à celle de la méthode de référence.





Annexe 1 - Protocole de la méthode alternative :

BAX® E. coli O157:H7 MP

Protocole Protocole général

Viande de bœuf cru Autres matrices

25 g + 225 ml 25 g + 225 ml

bouillon spécial BAX E. coli O157:H7 bouillon mTSB + novobiocine

préchauffé à 42°C en sac préchauffé à 41,5°C en sac

Stomacher bag filter Stomacher bag filter

↓ ↓

8 - 24 h à 42°C ± 1°C 18 - 24 h à 41,5°C ± 1°C

↓ ↓

20 µl d’enrichissement 5 µl d’enrichissement

+ 200 µl tampon + 200 µl tampon

�

Lyse : 20 min à 37°C

10 min à 95°C

Refroidissement : 5 min

↓

50 µl lysat dans tube PCR

↓

PCR (MP : 3h30 ; MPE : 2h30)

Confirmation :

- isolement direct de 50 µl sur CT-SMAC ;

subculture et test latex O157 et H7

- protocole Qualicon





Annexe 2 - Protocole de confirmation Qualicon

400 µl enrichissement

+ 400 µl PBS Tween (PBST)

+ 20 µl immunobilles

�

Ims

�

Lavage avec 400 µl de PBST

�

Ims

�

Ajouter 400 µl de PBST

Vortexer

�

Isoler 50 µl sur CT SMAC = IMS1

5 µl ou 20 µl

+ tampon de lyse

�

PCR BAX

350 µl + 10 ml EPT

8 - 16 h à 42°C

400 µl d’enrichissement

+ 400 µl de PBST

+ 20 µl immunobilles

�

Ims

�

Ajouter 400 µl de PBST

�

Ims

�

Ajouter 400 µl de PBST = IMS2

�

Isoler 50 µl sur :

- CT SMAC

- 2 géloses chromogènes

(milieux utilisés au cours de l’étude :

ID O157:H7, RAPID’E. coli O157:H7)





Annexe 3 - Méthode de référence EN ISO 16654 : Microbiologie des aliments - Méthode horizontale

pour la recherche des Escherichia coli O157

x g d’échantillon + 9x g de mTSB + novobiocine préchauffé à 41,5°C

en sacs Stomacher bag filter

41,5°C pendant 6 h et 24h

Séparation immunomagnétique

IMS

Isolement 50 µl Isolement 50 µl

CT-SMAC Chromagar O157

37°C

18-24 h

Au moins 1 colonie caractéristique

(pour chaque milieu) et 4 colonies si la

première est négative

Gélose nutritive

Incubation 24 h ± 3 h à 37°C ± 1°C

Test indole Test latex

Interprétation des résultats





Annexe 4 - Contamination artificielle des échantillons

N° éch.

Produit Contaminations artificielles

Résultats Souche Origine Stress appliqué

Mesure du stress

Taux d'inoculation/25g

2465 Emincé de museau de porc à la Lyonnaise E.coli O157:H7 R33-9 Environnement bovin pH3-4°c 0,55 3,8 +

2467 Betteraves rouges E.coli O157:H7 R33-9 Environnement bovin pH3-4°c 0,55 3,8 +

2468 Taboulé à la volaille E.coli O157:H7 R33-9 Environnement bovin pH3-4°c 0,55 3,8 +

2471 Salade de chou rouge E.coli O157:H7 ENV177 Station d'épuration pH3-4°c 0,61 2,4 +

2473 Jus de pomme E.coli O157:H7 R33-9 Environnement bovin pH3-4°c 0,55 3,8 +

2475 Jus d'orange E.coli O157:H7 ENV177 Station d'épuration pH3-4°c 0,61 2,4 +

2476 Jus de fruit et lait orange, banane, fraise E.coli O157:H7 ENV177 Station d'épuration pH3-4°c 0,61 2,4 +

2478 Soupe fraîche tomate, carotte, céleri E.coli O157:H7 R33-9 Environnement bovin pH3-4°c 0,55 3,8 +

2479 Soupe fraîche poivron rouge, concombre, oignon E.coli O157:H7 ENV177 Station d'épuration pH3-4°c 0,61 2,4 +

2480 Soupe fraîche pomme de terre, carotte, poireau,

navet E.coli O157:H7 ENV177 Station d'épuration pH3-4°c 0,61 2,4 +

2564 Boulettes de bœuf provençale E.coli O157:H7 Ad485 Steak haché 20 jours-20°c 0,37 2,8 +

2565 Boulettes au bœuf E.coli O157:H7 Ad485 Steak haché 20 jours-20°c 0,37 2,8 +

2566 Boulettes de bœuf provençale E.coli O157:H7 Ad485 Steak haché 20 jours-20°c 0,37 2,8 +

2567 Haché bolognaise E.coli O157:H7 Ad485 Steak haché 20 jours-20°c 0,37 2,8 +

2568 Brochettes abats de bœuf E.coli O157:H7 Ad485 Steak haché 20 jours-20°c 0,37 2,8 -

2569 Bavette E.coli O157:H7 Ad485 Steak haché 20 jours-20°c 0,37 2,8 +

2570 Aiguillette de bœuf E.coli O157:H7 R33-9 Environnement bovin -20°c >1,11 <1 -

2571 Boulettes au bœuf E.coli O157:H7 R33-9 Environnement bovin -20°c >1,11 <1 -

2572 Haché E.coli O157:H7 R33-9 Environnement bovin -20°c >1,11 <1 +

2573 Carpaccio de bœuf au basilic E.coli O157:H7 R33-9 Environnement bovin 20 jours-20°c >1,11 <1 +

2574 Carpaccio de bœuf aux olives E.coli O157:H7 R33-9 Environnement bovin 20 jours-20°c >1,11 <1 +

2575 Steak haché E.coli O157:H7 R33-9 Environnement bovin 20 jours-20°c >1,11 <1 -

2576 Steak haché tomate E.coli O157:H7 B68 Surface abattoir 20 jours-20°c 0,6 2 +

2577 Haché bolognaise E.coli O157:H7 B68 Surface abattoir 20 jours-20°c 0,6 2 +

2578 Steak haché oignon E.coli O157:H7 B68 Surface abattoir 20 jours-20°c 0,6 2 +

2579 Brochettes de bœuf E.coli O157:H7 B68 Surface abattoir 20 jours-20°c 0,6 2 +

2580 Steak haché tomate E.coli O157:H7 B68 Surface abattoir 20 jours-20°c 0,6 2 -

2581 Steak haché frais pur bœuf E.coli O157:H7 B68 Surface abattoir 20 jours-20°c 0,6 2 +

2582 Steak haché façon boucherie E.coli O157:H7 Ad487 Steak haché 20 jours-20°c 0,43 1,5 +

2583 Steak haché oignon E.coli O157:H7 Ad487 Steak haché 20 jours-20°c 0,43 1,5 +





N° éch.



Mesure du stress


2584 Steak haché frais pur bœuf E.coli O157:H7 Ad487 Steak haché 20 jours-20°c 0,43 1,5 +

2585 Brochettes abats de bœuf E.coli O157:H7 Ad487 Steak haché 20 jours-20°c 0,43 1,5 +



2618 Haché bolognaise E.coli O157:H7 B177 Surface abattoir 5 jours-20°c 0,89 3,8 +

2619 Boulettes de bœuf provençale E.coli O157:H7 B177 Surface abattoir 5 jours-20°c 0,89 3,8 +

2620 Brochettes d'abats de bœuf E.coli O157:H7 B177 Surface abattoir 5 jours-20°c 0,89 3,8 -

2621 Steak hache E.coli O157:H7 B177 Surface abattoir 5 jours-20°c 0,89 3,8 -

2622 Carpaccio aux olives E.coli O157:H7 B177 Surface abattoir 5 jours-20°c 0,89 3,8 +

2623 Steak haché E.coli O157:H7 AV36 Surface abattoir 5 jours-20°c 1,03 2,2 +

2625 Boulettes de bœuf E.coli O157:H7 AV36 Surface abattoir 5 jours-20°c 1,03 2,2 +

2626 Bavette E.coli O157:H7 AV36 Surface abattoir 5 jours-20°c 1,03 2,2 +

2627 Haché bolognaise E.coli O157:H7 AV36 Surface abattoir 5 jours-20°c 1,03 2,2 -

2628 Steak haché 15%MG E.coli O157:H7 A3612 Steak haché 5 jours-20°c 1,22 1 -

2629 Boulettes de bœuf provençale E.coli O157:H7 A3612 Steak haché 5 jours-20°c 1,22 1 +

2630 Brochettes de bœuf E.coli O157:H7 A3612 Steak haché 5 jours-20°c 1,22 1 +

2631 Steak haché frais E.coli O157:H7 A3612 Steak haché 5 jours-20°c 1,22 1 +

2632 Steak haché à l'oignon E.coli O157:H7 A3612 Steak haché 5 jours-20°c 1,22 1 +

2633 Boulettes au bœuf E.coli O157:H7 B177 Surface abattoir 5 jours 4°c 0,97 5 +

2634 Baronne E.coli O157:H7 B177 Surface abattoir 5 jours 4°c 0,97 5 +

2635 Carpaccio au basilic E.coli O157:H7 B177 Surface abattoir 5 jours 4°c 0,97 5 +

2636 Steak haché à la tomate E.coli O157:H7 B177 Surface abattoir 5 jours 4°c 0,97 5 +

2637 Steak haché frais pur bœuf E.coli O157:H7 B177 Surface abattoir 5 jours 4°c 0,97 5 +

2638 Steak haché à l'oignon E.coli O157:H7 AV36 Surface abattoir 5 jours 4°c 1,23 9,2 +

2639 Boulettes au bœuf E.coli O157:H7 AV36 Surface abattoir 5 jours 4°c 1,23 9,2 +

2640 Steak haché frais pur bœuf 20%MG E.coli O157:H7 AV36 Surface abattoir 5 jours 4°c 1,23 9,2 +

2641 Carpaccio aux olives2642 E.coli O157:H7 AV36 Surface abattoir 5 jours 4°c 1,23 9,2 +

2653 Lait cru E.coli O157:H7 A206-RP Feces 13 jours pH3-4°c 0,49 3,8 +

2663 Lait cru E.coli O157:H7 R33-9 Environnement bovin 28 jours 4°c 0,47 3,4 +

2665 Lait cru E.coli O157:H7 A206RP Feces 13 jours 10% NaCl-4°c 0,55 6,2 +

2670 Lait cru E.coli O157:H7 ENV177 Station d'épuration 28 jours 10% NaCl-4°c 1,11 2,6 +

2723 Viande hachée surgelée E.coli O157:H7 A19891D Steak haché 40 jours -20°c 1,4 0-0-0-0-1 (0,2) +

2724 Viande hachée surgelée E.coli O157:H7 A19891D Steak haché 40 jours -20°c 1,4 0-0-0-0-1 (0,2) -

2725 Steak haché de bœuf surgelé E.coli O157:H7 A19891D Steak haché 40 jours -20°c 1,4 0-0-0-0-1 (0,2) -





N° éch.



Mesure du stress


2726 Steak haché de bœuf surgelé E.coli O157:H7 AMTV6 Clinique (feces) 40 jours -20°c 1,45 19-22-22-19-18 (20,0) +



2729 Steak haché de bœuf surgelé E.coli O157:H7 AQ29-4 Feces bovin 40 jours -20°c 1,41 0-0-0-1-1 (0,4) -

2730 Steak haché de bœuf surgelé E.coli O157:H7 AQ29-4 Feces bovin 40 jours -20°c 1,41 0-0-0-1-1 (0,4) -

2731 Steak haché surgelé E.coli O157:H7 AQ29-4 Feces bovin 40 jours -20°c 1,41 0-0-0-1-1 (0,4) +

2732 Steak haché surgelé E.coli O157:H7 435 Sreak haché 48H 4°c/24H -18°c/17j 4°c 0,83 67-45-56-44-60 (54,4) +

2733 Steak haché surgelé E.coli O157:H7 435 Steak haché 48H 4°c/24H -18°c/17j 4°c 0,83 67-45-56-44-60 (54,4) +

2734 Steak haché surgelé E.coli O157:H7 435 Steak haché 48H 4°c/24H -18°c/17j 4°c 0,83 67-45-56-44-60 (54,4) +

2748 Lait cru E.coli O157:H7 A206RP Clinique (feces) 40 jours 4°c 1,64 2-4-0-0-2 (1,6) +

2749 Lait cru E.coli O157:H7 A206RP Clinique (feces) 40 jours pH3- 4°c 0,73 2-2-5-3-4 (3,6) +

2750 Cervelas vinaigrette à l'Alsacienne E.coli O157:H7 Ad485 Steak haché 57 jours pH3-4°c 0,86 4-8-4-2-2 (4,0) -

2751 Museau de porc à la lyonnaise E.coli O157:H7 Ad485 Steak haché 57 jours pH3-4°c 0,86 4-8-4-2-2 (4,0) -

2752 Taboulé au poulet E.coli O157:H7 Ad485 Steak haché 57 jours pH3-4°c 0,86 4-8-4-2-2 (4,0) +

2753 Taboulé à la volaille E.coli O157:H7 Ad487 Steak haché 42 jours pH3- 4°c 1,11 9-3-7-6-5 (6,0) +

2754 Salade camarguaise E.coli O157:H7 Ad487 Steak haché 42 jours pH3- 4°c 1,11 9-3-7-6-5 (6,0) +

2755 Salade de chou rouge E.coli O157:H7 Ad487 Steak haché 42 jours pH3- 4°c 1,11 9-3-7-6-5 (6,0) +

2756 Salade camarguaise E.coli O157:H7 ET8 Station d'épuration 42 jours pH3- 4°c 1,25 3-10-4-7-3 (5,4) +

2757 Betteraves rouges E.coli O157:H7 ET8 Station d'épuration 42 jours pH3- 4°c 1,25 3-10-4-7-3 (5,4) +

2758 Macédoine de légumes E.coli O157:H7 ET8 Station d'épuration 42 jours pH3- 4°c 1,25 3-10-4-7-3 (5,4) +

2759 Entremêlés de pâtes et écrevisses E.coli O157:H7 LS56 Clinique 57 jours pH3-4°c 1,42 0-0-4-3-1 (1,6) -

2760 Salade piémontaise aux champignons E.coli O157:H7 LS56 Clinique 57 jours pH3-4°c 1,42 0-0-4-3-1 (1,6) +

2761 Salade strasbourgeoise E.coli O157:H7 LS56 Clinique 57 jours pH3-4°c 1,42 0-0-4-3-1 (1,6) -

2762 Julienne de légumes surgelés E.coli O157:H7 ENV177 Station d'épuration 57 jours -20°c >1,15 1-4-4-2-5 (3,2) +

2763 Brocolis en fleurettes surgelés E.coli O157:H7 ENV177 Station d'épuration 57 jours -20°c >1,15 1-4-4-2-5 (3,2) +

2764 Courgettes en rondelles surgelés E.coli O157:H7 ENV177 Station d'épuration 57 jours -20°c >1,15 1-4-4-2-5 (3,2) +

2765 Poêlée champêtre surgelée E.coli O157:H7 ET8 Station d'épuration 41 jours -20°c 1,00 10-5-5-6-2 (5,6) +

2766 Carottes en rondelles surgelées E.coli O157:H7 ET8 Station d'épuration 41 jours -20°c 1,00 10-5-5-6-2 (5,6) +

2767 Choux de Bruxelles surgelés E.coli O157:H7 ET8 Station d'épuration 41 jours -20°c 1,00 10-5-5-6-2 (5,6) +

2768 Poivrons verts en dés surgelés E.coli O157:H7 ENV177 Station d'épuration 57 jours -20°c pH10 >1,27 4-2-1-0-1 (1,6) +

2769 Brocolis surgelés E.coli O157:H7 ENV177 Station d'épuration 57 jours -20°c pH10 >1,27 4-2-1-0-1 (1,6) +

2770 Epinards hachés à la crème fraîche surgelés E.coli O157:H7 ENV177 Station d'épuration 57 jours -20°c pH10 >1,27 4-2-1-0-1 (1,6) +

2771 Epinards hachés e portions surgelés E.coli O157:H7 ENV177 Station d'épuration 57 jours -20°c pH10 >1,27 4-2-1-0-1 (1,6) +

2772 Poêlée à la Méridionale surgelée E.coli O157:H7 ENV177 Station d'épuration 57 jours -20°c >1,15 1-4-4-2-5 (3,2) +





N° éch.



Mesure du stress


2773 Julienne de légumes surgelés E.coli O157:H7 ET8 Station d'épuration 41 jours -20°c 1,00 10-5-5-6-2 (5,6) +

2782 Boulettes de bœuf surgelées E.coli O157:H7 A1814ID Steak haché 48H 4°c/24H -18°c/26j 4°c 0,54 9-6-6-6-5 (6,4) +

2783 Boulettes de bœuf surgelées E.coli O157:H7 A1814ID Steak haché 48H 4°c/24H -18°c/26j 4°c 0,54 9-6-6-6-5 (6,4) +

2784 Viande hachée 5% MG E.coli O157:H7 A1814ID Steak haché 48H 4°c/24H -18°c/26j 4°c 0,54 9-6-6-6-5 (6,4) +

2785 Viande hachée 5% MG E.coli O157:H7 A1814ID Steak haché 48H 4°c/24H -18°c/26j 4°c 0,54 9-6-6-6-5 (6,4) -

2786 Viande hachée 20% MG E.coli O157:H7 AMVT6 Clinique 48 jours 4°c 1,95 1-6-5-9-4 (5,0) +

2787 Viande hachée 20% MG E.coli O157:H7 AMVT6 Clinique 48 jours 4°c 1,95 1-6-5-9-4 (5,0) +

2788 Boulettes de bœuf surgelées E.coli O157:H7 AMVT6 Clinique 48 jours 4°c 1,95 1-6-5-9-4 (5,0) +

2789 Boulettes de bœuf surgelées E.coli O157:H7 AMVT6 Clinique 48 jours 4°c 1,95 1-6-5-9-4 (5,0) -

2790 Boulettes de bœuf surgelées E.coli O157:H7 670T Steak haché 48 jours -20°c >2,41 5-4-4-4-3 (4,0) +

2791 Mini boulettes de bœuf surgelées E.coli O157:H7 670T Steak haché 48 jours -20°c >2,41 5-4-4-4-3 (4,0) +



2794 Côte de porc E.coli O157:H7 AV36 Surface abattoir 48 jours -20°c/ 2 jours 4°c 0,8 9-8-1-3-5 (5,2) +

2795 Côte de porc E.coli O157:H7 670T Steak haché 48 Jours 4°c 0,62 7-5-9-12-6 (7,8) +

2796 Cuisse de poulet E.coli O157:H7 AQ29-4 Feces bovin 48 jours -20°c/ 2 jours 4°c 0,52 7-11-8-4-9 (7,8) +

2797 Cuisse de poulet E.coli O157:H7 LS56 Clinique 63 jours 4°c 1,23 0-2-2-3-2 (1,8) -

2802 Filet de poulet E.coli O157:H7 AV36 Surface abattoir 48 jours -20°c/ 2 jours 4°c 0,8 9-8-1-3-5 (5,2) +

2803 Filet de poulet E.coli O157:H7 AQ29-4 Feces bovin 48 jours -20°c/ 2 jours 4°c 0,52 7-11-8-4-9 (7,8) +

2804 Poulet sauce aigre douce E.coli O157:H7 Ad485 Steak haché 63 jours -20°c 1,15 6-9-5-5-8 (6,6) +

2805 Poulet sauce aigre douce E.coli O157:H7 LS56 Clinique 63 jours 4°c 1,23 0-2-2-3-2 (1,8) +

2806 Emincé de porc cuisiné E.coli O157:H7 670T Steak haché 48 Jours 4°c 0,62 7-5-9-12-6 (7,8) +

2807 Emincé de porc cuisiné E.coli O157:H7 B68 Surface abattoir 63 jours 4°c 0,59 2-4-6-7-8 (5,4) +

2808 Tomates farcies E.coli O157:H7 AV36 Surface abattoir 48 jours -20°c/ 2 jours 4°c 0,8 9-8-1-3-5 (5,2) +

2809 Tomates farcies E.coli O157:H7 Ad485 Steak haché 63 jours -20°c 1,15 6-9-5-5-8 (6,6) +

2810 Lasagnes E.coli O157:H7 Ad485 Steak haché 63 jours -20°c 1,15 6-9-5-5-8 (6,6) +

2811 Lasagnes E.coli O157:H7 670T Steak haché 48 Jours 4°c 0,62 7-5-9-12-6 (7,8) +

2812 Aubergines farcies E.coli O157:H7 670T Steak haché 48 Jours 4°c 0,62 7-5-9-12-6 (7,8) +

2813 Aubergines farcies E.coli O157:H7 B68 Surface abattoir 63 jours 4°c 0,59 2-4-6-7-8 (5,4) -

2814 Cidre traditionnel E.coli O157:H7 B68 Surface abattoir 63 jours 4°c 0,59 2-4-6-7-8 (5,4) -

2815 Cidre traditionnel E.coli O157:H7 LS56 Clinique 63 jours 4°c 1,23 0-2-2-3-2 (1,8) -

2816 Cidre traditionnel E.coli O157:H7 Ad485 Steak haché 63 jours -20°c 1,15 6-9-5-5-8 (6,6) +

2817 Cidre traditionnel E.coli O157:H7 AQ29-4 Feces bovin 48 jours -20°c/ 2 jours 4°c 0,52 7-11-8-4-9 (7,8) -

2820 Chou fleur E.coli O157:H7 A19891D Steak haché 49 jours 4°c 0,78 6-1-0-7-4 (3,6) +





N° éch.



Mesure du stress


2821 Chou fleur E.coli O157:H7 A19891D Steak haché 49 jours 4°c 0,78 6-1-0-7-4 (3,6) +

2822 Chou blanc E.coli O157:H7 A19891D Steak haché 49 jours 4°c 0,78 6-1-0-7-4 (3,6) +

2823 Chou blanc E.coli O157:H7 A206RP Clinique (feces) 49 jours -20°c 1,96 2-5-3-6-5 (4,2) +

2824 Mélange chou blanc carotte céleri E.coli O157:H7 A206RP Clinique (feces) 49 jours -20°c 1,96 2-5-3-6-5 (4,2) +

2825 Chou rouge E.coli O157:H7 A206RP Clinique (feces) 49 jours -20°c 1,96 2-5-3-6-5 (4,2) +

2826 Choucroute crue E.coli O157:H7 ENV177 Station d'épuration 64 jours pH3 -20°c >4,02 4-2-1-1-5 (2,6) -

2827 Olives vertes E.coli O157:H7 ENV177 Station d'épuration 64 jours pH3 -20°c >4,02 4-2-1-1-5 (2,6) -

2837 Soupe moulinée de légumes et herbes du jardin E.coli O157:H7 A206RP Clinique (feces) 49 jours10%NaCl -20°c >4,43 9-8-7-12-6 (8,4) +

2838 Soupe froide carotte melon E.coli O157:H7 A206RP Clinique (feces) 49 jours10%NaCl -20°c >4,43 9-8-7-12-6 (8,4) +

2839 Soupe froide gaspacho andalouse E.coli O157:H7 A206RP Clinique (feces) 49 jours10%NaCl -20°c >4,43 9-8-7-12-6 (8,4) +

2840 Jus de fruit pêche abricot E.coli O157:H7 LS56 Clinique 64 jours pH3 -20°c >2,58 0-3-0-1-2 (1,2) +

2841 Cidre bouché brut E.coli O157:H7 LS56 Clinique 64 jours pH3 -20°c >2,58 0-3-0-1-2 (1,2) -

2842 Cidre traditionnel E.coli O157:H7 LS56 Clinique 64 jours pH3 -20°c >2,58 0-3-0-1-2 (1,2) -

2843 Cidre fermier E.coli O157:H7 LS56 Clinique 64 jours pH3 -20°c >2,58 0-3-0-1-2 (1,2) -

2855 Côte de porc échine E.coli O157:H7 Ad487 Steak haché 54 jours 4°c 0,58 6-4-7-5-3 (5,0) +

2856 Côte de mouton E.coli O157:H7 Ad487 Steak haché 54 jours 4°c 0,58 6-4-7-5-3 (5,0) +

2857 Porc au caramel E.coli O157:H7 Ad487 Steak haché 54 jours 4°c 0,58 6-4-7-5-3 (5,0) -

2858 Rognons de porc cuisinés E.coli O157:H7 Ad487 Steak haché 54 jours 4°c 0,58 6-4-7-5-3 (5,0) +

2859 Quiche Lorraine E.coli O157:H7 Ad487 Steak haché 54 jours 4°c 0,58 6-4-7-5-3 (5,0) -

2860 Bouchées à la reine E.coli O157:H7 Ad487 Steak haché 54 jours 4°c 0,58 6-4-7-5-3 (5,0) +

2900 Lait cru E.coli O157:H7 LS56 Clinique 72 jours pH3- 4°c 1,00 5-1-5-3-2 (3,2) +

2901 Lait cru E.coli O157:H7 LS56 Clinique 72 jours pH3- 4°c 1,00 5-1-5-3-2 (3,2) +

2902 Lait cru E.coli O157:H7 AMVT6 Clinique 56 jours pH3- 4°c 0,5 11-6-7-7-5 (7,2) +

2903 Lait cru E.coli O157:H7 AMVT6 Clinique 56 jours pH3- 4°c 0,5 11-6-7-7-5 (7,2) +

2904 Lait cru E.coli O157:H7 ET8 Station d'épuration 56 jours pH3- 4°c 1,38 2-4-8-3-2 (3,8) +

2905 Lait cru E.coli O157:H7 ET8 Station d'épuration 56 jours pH3- 4°c 1,38 2-4-8-3-2 (3,8) +

2906 Choucroute crue E.coli O157:H7 LS56 Clinique 72 jours pH3- 4°c 1,00 5-1-5-3-2 (3,2) -

2907 Olives vertes E.coli O157:H7 LS56 Clinique 72 jours pH3- 4°c 1,00 5-1-5-3-2 (3,2) -

2908 Cidre traditionnel E.coli O157:H7 ET8 Station d'épuration 56 jours pH3- 4°c 1,38 2-4-8-3-2 (3,8) -

2937 Lait cru E.coli O157:H7 AMVT6 Clinique (feces) 77 jours 4°c 0,62 21-25-30-24-18 (23,6) +




2941 Lait cru E.coli O157:H7 LS56 Clinique 77 jours 4°c 0,57 6-8-10-14-11 (9,8) +





N° éch.



Mesure du stress






2946 Lait cru E.coli O157:H7 A206RP Clinique (feces) 62 jours 4°c 0,98 0-0-0-1-1 (0,4) -



2949 Lait cru E.coli O157:H7 ET8 Station d'épuration 62 jours 4°c 0,79 7-9-10-5-8 (7,8) +




2992 Lait cru E.coli O157:H7 B177 Surface abattoir 65 jours -20°c 0,26 11-8-13-17-2 (10,2) +



2995 Lait cru E.coli O157:H7 A3612 Steak haché 65 jours 4°c 0,63 10-19-16-15-16 (15,2) +

2998 Choucroute crue E.coli O157:H7 A3612 Steak haché 65 jours 4°c 0,63 10-19-16-15-16 (15,2) +

102 Tranche de gigot d'agneau E.coli O157:H7 A1518ID Steak haché 48H 4°c-33jours -18°c-48H 4°c 0,90 10-9-14-9-10 (10,4) +

103 Côte de mouton E.coli O157:H7 A1518ID Steak haché 48H 4°c-33jours -18°c-48H 4°c 0,90 10-9-14-9-10 (10,4) +

104 Côte de porc E.coli O157:H7 MK41242 Steak haché 48H 4°c-33jours -18°c-48H 4°c 0,90 48-33-16-43-33 (34,6) -





Annexe 5 - Résultats bruts de l’exactitude relative

NC : colonies non caractéristiques ims1 : confirmation par le protocole Qualicon (étape ims 1)

A : souche auto-agglutinante ims2: confirmation par le protocole Qualicon (étape ims 2 +/- : colonies douteuses

VIANDES CRUES DE BŒUF (Protocole BAX 8 h - 42°C)

N°Ech. Produit

Méthode de référence ISO 16654 ♦ Méthode BAX E.coli H7 MP Méthode BAX E.coli H7 MPExpress

Colonies suspectes

Résultat

PCR

Confirmations

PCR

Confirmations

IMS 6H IMS 24H CT SMAC CT SMAC

CT SMAC

Chromagar

O157 CT SMAC

Chromagar

O157

Colonies

suspectes Latex O157 Latex H7 Résultat final Concordance

Colonies


2564 Boulettes de bœuf provençale + - +/- +/- - + + A+ / -/+ ims1 PD - / / / - =

2565 Boulettes au bœuf + + +/- +/- - + + + + + PD - / / / - =

2566 Boulettes de bœuf provençale + + +/- + - - / / / - = - / / / - =

2567 Haché bolognaise - - - - - + + + + + PD - / / / - =

2568 Brochettes abats de bœuf +/- - - - - - / / / - = - / / / - =

2569 Bavette + + / / + + + - / -/+ims1 = - / / / - ND

2570 Aiguillette de bœuf +/- + - +/- - - / / / - = - / / / - =

2571 Boulettes au bœuf + - +/- - - + + A+ / - = - / / / - =

2572 Haché - - +/- - - - / / / - = - / / / - =

2573 Carpaccio de bœuf au basilic - - + + + - / / / - ND - / / / - ND

2574 Carpaccio de bœuf aux olives - - - - - - / / / - = - / / / - =

2575 Steak haché - - - - - - / / / - = - / / / - =

2576 Steak haché tomate - - + + + - / / / - ND - / / / - ND

2577 Haché bolognaise + + / / + - / / / - ND - / / / - ND

2578 Steak haché oignon - - - - - - / / / - = - / / / - =

2579 Brochettes de bœuf - +/- - +/- - + - / / -/+ims2 PD - / / / - =

2580 Steak haché tomate - - - - - - / / / - = - / / / - =

2581 Steak haché frais pur bœuf + + +/- +/- - + + + + + PD - / / / - =

2582 Steak haché façon boucherie + - +/- - + + + A+ / - ND - / / / - ND

2583 Steak haché oignon - - - - - + + + + + PD - / / / - =

2584 Steak haché frais pur bœuf + + / / + + + + + + = - / / / - ND

2585 Brochettes abats de bœuf + + / / + - / / / - ND - / / / - ND

♦

Essai effectué sous le couvert de l’accréditation








N°Ech. Produit


Colonies suspectes

Résultat

PCR

Confirmations

PCR

Confirmations


CT SMAC

Chromagar

O157 CT SMAC

Chromagar

O157

Colonies


Colonies


2586 Steak haché frais pur bœuf + + / / + + + + + + = - / / / - ND

2587 Steak haché frais pur bœuf + + / / + + +/- + + + = - / / / - ND

2618 Haché bolognaise - - + +/- + + + + + + = + + + + + =

2619 Boulettes de bœuf provençale + + +/- +/- - + + + + + PD + + + + + PD

2620 Brochettes d'abats de bœuf - - - - - - +/- - / - = - +/- - / - =

2621 Steak haché - + - +/- - - - / / - = - - / / - =

2622 Carpaccio aux olives - - - - - + + + + + PD + + + + + PD

2623 Steak haché - - - - - - + + + - = - + + + - =

2625 Boulettes de bœuf + +/- + - - + + A+ / -/+ims2 PD + + A+ / -/+ims2 PD

2626 Bavette + - - + - + + + + + PD - + + + - =

2627 Haché bolognaise - - - + - - - / / - = - - / / - =

2628 Steak haché 15%MG + + +/- + - - - / / - = - - / / - =

2629 Boulettes de bœuf provençale + + + + - + + A+ / -/+ims1 PD - + A+ / - =

2630 Brochettes de bœuf - +/- +/- +/- + + +/- NC / -/+ims1 = + +/- NC / -/+ims1 =

2631 Steak haché frais - - - - - + +/- + + + PD - +/- + + - =

2632 Steak haché à l'oignon - - + - - + + + + + PD + + + + + PD

2633 Boulettes au bœuf + + +/- - - + + A+ A+ -/+ims1 PD + + A+ A+ -/+ims1 PD

2634 Baronne + - + - - + + + + + PD + + + + + PD

2635 Carpaccio au basilic - - - - - + + + + + PD + + + + + PD

2636 Steak haché à la tomate + + / / + + + + + + = + + + + + =

2637 Steak haché frais pur bœuf + + / / + + - / / -/+ims1 = + - / / -/+ims1 =

2638 Steak haché à l'oignon + + / / + + + + + + = + + + + + =

2639 Boulettes au bœuf + + / / + + + + + + = + + + + + =

2640

Steak haché frais pur bœuf

20%MG + + / / + + + + + + = + + + + + =

2641 Carpaccio aux olives2642 - - - - - + + + + + PD + + + + + PD

2723 Viande hachée surgelée - - - - - + + + + + PD + + + + + PD

2724 Viande hachée surgelée - - - - - - - / / - = - - / / - =

2725 Steak haché de bœuf surgelé - +/- - - - - / / / - = - / / / - =








N°Ech. Produit


Colonies suspectes

Résultat

PCR

Confirmations

PCR

Confirmations


CT SMAC

Chromagar

O157 CT SMAC

Chromagar

O157

Colonies


Colonies


2726 Steak haché de bœuf surgelé + + + + + + + + + + = + + + + + =

2727 Steak haché de bœuf surgelé + + + - + + + + + + = + + + + + =


2729 Steak haché de bœuf surgelé - +/- - - - + - / / -/+ims1 PD + - / / -/+ims1 PD

2730 Steak haché de bœuf surgelé - + - +/- - - - / / - = - - / / - =

2731 Steak haché surgelé - - - - - + + + + + PD + + + + + PD

2732 Steak haché surgelé + + + + + + + + + + = + + + + + =



2888 Mini boulettes de bœuf surgelées - - - - - - / / / - = - / / / - =

2889 Boulettes de boeuf surgelées - - - - - - / / / - = - / / / - =

2890 Viande hachée de bœuf 20% MG - - - - - - / / / - = - / / / - =


2892 Boulettes de bœuf surgelées - - + - - + + + + + PD + + + + + PD

2893 Boulettes de bœuf surgelées - - - - - -/+ +1col + + - = + +1col + + + PD

2894 Steak haché (surgelé) - - - - - - / / / - = - / / / - =




2898 Viande hachée de bœuf 5% MG - - - - - +/+ +/-1col - / - = -/+ +/-1col - / - =


2996 Haché bolognaise - - - - - - / / / - = - / / / - =

2997 Carpaccio de bœuf - - +/- + + - / / / - ND - / / / - ND

3057 Steak haché - - - - - - / / / - = - / / / - =

3058 Boulettes au bœuf - - - - - - / / / - = - / / / - =

3059 Steak haché à la tomate - - - - - - / / / - = - / / / - =


3061 Steak haché pur bœuf - - - - - - / / / - = - / / / - =

3062 Brochettes de bœuf - - - - - - / / / - = - / / / - =





NC : colonies non caractéristiques ims1 : confirmation par le protocole Qualicon (étape ims 1) A : souche auto-agglutinante ims2: confirmation par le protocole Qualicon (étape ims 2 +/- : colonies douteuses

VIANDES CRUES DE BŒUF (Protocole BAX 24 heures - 42°C)

N°Ech. Produit


Colonies suspectes

Résultat PCR

Confirmations

PCR

Confirmations


CT SMAC Chromagar

O157 CT SMAC

Chromagar

O157

Colonies


Colonies


2564 Boulettes de bœuf provençale + - +/- +/- - + +/- A+ / -/+ims2 PD + +/- A+ / -/+ims2 PD

2565 Boulettes au bœuf + + +/- +/- - + +/- A+ / -/+ims2 PD - / / / - =

2566 Boulettes de bœuf provençale + + +/- + - + + + + + PD - / / / - =

2567 Haché bolognaise - - - - - + + + + + PD - / / / - =

2568 Brochettes abats de bœuf +/- - - - - - / / / - = - / / / - =

2569 Bavette + + / / + + + - / -/+ims2 = + + - / -/+ims2 =

2570 Aiguillette de bœuf +/- + - +/- - - / / / - = - / / / - =

2571 Boulettes au bœuf + - +/- - - - + A+ / - = - / / / - =

2572 Haché - - +/- - - + +/- + + + PD - / / / - =

2573 Carpaccio de bœuf au basilic - - + + + + + + + + = + + + + + =

2574 Carpaccio de bœuf au olives - - - - - + + + + + PD + + + + + PD

2575 Steak haché - - - - - - / / / - = - / / / - =

2576 Steak haché tomate - - + + + - / / / - ND - / / / - ND

2577 Haché bolognaise + + / / + + + A+ / -/+ims2 = + + A+ / -/+ims2 =

2578 Steak haché oignon - - - - - + + + + + PD + + + + + PD

2579 Brochettes de bœuf - +/- - +/- - - / / / - = + +/- NC / - =

2580 Steak haché tomate - - - - - + + + + + PD + + + + + PD

2581 Steak haché frais pur bœuf + + +/- +/- - + + A+ / -/+ims1 PD + + A+ / -/+ims1 PD

2582 Steak haché façon boucherie + - +/- - + + + + + + = + + + + + =

2583 Steak haché oignon - - - - - + + + + + PD + + + + + PD

2584 Steak haché frais pur bœuf + + / / + + + + + + = + + + + + =

2585 Brochettes abats de bœuf + + / / + + - / / -/+ims1 = - / / / - ND

2586 Steak haché frais pur bœuf + + / / + + + A+ / -/+ims1 = + + A+ / -/+ims1 =

2587 Steak haché frais pur bœuf + + / / + + + + + + = + + + + + =

2618 Haché bolognaise - - + +/- + + + + + + = + + + + + =

2619 Boulettes de bœuf provençale + + +/- +/- - + + A+ / -/+ims1 PD + + A+ / -/+ims1 PD

♦








N°Ech. Produit


Colonies suspectes

Résultat PCR

Confirmations

PCR

Confirmations


CT SMAC Chromagar

O157 CT SMAC

Chromagar

O157

Colonies


Colonies


2620 Brochettes d'abats de bœuf - - - - - - + - / - = - + - / - =

2621 Steak hache - + - +/- - - - / / - = - - / / - =

2622 Carpaccio aux olives - - - - - + + + + + PD + + + + + PD

2623 Steak haché - - - - - + + + + + PD - + + + - =

2625 Boulettes de bœuf + +/- + - - + + A+ / -/+ims2 PD - + A+ / - =

2626 Bavette + - - + - + + + + + PD - + + + - =

2627 Haché bolognaise - - - + - - - / / - = - - / / - =

2628 Steak haché 15%MG + + +/- + - - +/- NC / - = - +/- NC / - =

2629 Boulettes de bœuf provençale + + + + - + + A+ / -/+ims2 PD - + A+ / - =

2630 Brochettes de bœuf - +/- +/- +/- + + +/- - / -/+ims2 = + +/- - / -/+ims2 =

2631 Steak haché frais - - - - - + + + + + PD + + + + + PD

2632 Steak haché à l'oignon - - + - - + + + + + PD + + + + + PD

2633 Boulettes au bœuf + + +/- - - + + A+ / -/+ims2 PD + + A+ / -/+ims2 PD

2634 Baronne + - + - - + + + + + PD + + + + + PD

2635 Carpaccio au basilic - - - - - + + + + + PD + + + + + PD

2636 Steak haché à la tomate + + / / + + + + + + = + + + + + =

2637 Steak haché frais pur bœuf + + / / + + + A+ A+ -/+ims1 = + + A+ A+ -/+ims1 =

2638 Steak haché à l'oignon + + / / + + + + + + = + + + + + =

2639 Boulettes au bœuf + + / / + + + A+ / -/+ims1 = + + A+ / -/+ims1 =

2640 Steak haché frais pur bœuf 20%MG + + / / + + + + + + = + + + + + =

2641 Carpaccio aux olives2642 - - - - - + + + + + PD + + + + + PD

2723 Viande hachée surgelée - - - - - + + + + + PD + + + + + PD

2724 Viande hachée surgelée - - - - - - / / / - = - / / / - =

2725 Steak haché de bœuf surgelé - +/- - - - - / / / - = - / / / - =


2727 Steak haché de bœuf surgelé + + + - + + + + + + = + + + + + =


2729 Steak haché de bœuf surgelé - +/- - - - -/- / / / - = - / / / - =

2730 Steak haché de bœuf surgelé - + - +/- - - / / / - = - / / / - =







N°Ech. Produit


Colonies suspectes

Résultat PCR

Confirmations

PCR

Confirmations


CT SMAC Chromagar

O157 CT SMAC

Chromagar

O157

Colonies


Colonies


2731 Steak haché surgelé - - - - - + + + + + PD + + + + + PD





2889 Boulettes de boeuf surgelées - - - - - - / / / - = - / / / - =



2892 Boulettes de bœuf surgelées - - + - - + + 2col - / -/+ ims2 PD + + 2col - / -/+ ims2 PD

2893 Boulettes de bœuf surgelées - - - - - + - / / -/+ ims2 PD + - / / -/+ ims2 PD








2997 Carpaccio de bœuf - - +/- + + - / / / - ND - / / / - ND

3057 Steak haché - - - - - - / / / - = - / / / - =

3058 Boulettes au bœuf - - - - - - / / / - = - / / / - =

3059 Steak haché à la tomate - - - - - - / / / - = - / / / - =


3061 Steak haché pur bœuf - - - - - - / / / - = - / / / - =

3062 Brochettes de bœuf - - - - - - / / / - = - / / / - =







LAIT CRU (protocole mTSB)

N°

Ech. Produit


Colonies suspectes

Résultat PCR

Confirmations

PCR

Confirmations


CT SMAC Chromagar

O157 CT SMAC

Chromagar

O157

Colonies

suspectes LatexO157 Latex H7 Résultat final Concordance

Colonies


2653 Lait cru + +/- + + + + + + + + = + + + + + =

2663 Lait cru + +/- + + + + + + + + = + + + + + =

2665 Lait cru + +/- + + + + + + + + = + + + + + =

2670 Lait cru + + + + + + + + + + = + + + + + =

2748 Lait cru + + + + + + + + + + = + + + + + =

2749 Lait cru + + + + + + + + + + = + + + + + =

2900 Lait cru - + - - - + - / / -/+ims2 PD + - / / -/+ims2 PD

2901 Lait cru + + / / + + - / / -/+ ims1 = + - / / -/+ ims1 =

2902 Lait cru + + / / + + +/- + + + = + +/- + + + =

2903 Lait cru + + / / + + + + + + = + + + + + =

2904 Lait cru + + / / + + +/- - / -/+ims2 = + +/- - / -/+ims2 =

2905 Lait cru + + / / + + + + + + = + + + + + =

2937 Lait cru + + / / + + + + + + = + + + + + =

2938 Lait cru + + / / + + + + + + = + + + + + =

2939 Lait cru + + / / + + + + + + = + + + + + =

2940 Lait cru + + / / + + + + + + = + + + + + =

2941 Lait cru + + / / + + + + + + = + + + + + =

2942 Lait cru + + / / + + + + + + = + + + + + =

2943 Lait cru + - + + + + - / / -/+ ims1 = -/- - / / - ND

2944 Lait cru + + / / + + - / / -/+ ims1 = + - / / -/+ ims1 =

2945 Lait cru + + / / + + + 2col + + + = + + 2col + + + =

2946 Lait cru + - + - - - - / / - = - - / / - =

2947 Lait cru + + / / + + + + + + = + + + + + =

2948 Lait cru + + / / + + - / / -/+ ims1 = -/- - / / - ND

2949 Lait cru + + / / + + + + + + = + + + + + =

♦









N°

Ech. Produit


Colonies suspectes

Résultat PCR

Confirmations

PCR

Confirmations


CT SMAC Chromagar

O157 CT SMAC

Chromagar

O157

Colonies


Colonies


2950 Lait cru + + / / + + + 2col + + + = + + 2col + + + =

2951 Lait cru + + + + + + + 2col + + + = + + 2col + + + =

2952 Lait cru + + + + + + + + + + = + + + + + =

2953 Lait cru - + - +/- - - / / / - = - / / / - =

2954 Lait cru - - +/- - - - / / / - = - / / / - =

2955 Lait cru + - + - - - / / / - = - / / / - =

2956 Lait cru + - +/- - - - / / / - = - / / / - =

2957 Lait cru + - - - - - / / / - = - / / / - =

2958 Lait cru - + - - - - / / / - = - / / / - =

2959 Lait cru + - + - - - / / / - = - / / / - =

2960 Lait cru - +/- - +/- - - / / / - = - / / / - =

2961 Lait cru - - + - - - / / / - = - / / / - =

2962 Lait cru + - + - - - / / / - = - / / / - =

2963 Lait cru - - + - - - / / / - = - / / / - =

2964 Lait cru - - + - - - / / / - = - / / / - =

2965 Lait cru + - + - - - / / / - = - / / / - =

2966 Lait cru - - + - - - / / / - = - / / / - =

2967 Lait cru - - + +/- - - / / / - = - / / / - =

2968 Lait cru - - + - - - / / / - = - / / / - =

2979 Lait cru - - - - - - / / / - = - / / / - =

2980 Lait cru + - - - - - / / / - = - / / / - =

2981 Lait cru + - + - - - / / / - = - / / / - =

2982 Lait cru + - +/- - - - / / / - = - / / / - =

2983 Lait cru - - - - - - / / / - = - / / / - =

2984 Lait cru + - +/- - - - / / / - = - / / / - =

2985 Lait cru + - +/- - - - / / / - = - / / / - =

2986 Lait cru + - + - - - / / / - = - / / / - =

2987 Lait cru + - + - - - / / / - = - / / / - =








N°

Ech. Produit


Colonies suspectes

Résultat PCR

Confirmations

PCR

Confirmations


CT SMAC Chromagar

O157 CT SMAC

Chromagar

O157

Colonies


Colonies


2988 Lait cru + +/- + - - - / / / - = - / / / - =

2989 Lait cru + - + - - - / / / - = - / / / - =

2990 Lait cru - - + - - +/- - / / - = - - / / - =

2991 Lait cru - - - +/- - - / / / - = - / / / - =

2992 Lait cru + + / / + + + + + + = + + + + + =

2993 Lait cru + +/- / / + + + + + + = + + + + + =

2994 Lait cru + +/- / / + + + + + + = + + + + + =

2995 Lait cru + + / / + + + + + + = + + + + + =







FRUITS ET VEGETAUX (protocole mTSB)

N°

Ech. Produit


Colonies suspectes

Résultat PCR

Confirmations

PCR

Confirmations


CT SMAC Chromagar

O157 CT SMAC

Chromagar

O157

Colonies


Colonies


2467 Betteraves rouges + + / / + + + + + + = + + + + + =

2473 Jus de pomme + + / / + + + + + + = + + + + + =

2474 Jus de fruit et lait pêche abricot - - - - - - / / / - = - / / / - =

2475 Jus d'orange - - + + + + + + + + = + + + + + =

2476 Jus de fruit et lait orange,

banane,fraise + + / / + + + + + + = + + + + + =

2477 Jus multivitaminé - - - - - - / / / - = - / / / - =

2478 Soupe fraîche tomate, carotte,

céleri + + / / + + + + + + = + + + + + =

2479 Soupe fraîche poivron rouge,

concombre, oignon + + / / + + + + + + = + + + + + =

2480 Soupe fraîche pomme de terre,

carotte, poireau, navet + + / / + + + + + + = + + + + + =

2762 Julienne de légumes surgelés + + / / + + + + + + = + + + + + =

2763 Brocolis en fleurettes surgelés + + / / + + + + + + = + + + + + =

2764 Courgettes en rondelles surgelés + + / / + + + + + + = + + + + + =

2765 Poêlée champêtre surgelée + + / / + + + + + + = + + + + + =

2766 Carottes en rondelles surgelées + + / / + + + + + + = + + + + + =

2767 Choux de Bruxelles surgelés + + / / + + + + + + = + + + + + =

2768 Poivrons verts en dés surgelés + + / / + + + + + + = + + + + + =

2769 Brocolis surgelés + + / / + + + + + + = + + + + + =

2770 Epinards hachés à la crème

fraiche surgelés - + / / + + + + + + = + + + + + =

2771 Epinards hachés et portions

surgelés + + / / + + + + + + = + + + + + =

♦









N°

Ech. Produit


Colonies suspectes

Résultat PCR

Confirmations

PCR

Confirmations


CT SMAC Chromagar

O157 CT SMAC

Chromagar

O157

Colonies


Colonies


2772 Poêlée à la Méridionale surgelée + + / / + + + + + + = + + + + + =

2773 Julienne de légumes surgelés + - / / + + + + + + = + + + + + =

2814 Cidre traditionnel - - - - - - / / / - = - / / / - =


2816 Cidre traditionnel + + / / + + + + + + = + + + + + =


2820 Chou fleur + + / / + + + + + + = + + + + + =

2821 Chou fleur + + / / + + + + + + = + + + + + =

2822 Chou blanc + + / / + + + + + + = + + + + + =

2823 Chou blanc - - + + + + + + + + = + + + + + =

2824 Mélange chou blanc carotte

céleri - + + + + + + + + + = + + + + + =

2825 Chou rouge + + / / + + + + + + = + + + + + =

2826 Choucroute crue - - - - - - - / / - = - - / / - =

2827 Olives vertes - - - - - - / / / - = - / / / - =

2837 Soupe fraîche légumes et

herbes du jardin + + / / + + + + + + = + + + + + =

2838 Soupe fraîche carotte melon + + + + + + + + + + = + + + + + =

2839 Soupe fraîche gaspacho

andalouse + + + + + + + + + + = + + + + + =

2840 Jus de fruit pêche abricot - - + + + - / / / - ND - / / / - ND

2841 Cidre bouché brut - - - - - - / / / - = - / / / - =


2843 Cidre fermier - - - - - - - / / - = - - / / - =

2906 Choucroute crue - - - - - - / / / - = - / / / - =

2907 Olives vertes - - - - - - / / / - = - / / / - =


2909 Choucroute crue - - - - - - / / / - = - / / / - =








N°

Ech. Produit


Colonies suspectes

Résultat PCR

Confirmations

PCR

Confirmations


CT SMAC Chromagar

O157 CT SMAC

Chromagar

O157

Colonies


Colonies


2910 Olives vertes - - - - - - / / / - = - / / / - =


2915 Jus de fruit et lait pêche abricot - - - - - - / / / - = - / / / - =

2916 Soupe fraîche à l'Andalouse - - - - - - / / / - = - / / / - =

2917 Jus d'orange, fraise, banane - - - - - - / / / - = - / / / - =

2918 Pur jus vitaminé - - - - - - / / / - = - / / / - =

2919 Carottes en rondelles surgelées - - +/- - - - / / / - = - / / / - =

2920 Raisins secs - - - - - - / / / - = - / / / - =

2921 Tomates en dés - - - - - - / / / - = - / / / - =

2922 Navets en cubes - - - - - - / / / - = - / / / - =

2923 Choux de Bruxelles surgelés - - - - - - / / / - = - / / / - =

2924 Poivrons verts - - - - - - / / / - = - / / / - =

2925 Julienne de légumes surgelés - - - - - - / / / - = - / / / - =

2926 Poêlée champêtre - - - - - - / / / - = - / / / - =

2927 Epinards hachés - - - - - - / / / - = - / / / - =

2928 Brocolis - - - - - - / / / - = - / / / - =

2929 Préparation à base de fruits jaunes - - - - - - / / / - = - / / / - =

2930 Préparation à base de fruits rouges - - - - - - / / / - = - / / / - =

2931 Préparation à base de fruits rouges - - - - - - / / / - = - / / / - =

2998 Choucroute crue + + + + + + + + + + = + + + + + =







PLATS TRAITEURS, VIANDES CRUES DE PORCIN, DE POULET ET D’OVIN (protocole mTSB)

N°

Ech. Produit


Colonies suspectes

Résultat PCR

Confirmations

PCR

Confirmations


CT SMAC Chromagar

O157 CT SMAC

Chromagar

O157

Colonies


Colonies


2465 Emincé de museau de porc

à la Lyonnaise - - + + + + + + + + = + + + + + =

2466 Salade camarguaise - - - - - - / / / - = - / / / - =

2468 Taboulé à la volaille + + / / + + + + + + = + + + + + =

2469 Taboulé au poulet - - - - - - / / / - = - / / / - =

2470 Salade camarguaise - - - - - - / / / - = - / / / - =

2471 Salade de chou rouge + + / / + + + + + + = + + + + + =

2472 Cervelas vinaigrette à l'Alsacienne - - - - - - / / / - = - / / / - =

2750 Cervelas vinaigrette à

l'Alsacienne - - - - - - / / / - = - / / / - =

2751 Museau de porc à la lyonnaise - - - - - - / / / - = - / / / - =

2752 Taboulé au poulet + + / / + + + + + + = + + + + + =

2753 Taboulé à la volaille + + / / + + + + + + = + + + + + =

2754 Salade camarguaise + + / / + + + + + + = + + + + + =

2755 Salade de chou rouge + + / / + + + + + + = + + + + + =

2756 Salade camarguaise + + / / + + + + + + = + + + + + =

2757 Betteraves rouges + + / / + + + + + + = + + + + + =

2758 Macédoine de légumes + + / / + + + + + + = + + + + + =

2759 Entremêlés de pâtes et

écrevisses - - - - - - / / / - = - / / / - =

2760 Salade piémontaise aux

champignons + + / / + + + + + + = + + + + + =

2761 Salade strasbourgeoise - - - - - - / / / - = - / / / - =

2794 Côte de porc - - + + + + + + + + = + + + + + =

2795 Côte de porc + + / / + + + + + + = + + + + + =

♦









N°

Ech. Produit


Colonies suspectes

Résultat PCR

Confirmations

PCR

Confirmations


CT SMAC Chromagar

O157 CT SMAC

Chromagar

O157

Colonies


Colonies


2796 Cuisse de poulet + + / / + + + + + + = + + + + + =

2797 Cuisse de poulet - + - - - - - / / - = - - / / - =

2802 Filet de poulet - + + + + + + + + + = + + + + + =

2803 Filet de poulet + + / / + + + + + + = + + + + + =

2804 Poulet sauce aigre douce + + + + + + + + + + = + + + + + =

2805 Poulet sauce aigre douce + + / / + + + + + + = + + + + + =

2806 Emincé de porc cuisiné + + / / + + + + + + = + + + + + =

2807 Emincé de porc cuisiné + + / / + + + + + + = + + + + + =

2808 Tomates farcies + + / / + + + + + + = + + + + + =

2809 Tomates farcies + + / / + + + + + + = + + + + + =

2810 Lasagnes + + / / + + + + + + = + + + + + =

2811 Lasagnes + + / / + + + + + + = + + + + + =

2812 Aubergines farcies + + / / + + + + + + = + + + + + =

2813 Aubergines farcies - - - - - - / / / - = - / / / - =

2855 Côte de porc échine + + / / + + + + + + = + + + + + =

2856 Côte de mouton + + / / + + + + + + = + + + + + =

2857 Porc au caramel - + +/- - - - / / / - = - / / / - =

2858 Rognons de porc cuisinés + + / / + + + + + + = + + + + + =

2859 Quiche Lorraine - - - - - - / / / - = - / / / - =

2860 Bouchées à la reine + + / / + + + + + + = + + + + + =

2861 Côte de porc échine - - - +/- - - / / / - = - / / / - =

2862 Côte de mouton - - - - - - / / / - = - / / / - =

2863 Porc au caramel - + - - - - / / / - = - / / / - =

2864 Rognons de porc cuisinés - - - - - - / / / - = - / / / - =

2865 Quiche Lorraine - - - - - - / / / - = - / / / - =

2866 Bouchées à la reine - - - - - - / / / - = - / / / - =

2867 Friand à la chair - - - - - - / / / - = - / / / - =

2868 Cake aux lardons et olives - - - - - - / / / - = - / / / - =








N°

Ech. Produit


Colonies suspectes

Résultat PCR

Confirmations

PCR

Confirmations


CT SMAC Chromagar

O157 CT SMAC

Chromagar

O157

Colonies


Colonies


2869 Fricadelles - - - - - - / / / - = - / / / - =

2872 Tranche de gigot d'agneau - - - - - - / / / - = - / / / - =

2932 Nems au poulet - - - - - - / / / - = - / / / - =

2933 Emincé de porc Shanganaise - - - - - - / / / - = - / / / - =

2934 Cake jambon olives - - - - - - / / / - = - / / / - =

2935 Quiche Lorraine - - - - - - / / / - = - / / / - =

2936 Bouchée à la reine - - - - - - / / / - = - / / / - =

101 Tranche de gigot d'agneau + + - - + + + + + + = + + + + + =

102 Côte de mouton + + + - + + + + + + = + + + + + =

103 Côte de porc + + + + + + + + + + = + + + + + =

104 Côte de porc - + - - - - / / / - = - / / / - =

105 Côte de porc - + - - - - / / / - = - / / / - =





Annexe 6 - Résultats bruts de l’inclusivité et de l’exclusivité

SOUCHES POSITIVES

Genre/espèce Sérotype Identifiant souche Origine Taux

d'inoculation ufc/225ml

Résultat PCR Confirmation

MP MPE CT SMAC

Aspect colonies Latex O157:H7

Escherichia coli O157:H7 B177 Environnement abattoir 39 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 BV2 Environnement abattoir 58 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 BR3 Environnement abattoir 26 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 BD4 Environnement abattoir 41 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 ENV177 STEP 31 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 ET8 STEP 39 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 EK9 STEP 35 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 435 Steak haché 36 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 670T Steak haché 35 + + incolore +



Escherichia coli O157:H7 42197-1 Steak haché 96 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 A3612 Steak haché 36 + + incolore +



Escherichia coli O157:H7 B68 Environnement abattoir 50 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 AT40 Environnement abattoir 41 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 AV36 Environnement abattoir 43 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 AR15 Environnement abattoir 28 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 LS3 Selles 43 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 AMVT6 Selles 85 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 ATKP8 Selles 97 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 AZRS15 Selles 86 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 R33-9 Fèces bovin 102 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 AZ15-6 Fèces bovin 56 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 AQ29-4 Fèces bovin 82 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 AA18-3 Fèces bovin 80 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 LS56 Selles 92 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 A425TK Selles 119 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 A206RP Selles 125 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 A778EF Selles 97 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 MK41242 Steak haché 95 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 AMK2608 Steak haché 51 + + incolore +



Escherichia coli O157:H7 37006ID Steak haché 91 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 A1518ID Steak haché 104 + + incolore +




Escherichia coli O157:H7 EF190 Fèces 83 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 Ad686 Abattoir bovin 5 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7

CIP103571 (ATCC 35150)

Clinique 74 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 ATCC 43888 68 + + incolore +

Escherichia coli O157:H7 Ad485 Steak haché 78 + + incolore +





Escherichia coli O157:H7 ATCC 700728 109 + + incolore +





SOUCHES NEGATIVES

Genre/espèce Sérotype Identifiant

souche Origine

Taux

d'inoculation

ufc/225ml

Résultat PCR Confirmations

MP MPE CT SMAC

Aspect colonies LatexO157:H7

Escherichia coli O92:H33 JM221 Humaine Mexique 5,7.105 - - pousse - /

Escherichia coli O3:H2 38765 Humaine Chili 5,0.105 - - pousse - /

Escherichia coli O78:H11 H10407 ATCC 35401 4,9.105 - - rose /

Escherichia coli O6:H6 EDL1493 3,6.105 - - rose /

Escherichia coli O6:H10 ECOR10 Humaine Suède 7,6.105 - - pousse faible rose /

Escherichia coli O111:H21 DEC6a Humaine USA 2,5.105 - - pousse - /

Escherichia coli O86:H43 ECOR23 Animale (elephant USa) 3,7.105 - - pousse faible rose /


Escherichia coli O111:H8 DEC8b Humaine USA 4,9.105 - - rose /

Escherichia coli O128:H2 DEC11a Humaine USA 8,0.105 - - rose /

Escherichia coli O111:H2 DEC12a Humaine UK 5,7.105 - - pousse - /


Escherichia coli O78:K80:H12 TX-1 ATCC 43896 4,1.105 - - pousse faible rose /

Escherichia coli O104:H21 ECOR26 Humaine USA 7,0.105 - - pousse faible rose /

Escherichia coli O157:H43 DEC7a Animale (porc USA) 4,0.105 - - pousse faible rose /

Escherichia coli O55:H7 DEC5d Humaine Sri Lanka

4,2.105 +(Bouillon BAX) +(Bouillon BAX) rose /

63 +(mTSB +novo) +(mTSB +novo) rose /

Escherichia coli O44:H18 42 Humaine Pérou 7,6.105 - - rose /

Escherichia coli O127:H6 E2348/69 Humaine UK 8,5.105 - - incolore O157-

Escherichia coli O55:H6 DEC1a Humaine USA 4,5.105 - - incolore O157-

Escherichia coli O18:K1:H7 RS218 Humaine 4,7.105 - - rose /

Salmonella Landau Ad499 2,9.105 - - pousse - /

Salmonella Sternhauze Ad500 3,8.105 - - rose pâle /

Salmonella Urbana Ad501 3,7.105 - - pousse faible rose /

Salmonella Wayne Ad502 3,0.105 - - pousse - /

Hafnia alvei 88 viennoiserie 4,2.105 - - pousse - /

Hafnia alvei 167 saucisse 3,2.105 - - pousse - /

Citrobacter freundii 25 Epinards hachés surgelés 3,9.105 - - pousse - /

Citrobacter freundii 104 Steak haché 3,6.105 - - pousse - /

Escherichia vulneris 127 Lait cru 5,5.105 - - pousse - /

Pantoea spp. 134 Foie de porc 8,5.104 - - pousse - /

Escherichia coli O157 Ad524 Environnement laitier 4,2.105 - - rose /

Escherichia coli O157 Ad525 Fèces bovin 5,7.105 - - rose /

Escherichia coli O157 Ad526 Fèces bovin 6,4.105 - - rose /

Escherichia coli O157 Ad527 Clinique 4,3.105 - - rose /

Escherichia coli O157:H- O1.12.903 109 - - pousse faible rose /

Escherichia coli O157:H- O1.12.905 42 - - pousse faible rose /

Souches testées avec le protocole relatif aux souches positives (bouillon BAX 42,0°C)





Annexe 7 - Calcul du degré d’accord

Méthode de référence Méthode alternative

Niveau L0 Niveau L0

Laboratoire

Nombre

de positifs

obtenus

Probabilité

de positifs

Probabilité

de paires

de positifs

Nombre

de négatifs

obtenus

Probabilité

de négatifs

Probabilité

de paires

de négatifs

Probabilité

de paires

de résultats

identiques

Laboratoire

Nombre

de positifs

obtenus

Probabilité

de positifs

Probabilité

de paires

de positifs

Nombre

de négatifs

obtenus

Probabilité

de négatifs

Probabilité

de paires

de négatifs

Probabilité

de paires

de résultats

identiques

A 0 0 0 8 1 1 1 A 0 0 0 8 1 1 1

B 0 0 0 8 1 1 1 B 0 0 0 8 1 1 1

C 0 0 0 8 1 1 1 C 0 0 0 8 1 1 1

D 0 0 0 8 1 1 1 D 0 0 0 8 1 1 1

E 0 0 0 8 1 1 1 E 0 0 0 8 1 1 1

F 0 0 0 8 1 1 1 F 0 0 0 8 1 1 1

I 1 0,125 0,015625 7 0,875 0,765625 0,78125 I 0 0 0 8 1 1 1

J 0 0 0 8 1 1 1 J 0 0 0 8 1 1 1

K 1 0,125 0,015625 7 0,875 0,765625 0,78125 K 1 0,125 0,015625 7 0,875 0,765625 0,78125

L 0 0 0 8 1 1 1 L 0 0 0 8 1 1 1

M 0 0 0 8 1 1 1 M 0 0 0 8 1 1 1

N 0 0 0 8 1 1 1 N 0 0 0 8 1 1 1

Moyenne 0,963541667 Moyenne 0,981770833

Degré d’accord 96% Degré d’accord 98%

Niveau L1 Niveau L1

Laboratoire

Nombre

de positifs

obtenus

Probabilité

de positifs

Probabilité

de paires

de positifs

Nombre

de négatifs

obtenus

Probabilité

de négatifs

Probabilité

de paires

de négatifs

Probabilité

de paires

de résultats

identiques

Laboratoire

Nombre

de positifs

obtenus

Probabilité

de positifs

Probabilité

de paires

de positifs

Nombre

de négatifs

obtenus

Probabilité

de négatifs

Probabilité

de paires

de négatifs

Probabilité

de paires

de résultats

identiques

A 8 1 1 0 0 0 1 A 8 1 1 0 0 0 1

B 5 0,625 0,390625 3 0,375 0,140625 0,53125 B 5 0,625 0,390625 3 0,375 0,140625 0,53125

C 8 1 1 0 0 0 1 C 8 1 1 0 0 0 1

D 8 1 1 0 0 0 1 D 8 1 1 0 0 0 1

E 8 1 1 0 0 0 1 E 8 1 1 0 0 0 1

F 8 1 1 0 0 0 1 F 8 1 1 0 0 0 1

I 8 1 1 0 0 0 1 I 8 1 1 0 0 0 1

J 8 1 1 0 0 0 1 J 8 1 1 0 0 0 1

K 7 0,875 0,765625 1 0,125 0,015625 0,78125 K 7 0,875 0,765625 1 0,125 0,015625 0,78125

L 8 1 1 0 0 0 1 L 8 1 1 0 0 0 1

M 8 1 1 0 0 0 1 M 8 1 1 0 0 0 1

N 8 1 1 0 0 0 1 N 8 1 1 0 0 0 1

Moyenne 0,942708333 Moyenne 0,942708333


Niveau L2 Niveau L2

Laboratoire

Nombre

de positifs

obtenus

Probabilité

de positifs

Probabilité

de paires

de positifs

Nombre

de négatifs

obtenus

Probabilité

de négatifs

Probabilité

de paires

de négatifs

Probabilité

de paires

de résultats

identiques

Laboratoire

Nombre

de positifs

obtenus

Probabilité

de positifs

Probabilité

de paires

de positifs

Nombre

de négatifs

obtenus

Probabilité

de négatifs

Probabilité

de paires

de négatifs

Probabilité

de paires

de résultats

identiques

A 8 1 1 0 0 0 1 A 8 1 1 0 0 0 1

B 8 1 1 0 0 0 1 B 8 1 1 0 0 0 1

C 8 1 1 0 0 0 1 C 8 1 1 0 0 0 1

D 8 1 1 0 0 0 1 D 8 1 1 0 0 0 1

E 8 1 1 0 0 0 1 E 8 1 1 0 0 0 1

F 8 1 1 0 0 0 1 F 8 1 1 0 0 0 1

I 8 1 1 0 0 0 1 I 8 1 1 0 0 0 1

J 8 1 1 0 0 0 1 J 8 1 1 0 0 0 1

K 8 1 1 0 0 0 1 K 8 1 1 0 0 0 1

L 8 1 1 0 0 0 1 L 8 1 1 0 0 0 1

M 8 1 1 0 0 0 1 M 8 1 1 0 0 0 1

N 8 1 1 0 0 0 1 N 8 1 1 0 0 0 1

Moyenne 1 Moyenne 1






Annexe 8 - Calcul de la concordance

Méthode de référence Méthode alternative Niveau LO Niveau LO Nombre de laboratoires 12 Nombre de laboratoires 12

Nombre de résultats négatifs par laboratoire: 8 Nombre de résultats négatifs par laboratoire :8

Laboratoire Nombre de négatifs

Paires Interlaboratoires

avec le même résultat

Nombre total de paires

interlaboratoires

Laboratoire Nombre de négatifs

Paires Interlaboratoires


Nombre total de paires

interlaboratoires A 8 688 704 A 8 688 704 B 8 688 704 B 8 688 704 C 8 688 704 C 8 688 704 D 8 688 704 D 8 688 704 E 8 688 704 E 8 688 704 F 8 688 704 F 8 688 704 I 7 610 704 I 8 688 704 J 8 688 704 J 8 688 704 K 7 610 704 K 7 610 704 L 8 688 704 L 8 688 704 M 8 688 704 M 8 688 704 N 8 688 704 N 8 688 704

Total 8 100 8 448 Total 8 178 8 448 Concordance 95,9% Concordance 96,8%

Total + 2 Total + 1 Total - 94 Total - 95

Niveau L1 Niveau L1 Nombre de laboratoires 12 Nombre de laboratoires 12

Nombre de résultats positifs par laboratoire: 8 Nombre de résultats positifs par laboratoire: 8

Laboratoire Nombre

de positifs

Paires

Interlaboratoires


Nombre total

de paires

interlaboratoires

Laboratoire Nombre

de positifs

Paires

Interlaboratoires


Nombre total

de paires


Total 7 756 8 448 Total 7 756 8 448 Concordance 91,8% Concordance 91,8%


Niveau L2 Niveau L2 Nombre de laboratoires 12 Nombre de laboratoires 12

Nombre de résultats positifs par laboratoire: 8 Nombre de résultats positifs par laboratoire: 8

Laboratoire Nombre

de positifs

Paires

Interlaboratoires


Nombre total

de paires

interlaboratoires

Laboratoire Nombre

de positifs

Paires

Interlaboratoires


Nombre total

de paires


Total 8 448 8 448 Total 8 448 8 448

Concordance 100,0% Concordance 100,0%


Rapport de synthèse - NF Validation · Application à la microbiologie alimentaire Rapport de...

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