Prospective Prospective RNG - RIO – ANR – IBiSA - CPER … Derrière de nouveaux sigles, une...

ProspectiveProspective

RNG - RIO – ANR – IBiSA - CPER …

Derrière de nouveaux sigles,

une même philosophie


1 - Un nouveau cadre national1 - Un nouveau cadre national

2 – Nouvelles plates-formes 2 – Nouvelles plates-formes

3 – Mutualisation 3 – Mutualisation


1 - Un nouveau cadre national :1 - Un nouveau cadre national : … un … un périmètre élargipérimètre élargi

Précédemment:

génomique : CNRG, réseau des génopoles sciences du vivant : coordination des établissements de recherche (« RIO »)

Désormais toutes infrastructures en sciences du vivant - Appel à projet ANR (2007) - GIS IBiSA, qui réunit le Ministère de la Recherche et tous les établissements de recherche et les universités.

« Infrastructures pour la Biologie, la Santé, l’Agronomie »


1 - Un nouveau cadre national :1 - Un nouveau cadre national : … un … un périmètre élargipérimètre élargi

Les 7 plates-formes RIO 2006 de Toulouse(présentées aujourd’hui)

5 plates-formes GénopolePlate forme TRI

CNRGV

projet RioQualiToul


1 - Un nouveau cadre national : 1 - Un nouveau cadre national : … mais des principes inchangés … mais des principes inchangés Charte des plates-formes (« RIO »)

Ouverture

Comité de plate-formeGestion financière autonomeContrôle de la qualitéÉvolution technologiqueFormation

Plates-formes vs Plateaux techniquesPlates-formes vs Plateaux techniques


2 – Nouvelles plates-formes:2 – Nouvelles plates-formes:demandes de labellisation IBiSAdemandes de labellisation IBiSA

2 PF « génopole » :2 PF « génopole » :

Génétique et SociétéGénétique et SociétéCLES : Criblage de Ligands guidé par les StructuresCLES : Criblage de Ligands guidé par les Structures

2 PF « cousines »2 PF « cousines »

Métabolomique et FluxomiqueMétabolomique et FluxomiqueICEO : ICEO : Ingénierie combinatoire et Criblage à haut-débit

d’Enzymes Optimisées

Plateforme sociétale

Génétique et société

1- Une réponse aux questions de valorisation sociétale de la génomique

• Un monde de questions éthiques et sociétales

• Une volonté de réflexion et d’action multidisciplinaire depuis la

création de la génopole

• Une expérience dans des domaines et formes d’actions variés

• Une expertise reconnue sur certains thèmes

• Des sollicitations

• Des partenariats

• Aider les chercheurs à cerner les enjeux sociétaux de leur activité

• Répondre aux demandes d’interactions des publics

• Répondre aux demandes de partenaires institutionnels ou privés

– d’aide dans la mise en oeuvre de la réflexion, de la formation et

des procédures en bioéthique

– d’analyses d’impact sociétal de la génomique

• Etre un partenaire privilégié des axes “Génétique et société”

européens et internationaux sur thèmes spécifiques

2 - Les objectifs

3 - Les services proposés

• Assistance pour la prise de conscience et la mise en pratique des

exigences de la bioéthique.

• Veille et expertise : mise à disposition d'une actualisation

documentaire, juridique et institutionnelle en bioéthique.

• Gestion et suivi des aspects éthiques de projets scientifiques (demandes d'autorisations, aide à la préparation du consentement…) (Riset, CEPH, CNG)

• Animation et formation dans le domaine bioéthique.

• Mise en relation des citoyens avec la communauté scientifique

• Module écoles doctorales de biologie (5j/an) :

• Forum sur les chercheurs en face des publics profanes (2005)

• Atelier de chercheurs annuel en 3 volets avec 2 -3 intervenants invités par séance, production et diffusion d’un document écrit

Exemple d’animation: Conférence

La connaissance de génome : un instrument au service de l'humanité ?

Prof. Bartha KnoppersUniversité de Montréal, Titulaire d’une chaire d’excellence P de Fermat du Conseil Régional

3 décembre, 18h. Grand Amphi Fac Médecine, 37 allées J Guesde

3 - Les services - exemples

4 - Les acteurs

Des chercheurs reconnus

Une approche pluridisciplinaire faisant intervenir philosophes, sociologues, juristes, pharmaciens, médecins, généticiens, statisticiens, biologistes, économistes.

Un réseau de correspondants

Anne Cambon-Thomsen

Jean-Claude Flamant

Joël Gellin

Jacques Lefrançois

Pierre Boistard

Pascal Ducournau

Emmanuelle Rial-Sebbag

CLÉS : Criblage de Ligands guidÉ par les Structures

CLÉS : Criblage de Ligands guidÉ par les Structures

Nouvelle cible protéique

Production

Structure 3D de la cible

Criblages

Structures 3D de complexes

Ligands de haute affinité

Identification d’inhibiteurs

Caractérisationde l’inhibition

Conceptiond’inhibiteurs

MéthodeDébit (mol/j)

Criblage virtuel 104

RMN/ligand 102

RMN/protéine 102

Cristallographie des RX

100-101

CLÉS : technologies et techniques utilisées

Etude structurale par modélisation moléculaire, bio-RMN et bio-cristallographie

Criblage virtuel pour identifier des ligands à partir des structures 3D

Criblage par RMN et par cristallographie en vue d’identifier/d’améliorer des ligands

Analyse du mode d’inhibition

CLÉS : forces et moyens mis en présence

Modélisation moléculaire et criblage virtuel M. Erard, J. Czaplicki

F. Daumas

RMN biologique, structures 3D et criblage A. Milon

Clusters linux (40 et 50 CPUs)Stations graphiques, réseau haut/très haut débit, suites logicielles

Bio-cristallographie, structures 3D et criblage L. Mourey

Robot d’injection pour couplage

Spectromètres RMN600 et 700 MHz

Robots de cristallisationet de visualisation Diffractomètre RX

METABOLOMIQUE ET FLUXOMIQUE

METABOLOMIQUE ET FLUXOMIQUE :

ACTIVITES DE LA PLATE-FORME

Echantillonsbiofluides

tissusextraits

LipidomiqueMétabolites intracellualires

Métabolomique cibléeMétabolomique ciblée

Métabolomique globaleMétabolomique globale

EmpreintesmétaboliquesEmpreintes

métaboliquesFluxomiqueFluxomique

Phénotypage à haut débitRecherche de biomarqueurs

Identification/quantification de l’ensemble des métabolites

Mesure des flux métaboliques par marquage 13C

RMN 500

ESI-Q-TRAP

HPLC

HPAEC

RMN 600

GC

GC-MS

13C-Métabolomique13C-MétabolomiqueIdentification de voies/réseaux métaboliques par marquage

isotopique

Plateau de LipidomiqueIFR30 Purpan

Contact: Justine BERTRAND-MICHEL

Plate-forme de Métabolomique et FluxomiqueUMR5504 UMR792 CNRS, INRA, INSA

Campus INSA de Rangueil Contact: Jean-Charles PORTAIS

Plateau de RMN BiomédicaleUPS CNRS, Rangueil

Contact: Myriam MALET-MARTINO

Plateau de MétabonomiqueINRA ENVT, St Martin

Contact: Cécile CANLET

+ 3 plateaux techniquesde spécialité

Responsable scientifique: JC PortaisResponsable technique: S Massou

Métabolites II végétauxG. Bécard, IFR40

(site en cours de mise en place)

http://metasys.insa-toulouse.fr/plateforme_metabolome


ORGANISATION DE LA PLATE-FORME


POSITIONNEMENT DE LA PLATE-FORME DE TOULOUSE

Orientations scientifiques : 1. Analyse fonctionnelle des réseaux métaboliques2. Chimiométrie pour le phénotypage haut-débit et la recherche de biomarqueurs

1. Santé Cancer Maladies cardio-vasculaires Diabète/obésité Toxicologie Microorganismes pathogènes

2. AgroBioSciences, Microbiologie Biologie intégrative des microorganismes Interactions hôtes-microorganismes (plantes, animal, homme) Biotechnologies microbiennes et végétales

Principaux domaines d’intervention

Un outil de biologie intégrative dédié à l’analyse du métabolisme à l’échelle du système biologique

Un outil de biologie intégrative dédié à l’analyse du métabolisme à l’échelle du système biologique

ProtéomiqueBiopucesExploration fonctionnelleBioinformatique

Réseau RMNMidi-Pyrénées

PFT AnalytiqueSt Martin

Analyses structurales

CancerBio-Santé

AgroBioSciences,

Microbiologie

DomainesD’application

MétabolomiqueFluxomiqueMétabolites

II végétauxIFR40

Protéomique

Réseau RMNMidi-Pyrénées

MétabolomiqueFluxomique

Politique de site Equipements

RMN & MS


PLACE DANS LE CONTEXTE LOCAL

ICEO

Ingénierie combinatoire et Criblage à haut-débit d’Enzymes Optimisées

ICEO

INSA, Laboratoire d’Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés

UMR INRA 792, UMR CNRS 5504

Equipe Catalyse et Ingénierie Moléculaire Enzymatiques, Prof. Magali Remaud-Siméon

Evolution moléculaire dirigée

librairies de variants codant pour une protéine d’intérêt

miniaturisation et automatisation des étapes de

criblage pour isoler les enzymes améliorées

Objectifs :

- appliqués amélioration des performances d’enzymes d’intérêt industriel

- fondamentaux meilleure compréhension des relations structure / fonction


http://www.med.nyu.edu/rcr/rcr/course/ssr.gif

ICEO





Activités : - création de banques de variants de protéines par ingénierie aléatoire- sélection et/ou criblage à haut débit pour identifier les variants recherchés (ingénierie combinatoire, banques génomiques, banques métagénomiques,…)

Equipements: - automate de repiquage sélectif de colonies - automate de transferts de liquides en conditions stériles - module d’agitation de micro-plaques - station intégrée de transferts de liquides et de micro-plaques - HPLC haut-débit

Cadence de criblage: jusqu’à 10 000 clones par semaine

ICEO





Contacts:Sophie Bozonnet [email protected]

05.61.55.94.88

Mode de fonctionnement 1) Partenariat : la mise au point des protocoles et leur mise en oeuvre sont

effectuées conjointement avec le partenaire, dans le cadre d’une collaboration scientifique

2) Prestation de service : le personnel de la plate-forme prend en charge entièrement la mise au point et la mise en œuvre des protocoles

mailto:[email protected]


3 – Mutualisation : un principe à pérenniser

Des moyens garantis (CPER, Cancéropôle…)

Une animation à développer > Veille scientifique et technologique > Animation méthodologique

GIS GenoToul : GIS GenoToul : une structure à soutenir !une structure à soutenir !

LA CONNAISSANCE DU GÉNOME : Un instrument au service de l'humanité?

Lundi 3 décembre 2007 à 18 hGrand Amphithéâtre Faculté de médecine

37 Allées Jules Guesde Toulouse

Professeur Bartha Maria Knoppers Centre de recherche en droit public,

Université de Montréal, CanadaTitulaire d’une chaire d’excellence Pierre de Fermat

du Conseil Régional de Midi-Pyrénées

Renseignements: Antonia Segura : tél 05 61 14 56 19 courriel: [email protected]

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