Projet Génie Logiciel & UML,Bases de Données & Interfaces

CAMPAN AmandineDUMOUSSEAU MarinePIHAN Emilie

GB5Option BIMB2008 - 2009

Création du système d’informationd’un laboratoire de biologie :

sujet, contexte et limites

Objectifs

• Créer une base de données : stocker les expériences, gérer les accès aux résultats

• Créer une interface web : requêtes sur la base de données, affichage des résultats

• Créer 3 interfaces pour 3 types d’expériences : visualiser les résultats spécifiques

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Contexte et limitations

Expérience :-Expérimentateurs = auteurs- Pas toujours publiée- Un seul type de système- Un antécédent (unique) ou aucun

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Expérience AExpérience A

Expérience BExpérience B Expérience CExpérience C Expérience DExpérience D

Expérience EExpérience E

Contexte et limitations

Accès aux expériences et aux résultats :

• Expériences dans la base de données terminées => toujours un résultat (celles en cours ne sont pas dans la base de données)

• Personnel du laboratoire : pas de limites d’accès si authentifié

• Public extérieur : accès limité aux expériences publiques

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Contexte et limitations

Autres :

• Interface permettant d’ajouter une expérience à la base de données non prise en charge

• Bibliographie : lien vers l’article disponible en ligne

• Création et suppression d’un compte non gérées

• Membre du laboratoire : appartient à une seule équipe

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Implémentation :base de données et interfaces

Schéma relationnel

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Interfaces

• Mise en page : feuille CSS

• Programmation procédurale

• Programmation orientée objet :• Classe Resultat : récupère et affiche la partie commune des résultats

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Démonstration

Plan

• Introduction au site : accueil, personnel, contact

• Recherche rapide : ID = 3, utilisateur public

• Recherche rapide : ID = 2, utilisateur public et membre du laboratoire (connexion/déconnexion), liens

• Recherche avancée et consultation des résultats

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Premier type de résultat :Spectrométrie de masse

Marine Dumousseau

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Représentation du résultat

• Différentes représentations : solution de l'image

Spectre Graphique Tableaux

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Limites

Données complémentaires

Pouvoir combiner les données brutes avec des données extérieures (tableaux et graphiques)

Schéma de la base

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1

1

n

1

Interfaces

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• Programmation orientée objet :• Classe Resultat_Marine : hérite de la classe Résultat. Récupère et affiche les résultats de type spectrométrie de masse• Classe Technique_Marine : récupère et affiche les détails de la technique

Démonstration

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• Cas de consultation des détails des résultats de

spectrométrie de masse

• Cas de consultation des détails concernant le

type de spectrométrie de masse utilisée

Second type de résultat :Figure

Emilie Pihan

BD

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GL/UML

Classe Resultat_Emilie:

- héritage de la classe Resultat

- nouveaux attributs :--> intitulé--> figure --> légende

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Troisième type de résultat :Histogramme

Amandine Campan

Choix

• Résultats quantitatifs : représentation en histogramme

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• exemples : tests de viabilité cellulaire, profils d’expression (sRNAs) par puces à ADN … Figure : Tests de viabilité

cellulaire chez différentes souches de Staphylococcus aureus

Base de données

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• Création d’une table :

Histogramme (Id_Experience : int(11), Legende : varchar(20), Valeur : float)

• Stockage des données quantitatives (pas de l’image) pour correspondre au mieux à la réalité

Interface

• POO, héritage

• Requête SQL => listes des valeurs et des légendes

• Utilisation de la librairie graphique « Artichow » (http://www.artichow.org/) : classe BarPlot (histogrammes) 24

ResultatGraphique- Valeur- Légende- Id_Experience

Resultat- Resume- Interpretation- Id_Experience- Type

Interface

• Création de l’image du graphique par un fichier PHP « indépendant » (<img src='graphiqueAmandine.php' alt='Graphique'/>)

•Affichage de l’histogramme que si valeurs dans BD, sinon message d’erreur

• Mise en page : ajout de 2 divisions dans le fichier CSS (histogramme et légende)

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Démonstration

• Résultats expérience 35

• Résultats expérience 36

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Merci de votre attention …

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