Ontologies et thésaurus en médecine -...

67
Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies médicales Application de ressources termino-ontologiques médicales Discussion Ontologies et thésaurus en médecine Jean Charlet 1,2 1 I NSERM, UMRS_729 ; 2 AP-HP (Avec la collaboration de P. Zweigenbaum ; CNRS, Limsi ; Inalco, CRIM) 22 janvier 2007 CNAM – Paris 1 / 59

Transcript of Ontologies et thésaurus en médecine -...

Page 1: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Ontologies et thésaurus en médecine

Jean Charlet1,2

1 INSERM, UMRS_729 ; 2AP-HP

(Avec la collaboration de P. Zweigenbaum ; CNRS, Limsi ; Inalco, CRIM)

22 janvier 2007CNAM – Paris

1 / 59

Page 2: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

1 Un domaine riche en terminologiesCIM-10MeSH

SNOMED2 Des ontologies...

DéfinitionsExemples : MENELAS

... pour le Web sémantique3 Construire des ontologies médicales4 Application de ressources termino-ontologiques médicales

Enregistrement d’informations cliniquesIndexation contrôlée pour la recherche d’informationIndexation « médicale » pour la recherche d’information

5 DiscussionThésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion 2 / 59

Page 3: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

CIM-10MeSH

SNOMED

1 Un domaine riche en terminologiesCIM-10MeSH

SNOMED2 Des ontologies...

DéfinitionsExemples : MENELAS

... pour le Web sémantique3 Construire des ontologies médicales4 Application de ressources termino-ontologiques médicales

Enregistrement d’informations cliniquesIndexation contrôlée pour la recherche d’informationIndexation « médicale » pour la recherche d’information

5 DiscussionThésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion 3 / 59

Page 4: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

CIM-10MeSH

SNOMED

Un domaine riche en terminologies

Domaines différents

Maladies

Actes

Anatomie

Usages différents

Études statistiques :classifications

Indexation contrôlée :thésaurus

Données cliniques :nomenclatures

Structurations différentes

Monoaxial vs multiaxial

Hiérarchie unique vsmultiple

Précoordonné vspostcoordonné

4 / 59

Page 5: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

CIM-10MeSH

SNOMED

Un domaine riche en terminologies

Domaines différents

Maladies

Actes

Anatomie

Usages différents

Études statistiques :classifications

Indexation contrôlée :thésaurus

Données cliniques :nomenclatures

Structurations différentes

Monoaxial vs multiaxial

Hiérarchie unique vsmultiple

Précoordonné vspostcoordonné

4 / 59

Page 6: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

CIM-10MeSH

SNOMED

Un domaine riche en terminologies

Domaines différents

Maladies

Actes

Anatomie

Usages différents

Études statistiques :classifications

Indexation contrôlée :thésaurus

Données cliniques :nomenclatures

Structurations différentes

Monoaxial vs multiaxial

Hiérarchie unique vsmultiple

Précoordonné vspostcoordonné

4 / 59

Page 7: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

CIM-10MeSH

SNOMED

La classification internationale des maladies

Classification statistique internationale des maladies et desproblèmes de santé connexes (OMS 93)

10e révision (1993) : « CIM-10 »

Contenu

diagnostics (actes)11 000 classes (rubriques)code, libellé ; termes inclusexiste en de nombreuses langues (dont le français)

Accès

http://www.who.ch/hst/icd-10/icd-10.htmhttp://mor.nlm.nih.gov:8000/cimnav/

5 / 59

Page 8: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

CIM-10MeSH

SNOMED

CIM-10 : structure

Hiérarchie (encodée dans les caractères du code)

Classification unique (cf. exclusions)

Classification monoaxiale

code libelléI21 Infarctus aigu du myocardeI21.0 Infarctus transmural (aigu du myocarde, de la paroi) antérieureI21.1 Infarctus transmural (aigu du myocarde, de la paroi) inférieureI21.2 Infarctus transmural (aigu du myocarde) d’autres localisationsI21.3 Infarctus transmural (aigu du myocarde), de localisation non

préciséeI21.4 Infarctus sous-endocardique (aigu) du myocardeI21.9 Infarctus (aigu) du myocarde, sans précision

6 / 59

Page 9: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

CIM-10MeSH

SNOMED

CIM-10 : structure

Hiérarchie (encodée dans les caractères du code)

Classification unique (cf. exclusions)

Classification monoaxiale

code libelléI21 Infarctus aigu du myocardeI21.0 Infarctus transmural (aigu du myocarde, de la paroi) antérieureI21.1 Infarctus transmural (aigu du myocarde, de la paroi) inférieureI21.2 Infarctus transmural (aigu du myocarde) d’autres localisationsI21.3 Infarctus transmural (aigu du myocarde), de localisation non

préciséeI21.4 Infarctus sous-endocardique (aigu) du myocardeI21.9 Infarctus (aigu) du myocarde, sans précision

6 / 59

Page 10: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

CIM-10MeSH

SNOMED

Le thésaurus MeSH

Medical Subject Headings (National Library of Medicine)

Thésaurus pour l’indexation de la littérature biomédicale

Articles scientifiques dans la base Medline (PubMed)

Plus de 4800 revuesPlus de 14 millions de citations (2006)

Documents du web francophone médical (catalogueCISMeF)

Points d’accès

http://www.nlm.nih.gov/mesh/http://ist.inserm.fr/basismesh/mesh.htmlhttp://www.chu-rouen.fr/terminologiecismef/

7 / 59

Page 11: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

CIM-10MeSH

SNOMED

MeSH : composition

Descripteur, terme vedette, synonymes (entry terms)

Version originale en anglais23 616 descripteurs et termes vedettes, 27 804 synonymes(2005)Définitions (scope notes)Traduction française par le DISC de l’Inserm (depuis 1986)

12 185 synonymes en 2004, 30 832 en 2006

8 / 59

Page 12: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

CIM-10MeSH

SNOMED

MeSH : hiérarchie multiple

identifiant code hiérarchique termeC01 maladies bactériennes et mycosesC01.539 infectionsC01.539.830 suppurationC01.539.830.025 abcèsC01.539.830.025.160 abcès cerveauC01.539.830.025.325 abcès péridural

D008169 C01.539.830.025.490 abcès poumon[...]C08 maladies de l’appareil respiratoireC08.381 poumon, maladiesC08.381.125 dysplasie bronchopulmonaire[...]C08.381.348 hémoptysie

D008169 C08.381.449 abcès poumonC08.730 appareil respiratoire, infectionC08.730.099 bronchite

D008169 C08.730.407 abcès poumon9 / 59

Page 13: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

CIM-10MeSH

SNOMED

La nomenclature SNOMED

Nomenclature systématique de la médecine (Côté et al. 93)

CompositionVersion originale en anglaisConcept, terme, synonymes112 471 concepts, 163 775 termes + synonymes (V3.5,1996–)Traduction française quasiment terminée (SFINM)Évolutions : SNOMED RT, CT (366 000 concepts)

Documentationhttp://www.snomed.org/ (CAP)http://www.sfinm.org/sfinm/Projets/la_snomed.html (SFINM)

Accès : version anglophone (et hispanophone)http://umlsks.nlm.nih.gov/ (NLM, licence gratuite)

10 / 59

Page 14: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

CIM-10MeSH

SNOMED

SNOMED : structure

Nomenclature multiaxiale (8 axes orthogonaux)

Post-coordination : possibilité de composer plusieurs axespour décrire une observation

plaie ouverte (du) genou

M-14010 T-D9200

inflammation, SAI appendice vermiculaire, SAI

M-40000 T-59200

11 / 59

Page 15: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

CIM-10MeSH

SNOMED

SNOMED : axes

Axe Nom de l’axe Termes Concepts

T topographie 13528 10278M morphologie 6171 3007F [dys]fonctions 20687 12647A artefacts, activités physiques 1686 1346L êtres vivants 26325 17678C produits chimiques 15940 12529J métiers 2303 1921S contexte social 1110 858D diagnostics 42492 25193P actes 31980 22156G qualificatifs et termes relationnels 1595 1048X 363 363total 164180 109024

selon l’UMLS 2006AA

12 / 59

Page 16: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

DéfinitionsExemples : M ENELAS

... pour le Web sémantique

1 Un domaine riche en terminologiesCIM-10MeSH

SNOMED2 Des ontologies...

DéfinitionsExemples : MENELAS

... pour le Web sémantique3 Construire des ontologies médicales4 Application de ressources termino-ontologiques médicales

Enregistrement d’informations cliniquesIndexation contrôlée pour la recherche d’informationIndexation « médicale » pour la recherche d’information

5 DiscussionThésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion 13 / 59

Page 17: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

DéfinitionsExemples : M ENELAS

... pour le Web sémantique

Définitions

Ontologie PHILO. Partie de la métaphysique qui s’applique àl’être en tant qu’être, indépendamment de sesdéterminations particulières (Le Petit Robert).

Taxinomie 1.DIDACT. Étude théorique des bases, lois, règles,principes, d’une classification. 2. Classificationd’éléments (Le Petit Robert).➠ Taxinomies en sciences naturelles

Ontologie INGÉNIERIE DES CONNAISSANCES. Une ontologie estune spécification rendant compte (on espère defaçon générique) d’une conceptualisation (Gruber,1990).

14 / 59

Page 18: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

DéfinitionsExemples : M ENELAS

... pour le Web sémantique

Utilité attendue

Approches pragmatiques pour les SBC et le WSCréer et conserver des bases de connaissancesréutilisablesInteropérabilité entre différents SBCVocabulaire conceptuel (référentiel) du systèmed’informationVocabulaire conceptuel pour étiqueter ou indexer desdocumentsIntégration semi-automatique d’informations entreagents logiciels

15 / 59

Page 19: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

DéfinitionsExemples : M ENELAS

... pour le Web sémantique

Les 2 rôles d’une ontologie

Définir / fournir une sémantique formelle pourl’information permettant son exploitation par unordinateurDéfinir / fournir une sémantique interprétative d’undomaine du monde réel fondée sur un consensus etpermettant de lier le contenu exploitable par lamachine à sa signification pour les humains

Un modèle du monde ou un modèle de connaissancessur le monde ?

16 / 59

Page 20: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Ontologie de MENELAS : « mental_change_action »

http://estime.spim.jussieu.fr/Menelas/Ontologie

Page 21: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

DéfinitionsExemples : M ENELAS

... pour le Web sémantique

MENELAS – Hiérarchies

Hiérarchie de types de concepts : subsomption, opposition

artery > coronary_artery.coronary_artery > bisecting_artery.coronary_artery > circumflex_coronary_artery.coronary_artery > diagonalis_artery.coronary_artery > interventricular_artery.

interventricular_artery > interventricular_anterior_artery.interventricular_artery > interventricular_posterior_artery.

Hiérarchie de relations : subsomption, opposition

sub_functional_object >> loc.loc >> loc_above.loc >> loc_after.loc >> loc_at.loc >> loc_before.

18 / 59

Page 22: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

DéfinitionsExemples : M ENELAS

... pour le Web sémantique

MENELAS – Hiérarchies

Hiérarchie de types de concepts : subsomption, opposition

artery > coronary_artery.coronary_artery > bisecting_artery.coronary_artery > circumflex_coronary_artery.coronary_artery > diagonalis_artery.coronary_artery > interventricular_artery.

interventricular_artery > interventricular_anterior_artery.interventricular_artery > interventricular_posterior_artery.

Hiérarchie de relations : subsomption, opposition

sub_functional_object >> loc.loc >> loc_above.loc >> loc_after.loc >> loc_at.loc >> loc_before.

18 / 59

Page 23: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

DéfinitionsExemples : M ENELAS

... pour le Web sémantique

MENELAS – signatures

Contraintes sémantiques minimales

Positive_catalog_R_AB agt is[intentional_change]--(agt)->[human_being].

Positive_catalog_R_AB begin_at is[temporal_interval]--(begin_at)->[date_time_stamp].

19 / 59

Page 24: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

MENELAS – modèles de référence

Model admission(_x) is [admission: _x]-(pat)-->[human_being:_pat](agt)-->[human_being:_doc]-

(state_of)<--[knowledge_state:_ks](state_of)<--[want_state:_ws] %

(motive)-->[knowledge_state:_ks]-(content)-->[out_hospital]-

(state_of)-->[human_being:_pat](motivated_by)-->[state_of_physical_object:_path]-

(state_of)-->[human_being:_pat](result)-->[in_hospital:_ih](performative_goal)-->[intentional_change]-

(purported_obj)-->[human_being:_pat](descriptive_goal)-->[state_of_physical_object:_ps]-

(intentional)(state_of)-->[human_being:_pat]-

(defines_area)-->[spatial_object:_sp3](loc)-->[spatial_object:_sp3]<--(defines_area)-

[ward:_w](consists_loc)-->[spatial_object:_sp3]%

(reason)-->[want_state:_ws]-->(content)-->[in_hospital:_ih]--(state_of)-->[human_being:_p]

(descriptive_result)-->[state_of_physical_object:_t]<--(real)(attr)-->[admission_performance_attr]-

(val_qual)-->[admission_performance_val] %

Page 25: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

DéfinitionsExemples : M ENELAS

... pour le Web sémantique

MENELAS– Représentation d’une phrase

Patient âgé de 62 ans, hospitalisé pour un angor spontané et àrépétition.

[Admission]-(past)(pat)-->

[Human_Being]-(defines_cultural_function)-->

[Medical_Subfunction]-(cultural_role)->[Patient:I63]

(attr)->[Age]--(val_quant)-->[Quantitative_Val:62]-

(reference_unit)-->[Year_Duration] %(motivated_by)->[Angina_Syndrome:I77]--(timed_during)-->

[Temporal_Interval]-(temporal_role)-->[Spontaneous](temporal_role)-->[Recurrent]% %

21 / 59

Page 26: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

DéfinitionsExemples : M ENELAS

... pour le Web sémantique

La vision du Web sémantique

Le Web de demain : Un immense espace d’échanges de ressourcesentre machines permettant à des utilisateurs d’accéder à de grandsvolumes d’informations et à des services variés [Tim Berners-Lee(W3C)]

Différents langages pour décrire, exploiter et raisonner sur lescontenus des ressources

Des connaissances qui s’appuient sur des ontologies

Utilisation de métadonnées

Intégration automatique d’informations provenant de sourceshétérogènes

Utilisation et combinaison automatique de services Web

Personnalisation et adaptation

Vers des réponses plus pertinentesVers l’intégration de données et de services hétérogènes 22 / 59

Page 27: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

DéfinitionsExemples : M ENELAS

... pour le Web sémantique

Le « cake »

23 / 59

Page 28: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

DéfinitionsExemples : M ENELAS

... pour le Web sémantique

Typed resources by (Koivunen & Miller, 2001)

The today Web The semantic Web

24 / 59

Page 29: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

DéfinitionsExemples : M ENELAS

... pour le Web sémantique

Conclusion sur les ontologies

Formaliser les inscriptions pour permettre leurtraitement par un ordinateurLes ontologies pour les SBC : fournir unereprésentation formelle sur laquelle on peut effectuerdes inférencesDans le paradigme de l’Intelligence artificielle(inférences)Toujours en respectant des normes

25 / 59

Page 30: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

1 Un domaine riche en terminologiesCIM-10MeSH

SNOMED2 Des ontologies...

DéfinitionsExemples : MENELAS

... pour le Web sémantique3 Construire des ontologies médicales4 Application de ressources termino-ontologiques médicales

Enregistrement d’informations cliniquesIndexation contrôlée pour la recherche d’informationIndexation « médicale » pour la recherche d’information

5 DiscussionThésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion 26 / 59

Page 31: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Construire des ontologies médicales

En réutilisant des ontologies ou parties d’ontologies déjàfaitesEn explicitant les conceptualisations sous-jacentes dansdes formulairesEn analysant des corpus textuels générés durant l’activitéà conceptualiserEn combinant ces approches selon les cas

Mais. . .

Quelle organisation conceptuelle ?Quelle granularité ?Concepts primitifs versus définis ?Quid de la réutilisation et des « top-ontologies » ?

27 / 59

Page 32: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Construire des ontologies médicales

En réutilisant des ontologies ou parties d’ontologies déjàfaitesEn explicitant les conceptualisations sous-jacentes dansdes formulairesEn analysant des corpus textuels générés durant l’activitéà conceptualiserEn combinant ces approches selon les cas

Mais. . .

Quelle organisation conceptuelle ?Quelle granularité ?Concepts primitifs versus définis ?Quid de la réutilisation et des « top-ontologies » ?

27 / 59

Page 33: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Le sexe est-il un attribut ?

Patient

Patient

Patient

Patient

Patient attr

attr

Male

Male

Female

3

2

1

Sex

Sex

val

val

{

{

{

Female

chrc

chrc

Female-patient

28 / 59

Page 34: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

« Méthodologie » Bachimont/TIA

Analyse de corpus

Normalisation sémantique

Engagement ontologique

Opérationnalisation

29 / 59

Page 35: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

① Hypothèse

Des domaines se formalisant a priori peu ou pas et dont lemode d’accès aux informations et connaissances se faitessentiellement par le vecteur de la langue naturelleLa médecine : une science pour ses principesbiochimiques, physiques et ses protocoles d’étudesépidémiologiques ; une pratique quotidienne où lesinformations se consignent dans des « dossiers »,regroupements cohérents de documents essentiellementtextuels

→ Accès à des corpus (livres de cours, comptes rendus,etc.)

30 / 59

Page 36: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

① La primauté du corpus

Une expression des connaissances à travers unelangue de spécialité, avec un vocabulaire, uneterminologie et une sémantique spécifiquesUtiliser une démarche, de corpus, et des outilsterminologiques (SYNTEX, UPERY, YAKWA,CAMELEON, . . . ) pour analyser puis modéliser ledomaineDescription de l’utilisation de ces outils au sein d’unedémarche méthodologique claire précisant à quelstade du processus et selon quelles modalités ilconvient de les utiliser

31 / 59

Page 37: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

② Langue naturelle vs langage formel

Langue naturelle Pas deprimitives, des définitionscirculaires, des énoncésimprécis, contextuels,des objets « instables »

Langage formel Des expres-sions logiques construitesavec des primitives, desconnecteurs, des quantifica-teurs. . .

Choisir un contexte deréférence des objets dont onparle pour fixer et stabiliserleur interprétation ➠ stabilitéréférentielle et stabilitérelationnelle

Structurer et organiser lesconcepts ainsi créés

32 / 59

Page 38: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

② Engagement sémantique

Ces primitives n’existent pas a priori

Repartir des corpus textuels du domaine

Dégager un ensemble de termes en construisant unsystème de différences entre ces termes (structured’arbre)

« Normalisation sémantique » suivant un point de vueparticulier – ex : un médicament défini suivant son principeactif (pharmacologue), ou de sa fonction (clinicien) :contexte fixé par la normalisation

Construction de l’ontologie régionale qui n’est valable quelocalement, qui comporte un contexte privilégié pourdéterminer des significations adaptées à une tâche.

33 / 59

Page 39: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

② La normalisation sémantique

Normalisation sémantique .Selon le contexte et la tâche ➠ arbre de concepts

artificial_object

commercial_drug

lasilix

physical_role_function

biochemical_function

diuretic_function

natural_object

biochemical_molecule

furosemide

inanimate

molecule

34 / 59

Page 40: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

③ Engagement ontologique (1)

Maintenant, les primitives existent...

les concepts formels vérifient les relations d’identité etd’inclusion unissant les concepts sémantiques

ils ne vérifient pas les relations d’exclusion car onconsidère maintenant les extensions des objets

un treillis (structure algébrique des ensembles)

Construction de l’ontologie formelle ou référentielle qui n’est(toujours) valable que localement

35 / 59

Page 41: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

③ Engagement ontologique (2)

Des concepts définis...

urinary_function

artificial_object

commercial_drugphysical_role_function

biochemical_function

natural_object

biochemical_molecule

inanimate

molecule

made_of

physical_role

furosemide diuretic_functionlasilix

define_physical_function

36 / 59

Page 42: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

③ Engagement ontologique (3)

...qui peuvent hériterdes attributs de leurspères et des valeursde ceux-ci.

À manier avecparcimonie...

artificial_object

commercial_drug

physical_role_function

biochemical_function

natural_object

biochemical_molecule

inanimate

molecule

furosemidediuretic_function

lasilix

diuretic_drug

37 / 59

Page 43: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

④ Opérationnalisation (4)

Opérationnalisation dans un langage de représentation desconnaissances – e.g. les graphes conceptuels ou les logiquesde description (OWL)➠ treillis computationnel

[commercial_drug :_x]–

(made_of)→[biochemical_molecule :_bm]

(defines_physical_function)→[physical_system_function]–(physical_role)→[biochemical_function]

38 / 59

Page 44: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Retour sur les étapes

➊ Analyse de corpus. (Choix et) description linguistique ducorpus caractérisant le domaine ; reflète les normessociales, techniques, pratiques. . .

Corpus→ Signifié

➋ Normalisation sémantique du signifié linguistique pourdégager les objets du domaine et leur type

Signifié→ Signifié normé (ou Concept linguistique)

➌ Engagement ontologiqueConcept linguistique→ Concept formel

➍ Opérationnalisation dans un langage de représentationdes connaissances

39 / 59

Page 45: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Indexation contrôlée pour la recherche d’informationIndexation « médicale » pour la recherche d’information

1 Un domaine riche en terminologiesCIM-10MeSH

SNOMED2 Des ontologies...

DéfinitionsExemples : MENELAS

... pour le Web sémantique3 Construire des ontologies médicales4 Application de ressources termino-ontologiques médicales

Enregistrement d’informations cliniquesIndexation contrôlée pour la recherche d’informationIndexation « médicale » pour la recherche d’information

5 DiscussionThésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion 40 / 59

Page 46: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Indexation contrôlée pour la recherche d’informationIndexation « médicale » pour la recherche d’information

Le thésaurus MeSH pour la recherche dans MEDLINE

Base MEDLINE, accès gratuit PUBMED

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/

Indexation contrôlée, manuelle

Indexation assistée

Recherche par descripteurs

Indexation contrôlée→ robustesseHiérarchie→ « explosion »(subsomption)

Repli sur une recherche textuelledans les notices bibliographiques

Titre, résumé, auteurs, année...41 / 59

Page 47: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Indexation contrôlée pour la recherche d’informationIndexation « médicale » pour la recherche d’information

Le thésaurus MeSH pour la recherche dans CISMeF

Catalogue et index des sites médicaux francophones

http://www.chu-rouen.fr/cismef/

Extensions au MeSH

MétatermesTypes de ressources

Recherche par descripteurs

Repli sur texte des notices

Repli sur texte des documentsprimaires

42 / 59

Page 48: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Indexation contrôlée pour la recherche d’informationIndexation « médicale » pour la recherche d’information

MedOC – Motivations et matériel

Analyser les comptes rendus d’hospitalisation pourproposer

un codage PMSIindexer le dossier médical pour faire de la recherched’information ou pour des recherches épidémiologiques

Permettre aux médecins d’interagir avec les termes de leurpratiques, le thésaurus

Domaine : pneumologieLe thésaurus de la Société de Pneumologie de LangueFrançaise (SPLF) fondé sur la CIM-10Une ontologie de la pneumologieReprésenter les termes du thésaurus avec les concepts deontologie

43 / 59

Page 49: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Indexation contrôlée pour la recherche d’informationIndexation « médicale » pour la recherche d’information

MedOC – Motivations et matériel

Analyser les comptes rendus d’hospitalisation pourproposer

un codage PMSIindexer le dossier médical pour faire de la recherched’information ou pour des recherches épidémiologiques

Permettre aux médecins d’interagir avec les termes de leurpratiques, le thésaurus

Domaine : pneumologieLe thésaurus de la Société de Pneumologie de LangueFrançaise (SPLF) fondé sur la CIM-10Une ontologie de la pneumologieReprésenter les termes du thésaurus avec les concepts deontologie

43 / 59

Page 50: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Indexation contrôlée pour la recherche d’informationIndexation « médicale » pour la recherche d’information

MedOC – Représenter le thésaurus

44 / 59

Page 51: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

MedOC – l’ontologie

Page 52: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

MedOC – l’interface

Page 53: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Thésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion

1 Un domaine riche en terminologiesCIM-10MeSH

SNOMED2 Des ontologies...

DéfinitionsExemples : MENELAS

... pour le Web sémantique3 Construire des ontologies médicales4 Application de ressources termino-ontologiques médicales

Enregistrement d’informations cliniquesIndexation contrôlée pour la recherche d’informationIndexation « médicale » pour la recherche d’information

5 DiscussionThésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion 47 / 59

Page 54: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Thésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion

Descripteur vs concept en recherche documentaire

Granularité de MeSH

Un thésaurus formé de descripteurs

Nez : D009666

Descripteur MeSH = agglomérat deconcepts

Différents points de vue regroupéspour l’indexation

48 / 59

Page 55: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Thésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion

Thésaurus versus ontologie formelle : l’exemple duMeSH

Many individuals have to tried to use MeSH as a conceptrepresentation language with only modest succes. That therelationships in the MeSH tree structure were designed with a differentview, and with a different (an not formal) meaning of “broader-than”,has frustated their efforts. The MeSH hierarchical structure wasdesigned to reflect a view of the literature for a user.[. . . ] The treesthus indicate what appears to be a useful set of relationships, basedon the perceveid needs of searchers (Nelson, 2001)

49 / 59

Page 56: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Thésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion

Thésaurus versus ontologie formelle☞ Thésaurus

Contenu :Descripteurs, mots-clésRelations : « is_a », « synonyme » (terme préférentiel), «voir_aussi »

Utilisé par un agent humain (documentaliste, spécialiste) pour indexerdes documents ou comme vocabulaire contrôlé

☞ Ontologie formelle

Contenu :Une taxinomie de concepts, une taxinomie de relationsDes « rôles »

Décrite dans un langage de représentation des connaissances etexploitée par un système informatique

Possibilité de comparer et de classer des conceptsCapacité générativeInférences

50 / 59

Page 57: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Thésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion

Un besoin d’interopérabilité : UMLS

Objectif

Faciliter la recherche et l’intégration d’informations provenantdes multiples sources d’information biomédicales électroniques

Méthode : fournir un pont entre les multiples terminologiesbiomédicales existantes

UMLS (National Library of Medicine)

Système d’unification de terminologies médicales

Ressource distribuée gratuitement (mais respect des droits)http://www.nlm.nih.gov/research/umls/

https://umlsks.nlm.nih.gov/

51 / 59

Page 58: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Thésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion

Un besoin d’interopérabilité : UMLS

Objectif

Faciliter la recherche et l’intégration d’informations provenantdes multiples sources d’information biomédicales électroniques

Méthode : fournir un pont entre les multiples terminologiesbiomédicales existantes

UMLS (National Library of Medicine)

Système d’unification de terminologies médicales

Ressource distribuée gratuitement (mais respect des droits)http://www.nlm.nih.gov/research/umls/

https://umlsks.nlm.nih.gov/

51 / 59

Page 59: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Thésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion

Un besoin d’interopérabilité : UMLS

Objectif

Faciliter la recherche et l’intégration d’informations provenantdes multiples sources d’information biomédicales électroniques

Méthode : fournir un pont entre les multiples terminologiesbiomédicales existantes

UMLS (National Library of Medicine)

Système d’unification de terminologies médicales

Ressource distribuée gratuitement (mais respect des droits)http://www.nlm.nih.gov/research/umls/

https://umlsks.nlm.nih.gov/

51 / 59

Page 60: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

UMLS : système d’unification de terminologiesmédicales

Lexique Spécialiste

Rés

eau

sém

antiq

ueM

état

hesa

urus

Page 61: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Thésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion

Approche ascendante : le « Metathesaurus »

Le Metathesaurus

Union raisonnée d’une centaine de terminologies biomédicales

Régime de l’inventaire

Point de départ =produits terminologiquesdivers

Identification desconcepts communs

Partage des relations

Risques (avérés)d’incohérence

MeSH SNOMED

Met

athé

saur

us

CIM

2006AD : 1,3 millions de concepts,6,4 millions de chaînes différentes

53 / 59

Page 62: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Thésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion

Fusion de concepts dans le Metathesaurus

Libellé SOURCE

Myocardial Infarction MSH2002 (D009203), MTH

MYOCARDIAL INFARCTION CCPSS99, COS89, CST95,

WHO97

Myocardial infarction AIR93, MDR40, MDR40, RCD99, SNM2

myocardial infarction AOD99, BI98, CSP2001

Myocardial Infarctions MSH2002, MTH, PSY2001

Infarctions (Myocardial) PSY2001

Infarctions, Myocardial MSH2002

Infarction, myocardial ICPC2P

Infarction ;myocardial ICPC2P

Infarction, Myocardial MSH2002

Myocardial infarction, NOS SNMI98 (D3-15000)

Heart attack, NOS SNMI98 (D3-15000)

HEART ATTACK CST95, DXP94, WHO97

Heart Attacks PSY2001

Heart attack MDR40, RCD99

heart attack AOD99, CSP2001

ATTACK HEART (NOS) CST95

Attack heart (NOS) MDR40

Infarction of heart, NOS SNMI98 (D3-15000)

HEART INFARCTION DXP94

Infarction, heart ICPC2P

Infarction ;heart ICPC2P

Cardiac infarction, NOS SNMI98 (D3-15000)

Libellé SOURCE

Myocardial Infarct MSH2002 (D009203)

MYOCARDIAL INFARCT CST95

Myocardial infarct MDR40, RCD99, SNM2

Myocardial Infarcts MSH2002

Infarct, Myocardial MSH2002

Infarcts, Myocardial MSH2002

INFARCT MYOCARDIAL CST95

Infarct myocardial MDR40

Myocardial necrosis MDR40, RCD99

Attack coronary MDR40

ATTACK CORONARY CST95

Myocardial infarction syndrome SNM2

Necrosis myocardium MDR40

NECROSIS MYOCARDIUM CST95

Myocardial necrosis syndrome SNM2

CT - Coronary thrombosis RCD99

MI - Myocardial infarction RCD99

mi <1> MTH (U006521)

MI CSP2001 (1393-3417), MDR40 (10027524)

mi BI98 (BI00102)

AMI <3> MTH

AMI AOD99

Cardiopathy necrotic MDR40

54 / 59

Page 63: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Thésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion

Difficultés

Sémantique formelle versus interprétative

Une ontologie pour un SBC, c’est beaucoup plus qu’unehiérarchies (des hiérarchies, propriétés, modèles, . . . )

Concepts primitifs versus définis

De nombreux choix peu outillés

Quels langages pour les ontologies ? OWL estopérationnel pour la construction et la gestion, les BDseraient plus opérationnelles mais. . . Les archetypespermettent de représenter des ontologies mais. . .

55 / 59

Page 64: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Thésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion

Propositions

Impossibilité de construire une ontologie de la médecinetenant compte de tous les points de vues des spécialisteset de la granularité (1,3 M de concepts dans leMetathesaurus)

Construire une ontologie formelle c’est décontextualiser undomaine de connaissance (un unique contexte parconcept)

Des ontologies de domaine construites à partir de corpusmais possibilités d’accord de la médecine occidentale surune « top ontologie » et sur les relations ?

Une démarche constructiviste au sein des sciences del’artificiel (H. Simon)

56 / 59

Page 65: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Thésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion

Développements

Construire des ontologiesÀ partir de corpus (outils de TAL), dans des domaines s’yprêtant bien...mais aussi de données structurées disponibles(formulaires/questionnaires)À la recherche d’une certaine réutilisabilité ou généricité(ou un large consensus ?)

Gérer l’évolution, la fusion des ontologies

Assurer l’interopérabilité syntaxique

Gérer l’accès aux ontologiesEn liant ontologie et thésaurus (du plan conceptuel au plande la désignation)

Assurer l’interopérabilité sémantique (le but du Web sémantiquemais dans un domaine de pratiques normées)

57 / 59

Page 66: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Thésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion

Une ontologie : un objet formel

Ontologie NON-HÉRÉTIQUE INGÉNIERIE DES CONNAISSANCES. Uneontologie implique ou comprend une certaine vue du mondepar rapport à un domaine donné.Cette vue est souvent conçue comme un ensemble deconcepts – e.g. entités, attributs, processus –, leursdéfinitions et leurs interrelations. On appelle cela uneconceptualisation.Une ontologie peut prendre différentes formes mais elleincluera nécessairement un vocabulaire de termes et unespécification de leur signification.Une ontologie est une spécification rendant partiellementcompte d’une conceptualisation.

Ontologie HÉRÉTIQUE INGÉNIERIE DES CONNAISSANCES. Ensembledes objets reconnus comme existant dans le domaine.Construire une ontologie c’est aussi décider de la manièred’être et d’exister des objets.

58 / 59

Page 67: Ontologies et thésaurus en médecine - intd.cnam.frintd.cnam.fr/medias/fichier/charlet__1180706017965.pdf · Un domaine riche en terminologies Des ontologies... Construire des ontologies

Un domaine riche en terminologiesDes ontologies...

Construire des ontologies médicalesApplication de ressources termino-ontologiques médicales

Discussion

Thésaurus vs ontologieAligner des RTO en médecineConclusion

Liens

http://www.biomath.jussieu.fr/Hospitexehttp://www.spim.jussieu.fr/pertomedhttp://estime.stim.jussieu.fr/Menelas/Ontologie

http://www.opengalen.org/http://rtp-doc.enssib.fr/websemantique/http://doccismef.chu-rouen.fr/

http://www.irit.fr/GRACQ/http://rtp-doc.enssib.fr/http://www.edisante.org/

59 / 59