n°53, Automne 2013Brixen 2013

HUPO 2013

Le Mot de la présidente page 2

Les nouvelles de l'HUPO page 3

Comptes-rendus du congrès HUPO 2013 Yokohama page 4

Compte-rendu école d'été Protéomique, Brixen, Italie page 6

Art et science page 9

Nos Partenaires page 10

Association loi 1901.Membre du Conseil International

des Sociétés d'électrophorèse (ICES).Siège Social : 5 Rue des Myrtilles31650 Saint-Orens de Gameville

Responsable de la publication : Odile SchiltzOdile.Schiltz @ ipbs.fr

Rédacteur en chef : Luc Camoinluc.camoin @ inserm.fr

Rédacteurs adjoints : Charles Pineau et Michel Zivycharles.pineau@rennes.inserm.fr

zivy@moulon.inra.fr

Les textes publiés via la SFEAP engagent la responsabilité de leurs seuls auteurs, et restent leur propriété pleine et entière

HUPO 2013 - Yokohama, Japon

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Le numéro d’automne, traditionnellement consacré aux congrès internationaux et à l’école protéomique d’été, relate cette année de l’école de Brixen et du congrès HUPO 2013, qui s’est tenu à Yokohama. Je remercie nos trois boursières (Laure et Sophie pour Brixen et Jordane pour HUPO à Yokohama) de nous faire partager les informations qui se sont échangées lors de ces manifestations. Outre les bourses que la SFEAP octroie chaque année pour favoriser la participation de notre communauté aux rencontres

internationales, la contribution française reste malgré cela plutôt faible. En particilier pour l’école de Brixen, j’encourage vivement les candi-datures françaises. La SFEAP a prévu de demander qu’une place supplémentaire soit réservée pour nos adhérents. Cependant, je rappelle que les dossiers peuvent également être déposés indépendemment de cette procédure.

Concernant le congrès HUPO, je remercie Pierre Legrain, président de HUPO, d’avoir accepté d’écrire pour la rubrique "Les nouvelles de l’HUPO" a�n de nous transmettre les dernières décisions prises par son conseil d’administration. Une réunion avec l’ensemble des présidents des sociétés nationales de protéomique a été organisée durant le congrès a�n d’améliorer la communication entre HUPO et ces sociétés. Au cours de cette réunion il a été proposé aux sociétés, comme expliqué par Pierre Legrain, que leurs membres deviennent membres associés de HUPO. Il me semble en e�et que cette opportunité peut contribuer, d’une part, à communiquer plus e�cacement les objectifs et actions de HUPO à nos adhérents, et d’autre part, à favoriser la visibilité de notre société auprès de la communauté internationale.

Pour �nir, je convie tous les adhérents à l’Assemblée Générale de la SFEAP, qui se tiendra le mercredi 16 octobre à partir de 18h00 pendant le congrès EuPA-SMAP à St Malo.

Dans l’attente de vous voir nombreux à St Malo, je vous souhaite une bonne lecture.

Bien cordialement,

Odile SchiltzPrésidente de la SFEAP

Le mot de la Présidente de la SFEAP

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HUPO : une société savante dédiée à l’étude des protéines et de leurs fonctions

HUPO a été créée dans la continuité de HUGO qui avait été en charge de l’organisation du séquençage du génome humain. En 2001, l’objectif était de viser à une caractérisa-tion exhaustive de toutes les protéines humaines, caractérisation incluant leur localisa-tion biologique et leur quanti�cation tissulaire spéci�que, avec une « idée » de leur fonction. Les années passant, les objectifs de HUPO ont progressivement évolué : d’une part, les objectifs scienti�ques du « Human proteome project ont été dé�nis précisé-ment, d’autre part les missions de HUPO ont été élargies à la connaissance des fonctions biologiques, portées par les protéines de l’ensemble des organismes vivants, mettant en avant l’intérêt des informations croisées entre espèces.

Le projet de décryptage du protéome humain (Human Proteome Project, HPP) a maintenant bien démarré. Son lancement a été annoncé au congrès annuel de HUPO à Sydney en 2010. Le projet vise à une annotation de toutes les protéines humaines, dans leurs contextes biologiques respectifs, avec pour chacune, au moins une isoforme identi�ée dans un tissu ou liquide biologique humain. Il est structuré autour de deux grands axes : le premier, le C-HPP, réunit des équipes nationales ou régionales prenant en charge chacune l’ensemble des protéines humaines codées par un chromosome ; le second, le B/D HPP pour « biology or disease driven » HPP, regroupe des équipes travaillant sur la même question biologique ou intéressées par les mêmes pathologies. Toutes ces équipes se sont mises d’accord sur des critères de qualité et d’analyse, tant en spectrométrie de masse (pilier MS) que pour l’utilisation de réactifs d’a�nité, tels que les anticorps (pilier AB), et ont adopté des standards communs d’annotation des données brutes et analysées (pilier KB). Les résultats nombreux présentés lors du congrès HUPO2013 à Yokohama démontrent une avancée très signi�cative sur la détection �able des protéines humaines dans des tissus très variés, et de leur analyse en contexte biologique.

Parallèlement, HUPO a recherché à se rapprocher des communautés nationales travaillant dans le domaine de la protéomique en général, quelque soit l’organisme. HUPO a aidé à la fédération des sociétés nationales de protéomique en favorisant leur fédération au sein de sociétés régionales (en Asie, en Europe, en Amérique). En 2012 a été mis en place une présentation de ces sociétés au conseil d’administration de HUPO par la désignation de 2 représentants par région du monde (Europe/Afrique ; Les Amériques ; Asie-Océanie) des communautés nationales, visant à renouveler ce conseil d’administration par l’arrivée de membres plus jeunes et plus actifs localement (l’élection directe des membres du conseil favorise en e�et des personnalités très établies mondiale-ment et la réélection de ses propres membres). En 2013 le conseil a voté la proposition de fédérer les sociétés nationales qui le souhaitent en acceptant tous leurs membres comme membres associés à HUPO moyennant une contribution �nancière modeste (un dollar par membre avec un seuil de 100$ pour les petites sociétés et 500 $ pour les plus grosses). Ce statut leur donnera l’accès aux informations de HUPO (Newsletter, annonce de congrès locaux et internationaux) et permettra à ces sociétés de mettre sur le site de HUPO toute information qu’elles jugent intéressante en renvoyant vers leurs propres sites (congrès nationaux, colloques et cours pratiques, etc.). Par ailleurs, pour prendre en compte l’arrivée de nouvelles communautés nationales dans des pays émergents, il a été décidé de renommer les régions du globe en West, Middle et East, laissant la décision de rattachement à ces régions aux communautés scienti�ques elles-mêmes.

De cette façon HUPO entend contribuer à une meilleure information circulant dans l’ensemble de la commu-nauté de la protéomique, complétant le travail des sociétés savantes et permettant, nous l’espérons, une meilleure visibilité de cette communauté et de ses résultats dans l’ensemble de la communauté scienti�que et dans la société.

Les nouvelles de l'HUPO

Pierre LegrainPrésident HUPO

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HUPO est une organisation scienti�que internationale promouvant la protéomique en favorisant les nouvelles technologies et techniques ainsi que l’apprentissage grâce à des coopérations et collabo-rations. Les congrès annuels de l’HUPO sont donc l’occasion de présenter ces grands projets qui rassemblent des labora-toires de renommée internatio-

nale en science de la vie, bioinformatique, spectrométrie de masse, biologie des systèmes, pathologie et médecine. En plus de son programme de séminaires, de présentations orales ou posters, le congrès o�re des formations pour jeunes chercheurs and praticiens cliniques. Cette année, le congrès s’est tenu à Yokohama au Japon du 14 au 18 septembre 2013 et a eu pour thème “l’évolution dans les technologies en protéomique”. Un pré-congrès se dérou-lant du 10 au 14 septembre proposait des formations en

protéomique, des sessions “clinical day”, “education day”. Plus de 1500 personnes se sont déplacés pour cet événe-ment annuel, dont 200 chercheurs invités, venus parler de leurs derniers projets. En plus des présentations orales, environ 1000 posters ont été présentés tous les après-mi-dis.

Le congrès a débuté par deux présentations d’ouverture données par Donald F. Hunt portant sur “Innovative Technology for sequence analysis of intact proteins on a chromatographic time-scale” et par Yoshihide Hayashizaki portant sur “New gene expression regulation world based on transcriptome network”. Les diverses sessions se sont ensuite enchaînées avec “New technology in mass spectro-metry”, “single cell proteomics”, “Membrane” or “cancer” proteomics”, “drug target proteomics”, “structural proteo-mics of post-translational modi�cations” et bien d’autres. Les sujets traités ont été divers. L’analyse, la gestion, le stockage ou encore la publication des données issues d’études protéomiques sont toujours fortement d’actualité. Nous avons ainsi eu l’occasion d’écouter Brendan McLean “Building Your Knowledge Base of Empirically Measured

Peptides with Skyline and Panorama”, parlant de la dernière version de skyline et de panorama, un logiciel permettant le stockage et l’organisation de résultat, avec la création de bibliothèques accessibles avec skyline. Mathias Uhlen “De�ning the Human Tissue-Speci�c Proteomes Based on Transcriptomics and the Human Protein Atlas” qui tente de combiner des données transcripto-miques spéci�ques de certains tissus avec Human Protein Atlas a�n de caracté-riser la localisation spéci�que (au niveau des cellules, des organes ou tissus) du protéome entier. Ou encore Amos Bairoch, avec “neXtProt: The Human Protein Knowledge Platform in the Context of HPP” plateforme en ligne regroupant de multiples informations sur les protéines. Martin Eisenacher a ensuite présenté FindPairs - The Protein Quanti�cation Module of the PeakQuant Software Suite”, module du logiciel de PeakQuant, qui calcule les ratios de concentration des peptides/protéines en se basant sur la détection automatique des massifs isotopiques dans des expériences avec protéines marquées aux isotopes 15N, SILAC ou iTRAQ. En�n Juergen Cox a présenté MaxLFQ “Computational Proteo-mics Enables Accurate Label Free Quanti�cation of Proteins and Posttranslatio-nal Modi�cations”, une technologie de quanti�cation label-free disponible avec MaxQuant.

La découverte et la validation de biomarqueurs ont également été des sujets souvent abordés. Par exemple, Christophe Hirtz dans sa présentation “Quantita-tive Mass Spectrometry (SRM/MRM) to Amyloid Peptides, Tau Protein, and Apolipoprotein E in Human Cerebrospinal Fluid for Alzheimer Disease Diagno-sis” utilise une quanti�cation ciblée par SRM de plusieurs isoformes des protéines Aß, Tau et Apo E dans le liquide cérébro-spinal pour le diagnostique de la maladie d’Alzheimer. Connie R. Jimenez combine des approches de quan-ti�cation label-free et par SRM pour la découverte et la validation de biomar-queurs dans le cas de la maladie d’Alzheimer et le cancer du colon “Label-Free Proteomics for Biomarker Discovery and Validation in Proximal Fluids: Applica-tions in Colon Cancer and Alzheimer's Disease”.

Christoph H. Borshers dans sa présentation “Clinical Proteomics MRM”, nous a fait des rappels sur la robustesse en chromatographie nano- ou convention-nelle, 1D ou 2D dans le cas de quanti�cation en mode SRM de marqueurs dans les �uides biologiques, notamment plasma.

Les présentations orales ou posters ont été multiples et ce petit résumé ne rend pas compte de la diversité du congrès. Il fallait également noter la présence de tous les industriels qui participent à l’amélioration des technologies servant à l’étude du protéome, tant du point de vue des instruments que de leur utilisa-tion comme AB Sciex, Bruker, Thermo �sher et bien d’autres.

Tous les ans, HUPO remet des prix lors de son congrès annuel, qui cette année ont été remis à 5 personnes. Le prix “distinguished achievement in proteomic sciences” a distingué le Dr. Anthony Pawson, professeur de biologie cellulaire à l’université de Toronto, Canada. Il a reçu ce prix pour son analyse des voies de signalisation. Ces recherches ont révélé la nature modulaire et les mécanismes d’action de protéines clés dans ces voies de signalisation montrant leur rôle fondamental. Le prix “HUPO discovery in proteomics sciences” a été remis au Dr. Albert JR Heck, professeur à l’université d’Utrecht. Son groupe applique de nouvelles méthodes de spectrométrie de masse pour l’étude des interactions entre protéines nécessaires à leur repliement et à la formation des structures tertiaires et quaternaires. Le prix “HUPO distinguished service award” a été partagé entre le Dr. Peipei Ping, professeur de physiologie et de médecine à UCLA et le Dr. Denis Hochstrasser, professeur de génétique, directeur du labora-toire de médecine et vice recteur de l’université de Genève. Le Dr. Ping,

Jordane BiarcUMR 5280, Institut des sciences analytiques, Université de Lyon, 69622 Villeurbanne

cedex, France. Jordane.biarc@univ-lyon1.fr

Comptes-rendus Congrès HUPO 2013 Yokohama, Japon

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Peptides with Skyline and Panorama”, parlant de la dernière version de skyline et de panorama, un logiciel permettant le stockage et l’organisation de résultat, avec la création de bibliothèques accessibles avec skyline. Mathias Uhlen “De�ning the Human Tissue-Speci�c Proteomes Based on Transcriptomics and the Human Protein Atlas” qui tente de combiner des données transcriptomiques spéci�ques de certains tissus avec Human Protein Atlas a�n de caractériser la localisation spéci�que (au niveau des cellules, des organes ou tissus) du protéome entier. Ou encore Amos Bairoch, avec “neXtProt: The Human Protein Knowledge Platform in the Context of HPP” plateforme en ligne regrou-pant de multiples informations sur les protéines. Martin Eisenacher a ensuite présenté FindPairs - The Protein Quan-ti�cation Module of the PeakQuant Software Suite”, module du logiciel de PeakQuant, qui calcule les ratios de concen-tration des peptides/protéines en se basant sur la détection automatique des massifs isotopiques dans des expériences avec protéines marquées aux isotopes 15N, SILAC ou iTRAQ. En�n Juergen Cox a présenté MaxLFQ “Computatio-nal Proteomics Enables Accurate Label Free Quanti�cation of Proteins and Posttranslational Modi�cations”, une technologie de quanti�cation label-free disponible avec MaxQuant.

La découverte et la validation de biomarqueurs ont égale-ment été des sujets souvent abordés. Par exemple, Christophe Hirtz dans sa présentation “Quantitative Mass Spectrometry (SRM/MRM) to Amyloid Peptides, Tau Protein, and Apolipoprotein E in Human Cerebrospinal Fluid for Alzheimer Disease Diagnosis” utilise une quanti�-cation ciblée par SRM de plusieurs isoformes des protéines Aß, Tau et Apo E dans le liquide cérébro-spinal pour le diagnostique de la maladie d’Alzheimer. Connie R. Jimenez combine des approches de quanti�cation label-free et par SRM pour la découverte et la validation de biomarqueurs dans le cas de la maladie d’Alzheimer et le cancer du colon “Label-Free Proteomics for Biomarker Discovery and Valida-tion in Proximal Fluids: Applications in Colon Cancer and Alzheimer's Disease”.

Christoph H. Borshers dans sa présentation “Clinical Proteo-mics MRM”, nous a fait des rappels sur la robustesse en chromatographie nano- ou conventionnelle, 1D ou 2D dans le cas de quanti�cation en mode SRM de marqueurs dans les �uides biologiques, notamment plasma.

Les présentations orales ou posters ont été multiples et ce petit résumé ne rend pas compte de la diversité du congrès. Il fallait également noter la présence de tous les industriels qui participent à l’amélioration des technologies servant à

l’étude du protéome, tant du point de vue des instruments que de leur utilisation comme AB Sciex, Bruker, Thermo �sher et bien d’autres.

Tous les ans, HUPO remet des prix lors de son congrès annuel, qui cette année ont été remis à 5 personnes. Le prix “distinguished achievement in proteomic sciences” a distin-gué le Dr. Anthony Pawson, professeur de biologie cellulaire à l’université de Toronto, Canada. Il a reçu ce prix pour son analyse des voies de signalisation. Ces recherches ont révélé la nature modulaire et les mécanismes d’action de protéines clés dans ces voies de signalisation montrant leur rôle fondamental. Le prix “HUPO discovery in proteo-mics sciences” a été remis au Dr. Albert JR Heck, professeur à l’université d’Utrecht. Son groupe applique de nouvelles méthodes de spectrométrie de masse pour l’étude des interactions entre protéines nécessaires à leur repliement et à la formation des structures tertiaires et quaternaires. Le prix “HUPO distinguished service award” a été partagé entre le Dr. Peipei Ping, professeur de physiologie et de médecine à UCLA et le Dr. Denis Hochstrasser, professeur de génétique, directeur du laboratoire de médecine et vice recteur de l’université de Genève. Le Dr. Ping, présidente du “HUPO’s cardiovacular initiative”, a dirigé la création de plateformes éducatives, l’organisation de workshops, tutoriels et séminaires. En particulier, le Dr Ping est le co-fondateur de COPaKB (Cardiac Organellar Protein Atlas Knowledge). Le professeur Hochstrasser est le fondateur et co-fondateur de plusieurs institutions et entreprises de protéomique comme l’institut suisse de bioinformatique et ExPASy, co-fondé avec Amos bairoch et Ron Appel. En�n, le prix “HUPO science et technology” a été remis au Dr. Christie Hunter, directeur des applications “protéomique” de AB Sciex. Elle a été reconnue pour son rôle dans l’adaptation et l’utilisation de la méthode MRM pour la quanti�cation ciblée de peptides et de protéines.

Pour �nir, je rajouterai que le congrès a été passionnant, que les rencontres et discussions ont été multiples et que, bien sûr, les sashimis se sont révélés de qualité exception-nelle!

L’année prochaine, le congrès annuel HUPO se tiendra à Madrid du 5 au 8 octobre 2014.

Comptes-rendus Congrès HUPO 2013 Yokohama, Japon (suite)

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La 7ème école d’été Européenne de protéomique (7th European Advanced Proteomics Summers-chool) s’est tenue comme chaque année dans le monastère de Kloster Neustift “Abbazia di Nova-cella” de la communauté des Augustins, à Brixen au Sud Tyrol du 4 au 10 août 2013. Elle a été organi-sée par Bernhard Kuster (Technische Universität München), Simone Lemeer (Technische

Universität München), Katrin Marcus (Funktionelle Proteo-mikMedizinisches Proteom-Center, Bochum), Henning Urlaub (Max-Planck-Institute for Biophysical Chemistry, Goettingen) et Monika Raabe (Bioanalytische Massens-pektrometrie, Göttingen).

Après un bref historique par les organisateurs des précé-dentes écoles d’été de protéomique « Summerschool in Proteomic Basics » organisées dans ces mêmes lieux depuis 2005; une conférence d’ouverture par Matthias Mann sur la protéomique de précision ou les avancées en Protéomique Shotgun a ouvert cette semaine scienti�que. Cette septième école d’été a permis de nombreux échanges entre étudiants de tous horizons (Allemagne, Royaume-Uni, Danemark, Suède, Norvège, Finlande, Israël, France, Italie, Pays-Bas, Belgique, Irlande, Espagne, République Tchèque, Suisse, Autriche, Afrique du Sud, Roumanie, Slovénie, Pologne, Etats-Unis d’Amérique, Brésil), ainsi qu’entre jeunes protéomistes et intervenants. L’aspect international de cette école d’été tyrolienne ainsi que la qualité scienti�que des communications orales et des posters en ont fait un évènement de formation marquant pour les jeunes protéomistes participants. Nous remercions vivement les organisateurs pour leur investissement.

Le contenu scienti�que incluait des conférences “basiques” très complètes et didactiques qui étaient les bienvenues même pour les étudiants les plus expérimentés de la discipline. Elles portaient sur la chromatographie et le MudPIT avec Mike Washburn; sur l’identi�cation des protéines avec John Cottrell ; sur les modi�cations post-tra-ductionnelles et en particulier les phosphorylations avec Forrest White; sur la quanti�cation des protéines et l’utilisation de quelques outils d’analyse tels que MaxQuant, Andromeda et Perseus avec Juergen Cox; ainsi que sur la spectrométrie de masse en général, avec Mohammed Shabaz.

Di�érents workshops ont été dispensés pendant trois après-midis de cette école d’été. Certains ont été très appréciés des étudiants, comme celui traitant de la prépa-ration des échantillons avec Thierry Rabilloud. Le workshop sur l’identi�cation des protéines avec John Cottrell compre-nait des exercices d’interrogations de bases de données via MASCOT avec des jeux de données brutes, réduits pour permettre la conduite d’exercices dans des temps raison-nables. Ces exercices parfaitement bien ciblés mettaient en exergue l’impact sur les résultats d’identi�cation, des

paramètres à dé�nir avant de lancer une interrogation en fonction de l’instrument utilisé et du but biologique de l’expérience (choix de la taxonomie, tolérance de masse des ions, modi�cations des résidus d’acides aminés…).

Parmi les conférences “recherche”, des travaux remar-quables ont été présentés, notamment les travaux de Sharon Michal en spectrométrie de masse native qui permet la dissection des mécanismes allostériques en fournissant la résolution requise des états de liaison au ligand. L’exemple de GroEL (Escherichia coli chaperon), un anneau double heptamérique contenant 14 sites de liaison de l'ATP, qui est “devenue un paradigme” pour les machines moléculaires a permis d’illustrer les performances de la MS native qui sont applicables à de nombreux autres systèmes coopératifs et allostériques, tels que celui du protéasome. Grâce à la MS native, l’équipe de Sharon Michal a pu étudier les interactions entre NQO1 (NAD(P)H:quinone-oxidore-ductase-1) et le protéasome 20S. Cette étude révèle l’existence d’un double feedback négatif entre NQO1 et le protéasome20S, dans lequel NQO1 empêche l'activité protéolytique du protéasome 20S et où le protéasome 20S dégrade la forme apo de NQO1.

Jens Andersen nous a parlé des protéines du centro-some et du rôle des E3-ligases au cours de la ciliogenèse en présentant des données protéomiques issues d’une approche de type « Protein Correlation Pro�ling » ; et des images de microscopie à �uorescence remarquables.

Bettina Warsheid nous a parlé de protéomique des complexes protéiques mettant en jeu des techniques de puri�cation conservant les interactants (« low a�nity binders ») des complexes ainsi que la « Quantitative A�nity Puri�cation-MS» reposant sur une approche SILAC. Cette dernière technique permet de bien discriminer les protéines d’interaction des complexes des partenaires « bruit de fond » (background partners). Ses résultats sont très informatifs quant à la structure des complexes mitochondriaux par exemple.

Ecole d'été Protéomique 2013Brixen, Italie

Compte-rendu Brixen 2013Sophie CHOCU, Doctorante

Plate-forme Protéomique Biogenouest, IRSET – INSERM U1085, Campus de Beaulieu – Rennes

7th European Summer SchoolADVANCED PROTEOMICS

Deadline for Registration, May 15th 2013For application and further details: www.proteomic-basics.eu

Confirmed Speakers:Blagoy Blagoev (DK)John Cottrell (UK)Jürgen Cox (DE)Petra van Damme (BE)Connie Jimenez (NL)Shabaz Mohammed (UK)Martin Kussmann (CH)Christina Ludwig (CH)Rune Linding (DK)

Matthias Mann (DE)Svante Pääbo (DE)Michal Sharon (IS)Hanno Steen (US)Thierry Rabilloud (FR)Bettina Warscheid (DE)Mike Washburn (US)Forest M. White (US)Roman Zubarev (SE)

Organizers:Bernhard KusterTU Münchenkuster@tum.de

Simone LemeerTU Münchensimone.lemeer@tum.de

Katrin MarcusRuhr-Universität Bochumkatrin.marcus@rub.de

Henning UrlaubMPI für biophysikalische Chemiehenning.urlaub@mpibpc.mpg.de

August 4-10, 2013Kloster NeustiftBrixen/Bressanone, South Tyrol , I ta ly

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Bettina Warsheid nous a parlé de protéomique des complexes protéiques mettant en jeu des techniques de puri�cation conservant les interactants (« low a�nity binders ») des complexes ainsi que la « Quantitative A�nity Puri�cation-MS» reposant sur une approche SILAC. Cette dernière technique permet de bien discriminer les protéines d’interaction des complexes des partenaires « bruit de fond » (background partners). Ses résultats sont très informatifs quant à la structure des complexes mitochondriaux par exemple.

Ecole d'été Protéomique 2013Brixen, Italie (suite)

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La 7eme école de protéomique de Brixen s’est déroulée du 4 au 10 août 2013, dans la province italienne de Bologne. Durant 7 jours, nous avons assisté à une alternance de cours théoriques sur des notions de base dans le domaine de la protéomique, de présentations de thèmes de recherche, ainsi que de workshops et de présentations commerciales.

Cours théoriques

Un des cours théoriques auquels nous avons pu assister est celui de Mohammed Shabaz du laboratoire de Physique et Chimie Théorique de l’Université d’Oxford. Le Dr Shabaz a donné les principes généraux de la spectrométrie de masse et ses possibilités de modularité. Les di�érentes sources d’ionisation, les analyseurs et les di�érents modes de fragmentations ont été passés en revue, des principes et particularités jusqu’à leur utilisation. La partie chromato-graphique liquide a également été traitée, avec des conseils pratiques sur le choix d’une colonne, d’un débit ou d’un gradient. D’autres cours théoriques sur la chromato-graphie, l’identi�cation ainsi que la quanti�cation des protéines, les modi�cations post-traductionnelles ont également été donnés au cours du séjour.

Présentations sur des thèmes de recherche

Christina Ludwig, de l’équipe de Ruedi Aebersold à Zurich, nous a présenté ses travaux de quantitative protéo-mique appliquée à l’étude du protéome de Mycobacterium tuberculosis.

Dans une première partie introductive et théorique, le Dr Ludwig a présenté les di�érentes méthodes de protéo-mique quantitative (SRM, MRM ou SWATH-MS) et donné quelques conseils pratiques sur le choix des peptides des protéines à quanti�er, sur le choix des transitions égale-ment, ou encore de l’énergie de collision à appliquer pour fragmenter les peptides. Dans une seconde partie, le Dr Ludwig a exposé son travail sur le protéome de Mycobacte-rium tuberculosis qui s’inscrit dans un projet collaboratif européen, SystemTb. Par une première étape de « Disco-very MS » et après une étape de fractionnement des protéines, le protéome de la bactérie a été dé�ni, des peptides protéotypiques ont été sélectionnés pour chacune des protéines identi�ées et ont été synthétisés. Des données quantitatives ont été acquises pour chacun des peptides (par SRM) et toutes les protéines de la bactérie ont pu être quanti�ées. Cette présentation a été, à mon sens, très informative sur les méthodes actuelles de protéo-mique quantitative et nous a donné une illustration intéres-sante de son utilisation, avec quelques conseils très pratiques.

« Workshops »

Au cours du séjour, nous avons suivi deux workshops sur des thèmes que nous avions choisi au préalable. Ces works-hops, en petits groupes de quelques personnes seulement, nous ont permi d’échanger avec les intervenants et les autres participants sur des problèmes techniques et des questions pratiques concernant nos propre travaux.

Un des « workshops » auquel j’ai assisté traitait de mobi-lité ionique et était animé par Marc Kipping, de la société Waters.

Le principe de séparation des ions par mobilité ionique nous a été expliqué, ainsi que les di�érents composants d’une cellule de mobilité ionique (avec quelques chi�res utiles sur les temps d’analyse et la résolution atteinte dans une cellule de mobilité ionique). Quelques conseils très pratiques et exemples nous ont également été donnés sur les di�érentes possibilités d’expériences sur l’appareil (fragmentation des peptides en amont ou en aval de la cellule de mobilité ionique, etc… selon le type d’étude à réaliser). De nombreux exemples d’utilisation de la mobi-lité ionique nous ont donné, pour l’analyse de complexes par exemple, ou l’analyse de modi�cations post-traduc-tionnelles via l’utilisation combinée du mode de fragmen-tation ETD et de la mobilité ionique.

Activités

De plus, des activités étaient au programme a�n de permettre aux nombreux participants (80 personnes environ, d’origines très diverses) de faire connaissance et de découvrir la région du Tyrol du sud. Ainsi, une randonnée était prévue dès le deuxième jour, pour les participants et les intervenants, a�n de partir à la découverte des Dolomites, inscrites au patrimoine mondial de l’UNESCO. Plus tard dans la semaine, une activité sportive était au choix des participants, certains se sont essayés au rafting, à l’escalade ou au VTT, tandis que d’autres ont pu faire une visite de la ville de Brixen, accompagnés d’un guide. De plus, une dégustation de vin et un jeu de foot entre encadrants et participants étaient aussi au programme.

Ecole d'été Protéomique 2013Brixen, Italie (suite)

Compte-rendu Brixen 2013Laure Tonini, doctorante

Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale, Toulouse

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Art & Science

The MALDI-TOF mass spectrometer has been used for several years in proteomics. It is based on soft ionization of proteins and peptides using a laser, and was �rst described in the mid 80s by Franz Hillenkamp, Michael Karas and Koichi Tanaka; the latter was awarded by the Nobel Prize in Chemistry in 2002. Today this mass spectrometer allows identi�cation of more than 90 % of bacteria in record time, thus replacing the traditional methods of identi�cation. Indeed, the MALDI-TOF pro�le of bacteria yields a kind of microorganism bar code. This method, origi-nating from traditional proteomics instruments, now stands out as the gold standard for bacterial identi�cation. Today, the Marseille Proteomics Facility uses the same method to iden-tify Filamentous fungi (Ranque et al. Mycoses. (2013) ; L’ollivier C et al. Med Mycol. (2013) ; Normand AC et al. BMC Microbiol. (2013) ; Cassagne C et al PLoS One. (2011). This photo shows some dried samples on a metallic plate used by the MALDI-TOF mass spectrometer; in a few minutes these deposits will become the ‘re�ection’ of the pathogenic fungus.

Photo: Oliver Wong Tong ChungResearcher: Patrick FourquetText: Luc Camoin

The Marseille Proteomic facility MaP; http: // map.univmed.fr/) is supported by IBiSA (Infrastructures Biology Health and Agronomy), Cancéropôle Provence-Alpes-Côte d'Azur, Region of Provence-Alpes-Côte d'Azur, Cancer Research Center of Marseille and Paoli-Cal-mettes Institute).

© Jack Oliver Wong Tong Chung http://wjackoliver.wix.com/jowphotography

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Nos Partenaires

Proteinsimple3040 Oakmead Village Drive Santa Clara, CA 95051 USATél 06 31 51 23 55Courriel : thierry.salomon@proteinsimple.com www.proteinsimple.com

BRUKER 34 rue de l'Industrie 67166 Wissembourg Cedex Tél 03 88 73 68 30 ; Fax 03 88 73 68 79 www.bruker.fr

GE Healthcare Europe GmbHParc Technologique, rue René Razel 91898 Orsay Cedex Tél 01 69 35 67 00 ; Fax 01 69 41 96 77Courriel : orderfr@ge.com www.gelifesciences.com

PROMEGA FRANCE Parc d'activités des Verrières 24 Chemin des Verrières 69260 Charbonnières les Bains Tél 04 37 22 51 03 ; Fax 04 37 22 50 15 Courriel : antoine.giovane@promega.com www.promega.com

THERMO FISHER SCIENTIFIC16 Avenue du Quebec Silic 765 91963 Courtaboeuf Cedex Tél 01 60 92 48 24 ; Fax 01 60 92 48 29 Courriel : jocelyn.dupuy@thermo�sher.com http://www.thermoscienti�c.com

WATERS S. A. S.BP 60878056 St-Quentin-en-Yvelines Cedex Tél 0820 885 885 ; Fax 01 30 48 72 01 Courriel : france@waters.com www.waters.com

Les sociétés commerciales suivantes accordent leur soutien à la SFEAP en souscrivant comme partenaires. Nous les remercions pour leur concours

ABSciexLife Sciences Holdings France SASParc Technopolis - Bâtiment Sigma3 avenue du Canada - 91940 Les UlisTél 01 60 19 86 00; Fax 01 60 19 86 01Courriel: france.orders@absciex.comwww.absciex.com

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SHIMADZU FranceBd Salvador Allende77448 Marne-la-Vallée Cedex 2 Tél 01 60 95 10 10Fax 01 60 06 51 66 www.shimadzu.fr

FRANCE: EURISO-TOP SASParc des Algorithmes , Bât. Homère - Route de l'Orme - 91194 Saint-Aubin CedexTel : 01 69 41 95 96; Fax : 01 69 41 93 52Courriel : eurisotop@eurisotop.com www.eurisotop.com