L’entreprise - ELISOL...A. Jimenez: Master 2 biodiversité des interactions microbiennes et...
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L’entreprise
INFORMATIONSGENERALES
ELISOLenvironnementestunesociétéàresponsabilitélimitéecrééeen2011inscriteauregistreducommercedeNîmes(RCSSiren:530676360).
Noussommesunbureaud’étudespécialisédanslabiologiedusol,unlaboratoired’analysesnématologiquesetuncentrederechercheetdedéveloppement. NOSPRESTATIONS
Caractérisationdel’étatdusoletdesonfonctionnementbiologique! Outildesurveillancedelaqualitédusolbasésurl’analysede
ladiversitéd’organismesmicroscopiquesbio-indicateurs,
caractérisationdelanématofaunedusol! Danscertainscontextes,cesétudespeuventêtrecomplétées
parlesuivid’autresorganismesbio-indicateursinsitu:macrofaune,versdeterre,microorganismes,etdetests
écotoxicologiquessurC.elegansProtectiondescultures:
! Analysesphytonématologiques:détection,identificationmorphologique,quantificationdesnématodesphytoparasites
dusol,desracinesetautressubstratsetkystesdenématodes! Conseilàlamiseenplaceetausuivid’expériences.
Formations en biologie du sol théoriques et pratiques destinés auxprofessionnels(organismeenregistrésouslen°76300392530)
L’EQUIPEETORGANISATIONINTERNE
L’équipeaunniveaudeformationélevéetunensembledecompétencesprofessionnellesadaptéesaudomainededéveloppementdel’entreprise:H.Cérémonie:DocteurenpharmacieetDocteur
enécologiemicrobienne;C. Villenave: Ingénieur Agronome (INA-PG) et
Docteurenproductionsvégétalesetécologiegénérale;
A. Jimenez: Master 2 biodiversité desinteractionsmicrobiennesetparasitaires.
NOSVALEURSLa création d’ELISOL environnement résulte de lavolontéde3scientifiquesd’agirconcrètementdansledomainedudéveloppementdurable,en transmettantles connaissances et valorisant des résultats de larecherchepubliquepermettantdeprendreencomptela qualité des sols pour un aménagement durable duterritoire.
Notrevolontéestdetravailler,danslaconfiance,enmaintenantuneexcellencescientifiquedanstousnosprojets.
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UneentrepriseinnovanteUNEECO-TECHNOLOGIEINNOVANTE
En France, ELISOL environnement est le premier laboratoire à proposer des analyses du fonctionnementbiologique des sols, basées sur l’étude de communautés d’organismes pluri-cellulaires, bio-indicateurs,
présentsdanslesol.
Prixdansdesconcoursdecréationd’entrepriseetd’innovation:2011:LauréatduconcoursCré’Accdanslacatégorie«Créationauféminin»
2012:LauréatduTremplinInnovEcosurlethème«SolsetAlimentation»2012:«Coupdecœur»duJuryduConcoursEntreprise&Environnement
UNEENTREPRISEINNOVANTE
ELISOL environnement a été soutenue depuis sa création par la région Languedoc Roussillon etMontpellier
Agglomérationparlebiaisdeleursstructuresd’accompagnementauxentreprisesinnovantes:• l’incubateurLanguedocRoussillonIncubation(LRI),
• leBusinessInnovationCenter(BIC),• AgroValoMéditerranée.
LasociétéalestatutdeJeuneEntrepriseInnovante;elledéveloppeetamélioresesoffresparunprogrammederecherche&développementinterne.
AGREMENTC.I.R.
ELISOL environnement est agréée par leministère de l’enseignement supérieur et de la recherche commeorganismederechercheprivépourlapériode2016-2018.CetagrémentpermetauxentreprisesnousconfiantdesétudesR&Ddebénéficierd’uneréductiondeleurimpôtsociétéautitreduCréditImpôtRecherche.
NOSPARTENAIRES
ELISOLenvironnementvalorisedes travauxde recherchepubliqueetessaimede l’UnitéMixtedeRecherche
Eco&Sols(IRD,INRA,CIRADetSupAgro)deMontpellier.Elleentretientdesrelationsprivilégiéesavecdeslaboratoiresderecherchesetdesinstitutsderecherche.
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Labioindicationdelaqualitédessols:qu’est-cequelanématofaune?
L’INDICATEUR
Le bioindicateur «nématofaune» correspond à l’ensemble des nématodes du sol. Les nématodes sont desorganismesvermiformesmicroscopiques,del’ordred’1millimètredelongueur.Cetindicateurrépondaux4règlesquidéfinissentunbonindicateur:pertinence,fiabilité,sensibilitéetreproductibilité.ROLEECOLOGIQUEDESNEMATODESDANSLESOL
Leur intérêtentantqueindicateursdel’étatdusolest liéà laprise en compte de la communauté des nématodes dans sonensemble et, également aux caractéristiques intrinsèques decesorganismes:-Ubiquité:ilssontprésentsdanstouslesmilieux,soustouslesclimats,àtoutesleslatitudes;- Abondance : dans un sol ordinaire, il y a souvent plus d’1milliondenématodesparm2-Grandediversitétaxonomiqueetfonctionnellecettediversitépeut être appréhendée par l’identification des 70 famillesmajeures;
- Rôle clé dans la chaîne trophique, en particulier, rôle derégulateursdesmicro-organismes;- Sensibilité aux conditions du milieu et aux perturbationsphysiquesouchimiques.
D’un point de vue fonctionnel, les nématodes peuvent êtredistingués selon leur comportement alimentaire dans le sol.Chacundesgroupestrophiquesreflèteunedesfonctionnalitésdusol:- les nématodes PHYTOPHAGES renseignent sur la nature etl’étatde lacouverturevégétaleet,éventuellement, le risquedepertederendement;- les nématodes microbivores, BACTERIVORES et FONGIVORES,renseignent sur le compartimentmicrobien, la dynamiquede lamatièreorganiqueetlerecyclagedesnutriments;- lesnématodesdeniveaux trophiques supérieurs,OMNIVORESet CARNIVORES, reflètent les perturbations physiques ouchimiquesdumilieu.LESANALYSES
L’analyse nématofaunique est réalisée à partir d’échantillons composites de sol de petite taille: 300 à 500g. Leséchantillons doivent être traités dans les 15 jours qui suivent leur prélèvement car l’analyse nécessite que lesnématodessoientvivants.Aulaboratoire,lesnématodessontextraitsdusolparélutriationavantd’êtredénombréssousloupebinoculaire.Ilssontidentifiés(familleset/ougenres)parmicroscopieoptique.Ceprocessuspermetd’obteniruntableaud’abondancedesdifférentstaxonsdenématodesservantdebasepourlediagnostic.Surlabasedelacompositionetdel’abondancedelanématofaunedusol,desindicessontcalculés:- SI:IndicedeStructurequireflètelastabilitédumilieu,plusilestélevémoinslemilieuestperturbé.- EI:Indiced’Enrichissementquidonneuneindicationsurladynamiquedesélémentsnutritifs.- Troisautres indices, leMI (IndicedeMaturité), lePPI (IndicedesnématodesPhytoPhages)et le IVD (Indicedes
VoiesdeDécompositionde lamatièreorganique) sontégalementutiliséspourdéterminer l’effetdedifférentesperturbations/stress/pratiquessurlesol.
Chaquesolestdonccaractérisépar lesabondancesdesdifférentsgroupes fonctionnelsdenématodesetpardesindicesnématofauniques.
Bacterivores+
Fongivores+ Omnivores+
Carnivores+
Dynamique*de*la*ma-ère*organique*Recyclage*des*nutriments*
Perturba-ons*physiques*ou*chimiques*(pollu-ons)*
Phytophages+obligatoires+
Phytophages+faculta:fs+
Couverture*végétale*(perte*de)*Produc-on*
primaire*
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Labioindicationdelaqualitédessols:pourquoilanématofaune?
APPROCHEUNIQUEENFRANCE
L’approche développée par ELISOL environnement estbaséesurl’analysedelanématofaunedusol(communauté
des nématodes). La méthode est normalisée (NF ISO23611-4:Qualitédusol).
Ces études reposent sur une expertise taxonomique etscientifiquepossédéeexclusivement,enFrance,parELISOL
environnement, valorisant plus de 15 ans de travaux derecherche.
CONTEXTESD’UTILISATION
Lanématofauneestunoutild’évaluationdelaqualitédusolinsituquipeutêtrecomparéauxbioindicateursutilisés
pour la surveillance de la qualité de l’air (lichens) et del’eau(macro-invertébrés).
Cebioindicateurestunoutildesurveillance/suivietd’aideà la décision dans des contextes de protection,
restauration,conservationdessols.
AVANTAGES
! Seul bioindicateur de la qualité du sol actuellement du commercialisé en France, expliquant lefonctionnementbiologiquedusolparl'analysedesabiodiversité.
! OpérationneletfacilementappropriableparlesgestionnairesdesitesL’échantillonnage peut se faire toute l’année; le printemps et l’automne sont cependant les périodes les plus
favorables. L’analysede lanématofaunedu sol requièreune faiblequantitéde sol (300à500g)paréchantillon. Leprélèvementestsimple,rapideetpeutêtreréalisésurtouttypedesols.
! DétectiondeperturbationphysiqueetchimiqueLesanalysesdelanématofauneapportentunéclairagedifférentetcomplémentairedesmesuresphysico-chimiques
courammentpratiquées.
! Référentield’interprétation
Uneanalysedelanématofaunedusolpeutêtreutiliséepourcaractériserlefonctionnementbiologiquedusolsurunsite en utilisant le référentiel issu des études existantes (référentiel ELIPTO©) et implémenté en continu par les
résultatsdenouvellesétudes.Cesétudesdebio-indicationatteignentleurpleinpotentiellorsque:
(1) différentes modalités sont comparées simultanément dans un même contexte pédo-climatique: étudesynchronique(ex:solàsurveillerversussoltémoin),
(2)unesituationestétudiéeàplusieursdatessuccessivespourévaluersonévolution:étudediachronique.
Approche synchronique
Comparaison simultanée de différentes situations
2012 2013 2014
Approche diachronique
Comparaison à plusieurs dates de la même situation
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Bioindication:applicationàuneproblématiqueagricole
Objectifdel’étude:L’objectifdecetteétudeestdecomparer,pardesmesuresqualitativesetquantitatives,l’impactdemodedecultureetl’influencedesvariétés,surlefonctionnementbioloqiquedusolsousverger.Descriptiondel’étude:LedispositifagricoleétudiéestunvergerdepommiersdelavalléeduRhône(stationINRA)cultivédepuis 5 ans selon troismodesde conduite: RAISONNEE (R: agriculture raisonnée+ fertilisationminérale),BIOLOGIQUE (B: produits phytosanitaires biologiques + amendement organique) et ECONOME (E: faibles intrantsphytosanitaires+fertilisationminérale).Deplus,deuxvariétéssontprésentessurl’essai:lavariétéSmootheequiestsensibleà laTavelure (maladie importantedespommiers)et lavariétéAriane,beaucoupmoins sensible; la variétéSmootheenécessiteplusdetraitementsphytosanitairespourgarantiruneproductiondequalité.
LesRésultatsde l’étude:EnconduiteRAISONNEE,plusd’élémentsnutritifssontdisponiblesdans lesolqu’avec lesdeuxautresconduites(cf Indiced’EnrichissementEI).LaconduiteECONOMEpermetquantàelle ledéveloppementd’unemicro-chaînetrophiquepluscomplexeetlongue(solplusstable)queles2autresconduites(IndicedeStructureSI)(figure1).
Lanématofaunerévèledesrépercussionsnégatives,mesurablessurlaviedusolselonlaconduitedevergerassociéeà la variété Smothee: réduction de l’abondance des micro-régulateurs et augmentation des bio-agresseurs.L’utilisationaccruedepesticides,avec lavariétéSmootheesensibleà latavelure, induiteneffetplusdenématodesphytoparasitesetmoinsdenématodes libres (saufenconduite raisonnée)que lavariétéArianecomme l’illustre lafigure2.
Figure2:Abondance(individuspour100gdesolsec)desnématodesphytoparasitesdusoletdesnématodeslibres
(c’estàdirelesnématodesbactérivores,fongivores,omnivores&carnivores)
Bilandel’étude:L’indicateur«Nématofaune»(l’abondancedesdifférentsgroupesdenématodes,etdesindicesnématofauniques(EIetduSI)permetdequantifierleseffetsdesdifférentstypesdeconduites(raisonnée,biologique,économe)dansunverger,ainsiquelesconduitesliéesauxvariétésdepommiers,surlefonctionnementbiologiquedusol.Ainsi,cetindicateurpeutservird’outild’aideàladécisionlorsdel’évaluationdepratiquesagricoles.
Villenave,C,2012.Analysedelanématofaunecommebio-indicateurdel’étatdusol.RapportfinalduProjetBio-indicateurADEME.
25# 50# 75#
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Raisonnée""""""""""""""""""Biologique""""""""""""""""""Econome"
Phytoparasites,
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500"
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Ariane" Smoothee" Ariane" Smoothee" Ariane" Smoothee"
Raisonnée""""""""""""""""""Biologique""""""""""""""""""Econome"
Bactérivores,-fongivores,-omnivores-&-carnivores-
Figure 1 : Indice d’Enrichissement (EI) et Indice de Structure (SI)
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Bioindication:applicationàuneproblématiquedeterrainscontaminés
Objectifde l’étude:Cetteétudeavaitpourobjectifde tester la sensibilitéde lanématofaunedusol,au regardduniveaudecontaminationsurunsitemulti-contaminé(contaminationsmétalliques).
Descriptifdel’étude:L’étudeaétéconduitedanslazonedecontaminationd’uneancienneusinemétallurgiquedontlesretombéesdepoussièresontengendréunecontaminationessentiellementpluri-métalliquedessolssurplusieurskilomètresalentours.
Résultats:Quatrebois(plantationsplurispécifiques)situésàdesdistancescroissantesdelasourcedecontaminationont été étudiés (1) bois fortement contaminé (principaux polluants: [Pb]= 2 500 ppm - [Cd]= 35 ppm), (2) boismoyennementcontaminé([Pb]=725ppm-[Cd]=13ppm),(3)boisfaiblementcontaminé([Pb]=325ppm-[Cd]=5ppm) et (4) bois témoin ([Pb]= 50 ppm - [Cd]= 1 ppm). Dans chacune de ces 4 situations, la nématofaune a étéétudiéedans4échantillonscompositesdesol.Commel’illustrelafigure2,l’analysedel’abondancedestroisgrandstypesdenématodesdusolmontreque:- l’abondancedetouslestypesdenématodesdiminuedemanièregraduellelorsquelaconcentrationaugmente- les nématodes omnivores et carnivores, qui sont des organismes connus pour leur sensibilité aux polluants, sontprésentsàdesdensitéstrèsfaiblespourlestroissitescontaminésparrapportausitetémoin.
Figure2:Abondance(individuspour100gdesolsec)destroisgrandstypesdenématodesdusol
L’IndicedeStructure (SI)permetdedistinguer lebois témoindesboiscontaminés (figure3).Eneffet,leSIestplusélevépourleboistémoinquelesboiscontaminés.Cetindice,calculéentenantcomptedel’abondancerelativedesdifférentes guildes fonctionnelles de nématodes, indique que le bois témoin présente une communauté denématodespluscomplexeoùdestaxonsfragilessontprésents.
Figure3:IndicedeStructure(SI)
Bilandel’étudedecas«Sitecontaminé»:L’indicateur «Nématofaune» est pertinent pour l’évaluation de l’état du sol dans le contexte des terrainscontaminés:l’analysesimultanéedel’abondancedesdifférentsgroupesdenématodesetduSIpermetdemettreenévidence une dégradation de l’état biologique du sol lorsque la contamination métallique augmente; cettedégradationestgraduelleseulementpourcertainsparamètres.
Villenave,C,2012.Analysedelanématofaunecommebio-indicateurdel’étatdusol.RapportfinalduProjetBio-indicateurADEME.
0
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1600
témoin C. faible C. moyenne C. forte
Phytophages
0
200
400
600
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témoin C. faible C. moyenne C. forte
Microbivores (bactérivores et fongivores)
0
50
100
150
200
250
témoin C. faible C. moyenne C. forte
Omnivores et carnivores
0" 50" 100"
SI# max"
Stabilité""du"milieu" ++"
Témoin"Sites"contaminés"
A gauche: Illustration dugradient de contaminationautourdel’ancienneusineA droite: végétation boiséeprésente sur les sitesd’études
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Exempled’unefichederenduderésultatd’uneanalysedelanématofaunedusolpourunsiteagricole
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ELIPTO:unebasededonnéedédiéeauxnématodesdusol
INFORMATIONSGENERALESELIPTO© est le premier Système d’Information Environnemental(SIE)permettantdestocker,traiter,communiquerdesanalysesdela nématofaune du sol. Cette application, dont l’intégralité desfonctionnalités est accessible via internet, est protégée enprotection intellectuelle à l’Agence pour la Protection desProgrammessouslen°I.D.D.N.:
IDDN.FR.001.150001.000.S.P.2015.000.10.0300L’architecture de l'application est une architecture multicouches:MVC -Model ViewControl qui offre un degré élevé de flexibilitépour développer et exploiter l'application. Le serveur de base dedonnéesutiliséest:PostgresSQL.
UNEBASEDEDONNEESELISOLenvironnementadéveloppé,avecELIPTO,unebasededonnéesuniqued’analysesdelanématofaunedessols,àvocationbio-indicationetàvocationphytoprotection,quiapourobjectifdecentraliserl’ensembledesdonnéesdelalittératureainsiquedesanalysespropresdelasociété.Cettebasededonnées thématiqued’analysesnématofauniquesestcomplétéedes données concernant le contexte et l’environnementassociésàchacunesdesanalysesbiologique: localisation, le climat,la physico-chimie du sol (physico-chimie classique et polluants),l’occupationdusol,lemoded’usagedessols,lespratiquesagricoles,l’historiquedusite,etc.
DESREFERENTIELSD’INTERPRETATIONCette base permet de stocker les données de caractérisation de lanématofaunedessols (taxonomique, fonctionnelle)maiségalementde générer des référentiels d’interprétation des analysesnématofauniques selon le contexte (exemple: parcelles agricoles;sitesindustriels;espacesnaturels…)etselonlescultures/pratiques.L’utilisation de ces référentiels «sur mesure» apportent de larobustesse aux conclusions des analyses nématofauniquesnouvellement réalisées et constitue un élément central dansl’améliorationdelapertinencedesanalysesnématologiques.UNEXEMPLEDESORTIEActuellementlabasededonnéecontientplusde6000analysesenvironnées,provenantde20pays.Elleestencoreendéveloppementdans le cadreduprojetDANE (2016-2018),projetaccompagnépar leProgrammed’Investissementd’Avenir,initiativePME:EauetBiodiversité.
LaversionV1.0del’applicationELIPTOaétédéveloppéegrâceàl’aidedelarégionLanguedoc-Roussillon
Exemplede carte issuedeELIPTOmontrantla localisation des analyses disponibles danslabasepourlarequêteréalisée.Lesnombresaffichés correspondent aux analysesdisponibles regroupés selon un découpagegéographiqueadaptéàl’affichage.
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NosprestationsenphytonématologieSPECIALISTEenNEMATOLOGIE
ELISOLréalisedesanalysesphytonématologiques.Plusieurstypesd’analysesphytonématologiquessontproposéesenfonction:
! dumatérielàanalyser:sol,racines,bulbes,solutionsaqueuses,partiesaériennes,graines,
! dubesoin:détection,quantification,! ducontexted’étude:étatdeslieux,aideaudiagnostic,
expérimentation,! desnématodesphytoparasitessuivisourecherchés:
touslesphytoparasites,genred’intérêt,espèced’intérêt,
! dustadededéveloppementdunématode:vermifome,kyste
Il n’existe donc pas une analyse phytonématologiquemais des analyses phytonématologiques, ni uneméthodemaisdesméthodesd’extraction/d’Identification/dequantificationdesnématodes.En préalable à toute analyse, les conditions de prélèvement, de conditionnement et d’envoi des échantillons(documentsELISOLMOE),spécifiqueàvotredemandepeuvent:
• vousêtreenvoyéesparemailsursimpledemande• êtretéléchargéesàpartirdusiteinternetwww.elisol.fr
DESEQUIPEMENTSADAPTESELISOL environnement réalise ses analyses dans un laboratoirespécialisé en nématologie et a la possibilité de traiter leséchantillons le nécessitant dans un laboratoire agrée L2 quiautoriselamanipulation:
• Desorganismesdequarantaine• Des sols provenant de tout pays du monde (horsCEE) après demande auprès des servicesconcernés***.
De plus, un accès à une serre S2 permet de réaliser desexpériencessurdesplantesenpot.
Criconematidae
Pratylenchussp
***Sivoussouhaiteznousconfierl’analysed’échantillonsayantuneprovenancehorsCEE,nousvousferronsparvenirunformulaireàremplirpourobtenirlaLOA(lettreofficielled’autorisation)delaDRAAFOCCITANIEnécessairepourimporterceséchantillons.
Photo A. Jimenez ©
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Lesanalysesproposéesenroutine
Lesanalysessontbaséessurune identificationmorphologiquedesnématodespréalablementextraitsd’échantillonsdesoloudesubstratvégétalselonlesméthodesofficielles:MOA12,MO13AetB(Ditylenchusdipsacietdestructor),etModesopératoiresinternes.
ANALYSESMORPHOLOGIQUESAnalyses Références Substrats Descriptif
Phy-S Sol
Phy-V RacineTousles
nématodesphytoparasitesvermiformes
Phy-LEaux,
Nématodesextraits
Une analyse consiste en laquantification de tous les nématodesphytoparasites présents. Exemple:Helicotylenchus spp, Hemicycliophoraspp, Heterodera spp, Longidorus spp,Meloidogyne spp, Paratylenchus spp,Pratylenchus spp, Rotylenchus spp,Trichodorus psp, Tylenchorhynchus spp,Xiphinemapsp,etc….
G-S SolAnalysecentrée
sur1genre G-V
Racine/Partiesaériennes
Il est possible de ne quantifier qu’ungenre particulier que vous nous aurezindiqué
E-S Sol
E-V Racine
Une analyse consiste en laquantificationd’uneespèceparticulièrequevousnousaurezindiqué.Nousvousencourageons à nous contacterdirectement afin que nous puissionsvous précisez, au cours d’uneconversationtéléphonique,cequenouspouvonsréaliser.
Xi-S Sol
Une analyse consiste en laquantificationdeXiphinema(nématodevecteurduvirusducourtnouéenvigne)auniveaudel’espèce
Analysecentréesur1espèce
Di-VBulbe/Graine/Parties
aériennesUneanalyseconsisteenlaDétectiondeDitylenchusdipsaci
Kystesdenématodes
Ky-S Sol
Uneanalyseconsiste,selonlademande,en la quantification des kystes denématodes au niveau du genreGloboderaspouHeteroderasp
Casparticulier:XiphinemaLarecherchedesnématodesappartenantaugenreXiphinemaenvigne,enraisondelaparticularitédecenématode(vieenprofondeur,fragilité,grandetaille)nepeutêtreréaliséesimultanémentàcelledesautresnématodesetdoitfairel’objetd’uneanalyseparticulière.CasdesespècesdeMeloidogyne:L'identification au niveau de l’espèce des nématodes appartenant au genreMeloidogynene peut être réalisée paridentification morphologique, une analyse moléculaire peut être réalisée pour détecter certaines espèces deMeloidogyne;nouspouvonsmettreenplacecesanalysesmoléculaires(détectionparPCRquantitative)surdemande.
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EvaluationdeseffetsdesubstancesactivessurlesnématodesphytoparasitesCONTEXTESpécialiste en nématologie, ELISOL environnement a développé des outils adaptés aux différentes étapes dudéveloppementdeproduitsnématicides(dulaboratoireauchamp)destinésauxacteursdelaprotectiondescultures.ELISOLenvironnementpeutvousaccompagnerdanslescontextessuivants:• Identificationdenouvellesmoléculesouextraitsactifssurnématodesphytoparasites,• Extensiond’usaged’unproduitexistant.
NOSOFFRES
Détectiondesubstances(extraits,molécule,produit..)activesTest de criblage CRI: Détermination de l’effet nématicide et/ounématostatique sur les nématodes phytoparasites au moyen d’un testmoyendébitpermettantdetesterunnombreimportantdeproduitsavecuneréponsedetypeoui/non.IdentificationdesdosesactivesTest DL50: Quantification des taux de mortalité en fonction de laconcentrationpourunproduitnématicideTestQI:Quantificationdestauxd’immobilisationetderéversibilitédelamobilitéenfonctiondesconcentrationspourunproduitnématostatique
TestsenserreEssaiEP:Quantificationdel’effetprotecteurdesproduitspré-testés en microcosmes de sol sur plantes en serre: modèleMeloidogynejavanica/tomateTestauchamp:suiviquantitatifd’essaienconditionsréellesAnalyse Phy-G: Suivi quantitatif d’un genre ciblé denématodephytoparasitedansunessaiconduitauchampAnalyse Phy-S: Suivi quantitatif de la communauté desnématodesphytoparasitesdansunessaiconduitauchamp LESNEMATODESMODELES:Lestestspeuventêtreutilisésavec lenématodeàgallesMeloidogyne javanica,nématodemultipliéenélevageparELISOLenvironnement,ousur lesnématodesàkystesHeteroderaschachtii (nématodeparasitede labetterave)etHeleroderacarotae(nématodeparasitedelacarotte).Les tests de criblage peuvent être réalisés sur les juvéniles (forme infestante) des trois modèles de nématodesphytoparasitesetsurlesœufsdeM.javanica.LestestsensolsontréalisésavecunsolderéférencechoisipasELISOLenvironnement.Contacteznoussivousêtesintéresséspardestestsutilisantd’autresnématodesphytoparasites.AGREMENTCREDITIMPOTRECHERCHE(CIR)ELISOLenvironnementestagrééeparleministèredel'enseignementsupérieuretdelarecherchecommeorganismede recherche privé. Cet agrément permet, dans lamesure où l'étude réalisée entre dans un programme R&D, debénéficierd’uneréductiondel'impôtsociétéautitreduCréditImpôtRecherche.
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Deslocauxadaptésetdesméthodesreconnues
LOCAUX
ELISOL environnement, après avoir été hébergé pendant trois ans sur le Campus de La Gaillarde de MontpellierSupAgro,acréésonproprelaboratoire,àCongéniesdansleGard.
Les échantillons sont réceptionnés aulaboratoire;lesnématodessontextraitsdusolparélutriation(photodegauche:éutriateurd’Oostenbrink).Les nématodes sont ensuite dénombrésetidentifiés. Les analyses sont réalisées dans unlaboratoire spécialisé en nématologieet, si nécessaire dans un laboratoire
confinédetypeL2permettantdetraiter:(1)deséchantillonsdesolcontenantpotentiellementdesnématodesdequarantaine,(2)deséchantillonsdesolsayantuneprovenanceextra-européenne.
METHODES
! NormeNFISO:23611-4(2008)«Qualitédusol—Prélèvement des invertébrés du sol— Partie 4:Collection, extraction et identification desnématodesdusol».
! Méthode officielle MOA012 «Extraction,détection et identification morphobiométriquedes nématodes phytoparasites» définie par lelaboratoirederéférenceANSES-LSVduRheu.
! Méthodes officielles spécifiques MO13 A:Détection du genre Ditylenchus sur sols,substrats et organes végétaux et MO13BIdentification morphométrique de DitylenchusdipsacietD.destructor.
MANAGEMENTDELAQUALITE
Nousavonschoisidenousdoterd’unSystèmedeManagementdelaQualitésolideetefficace.Dans cebut, ELISOLenvironnement a adoptédès2012un fonctionnementenadéquationavec lanorme ISO9001(systèmedemanagementdelaqualité)enmettantlarelationclientaucœurdesespréoccupations.Cemanagementpermet le suivi et l’amélioration des services et desperformances. VoiciquelquesprincipesdefonctionnementpréconisédanslanormeISO9001:2008quinoustiennentàcœur:
! l’orientationclientdusystèmedemanagement,
! uneorganisationselonuneapprocheprocessus,
! l’améliorationcontinuequidoitêtreunobjectifquotidien.
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DO%CHECK%
ACT%Améliora4on%con4nue%
Sciences au Sud - Le journal de l’IRD - n° 60 - juin/juillet/août 2011
11
Sciences au Sud : Le lancement de
CaniLeish vient couronner de nom-
breuses années de recherche et
développement. Quelles en ont été
les grandes étapes ?
Christian Karst : Ce projet lancé au
début des années 90 par l’Orstom,
devenu l’IRD, a fait l’objet d’une pre-
mière licence de brevet acquise par
l’entreprise BVT (Bio Veto Test). Un pre-
mier vaccin à une échelle pré-indus-
trielle est alors produit et fait l’objet
d’études. Les résultats convaincants
conduisent le groupe Virbac à racheter
cette jeune entreprise et son porte-
feuille de projets. Alors que nous pen-
sions qu’un vaccin était proche de
l’exploitation, nous avons dû faire face
à l’époque à un retour négatif des
autorités réglementaires, non pas en
terme d’efficacité du produit mais sur
la partie qui en décrivait la fabrication
et les méthodes de contrôle... Il faut
savoir qu’il n’y a pas de vaccin antipa-
rasitaire en médecine humaine et très
peu en médecine vétérinaire…
Nous avons dû alors redéfinir le projet
et refaire l’intégralité de son dévelop-
pement. Au final, ce projet représente
un peu l’ascension de l’Annapurna par
la face nord !
SAS : Quelles sont les perspectives
économiques ?
C. K. : C’est le programme le plus
ambitieux, le plus couteux et le plusV
alorisatio
n
I n t e r v i e w d e C h r i s t i a n K a r s t
Di recteur déve loppement de V i rbac
Lancement d’un vaccin
contre la Leishmaniose canine
ELISOL environnement
Créée en mars 2011, une SARL
valorise les travaux réalisés
à l’IRD sur certains organismes
microscopiques du sol qui
composent la nématofaune du sol.
Calculer des indices d’état de santé des
sols à partir de petits vers qui y vivent
pour proposer aux entreprises des
diagnostics dans ce domaine. L’idée,
directement issue des recherches
menées par l’UMR Eco & Sols, est à la
base d’Elisol environnement, société de
conseil et de services née cette année.
Convaincues d’un marché potentiel
dans ce domaine, trois scientifiques1 se
sont lancées dans l’aventure de la créa-
tion d’entreprise sur leurs fonds
propres. « Le déclic s’est fait lorsque
Hélène Cérémonie cherchait en vain un
laboratoire capable de pratiquer des
analyses afin de valider sa technique de
désinfection des organismes nuisibles
du sol par l’électricité », confie Cécile
Villenave, ex-chercheuse de l’IRD et res-
ponsable scientifique de la jeune
société. « Les analyses pratiquées
mesurent l’abondance et la diversité de
ces vers appelés nématodes, qu’ils
soient parasites de plantes ou inter-
viennent à d’autres niveaux de la
chaîne alimentaire2 », explique-t-elle.
L’étude de cette communauté reflète
donc bien plus que la diversité au sein
des nématodes, elle renseigne sur cer-
taines capacités fonctionnelles du sol,
paramètres incontournables pour éta-
blir les diagnostics attendus.
Ceux-ci s’adressent potentiellement à
trois types de clients. D’une part,
l’aspect phytoprotection intéresse les
filières agricoles, les interprofessions
agricoles et les agriculteurs eux-
mêmes. D’autre part, les indicateurs
biologiques de qualité du sol s’adres-
sent aux bureaux d’étude et aux entre-
prises qui doivent évaluer l’impact
d’activités industrielles ou l’effet de
stratégies de réhabilitation sur des éco-
systèmes. Enfin, agriculteurs et scienti-
fiques engagés dans l’intensification
écologique ou l’agriculture de conser-
vation, pratiques qui tirent parti des
propriétés biologiques des agro-
systèmes, sont également preneurs.
« Le projet mené avec l’Agence de l’En-
vironnement et de la Maîtrise de l’Ener-
gie sur les bio-indicateurs de la qualité
des sols a permis de valider l’approche
basée sur l’analyse de la nématofaune
sur une grande diversité de sites agri-
coles et de sites pollués », livre Cécile
Villenave.
Hébergée à l’UMR Eco & Sols dans le
cadre d’une convention avec Montpel-
lier SupAgro, Elisol bénéficie égale-
ment des services de Languedoc
Roussillon Incubation. « Cet accompa-
gnement de 18 mois nous permettra de
réaliser une étude de marché pour les
bio-indicateurs afin d’affiner notre posi-
tionnement sur le marché français »,
poursuit cette dernière. L’Inra, l’Institut
de radioprotection et de sûreté
nucléaire ou encore Arvalis - Institut du
végétal, sont leurs premiers clients. Par
ailleurs, une perspective se fait jour, un
projet de maturation avec la Direction
de la Valorisation au Sud de l’IRD afin
de mesurer la faisabilité technico-
économique du même créneau d’acti-
vités au Sénégal.
La prise de conscience de la place des
sols dans les écosystèmes est aujour-
d'hui grandissante. Cette probléma-
tique déborde du milieu de la
Recherche vers celui du développe-
ment durable. « Nos indicateurs pour-
raient à moyen ou long terme
intéresser des collectivités locales et
même servir de socle à des
réglementations environnementales »,
conclut Cécile Villenave. �
1. Hélène Cérémonie, Doctorat ; Anne Jime-
nez, Master Recherche ; Cécile Villenave,
Doctorat, HDR.
2. Nématodes bactérivores, fongivores,
omnivores et prédateurs de nématodes
ou d’autres organismes microscopiques.
toujours situé au même endroit dans la
protéine. » Cet épitope est reconnu par
le sérum des patients ou animaux infec-
tés. Fabriqué par synthèse biochimique2,
celui-ci est la base d’un test sérologique
que les chercheurs ont évalué comme
nouvel outil de dépistage des formes
humaine et animale de la maladie. Dans
le cas de la forme humaine, ce test per-
mettrait également de déterminer dans
quelle phase de la maladie se trouve le
patient. À la phase sanguine succède
une phase neurologique mortelle dont le
diagnostic et le traitement sont lourds.
Ce test sérologique sera donc précieux
pour les Programmes Nationaux de Lutte
contre cette maladie.
Deux partenaires industriels sont pres-
sentis pour la validation en laboratoire
certifié. « Les kits pilotes seront au point
d’ici 6 mois à un an pour être confrontés
aux standards actuels lors des cam-
pagnes de dépistage sous l’égide de
l’OMS », ajoute Philippe Holzmuller.
Parallèlement, d’autres chercheurs de
cette unité de recherche3 ont identifié un
gène impliqué dans la tolérance aux
infections par les trypanosomes chez
certaines races de bovins ouest-africains
(N’Dama).
Ce gène code pour une molécule qui
agit contre certaines protéines majeures
produites par les trypanosomes. Présente
en plus forte quantité chez les animaux
Deux brevets apportent un
espoir en matière de
diagnostic et de traitement
des trypanosomoses
africaines humaine et
animale.
L es différentes espèces du genre
Trypanosoma qui sévissent en
Afrique subsaharienne sont la
cause chez les humains de plus de
10 000 cas par an de maladie du som-
meil (Trypanosomiase Humaine Afri-
caine) et déciment 3 millions de têtes
de bétail (TAA). Les compétences de l’UMR
InterTryp acquises tant sur le parasite
que sur leurs hôtes. ont conduit à la prise
de deux brevets.
Le trypanosome est recouvert d’un man-
teau dont la composition a la propriété
de varier1 ce qui lui confère la capacité
d’échapper au système immunitaire de
l’hôte. « Nous avons découvert un épi-
tope particulier dans la séquence de ces
protéines, raconte Philippe Holzmuller.
Cet enchaînement d’acides aminés est
commun à tous les variants connus et
Les technos de l’IRD… Les technos de l’IRD… Les technos de l’IRD…
Dépistage de la Trypanosomiase
humaine africaine sur le terrain au Cameroun.
© V
irbac
© IR
D /
P. G
réba
ut
A l’occasion de la commercialisation du vaccin contre la
Leishmaniose canine, CaniLeish, Christian Karst, directeur du
développement au sein du groupe Virbac, rappelle l’histoire
scientifique et industrielle de ce projet qui s’appuie sur un
partenariat entre l’IRD et cette entreprise.
long que Virbac ait mené. Les perspec-
tives demeurent difficiles à cerner avec
précision car c’est un produit innovant
et inhabituel puisqu’il s’administre en
primo vaccination à raison de trois
injections donc trois visites chez le
vétérinaire.
Le chiffre d’affaires estimé est autour
de 25 millions d’euros de potentiel de
vente à 3 ans. Nous venons de le
commercialiser au Portugal, et bientôt
dans les pays du sud de l’Europe
avec la France, l’Italie, l’Espagne et la
Grèce. Viendront ensuite le Maghreb,
certains pays d’Amérique du Sud voire
l’Inde.
SAS : Ce vaccin pourrait–il débou-
cher sur un vaccin humain ?
C. K. : Le programme CaniLeish a per-
mis de capitaliser un certain nombre
d’acquis qui seront utiles quel que
soit le chemin choisi en médecine
Deux brevets autour de la maladie du sommeil
tolérants, elle permettrait de s’opposer
aux effets les plus délétères de la mala-
die. « Isolée puis testée in vitro sur des
parasites et des cellules immunitaires de
l’hôte, cette molécule augmente la mor-
talité parasitaire de 50 % et atténue les
réactions inflammatoires induites lors de
la maladie », rapporte David Berthier. Et
son action ne semble pas se limiter aux
seuls trypanosomes ! « D’autres essais
montrent qu’elle agit également sur
certains agents des leishmanioses »,
ajoute-t-il.
Un brevet, en copropriété Cirad/IRD, a
été déposé en 2010 pour l’utilisation de
cette molécule en traitement curatif et
préventif des atteintes animales mais
également comme test pronostic4 de la
trypanotolérance bovine. Des tests in
vivo vont être menés. Des industriels s’in-
téressent déjà au développement et à la
commercialisation de ce nouveau traite-
ment. Rendez-vous dans 1 an… �
1. On parle de variants antigéniques.
2. Brevet en copropriété Cirad / IRD / univer-
sité de Bordeaux II.
3. En partenariat avec le Centre International
de Recherche Développement En zones Sub-
humides, Bobo-Dioulasso (Burkina-Faso).
4. Le diagnostic est la démarche menant à
l’identification de la cause d’une maladie
tandis que le pronostic est la prédiction par
le médecin (ou le vétérinaire) de l’évolution
de la maladie.
UMR InterTryp (IRD, CIRAD)
humaine. D’une part en termes de
culture industrielle et de procédés de
contrôle. D’autre part, un deuxième
type d’acquis correspond aux outils
de mesure de la réponse immunitaire
et de la protection. D’ailleurs nous
participons au côté de l’IRD et d’autres
partenaires au programme européen
Rapsodi qui vise à la création de candi-
dats-vaccins.
SAS : Quel bilan faites vous du par-
tenariat ave L’IRD ?
C. K. : Avec l’IRD, le partenariat s’est
poursuivi dans de très bonnes condi-
tions tant sur le plan technique qu’hu-
main entre nos équipes et Gérard
Papierok, et celle menée par le cher-
cheur de l’IRD Jean-Loup Lemesre et ce
malgré les difficultés inhérentes à ce
type de projet. D’ailleurs, nous venons
de conclure avec la direction de la valo-
risation au sud de l’IRD, un nouvel
accord-cadre « programme affilié »
pour 3 ans, distinct de celui sur la
Leishmaniose, dans lequel nous pour-
rons être informés d’un ensemble de
travaux menés par les équipes de
recherche de l’institut. Nous espérons
que cela débouchera sur d’autres colla-
borations. �
>
23 septembre 2011
9:8;<© Green News Techno
Il existe aujourd’hui très peu d’experts en France étudiant les nématodes, des vers mi-croscopiques présents par millions dans les sols. Or, cette connaissance s’avère indispen-sable pour évaluer le fonctionnement biolo-gique des sols et certains risques de dégâts pour les cultures, mais pourrait être utilisé comme un outil de bioindication très perti-nent pour le suivi des sols pollués ou en ré-habilitation. D’où l’idée de trois scientifiques, dont Cécile Villenave, ex-chercheuse de l’IRD (UMR Eco & Sols à Montpellier) et experte reconnue de ce domaine, de créer en mars dernier une société consacrée à ce sujet. Il s’agit d’offrir un service de caractérisation des nématodes présents dans le sol permet-tant d’en déduire des informations sur l’état du sol. Concrètement, Elisol Environnement est capable de dénombrer les nématodes, mais aussi de déterminer leurs groupes tro-phiques : bactérivores, fongivores, carnivo-res, omnivores ou phytophages etc. L’intérêt de l’étude de la diversité trophique est ainsi d’avoir une vision globale de la micro-chaîne trophique du sol (s’il n’y a pas de fongivores, c’est qu’il n’y a pas de champignons...) et donc des informations sur les voies de dé-gradation de la matière organique, c’est-à-dire des capacités fonctionnelles du sol. Si on trouve beaucoup de nématodes et une grande diversité, on peut en déduire un bon état du sol. En revanche, l’émergence d’un déséquilibre n’est pas bon signe, puisque par exemple, cela peut être le reflet d’une crois-sance des nématodes directement parasites des végétaux pouvant causer des ravages aux cultures ou de micro-organismes patho-gènes. On comprend ainsi que cette analyse
de la nématofaune est directement utile au suivi agronomique, permettant de mesurer l’impact de certaines pratiques agricoles (ab-sence du travail du sol ou labour par exem-ple). Pour l’agriculture biologique, soucieuse de ne pas avoir recours à des produits phy-tosanitaires, cette expertise est d’autant plus intéressante. Cela dit, Elisol Environnement compte ferme-ment mettre à profit cette expertise de façon plus novatrice pour le marché des sites et sols pollués. Depuis plusieurs années, Cécile Villenave travaille sur la validation de l’utili-sation des nématodes comme bioindicateurs de l’état des sols. « Les nématodes carnivores et omnivores sont par exemple très sensibles aux perturbations physiques ou chimiques du sol. Leur disparition ou affaiblissement est directement le signe d’une perturbation », explique Hélène Cérémonie, l’une des co-fondatrices de l’entreprise. Après une pre-mière étape d’un projet Ademe, les némato-des avaient ainsi été retenus comme un bon bioindicateur potentiel et alors que la deuxiè-me phase de validation se termine, ces vers microscopiques se détachent par leur intérêt. Non seulement, on peut avoir une indication sur le niveau de pollution, mais l’analyse de la nématofaune globale renseigne au-delà de leur propre communauté (sur les bactéries, les champignons, etc.). « Le suivi de la den-sité des lombriciens ou celui d’une bactérie ayant une fonction donnée ne donnent pas autant d’indications sur le fonctionnement global du sol », commente-t-on à Elisol. C’est en cela que réside la force de cette expertise puisqu’il y a toujours des nématodes (même en milieu perturbé) et qu’ils disent quelque
chose des autres acteurs de la chaîne tro-phique. Par exemple, lors d’une réhabilita-tion, on peut suivre une redéploiement de nématodes carnivores et omnivores et/ou une explosion de l’activité microbienne grâ-ce à des nématodes spécifiques, preuve que le traitement biologique se met en œuvre. Cette vision globale permet alors de s’assu-rer qu’il n’y a pas d’effets induits non désirés ou contre-productifs ou au contraire identifier qu’il y a toujours un problème, alors que le suivi d’une communauté bactérienne précise n’indiquerait que son fonctionnement à elle (par exemple dégradation de tel composé) et pas les éventuels sous-produits pouvant continuer à perturber le fonctionnement du sol. Ce suivi global est alors très complé-mentaire des outils d’analyse plus fins, tels que la biologique moléculaire pour le suivi des communautés microbiennes. Forte de résultats plus probants sur la pertinence du suivi des nématodes (travail taxonomique à la loupe et au microscope, la morphologie de chaque genre et espèce étant différente), Elisol Environnement souhaite maintenant convaincre les acteurs des sites et sols pol-lués d’intégrer cette démarche à leurs exper-tises. Des premiers contacts sont pris, mais Elisol Environnement va mener une étude de marché et de perception de la démarche par les acteurs économiques. Celle-ci sera faite dans la période d’incubation de l’entreprise (soutenue par LR Incubation), tout en déve-loppant des premières activités de service dans le domaine agricole et en prestations de recherche.
Elisol Environnement > 04 78 55 09 45
Elisol Environnement met les nématodes à l’honneur
)*(&+,-
Start-up
À suivre...• Première étape concrète de l’accord si-gné en juillet par Global Bioenergies et Synthos, producteur européen de caout-chouc synthétique, Synthos est entré au capital de la start-up francilienne à hau-teur de 3,6 % avec un apport de 1,4 M€. Ce partenariat porte sur le développement d’un procédé de production biologique de butadiène. Ce sera donc la deuxième molécule bénéfi ciant du savoir-faire de Global Bioénergies en biologie synthétique, après l’isobutène. Après l’étape de R&D, Synthos sera en charge de l’industrialisa-tion et disposera d’une exclusivité sur le
butadiène biosourcé pour son marché du caoutchouc, les droits pour les autres applications (un tiers des productions ser-vent au latex, nylon et autres plastiques) restant aux mains de Global Bioénergies. Cette nouvelle fi lière marque aussi le début d’une diversifi cation du portefeuille tech-nologique, quatre autres molécules étant encore ciblées pour l’avenir.
• Bridgelux, acteur majeur du secteur des LED, avance signifi cativement pour réduire le coût des LED et faciliter leur pénétration de tous les marchés. La société américaine
vient d’annoncer avoir réussi à produire des LED en faisant croître des couches GaN sur des tranches de silicium de 200 mm (au lieu des substrats en saphir ou en carbure de silicium). La baisse de coûts espérée serait de 75 %. Les résultats obtenus sont des LED aux niveaux de performances compara-bles aux Led les plus modernes, à savoir par exemple 160 lumens/watt pour les LED blanc froid et 125 Lm/w pour les LED blanc chaud. Un passage en phase commerciale de cette technologie est envisagé d’ici deux ans, après avoir conclu des partenariats avec des fabricants de semi-conducteurs.
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RéférencesNousréalisonsdesanalysesetdesétudespourdes:
-bureauxd’études,-centresderechercheetd’expérimentation,-collectivitésterritoriales,-comitésinterprofessionnels,-entreprisesprivées,-exploitantsagricoles,-groupementsdeproducteurs,-institutstechniques,-organismespublics.
Nousavonsréalisédesanalyseset/oudesétudespour: