Laboratoire Environnement Ressources Languedoc Roussillon

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Rapport d’activités 2004

Laboratoire Environnement RessourcesLanguedoc Roussillon

LER/LR

Pôle Mer et Lagunes

Boulevard Jean Monnet

BP 171

34203 Sète Cedex

Direction de l’Environnement et de l’aménagementLittoral

Direction des Ressources Vivantes

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Rapport d’activités 2003 - laboratoire Côtier de Sète

INTRODUCTION.......................................................................................................................3Présentation du laboratoire – organigramme..........................................................................3Bilan et faits marquants de l’année........................................................................................ 4Objectifs pour 2004................................................................................................................ 4Formation reçue......................................................................................................................7Stagiaires et Doctorants..........................................................................................................7Personnels titulaires d’un contrat à durée déterminée............................................................ 8Contrats de recettes................................................................................................................ 8Infrastructures – Equipements................................................................................................ 8RESULTATS OBTENUS EN 2004.......................................................................................9

Thème B – Surveillance, usage et mise en valeur des mers côtières.................................9En 2004, le LER-LR a été fortement impliqué dans les travaux de mise en œuvre de laDCE pour les masses d’eau côtières et de transition du district Rhône et CôtiersMéditerranéens. Les contributions ont essentiellement porté sur la finalisation de l’état deslieux et la définition du réseau de surveillance.................................................................... 27Contribution à l’état des lieux RM&C sur les eaux côtières et de transition :..................... 27Participation à la définition du réseau de surveillance des eaux de transition dans le districtRhône et côtiers Méditerranéens : ....................................................................................... 28Rédaction de fiches actions pour la Convention-Cadre AERMC-Ifremer 2005-2008 :« Mise en œuvre de la première campagne de surveillance DCE 2006 des eaux côtières etde transition », « Mise en œuvre de la démarche de caractérisation plus poussée sur lesmasses d’eau de transition à risque NABE doute et fort et validation de la désignation desmasses d’eau fortement modifiées ».....................................................................................28En 2004, le LER/LR a participé au Comité de Pilotage des travaux du SDAGE et de laDCE, au Comité Scientifique et aux secrétariats techniques SDAGE-DCE, suite à lasollicitation des Directions de l’Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse et de laDIREN de Bassin................................................................................................................. 28Collaborations...................................................................................................................... 43

Accueil visiteurs étrangers ..............................................................................................43PERSPECTIVES 2005............................................................................................................. 44

Dans le domaine du transfert, du soutien et de la valorisation des connaissances ......... 44ANNEXES........................................................................................................................... 46Publications, expertises et communications.........................................................................46

Publications parues dans des revues à comité de lecture.................................................46Thèses et HDR obtenues par des agents d’Ifremer.......................................................... 46Thèses encadrées par l’Ifremer........................................................................................ 46Rapports (finaux), dont ceux de la Communauté européenne.........................................46Autres rapports ................................................................................................................46Avis et expertises ayant donné lieu à un rapport écrit..................................................... 47Articles de vulgarisation.................................................................................................. 47Communications dans des colloques et des congrès....................................................... 47Exposés dans des réunions professionnelles....................................................................48

Rapport d’activités 2004 - Laboratoire Environnement Ressources LanguedocRoussillon

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INTRODUCTION

Présentation du laboratoire – organigrammeChef de laboratoire Lionel LoubersacAdjoint Catherine Vercelli

Secrétaire du laboratoire Colette SospédraCorrespondante "gestion" du laboratoire Geneviève Guillouet (80%)

Surveillance Institutionnelle Eric Abadie (C)Antoni Carreras (T)Claude Chiantella (T)Mathilde Noyer (T)Yves Pichot (C)Ophélie Serais (C) CDD

R.S.L Ludovic Cesmat (C) DoctorantValérie Derolez (C)Annie Fiandrino (C)Martine Fortuné (T)Thierry Laugier (C)Dominique Munaron (C) CDD

Projet R&D Claude Alzieu (C)Jean Barret (C)Thomas Belsher (C)P.-Yves Hamon (C) (retraite juillet 2004)François Galgani (C)Régis Haubourg (C) CDDMathieu Jouan (C) CDDAbdellah Lemsanni (C) Post doc M.-Annick Le Pennec (C) mi-tempsAnnie Pastoureaud (C)Damien Tran (C) CDD

Intervention – Terrain - LaboJean-Louis Guillou (T)Franck Lagarde (T)Christian Laurent (T)Patrik Le Gall (T)Gregory Maessian (T) CDD Jocelyne Oheix (T) (80%)

Responsable Assurance Qualité Eric Abadie

Accueil chercheur Abdellah Lemsanni (C) Université deMontpellier 2 depuis juillet 2004Frédéric Mineur (C) Doctorant Université deBelfast


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Bilan et faits marquants de l’année

2004 a été la première année de mise en route opérationnelle du LER-LR issu durapprochement au 1er juillet 2003 du Laboratoire Environnement Littoral de Sète (DEL/ST) etdu Laboratoire Conchylicole de Méditerranée (DRV/RA/LCM). Cette fusion a été mise àprofit dans le cadre de la conjonction des métiers de l’environnement et de ceux desressources conchylicoles en réponse à un ensemble de faits, d’événements ou encore dequestions :• Bloom automnal tardif d'Alexandrium entraînant un épisode de toxicité par PSP (huîtres,

moules, palourdes) avec pour conséquence une interdiction de commercialisation etgestion crise Alexandrium à Thau après une alerte DSP sur les moules

• Gestion crise Dinophysis à Leucate (fermeture le 10 décembre 2004 continue jusqu’à lafin de l’année)

• Contamination par toxines amnésiantes (ASP) des filières en mer de la zone deGruissan, record de France de toxicité (75 µg/g de chair d’acide domoïque)

• Décision prise par le Préfet de l’Hérault en juin 2004 du classement en catégorie B de lalagune de Thau

• Mise en alerte bactériologique de la lagune de Thau pendant 5 semaines avant lapériode de commercialisation de Noël.

• Lancement des travaux préalable à la définition du Contrat Qualité Thau avec implicationdu laboratoire sur plusieurs dossiers dont ceux du management environnemental enassociation avec les communautés de communes et les sociétés fermières, del’élargissement de la surveillance de la qualité du milieu par instrumentation hautefréquence de la lagune, de l’élaboration d’un observatoire,

• Travaux d’accompagnement au lancement des contrat d’étangs pour le Complexe desPalavasiens et l’Etang de l’Or

• Forte implication auprès de l’Agence de l’Eau RMC sur la mise en place de la DCE dansle cadre d’un Comité technique co-animé avec le Laboratoire DEL/PAC de Toulon.

L'ensemble de ces évènements a entraîné une importante charge de travail au LER-LR etde nombreuses sollicitations des services de l'état, des collectivités, des structures degestion et de la profession conchylicole se traduisant par de multiples réunions Des pages"actualité", ouvertes sur le site web du LER-LR, ( www.ifremer.fr/lerlr/html), ont permis dedéporter une partie des demandes d'information.

• L'objectif de l'accréditation COFRAC des laboratoires d'analyses REMI et REPHY quia nécessité de très fortes implications du personnel concerné, planifié pour la fin 2004n’a pu être atteint en raison des alarmes à répétition que le Laboratoire a du gérer.

• Ophélie Serais, responsable technique du Laboratoire de microbiologie a rejointl’équipe du LER/LR de Sète en été 2004 sur un poste de CDI.

Le site web du Laboratoire (http://www.ifremer.fr/lerlr/) a poursuivi son enrichissement. Desliens ont été ouverts vers les deux sites crées en 2004 aux quels le LER/LR a participé, celuidu RSL (http://rsl.cepralmar.com/) et celui de SYSCOLAG (http://www.syscolag.org/). Unatlas prototype crée dans le cadre du RSL est accessible sous : http://www.ifremer.fr/lerlr/surveillance/atlas/atlas.htm

Objectifs pour 2004


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Outre le passage en vitesse de croisière de la nouvelle équipe, fruit de la « fusion » deslaboratoires DEL/ST et DRV/RA/LCM évoquée en introduction, les autres objectifs pour2004 concernaient :

- La poursuite des actions régionales du Réseau de Suivi Lagunaire (RSL) et del’action base de connaissances du projet SYSCOLAG (Systèmes Côtiers etLagunaires),

- La poursuite d’actions dans le cadre de projets nationaux, notamment le programmePNEC lagunes et le projet AGIL

- La poursuite des implications au niveau européen dans les projets DITTY etSHELLFISH2

- La préparation des actions de l’Institut vis à vis de trois contrats de lagunes : ContratQualité Thau, Contrat de l’Etang de l’Or et contrat sur les étangs Palavasiens

- La recherche de nouvelles ressources en partenariat qui ont abouti, outre lareconduite du RSL, à la signature de cinq contrats.


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Formation reçueNom Organisme

formateurNature de la formation Lieu Durée

hBarret J. Lycée de la Mer Certificat Restreint Opérateur radio Sète 30 hBarret J. Ifremer Perfectionnement Web Ifremer Sète 4 hBelsher T. Lycée de la Mer Certificat Restreint Opérateur radio Sète 30 hBelsher T. Bateau école Permis navigation mer Sète étaléBelsher T. Ifremer Initiation web ifremer Sète 4 hCarreras A. Ifremer AQ Métrologie incertitudes sur mesures Nantes 22 h Cesmat L Univ. Doctoriales du Languedoc Roussillon Montpellier 30 hCesmat L. Inra Anglais scientifique Montpellier 10 h Derolez V. Faculté de Droit Droit de l’environnement marin Nantes 18 hDerolez V. Cellule ARC Evaluation des risques chimiques Nantes 18 hFiandrino A. GRASM Chef Opération Hyperbare Marseille 24 hLagarde F Ifremer AQ Métrologie incertitudes sur mesures Brest 22 hLagarde F. Ifremer AQ Métrologie sondes Nantes 22 hLagarde F. CAP AFNOR Norme 17025 et accréditation Cofrac Toulon 14 hLagarde F. RAQ ifremer Eléments de diagnostics de laboratoire Toulon 6 hLagarde F. Ifremer Logiciel Matlab Nantes 6 hLagarde F. GRASM Recyclage plongée Marseille 20 hLaugier T. GRASM Chef Opération Hyperbare Marseille 24 hLe Gall P. LNR Analyses microbiologiques sur coquillages Nantes 12 hLe Gall P. LNR Analyses par impédance, BacTrac Nantes 12 hLe Gall P. TMT Recyclage SST Sète 4 hE gall P. Lycée de la Mer certificat Restreint Opérateur Radio Sète 30 hLe Gall P. CAP AFNOR Norme 17025 et accréditation Cofrac Toulon 14 hLe Gall P. GRASM Chef Opération Hyperbare Marseille 24 hNoyer M. LNR Analyses microbiologiques sur coquillages Nantes 12 hNoyer M. LNR Analyses par impédance, BacTrac Nantes 12 hNoyer M. TMT Recyclage SST Sète 4 hNoyer M. GRASM Chef Opération Hyperbare Marseille 24 hOheix J. Lycée de la Mer Certificat Restreint Opérateur radio Sète 30 hOheix J. CAP AFNOR Norme 17025 et accréditation Cofrac Toulon 14 hOheix J. RAQ ifremer Eléments de diagnostics de laboratoire Toulon 6 hOheix J. GRASM Recyclage plongée Marseille 20 hSerais O. RAQ ifremer Eléments de diagnostics de laboratoire Toulon 6 hSerais O. LNR Analyses microbiologiques sur coquillages Nantes 12 h Serais O. LNR Analyses par impédance, BacTrac Nantes 12 h Vercelli C. RAQ ifremer Eléments de diagnostics de laboratoire Toulon 6 hVercelli C. CAP AFNOR Norme 17025 et accréditation Cofrac Toulon 14 h

Stagiaires et DoctorantsNom Organisme Niveau - sujet Durée moisCesmat Ludovic Univ Montp2 Thèse – Ecophysio de Valonia à Leucate 12Mineur Frédéric Univ. Belfast Thèse – Espèces introduites 6Dufresne Karine Univ. Nice Thèse (encadrement à distance) /Gavrilovic Ana Univ.

Dubrovnik(Coopération) – Pathologie des mollusques 1


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Rabia Bencharabbia UM II Maîtrise – Cinétique d’absorption des selsnutritifs par Valonia aegagropila

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Aude Berger IUT ChimieSète

DUT – Analyses des sels nutritifs en milieulagunaire

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Cesmat Ludovic Ensam Encadrement groupe d'élèves en TPE étalé

Personnels titulaires d’un contrat à durée déterminéeNom C / TA Objet Durée moisJouan M. C DITTY Modélisation 12Haubourg R. C AGIL 6Lemsanni A. C SYSCOLAG 6Messiaen G. T Prélèvements surveillance, traitement de données 10Munaron D. C RSL et laboratoire Chimie des eaux 12Serais O. (*) C Responsable Microbiologie + AQ suppl. (80%) 6Tran D. C Ecophysiologie des mollusques 12Munaron JM. T Chimie (Mi-temps thérapeutique de M. Fortuné) 1

(*) CDI à compter du 1er juillet 2004

Contrats de recettes

Objet Montant total Montant recette

GIPREB – Expérimentation réouverture duRove

190 140 € TTC 40 688 € TTC

RSL – convention annuelle 2004 385 478 € HT 254 416 € HT

GIPREB – Evaluation du recrutement ennaissain de moules 21 293 € TTC 21 293 € TTC (*)

Etat-Region – Base de donnéesconchyliculture en Languedoc Roussillon

31 300 € HT 23 416 € HT

Feder– Couranto. Grau de Port la Nouvelle 46 509 €HT 35 206 € HT

Etat-Région – Etude des masses d'eau de lalagune de Thau (Ifop)

67 509 € HT 50 632 € HT (**)

Soit un montant total de recettes pour 2004 s’élevant à : 425 651€ (*) Recette étalée sur une période de 18 mois (**) La part IFOP ne sera versée qu'au 1er trimestre 2005

Infrastructures – EquipementsLe laboratoire dispose d'espaces analytiques et d'équipements spécifiques. On trouvera surle site web du laboratoire (http://www.ifremer.fr/lerlr) la liste détaillée de ces moyens.

Parmi les acquisitions notables réalisées en 2005 on trouve :- une sonde multi paramètres YSI, en cours d'adaptation pour être tractée afin

d'acquérir des données haute fréquence en déplacement,- la présentation d’un dossier pour l'acquisition de deux courantomètres Doppler

(fonds Feder) livrables début 2005 (voir plus loin).


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RESULTATS OBTENUS EN 2004

Thème B – Surveillance, usage et mise en valeur des mers côtièresProgramme B01 – Surveillance, évaluation qualité, diversité des milieux & eaux côtières

Projet B0101 – Avis et assistance à l'administration

B0101 – Avis et assistance à l'administration- Comité de prévention et de précautionUn cadre du laboratoire, membre du Comité de Prévention et de Précaution du ministère del’écologie et du développement durable chargé de fournir au Ministre un avis sur lesquestions relevant de la thématique « environnement - santé », a participé aux réunionsmensuelles. Le comité a émis des avis concernant les perturbateurs endocriniens, leprincipe de précaution en environnement - santé et les apports des incinérateurs d’orduresménagères.

- Emissaire de MontpellierA la demande de la préfecture de l’Hérault des avis et des expertises de dossiers ont étéfournis en ce qui concerne le volet sanitaire de l’étude d’impact du rejet en mer de lacommunauté d’agglomération de Montpellier.

- Emissaire de PerpignanLe laboratoire a été sollicité dans le cadre de l’étude préliminaire de rejet en mer de lacommunauté d’agglomération de la Têt pour fournir des conseils en matière de stratégie desuivi de la qualité du milieu.

B010101 – Avis sur rejets de dragage- Contrat de baie Rade de ToulonLe laboratoire a participé aux délibérations du conseil scientifique du contrat de baie de larade de Toulon. Une assistance spécifique sur la problématique des dragages a étéapportée au conseil général du Var par l’intermédiaire du comité technique relatif au pilotede traitement des sédiments contaminés des ports de la côte varoise.

- Comité de suivi du projet Fos 2 XLLe laboratoire a participé à l’examen des données de suivi de la zone d’immersion desmatériaux dragués pour la réalisation d’une darse d’accueil des grands porte conteneurs.Les résultats ne montrent pas d’effet perceptible des opérations de dragage au niveau de lazone conchylicole.

- Rédaction de l’ouvrage « Dredging and marine environment »L’édition d’un ouvrage en anglais a été entreprise afin de faire connaître plus largement lesrésultats du programme de recherche Ifremer « Impact des dragage » et les outils degestion mis au point. Après un rappel sur la géochimie et la toxicité des différentscontaminants qui sont adsorbés sur les sédiments, cet ouvrage publié par les éditionsIfremer et disponible en mars 2005, propose une approche globale de l’évaluation desrisques environnementaux liés aux immersions. Les méthodes de caractérisation desrisques, à partir de l’analyse chimique (Géodrisk) et de tests de toxicité sélectionnés, de bioévaluation de la qualité des sédiments par la définition d’un Indice d’évaluation del’endofaune côtière (I2EC) et de bio monitoring actif des zones d’immersion, sont décrites demanière détaillée. Cette démarche ascendante et itérative, appliquée au contexteréglementaire français, permet de satisfaire aux recommandations des conventions


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internationales et en particulier aux lignes directrices OSPAR. Cet ouvrage pluridisciplinaires’adresse aux scientifiques, techniciens et gestionnaires de l’environnement portuaire marin.

B010103 - Tests de toxicité sur le développement larvaire d’huîtres. Ces tests toxicologiques très sensibles sont basés sur la mesure des anomalies larvaires dudéveloppement des huîtres. Ils ont été utilisés en 2004 pour l'évaluation de la toxicité desédiments des trois principales lagunes Corses (Urbino, Diane, Biguglia) et de la rade deMarseille (Campagne METROC). Ils ont permis de localiser les sources d’apports decontaminants qui restent peu toxiques dans le cas des lagunes et très localisés en rade deMarseille. Ces tests sont utilisés également pour mettre en évidence la re-colonisation desboues de forages immergées. Dans le cadre d'un contrat avec la société TOTAL auGABON, ces tests ont permis de démontrer un retour à l'état initial de l'écosystème 15 ansaprès immersion des déblais de boues de forage à base de gasoil.

Projet B0103 – R.N.O.Les sept points du réseau ont été échantillonnés à deux reprises (en février et novembre) ,comme prévu au protocole.

Projet B0105 – REPHYEn 2004, le laboratoire de Sète a échantillonné 11 points de suivi du Grau du Roi àl’embouchure de l’Agly.Des épisodes de toxicité DSP, PSP et ASP ont été détectés sur différentes zones deproductions du Languedoc-Roussillon.Comme chaque année depuis environ 10 ans, l’étang de Salses-Leucate a été fortementaffecté par les épisodes à Dinophysis et par la contamination des coquillages par les toxinesDSP.Les moules ont été fortement contaminées en février, juin et d’octobre à décembre (alertetoujours en cours en février 2005). Pour les huîtres creuses, la contamination a été plusimportante que les années précédentes avec deux épisodes mis en évidence. En juin,pendant 3 semaines consécutives, des tests biologiques ont été positifs sans confirmationde la contamination DSP par l’expertise chimique (réalisée par le laboratoire POP del’IFREMER de Nantes). Par contre début décembre (et jusqu’à fin janvier 2005), des testsbiologiques positifs ont été confirmés par l’expertise chimique. La commercialisation deshuîtres creuses de Leucate a été interdite. Pour la première fois en France despectenotoxines (PTX2) ont été identifiées comme responsables de la contamination DSP.Cet épisode a fortement pénalisé l’activité des ostréiculteurs Leucatois qui réalisent environ60 % de leur chiffre d’affaire pendant les fêtes de fin d’année.Parallèlement, une efflorescence à Alexandrium catenella associée à une contamination parles toxines PSP a impacté les coquillages de l’étang de Thau d’octobre à janvier 2005.Contrairement aux épisodes de 2001 et 2003, les huîtres creuses n’ont pas atteint le seuiltoxique. Cependant par principe de précaution, l’administration, au vu des résultats duREPHY, a suspendu pendant 3 semaines la commercialisation des huîtres.La contamination des moules et des palourdes a été relativement élevée. En conséquence,la décontamination a été plus lente que les autres années puisque ces espèces ne sontrepassées sous le seuil de toxicité (80 µg eq. STX / 100 g) qu’en janvier 2005. C’est lapremière fois que les coquillages restent contaminés aussi longtemps depuis 1998 (débutdes épisodes à Alexandrium dans l’étang de Thau).Pour la première fois également depuis la mise en place du réseau REPHY, les moules del’étang de Thau ont été contaminées par des toxines DSP en octobre. Le genre Dinophysisest régulièrement observé dans la lagune depuis de nombreuses années mais aucunetoxicité dans les coquillages n’avait été mise en évidence jusqu’alors.


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Au printemps, les coquillages produits ou pêchés en mer ouverte ont été contaminés par latoxine ASP. Les moules des filières de Gruissan et de Fleury d’Aude ont dépassé le seuiltoxique et atteint des teneurs rarement observées en France.Ces épisodes successifs ont fortement mobilisé les ressources humaines et financières dulaboratoire. Par rapport à 2003, le nombre d’échantillons (DSP et PSP) traité est en haussede 25 %. Le nombre de bulletins d’alerte REPHY émis par le Laboratoire a atteint en 2004 lechiffre record de 118.

Surveillance du phytoplancton et des phycotoxines dans les eaux côtières

Eaux CoquillagesObjectifs

Ech.Comptage flore Paramètres généraux

Ech.Toxines Total

EchantPartiel Total Param.

biol *T°, S°,NTU

DSP PSP

REPHY SuiviAlerte

487 387 100 100 487 232 150 82 719

Réseau régionalEtude Sous-traitanceTOTAL 487 387 100 100 487 232 150 82 719

(*) Paramètres hydrobiologiques : (NH4, NO2, NO3, PO4, chlorophylle, phaeopigments)

Projet B01107 – LNR

B010707 – REMISurveillance de la contamination bactérienne des eaux côtières

Coquillages Eaux TotauxObjectifs Nb éch

analyséBactéries recherchées Nb éch

analyséBactéries recherchées Nb

échantEC Salm SF EC Salm SF

REMI -surveillancerégulière

205

REMI- pré-alertes etalertes

68

Expertise Bac Trac 30Etudes (PNEC) 45EIL 20Estimation del’Incertitude demesure

48

TOTAL 371 45 416

La région du Languedoc Roussillon enregistre un nombre important (37) de zonesconchylicoles classées en A, B ou C. Toutes ces zones ne font pas l’objet d’un suivi pourdes raisons de faible exploitation et d’absence d’étude de zone initiale. La surveillancerégulière REMI est prévue pour 16 d’entre elles ce qui représente 25 points à échantillonnerpour la plupart, à une fréquence mensuelle. En 2004, le LER-LR a dû effectuer les analysesselon la méthode NPP décrite dans la norme NF V08-600 pour le dénombrement des E.colidans les coquillages vivants. Ce changement de méthode d’analyse du LER-LR fait suiteaux travaux d’expertise réalisés 2003 en collaboration avec le LNR MicrobiologieCoquillages sur le système impédancemétrique du laboratoire de Sète, conduisant à la miseen réforme des incubateurs Malthus en janvier 2004. Les temps d’analyses et de préparation


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des milieux de culture étant plus importants, le suivi des périodes d’alertes et des zoneséloignées a été rendu plus difficile.

Le dispositif de pré-alerte REMI a été déclenché 9 fois sur les zones suivantes :

- l’étang de Thau, suite à des incidents sur le réseau d’assainissement du bassin versantcommuniqués au LER-LR par le SMNLR (en février et décembre), à des pollutionsdétectées en surveillance régulière (avril et septembre) et à un événementmétéorologique (mars). En avril 2004, l’alerte confirmée et maintenue pendant 1 mois, adonné lieu à un arrêté préfectoral d’obligation de passage en bassin de purification.Cette zone, classée en A provisoire pour le groupe 3 depuis 1996, montrait des épisodesrécurrents de dégradation de sa qualité sanitaire. Le Préfet de l’Hérault a pris le 22 juin2004 un arrêté de classement de la zone en B, sur la base notamment des résultats de l’«Etude de la qualité sanitaire de la zone d’élevage de l’étang de Thau - 2004»transmise à l’Administration.- en mai les filières en mer de Fleury d’Aude classées en A pour le groupe 3, et l’étangde l’Ayrolle en octobre, suite à des pollutions non confirmée,- l’étang de Gruissan classé en B pour les groupes 2 et 3, suite à une pollution détectéeen octobre puis confirmée par le dispositif d’alerte,- l’étang de Leucate, classé en B pour les groupes 2 et 3, suite à une pollution détectéeen décembre non confirmée.

Le laboratoire de Microbiologie du LER-LR, enregistre en 2004 un nombre importantd’analyses réalisées dans le cadre de sa démarche qualité. Le LER-LR a notamment estimél’incertitude de mesure, associée aux résultats d’analyse microbiologique de coquillagesvivants effectuées selon la méthode NF V08-600 au Laboratoire, à partir de l’écart type dereproductibilité expérimental intra-laboratoire.

Projet B0113 – Réseaux locaux, régionaux & études microbiologiques locales

B011303 – Réseau hydro Languedoc RoussillonLa totalité des données de météorologie (températures de l’air, pluviométrie, vents,insolation…) et d’hydrologie marine (température, salinité, oxygène dissous, chlorophylle…)acquises par le Laboratoire en dehors des réseaux de surveillance conventionnels a étéinventoriée, qualifiée et saisie pour bancarisation. La série de données disponible remonte à1947.

L’analyse de la bancarisation sous Oracle en liaison avec les équipes de Brest sera lancéeen 2005 ainsi que l’accessibilité à ces données par l’intermédiaire d’une interface, dérivée decelle en place sur l’Extranet G de Gascogne et qui viendra enrichir l’Extranet de Syscolag(voir plus loin).

B011313 – Réseau Suivi lagunaire - RSL

A/ Suivi globalEn 2004, 53 stations hydrologiques, distribuées de l’étang de Canet St-Nazaire jusqu’à laCamargue Gardoise ont fait l’objet d’un diagnostic de l’eau vis-à-vis de l’eutrophisation. Unsuivi annuel de la colonne d’eau a également été réalisé sur les étangs de la Marette et duRhône de St Romans, nouvellement intégrés dans le Réseau, et a été initié à l’automne pourles lagunes de Bages-Sigean (3 stations) et de l’Or (2 stations) en prévision du diagnosticcomplet programmé en 2005. Globalement, la répartition des états, au regard del’eutrophisation, demeure similaire à celle observée en 2003 ; on peut toutefois noter : (i)


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une restauration de la qualité des eaux de la lagune de La Palme suite à la dégradationponctuelle observée en 2003, (ii) un effet positif avéré de la mise en en service de lanouvelle station d’épuration de l’agglomération de Narbonne sur la qualité des eaux de lapartie nord et médiane de la lagune de Bages-Sigean.La lagune de Salses-Leucate a été l’objet un second cycle de diagnostic complet, le premierayant été effectué en 1998. Un total de 83 stations benthiques a été échantillonné pour lavégétation benthique et les sédiments et 3 stations pour la macrofaune benthique,mobilisant une équipe de 4 à 5 personnes sur site durant 2 semaines. La premièreexploitation des résultats indique un maintien des biocénoses de la lagune. Cette campagnea été mise à profit pour caractériser l’évolution d’expansion de l’algue verte Valoniaaegagropila et pour réaliser des essais d’utilisation d’imagerie sous-marine pour lacaractérisation de la végétation benthique lagunaire à l’aide de l’outil PRISME, encollaboration avec LER-PAC. Les étangs de la Marette et du Rhône de St Romans ont également fait l’objet d’undiagnostic complet avec un total de 12 stations benthiques échantillonnées. Les donnéessont en cours d’exploitation et d’interprétation.Des diagnostics simplifiés des macrophytes ont été effectués sur l’ensemble des étangspalavasiens (92 zones examinées) et de l’étang de l’Or (32 zones examinées).Conjointement, un relevé des surfaces colonisées par les bio-constructions du polychèteFicopomatus enigmaticus (cascails) a été effectué.

B/ Suivis particuliersSuivi des flux issus des stations d’épuration de Salses-Leucate et Bages -SigeanLes suivis initiés en 2000 sur Salses-Leucate et en 2002 sur Bages-Sigean se sontpoursuivis. Ces suivis sont effectués avec le concours des exploitants des STEP(prélèvements, transport au laboratoire d’analyses) et sont pilotés par un comité quiregroupe à la fois ces derniers, les SATESE et MISE, la Police des Eaux, l’Agence de l’EauRMC, l’Ifremer et le Cepralmar. Les résultats ont permis d’estimer et de hiérarchiser lacontribution effective de chacune des STEP, et d’accompagner la mise en place des volets«Assainissements» des contrats d’étang en cours (Leucate) ou à venir (Bages). Par ailleurs,un diagnostic simplifié des peuplements macrophytes dans le champ proche des rejets(avant et après saison estivale) a été conduit afin d’apprécier l’impact des rejets et leurétendue.Au volet contamination chimique, la proposition de réaliser un état des lieux préliminaire dela contamination de quelques lagunes par les phytosanitaires n’a pas été retenue par leComité de Pilotage. Un bilan des molécules les plus fréquentes retrouvées sur les coursalimentant potentiellement les lagunes a été réalisé à partir des données recueillies dans lecadre du Réseau de Bassin (DIREN – Agence de l’Eau) et a montré la forte probabilité deprésence d’un certain nombre de molécules dans les eaux lagunaires. Un protocole a étédéfini afin d'impact du CET du Thot sur l’étang de l’Arnel et a abouti à la décision de mener une évaluation du risque chimique. En concertation avec les services de l’Etat en charge dusuivi de ce dossier, une demande d’acquisition de données précises va être présentée augestionnaire du site afin de réaliser cette évaluation.


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Figure 4 : RSL – Bulletin et rapport annuel 2003

C/ Applicatifs d’aide à la gestionDes simulations ont été réalisées avec le modèle hydrodynamique installé sur la lagune deBages–Sigean pour évaluer l’impact d’un creusement éventuel d’un canal au droit de l’île del’Aute dans le but de déconfiner les bassins nord. L’interprétation des résultats de cessimulations est en cours de réalisation et sera présentée dans le rapport annuel du Réseaude Suivi Lagunaire.

D/ Restitution et valorisation des résultatsComme prévu par la convention d’application, les résultats 2003 ont été ou vont êtreprésentés aux structures locales de gestion. En effet, un certain retard dans le calendrier deces restitutions a été pris en raison du changement d’équipe au Conseil Régional, maîtred’ouvrage du Réseau. En outre, deux restitutions «collégiales» ont été effectuées àl’ensemble des chargés de mission et aux services de l’Etat. L’année 2004 a également vu la finalisation du rapport scientifique RSL 2003 présentant,non seulement les résultats propres au réseau, mais également ceux des autres réseauxIfremer (REPHY, REMI, RNO, REMORA, REPAMO, RINBIO). Ce rapport a fait l’objet d’une large diffusion(+ de 60 exemplaires) auprès des acteurs régionaux. De même, le bulletin RSL 2003 a étéfinalisé en collaboration avec le Cepralmar et environ 2000 exemplaires ont été diffusés. Le site Internet du Réseau a été mis en ligne (http://rsl.cepralmar.com) et actualisé avec lebilan des résultats 2003 et l’intégration des deux nouvelles lagunes suivies dans le cadre duRéseau. Une maquette d’atlas pour la valorisation graphique, cartographique et tabulaire del’ensemble des données acquises dans le cadre du Réseau a été réalisée sur les lagunes deThau, de l’Or et du Grand Bagnas à des fins démonstratives. Cette maquette a été mise enligne sur le site Internet du LER-LR à la rubrique Surveillance.

Figure 5 : Quelques pages du site RSL

E/ Programme de recherche d’accompagnement


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En marge du programme d’action, le RSL réalise un programme de recherched’accompagnement comprenant un ensemble d’actions développées hors financement. Ceprogramme a concerné quatre items :

a) Calibration et validation des modèles hydrodynamiques de Salses-Leucate et de Bages-Sigean

Un modèle hydrodynamique a été développé sur la lagune de Bages-Sigean dans le cadredu Réseau de Suivi Lagunaire (figure 6). Cependant, les processus qui gouvernent leséchanges entre la mer et les lagunes présentent, d’une part, des temps caractéristiquespouvant varier de quelques heures à la journée (marée, pression) et d’autre part, une fortevariabilité temporelle (vent).

Figure 6 : Champ de courant simulé, moyenné sur la verticale, induit par un vent constant de secteur nord-ouest de 15 m/s(flèche rouge).

En 2004, le LER/LR a déposé un dossier de demande de subvention FEDER dans le cadrede l’axe 3, Mesure 1, Sous-mesure 3, Action 3 du complément de programmation - DocupObjectif 2 (2000-2006) : « Restaurer, aménager et gérer les milieux lagunaires et marins,modélisation permettant de quantifier et d’optimiser les échanges hydrauliques et dessédiments ».

L’objectif est de pouvoir instrumenter successivement les graus des principaux complexeslagunaires à l’aide de courantomètres afin : d’acquérir des séries temporelles sur des périodes suffisamment longues afin de

disposer de mesures de débits dans les graus sous différentes conditionsmétéorologiques caractéristiques du site. Ces données de courant permettront decalibrer et valider les modèles hydrodynamiques déjà appliqués ou à mettre en œuvresur ces différents sites. En outre, couplées à des mesures de concentrations enparamètres dissous (sels nutritifs, contaminants chimiques ou biologiques…), ellesdonneront accès à des flux sortants ou entrants de ces différentes substances etpermettront de réaliser des bilans.

de bénéficier, lorsque les courantomètres seront sur site, de la mesure en temps réeldes courants dans les passes. Ces données pourraient permettre d’optimiser les travauxde dragages et d’améliorer la gestion des ouvrages qui peuvent exister sur certainsgraus.

de réaliser des simulations sur les effets d’éventuels aménagements modifiant lagéomorphologie des passes.

Le matériel retenu est un Profileur de Courant à effet Acoustique Doppler Horizontal(HADCP), modèle Channel Master 600 Hz développé par la société RD Instruments.


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Figure 7 : Vue du Channel Master 600 Hz.

L’estimation du débit nécessite de déterminer, avant la mise en place des courantomètressur site, la section transversale du grau au point de positionnement des courantomètres àl’aide d’un sondeur bathymétrique associé à un Système de Positionnement GlobalDifférentiel ainsi que la définition du profil vertical de courant dans le grau et l’intégration dece paramètre dans le calcul du débit.

Figure 8 : Le courantomètre HADCP mesure à travers la couche d’eau, les champs de courants en de multiples emplacementset la hauteur d’eau.

Les résultats obtenus seront publics et mis à la disposition des différents opérateursimpliqués dans la gestion de ces milieux (structures locales de gestion de l’étang, SMNLR,Services techniques des Conseils Généraux, Région…).

b/ Expérimentations écophysiologie de Valonia aegagropilaCe travail conduit dans le cadre du RSL, fait l’objet du travail de thèse de Ludovic Cesmat. Ila consisté en observations in situ, observations en laboratoire et travaux de modélisationnumérique

b.1 Observations in situ de l’algue-Mesures de croissance effectuées sur 30 individus (tous les 15 jours).-Mesures de flux d’algues transportées par la surface au cours de l’année (tous les

15 jours)-Elaboration d’une banque d’échantillons pour le suivi des teneurs en azote,

phosphore, carbone, sucres et pigments contenus dans les algues au cours de l’année.-Participation à la campagne macrophytes pour la cartographie de V. aegagropila.-Test de cartographie de macrophytes avec un sondeur 200 KHz utilisé pour le

repérage des bancs de poisson.


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Figure 9 : Répartition de V. aegagropila dans l’étang de Salses-Leucate en 1999, en 2004 et différence entre 2004 et 1999.

b.2 Expériences en laboratoireTrois principales expériences en physiologie ont été menées au cours de l’année 2004 :

-Mesures des capacités photosynthétiques de l’algue Valonia aegagropila enutilisant la machine Oxygen Monitoring System précédemment mise en oeuvre par leLaboratoire.

-Mesures des vitesses d’absorptions des sels nutritifs (nitrates, ammonium,phosphates) de l’algue Valonia aegagropila

Vitesse d’absorption des phosphates (µmol/h/g) par l’algue selonla concentration en phosphates dans l’eau (µmol/l)

Vitesse d’absorption de l’ammonium (µmol/h/g) par l’algue selonla concentration en ammonium dans l’eau (µmol/l)

Vitesse d’absorption des nitrates (µmol/h/g) par l’algue selon laconcentration en nitrates dans l’eau (µmol/l)

Figure 10 : Vitesse d'absorption des sels nutritifs par V. aegropila, en fonction de leur concentration dans l'eau


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- Détermination des quotas internes minimum de croissance en azote etphosphore pour l’algue Valonia aegagropila.

Figure 11 : Montage du laboratoire de culture pour les expériences sur la physiologie de l’algue Valonia aegagropila

b. 3 ModélisationLe modèle hydrodynamique MARS3D développé sur la lagune de Salses-Leucate dans

le cadre du RSL permet de simuler les champs de courants, le suivi de la température ainsique la salinité. Deux grilles de calcul peuvent être utilisées (à 160m et à 80m de résolution).

Figure 12 : Grille de calcul à 160m (à gauche) et raffinée à 80 mètres (à droite) sur l’étang de Salses-Leucate

Les processus pris en compte dans le modèle biologique sont : la croissance, la flottabilité,la fragmentation, le transport advectif ainsi que la mortalité par échouage. Ce modèlecontraint par le modèle physique MARS 3D devrait permettre d’appréhender certaines desquestions majeures de la dynamique de l’algue, à savoir, par exemple si Valoniaaegagropila va s’implanter sur tout l’étang de Salses-Leucate ? ou bien si sa répartitionactuelle (dans toute la moitié Nord de l’étang) n’évoluera pas ?


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c/ Modèle des étangs palavasiens et de l’OrPour 2004, les avancées réalisées sur ce dossier sont :

La constitution d’un groupe de travail regroupant l’ensemble des acteurs concernéspar ce modèle qui s’est réuni en fin d’année. La nécessité de développer un telmodèle a été actée, un document de conviction sous forme de cahier des chargesva être produit. L’ensemble du groupe a conclu que la maîtrise d’ouvrage d’une telleopération devait être portée par Ifremer. D’ores et déjà, la construction du modèlehydrodynamique de l’étang de l’Or a été retenue dans le cadre des travaux ducontrat spécifique à cette lagune.

La poursuite des campagnes de levés bathymétriques sur le complexe par leSMNLR

Un début d’inventaire et de récupération des données et études disponibles

d/ Modèle bactériologie « Thau »Concernant la calibration et la validation du modèle couplé hydrodynamique-survie desentérobactéries dans la colonne d’eau à Thau une stratégie d’échantillonnage a été élaboréepour la crique de l’Angle, visant à acquérir simultanément des séries spatio-temporelles des flux d’entérobactéries issus de La Vène en crue et des concentrations résultantes dans lacolonne d’eau.

F/ Autres actionsUne réponse positive a été faite à l’appel d’offre lancé par le GIP-REB (étang de Berre) Encollaboration avec LER-PAC et inscrit au sein du RSL pour «une étude de définition del'expérimentation de la réouverture du tunnel du Rove». Les objectifs seront de : (i) analyserles impacts sur l’étang de Berre et les modalités de son intégration dans le programmed’expérimentation, (ii) définir de façon plus détaillée les dispositifs de mélange et de mise àdisposition des masses d’eau, (iii) définir le protocole du programme d’expérimentation, sagestion et son suivi. Pour réaliser cette étude, un groupement d’entreprises a été constitué :SPI INFRA (mandataire commun), CAREX Environnement, SOGREAH et IFREMER. LeLNHE intervient en tant que sous-traitant pour la modélisation hydrodynamiquetridimensionnelle.

B011317 – Réseau lagunaire Corse - RLC Les contributions du Laboratoire vis à vis de ce projet ont été la fourniture d’appui pourl’exploitation des données du RLC et un travail de validation du rapport final.

Projet B0115 - REBENT

B011303 – REBENT – extension nationale Les activités du laboratoire on consisté en une participation et une expertise vis à vis destravaux techniques de montage de l’avant projet sommaire du REBENT Méditerranée animépar le LER-PAC.

Interreg-IIIB - Méditerranée occidentale-Medocc (Posidonia)Le projet Posidonia constitue notre réponse au 3éme Appel à projets 2004 émis dans lecadre du P.I.C. Interreg-IIIB-Méditerranée occidentale - Medocc. Les objectifs du projetPosidonia sont la «mise en cohérence, le développement , l’harmonisation et la validation deméthodes d’évaluation de la qualité du milieu littoral par le suivi de l’herbier de Posidoniaoceanica » pour trois régions méditerranéennes : Catalogne, PACA, et Ligurie.


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Il a été rédigé grâce aux compétences et aux efforts conjugués de :

♦ l'Université de Barcelone (Département d’écologie) et de l'Agence Catalane de l'eau(ACA) pour l’Espagne,

♦ l'Ifremer Méditerranée, du Service Mer de la Région Provence-Alpes-Côte d’Azur(PACA), l'Université de Corse(EQEL) et du GIS-Posidonie pour la France,

♦ l'Agence régionale de protection de la Région Ligurie (ARPAL) et de l'Ente per le nuovetecnologie, l'energia e l'ambiente (ENEA) pour l’ Italie,

♦ du centre d’Activités Régionales pour les Aires Spécialement Protégées (PNUE-PAM/RAC/SPA, basé en Tunisie).

Evalué à hauteur de 864 849,35 euros, ce projet a reçu d’ores et déjà le soutien financierdes trois régions concernées ainsi que celui du PNUE/RAC/SPA. En particulier, la RégionPACA a voté dans son dernier budget un soutien de 67 500 euros à l’Ifremer. Quant auPNUE/RAC/SPA, intéressé au premier chef par une extension des résultats du projet à toutela Méditerranée, sa contribution s’élève à 20 000 euros.

Projet B0117 – Assurance Qualité

B0117 – Assurance qualitéEn 2004, le laboratoire a poursuivi l’amélioration de son système qualité pour les activitésliées à la surveillance microbiologique, au suivi du phytoplancton et des phycotoxines et duRNO.Les différents audits réalisés ont montré que le système mis en place au LER-LR estopérationnel et adapté à l’objectif d’accréditation sur les programmes 59-1 (microbiologiealimentaire) et 99-1 (mycotoxines – phycotoxines).Un effort tout particulier a été initié sur la partie métrologie. Cet effort qui se poursuivra en2005 permettra de remplir les exigences du COFRAC en matière d’incertitudes.

Cependant la charge de travail liée aux différentes alertes aussi bien microbiologiques quephytoplanctoniques n’ont pas permis de finaliser la demande d’accréditation en 2004. Cettedemande est reportée au premier trimestre 2005.

Projet B0507 – Bioaccumulation de contaminants dans les moules MYTILOS

B050701 – RINBIOParticipation à la campagne RINBIOC, dans le bassin Nord Ouest de la Méditerranée .

Programme B07 – Microorganismes et toxines algales en milieux côtiers conchylicoles

Projet B0707 – Toxinogénèse et détoxification PSP

850054 – Shellfish2Le laboratoire a participé à la rencontre du 14 mai réunissant tous les partenaireseuropéens, ainsi qu'à la réunion technique intermédiaire du 8 septembre ayant pour objet lavalidation des matériels du prototype. Nous avons suivi le montage du module, réalisé troptardivement par les autres membres du consortium pour permettre de procéder à lavalidation technique qui aurait dû précéder les expérimentations de détoxification. Quelquesjours après la mise en eau du prototype, une efflorescence d'Alexandrium s'est déclenchée


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sur la lagune de Thau, puis un épisode toxique qui a mobilisé prioritairement les agents dulaboratoire. Les huîtres n'ayant pas atteint le seuil de toxicité, moules et palourdescontaminées ont été suivies ; les échantillons journaliers ont été congelés pour analysesultérieures. Les actions du LER/LR dans le cadre de ce projet ont fait l'objet de rapports internes aulaboratoire.

Projet B0709 – Contamination PSP/DSP

B070903 – IFR MPL Sète – contribution IfremerLe LER/LR en tant que laboratoire constitutif de cet IFR a participé aux différentesanimations réalisées en 2004 par le Directeur de l’IFR. Plus particulièrement, le LER/LRégalement chargé aux côté du Pr Thang Do Chi (UM2) de l’animation de l’axe 1 de l’IFR atravaillé aux côtés du Département Informatique de l’Ifremer de Brest afin que soit investieune partie des sommes réservées par l’Ifremer à cet IFR dans une participation à l’achatd’un serveur informatique, géré par TMSI Brest, mis à disposition de l’IFR en tant qu’outilcontribuant à la mutualisation des données et connaissances entre membre de l’IFR. D’autrepart ont été acquis deux PC, l’un destiné sous LINUX au calcul en modélisationmathématique (pontage entre axe 1 et 4 de l’IFR), l’autre en soutien à l’un des partenairesde l’IFR (UMR CNRS-UMII 5119 Ecosystèmes Lagunaires. Université Montpellier II) pour letravail sur SIG.

B070905 – GDR phytoplancton toxique (Alexandrium catanella, Thau)

Acquisition de données et travail en partenariat avec l’UM2

Le programme proposé dans la fiche EPRD 2004 incluait :

1. la poursuite des observations de terrain dans la crique de l’Angle avec une extension àd’autres zones de l’étang ainsi que la caractérisation des apports du bassin versantconcernant les nutriments. L’extension de la zone géographique observée avait pour but dedéceler d’éventuels autres foyers d’efflorescences.

2. la poursuite de l’incitation dans le cadre de la collaboration avec l’UM2 en ce qui concerneplus particulièrement les kystes et le broutage.

3. l’organisation d’un séminaire d’évaluation sur les travaux réalisés sur le déterminisme desefflorescences d’Alexandrium catenella dans la lagune de Thau.

Cette fiche n’a pas été retenue en l’état, et l’ouverture des crédits d’incitation 2004 a étéconditionnée par une ouverture du partenariat scientifique crée entre UM2 et LER/LR.Néanmoins, en raison du décalage des attributions de crédits, le financement du contrat2003 a permis, en 2004, plusieurs actions dans le cadre de la collaboration avec l’UM2 etune grande partie de l’année a été consacrée à l’exploitation des données de 2003 et à larédaction d’articles.

Comme en 2003, deux blooms se sont produits au printemps et en automne, celui del’automne ayant présenté une intensité jamais observée jusqu’ici. Comme en 2003, le blooms’est développé en taches qui se déplacent dans le temps. Cette répartition hétérogène,observée en 2003 également pour les nutriments, peut résulter de plusieurs facteursbiologiques et physico-chimiques qu’il n’est pas encore possible de hiérarchiser. Dessimulations du déplacement dans la crique de l’Angle apporteraient, comme pour ladispersion des substances dissoutes, des éléments de réponse à cette hétérogénéité.


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L’ensemble des opérations de terrain a été limité par le peu de disponibilité du personnel dulaboratoire très pris par le surveillance institutionnelle et la gestion successive de crises :

- la recherche d’autres foyers d’efflorescence en particulier dans les zones d’accumulationde kystes révélées par la cartographie réalisée dans le cadre de la thèse réalisée àl’UM2 a été limitée à cinq sorties sur le pourtour du bassin pendant la période dedéveloppement et de déclin du bloom dans la crique de l’Angle ce qui est très insuffisantpour conclure.

- pour les mêmes raisons la quasi totalité des sorties a été réalisée avec le bateau del’UM2 à partir duquel il n’est pas possible d’effectuer les mesures prévues avec la sondemultiparamètres pour la description fine des masses d’eau.

- les mesures de nutriments ont dû être limitées à une seule campagne de prélèvements.

Au niveau de l’impact des nutriments sur le développement d’A. catenella, les résultats d’unsuivi annuel dans l’étang de Thau indiquent un effet de seuil pour l’urée dans ledéclenchement des efflorescences, avec un décalage d’environ une semaine. Néanmoins,cet effet de l’urée n’est peut-être pas direct car des corrélations sont parfois observées entrece composé et l’ammonium. D’autres observations restent nécessaires pour lacompréhension de cet aspect des blooms.

Modèle biologique de croissance végétative de quatre classes de phytoplancton développé dans lecadre de l’incitation Ifremer-UM2.

Dans le cadre du programme d’incitation « Alexandrium », le développement d’un modèle decroissance végétative d’Alexandrium a été réalisé. La méthodologie, les hypothèsesretenues dans le développement de ce modèle biologique 0D et les principaux résultats ontdonné lieu à un rapport d’étude (Collos et al., 2004).Le développement du modèle 0D de croissance végétative d’Alexandrium et d’espèces« type » compétitrices (picophytoplancton, nanophytoplancton et microphytoplancton) a étéréalisé. Des premières simulations ont été faites, qui ont permis de préciser les pointssuivants :

• Les caractéristiques écophysiologiques de quatre groupes phytoplanctoniques, tellesque définies dans le modèle, font qu’Alexandrium n’apparaît pas comme une espècecompétitive.

• En l’état actuel, le modèle biologique est incomplet et ne prend pas en compte latotalité des principaux processus qui déterminent les blooms d’Alexandrium dans laCrique de l’Angle. Les caractéristiques biologiques de cette espèce doivent êtreprécisées pour certaines, voire restent à définir pour d’autres.

• Les premiers résultats mettent en évidence la sensibilité du modèle de croissancevégétative de cette espèce à l’effet Température : à l’heure actuelle ce forçage estparamétré à partir de données bibliographiques.

• Par ailleurs, la spécificité d’Alexandrium à assimiler une part de l’azote organiquedissous n’a pas été modélisée. Or, les concentrations en NOD dans la Crique del’Angle sont importantes. La prise en compte de ce processus au sein du modèlebiologique constitue donc une priorité.

Enfin, la sensibilité du modèle à la condition initiale a été étudiée : il apparaît qu’en conditionde début de bloom, un inoculum de 1000 cellules d’Alexandrium/l ne permet pas dereproduire les efflorescences observées in situ. Ce point est à mettre en relation avec lagermination des kystes : existe-t-il un seuil critique en deçà duquel la germination n’est passuffisante pour soutenir un bloom ?

Programme B11 – Systèmes d'information, modélisation & synthèse, environnement côtier


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Projet B1109 – SIECQ

B110901 – SYSCOLAGLes tâches effectuées dans le cadre de Syscolag sont les suivantes :

- Poursuite du Catalogage, de l’inventaire interne et externe des données et saisie demétadonnées simplifiées

- Correction, mise à jour, Structuration et Classification des données (typologie) etorganisation hiérarchique

- Proposition d’un référentiel géographique.

Ces tâches intéressent deux ensembles géographiques :- le littoral du Languedoc Roussillon dans son expression régionale,- la lagune de Thau et son bassin versant.

Dans le cadre du partenariat établi avec les équipes internes de l’Ifremer de Brest lesactions suivantes ont été menées :- formation à l’outil de mutualisation BSCW pour les thésards de SYSCOLAG et des

représentants des organismes associés- ouverture d’un Extranet SYSCOLAG, filtré par RIC, avec en particulier la mise en ligne

de données d’océanographie via une architecture «serveur de données marines» hérité :- 1/ des solutions techniques du SISMER (mise en ligne des données de campagnes

océanographiques sur le golfe du Lion et des données CORIOLIS),- 2/ des solutions techniques du CERSAT (mise en ligne des données de télédétection

NOAA et Seawifs notamment)- 3/ des solutions ENVLIT (serveur des données de la surveillance sur la zone

Languedoc Roussillon).

Le laboratoire, co-animateur de SYSCOLAG avec le Cepralmar a également participé àl’ouverture du site web SYSCOLAG (cf. www.syscolag.org)


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Figure 13 : Page d’accueil du serveur de données de l’Extranet SYSCOLAG

Enfin un avenant à la convention SYSCOLAG a été signé qui gère le partenariat techniqueétabli en le CNRS/LIRMM, le Cemagref UMR 3S, l’Ifremer LER/LR et la Région pour ledéveloppement d’un service de métadonnées (interface de saisie et interface de recherche)sous la norme ISO 19115.

Projet B1111 - SIA

870210 – Base de données Conchyliculture Languedoc RoussillonLe Ler/LR a animé pour la 3ème année consécutive le comité de pilotage rassemblant les 4partenaires engagés par la convention-cadre (Etat-Affaires Maritimes / Région LanguedocRoussillon / SRC-M et IFREMER) ainsi que des partenaires associés sur leur demande (OP,CG34, …). La prestation d'un bureau d'étude informatique extérieur (Safir Conseil) a permisde reprendre les documents conceptuels de la base de données partagées et de compilertoutes les modifications décidées l'année précédente. Parallèlement, une méthodologie decollecte des données a été proposée par le C.E.P. dans le cadre de l'accompagnementsocio-économique inscrit dans l'action 2004. Une première monographie de l'activitéconchylicole en Languedoc Roussillon a été réalisée.

Programme B13 – GIZC – développement durable espace littoraux

• "Contrat Qualité Thau :

En 2004, le LER/LR a participé aux travaux préalables au lancement du Contrat QualitéThau sur le volet "Management environnemental", en partenariat avec les gestionnaires desservices d’assainissement :- Contribution à l’organisation d’une journée d’échanges sur la collaboration Ifremer-

sociétés fermières : retour d’expériences sur les cas du Golfe du Morbihan (P. Camus-Ifremer Concarneau et SAUR) et de Dieppe (Y.H. de Roeck-Ifremer Brest et Véolia),

- Rencontre et participation aux réunions techniques des services techniques desintercommunalités, des sociétés fermières du bassin versant, des services de l’état(SMNLR), et visites des ouvrages d'assainissement du bassin versant de l’étang deThau : CABT, SDEI Sète, SDEI Marseillan, CGE Balaruc-Frontignan,…

- Travaux préliminaires à l’étude sur la criticité environnementale : proposition d’étude surles « flux maximum amissibles » d’entérobactéries arrivant par les exutoires de lalagune.

Ces travaux ont été couplés à ceux du projet européen DITTY pour le scénario«contamination bactériologique» retenu (voir plus loin).

Projet B1301 – AGIL

AGIL (Aide à la Gestion Intégrée des Littoraux) est une action conduite par un consortiumd'organismes publics et privés1 dans le cadre du Réseau Terre et Espace du Ministère de laRecherche. Faisant suite à l’état de l’art réalisé en 2003, l’année 2004 a été consacrée à ladémonstration du potentiel d’intégration (compétences, données, outils et méthodes) duconsortium pour répondre à bon escient à des problématiques de type GIZC2 sur deuxchantiers pilotes, l’un en Languedoc-Roussillon et l’autre à l’île de La Réunion. Chacun deces deux chantiers aborde cette problématique par des études de cas spécifiques,illustratives de besoins de gestion locaux. 1 Ifremer, IRD, CIRAD, BRGM, CNES, BRLi et SCOT.2 Gestion Intégrée des Zones Côtières.


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L’Ifremer s’est particulièrement impliqué dans deux (sur trois) études de cas de Languedoc-Roussillon : l’une appliquée à la gestion de la qualité des eaux lagunaires en relation avecles activités sur les bassins versants et l’autre au développement d’un outil decommunication multimédia orienté utilisateurs.

Figure 14 : Evaluation du niveau de risque de contamination de l'étang de l'Or par les fertilisants et rejets urbains


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Pour ce qui concerne le second cas d’application, l’Ifremer a poussé en partenariat avec unindustriel (ONDIM S.A.) spécialisé dans la réalité virtuelle et le multimédia, le développementd’un navigateur 3-D destiné à favoriser la recherche et la présentation d’informations multi-sources et pluri-thématiques afin d’aider à répondre aux demandes d’utilisateurs. Dans lecadre d’AGIL, l’outil a bénéficié de développements supplémentaires et complémentaires,destinés à améliorer l’intégration de nouvelles données tout en facilitant leur accès etvisualisation. Le cas de l’intégration des données acquises sur la lagune de Thau et sonbassin versant, données de type physique, biologique, écologique, hydrodynamique, socio-économique, réglementaire a été traité dans le démonstrateur, en vue de sa présentationprochaine devant le maître d’ouvrage du contrat de lagune dit « Contrat Qualité Thau »comme outil s’intégrant dans l’Observatoire de cette lagune et contribuant à la circulation del’information dans une optique d’appui à la gestion intégrée. Les capacités d’adaptation decet outil lui permettent également de répondre à d’autres applications territoriales commepar exemple sur l’autre chantier pilote AGIL à La Réunion. Figure 15 : Potentiel de contamination de l'étang de l'Or par l'azote d'origine agricole en provenance du bassin versant

Pour ce qui concerne le premier cas, le choix s’est porté sur l’étang de l’OR où le problèmede l’eutrophisation est particulièrement marqué. S’inscrivant dans une problématique réellede gestion de l’étang (et correspondant aux préoccupations d’acteurs locaux comme leCEPRALMAR3 ou le SMGEO4), l’étude de cas a consisté à tenter d’évaluer la part, encoremal connue à l’heure actuelle, de responsabilité des fertilisants agricoles, en comparaisonnotamment des rejets urbains.

Ne considérant dans l’étude que la pollution azotée (nitrates), la méthode proposée, fondéesur le croisement de diverses informations spatialisées, a permis de calculer un« indicateur » de la pression « eutrophisante » d’origine agricole. La première étape dutravail a consisté à élaborer une carte d’occupation des sols sur le bassin versant de l’étangà partir d’un couple d’images satellites à haute résolution SPOT (10m) prises en 2004. Surcette base, les zones de plus ou moins haut risque d’exportation de nitrates vers la laguneont été identifiées, prenant en compte les critères de type de culture, de pente et de type desol. Le résultat préliminaire, strictement lié à l’objectif de démonstration de l’intégration dediverses compétences et outils à la clé, est une carte du potentiel de contamination del’étang de l’or par les nitrates d’origine agricole

Pour ce qui concerne le second cas d’application, l’Ifremer a poussé en partenariat avec unindustriel (ONDIM S.A.) spécialisée dans la réalité virtuelle et le multimédia, ledéveloppement d’un navigateur 3-D destiné à favoriser la recherche et la présentationd’informations multisources et pluri-thématiques afin d’aider à répondre aux demandes

3 Centre d’Etude et de Promotion des Activités Lagunaires et MARitimes en Languedoc-Roussillon4 Syndicat Mixte de Gestion de l’Etang de l’Or


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d’utilisateurs. Dans le cadre d’AGIL, l’outil a bénéficié de développements supplémentaireset complémentaires, destinés à améliorer l’intégration de nouvelles données tout en facilitantleur accès et visualisation. Le cas de l’intégration des données acquises sur la lagune deThau et son bassin versant, données de type physique, biologique, écologique,hydrodynamique, socio-économique, réglementaire a été traité dans le démonstrateur, envue de sa présentation prochaine devant le maître d’ouvrage du contrat de lagune dit« Contrat Qualité Thau » comme outil s’intégrant dans l’Observatoire de cette lagune etcontribuant à la circulation de l’information dans une optique d’appui à la gestion intégrée.Les capacités d’adaptation de cet outil lui permettent également de répondre à d’autresapplications territoriales comme par exemple sur l’autre chantier pilote AGIL à La Réunion.

Figure 16 : Vue du navigateur 3D (Nord est de la lagune de Thau et ville de Sète)

Projet B1305 – (RLM dont) DCEEn 2004, le LER-LR a été fortement impliqué dans les travaux de mise en œuvre de la DCEpour les masses d’eau côtières et de transition du district Rhône et Côtiers Méditerranéens.Les contributions ont essentiellement porté sur la finalisation de l’état des lieux et ladéfinition du réseau de surveillance.

• Contribution à l’état des lieux RM&C sur les eaux côtières et de transition :- revue des données disponibles sur les eaux côtières et de transition (chimie, hydrologie,

biologie),- participation à la rédaction de l’avant-projet d’état des lieux et au document de première

consultation officielle,- participation et animation de réunions techniques.

Le district "Rhône et côtiers méditerranéens" compte 35 masses d’eau de transition (32 dutype "lagune", 1 du type "estuaire" et 2 du type "bras du Rhône"). L’évaluation du risque denon atteinte du bon état (NABE) en 2015 donne la répartition suivante : 7 en risque fort, 5 enrisque faible et 23 en doute. Les 7 masses d’eau côtières sont toutes classées en doute dufait du manque de données. Pour les masses d’eau classées en doute, des investigations


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complémentaires (caractérisation plus poussée) seront mises en œuvre en 2005 pourcompléter l’état des lieux.

• Participation à la définition du réseau de surveillance des eaux de transition dans ledistrict Rhône et côtiers Méditerranéens :

- animation et participation aux réunions du groupe d’experts,- rédaction de notes techniques et de cadrage :

- Note de cadrage « Mise en œuvre du programme de surveillance des eaux detransition du bassin Rhône-Méditerranée » : sélection des masses d’eau pour lecontrôle de surveillance (voir tableau), indicateurs, stratégies spatiale ettemporelle,

- Notes techniques « Orientations méthodologiques pour le suivi DCE des massesd’eau lagunaires » : outils, indicateurs, stratégie spatiale et temporelle pour lephytoplancton, les macrophytes et la macrofaune benthique,

- Note de cadrage « Définition du réseau DCE eaux de transition» : localisation despoints de suivi par paramètre (colonne d’eau, chimie, phytoplancton, macrophyteset macrofaune benthique), réflexions sur la mise en œuvre du contrôleopérationnel pour les masses d’eau en risque fort, éléments logistiques etfinanciers.

• Rédaction de fiches actions pour la Convention-Cadre AERMC-Ifremer 2005-2008 :« Mise en œuvre de la première campagne de surveillance DCE 2006 des eaux côtièreset de transition », « Mise en œuvre de la démarche de caractérisation plus poussée surles masses d’eau de transition à risque NABE doute et fort et validation de la désignationdes masses d’eau fortement modifiées ».

• En 2004, le LER/LR a participé au Comité de Pilotage des travaux du SDAGE et de laDCE, au Comité Scientifique et aux secrétariats techniques SDAGE-DCE, suite à lasollicitation des Directions de l’Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse et de laDIREN de Bassin.


28

Tableau 00 : Liste des masses d'eau de transition, état écologique et type de contrôle proposé.

Masses d’eauredécoupées

RisqueNABE2015*

Etat en 2003**

Macrophytes Phytoplancton Macrofaunebenthique Ichtyofaune Etat biologique

2003Nutriments

(eau) Métaux Pesticides Autresorganiques

Etat chimique2003

Contrôlesurveillan

ce(CS)

Contrôleopérationne

l(CO)

TR1 Canet Fort X TR2

Salses-Leucate Faible X TR3

La Palme Faible XTR4

Bages-Sigean Doute Q X XTR5 (a)Ayrolle Doute Q

TR5 (b)Campignol Fort X

TR6 (a)Gruissan Faible

TR6 (b)Grazel/Mateille*** Doute d

TR7Pissevaches Doute d

TR8Vendres Fort X X

TR9Grand Bagnas Doute Q X

TR10Thau Doute Q X X

TR11(a)Or Fort X X

TR11(b)Palavasiens Est Fort X X

TR11(c)Palavasiens Ouest Doute Q X

TR12Ponant ?

TR13(a)Espiguette Doute d

TR13(b)Rhône St Roman Doute d

TR13(c)Médard Doute d

TR13(d)Repausset-Roi Doute d

TR13(e) Marette Doute d

Rapport d’activités 2004 - Laboratoire Environnement Ressources Languedoc Roussillon

TR13(f) Lairan Doute d

Masses d’eauredécoupées

RisqueNABE2015*

Etat en 2003**

Macrophytes Phytoplancton Macrofaunebenthique Ichtyofaune Etat biologique

2003Nutriments

(eau) Métaux Pesticides Autresorganiques

Etat chimique2003

Contrôlesurveillan

ce(CS)

Contrôleopérationne

l(CO)

TR13(g) Canaverier Doute d

TR13(h)Scamandre-

CharnierDoute d

T14(a)Salins d'Aigues-

MortesFort ? ? X

T14(b)Compl. Fourneau-

CabriDoute Q ? ?

T14(c)Marais

périphériquesFort X

T14(d)ComplexeVaccarès

Doute Q X XT14(e)

Salins de Giraud Doute d ? ? ? ? ? ?

T14(f)La Palissade Faible

T15(a)Grand Etang Doute Q ? ? X X

T15(b)Vaïne Doute Q ? ? XT15(c)

Bolmon Faible ? X TC3

Delta du Rhône Doute d XTR19

Petit Rhône Doute d

TR20Grand Rhône Doute d X

* Doute sur le risque NABE : (d) du fait du manque de données, (Q) du fait d’incertitudes quant à l’évolution des pressions à l’horizon 2015. *** En grisé : Masses d'Eau Fortement Modifiées (MEFM)** Légende des couleurs pour les états biologique et chimique de la grille NABE :

Etat MoyenTrès bon Médiocre

Bon Mauvais

Rapport d’activités 2004 - Laboratoire Environnement Ressources Languedoc Roussillon

THEME C – Surveillance & optimisation productions Aquacoles

Programme C01 – Surveillance et évaluations ressources aquacoles

Projet C0105 – REPAMO & LNR

C010501 – REPAMO- Mortalités. Les seuls cas de mortalités observés en 2004, et ayant fait l’objet d’examens effectués parla cellule d’analyses de La Tremblade l’ont été fin mai, début juin dans la lagune de Thau.Elles touchaient des huîtres creuses Crassostrea gigas de moins de 2 ans d’âge. Aucunagent pathogène susceptibles d'expliquer ces mortalités n’a été identifié. Des facteursphysiologiques, zootechniques ou environnementaux ont pu jouer un rôle direct ou indirect.

- Suivi de la ressource.Dans le cadre du plan d’échantillonnage établi par le LGP de La Tremblade, des palourdesTapes decussatus de gisements naturels des lagunes de Leucate (3 points) et de Thau (5points) ont été fournis au demandeur pour analyses. L’agent Perkinsus marinus a étéidentifié sur tous les sites à des prévalences élevées.

Projet C0107 – REMORA et réseaux régionaux

C010701 – REMORAL'année 2004 est caractérisée par une faible mortalité est une bonne croissance automnale.Les indices Afnor permettent de classer les huîtres de l'ensemble de l'étang de Thau encatégorie "Spéciales"., excepté en ce qui concerne le point Marseillan Ouest et pourlesquels les cordes de l'expérimentation ont été coupées

Projet C0109 – Diagnostic d'évolution de la ressource

C010913 – Recrutement Berre (GIPREB)Dans le cadre d’un contrat de prestation passé par le GIPREB (Groupement d’Intérêt Publicpour la Réhabilitation de l’Etang de Berre), le LER/LR conduit une expérimentation decaptage de naissains de moules dans l’étang de Berre. La première partie du programme,réalisée en 2004 consiste en la participation à la mise en place des collecteurs sur le site etle suivi de ce captage (quantité, croissance, pathologie). Deux comptes rendusd’observations ont été établis à la suite des visites réalisées (22 juin et 30 septembre). Lesobservations de septembre montrent qu’environ 400 moules peuvent être captées au mètrelinéaire en 6 mois d’immersion des capteurs et qu’à cette date la taille des moules (30millimètres) permettait le transfert sur la zone d’élevage prévu dans la deuxième phase del’expérimentation. Par ailleurs aucun pathogène n’a été identifié. L’année 2005 seraconsacrée au suivi des produits transférés sur le site d’élevage de Carteau (golfe de Fos-sur-Mer).

Reproduction de la telline Donax trunculus sur le littoral Gard-Hérault (Grau-du-Roi).A la demande du Comité Local des pêches Maritimes (CLPM) du Grau-du-Roi et en relationavec la Région Languedoc-Roussillon représentée par le CEPRALMAR, le laboratoire aterminé en 2004 une étude commencée en 2002 sur l’estimation des périodes dereproduction de Donax trunculus du littoral du Grau-du-Roi. L’étude histologique du cycle dereproduction confirme certaines observations faites par différents auteurs. En particulier que


la période de maturation est étalée de février à septembre et que la ponte, ou spermiation,semble se produire principalement en juin et juillet. Le rapport final de l’étude a été transmisau CLPM en juillet.

Diversification autres espèces : palourde européenneA la demande de la prud'homie du bassin de Thau, la Région Languedoc Roussillon(Cepralmar) a initié un programme de repeuplement et d’aquaculture de palourde (R.decussatus) sur la zone de Mèze (lagune de Thau), en partenariat avec des conchyliculteursde Thau. Une importante commande de naissains a été faite à l’écloserie de la SATMAR(Leucate), ainsi qu'un essai (concluant) de pré grossissement en pearl net. Le laboratoiredevait s’investir sur la mise en place et le suivi du prégrossissement en pearl-net, en meret/ou sous table en lagune. La réorganisation de la nouvelle équipe régionale a reporté ceprogramme sine die.Un projet similaire, inscrit pour la lagune de Leucate, a également été reporté.

Diversification Pectinidés Languedoc Roussillon.Une synthèse des travaux antérieurs portant sur les essais d’élevage de Pectinidés enMéditerranée a été faite. En résumé, les expérience des grossissement de Pecten maximusn’ont pas été concluants, le choix des structures pouvant être mis en avant. L’essai dereproduction de Pecten jacobeus (mené à l’écloserie expérimentale d’Argenton) n’a pasabouti – les seuls produits viables obtenus étaient des hybrides P. maximus x P. jacobeus -.Ils ont été testés en grossissement en Méditerranée. Un essai de reproduction a été menépar la SATMAR (Leucate) ; les impératifs de production (palourdes et huîtres) de cetteécloserie et l’absence de protocole d’élevage larvairede cette espèce n’ont pas permis depoursuivre l’élevage larvaire. De cette synthèse résulte la nécessité de monter un programme expérimental sur P.jacobeus :

la maîtrise de la reproduction la mise au point d’un protocole d’élevage larvaire et post larvaire : choix des espèces

fourrages, densité …Cette partie ne peut se faire que dans le cadre d’une écloserie expérimentale (e.g.Argenton) disposant de structures de quarantaine et d’un savoir-faire en matière depectinidés. Ce n’est qu’une fois ces protocoles clairement définis, qu’une production par uneécloserie privée pourra être proposée (écloserie du Tinduff par exemple)Dans un second temps, à partir du naissain obtenu il sera nécessaire de travailler sur lazootechnie du grossissement :

transport du naissain pré grossissement grossissement.

Les divers contacts auprès de la profession et de la Région ont montré un vif intérêt pourune diversification passant par le développement de la pectiniculture avec l’espèceméditerranéenne : Pecten jacobeus.

Projet C0513 – Dynamique, bilan énergétique fonctions physio. Mollusques Thau

C051301 - Ecophysiologie de l’Huître Crassostrea gigas dans l’étang de Thau- Mesure de l’activité respiratoire et nutritionnelle de C. gigas en condition de terrain« reconstituées ». Pour cela, nous avons utilisé le banc d’écophysiologie prêté par leCREMA l’Houmeau et travaillé dans le Mas Ifremer de Bouzigues en pompant l’eau encontinu dans la lagune de Thau à mi distance des tables ostréicoles.


1ère période d’étude : 13/04-11/05 (4 semaines) : le banc de mesures écophysiologiques enprêt n’est pas opérationnel et l'expérimentation, interrompue, a permet de suggérer desaméliorations techniques. 2ème période d’étude : 28/10-13/12 (6 semaines). Malgré les améliorations substantielles dubanc de mesure, son utilisation du fait de ses caractéristiques techniques et analytiquesactuelles n’est toujours pas possible dans les conditions particulières de la lagune de Thau.En particulier, les débits d'entrée trop élevés et la sensibilité du fluorimètre ne sont pasadaptés. Pour ces raisons les expérimentations n'ont donc malheureusement pas pu offrirde résultat concluant.

- Mesure de la consommation d’oxygène et l’état d’oxygénation de l’hémolymphe artérielle etveineuse de C. gigas en condition de terrain « reconstituées ». Cette étude a été réalisée en collaboration avec le Laboratoire d’Ecophysiologie etEcotoxicologie des Systèmes Aquatiques d’Arcachon (UMR 5805-CNRS, UniversitéBordeaux 1) qui nous a prêté le matériel de mesure (respiromètre, électrodes à oxygène,petit matériel). L'expérimentation a été menée dans le mas Ifremer de Bouzigues enpompant l’eau en continu au niveau des tables ostréicoles de Bouzigues durant 5 semaines(du 5 juillet au 13 août). Nous avons pu mettre en évidence, en conditions estivales, desdifférences de consommation d’oxygène et de pressions partielles d’oxygène dansl’hémolymphe artérielle et veineuse en corrélation avec le sexe et le stade de maturation desgamètes. Les données, en cours de traitement, seront valorisées par une publication.

Thème F – Circulation, écosystème marins, mécanismes, évolution, prévision

Programme F01 – fonctionnement, modélisation écosystèmes côtiers

Projet F0107 – Etudes amont

F010709 – Environnement côtier PNEC – contribution Ifremer

Chantier Lagunes - Atelier Outils d'étudeLes développements réalisés dans le cadre de cet atelier, en étroite collaboration avec lesautres ateliers sont de deux types :

• nouveaux modules de simulations numériques (afin de disposer d’un outil d’aide à lacompréhension et à la gestion des écosystèmes lagunaires),

• bases de données, bases de connaissances (sur la lagune et le bassin versant).

Modélisation

Calibration et validation du modèle hydrodynamiqueLes travaux de calibration et validation des processus hydrodynamiques (échange avec lamer, circulation des masses d’eau à l’intérieur de la lagune) à cette nouvelle échelle spatialeont débuté en 2002 par l’acquisition de mesures de courant dans la lagune. Le traitement etl’exploitation de ces données se sont poursuivis jusqu’au second semestre 2004 et devrontêtre finalisés en 2005. Suite à la validation des échanges avec la mer, les premiers calculsde temps de renouvellement des eaux ont été réalisés.

La comparaison des évolutions mesurées et simulées des débits instantanés et des champsde courant à environ -1 m sous la surface et à 2 m du fond met en évidence la capacité dumodèle à reproduire les échanges avec la mer, tant au niveau de la phase des signaux quede leurs amplitudes.


-300

-200

-100

0

100

200

300

1/10 2/10 3/10 4/10 5/10 6/10 7/10 8/10 9/10 10/10 11/10 12/10 13/10 14/10 15/10 16/10

m3/s

Figure 17 : Evolution temporelle des débits instantanés mesurés (losanges bleus) et simulés(carrés roses) sur la période du 1eroctobre à 0 h au 15 octobre à 23 h.. Les débits sont comptés positifs de l’étang vers la mer (sortant).

Les variations de plus haute fréquence, générées par des phénomènes (tel qu’un fort coupde vent de courte durée) dont le temps caractéristique est inférieur au pas de temps desvariables forçantes (vent et pression) ne peuvent être simulées.

L’analyse des mesures acquises entre novembre 1993 et décembre 1995 montre qu’enmoyenne, sur une année, 90,5 Mm3 d’eau sont exportés vers la mer (pour un volume del’étang de l’ordre de 260 Mm3). En moyenne sur la période simulée, les volumes journaliersentrant et sortant de la lagune par le canal de Sète sont respectivement de 4,8 Mm3 et5,3 Mm3. Durant ce mois et demi, l’étang a exporté plus de 16 Mm3 d’eau vers la mer.Comparativement, durant la période étudiée les volumes exportés ont donc été 1,5 fois plusimportants que la moyenne annuelle.

-4-202468

1012141618

1/10 2/10 3/10 4/10 5/10 6/10 7/10 8/10 9/10 10/10 11/10 12/10 13/10 14/10 15/10 16/10 17/101994

Mm3

Figure 18 : Evolution temporelle des volumes échangés entre la lagune et la mer. Volumes intégrés sur la période du 1eroctobre à 0 h au 16 octobre à 23 h. (mesurés : losanges bleus ; simulés avec CL-baromètre inversé : carrés roses ; simulés avecCL-MEDOC : courbe rouge).

Il apparaît que la prise en compte des effets du vent à l’échelle du Golfe du Lion ne permetpas d’expliquer les flux sortants importants mesurés entre le 2 et le 5 octobre. Toutefois, sil'on exclut cette période atypique, les résultats des simulations après cette date sont en bonaccord avec les mesures (en amplitude et tendance).

Circulation des masses d’eau dans la lagune


Des mesures de courants ont été acquises à l’aide d’un courantomètre Doppler « petitsfonds » (mis à disposition par le service DEL/AO de l’Ifremer), lors des campagnesd’automne et de printemps de « surveillance rapprochée » des blooms d’Alexandrium. Unepremière simulation, qui couvre la période du 15 septembre 10 novembre 2002, à étéréalisée afin de calibrer et valider le modèle. Les données de pression atmosphérique sontcelles enregistrées au sémaphore de Sète. Les données de vent (intensité et direction),collectées sur la lagune à un pas de temps de 10 mn, ont été mises à disposition par l’UMII.

Validation du modèle : résultats préliminairesLa comparaison des mesures de courant des transecs du 4 novembre, après traitementstatistique, avec le résultat des simulations, met en évidence la capacité du modèle àreproduire les courants à différentes profondeurs dans ce secteur de l’étang où les courantssont les plus forts.

(a) (b) (c) (d) (e) (f)

Figure 19 : Coupes horizontales des courants simulés et mesurés le 4 novembre. (a) courants simulés &(b) courants mesurés à–1,2 m sous la surface. (c) courants simulés & (d) courants mesurés à –1,95 m sous la surface. (e) courants simulés & (f)courants mesurés à –4.75 m sous la surface. L’échelle du courant est de 10 cm/s.

Calcul du temps de renouvellement des eauxUne première caractérisation de la dynamique des masses d’eau a été faite en estimant untaux de renouvellement des eaux dans différents secteurs de la lagune et à partir desrésultats d’une simulation qui couvre l’année 1996. Les apports par les cours d’eau dubassin versant ne sont pas pris en compte et seuls les échanges avec la mer par les canauxde Sète sont simulés. Le volume moyen des différents secteurs est défini sur la durée de lasimulation.Les premiers résultats mettent en évidence un fort taux de renouvellement des eaux de lazone du petit étang proche des canaux de Sète (il faut en moyenne moins de deux jourspour renouveler le volume d’eau contenu dans ce secteur) contre quinze jours pour la Criquede l’Angle (sans prise en compte des apports par la Vène). Le temps de renouvellementmaximal des différents secteurs correspond à une période de vent faible : il faudrait près de65 jours pour renouveler la totalité des eaux de la lagune dans le cas où les échanges avecla mer seraient principalement dus à la marée. Notons cependant que l’analyse qui peut êtrefaite des temps de renouvellement pour la totalité de la lagune est difficilement interprétable.

Création d’une base de données/base de connaissances du Chantier « Lagunes méditerranéennes »L’objectif que le Comité de Pilotage du Chantier « Lagunes méditerranéennes » s’est fixé estdouble :- réaliser la bancarisation des connaissances acquises sur la lagune de Thau.- définir la structure d’une base de données adaptée à l’ensemble des ressources acquisesdans le cadre de la seconde phase du Chantier. Les données acquises lors desprogrammes précédents pourront être intégrés ultérieurement.


Afin de définir les champs de métadonnées nécessaires à la description de l’ensemble desressources mises à jour dans le cadre du Chantier (mesures de terrain, nouvellesméthodologies d’analyse, résultats de modèles, publications…), une première analyse de lanorme ISO 19115 relative à la définition de métadonnées a été réalisée avec le soutien d’unétudiant en thèse en charge de la prise en compte de cette norme dans le programmerégional SYSCOLAG. Le développement de la base de connaissances a été initié au cours de l’année 2003 ets’est poursuivi jusqu’au second semestre 2004. Celle-ci a été créée à partir de la fusion desbases de données pré-existantes au laboratoire Hydrosciences (Maison des Sciences del’Eau, UM2) et au LER-LR (Ifremer, Sète).

Chantier Lagunes - Atelier Espèces introduites E.T.Le bilan et la synthèse des travaux réalisés dans la première phase du chantier PNEC« Lagunes Méditerranéennes » ont montré comment l’analyse détaillée de certainsprocessus, leur modélisation numérique puis leur couplage ont amélioré nos connaissancessur le fonctionnement et l’état de santé des écosystèmes lagunaires.La consolidation et les futurs développements des modèles existants (apports du bassinversant, productivité de l’écosystème), l’importance de questions révélées par le chantier(importation de nouvelles espèces de macrophytes, complexité du réseau trophiquepélagique et des interactions avec les filtreurs) et les problématiques émergentes(contaminants métalliques, efflorescences d’algues toxiques) ont tracé un certain nombre deperspectives dans la continuité de la démarche suivie et offrent le support à une extensionthématique et géographique du chantier. La nouvelle phase du chantier porte sur laproblématique suivante : « Evaluer/anticiper les conséquences des activités anthropiquessur le fonctionnement et les usages d’un écosystème lagunaire exploité ». Face à ce défi,nous avons identifié plusieurs actions complémentaires nécessaires à différentes échelles.Ces différentes actions constituent le support de six ateliers.

Objectifs réalisésRecensement et cartographie de la flore des macroalgues exotiques de substrats dursLe recensement et la cartographie des macrophytes réalisés lors du chantier PNEC"Lagunes méditerranéennes avait concerné surtout les substrats meubles. Ils avaient mis enévidence 45 espèces exotiques(23% ) sur les 196 espèces signalées dans l'étang.L'inventaire de la flore des substrats durs de l'étang de Thau devait être réalisé afin depouvoir dresser un panorama complet de la colonisation de l'étang par les espècesexotiques. Cette proposition fait partie d’un programme européen «RTD 5th Framework Algalintroduction in European Seas" (responsable pour la France : M.Verlaque). L'action qui a étédéveloppée s'inscrivant tout naturellement dans les objectifs visés par l'Atelier, unecollaboration a été établie avec le nouveau chantier lagunes.Méthode d'étude : de même que lors de la réactualisation de la flore de substrats meubles,un échantillonnage systématique a été effectué.

Action menée et résultats :En liaison avec le Programme européen ALIENS, les prélèvements sur substrats durs ontété effectués. La flore récoltée est en cours de détermination. Une cartographie desespèces introduites est en cours d’élaboration ainsi que l’évaluation de la biomassereprésentée.

Aliens-mise à jour de la liste des algues de l’étang de Thau (221 taxa et stades) ; elle comprend 56algues introduites pour lesquelles les cartes de répartition ont été levées.-la biologie moléculaire a permis d’ établir l’origine asiatique de 6 espèces


-l’évaluation quantitative des espèces exotiques de substrat dur a montré que 90% de labiomasse totale est produite au printemps et de 45 à 95% en automne.

Evaluation expérimentale des risques d’exportation des espèces introduites dans la lagunede Thau vers d’autres sites ostréicoles méditerranéens ou atlantiques. L'un des processus classiques favorisant l'introduction et la dissémination d'espècesexotiques ou toxiques indésirables est l’importation d'espèces d'intérêt économiques puisleur diffusion dans d'autres secteurs pour des raisons techniques et/ou commerciales. Aussiétait-il important d’évaluer les risques d'exportation des algues exotiques introduites à Thauvia les transferts conchylicoles de Thau vers d’autres sites conchylicoles.Méthode d'étude : le risque de dissémination à partir de Thau a été évaluéexpérimentalement à la Station Ifremer de Sète. Des expériences de mise en stabulation invitro de lots de coquillages destinés à l’exportation vers d’autres sites conchylicoles ont étéconduites afin d’étudier la présence et le développement des algues associées. Lesexpériences ont été répétées avec les différentes formes de conditionnement d’expéditionen vue des utilisations visées (retrempage, ensemencement, affinage, pour les huîtresadultes et jeunes et pour les moules). Cette étude a été conduite par un doctorant ALIENSaccueilli à la Station Ifremer de Sète (Frédéric Mineur, Université de Belfast).

Action menée et résultats : Lors des expérimentations, 58 espèces ont été identifiées, dont 13 sont exotiques.

Figure 20 : Espèces exotiques présentes en Europe uniquement dans l’étang de Thau

Les résultats obtenus à la suite de simulation des conditions de transport d’huîtres montrentque des espèces exotiques peuvent effectivement être introduites dans d’autres sitesconchylicoles. L’émersion, pouvant aller jusqu’à 48h, pour transfert vers d’autres sites deshuîtres de l’étang de Thau, n’a pas d’influence sur la composition de l’épiflore implantée surcoquilles et susceptible de contaminer d’autres secteurs.

Etude des possibilités d'introductions de macrophytes exotiques via le trafic portuaire deSète.Le vecteur principal d'introduction d'espèces exotiques a été par le passé les naissainsd'huîtres importés d'Asie. Qu'en est-il à l'heure actuelle, alors que des espèces exotiquescontinuent d'être identifiées bien que toute importation d'huîtres pour le "retrempage" soitréglementée et normalement limitée à la zone européenne,? Quelle est la part, s'il y en aune, due aux mouvements portuaires?Méthode d'étude : analyse des mouvements portuaires du port de Sète, inspection descoques, prise en compte des données hydrodynamiques dans les passes de communicationde la lagune avec la mer. Cette étude a été également conduite par Frédéric Mineur, dans lecadre de son accueil à la Station Ifremer de Sète.


Action menée et résultats

Tableau 00 : bateaux échantillonnés dans le port de Sète

Date ofsampling Name of the ship IMO number Nationality Length (m) Provenance of the

freight

Area of the mostremote call during last

journey

Last dry docking(number of monthsbefore sampling)

22/04/03 Edoil (a) ********** Tonga 60 Italie Mediterranean 2428/04/03 Lady Hind (b) 7610749 Malta 150 Ukraine Red Sea 1228/04/03 Josephine I (c) 7628435 Panama 91 Liberia West Africa 1206/05/03 Ionian Eagle (d) 9224788 Greece 225 Brazil South America 610/05/03 Jihan A (e) 6505492 Lebanon 69 Lebanon Mediterranean 1510/05/03 Ilke Mete (f) 8202965 Turkey 94 Turkey Mediterranean 1813/05/03 Britta K (g) 7368815 Lebanon 69 Lebanon Mediterranean 1813/05/03 Sider Venture (h) 9201839 Portugal 90 Turkey Mediterranean 12

17/05/03 Rainbow Warrior(i) 5300481 Netherlands 55 Spain W Europe 6

20/05/03 Full Spring (j) 9064451 Hong Kong 225 Australia Pacific 1803/06/03 Kallisto 7821001 Marshall Islands 183 Brazil South America 923/06/03 CEC Svenborg 9048263 Gibraltar 81 Algeria W Europe 226/06/03 Ermoupolis 7634020 Panama 183 Brazil South America 1218/08/03 Riomare 8012243 Cyprus 136 Congo West Africa 2426/08/03 Star Heranger 9079121 Norway 199 Brazil South America 326/08/03 Jolly Marrone 7931753 Italy 200 Italy West Africa 1228/08/03 Elisabeth Boye 8912467 Denmark 77 Canada South America 1228/08/03 Armelle 7931753 Saint-Vincent 173 Brazil South America 18

Figure 21 : nombre d'espèces algales par bateau

Cette étude fait apparaître que les coques des bateaux de commerce ne jouent pas un rôleimportant en tant que vecteurs de transmission d’espèces macrophytes exotiques. En ce quiconcerne les ballasts, ceci n’est pas encore clairement démontré.Cependant, des introductions dues au fouling pourraient survenir dans les cas de bateauxn’utilisant pas d’antifoulings toxiques (TBT) et dans celui du remorquage de docks flottants.

Projet F0109 – DITTY

850357 – DITTYi) Application du modèle LOICZ sur la lagune de ThauCe travail, de valorisation des résultats du Chantier « Lagunes méditerranéennes » , a étéréalisé dans le cadre d’un stage d’ingénieur (Richard, 2004).Le modèle LOICZ (Land-Ocean Interactions in the Coastal Zone) permet de décrire lesécosystèmes marins côtiers en terme de bilan (en eau, sel, azote, phosphore, carbone) surdes échelles de temps longues (au moins une année). Cette approche globale, basée surdes années moyennes, a été initialement développée pour des écosystèmes avec degrands bassins versants et pour lesquels les apports d’eau douce sont relativement continus


et constants. Le travail réalisé durant ce stage a permis de mettre en évidence les limites devalidité d’un tel outil appliqué à un écosystème semi-fermé soumis à un climatméditerranéen. Il apparaît que :

• L’estimation du bilan hydrique doit être conforme à la réalité, car de ce premier bilandépendent tous les bilans suivants (Sel / Phosphore / Azote).

• Le calcul du bilan en sel permet d’estimer les échanges entre la lagune et la mer dusà la marée. Or ce bilan est fortement dépendant des valeurs retenues pour la salinitémoyenne de l’étang et en mer : une variation de 0.3% sur la salinité moyenne del’étang induit une variation de plus de 10% sur les volumes échangés entre la mer etla lagune. La comparaison avec les débits mesurés dans les canaux de Sète montreque les échanges entre la lagune et la mer estimés par le modèle LOICZ ne sont pasreprésentatifs de la réalité.

• Les bilans en phosphore et en azote donnent respectivement accès aux flux de P et Nà l’interface eau-sédiment et aux flux de N à l’interface eau-atmosphère. Or,l’estimation séquentielle des bilans (eau-sel-P-N-C) conduit, en l’état actuel dumodèle, à des erreurs cumulatives importantes sur ces flux.

Ainsi, en climat méditerranéen, la notion « d’année moyenne » n’est représentative d’aucuneréalité. Il semblerait plus pertinent de considérer des années sèches ou pluvieuses, voiremême de travailler à l’échelle saisonnière. Une estimation des différents bilans successifspourrait alors être faite pour différentes années ou saisons « types ».

ii) Analyse détaillée du scénario “contamination bactériologique”

Ce scénario a été reconnu comme prioritaire parmi les cinq cas de figure à traiter sur lalagune de Thau dans le cadre du développement d’un système d’aide à la décision qui seradéveloppé par l’équipe italienne de l’Université de Sienne (Work Package 8 de DITTY). Cescénario concerne notamment les différentes options à prendre pour atteindre l’objectifaffiché dans le contrat d’étang (reconquête de qualité) politiquement traduit par la recherchede toute solution permettant le reclassement de la lagune en qualité A. L’analyse détaillée de ce scénario menée par le LER/LR s’est enrichie des travaux réalisésdans le cadre de la préparation du Contrat Qualité en partenariat avec les deuxcommunautés d’agglomération (end users), les quatre sociétés fermières qui opèrent lesréseaux d’assainissement sur le bassin versant, la responsabilité « qualité » de la Région, leCepralmar. Les résultats de cette analyse sont présents sous forme du schéma logiquesuivant qui permet d’identifier les flux de données, les indicateurs à créer, les outils à mettreen œuvre : modèles, SIG.. et leurs couplages


Typologie des événements

Météo

Temps secOrage étépluies Hivernales

B.D. météo

Identification des zones à risque A BIdentification criticité des ouvrages au delà de la quelle Btypologie des événements et dysfonctionnements

Normal Pluie

Indice de criticitéouvrages

Normal Pluie

Indice de criticité ouvrages groupé

Indicateurs des zones sensibles

Usages : Baignade, Conchyliculture, Pèche,…Informations sur la densité d’élevage,…..

SIG

Qualification lagune

Sectorisation du BV Qualification

Sous bassins,typologie des usagesperspectives d ’évolution desusages et des pressions

SIG

Typologie des ouvragesEHLocalisationtypologie des dysfonctionnementsFréquence des dysfonctionnements

Bassin de postesLiens et dépendances entre ouvrages,unicité des réseaux et systèmes

SIG

SIG

B.D. et SIG socio-éco

Décision et ChoixQuelles actions correctives sur quelsouvrages?Restructuration des parcs?Rejets en mer?Bassins de stockage et modalités relargage?Impact sur la surveillance?….

AssainissementSources Autres sourcesNon raccordé Pluvial Elevage Navigation …..

Points de rejets dans le BVPoints d’accès à la laguneRéseau hydrographique

SIG

Pente Distanceperméabilité…..

Indice de transfert duBV vers la lagune

Modèle hydrologique du BV

SIG Flux

B.D. hydro

Modèlehydrodynamiquebactériologique

Mars

Modèlemétéorologique

MM5

Vents

Indice sensibilitéenvironnementale

SurveillanceREMI

SurveillanceHte fréquence

Flux maximal A B

Indice économique : analyse coût/bénéfice

Figure 22 : Schéma logique du scénario “contamination bactériologique” dressé dans l’optique de la poise de décision pour unereconquête de la classe A de salubrité

iii) Participation aux réunions de travail

Le LER/LR a participé en 2004 à 3 réunions de travail :- A. Fiandrino pour les groupes de travail WP4 (Integrated model development and

validation) and WP5 (Comparative analysis at several test sites) à Bruxelles (MUMM) les13 et 14 mai 2004

- M. Jouan au Steering Comittee de Faro (Portugal) les 20, 21 et 22 octobre, (présentationdes travaux sur l’étude de la dynamique et de l’hétérogénéité des masses d’eaux de lalagune)

A. Fiandrino et L. Loubersac au groupe de travail WP8 “Decision Support System” deSienne (Italie) les 6 et 7 décembre 2004.

iv) Actions complémentaires

Une étude sur la dynamique spatio-temporelle des masses d’eaux de la lagune de Thau aété réalisée à la demande de l’administration et de la Région et a été menée en associationavec les partenaires scientifiques du projet DITTY. Cette étude a consisté à analyser lessituations factuelles relatives aux deux cas de figure : contamination par plancton toxiqueAlexandrium (années 1998, 2001 et 2003) et contaminations bactériologiques en cas depluies abondantes ou d’incidents de fonctionnement des réseaux d’assainissement ensimulant le transport des contaminants parvenus dans la lagune à l’aide du modèle MARS3D.

Les conclusions de cette étude sont pour le volet Alexandrium :


• les simulations réalisées ne doivent être considérées qu’au plan qualitatif, enapportant une information sur le déplacement des masses d’eau,

• la non considération des processus biologiques de croissance minimise lephénomène simulé en intensité comme en dynamique de propagation,

• il n’a pas été mis en évidence de « zone(s) isolée(s) » du reste de la lagune dupoint de vue hydrodynamique, ni identifié de frontières physiques ouhydrodynamiques marquées et stables. La bathymétrie relativementhomogène de l’étang permet une bonne circulation des masses d’eau danstoute la lagune dont la dynamique est plus ou moins forte selon lamétéorologie (vent).

Figure 23 : Exemple de résultat des simulations réalisées sur le transport de cellules d’Alexandrium lâchées depuis la Crique del’Angle (cas de l’automne 2003) montrant que l’ensemble de la lagune peut être soumis à contamination.

Pour le volet contamination bactériologiques les conclusions sont les suivantes :

• en cas de forte pluviométrie (orages d’été, pluies hivernales) l’ensemble descontributeurs arrivant à la lagune (réseaux hydrologiques permanents outemporaires, émissaires de réseaux…) est susceptible d’être source decontamination à l’aval. La répartition de ces apports le long de la totalité desrives nord et ouest de la lagune en face des parcs, ne permet pas d’identifierde manière fiable, des zones éventuellement « épargnées ». Un travail sur lahiérarchie des apports, la typologie des impacts à l’aval en fonction des milieuxet usages concernés est nécessaire pour aller plus loin. La résolution de cebesoin est inscrite dans les travaux du futur Contrat Qualité.

• dans le cas de dysfonctionnements on incidents sur ouvrage(s) ou réseauxd’ouvrages, il est souhaitable de qualifier la zone touchée à l’aval qui dans cecas ne concerne pas la totalité des zones conchylicoles mais un sous-ensemble variable selon le site de dysfonctionnement, sa durée, son flux, les


conditions météorologiques. Le problème de la définition, par anticipation, decet espace impacté ne saurait être possible que si :

• le modèle utilisé ici est calibré et validé,• le type de dysfonctionnement ou d’incident, sa localisation, celle de son

point de rejet à la lagune, les flux de contaminants en jeu sont connus entemps réel ou quasi réel,

• une prévision météorologique à haute résolution spatiale et temporelle,notamment du vent qui gouverne la dynamique des masses d’eau dansl’étang, est accessible.

En l’état actuel du développement des outils d’information et de prévision ces troisconditions ne sont pas remplies à Thau.

Thème G – Infrastructures, investissement et entretien

Programme G05 – Réseaux informatiques, télécommunication, informatigue gestion

Projet G0513 – Publication Web

G051301 – Publication WebLe site web du LER/LR (www.ifremer.fr/lerlr) a poursuivi son enrichissement. Avec presque40.000 pages lues dans l’année il représente le site des laboratoires de façade le plusconsulté

Le LER/LR participe activement à l'enrichissement du site ifremer dédié à la connaissance età l'enseignement de l'aquaculture (www.ifremer.fr/aquaculture) (116 700 pages consultéesen 2004) ainsi qu'au développement du nouveau site web Aquaculture, conçu par Mediaqua(figure 23), dont la mise en ligne est prévue début 2005. En outre, J. Barret estcorrespondant national pour les questions posées sur la conchyliculture sur le site InternetIFREMER.

Figure 23 : le nouveau site web Aquaculture de l'Ifremer


Collaborations

Le LER/LR a apporté son soutien technique et opérationnel à différents programmes menéspar :

Laboratoire côtier de Toulon :

• Participation au programme du Réseau de Suivi des Lagunes Corses : appuitechnique pour l’interprétation des données 2003 et pour l’analyse des échantillonspour le diagnostic de l’eau 2004.

• Participation à une campagne d’essai de systèmes de prospection des fonds sousmarins par vidéo tractée (Campagne Essimag)

• Rinbioc (campagne dans le bassin Nord ouest de la Méditerranée) : DEL/PAC

L'UM2 (Univ. Montpellier II) : participation à la mise en place d'un Master Aquaculture

L'Université de Dubrovnik (Croatie) et dans le cadre de la coopération franco-croate :participation à la mise en place d'un Master Aquaculture

Le département DRV-Ressources Aquacoles : dans le cadre du projet Diffusion et transfertdes connaissances aquacoles, J. Barret assure la responsabilité des publications dudépartement RA.

Accueil visiteurs étrangers

Dr Irina Bourlatchenko et Dr Irina Yakhontova, du VNIRO, Moscou, 25-26 octobre2004. Mytiliculture en mer ouverte. C. Vercelli

Dr Guncel Yücel Gier, de l'Institut des Sci. Marines d'Izmir, Turquie, 27 août 2004.Conchyliculture et surveillance de l'environnement. C. Vercelli

M. M'Rabet, directeur de l'Institut technique des pêches maritimes de Tunisie, et M.Brini, 29 novembre 2004. J. Barret, T. Laugier.

O.A.V., visite des Inspecteurs Vétérinaires européens, 10 mai 2004. Loubersac,Abadie, Serais et Vercelli.


PERSPECTIVES 2005

Les perspectives 2005 du Laboratoire s’inscrivent dans le cadre des missions qui lui ont étéconfiées lors de sa création en juillet 2003 et dans son soutien aux projets et programmesde la nouvelle réorganisation, notamment des thèmes 2, 3, 6 et 1. Parmi ces perspectivesrappelons les plus fondamentales :

Dans le domaine de l’observation du littoral et de ses ressources : Atteinte de l’objectif d’accréditation COFRAC des laboratoires microbiologie et

phycotoxines Poursuite de l’opération du Réseau de Suivi Lagunaire (RSL), Contribution, pour l’Agence de l’Eau RMC et en association avec DEL/PAC, à la mise en

place de la Directive Cadre Européenne sur l’Eau, Coordination, en cas de sélection (réponse début 2005) du projet européen POSIDONIA

déposé dans le cadre l’AO Interreg III B,

Dans le domaine des recherches et études régionales : Poursuite du renforcement des partenariats scientifiques (chantier PNEC lagunes, GDR

Alexandrium, IFR, évaluation du risque et mise en place de systèmes d’avertissementprécoces, mutualisation des connaissances, développement d’applications territorialesde la GIZC) avec les structures de recherche présentes en Languedoc Roussillon plusspécifiquement les Universités de Montpellier I (socio-économie et faculté de Pharmacie)et II (écosystèmes lagunaires), l’IFR Armand Sabatier, le Cemagref UMR 3S, leCNRS/LIRMM, l’IRD

Identification de projets de recherche finalisée (évolution de la surveillance desphycotoxines, pilotes de décontamination, expertise et expérimentations en matière demitigation) visant à répondre à la demande générée par les crises successives liées auxblooms de plancton toxique en lagunes (PSP et DSP)

Dans le domaine de l’expertise régionale : Conduite des missions d’avis dans les domaines de la gestion durable du littoral (volets

environnement et ressources conchylicoles) tout particulièrement dans le cadre des troiscontrats d’étangs qui se lancent, du RSL, et dans celui du Plan de DéveloppementDurable du Littoral mis en place par la Mission Interministérielle d’Aménagement duLittoral du Languedoc Roussillon,

Contribution pour ses zones de responsabilité, aux expertises nécessaires à la mise enplace des Directives Européennes, la DCE et la future directive sur la gestion intégrée, etde leur traduction française dans le domaine du suivi de la qualité des milieux et desressources littorales.

Dans le domaine du transfert, du soutien et de la valorisation des connaissances Poursuite de la valorisation et du transfert entamés des méthodes, outils et résultats

acquis auprès des professionnels de l’environnement et de la filière conchylicole. Enrichissement du portail «Base de Connaissances partagées» de SYSCOLAG ouvert

en 2004 sur Internet et sur un Extranet notamment, pour le littoral régional vers l’accèsaux données MATER et MEDATLAS, ainsi qu’aux données de bathymétrie etgéophysique. On analysera, pour le site de Thau et de son bassin versant, les voiesd’accès à un ensemble de données structurées à la faveur de plusieurs projets (AGIL,DITTY, BD Hydrologie, RSL, Contrat Qualité…). Dans ce dernier cas les travaux viserontà contribuer à la mise en place d’un observatoire de la lagune,

Exploitation des contacts mis en œuvre à la faveur de la conduite de projets européens(DITTY, SHELLFISH2, INTERREG…), comme à celle de la participation du LER/LR àdifférentes manifestations qui traitent des approches de gestion intégrée du littoral


(contacts avec l’European Topic Center de Barcelone, contribution à l’organisation ducolloque COASTGIS 2005, participation aux séminaires ECO Imagine…) afin devaloriser l’expertise de l’institut sur la dynamique des écosystèmes côtiers semi-ferméset des côtes basses méditerranéennes et de leurs ressources vivantes exploitables.

Dans le domaine du développement d’outils spécifiques Poursuite de la mise en place des partenariats utiles à doter progressivement,

notamment en association avec l’Université de Montpellier I, Faculté de PharmacieDépartement Sciences de l'Environnement et Santé Publique de l’UMR Hydros,l’implantation sétoise de l’Ifremer d’une capacité analytique reconnue (pôle analytique)dans la région (bactériologie marine et phycotoxines)

Poursuite, dans le cadre du RSL, de DITTY, du PNEC, du Programme IntégréMéditerranée, des contrats d’étang à venir en 2004, de la mise en œuvre desinstruments de simulation et de représentation des dynamiques du milieu et de sesressources sous forme de modèles numériques hydrodynamiques, biologiques etécologiques couplés à des Systèmes d’Information Géographique.

Mise en place, sur le site de Thau dans le cadre du Contrat Qualité de cet étang, et dansla continuité des approches méthodologiques développées en 2004 de procéduresd’aide au management environnemental sous norme ISO 14001. Celles-ci sont baséessur la collecte de données environnementales et socio-économiques caractéristiques dela lagune et de son bassin versant, sur la définition d’indicateurs et sur l’exploitation dumodèle Mars 3D dans une optique de développement d’outils d’aide à la gestion et ladécision,

Investissement dans le domaine de l’instrumentation en océanographie côtière : mise enœuvre de sondes multiparamètres et courantomètres doppler, et contribution aulancement du projet d’acquisition de données haute fréquence sur la caractérisation desmasses d'eau des lagunes,

Mise en œuvre, en relation avec les spécialistes internes, de bases de donnéescomplexes et de l’utilisation des NTIC, des systèmes permettant d’organiser, archiver,gérer et communiquer l’ensemble de l’information scientifique et technique du domainemilieu-ressources produite par le laboratoire. Cet effort sera axé sur la concrétisation del’investissement aux côtés du CNRS/LIRMM et de l’UMR 3S du Cemagref/Engref par lamise en œuvre pour le cas de Thau d’un serveur de métadonnées basé sur la normeISO 19115.

Les événements de l’année 2004 n’ont fait que confirmer l’acuité des questions posées enmatière de gestion de la qualité du milieu et des ressources du littoral régional. Lacohérence des perspectives évoquées ci-dessus, leur visibilité et leur organisation tirerontleur plein bénéfice d’une articulation la plus étroite possible avec le domaine des applicationsterritoriales de la Gestion Intégrée du Littoral pour lesquelles le Languedoc Roussillon seprésente comme un espace de travail de tout premier plan.

Enfin l’année 2005 sera mise à profit pour identifier avec le LER/PAC les complémentarités,soutiens et collaborations à renforcer dans une dynamique de façade et dans un soucid’optimisation des compétences, des méthodes et des outils que ces deux unitésdéveloppent ou mettent en œuvre.


ANNEXES

Publications, expertises et communications

Publications parues dans des revues à comité de lectureDalmazzone, C., Blanchet, S. Lamoureux, E., Dutrieux, E., Durrieu, R., Camps, R., Galgani,F., 2004. Impact of drilling activities in warm sea : seabed re-colonization. SPE Paper 90110.Galgani, F., 2004. Genotoxicity in marine organisms. Abstract of the XIXth Congress of theEuropean Society of biochemical pharmacology, Antalya, 4-10/10/2004.

Thèses et HDR obtenues par des agents d’IfremerMunaron, D., 2004. Etude des apports en herbicides et en nutriments par la Charente etmodélisation de la dispersion de l’atrazine dans le bassin de Marennes-Oléron. Univ. ParisVI-Jussieu.

Thèses encadrées par l’IfremerCesmat, L. Etude des processus écophysiologiques et hydrodynamiques dans ladynamique d’une algue invasive : Valonia aegagropila dans l’étang de Salses-Leucate.Encadrement T. Laugier et A. FiandrinoMineur, F. Faculté de Belfast. Encadrement T. BelsherDufrene, K., Faculté de Lettres, Géographie, Nice. Encadrement T. Belsher

Rapports (finaux), dont ceux de la Communauté européenneVercelli C. et Pichot, Y., 2004. Base de données sur la conchyliculture en LanguedocRoussillon. Méthodologie de mise à jour des données. Projet de monographie sur l'activitéconchylicole. En collaboration avec H. Rey, C.E.P. Montpellier. Année 2004.Abadie E. et Serais O., 2004. Etude de la qualité sanitaire de la zone d’élevage de l’Etangde Thau, 2004Laugier T., A ; Fiandrino, D. Munaron, V. Derolez, C. Alzieu, N. Dupré. Réseau de SuiviLagunaire. Bilan des résultats 2003. RSL 04 :2004, 523 p.Orsoni V. et T. Laugier. Réseau de suivi lagunaire corse 2003. Diagnostic complet. rapportfinal. RINT.DEL/PAC 04-09 114p + annexes.Collos Y., Fiandrino A., Vaquer A., Pons V., Krieff J., 2004. Etude de la paramétrisation dela phase de croissance végétative qui correspond aux efflorescences d’Alexandrium pourdéveloppement d’un modèle biologique. Rapport final du contrat Ifremer n°03/3210259, 21p.Galgani, F., G. Hervé, D. Tran, R. Delesmont et E. Delesmont, 2004. Etude expérimentalede l’impact toxicologique des déblais de forage sur les fonds marins et des processus derecolonisation. Champ pétrolier de AGM6 (Gabon). Rapport de contrat

Autres rapports Fiandrino A. et Jouan M. Etude de l’hétérogénéité spatio-temporelle de la masse d’eaulagunaire de l’étang de Thau sous contraintes de contaminations bactériologiques ou de


phytoplancton toxique (Alexandrium sp.). Rapport provisoire du Contrat Ifremer n°04/3210436Brehmer P., Cesmat L et Guennegan Y, Détection acoustique dans les lagunes de faiblesprofondeur des macrophytes benthiques et de Valonia aegagropila en particulier. Essaipréliminaire in vitro et in situ.Cesmat L., 2004. Etudes des processus écophysiologique dans la dynamique d’une algueinvasive : Valonia aegagropila dans l’étang de Salses-Leucate. Rapport intermédiaire dethèse : avril 2004Pichot Y. Etude de la reproduction de la telline Donax trunculus sur le littoral Gard-Hérault.Etude réalisée pour le Comité Local des Pêches du Grau du Roi.Galgani F., 2004. Report on Polar and Marine Research, campagne ARK XIX : litters on thesea floor.

Avis et expertises ayant donné lieu à un rapport écrit-Avis sur contamination bactérienne d'origine aviaire dans la lagune de Thau. Réponse àune demande de la SRCM. O. Serais-Expertise du dossier ICPE - embouche de thon rouge de l'entreprise Scannapieco.Expertise réalisée à la demande de la sous-préfecture de Céret, conjointement par C. Alzieuet C Vercelli pour le LERLR et D. Coves pour Palavas.-Avis sur filière d'élevage de palourdes sur le site de Beauduc . C Vercelli-Avis sur risques de mortalité de coquillages en période de fortes chaleurs à la demanded'un producteur-expéditeur. C Vercelli-Avis sur l’impact du recalibrage des agouilles de l’Aravatxa et de la Ramada sur la lagunede Salses-Leucate. T. Laugier- Avis sur la formation sur la surveillance continue de l’eutrophisation. Programme MEDPOL-PNUE. V. Derolez- Avis après recherche bibliographique sur la teneur en Aragonite dans les coquillesd'huîtres et de moules, dans un objectif de valorisation des déchets conchylicoles. C.Vercelli.- Avis sur projet de mytiliculture en Algérie à des fins d'exportation vers les pays de l'UE :mesures de surveillance en termes de santé publique. L. Loubersac.- Pnetox : 8 fiches évaluées. F. Galgani- Erika : 3 fiches évaluées. F. Galgani- Ineris : 3 fiches evaluées + 1 évaluation d'équipe de recherche, F. Galgani

Articles de vulgarisationRéseau de Suivi Lagunaire. Bulletin Annuel 2003. T. Laugier

Communications dans des colloques et des congrèsAbadie, E., Dinophysis et toxines DSP à Leucate. Pôle de santé alimentaire. Préfecture del'Aude, juin 2004.Fiandrino A., Chapelle A., Plus M., Jouan M., 2004. Animation synthèse de l’étatd’avancement des travaux du groupe de travail « Integrated model development andvalidation » du programme européen DITTY. Bruxelles, mai 2004.Galgani, F., séminaire Journée des journalistes de l'environnement, Porquerolles 8 mai2004.Galgani F., Aquaforum Bordeaux, 3 juin 2004Galgani F;, Conférence ESBP/DMW, Turquie, 4-9/10/04


Jouan M., Fiandrino A., Chapelle A., Plus M., 2004. “Integrated model development onThau lagoon”. 4th steering commitee and the mid term review (DITTY project). Faro, 2004.Loubersac L. Animateur de la session « Littoral » de la conférence internationaleGEOEVENEMENT. Paris, Palais des Congrès, 30 mars 2004,Loubersac L., Maraux S., Lemsanni A., Fiandrino A., Jouan M., Tellier D., Denis J. 2004“NAMIBIE, an interface dedicated to multimedia access to coastal data and information forIntegrated Coastal Zone Management processes”. Proceedings of Littoral 2004 SeventhInternational Conference & Exhibition; Delivering Sustainable Coasts : Connecting Scienceand Policy, Aberdeen 20 – 22 September 2004, vol 1 pp 401-406. Cambridge PublicationsISBN : 0-9540081-1-1Loubersac L., Maraux S., Lemsanni A., Fiandrino A., Jouan M., Tellier D., Denis J. 2004“Integrated display and communication of information towards stakeholders : NAMIBIE : anapplication for the integrated management of the Thau lagoon and its watershed”. ECOIMAGINE Conference. Genova 16-19 November 2004.Loubersac, L., Ditty scenarii on Thau lagoons. Presented at the Ditty steering committeehold in Lesbos, 17-18 March, 2004.Loubersac, L., Thau lagoon bacteriological contamination problems Which options ? Whichdecisions ? From which information ? With which tools ? Ditty WP8 meeting hold in Siena,Italy, 6-7 Oct. 2004.Munaron D., Dubernet, J.-F., Delmas F., Scribe P., 2004. Flux d’herbicides et de nutrimentsapportés par la Charente jusqu’à son estuaire en 2001-2002. Colloque : Fonctionnementécologique des vasières littorales et sociétés humaines, Zones atelier PEVS/INSU. LaRochelle, Nov. 2004.Munaron D., Dubernet, J.-F., Delmas F., Scribe P., Fiandrino, A., Stanisière J.-Y., 2004.Devenir des herbicides apportés par la Charente dans son estuaire et modélisation de leurdispersion dans le bassin de Marennes-Oléron. Colloque : Fonctionnement écologique desvasières littorales et sociétés humaines, Zones atelier PEVS/INSU. La Rochelle, Nov. 2004.Soletchnik, P., M. Ropert, K. Grangeré, D. Munaron, C. Struski, 2004. Le risque eau douce- Baie des Veys et Bassin de Marennes-Oléron. Séminaire MOREST, thème 1. 24 au 26Nov. 2004.Munaron D., Dubernet, J.-F., Delmas F., Scribe P., 2004. Effets du stress, toxicitépotentielle du milieu : Apports de la Charente et dispersion des pesticides dans le bassin deMarennes-Oléron. Séminaire MOREST, Thème 4. 24 au 26 Nov. 2004.

Exposés dans des réunions professionnellesFiandrino A., Jouan M., Loubersac L., Pastoureaud A., Présentation de l’étatd’avancement de l’ « Etude de l'hétérogénéité des masses d'eau de la lagune de Thau » à laPréfecture. Mai 2004.Alzieu C., Derolez V., Fiandrino A., Laugier T., Munaron D., Restitution des résultats duRSL 2003 aux chargés de mission. Juillet 2004.Fiandrino A. Restitution des résultats du RSL 2003 sur les étangs du Narbonnais. Octobre2004.Fiandrino A., Serais O., Vercelli C., Présentation des potentialités des outils demodélisation : cas de l'eutrophisation de la lagune de Thau. Point sur les analyses du REMIet visite du laboratoire microbiologie. Octobre 2004.Munaron D., Les principaux contaminants organiques. Séminaire contamination chimique /RSL. Déc. 2004.Munaron D., Aspects techniques liés à la contamination chimique des milieux aquatiquesnaturels. Séminaire contamination chimique / RSL. Déc. 2004.Derolez V., Orsonneau, S., Les contaminants chimiques dans la directive cadre sur l’eau(DCE). Séminaire contamination chimique / RSL. Déc. 2004.Laugier T., Les réseaux de surveillance de la contamination chimique du milieu marin etlagunaire, RNO et RINBIO. Séminaire contamination chimique / RSL. Déc. 2004.


Derolez V., Laugier T., Séminaire technique sur la surveillance DCE des eaux de transition.Novembre 2004.Galgani, F. Contamination chimique, 7 déc. 2004.Loubersac, L., L'Ifremer partenaire naturel du contrat qualité Thau. Réunion de lancementdu plan de management environnemental. Ecosite de Mèze, 30 sept. 2004.Loubersac, L., Le lidar bathymétrique. Réunion de travail Beachmed, Montpellier 15 sept.2004Loubersac, L., Processus de GIZC : place de l'information et de la communication.Séminaire Syscolag, 29 juin 2004.Haubourg, R., Qualité des eaux lagunaires en relation avec les bassins versants. ChantierAGIL Languedoc Roussillon. Réunion de restitution. Nîmes, nov. 2004.


Laboratoire Environnement Ressources Languedoc Roussillon

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