Influence du contexte en 3' de Influence du contexte en 3' de l'heptamère sur le décalage de l'heptamère sur le décalage de

phase en -1 chez les eucaryotesphase en -1 chez les eucaryotes

Michaël Bekaert

Équipe de Génétique Moléculaire de la Traduction (Jean-Pierre Rousset)Institut de Génétique et Microbiologie (Orsay)

Sites de décalage de phase en -1

X XXY YYZ

1000

1000

2000

2000

3000

3000

4000

4000

+10-1

Modèle de site eucaryoteJacks et Varmus, 1985 et 1988

HeptamèreBrierley, 1993

Pause du ribosomeBrierley, 1993, Dinman, 2000

Influence du site ENierhaus, 2004, Bekaert et al., 2005

Sites de décalage de phase en -1

X XXY YYZ

1000

1000

2000

2000

3000

3000

4000

4000

+10-1

ALV TAGGGAGANV TAAATGAAPV TTCTAGCBChV GGACTGABCoV GGGTTCGBIV GGGAAGTBLRV TAGAGGGBLV TAATAGABMYV GCAAGCABWYV GGGAGAGBYDV TAGAGGGCABYV GGGCAGGCAEV GGGAGGACMoMV TACTAGGCoMV TACCAGCCRSVs1 TAAGTGCCYDV GCCAAGG... ...

Espaceur de virus

0

10

20

30

40

+1 +2 +3 +4 +5 +6 +7ACUG ACUG ACUG ACUGACUG ACUG ACUG

position des nucléotides

nombre d’occurrences

Composition

0

20

40

60

80

X X X Y Y Y Z +1 +2 +3 +4 +5 +6 +7

position des nucléotidesChi2 score

[UG]- G - G - N - N - G - G  consensus {AC}-{U}-{U}- N - N - N -{U} exclusion

Biais

-galactosidase

-galactosidase-luciférase

Région de décalage

lacZluc

+1

0

-1

Évaluation in vivo

• IBV.wt GGGUAC 21% ±1%

• IBV.sp1AGGUAC 15% ±2%• IBV.sp2UGGUAC 25% ±4%• IBV.sp3CGGUAC 6% ±1%

• IBV.sp4GAGUAC 7% ±2%• IBV.sp5GUGUAC 19% ±2%• IBV.sp6GCGUAC 17% ±1%

• IBV.sp7GGAUAC 15% ±3%• IBV.sp8GGUUAC 19% ±2%• IBV.sp9GGCUAC 11% ±1%

L’espaceur

Contexte

5’ NNX XXY YYZ NNNNNNNNN

H SP

ES1.5’

EL1

ES2.3’

EL2

EL1’

Heptamère glissant Structure secondaire

3’ES2.5’

ES1.3’

AUG

Espaceur

Évaluation in vivo

Région de décalage du virus IBV

contexte clones E. coli clones S.c clones positifs sequences

IBV release 1 86 000 (21) 39 800 (10) 87 25

IBV release 2 78 000 (19) 41 000 (10) 21 19

SRV release 1 81 000 (5) 38 000 (2) 92 22

SRV release 2 76 000 (5) 46 000 (3) 19 14

Banques d’espaceurs

L’espaceur

Chi2 score

position des nucléotides

+1 +2 +3 +4 +5 +60

10

15

20

25

5

[UG]-[AG]-[CG]- N - N - N  consensus {A}- {U}- {U}- N - N - N exclusion

Biais

0

20

40

60

80

X X X Y Y Y Z +1 +2 +3 +4 +5 +6 +7

Chi2 score

Chi2 score

+1 +2 +3 +4 +5 +60

10

15

20

25

5[UG]-[AG]-[CG]- N - N - N  consensus {A}- {U}- {U}- N - N - N exclusion

[UG]- G - G - N - N - G   consensus {AC}-{U}-{U}- N - N - N  exclusion

...UUUAAACGGGUACG..

Une explication ?

Une explication ?

...UUUAAACGGGUACG…

1

2

Sauvage Mutant

HIV (1=GGG) (2=AGG) - ↓

IBV (1=CGG) (2=GGG) - →

IBV.AGG (1=AGG) (2=GGG) - ↑

TY (1=AGG) (2'=GGG) - ↑

Compétition entre ARNt

0%

10%

20%

30%

40%

HIV IBV IBV.AGG TY

Sauvagehdx1

taux de décalage de phase

Effet tueur de décalage de phase

0,00%

10,00%

20,00%

séquences positives (~40)

séquences négatives (~20000 ?)

Flexibilité de l’espaceur

Tension induite par le pseudonoeudPlant et al., 2003

Déformation de l’ARNtau site P lors de la pauseNamy et al., en préparation

Flexibilité de l’epaceur ?

Agnès Baudin-BaillieuLaure BidouBruno CosnierCéline FabretIsabelle HatinMarta KwapiszOlivier NamyJean-Pierre Rousset

Web : www.igmors.u-psud.fr/rousset/

L’équipe

Alain DeniseJean-Paul ForestChristine Froideveaux

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