Dakar 28 Avril 28 Mai 2005

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Qu’est ce que Microtrop ?

MICROTROP est un projet d’Université d’été de 5 semaines (25 avril -30 mai 2005) en Ecologie microbienne

Thème : les déséquilibres écologiques des sols et des eaux

MICROTROP se propose d’initier des étudiants de 3ème cycle et des jeunes chercheurs africains et européens à la démarche écologique d’étude des communautés microbiennes dans leurs milieux naturels

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Pourquoi Microtrop ?

Double Cliquer ici

• L’Ecologie Microbienne : un domaine en pleine évolution

• Les scientifiques du sud en dehors du flux informationnel et technique

• Pas de formation équivalente en Afrique et Europe

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Objectifs de Microtrop

• Formation de jeunes chercheurs aux outils de l’écologie microbienne appliqués aux biotope tropicaux

• Constitution d’un réseau d'écologistes microbiens en Afrique

• Constituer une trousse pédagogique permettant une diffusion de la discipline (livre, CD-ROM, site web , plateforme collaborative, e.learning)

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Principe de fonctionnement

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Interactions avec intervenants

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Intensité de la formation

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Conséquences…

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MixitéOrigine géographique des candidats (%)

7AF Ouest

4AF Centrale2

Mada

2Maghreb

5Europe

2AM du Sud

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Mixité des intervenantsAlonzo Cecilia Miambi Edouard

Le Rudulier Daniel Nazaret Sylvie Arfi Robert Neyra Marc

Bettarel Yvan Ollivier Bernard Bouvy Marc Philippot Laurent

Brauman Alain Pintado Jose Charles Munch Jean Poncet Gilles

Chotte Jean Luc Ranjard Lionel Dgigal Djibril Roger Pierre

Dick Richard Roy-Macauley Harold Dionigi Olivier Sall Saidou

Diouf Diegane Sall Cirre Duponnois Robin Savingui Patrick

Fall Saliou Servais Pierre Hamelin Jerome Villenave Cecille

Jacques Godon Jean Wade Tania Lensi Robert Yahia Kaci

Martin Fabrice

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Une formation pointue en Afrique ?

Dakar = Centre Africain leader en microbiologie

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Des sites uniques

Oscillatoria limneticaOscillatoria limnetica

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Forte logistique 1- Laboratoires équipés 2-Masse critique de chercheurs et techniciens

3- Infrastructures : garage, amphi, internet etc..

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MICROTROP Projet Multi-Institutionnel

Institutions partenaires

Organisation

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Bailleurs

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Pour Frédéric Ampe

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BudgetInstitutions-bailleurs Montant alloué Reçu ** Bailleurs institutionnels IFS 8 038 € 7 475 € AUF 20 000 € 18 600 € CNRS 5 000 € 5 000 € MAE 10 000 € 9 300 € UNESCO 2 289 € 2 129 € IFR Ecosystèmes 2 000 € 2 000 € Total institutionnels 44 504 € IRD Dept Soutien Formation 19 600 € 19 600 € Unité de Recherche Seq Bio 4 000 € 4 000 € Délégation à l'information et communication* (Film) 3 500 € 3 500 € Délégation au Syst. D'Informations* (informatique) 6 400 € 6 400 € total IRD 33 500 € Droits d'inscriptions NCCR Plant Survival, Suisse 2 700 € 2 550 € Université Libre de Bruxelles, Belgique 1 500 € 1 500 € DMP (Desert margin Program) 1 500 € 1 500 € Max Planck Institute, Allemagne 600 € 600 € Université Oregon, USA 1 542 € 1 542 € sous total inscription 7 692 € Total acquis 85 697 €

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Analyse du budget

• Nombre important d’organismes financeurs (11 en 2005)

• Contribution plus forte des instituts hors IRD (54% contre 49%)

• 10% du budget provient du payement de droits d’inscriptions (7 étudiants)

• Coût par étudiant 2005 (3400 €) < formation 2001 (4423 €).

• Coût journalier = 110 €/jours/candidat,

Origine des crédits des formations 2001 et 2005

0%

10%

20%

30%

40%

50%

60%

Bailleursinstitutionnels

IRD* Droits d'inscriptions

2001

2005

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Contenu de l’atelier-formation

–Cours théoriques : – 63 h de cours – dispensés par 35 intervenants – organisés sous forme de 8 modules

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Programme des cours

I. Ecologie microbienne : concepts généraux 9hII. Microorganismes et changements globaux 5hIII. Adaptation des microorganismes aux milieux

naturels 10hIV. Microorganismes des milieux extrêmes 5hV. Bioindicateurs des écosystèmes 7h30VI. Restauration de la fertilité par les microorganismes

6h30VII. Pollution et bio dépollution 9hVIII. Méthodologies pour l'écologie microbienne

8hIX. Les nouvelles technologies de la communication

3h

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Travaux pratiquesDévelopper des approches polyphasiques

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Etablir l’influence des pratiques polluantes sur

les 3 sites témoinsBactéries photosynthétiques

pourpres ?

Sulfato-réductionSulfato-réduction

Algues eucaryotes et cyanobactéries

Bactéries photosynthétiques

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Mini projet de recherche

But : se familiariser à la conduite d'un projet de recherche. Principe : thèmes liés aux biotopes tropicaux étudiés

Contrainte : hors du champs thématiqueDurée : 2 semaines

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Noms et Prénoms

Intitulé des sujets BLANC Cyril et RAMANANKIERANA Niaina

Origine et diversité des bactéries productices d'EPS dans les sols de termitières"

CABIROL Nathalie Impact de l’hétérogénéité spatiale du sol sur l’émission de N20 DIEDHIOU Siré Denitrifying community response to eutrophication case study : Baie de Hann

DJIDOHOKPIN Carole Impact des pratiques culturales sur la diversité génétique des bactéries dégradant le 2,4-D dans les Niayes au Sénégal.

DJIGAL Djibril BILGO Ablasse

Recherche d’indice de contamination fécales et de pathogènes (P. aeruginosa) dans des eaux de boisson de différentes origines

FAKEM Henri Recherche d'hôtes alternatifs de Pseudomonas aeruginosa

HARRIS Jennifer Myconhization de la Tomate et d’une espèce herbacée rudinale en fonction des eaux d’arrosage sur le site des Niayes (eau usée / eau des céanes)

ISUMBISHO Pascal ALONSO Cécilia

Impact du microzooplancton sur la dynamique des populations bactériennes marines »

JOCKTANE Dominique

Sujet 1- Détection des virus dans la colonne d’eau et dans les sédiments en fonction du gradient de sel au Lac Rose Sujet 2- Etudier l’Impact du type d’irrigation sur la communauté bactérienne dénitrifiante

JOSSI Marylin Pourquoi le termite ne veut-elle pas prêter sa meule ?

MACARIE Hervé FALL Diomacor

L’eau d’irrigation et le type de plante ont-ils un impact sur les populations microbiennes (bactéries) qui colonisent la rhizosphère de ces plantes

OUMAROU Rabi Communautés bactériennes totales et dénitrifiantes des différents segments du tube digestif des termites

PIKA Pacome Impact du mercure (Hg) sur la structure, l’activité et la diversité des bactéries dénitrifiantes.

RABARY Bodo BENHALIMA Mounira

Mise en évidence des communautés bactériennes réductrices de nitrate et dénitrifiantes dans les sédiments du Lac Retba en fonction des gradients de salinité du milieu

ROUSSEL Ludovic Termites: Wolbachia or not Wolbachia?

SAVADOGO Paul MAHDHI Mosbah

Impact de la salinité et des pesticides sur les nématodes

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Exemple de résultat

Figure 4 : Structure génétique (A) et morphologique (B) de la

communauté bactérienne après 24 heures d’ incubation in si tu

dans la baie de Hann.

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MICROTROP : Un laboratoire d’essai des NTIC

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Présentation des NTIC • Elaborations de site internet sous SPIP

ｷｷ Site publique du réseau Microtrop : http://www.microtrop.ird.sn

ｷｷ Site restreint du réseau Microtrop  http://www.microtrop.ird.sn/reseau

• Plateforme collaborative• Outils de communications (téléphonie sous IP)• VisioconférenceEnseignement répondant le plus aux attentes

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6

7

12

12

0 2 4 6 8 10 12 14

Cours NTIC

Plate-forme collaborative

Edition Web

Outils de communication

TP site web

Quels outils NTIC pensez-vous utiliser en particulier ?

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Edition web

Messagerie instantanée

Téléphonie sur Internet

Visioconférence

Plate-formecollaborative

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Olivier Dionigi Mr NTIC

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Do It Your Soil (DIYS)

Formation ouverte et à distancedans le domaine de la pédologie

Séquences d’apprentissage déclinées en trois parties: Introduction / Exercice / Synthèse

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Principe didactique:

Explain me … I will forget

Show me … I will remember

Let me do … I will understand

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NTIC = Réseau

– Réseau Opérationnel de Recherche (labo sans mur)

– Base de cours et amélioration et enrichissement des cours existants (cours)

– Mise à disposition de documents divers (appel d’offres)

– Espace pour les échanges scientifiques (réseau humain)

– E-meeting

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Bilan

Points Forts• Satisfaction en termes de formation • Mise en relation Sud-Sud et Nord-Sud • Reconnaissance de la formation par certaines Ecoles doctorales (Lyon 1, Université de Neuchâtel)• La méthode Microtrop • Définition de premiers éléments de fonctionnement du réseau

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BilanLes points à développer • Comment pérenniser la formation :

– Académique : unités de crédits– Financière : europe ?– Institutionnelle: prise de relais ou co-

animation, désignation de  « têtes de pont »

• Comment le réseau peut participer au renforcement et/ou l’émergence d’équipes de recherche au Sud:– Idée : GIS pour Financement de projets inter-

institutionnels, projets régionaux renforcement ou émergence des collectifs

REUNION MICROTROP 2006