Compte Rendu du Comité de Suivi du 30 janvier 2014patho-bios.com/images/Compte_rendu/Comite...

Rédacteur Vérificateur Approbateur

Nom Christophe Brugidou Comité de direction Oumar Traoré

Fonction Directeur Directeur

Date 7/02/14 8/02/14 9/02/14

Visa

Compte – Rendu du Comité de Suivi

du 30 janvier 2014

Identification : CR CS001

Date : 05/02/2014

Version 01

PROGRAMME

Le 30 janvier 2014

9h : Accueil - Présentation des membres du comité (Neya B. James)

9h15 : Présentation du LMI Patho-Bios, SREC, Réseau PARRAF, Réseau LMI Afrique de l’Ouest (O.Traoré Co-Directeur)

9h30 : Bilan Scientifique, financier et Formation (C.Brugidou Co-Directeur)

10h : Discussion - Table ronde

10h30 : Pause Café

10h45 : Mise en place et organisation du LMI : aménagement, Démarche Qualité et Biosécurité (M.Bangratz)

11h15 : Bilan points positifs et négatifs (O.Traoré et C.Brugidou)

Discussion - Table ronde

13h : Pause Déjeuner

14h : Visite des laboratoires et du site

14h30 : Présentation des projets (15 projets: deux diapos par projet)

O.Traoré, F. Tiendrebeogo, C.Brugidou, D.Sérémé, I.Wonni

Collaborations futures…..

16h30 : Discussion - Bilan

17h00-17h30 : FIN

Le 31 janvier 2014

9h : Bilan et Recommandations du Comité de Suivi

10h : INAUGURATION du LMI : Présence du Ministre de la Recherche et de l’ Innovation , Mr l’Ambassadeur de France Gilles

Chanson, Directeur de l’INERA, membres du comité de suivi, membres du comité de direction, les invités, collègues de l’INERA, de

l’Université etc…

12h : Cocktail - Discussion




Date 7/02/14 8/02/14 9/02/14

Visa


du 30 janvier 2014


Date : 05/02/2014

Version 01

1) Gouvernance du LMI Patho-Bios

Co-Directeurs: O Traore (INERA) et C Brugidou (IRD)

Comité de Direction (au moins une fois par mois)

Christophe Brugidou (IRD, Co-Directeur du LMI), Oumar Traoré (co-Directeur du LMI, INERA Kamboinsé), Drissa Sérémé

(chercheur INERA-Kamboinsé), Valentin Edgar Traoré (Ingénieur-INERA Kamboinsé), Fidèle Tiendrebeogo (chercheur INERA-

Kamboinsé), James B. Neya (directeur Laboratoire de Virologie et Biotechnologie végétale), Léonard Ouédraogo (INERA Bobo) et

/ou Issa Wonni, Philippe Nikiema et Bouda Zakaria (représentants des techniciens), Moustapha Koala (représentant des étudiants),

Dicko Amidou (administration), Martine Bangratz (Ingénieur IRD).

Comité de suivi (une fois par an)

Comité de Direction + R. Arfi (Directeur du DER-IRD), Directeur de l’INERA, D. Tharreau (Phytopathologiste, CIRAD),

représentant UMR DIADE, M. Nicole – V.Verdier (DU-RPB-IPME), Pr D. Dakouo (Entomologiste), Pr I. Somda (UPB), Pr M.

Sawadogo (Université de Ouagadougou), D. Silué (Phytopathologiste–AfricaRice), M. Sie (Généticien-AfricaRice), Pr A. Zoro Bi

(PARRAF-Proveg).

2) Présentation du LMI par Oumar Traoré

3) Bilan Scientifique, financier et formation

Animations scientifiques

Mise en place des séminaires du LMI qui ont lieu tous les mardis à 10h dans la salle de conférence du CREAF – Kamboinsé

Expérimentations

- détection d’un nouveau virus sur le riz au Burkina-Faso : le RSNV (D Sérémé-M Bangratz)

- première production de Taq Polymerase Patho-Bios (M Bangratz- B Zakaria)

Projets

1er appel à projet pour le LMI Patho-Bios.

Bilan financier




Date 7/02/14 8/02/14 9/02/14

Visa


du 30 janvier 2014


Date : 05/02/2014

Version 01

Premier atelier du LMI les 7-8 novembre 2013 à Bobo-Dioulasso Production rizicole au Burkina Faso : Enjeux, contraintes et perspectives Organisation du premier atelier entre le LMI et le programme riz du Burkina Faso financé par le PPR SREC et le SCAC (ambassade

de France).

Cet atelier a été organisé dans le cadre du lancement du LMI PATHO-BIOS par :

Brugidou Christophe, IRD UMR RPB, [email protected]

Sérémé Drissa, INERA, [email protected]

Tollenaere Charlotte, IRD UMR RPB, [email protected]

Traoré Oumar, INERA, [email protected]

Wonni Issa, INERA, [email protected]

L’atelier visait à regrouper les acteurs directs (producteurs, coopératives paysannes, consommateurs, transformateurs) et indirects

(chercheurs, fournisseurs d’intrants, service de vulgarisation agricole et des semences) de la filière rizicole avec un double objectif :

(1) une meilleure information des acteurs directs de la filière sur les objectifs et possibles retombées du travail des chercheurs, et

(2) la définition d’axes de recherche ciblés vers les attentes des acteurs directs du secteur avec pour objectif l’accroissement de la

production rizicole.

Des représentants des producteurs des différentes plaines irriguées, transformatrices, représentant des consommateurs,

chercheurs, agents techniques du Ministère de l’Agriculture et de la Sécurité Alimentaire (35 participants au total) se sont réunis

pendant deux jours afin de réfléchir sur comment dynamiser les synergies et renforcer la Stratégie Nationale de Développement de

la Riziculture (SNDR).

Après une présentation générale sur l’organisation et le fonctionnement du programme Riz et Riziculture de l’INERA, puis sur le

nouveau LMI Patho-Bios, le programme de l’atelier s’est articulé sur les processus de production de riz (semences, amélioration

variétale, pratiques culturales, problèmes phytosanitaires, processus post récolte et transformation), suivis de discussions.

L’atelier a permis aux différents participants d’obtenir une vision exhaustive des différents aspects de la culture du riz au Burkina

Faso, que ce soit au niveau des politiques agricoles, des recherches en cours ou des problèmes concrets rencontrés au champ. Ces

deux jours de discussion ont suscité l’enthousiasme des participants, de par l’intégration des informations, dans le but d’un

renforcement des capacités de recherche sur le riz au Burkina Faso.

Des axes de recherche importants ont été dégagés, avec des projets de développement du diagnostic au niveau de la qualité des

semences, un suivi épidémiologique multi-pathogènes incluant les vecteurs et plantes réservoirs, ou encore l’étude des effets du

sol (notamment les intrants) sur le développement des maladies.

Cet atelier a constitué un excellent point de départ pour le LMI Patho-Bios, qui depuis septembre 2013 constitue une plateforme

pluridisciplinaire (biologie moléculaire, phytopathologie, bioinformatique, épidémiologie, agronomie), dédiée à l’étude des

contraintes sur la production de riz (notamment les maladies et ravageurs) pour proposer une approche intégrée vers des solutions

globales et durables.

Nous visons à pérenniser les relations mises en place lors de cet atelier à travers la création et l’animation d’un cadre collaboratif et

pluridisciplinaire sur la riziculture au Burkina Faso.

Le renforcement des liens entre les participants à cet atelier facilitera l’organisation en équipe pluridisciplinaire afin de répondre à

des appels d’offres internationaux ambitieux.

(compte-rendu de l’atelier disponible sur demande)

Prospections

- Première prospection sur les virus du niébé dans le cadre de la thèse de Essowé Palanga « Caractérisation de la diversité

génétique et pathogénique des principaux virus du niébé au Burkina Faso et au Togo »

Encadrants: O Traoré, J B Neya, P Roumagnac (Cirad), M Peterschmitt (Cirad)

- Prospection sur la bactériose du riz aux environs de Bobo-Dioulasso par Simon Gibert, Mathilde Hutin, Martine Bangratz,

Issa Wonni (le mercredi 16 après-midi), Paul Ilboudo (vendredi 18/11).

mailto:[email protected]








Date 7/02/14 8/02/14 9/02/14

Visa


du 30 janvier 2014


Date : 05/02/2014

Version 01

4 ) Mise en place et organisation du LMI : Aménagement, Démarche Qualité et Biosécurité

► Rangement et réaménagement des différents laboratoires

A Kamboinsé :

Au rez-de-chaussée: laboratoire dédié à l’Elisa, la lyophilisation et à la préparation des milieux pour la Culture in Vitro. A l’étage :

un laboratoire de Protéomique : production, purification et analyses des protéines, un laboratoire de Biologie Moléculaire : extractions et analyses de l’ADN et l’ARN, un laboratoire de révélation des acides nucléiques et des protéines (Bet et à une chambre noire)

A Bobo-Dioulasso :

Réaménagement du laboratoire de la protection des végétaux et mise en place des équipements: PCRs, matériels d’ hygiène et de

sécurité et de bureautique.

►Des travaux ont été financés par le LMI sur le site de Kamboinsé notamment un magasin a été réhabilité en pièce pour le

stockage de consommables, des produits chimiques et du matériel non utilisé ou vétuste.

D’autres travaux sont à prévoir : aménagement de la salle de révélation, forage, groupe électrogène, réhabilitation d’une serre

tunnel.

► Achat et réparation d’un certain nombre d’équipement

►L’hygiène et la sécurité : une priorité pour le LMI !

Equipement des labo avec les EPI, trousse de premiers secours.

Inventaire et rangement des produits chimiques

Une demande d’autorisation pour la manipulation d’organismes recombinants dans le cadre de la recherche auprès de l’Agence

Nationale de la Biosécurité est en cours.

Formation en Hygiène et Sécurité est à prévoir.

► Mise en place d’une démarche qualité selon la norme ISO 9001

►Le logo du LMI Patho_Bios




Date 7/02/14 8/02/14 9/02/14

Visa


du 30 janvier 2014


Date : 05/02/2014

Version 01

►Site internet du LMI en cours

5) Présentation des projets scientifiques

LMI Patho-Bios - Projets VIRUS

Titre du projet: Adaptation du Rice yellow mottle virus à Dactyloctenium aegyptium

Responsables: Eugénie Hébrard, Oumar TRAORE, Denis Fargette

Financement: néant

Demande associée: néant

Résumé du projet: La panachure jaune du riz causée par le Rice yellow mottle virus (RYMV) est une maladie émergente du riz

confinée au continent africain. Les connaissances épidémiologiques sur la maladie sont encore insuffisantes pour la mise en place

de méthodes de lutte efficaces et adaptées aux différents systèmes de culture du riz. En l'occurrence, la gamme d'hôtes réservoirs

du RYMV est très limitée et leurs interactions avec le virus sont très peu élucidées. Dactyloctenium aegyptium est l'une graminée

adventice hôte du RYMV ayant montré des réactions différentielles vis-à-vis des isolats viraux. L'objectif du projet est d'élucider les

bases moléculaires des interactions virus-hôte entre le RYMV et D. aegyptium. Les réactions de cette graminée vis-à-vis du virus

seront finement caractérisées au plan biologique en tenant compte de la diversité génétique de l'espèce et des isolats viraux. Les

bases moléculaires des interactions mises en évidences seront déterminées par séquençage de tout ou partie du génome viral ainsi

que par mutagénèse dirigée. Le projet contribuera à une meilleure compréhension de l'émergence du RYMV à partir de ses plantes

hôtes sauvages et de son histoire évolutive.

Résultats attendus et effets de levier :

- Les caractéristiques biologiques et moléculaires des isolats du RYMV capables d'infecter D. aegyptium sont déterminées; - L'effet de la diversité génétique de D. aegyptium sur les interactions hôte-virus est évalué - Le mécanisme de l'infection de D. aegyptium par les isolats du RYMV est élucidé - Les connaissances sur les bases moléculaires de l'interaction hôte-virus entre D. aegyptium et le RYMV permettent

d'envisager des moyens biotechnologiques de gestion du virus. Logistique à prévoir pour le LMI :

- Plateau technique de biologie moléculaire

- Base de données biologiques

- Moyens de séquençage




Date 7/02/14 8/02/14 9/02/14

Visa


du 30 janvier 2014


Date : 05/02/2014

Version 01

Titre du projet: Evaluation des risques de contournement des lignées résistantes par le RYMV en parcelles

expérimentales

Responsables: Oumar TRAORE, Eugénie Hébrard, Denis Fargette

Financement: néant


Résumé du projet: La panachure jaune du riz causée par le Rice yellow mottle virus (RYMV) est la plus importante maladie virale

du riz en Afrique avec des pertes pouvant atteignant 25-100%. La lutte génétique est le moyen le plus prometteur pour la gestion

de cette maladie. Des lignées résistantes ont été développées en conditions contrôlées mais leur comportement en conditions

naturelles d'infestation n'a pas été évalué. Ce projet propose de comparer le comportement de ces lignées en conditions contrôlées

et conditions de terrain afin (i) d'évaluer l'efficacité de la résistance développé contre le virus; (ii) d'identifier les meilleurs lignées

pour les introduire dans un programme de sélection participative; (iii) de fournir les informations nécessaires l'utilisation des

lignées résistantes développées dans un système de gestion intégrée du RYMV. L'évaluation des lignées sera réalisée en serre par

utilisation d'isolats viraux de caractéristiques biologiques et moléculaires déterminées. L'évaluation en plein champ sera réalisée en

parcelles expérimentales et en champs paysans. Les populations virales dans les sites d'expérimentation seront caractérisées au

niveau biologique et moléculaire. A terme, les résultats du projet serviront d'outils d'aide à la décision pour le déploiement des

lignées résistantes au RYMV.


- Le comportement des lignées résistantes est confirmé en conditions de terrain - Une méthode de criblage moléculaire des isolats capables de contourner les résistances est mises au point - Les populations virales sont caractérisées au niveau des sites d'expérimentation - L'évaluation des lignées résistantes en plein champs est faite de façon participative en impliquant les producteurs - Des stratégies de gestion intégrée sont mises en place sur la base du comportement des lignées résistantes de riz - Des modules de formations en gestion intégrée du RYMV sont développés à l'intention des producteurs

Logistique à prévoir pour le LMI :

- Plateau technique de biologie moléculaire

- Parcelles expérimentales

____________________________________

Titre du projet: Le virus de la panachure jaune du chiendent(IYMV): caractérisation pathogénique, moléculaire et

aspects épidémiologiques

Responsables : Moustapha KOALA; Drissa SEREME ; Oumar TRAORE

Financement ou co-financement : Proveg / PROJET PARRAF RESEAU

Demande associée: Néant

Résumé du projet

Le virus de la panachure jaune du chiendent (Imperata cylindrica (L.) P. Beauv.) ou Imperata yellow mottle virus (IYMV) est un

sobemovirus très proche de Rice yellow mottle virus qui est le plus important virus du riz en Afrique. L’IYMV a été décrit pour la

première fois en 2000 chez le chiendent (Kaboré, 2002 ; Sérémé et al. 2008). Les deux virus semblent avoir la même écologie,

l’IYMV ayant été surtout identifié sur l’imperata en zone de culture de riz. Ses hôtes sont peu connus et se limitent à Imperata

cylindrica, au maïs et à Rottboellia exaltata. L’IYMV n’est pas transmissible par graine. Dans la perspective d’augmenter les

productions de riz et de maïs avec deux cultures par an, il est indispensable d’approfondir la caractérisation de l’IYMV. Le présent

projet se propose d’étudier : (i) la gamme d’hôte artificielle et naturelle de IYMV ; (ii) la structuration des populations virales au

Burkina Faso ; (iii) les relations au plan moléculaire avec le virus de la panachure jaune de Rottboellia. Pour ce faire, la diversité

d'isolats représentatifs du IYMV du virus sera étudier au plan pathogénicité et moléculaire en s’inspirant des progrès réalisés pour

le RYMV : amplification des gènes viraux par RT-PCR et séquençage des produits, identification de variant pathogèniques, étude

des interactions entre les isolats, impact sur le rendement chez le maïs et criblage de variétés de riz pour déterminer si le riz est un

hôte.




Date 7/02/14 8/02/14 9/02/14

Visa


du 30 janvier 2014


Date : 05/02/2014

Version 01

Résultats attendus et effets de levier

Caractérisation de la diversité du IYMV au plan moléculaire

Evaluation de la pathogénicité du IYMV et regroupement des isolats selon leur origine géographique au Burkina Faso Description des principales espèces de plantes adventices hôtes et réservoirs du IYMV au Burkina Faso. Criblage des variétés locales ou commerciales de Maïs et de riz pour la résistance et/ou tolérance au virus de la

panachure jaune du chiendent. Evaluation de l'impact des principaux variants sur les pertes de rendement

Logistique à prévoir pour le LMI:

Utilisation du plateau technique

Déplacement sur le terrain

Produits chimiques pour l’extraction d’ARN et amplification par RT-PCR

Séquençage de produits PCR

____________________________________

Titre du projet: Epidémiologie des maladies émergentes à bégomovirus sur les cultures maraîchères au Burkina

Faso

Responsables: Oumar TRAORE, Jean-Michel LETT, Alassane OUATTARA, Edgar TRAORE, Fidèle TIENDREBEOGO

Financement: PEERS (AIRD), PARRAF Réseau proveg


Résumé du projet

Les plantes maraîchères représentent la majorité de ces cultures de saison sèche et offrent des produits contribuant à l'équilibre

alimentaire, la génération de revenues pour de nombreux petits producteurs. Ce groupe de plantes a été ciblé comme filière

porteuse dans la stratégie de croissance accélérée pour le développement durable (SCADD) du Burkina Faso adopté en 2011.

Depuis plusieurs années, des cultures comme la tomate, le gombo, les piments, les aubergines, les légumes-feuilles (Hibiscus spp.,

amarantes, épinard, etc…) sont affectées par des maladies virales émergentes liées aux difficultés de gestion des populations de

mouches blanches vectrices d’une grande majorité d’agents pathogènes viraux émergents dont les bégomovirus. L’objectif de ce

projet est d’élucider les aspects épidémiologiques majeurs de ces maladies afin de proposer des méthodes de gestion durable. Un

corpus réprésentatif d’isolats viraux collectés chez les cultures d’importance (tomate, gombo, piments) sera constitué pour une

caractérisation pathogénique et moléculaire. Parallèment, les principales données épidémiologiques (incidence, sources d’infection,

distribution spatio-temporelle, biotypes de vecteurs, impact sur le rendement, sources de résistance/tolérance) seront déterminées.

Ce projet permettra de décrire la diversité génétique des bégomovirus impliqués, et de générer des connaissances utiles pour (i)

dégager des recommandations de lutte à court terme, (ii) dévélopper à long terme des moyens de lutte intégrée durable.

Résultats attendus :

- Caractérisation moléculaire et biologique de nouvelles espèces de bégomovirus émergents chez la tomate, le gombo, les piments et les aubergines.

- Evaluation de l'impact des principaux bégomovirus sur les pertes de rendement. - Caractérisation moléculaire du complexe de biotypes de mouches blanches (Bemisia tabaci) impliqués dans la transmission

des bégomovirus au Burkina Faso. - Evaluation de la pathogénicité des bégomovirus émergents au Burkina Faso - Description des principales espèces de plantes adventices hôtes et réservoirs des

bégomovirus au Burkina Faso. - Criblage des variétés locales ou commerciales pour la résistance et/ou tolérance aux

bégomovirus. - Vulgarisation des connaissances concernant les maladies virales des plantes maraîchères et les voies de contrôles de ces

maladies auprès des acteurs de terrain (producteurs, techniciens de vulgarisation agricole).


- Utilisation du plateau technique de biologie moléculaire. - Enzymes (polymérase et restrictions).




Date 7/02/14 8/02/14 9/02/14

Visa


du 30 janvier 2014


Date : 05/02/2014

Version 01

Titre du projet : Le virus de la panachure jaune du riz : Diversité, Pathogénie, évaluation et déploiement de variétés

de riz résistantes à ce pathogène

Responsables : TRAORE Oumar, SEREME Drissa, SANON A. Mireille, BOUDA Zakaria,

Financement: International Foundation for Science (IFS)

Programme riz et Riziculture, INERA

Demande assoiciée :

- IFS, Elois L. CINYABUGUMA, Institut National pour L'Etude et la Recherche Agronomique (INERA) - République

Démocratique du Congo (Soumis)

- IFS, Institut de Recherche Agronomique de Guinée (IRAG)-Guinée Conakry (Soumis)

- A prévoir : demande de bourses SCAC dans leur pays respectif (Ambassade de France)

Résumé du projet :

La panachure jaune du riz est la maladie la plus dommageable à la culture du riz en Afrique. Elle est causée par le virus de la

panachure jaune du riz (Rice yellow mottle virus, RYMV) qui est un virus appartenant au groupe des sobemovirus décrite pour la

première fois à Kisumu au Kenya en 1970. Endémique au seul continent africain, cette maladie constitue le principal problème

phytosanitaire des riziculteurs chez qui, elle occasionne des pertes de récoltes allant de 10 à 100 %. Elle affecte tous les types de

riziculture. Le contrôle de la maladie repose presqu'exclusivement sur l'utilisation de la résistance variétale. La majorité du

germplasme du riz, qu'il soit Africain ou Asiatique, est sensible au RYMV. Toutefois, nos études antérieures ainsi que d'autres

menées par AfricaRice et l’IRD ont permis de sélectionner quelques variétés dotées d’une résistance partielle et de rares variétés à

résistance élevée à ce virus. Malheureusement, ces variétés n'ont pas fait l'objet d'une évaluation exhaustive (rendement,

comportement par rapport aux stresses biotiques et abiotiques) à travers les différentes zones agro-écologiques de nos pays où le

riz est cultivé, ce qui est un préalable à tout déploiement à grande échelle. En plus, la mise au point de toute lutte intégrée repose

sur l'épidémiologie du pathogène, or les connaissances sur la pathogénie de ce virus restent encore fragmentaires ce qui ne

favorise pas la recherche de méthodes de gestion durable ni la compréhension de l'apparition des épidémies. Le présent projet se

propose donc de (i) Elargir les collections de RYMV (ii) étudier les aspects épidémiologiques de ce virus (sérologie, pathogénie etc)

et établir une cartographie claire de la répartition du virus (iii) évaluer l'adaptabilité des variétés, résistantes/tolérantes à haut

rendement, aux conditions environnementales de nos pays respectif et cela en associant étroitement les producteurs dans le choix

des variétés à déployer. Cette approche à l'avantage de prendre en compte les préférences variétales des producteurs, favorisant

ainsi l'adoption des variétés retenues par ces derniers.

- L’établissement d’une carte de distribution du virus est établie et détaillée,

- Les données épidémiologiques de base permettant la proposition des stratégies appropriées de lutte contre la maladie sont

disponibles

-La collection d’isolats de RYMV est améliorée et mieux conservée

-La collection est mise à la disposition de la communauté scientifique et donc mieux valorisée.

- Les connaissances sur la diversité du RYMV sont améliorées

- Des variétés résistantes utilisables par les producteurs mais aussi par les sélectionneurs dans leur programme d’amélioration

variétale sont identifiées et disponibles

-Des stratégies de gestion durable des résistances sont proposées

Logistique à prévoir pour le LMI:

Séjour missionnaire, séjour rencontre et autres partenaires potentiels.

Formations, ateliers, manips au LMI :

Formation, atelier, Manip prévues dans le cadre du projet IFS pour les partenaires Congolais et Guinéen.




Date 7/02/14 8/02/14 9/02/14

Visa


du 30 janvier 2014


Date : 05/02/2014

Version 01

Titre du projet : Emergence et Caractérisation du virus de la nécrose à rayure du riz et son vecteur au Burkina Faso

Contributions : SEREME Drissa, OUEDRAOGO Ibrahima, BANGRATZ Martine, TRAORE Oumar

Financement : - Programme riz et riziculture INERA

- LMI Patho-Bios


Une nouvelle maladie virale du riz a été observée en Côte d’Ivoire dans les années 1977 puis par la suite dans des pays d’Afrique

de l’Ouest notamment au Libéria, Nigeria et Sierra Léone. Signalons que cette maladie a été signalée dans d’autres pays du monde

notamment en Colombie. Les symptômes se caractérisent par des rayures au niveau des feuilles des plants infectés, par des

malformations et très souvent par la mort de la plante infectée. Le virus de la nécrose à rayure du riz (RSNV pour Rice stripe

necrosis Virus) a été décrit comme agent pathogène responsable de cette maladie. Il s’agit d’un virus à ARN filamenteux

appartenant au genre Benyvirus. Il est transmis par un champignon du sol appelé Polymyxa graminis. Les pertes de rendements

causées par ce virus vont de 14 % à la perte totale de la récolte.

Au Burkina Faso, des symptômes typiques induits par ce virus ont été observés dans des parcelles expérimentales à Banfora dans

la région Ouest du Burkina Faso. Dès lors, des investigations ont été conduites afin de confirmer l’identité de l’agent causal ainsi

que celle du champignon vecteur. Ainsi, des feuilles présentant des symptômes typiques du RSNV ont été collectées. Des

prélèvements d’échantillons de sol ont également été réalisés et transportés au laboratoire. Des amorces spécifiques ont été

désignées pour amplifier, par RT-PCR, le gène codant la protéine de capside (ARN-2). Nos résultats préliminaires obtenus après

amplification et séquençage partial confirment que l’agent pathogène responsable des symptômes observés est le virus de la

nécrose à rayures du riz. Des tests de transmission en utilisant les échantillons de sol collectés sont en cours. Le présent projet vise

donc à (i) étudier la répartition géographique de ce virus, (ii) déterminer ses caractéristiques biologiques et moléculaires, (iii)

caractériser le champignon du sol Polymyxa graminis, vecteur de transmission du RSNV et (iv) mettre au point un kit de diagnostic

sérologique du RSNV.

Résultats attendus

- Les caractéristiques biologiques et moléculaires du RSNV sont déterminées

- Une collection de RSNV et de son vecteur est réalisée

- Les caractéristiques du vecteur Polymyxa graminis sont déterminées

- Un kit de détection du RSNV est mis au point

- Des stratégies de gestion du RSNV sont proposées et vulgarisées à travers des fiches techniques

A PREVOIR DANS LE CADRE DU LMI:

- Contribution pour les prospections et collecte d’échantillon

- Consommables

- Séquençage

____________________________________




Date 7/02/14 8/02/14 9/02/14

Visa


du 30 janvier 2014


Date : 05/02/2014

Version 01

Titre du projet : Caractérisation spatio-temporelle du virome du niébé au Togo et au Burkina Faso par une approche

innovante de géo-métagénomique

Responsables du projet : Mrs M. Sawadogo, O. Traore, M. Peterschmitt et P. Roumagnac

Financement ou co-financement : Ambassade de France au Togo (voyage et participation aux frais de mission en France) CIRAD (complément des frais de mission en France, et fonctionnement de laboratoire à l’UMR BGPI), LMI (frais de prospection sur le terrain)

Demande associée: bourse de thèse : « Service de Coopération et d’Action Culturelle » de l’ambassade de France au Togo


Ce projet vise à combler les manques de connaissances relatifs à la diversité virale sur niébé et plus précisément dans les régions

productrices du B. Faso et du Togo. Les virus sont une menace redoutée sur niébé notamment en raison d’une importante

transmission verticale par la graine. Le projet est basé sur une approche originale et innovante de détection virale basée sur un

criblage par la métagénomique de phytovirus. La diversité des virus du niébé sera décrite finement et de façon relativement

exhaustive. L’étiquetage moléculaire des séquences issues de chaque plante analysée permettra de resituer chaque virus détecté

dans son environnement d’origine et de révéler ainsi sa distribution spatio-temporelle et sa prévalence relative par rapport aux

autres virus détectés. Nous tenterons d’interpréter les distributions obtenues en fonction des données agro-écologiques connues

ou relevées au moment de la récolte des échantillons.

Grâce à l’approche métagénomique qui sera développée en début de thèse, les virus les plus fréquents et potentiellement les plus

dommageables seront identifiés. La gamme d’hôte, la virulence et la transmissibilité par graine de ces virus seront déterminés afin

d’identifier les virus à prendre en compte dans la sélection de plantes résistantes et dans le contrôle des semences pour limiter leur

dissémination verticale.

Résultats attendus et effets de levier : Grâce à l’approche sans a priori de détection des virus, nous espérons proposer une

nouvelle grille de lecture de la menace virale sur niébé avec un inventaire viral quasi-exhaustif, cartographié et pondéré selon l’

importance relative de chaque virus. Cette grille sera éprouvée par un deuxième échantillonnage sur les mêmes sites à un an

d’intervalle. Un effet de levier est attendu de cette nouvelle grille et des tests biologiques qui y sont associés (gamme d’hôte,

virulence, transmissibilité) permettant de focaliser de façon raisonnée les tests de diagnostic « classique » sur les virus les plus

importants et possiblement sur des virus précédemment inconnus. En cas de structuration spatiale des virus des zones à risque

pourront être délimitées et des facteurs explicatifs pourront être proposés. L’ensemble de ces résultats devrait contribuer à une

meilleure protection du niébé contre les attaques virales par la certification des semences, par la sélection de variétés résistantes,

par des recommandations de bonnes pratiques culturales en fonction des zones et facteurs à risques identifiés. Parallèlement, les

résultats générés et le nouveau matériel génétique viral disponible profiteront aux agents CIRAD, INRA et IRD des équipes BGPI et

RPB impliquées dans ce projet ainsi qu’à leurs partenaires africains pour le développement des études qu’ils conduisent dans les

domaines de la pathologie, de l’écologie et de la phylogénétique virales.

Logistique à prévoir pour le LMI : Aide à la prospection de 2014. Suivant les résultats obtenus, il sera peut être nécessaire de

poursuivre l’échantillonnage temporelle au delà de 2014 pour confirmer sur un pas de temps plus long des dynamiques observées

entre 2013 et 2014.

Prospections, voitures etc. : Renouvellement de la campagne d’échantillonnage effectuée en 2013 (voiture, logement, repas

etc.).

Dates prévisionnelles des prospections : Septembre-Octobre 2014.

____________________________________




Date 7/02/14 8/02/14 9/02/14

Visa


du 30 janvier 2014


Date : 05/02/2014

Version 01

Titre du Projet : Rôle des petits ARNs et expression des principaux gènes de la voie du silencing au cours de

l’infection du RYMV.

Responsables: S Lacombe, M Bangratz, C Brugidou

Financement: LMI Patho Bios

Demande associée : Etudiant Master Université de Ouaga ou Bobo

Résumé du projet

Le silencing ou l’extinction des gènes est un mécanisme essentiel pour la régulation des gènes, pour le maintien de l’intégrité du

génome, et une composante importante du système immunitaire des plantes. Ce mécanisme au travers de la production de petit

ARNs de 21 -24 nts cible de façon spécifique des ARNs complémentaires qui sont ensuite dégradés. Dans ce projet, nous

investiguons le rôle du silencing à plusieurs niveau :

1-Est-ce que les petits ARNs viraux produits au cours de l’infection ont un rôle au cours de l’infection du virus de la panachure

jaune du riz ? A partir d’une analyse in silico sur le génome du RYMV, 5 cibles ont été identifiées comme potentiellement

dérégulées par le virus à partir des siRYMV de 21 et 24 nts. Dans ce projet nous validerons la diminution d’expression de ces cibles

au cours de l’infection.

2-Est-ce que les mi et siRNA du riz sont manipulés au cours de l’infection et particulièrement par la protéine P1 ? Un premier

séquençage NGS a été réalisé sur des apex de plantes transgéniques qui sur-expriment P1TZ3 et P1MG1 versus des plantes non

transgéniques. Une liste de petits ARNs de 21 et 24 ont été identifiés sur leur surexpression ou leur sous- expression. Dans ce

projet nous validerons cette dérégulation part RT-PCR sur des plantes infectées.

3- Est-ce qu’au cours de l’infection certains gènes de la voie du silencing sont particulièrement touchés. Nous avons identifié les

principaux gènes impliqués. Dans ce projet nous suivrons l’expression de ces gènes au cours de l’infection sur 3 génotypes

Glaberrima sensible, tolérant et résistant. En fonction des résultats nous réaliserons la même expérience sur des plantes infectées

par Xoo, Xoc, et Pyrri.

Résultats attendus et effets de levier: rôle du silencing dans l’infection, des nouvelles cibles et identification de marqueurs de

l’infection, mise en évidence du rôle du silencing dans les synergies d’infection entre différents pathogènes. Si les résultats

obtenus sont positifs nous pourrons alors appliqués pour des appels d’offres du type ANR-bioadapt ou similaire.

Localisation Kamboinsé, Génotypes ?

Manip: RT-PCR, oligonucléotides

____________________________________

Titre du projet: Identification et caractérisation des virus infectant la patate douce au Burkina Faso

Responsables: Ezéchiel TIBIRI, Fidèle TIENDREBEOGO, Oumar TRAORE

Financement: CIP, INERA, PEERS (AIRD)


Résumé du projet: Les maladies virales constituent la deuxième contrainte majeure de la production de la patate douce au

Burkina Faso après les problèmes causés par les charançons. Les virus responsables de ces maladies sont entre autres le Sweet

potato feathery mottle virus (SPFMV; genre Potyvirus, famille Potyviridae), le Sweet potato chlorotic stunt virus (SPCSV; genre

Crinivirus, famille Closteroviridae), le Sweet potato leaf curl virus (SPLCV ; Genre Begomovirus, famille Geminiviridae) et des

alphasatellites (données non encore publiées). Ces virus ont été caractérisés à l’échelle moléculaire grâce aux nouvelles

générations de séquençage (NGS). Ces données moléculaires traduisent bien la diversité des symptômes observés sur le terrain.

Les phénomènes d’interactions synergiques sont courants entre ces virus. C’est ainsi que l’interaction entre le SPCSV et le SPFMV

résultant de co-infection est responsable d’une maladie très sévère pouvant causée des pertes des récoltes de l’ordre de 100%. Les

connaissances sur ces virus restent néanmoins incomplètes, avec plusieurs symptômes de type viral, dont l'étiologie n'est pas

encore connue. Une contribution majeure du projet sera d'approfondir l'inventaire des virus de la patate douce au Burkina Faso et

d’élaborer des outils moléculaires de suivi des virus identifiés. Cela permettra d'avoir de meilleures connaissances sur leur diversité,

et la présence éventuelle de souches virales recombinantes.


- Identification des virus infectant la collection de patate douce de l’INERA. - Caractérisation moléculaire et biologique des principaux virus infectant la patate douce.

- Connaissance des variétés de patate douce résistantes aux différents virus. - Vulgarisation des connaissances concernant les maladies virales de la patate douce auprès des acteurs de terrain

(producteurs, techniciens de vulgarisation agricole).




Date 7/02/14 8/02/14 9/02/14

Visa


du 30 janvier 2014


Date : 05/02/2014

Version 01


- Produits chimiques pour l’extraction d’ARN et d’ADN et amplification par PCR.

- Séquençage des produits d’amplification PCR.

- Missions de terrain

_________________________________________________________________________

LMI Patho-Bios -Projets Bactéries

Titre du Projet : Evaluation de la durabilité de nouvelles sources de résistance à Xanthomonas oryzae

Responsables : Issa WONNI (INERA, Bobo) & Boris SZUREK (IRD, Montpellier)

Financement ou co-financement: Projet MENERGEP (GRiSP) jusque fin 2014 et demande de renouvellement de soutien à l'IFS

par Issa WONNI en cours.

Demande associée: une Bourse d’échange scientifique et technologique (BEST) de 4 x 3 mois sera sollicitée pour Issa WONNI à

l'appel de Mars 2014.

Résumé du projet:

La bactériose vasculaire (BLB) et à stries foliaires (BLS) respectivement dues à Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) et X. oryzae

pv. oryzicola (Xoc), sont deux redoutables maladies du riz qui sévissent en Afrique de l’Ouest et particulièrement au Burkina Faso.

Au cours de leurs travaux de thèse, Issa Wonni (thèse en co-tutelle UM2/UPB soutenue en Octobre 2013) et Mathilde Hutin (thèse

UM2 en cours) ont découvert de nouvelles sources de résistance dont les analyses en laboratoire ont permis de montrer leur

grande efficacité d'action face à un large spectre de souches africaines de X. oryzae.

Plus précisément, des variétés adaptées au régime de culture pluviale telles les NERICA 12, NERICA 13 et NERICA 17 et

les variétés améliorées FKR19 et FKR43, présentent une résistance à large spectre, efficaces à la fois contre Xoo et Xoc en

conditions d'inoculation artificielles. De plus, le phénotype de résistance (à Xoo) a pu être observé à tous les stades de croissance

végétative (plantule, début tallage, tallage maximale-maturité) de la plante. Ces données sont d'autant plus importantes que le riz

est très sensible aux bactérioses durant le stade plantule, notamment du fait des blessures provoquées lors de la transplantation

(Wonni et al., in prep.)

Enfin, la caractérisation d'accessions d'O. barhii et O. glaberrima a conduit à l'identification de l'allèle de résistance xa40,

efficace contre plusieurs souches de Xoo issues d'Afrique de l'Ouest ainsi que d'Asie (Hutin et al., in prep).

Pour ces diverses sources de résistance, il est désormais indispensable de mener des analyses au champs, afin d'évaluer leur

durabilité dans un contexte d'infections naturelles. En particulier, il s'agira de caractériser la nature (diversité et pathotypes) des

populations de X. oryzae identifiées sur des parcelles expérimentales semées avec les accessions résistantes dans des régions

connues pour subir une forte pression épidémique (points chauds).


1. Evaluation de la durabilité de nouvelles sources de résistance à large spectre d'action.

2. Evaluation des risques de contournement.

3. Caractérisation moléculaire des souches de Xo capables de contourner les résistances.

Effets de levier :

1. Si les sources de résistance concernées donnent des résultats encourageants en terme de durabilité, nous serons plus à

même de convaincre les bailleurs de fond de financer des expériences visant au clonage moléculaire des loci correspondants

(BMGF, ARTS).

2. Les données éventuelles sur le contournement des résistances et la caractérisation des déterminants moléculaires

impliqués chez le pathogène, pourrait donner lieu à la rédaction de projets de recherche plus fondamentaux (ANR).

Logistique à prévoir pour le LMI: Echantillonnage sur parcelles expérimentales (Sourou, Bagré et Karfiguela) et

isolement/caractérisation de souches en laboratoire.

Prospections, logement, séjour des missionnaires ou étudiants, voitures etc....

L'échantillonnage impliquera 2 prospections de 10 jours (au mois d'Octobre et/ou de Novembre) et l'utilisation d'un véhicule (et

chauffeur). Le travail sera assuré en partie par un étudiant (rémunéré) de niveau Master et dont les activités correspondront à son

travail de recherche lors de son stage.

____________________________________




Date 7/02/14 8/02/14 9/02/14

Visa


du 30 janvier 2014


Date : 05/02/2014

Version 01

Titre du Projet : Investigation of the presence of pathogen and endophytic Burkholderia associated with rice in

Burkina Faso

Responsables : Agnieszka Klonowska (LSTM), Issa Wonni (INERA, Bobo Dioulasso)

Chercheurs associés : Gilles Bena et Lionel Moulin (LSTM), Boris Szurek et Charlotte Tollenaere (RPB)

Résumé du projet: The local production of rice in Burkina Faso fulfils only 30% of the demand (FAO sources) the lacking part

being imported and submitted to price fluctuation (60% increase of price during 2007-2008). In spite of the increase of rice

cultivated areas in the last 20 years the production yield is poor resulting from erratic rains and extended drought periods during

the cropping season, lack of small farm equipment, inadequate supplies like seeds and fertilizer. Ongoing rice production increase

highlights the risk for the emergence of rice pathogens such as B. glumae and B. gladioli which affect entire fields and cause

important yield losses (Ham et al., 2011). Presence of B. glumae in rice has been reported for a long time in Asia, and recently is

dramatically expanding in North and Central America. It is described today as the next major rice bacterial pathogen and its

proliferation seems to be linked with the global climate warming (Ham et al., 2011). The presence of B. glumae on rice in Burkina

Faso was detected by Ouedraogo et al. in 2004 but no further characterization was performed. On the other hand, several species

Burkholderia have shown to induce beneficial effects on rice. One example is endophytic B. kururiensis which when inoculated on

plants allowed an increase of more than 30% in rice yields (Baldini et al., 2000).

The objective of the current project is to investigate the presence in Burkina Faso of pathogenic and, for the first time, of

endophytic Burkholderia on cultivated rice. Questions addressed in this project are the following: Can we detect the presence of

pathogen and endophytic Burkholderia on cultivated rice in Burkina Faso? What is the origin of detected pathogenic Burkholderia

strains and which level of diversity can we detect? Do endophytic Burkholderia have the positive effect on rice growth?

The first part of our project will focus on the identification of bacterial isolates collected from rice (grains and roots) and

their characterization, with the specific emphasis on Burkholderia. The partner from Burkina Faso, Dr. Issa Wonni (INERA, Bobo

Dioulasso) already possesses a collection of bacterial strains isolated from rice showing symptoms similar to panicle blight

(infection with B. glumae). We propose to firstly optimize the isolation and identification methods for pathogenic Burkholderia at

LSTM (Montpellier), and then, to categorize isolates by screening of bacteria on selective culture media and identified at the

taxonomic level by PCR at LMI (Bobo). The second part of the project concerns prospection and sampling of cultivated rice plants

showing B. glumae-like symptoms in order to enlarge pathogenic and endophytic Burkholderia collection. The sampling campaign

will be carried out in 3 locations (Karfiguela (Cascades), Vallée du Kou (Haut Bassin), Gaoua (Sud-Ouest)) to collect i) seeds for

isolation of pathogenic strains and ii) roots systems for endophytic bacteria. Pathogenic Burkholderia will be identified using

methods optimized in the first part of the project and roots systems will be sent to Montpellier (LSTM) for isolation and

characterization of endophytic Burkholderia.

Résultats attendus et effets de levier : With present project we aim to initiate the study of Burkholderia pathogen of rice in

Burkina Faso, but also to start the more general epidemiologic study of pathogenic Burkholderia in Africa and to integrate the data

in word-wild Burkholderia survey (AfricaRice, CABI, CIAT..). Moreover, the collection of pathogen and endophytic Burkholderia

strains will be incorporated in further studies concerning the Burkholderia genus evolution and origin of pathogenic and symbiotic

properties of species in this genus. Last but not least, it will help to establish a new collaboration between our team (DEARS,

LSTM), INERA (Burkina Faso), LMI Patho-Bios and people from RPB working on Xanthomonas in Burkina Faso.

Logistique à prévoir pour le LMI: The isolates characterization experiments (isolation, bacterial cultures and PCR) will be

performed in Bobo Dioulasso in LMI laboratory, with the help of a Master student (to be recruited) during 6 months stage in INERA

under the direction of Dr Issa Wonni, with the scientific and technical help of Martine Reyser Brangratz (LMI Patho-Bios,

Ouagadougou). Depending on the facilities and budget available in the LMI, Sequencing of PCR products will be either send directly

by the LMI or taken in charge by Dr Agnieszka Klonowska (LSTM, Montpellier).

Prospections, logement, séjour des missionnaires ou étudiants, voitures etc.... A car will be reserved for duration of the

survey and sampling campaign. If the LMI do not fund mission for French partner, we will try to get funding for a mission of one of

the French partner in Burkina. If successful, hiring of accommodation will be request.

Dates pour les formations, ateliers, prospections, manips au LMI (Ouagadougou, Bobo ou les deux) etc.... The

experiments should be carried out in LMI (Bobo) during two months at the beginning of the project and during two months after

sampling campaign (October –November of 2014).




Date 7/02/14 8/02/14 9/02/14

Visa


du 30 janvier 2014


Date : 05/02/2014

Version 01

LMI Patho-Bios-Projet Nématode

Titre du Projet : Résistance du riz aux virus et nématodes à galles : caractérisation de l’interaction entre effecteurs

de virulence du parasite et protéines de type Hubs de la plante-hôte.

Responsables : Diana FERNANDEZ, DR-IRD, équipe Effecteurs-Cibles Meloryza, UMR186-Résistance des Plantes aux

Bioagresseurs, IRD de Montpellier / [email protected] et Florence VIGNOLS, CR-IRD, équipe Effecteurs-Cibles Silenoryza,

UMR186-Résistance des Plantes aux Bioagresseurs, IRD de Montpellier / [email protected]

Demande de financement

Notre demande s’inscrit dans le cadre d’un projet co-financé1 par la Fondation Agropolis (Montpellier-France) et la CAPES (Brésil),

impliquant deux équipes de l’IRD, l’Embrapa à Brasilia et l’Institut du Développement Rural à l’Université Polytechnique de Bobo

Dioulasso. Le projet inclut le financement d’un complément de bourse de thèse pour un étudiant Burkinabé pour un séjour à

l’IRD pendant une période de 6 mois permettant d’assumer les frais de subsistance sur place, ainsi qu’un billet d’avion aller-

retour Burkina Faso-France pour le(la) candidat(e) sélectionnée.

Montant sollicité auprès du LMI PathoBios : 3000 €. Ce budget est destiné à complémenter le projet pour supporter en

partie les frais d’accueil et d’expérimentation à l’IRD Montpellier d’un étudiant Burkinabé (achat de kits pour la qRT-PCR, de

primers, et de matériels pour la biologie cellulaire).

Topologie de la demande : Action de recherche et de formation (niveau doctorant)

Le (la) candidat(e) participera aux analyses par qRT-PCR et de BiFC. Il (elle) se verra proposer une formation pratique aux

analyses en microscopie confocale, aux méthodes d’interactions protéine-protéine par la méthode du double hybride, et aux

méthodes d’infections de plants de riz.

Résumé du projet : Les pathogènes mettent en place de nombreuses stratégies pour infecter leurs hôtes et détourner leur

machinerie cellulaire à leur profit, mais ciblent souvent un nombre limité de protéines chez l’hôte, appelées protéines Hubs. Ces

protéines jouent un rôle central dans les dialogues cellulaires car elles interagissent physiquement avec un très grand nombre de

protéines ; leur ciblage par des effecteurs de pathogènes permettrait ainsi à ces derniers de détourner, contrôler, voire interrompre

certains dialogues cellulaires essentiels aux mécanismes de défense des organismes. Des travaux récents effectués chez la plante

modèle Arabidopsis ont récemment révélé qu’un nombre limité de protéines Hubs (<20) est ciblé par plusieurs effecteurs de

virulence codés par des pathogènes de diverses natures. Nous analysons actuellement la capacité d’effecteurs de parasites

caractérisés dans nos équipes (protéines du rice yellow mottle virus endémique à l’Afrique, et du nématode Meloidogyne incognita,

parasite de nombreuses cultures en Afrique) à interagir physiquement avec diverses protéines Hubs du riz et du soja.

Objectifs et résultats attendus. A l’heure actuelle, plusieurs interactions physiques entre protéines Hubs et certains de nos

effecteurs ont été révélées par des approches de double hybride dans la levure, validant ainsi la capacité des pathogènes à cibler

certains réseaux d’interaction cellulaires. Ces partenariats Hubs-Effecteurs doivent maintenant (1) être validés in planta par

complémentation bi-moléculaire par fluorescence (BiFC), ce qui nous permettra par la suite de nous intéresser à des aspects plus

mécanistiques, grâce aux données de diversité des pathogènes obtenues en partenariat avec les personnels de l’UMR186 en poste

au LMI PathoBios. Nous souhaitons aussi (2) analyser la capacité des protéines effectrices de parasites à modifier l’expression des

gènes codant les protéines Hubs identifiées, ce qui constituerait pour les pathogènes un double contrôle des réseaux de dialogues

cellulaires. Il est attendu que ces travaux nous permettent d’identifier des gènes candidats pour développer des outils et stratégies

pour améliorer la résistance des plantes d’intérêt agronomique.

1 projet CAPES-Fondation Agropolis 1102-004, (2012-2014) “ Protein-protein interaction mapping between

effectors of root-knot nematodes and virus with Hub proteins encoded by plants of agronomical values”






Date 7/02/14 8/02/14 9/02/14

Visa


du 30 janvier 2014


Date : 05/02/2014

Version 01

LMI Patho-Bios-Projets Champignons

Titre du Projet : Etude de la diversité génétique et pathogénique au sein des populations de Magnaporthe grisea,

agent causal de la pyriculariose du riz , identification des sources de resistances et recherche de méthodes

alternatives de lutte à base d’extraits de plantes à la maladie au Burkina Faso et au Togo.

Responsables : Abalo Itolou KASSANKOGNO1 et Ibrahima OUEDRAOGO2 (1&2 INERA/BOBO)

Financement : Néant cependant une demande de soutien a l’IFS en cours

Demande associé : Bourse alternance SCAC sera sollicitée à l’appel de Mars 2014


La Pyriculariose du riz causée par Magnaporthe grisea est la principale maladie fongique du riz au Burkina et au Togo. Des

perte de 100% peuvent être enregistrer dans certaines conditions et pratiques culturales (Vera Cruz et al.,2007). Ces pertes sont

très variables en fonction des pays, de l'intensité des dégâts, des organes attaqués et de la période d'attaque. A l’echelle annuelle

et mondiale,les perte peuvent atteindre plusieurs millions de tonnes,soit 10% à 30% des récoltes (Skamnioti et Gurr,2009), Depuis

des années la lutte variétale est utilisé toutefois, de très nombreux cas de faillite de résistance ont été observés pour des raisons

liées à la variabilité existante chez les populations du champignon (séré et al 2007).

Le contrôle des maladies depuis des décennies, s’est principalement effectué par l’utilisation des pesticides qui s’avèrent

toxiques non seulement pour les pathogènes, les plantes mais aussi pour les consommateurs. C’est pourquoi l’utilisation des

composés naturels devient une nécessité dans le contrôle des agents pathogènes des cultures.

L’objectif principal de l’étude est d’améliorer la productivité du riz à travers l’utilisation de la résistance variétale adaptée à la

diversité des populations de Magnaporthe grisea.

Les objectifs spécifiques:

Op1 :Constituer une collection d’isolats de Magnaporthe grisea des zones rizicoles des régions des Hauts-Bassins, du Mouhoun,

des Cascades, du Sud-ouest, du Centre-Est et de l’Est pour le Burkina Faso et ceux Savanes, de la Kara, des Centrales, du Plateau

et des Maritime pour le Togo.

Op2 : Caractériser la diversité génétique et pathogénique des isolats;

Op3 : Cribler les génotypes de riz cultivées au riz au Burkina Faso et au Togo avec la diversité des isolats pour l’identification de sources de résistance adaptées;

Op4 : Rechercher des méthodes alternatives de lutte à base d’extraits de plantes locales contre la pyriculariose.

Les hypothèses de recherche i.Avec la diversité des génotypes de riz cultivés au Burkina Faso et au Togo, il existerait une grande diversité génetique et

pathogènique au sein des populations de Magnaporthe grisea. ii. Des gènes de résistance adaptées à la diversité des souches de Magnaporthe grisea serait présents dans Oryza glaberrima et de

Oryza sativa . iii.Des espèces végétales ayant des effets fongicides capables de contrôler Magnaporthe grisea existeraient parmi la diversité des

espèces de plantes au Burkina Faso et Togo Résultats attendus • la collection de souches de Magnaporthe grisea au Burkina Faso et Togo est réalisée • la caractérisation génétique et pathogénique des souches est réalisée • le criblage de génotypes de riz aux isolats caractérisés est fait et des variétés de riz résistantes sont connues • Une lutte à base d’extrait de plante est conçue avec la concentration minimale efficace de chaque extrait déterminée

Logistique à prévoir pour le LMI: Echantillonnage sur parcelles expérimentales et sur les parcelles paysannes dans les trois zones agro- écologique du Burkina et les 5 régions du Togo et isolement/caractérisation de souches en laboratoire. Prospections, logement, séjour, voitures etc.... Pour les trois zones agroécologiques du Burkina-Faso et les cinq régions économiques du Togo: la distance à parcourir varient entre 30 et 650 Km; les visites qui dureront cinq jours dans chaque zone ou région se feront à deux (chauffeur/ Moi ).




Date 7/02/14 8/02/14 9/02/14

Visa


du 30 janvier 2014


Date : 05/02/2014

Version 01

LMI Patho-Bios -Projets Multipathogènes

Titre du Projet : Interactions inter-espèces de pathogènes chez le riz des mécanismes aux conséquences

épidémiologiques

Responsables : Charlotte Tollenaere (IRD), en collaboration avec Séverine Lacombe (IRD), Issa Wonni (INERA), Drissa

Sérémé (INERA)

Contexte : Les organismes animaux et végétaux font face à des pressions parasitaires importantes les conduisant à être co-

infectés, de façon simultanée ou bien séquentielle, par plusieurs espèces de pathogènes. Or la présence d’un pathogène peut

affecter le déroulement de l’infection par d’autres pathogènes au sein d’un même hôte, que ce soit de façon directe (compétition

pour la ressource par exemple) ou bien indirectement via la modulation des défenses de l’hôte.

L’intensification de la culture du riz en Afrique de l’Ouest expose cette céréale à un risque accru d’émergence de maladies, et à une

augmentation de la fréquence des infections multiples ou co-infections. Dans ce contexte, nous proposons une étude intégrative

de différents agents pathogènes du riz, afin de mettre en évidence des interactions inter-espèces de pathogènes, d’en

comprendre les mécanismes et d’estimer leurs possibles conséquences épidémiologiques.

Les résultats préliminaires montrent un synergisme entre le virus RYMV et la bactérie Xanthomonas oryzae pv oryzicola,

avec des symptômes viraux plus prononcés et une accumulation virale accrue en cas de co-infection, par rapport au témoin infecté

par le virus seulement. Ce synergisme existe aussi dans le cas où les deux pathogènes ont été inoculés sur des feuilles différentes,

suggérant un effet indirect, via les défenses de l’hôte.

Résumé du projet

Le premier objectif du projet est d’initier l’étude des mécanismes moléculaires sous-jacents, en ce focalisant sur le gene

silencing, mécanisme de défense basal contre les pathogènes. Il a ainsi été récemment mis en évidence que l’infection de la

plante par Xanthomonas oryzae (Xo) est spécifiquement corrélée à l’induction de petits ARNs (small RNA), acteurs centraux de

gene silencing. Ces sRNA pourraient agir sur les mécanismes de défense de la plantes, et par conséquence jouer un rôle majeur

dans les interactions inter-espèces de pathogènes. Nous étudierons ainsi des associations entre polymorphisme pour l’induction de

sRNA chez la bactérie et intensité de l’interaction avec le virus. De plus, le virus RYMV est capable de contourner le mécanisme de

défense gene silencing par l’intermédiaire de protéines virales dites suppresseurs de gene silencing. L’intensité de cette

suppression étant variable selon l’isolat viral, nous testerons l’effet de ces différences sur l’interaction avec les bactéries. Cet aspect

fait l’objet d’un stage de Master 1 cette année ; les études moléculaires pourront être transférées et poursuivies à Ouagadougou

lors de la mission de Séverine Lacombe.

D’autre part, le projet vise à étudier les conséquences épidémiologiques de cette interaction, démontrée pour le moment à

l’échelle de la plante, en menant des expériences complémentaires, à plus grande échelle, au Burkina Faso. Des infections

expérimentales en conditions semi-contrôlées seront menées à Ouagadougou et nous initierons aussi un suivi des infections

naturelles bactériennes et virales dans des sites définis (parcelles d’étude) ; avec pour objectif de comparer l’épidémiologie de

chacune des maladies dans un contexte de co-infection, par rapport à des infections simples.

Expériences / Missions prévues pour 2014 :

- Expériences de co-infection en conditions contrôlées avec diversité virale et bactérienne (serres Montpellier) et analyses des

sRNA induits lors de l’infection vs co-infection : Stage de Master 1 (Univ. Montpellier) prévu de mars à juin 2014 (co-

encadrement

- Expériences de co-infection en conditions semi-contrôlées (mini-parcelles expérimentales sous moustiquaires) à Ouagadougou

- MLD (Mission Longue Durée) : S. Lacombe en octobre-novembre 2014 avec transfert des études mécanistiques à

Ouagadoug

- Mission courte (2 semaines) : C. Tollenaere mi-

de financement (billet avion AR, une semaine sur le terrain) par le LMI.




Date 7/02/14 8/02/14 9/02/14

Visa


du 30 janvier 2014


Date : 05/02/2014

Version 01

Titre du Projet : Mise en place de parcelles expérimentales de riz visant à l’étude des interactions Climat/Sol sur

l’épidémiologie de différents pathogènes.

Responsables : Charlotte Tollenaere (IRD), Issa Wonni (INERA) et Christophe Brugidou (IRD)

Contexte :

La dynamique des maladies infectieuses est gouvernée par un triangle de facteurs : le pathogène, l’hôte et l’environnement ; ce

dernier regroupant de nombreux facteurs tels que le climat, le sol ou les pratiques culturales dans le cas des plantes cultivées.

Le riz est une culture en pleine expansion au Burkina Faso, ce qui rend cruciale une meilleure compréhension de la dynamique des

maladies affectant le riz, dont notamment le virus de la panachure jaune (RYMV), la bactériose foliaire (Xanthomonas oryzae), la

pyriculariose (champignon Magnaporthae oryzae) et les infections dues aux nématodes à galles.


L’objectif est de mettre en place des parcelles d’étude, permettant un suivi sur le long terme de la dynamique des maladies du riz,

afin de comprendre les facteurs déterminants leur épidémiologie. Pour ce faire, des champs expérimentaux seront cultivés, en

utilisant un petit nombre de variétés de riz (l’objectif de l’étude n’est pas la diversité de la plante hôte, bien étudiée par ailleurs),

mais à travers une diversité d’environnement. Ainsi, les sites seront situés dans les différentes zones climatiques du Burkina Faso,

et chacune des parcelles comprendra différents types de pratiques culturales, notamment en termes de type et dose d’intrants.

En effet, les engrais appliqués sont connus pour affecter le développement des maladies des plantes (Snoeijers et al 2000). Ainsi,

chez le riz, la quantité de nitrogène a un effet fort sur la sensibilité au champignon Magnaporthae oryza et les mécanismes et le

déterminisme génétique de cette sensibilité induite par le nitrogène ont été étudiées (Ballini et al., 2013). Des études

expérimentales viseront à établir si un tel effet existe pour les autres maladies du riz, notamment le virus RYMV et les bactéries du

genre Xanthomonas.

Nous visons à entreprendre un premier test en 2014 avec la mise en place des deux premières parcelles d’étude à Karfiguela et à

la vallée du Kou où l’INERA dispose de parcelles expérimentales. L’objectif est ainsi de tester la mise en place de parcelles d’études

en 2014, puis d’étendre le dispositif à 6-8 parcelles situées dans différentes zones climatiques du Burkina Faso en 2015.

Dans un contexte de changement climatique, nous visons ainsi à mettre en place un suivi épidémiologique sur le long terme, dans

des parcelles présentant un environnement bien caractérisé.

Expériences / Missions prévues pour 2014 :

- Expériences en conditions contrôlées (serres à Montpellier) visant à mettre en évidence l’effet des intrants sur les infections

virales et bactériennes

- Mise en place des deux parcelles d’étude : missions de Issa Wonni pour l’aménagement initial (juillet) ; emploi d’un manœuvre

pour la culture dur riz (4 mois) de

financement par le LMI : emploi du manœuvre, deux missions intra-Burkina, et un billet AR depuis Montpellier.

Références:

Ballini E, Nguyen TTT & Morel JB (2013) Diversity and genetics of nitrogen-induced susceptibility to the blast fungus in rice and

wheat. Rice 6:32.

Snoeijers SS, Perez-Garcia A, Joosten MHAJ &De Wit PJGM (2000) The effect of nitrogen on disease development and gene

expression in bacterial and fungal plant pathogens. European Journal of Plant Pathology 106: 493–506.




Date 7/02/14 8/02/14 9/02/14

Visa


du 30 janvier 2014


Date : 05/02/2014

Version 01

Projet exploratoire: Biotechnologies

Titre du projet: Développement de bioréacteurs végétaux et de technologies amplicon / VIGS chez les monocotylédones (riz et

maïs)

Responsables :

- Responsable Brésil : Maria Fátima Grossi de Sa, EMBRAPA

- Responsable Burkina Faso : Drissa Sérémé, INERA

- Responsable France : Séverine Lacombe, IRD

Financement : Agropolis Fondation – Capes (début 01/11/2013, fin 31/12/2015)

Demande associée :

- MLD Jean-Paul Brizard acceptée (octobre novembre 2014)

- MLD Séverine Lacombe acceptée (octobre novembre 2014)

- à prévoir : demande aide fonctionnement auprès de l’Ambassade, auprès du LMI

- à prévoir : demande de bourses ARTS, BEST pour 2015 suivant l’avancé du projet


The project presented here involves three internationally recognized Institutes that will work in partnership: UCB/Embrapa, Plant-

Pest Molecular Interaction Laboratory (Brazil), IRD – Effectors and Targets Team (France) and INERA-LMI PathoBios (Burkina

Faso). The proposed program will focus on the development of viral based bio-systems allowing an efficient production of proteins

of interest in plants. Candidate proteins to be produced include Bt toxins and alpha-amylase inhibitors, which have previously

demonstrated high insecticide activity towards economic-important pests worldwide. Two strategies are considerate. (i) First, the

model plant Nicotiana benthamiana, a species related to tobacco, will be used for an optimal expression of insecticide proteins.

Optimization will be achieved through an improved gene silencing suppression and optimal sub-cellular localization of candidate

proteins. (ii) The second strategy will utilize original amplicon vectors in rice and maize for which such tools are not available until

now. These tools will be based on two viruses endemic to Africa and belonging to the same sobemovirus genus, Rice yellow mottle

virus (RYMV) and Imperata yellow mottle virus (IYMV) for which French and African partners have a strong expertise. By directly

expressing insect inhibitor proteins in economically important plants, we expect to not only produce high amount of candidate

proteins but also straightforwardly enhance plant resistance towards insect-pests. (iii) Finally, such viral tools will also be

optimized for VIGS strategies to allow functional genomics approaches in rice and maize.


This project will lead to i) the development of efficient plant based bio-system for the production of insecticide proteins, ii) the

development of original viral amplicon tools to be used in rice and maize, and iii) the exploitation of these viral based tools for

VIGS technology allowing for fundamental gene function studies in monocots.

This project will serve to reinforce the implementation of the biotechnology platform in the LMI-Patho-Bios and will provide a basis

for further exploitation in other proteins of interest, other genes to be silenced and other monocot species based on the needs of

the LMI-Patho-Bios partners.

LOGISTIQUE A PREVOIR POUR LE LMI:

Logement, séjour missionnaire, séjour rencontre avec LMI LAMIVECT et autres partenaires potentiels.

Formations, ateliers, manips au LMI :

Formation, atelier, manip à prévoir pendant les deux MLD (JP Brizard, S Lacombe)

Manip prévues dans le cadre du projet pour le partenaire burkinabé au LMI-Patho-Bios

Compte Rendu du Comité de Suivi du 30 janvier 2014patho-bios.com/images/Compte_rendu/Comite...

Documents

Transcript of Compte Rendu du Comité de Suivi du 30 janvier 2014patho-bios.com/images/Compte_rendu/Comite...