Découvrez le projet du LMI PATHO-BIOS

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  • Projet de Laboratoire Mixte International

    Laboratoire de virologie et de biotechnologie

    (INERA, Burkina Faso) UMR Rsistance des Plantes aux Bioagresseurs (IRD, France)

    Observatoire des agents phytopathognes en Afrique de lOuest: Biodiversit et Bioscurit (Patho-Bios)

    Porteurs du projet

    Oumar TRAORE (co-Directeur Laboratoire de virologie et biotechnologie-INERA) Christophe BRUGIDOU (responsable quipe Effecteurs et Cibles-RPB)

  • SOMMAIRE I. Fiche didentit 1 II. Rsum du projet 1 III. Descriptif du projet....... 3

    A. Problmatique gnrale.. 3 B. Objectifs scientifiques 5 C. Projet spcifique. 5

    C-1.Cas des virus ............ 5 C-2.Bactrioses du riz causes par Xanthomonas oryzae C-3.Cas des nmatodes galles (Meloidogyne spp.)

    C-4.Identification des gnes de rsistance aux pathognes du riz C-5.Impact des interactions multipathognes et durabilit des rsistances

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    D. Contributions prvues la formation aux niveaux master et doctorat 12 E. Cohrence du regroupement des quipes 13

    F. Avantages au niveau local 14 G. Caractre innovant du projet et rsultats attendus 14 H. Ambition et visibilit au niveau rgional et international : un laboratoire de rfrence pour

    lAfrique de louest 15

    IV. Prsentation synthtique des quipes . 15 V. Agenda prvisionnel.. 18 VI. Descriptif des infrastructures et quipements 18 VII. Budget prvisionnel 19 Annexes ... Abrviations CEE (UE) : Communaut conomique europenne (Union europenne) CIRAD : Centre de coopration internationale en recherche agronomique pour le

    dveloppement CIRDES : Centre international de recherche dveloppement sur l'levage en zone subhumide CNRA : Centre national de la recherche agronomique CSIR-CRI : Council for scientific and industrial research- Crop research institute DSF : Dpartement soutien et formation de l'IRD FOFIFA : Foibe flkarohana ampiharina amin'ny fampandrosoana ny eny ambanivohitra ou

    Centre National de Recherche Applique au Dveloppement Rural IER : Institut d'conomie rurale IITA : Institut international d'agriculture tropicale INERA : Institut de l'environnement et de recherches agricoles INRAN : Institut national de la recherche agronomique du Niger IRAT : Institut de recherche en agronomie tropicale IRD : Institut de recherche pour le dveloppement IRHO : Institut de recherche sur les huiles et olagineux ITRAD : Institut tchadien de recherche agronomique pour le dveloppement IYMV : Imperata yellow mottle virus LMI : Laboratoire mixte international LVBV : Laboratoire de virologie et de biotechnologie vgtale OGM : Organisme gntiquement modifi ONG : Organisation non gouvernementale ORSTOM : Office de la Recherche Scientifique et Technique Outre-Mer RoYMV : Rottboellia yellow mottle virus RYMV : Rice yellow mottle virus UMR RPB : Unit mixte de recherche Rsistance des plantes aux bioagresseurs Xoc : Xanthomonas oryzae pv. oryzicola Xoo : Xanthomonas oryzae pv. oryzae

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    I. FICHE DIDENTITE Directeur du LMI: Oumar TRAORE, Directeur de recherches, INERA, responsable du Laboratoire de Virologie et Biotechnologie Vgtale (LVBV). 04 BP 8645 OUAGADOUGOU 04 (Burkina Faso). Tel: 226 70 25 46 51, ohmar@hotmail.com, kourouda@gmail.com. Directeur Adjoint: Christophe BRUGIDOU, DR1, UMR RPB (IRD, CIRAD, UM2), IRD, responsable de lquipe Effecteurs-Cibles ,911 Avenue Agropolis-BP 64501 F-34394 MONTPELLIER Cedex 5 -Tel. 33 (0) 467416496/ Fax 33 (0) 467416283, christophe.brugidou@ird.fr Partenaires/Equipes impliqus:

    UMR-Rsistance des Plantes aux Bioagresseurs- RPB: (IRD, CIRAD, UM2) M. Nicole Equipes: Effecteurs et Cibles (C. Brugidou), Emergence et Adaptation (D. Fargette).

    UMR-Diversit Adaptation et Dveloppement des plantes DIADE- : (IRD, CIRAD, UM2, INRA)-S. Hamon- Equipes: Gntique et gnomique du Riz (A. Ghesquiere) et Dynamique de la diversit- DYNADIV (Y. Vigouroux).

    INERA (Institut de lEnvironnement et de Recherches Agricoles), 3 laboratoires : Laboratoire de Virologie et Biotechnologie Vgtale-LVBV-(O. Traor); Laboratoire de Phytopathologie (L. Oudraogo).

    Partenaires associs: -UMR BGPI (CIRAD-INRA)Equipe Biologie volutive des champignons phytopathognes Africa Rice; -INERA Laboratoire de Gntique et de biotechnologies vgtales ; -INERA Laboratoire des sols (Dpartement Gestion des Ressources Naturelles et Systme de Production).

    Priorits thmatiques Le projet sinscrit dans les priorits de lIRD selon deux axes: - un axe principal au niveau des Productions et scurit alimentaires; Ecosystme et biodiversit; et Variabilit et changement climatiques. - un axe secondaire au niveau nutrition (impact des agents pathognes sur la qualit du grain); Vulnrabilits, ingalits et croissance (impact des rcoltes); et interactions PlantesSant (Utilisation des agents phytopathognes en biotechnologie). Disciplines: Phytopathologie, Epidmiologie, Gnomique, Biologie des plantes, Pdologie, Climatologie, Biotechnologie, Agronomie, Gntique, Nutrition, Bioinformatique, Bioscurit, Sciences sociales. II. RESUME DU PROJET Contexte et objectifs scientifiques

    Dans le contexte de la scurit alimentaire et du rchauffement climatique en Afrique sub-saharienne, les agents pathognes des crales constituent une menace importante sur la production en diminuant la principale ressource alimentaire des populations. Le projet se focalise sur la culture du riz qui est une des principales crales cultives en Afrique de lOuest. Face une demande croissante de la consommation en riz, les surfaces cultives saccroissent trs rapidement. Les pratiques culturales changent avec notamment lintroduction de varits de riz asiatiques hauts rendements (varits hybrides). Cette extension de la riziculture peut entrainer une rupture dquilibre entre la plante et ses agents pathognes endmiques avec lapparition de nouvelles souches plus virulentes qui peuvent gnrer des pertes de rendements importants. Cette menace sur lquilibre de la production rizicole peut poser des problmes de scurit alimentaire en Afrique de lOuest, pouvant samplifier dans le contexte global de rchauffement climatique qui a une incidence directe sur le rendement et lapparition de nouvelles souches de parasites. Le projet, bien que centr sur le Burkina Faso avec deux sites de lINERA: un principal Ouagadougou et un secondaire Bobo-Dioulasso, une vocation rgionale avec les organismes de recherche nationaux de la sous rgion (Universit de Lom au Togo, CNRA et Universits Cocody et Abobo-Adjam en Cte dIvoire, lUniversit de Bamako

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    (FAST) Mali, lIER Mali, AfricaRice Center Bnin Sngal et Tanzanie, le CSIR-CRI au Ghana et ITRAD au Tchad. De plus, il sera associ deux LMI localiss au Sngal: LAPSE pour la formation en Phytopathologie et Bioscurit et IESOL pour la partie sols et nmatodes.

    Lobjectif du projet est de mettre en place un observatoire des agents phytopathognes en Afrique de lOuest en dveloppant dans un premier temps, sur le riz, lexpertise et les outils ncessaires aux domaines de la virologie, bactriologie, nmatologie, champignon (collaborations CIRAD-Africarice) et de renforcer la formation du personnel dans les domaines suivants: - phytopathologie, pidmiologie molculaire, rsistance et contournements, et bioinformatique. De faon plus spcifique la caractrisation et ltude de la diversit des pathognes, et la biosurveillance des agents pathognes en relation avec les changements globaux notamment climatique. Par ailleurs, ce projet associ au laboratoire rgional de bioscurit financ par lUEMOA en cours dinstallation sur le mme site de Ouagadougou permettra de dvelopper des synergies en recherche et formation dans les domaines des OGM ( bioscurit) et de la biosurveillance des pathognes. Enfin, ce LMI sera un lment dynamique dans lexploration des applications en Biotechnologie partir des connaissances acquises des agents pathognes. Alli ces objectifs de recherche, le LMI en association avec les Universits, contribuera au dveloppement de formations diplmantes. Ainsi, avec son rseau rgional de partenaires, il sera plus mme de rpondre des appels doffres internationaux. Partenariat

    Le partenariat est ancien entre lIRD et le LVBV, il a commenc ds la cration du LVBV en 1985. Il sest traduit par la co-publication de 23 articles de rang A (voir annexe) dont certains avec des facteurs dimpact lev (IF=9), et 1 brevet avec les partenaires du LMI. Cest aussi la formation par la recherche: 2 thses de doctorat financ par lIRD (Dr O. Traor aujourdhui Directeur de recherche et responsable du laboratoire et Directeur du dpartement production vgtale de lINERA; le Dr D. Srm aujourdhui CR2 lINERA et premier prix du FRSIT-2010 (Forum National de la Recherche Scientifique et des Innovations Technologiques), Issa Wonni en cours de thse mais dj recrut par lINERA), une formation continue financ par lIRD pour un technicien de lINERA dans le domaine de la production des OGM et de la bioscurit. Cest enfin un partenariat sur plusieurs projets Aires-Sud, CEE, FIS et aujourdhui un projet Trilateral (Allemagne-France-Afrique). Projet de recherche

    Le projet de LMI concerne ltude de la biodiversit et la biosurveillance de 3 agents pathognes du riz tudis dans lUMR RPB (virus de la panachure jaune du riz (RYMV), bactrie (Xanthomonas oryzae pv oryzae, X.o. pv oryzicola) et nmatodes (Meloidogyne spp.) et dans lUMR DIADE (gnes de rsistance). Ltude des champignons, notamment Magnaporthe oryzae qui infectent le riz, sera aborde en collaboration avec le CIRAD (UMR BGPI, D. Tharreau). Les prospections seront faites sur des parcelles communes dexprimentation et seront ralises pour lensemble des pathognes. Activits Virus : nous proposons de mener ltude de la biodiversit des principales maladies du riz en Afrique de lOuest selon les directions suivantes: de caractriser par squenage la collection disolats viraux de lINERA; - dlarg