UE2 – Biopathologie Dr AH-YOU

Date: 04/10/2017 Plage horaire: 8h30-10h30Promo: P2 2017-2018 Enseignant: Dr. AH-YOU Ronéistes: CHAINE Albane

VILLEFRANQUE Pierre

Gestion des pré l èvements tissulaires et cellu - laires Biocollections

I. Collections biologiques et centres de ressources biologiques

1. Collections de ressources biologiques humaines 2. Collections: historique 3. Collections de ressources biologiques humaines 4. Définition d’une collection biologique 5. Quels types de prélèvements à conserver? 6. Centres de ressource biologiques (CRB) 7. Fonctionnement des CRB

8. Encadrement juridique des collections de ressources biologiques

9. Encadrement juridique des collections de ressources biologiques: le consentement 10.Traitement de données, sécu - rité11.Tarification 12.Résultat de la professionalisa - tion des activités13.Un CRB au CHU de La Réu - nion.

II. Matériel anapath standard 1. Prélèvement de tissus et de cellules 2. Banques de tissus en anatomie pathologique/stratégie de

constitution et de gestion 3. Rappel technique ACP

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4. Saisie du compte rendu anapath III. Les tumorothèques

1. CRB: tumorothèque 2. Gestion des ressources biologiques 3. Prélèvements à visée de recherche 4. Réception du prélèvement au CRB 5. Tumorothèque / procédures écrites 6. Pourquoi congeler? 7. Qualité du matériel biologique initial 8. Exemples de techniques de bio mol 9. La congélation 10. Tumorothèque: logistique et stockage 11. Gestion informatique 12. Transformation avant mise à disposition: recherche 13. Transport: recherche et sanitaire 14. Tumorothèque sanitaire

IV.Les Tumorothèques Régionales

1. Pourquoi? 2. Quels prélèvements concernés? 3. Qui conditionne? 4. Le Cancéropôle GSO: exemple de tumorothèques en réseau

Le but ici est de voir ce que l’on peut faire à partir d’un prélèvement cellulaire ou tissulaire. On notera que la notion de biocollection a son utilité en diagnostic et en recherche.

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I. Collections biologiques et centres de ressources biologiques

1. Collections de ressources biologiques humaines

D'une manière générale, tout peut devenir un prélèvement (urine, salive, spot de sang sur un papier buvard pour extraire de l'ADN…). Toutes ces choses sont donc collectées, gardées et servent à la recherche.Collectionner correspond à une pratique scientifique ancienne. Les collections sont des ressources essentielles à la recherche biomédicale, car elles permettent la conservation et la mise à disposi-tion de matériel pour la recherche sur le corps humain. Un prélèvement correspond à une sous-partie du patient dont l’analyse peut nous donner des infor-mations plus approfondies sur sa pathologie. Il offre donc une approche globale du malade.

Pour permettre cette focalisation sur les tissus et les cellules, il est devenu nécessaire de disposer d’élements du corps humain, et donc de collections de ressources biologiques humaines.

2. Collections : Historique

Au départ, de simples données étaient collectées par les épidémiologistes. Il s’agissait généralement de questionnaires associés à des prélevements sanguins sur une grande échelle de population.Par la suite, des collections d’organes ont été mise en place par les anthropologues et les anatomo-cyto-pathologistes. Elles contribuaient aux musées d’anatomie (à Montpellier, Paris, etc.) et permet-taient de faire de la tératologie ou d’observer des malformations congénitales. La conservation des pièces se faisait sous forme de moulage en cire, dans des bocaux …Enfin, à partir du moment où on a su extraire de l’ADN, les généticiens des populations ont pu tra-vailler sur des données génétiques.

A l’époque, des questions éthiques pouvaient se poser sur les prélèvements (par exemple: a t-on de-mandé aux parents si le fœtus atteint d’une malformation pouvait être conservé dans un bocal?), mais la recherche médicale prévalait. Aujourd'hui ces questions éthiques refont surface, mais on a surtout les moyens techniques de détecter les anomalies avant que la grossesse arrive au terme.

3. Collections des ressources biologiques humaines Ces dernières années, on observe une amplification des activités de stockage d'échantillons biolo-giques (tissulaires ou cellulaires, et non plus l’organe ou de foetus complet). Ce phénomène est lié à deux évolutions majeures pour la recherche biomédicale:

• le développement de l'informatique (capacité d’analyser de nombreuses don-nées informatisées de façon rapide).

• les nouvelles techniques de biologies moléculaire (dont la PCR, l’exploitation d'échantillons de petites tailles, la détection des mutations, le séquençage).

L'essor des collections vient aussi des progrès des techniques de recueil, de l’efficacité du trans-port (liaison entre les hôpitaux ou les pays) et de la bonne conservation des échantillons (notam-ment via la cryoconservation).

Une collection biologique associe des échantillons biologiques (sang, tissus, ADN, cheveux, salive,

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peau...) à une description clinique des personnes prélevées (âge, sexe, pathologie, à jeun ou non, chimio ou non…). Un échantillon doit toujours être associé à une description clinique pour qu’il ait de la valeur. En revanche, on ne divulgue pas le nom du patient: on anonymise.

La collection devient alors un outil puissant pour pouvoir:· comparer des statuts biologiques avant et après la déclaration de la pathologie. · analyser les évolutions des différents paramètres.· tester des nouvelles hypothèses, même sur des prélèvements anciens.

Exemple de patients atteints du Chikungunya: On compare l'état biologique avant, pendant, et après l'épidémie. On peut alors émettre de nouvelles hypothèses sur la persistance de certaines hé-moglobulines liées au virus (d'où l'intérêt de garder les prélévements pour les réexploiter au fur et à mesure des découvertes).

4. Définition d’une collection biologique (passe vite)

D'un point de vue plus strict, la collection biologique est définie par le Code de la Santé Publique.Une «collection d'échantillons biologiques humains» désignent la réunion, à des fins scienti-fiques, de prélèvements biologiques effectués sur un groupe de personnes (identifiées et sélection-nées en fonction des caractéristiques cliniques ou biologiques d'un ou plusieurs membres du groupe), ainsi que des dérivés de ces prélèvements. Article L. 1243-3 du code de la santé publique.

Chaque échantillon est associé à des données personnelles (biologiques, cliniques, génétiques, biomé-triques, anatomopathologiques). L’ensemble forme une ressource biologique. La réunion de diffé-rentes ressources forme une collection.

Il existe des règles spécifiques et des autorités compétentes différentes en function du contenu des col-lections (ex: gametes, cellules souches, embryon, foetus…).

Exemple: un gamète (notion de parentalité, de « sacré ») n’a pas le même statut qu’une cellule tu-morale (ayant ADN très different de celui des cellules souches de l’individu, presque du non soi d’un point de vue histologique). Il y aura donc une réglementation beaucoup plus sévère pour le prélève-ment d’un gamète ou d’une cellule souche (règles de bioéthique, risque de clonage). Toutes les équipes de recherche ne sont pas aptent à le faire. En revanche pour étudier une tumeur, une simple demande de consentement est nécessaire: cela est moins encadré.

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Echantillons Données cliniques/biologiques

= Ressource biologiques

Plusieurs ressources biologiques = une collection

5. Quels types de prélèvement à conserver?

Tout est potentiellement intéressant du point de vue de la recherche.

Cette activité de collection du vivant à visée scientifique:- a pris une importance croissante pour la recherche.- est un outil d'amélioration des connaissance fondamentales, notamment en étiologie.- est un outil d'amélioration des mesures et techniques de prévention, de diagnostic ou de traite-

ment des maladies.- permet d'effectuer des analyses génétiques et génomiques, ce qui facilite le développement

d'une médecine de plus en plus précise.

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Un même type de ressource biologique peut servir à plusieurs types d'études en même temps.

6. Centres de ressources biologiques (CRB)

Les CRB sont issus de la professionnalisation des activités de préparation et de conservation des échantillons biologiques, ainsi que des activités de gestion des données des patients associées.

Il s’agit le plus souvent de structures hospitalières affiliés à la recherche, et donc associées à des labo-ratoires. Les CHU sont ainsi des pourvoyeurs d'échantillons pour faire de la recherche clinique ou des compléments de diagnostic (analyse moléculaire, nouvelle techniques).

Les CRB permettent la formation de bios banques, banques d'échantillons biologiques (tumorothèque, DNAthèque, «chimiothèque»…).

Le partenariat entre les CHU et les laboratoires a permit d’obtenir une nouvelle dynamique dans la conservation des échantillons biologiques issus du diagnostic ou de la recherche.

Dès lors, la conservation et la gestion des collections s'est organisée, et nécessite aujourd’hui une or-ganisation spécifique et professionnalisée:

· les locaux et les équipements sont sous alarme (hors de question de dépendre d'un cy-clone qui entraînerait une coupure de courant et donc une décongélation des collec-tions).

· du personnel spécifique est formé.· des procédures pour maintenir la qualité des échantillons ont été mises en place (ex: la

norme française NF S 96-900 "Qualité des Centres de ressources biologiques")

La norme française NF S 96-900 "Qualité des Centres de ressources biologiques" a été publié en juin 2008, et modifiée pour la dernière fois en 2011. Elle s’applique aux CRB humains, mais aussi aux CRB des micro-organismes, des animaux et des végétaux.

Cette norme:· permet la standardisation des pratiques entre les CRB (d’une région à l’autre par exemple).· permet la reconnaissance de ce métier.· assure un management de qualité dans la gestion des collections en imposant des exigences au

métier.· apporte une garantie de qualité aux déposants (médecins, biologistes s’alarmant de l’arrivée

potentielle de Zika à La Réunion…) et aux demandeurs (médecins ou équipes métropolitaines effectuant de la recherche…).

· assure la maitrise des différents processus à l'entrée ou à la sortie des échantillons (reception, preparation, conservation, mise à disposition).

Au fil des années, cette dynamique d’évolution des CRB a été encouragée par des financements dé- diés aux structures certifiées.

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7. Fonctionnement des CRB Un CRB, quel que soit l’échantillon qu’on y dépose, fonctionne toujours de la même façon.

1. Il a une activité sanitaire. Cette dernière s’effectue dans un laboratoire d’anapath ou de biolo-gie. Le patient vient directement au laboratoire pour se faire prélever, ou l’échantillon provient d’un service interne à l’hôpital. On conserve alors les prélèvements 1 ou 2 ans en moyenne, dans un objectif de soin. On cherche à guérir le patient via l’étude de son échantillon.

2. Parmi ces prélèvements, certains pourront subir une requalification. On relève les données cliniques/biologiques du patient dans un logiciel professionnel, pour ensuite former des ressources biologiques. Ces dernières passent alors dans la gestion des collections de recherche et sont préparées pour être mises à disposition pour une éventuelle étude à venir.

3. Enfin, il a une activité de recherche. Soit un échantillon est directement prélevé puis préparé pour être utilisé dans une étude, soit les équipes viennent piocher dans les collections exis-tantes les ressources biologiques qui les intéressent pour leur recherche.

8. Encadrement juridique des collections de ressources bi - ologiques

Les différentes lois et textes qui doivent être respectés:

1. Code civil, article 16, en particulier l'article 16-1: «Chacun a droit au respect de son corps. Le corps humain est inviolable. Le corps humain, ses élé-ments et ses produits ne peuvent faire l'objet d'un droit patrimonial. »

On ne peut pas vendre un prélèvement en tant que tel, on ne marchande pas le corps humain.

2. Loi de bioéthique de 2004 (révision 2010):

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requalification

Loi qui définit les grands principes éthiques du respect du corps humain: sa primauté, sa dignité, son inviolabilité et son intégrité.Pour les ressources biologiques, l'utilisation secondaire est explicitement envisagée et encadrée.3. Décrets d'applications 2007(CSP):

· Déclaration obligatoire des activités de préparation, conservation de ressources biologiques.· Une autorisation d’activités de préparation, conservation de ressources biologiques en vue

d'une cession doit être obtenue (renouvelable tous les 5ans).

4. Charte éthique de l’Institut National du Cancer concernant les tumorothèques (2006)Encadre les aspects éthiques des collections de tissus et cellules tumorales. Cette charte s'appuie sur les lois précédemment citées.

Le CRB ne conserve pas de cultures cellulaires pour biothérapies, de banques de sperme ou en-core de recherche sur cellules souches (ce sont d’autres services au CHU qui les gèrent).

9. Encadrement juridique des collections de ressources biologiques : le consentement (QCM!)

. Tout prélèvement suppose le consentement ou au moins la non opposition du patient.

. Un consentement ou une non opposition, par principe, ne sont jamais définitifs, le donneur peut les REVOQUER à tout moment.

. Pour la recherche impliquant la personne humaine (depuis 2016) : On doit avoir la non op-position voire le consentement écrit de la personne qui participe à la recherche, après lui avoir fournit une information «éclairée» sur le projet, ses objectifs, la méthodologie, la durée de l'étude…

Pour un diagnostique: une non opposition suffit.

La différence entre consentement et non-opposition?

· Un consentement: On explique le projet de recherche au patient en précisant les facteurs que l’on compte étudier dans son prélèvement. Il doit alors SIGNER un formulaire en son âme et conscience (s’il est sous tutelle, le tuteur doit être présent et doit lui aussi signer). Le patient est actif. Ce type de consentement est par exemple obligatoire pour faire une étude de géné-tique constitutionnelle sur un échantillon, ou pour conserver un prélèvement plus longtemps que prévu.

· Une non-opposition: Le personnel soignant demande au patient s’il s'oppose à ce que son prélèvement soit utilisé dans le cadre d'un projet de recherche. C’est alors le personnel qui coche et atteste que le patient ne s'oppose pas. En cas d’opposition, c’est ici au patient de faire un courrier pour prévenir l’hôpital.

La différence, c'est la SIGNATURE. Le patient doit être informé dans les deux cas, mais le con-sentement nécessite une signature du patient, qui n'est pas requise dans la non-opposition.

En pratique, le consentement est requis lorsqu'on a déjà un projet de recherche au moment du prélèvement, lorsqu'on sait que l'on va l’utiliser pour une action supplémentaire. La non-opposition est utilisée au cas où, lorsqu’il n'y a pas encore de projet concret.

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. Il y a donc 2 cas à distinguer en droit français:1. Les prélèvements effectués dans le cadre de la recherche biomédicale = consentement libre,

éclairé et écrit.2. L’utilisation de collection(s) existante(s) ou d’échantillons recueillis dans le cadre du soins ou du

don = information avec procédure de non opposition au moment du prélèvement (puis éventuelle procédure de requalification pour une utilisation en recherche).

. Dans le cadre des examens en génétique, ces derniers étant généralement identifiant pour le patient (génétique constitutionnelle), il faudra de toute façon le consentement du patient (que ce soit pour la recherche ou pour un diagnostic prenatal). La non opposition ne suffit pas. Ce sont des formulaire de consentement particuliers, signés par le patient après information par le médecin lors du premier rendez-vous. Cela fait partie des principes de base des laboratoires génétiques.

. En revanche, dans le cadre des tumeurs, on considère le prélèvement comme du “non soi”, son ADN s’étant assez éloigné de l’ADN de base du patient. On n’a donc pas besoin de consente-ment pour lui faire subir des études génétiques.

10. Traitement des données: sécurité

Concernant les données qui accompagnent les prélèvements biologiques, il faut :

. faire une déclaration au CNIL (qui est garant des droits et des libertés dès lors qu'il y a un nom dans un fichier informatisé).

. un moyen de contrôle d'accès au logiciel (mot de passe, …).

. une restriction de l'accès aux données selon l’utilisateur (le médecin ou l'ingénieur aura accès à l'identité du patient, sa pathologie, toute sa prise en charge. Un chercheur de l'INSERM qui vient observer 10 cas de Chikungunya n'aura pas l'identité du patient et n'aura pas accès à certaines données).

. l’identification du patient et l’enregistrement de son consentement

. un anonymat total ou partiel selon l'utilisation du prélèvement

. une traçabilité complète des échantillons biologiques

. une garantie de la qualité des informations cliniques, biologiques, anatomopatholo-giques, épidémiologiques...

11. Tarification

On ne fait pas le commerce des éléments du corps humain. Le donneur n’est donc pas rémunéré. En revanche, l’établissement hospitalier est autorisé à se faire dédommager pour le travail de prépara-tion effectué lors d’échanges d’échantillons avec d'autres équipes de recherche. Attention! Il ne s’agit pas de vente mais du dédommagement (coût du technicien, des machines, de l’azote…).

Cette tarifiction doit tenir compte:

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• de toutes les étapes de la prise en charge du prélèvement (de la préparation à la congélation).• de la durée de congélation

• des regroupements en cas d’aliquots (= sous unités du prélèvement si ce dernier est fractionné)

Toutes les procédures sont ensuite regroupées pour un tarif global « devis ». (passe vite sur la diapo)

12. Résultat de la professionnalisation des activ - ités

. La professionnalisation des activités garantit aux patients porteurs d'une pathologie ou au su-jets sains donneurs (qui correspondent finalement à peu d’utilisateurs des CRB) :

· une gestion de leur consentement (modification, révocation...)· la confidentialité· une justification scientifique et éthique des projets de recherche menés à partir de leur

prélèvement

. De plus, elle garantit aux médecins ou aux chercheurs (qui correspondent aux déposants, qui confient la sauvegarde des échantillons et des données cliniques associées aux CRB):

· la conservation hautement sécurisée.· le respect d’un droit de priorité pour l’utilisation des collections (on ne cède pas les échantil-

lons à une équipe incompétente ou concurrente, ce serait un désastre).· l’utilisation contrôlée.· la valorisation par les résultats scientifiques.

Les CRB mettent à disposition un catalogue (avec un accès réglementé), deséchantillons de qualité et des plateformes hautement spécialisées.

Les CRB sont donc des partenaires de la recherche médicale.

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13. Un CRB au CHU de la Réunion

Les 1ères collections (principalement d’ADN) ont été faites dans les années 1990 à Saint Denis. Il s'agit de recherches en génétique menées par le docteur Cartault. Ces échantillons d'ADN sont au-jourd’hui toujours conservés et donnent lieu à des bios banques.

Le Dr Cartault a travaillé sur différents syndromes spécifiques à La Réunion, liés à des consan-guinités ayant provoqué des mutations génétiques.

· Le Syndrome RAVINE. Il s’agit une anorexie du nourrisson accompagnée de vomisse-ments, observé dans des régions reculées enclavées par des ravines (d'où son nom). Il s'agit d'un gène sauteur qui normalement est non codant, une seule mutation suffit.

· Le Syndrome de LARSEN. Il s’agit d’une infection génétique qui se caractérise par la luxa-tion congénitale de nombreuses articulations, et des problèmes respiratoires (1/100 000 naissances, mais 1/1500 à La Réunion).

· Le Xeroderma Pigmentosum (maladie de la Lune). Les enfants portant cette mutation géné-tique ne supportent pas le moindre rayon de soleil. Cette maladie a été décrite non pas à la Réunion, mais à Mayotte. Sans recherche ou prévention auprès des familles, ces enfants vont courir au Soleil et prennent le risques de contracter des cancers de la peau précoces.

Crise Chikiungunya:Le CRB de La Réunion s'est vraiment structuré à partir de la crise Chikungunya de 2006. Avant cette dernière, aucune mesure de prévention n’avait été prise. Face à l’ampleur de la maladie, les chercheurs ont réagit et ont lancé un projet de recherche. Si une 2e crise de Chik ou une grosse épidémie de dengue devait avoir lieu aujourd’hui, nous serions prêt à réagir, grâce à cette pre-mière expérience. C’est également après cette dernière que le CRB a eu ses premiers soutiens financiers.

L’équipe est également aux normes réglementaires du point de vue de la loi et de la qualité depuis mai 2015.

L’un des principaux axes de recherche en santé publique réunionnaise concerne aujourd’hui les pa-thologies cardiovasculaires, les maladies infectieuses tropicales, le diabète et les cancers.

La mission du CRB au CHU de la Réunion est d’assurer l’ensemble des activités nécessaires à la ges-tion des collections d’échantillons biologiques, dans les meilleures conditions. (passe vite)

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Le tout dans le respect:• de l’éthique et de la confidentialité• de la législation et réglementation• des droits des parties intéressées (patients, déposants, cliniciens participant aux prélèvements, chercheurs)• de la qualité• de la pertinence scientifique de la constitution des collections et de leur utilisation

Le CRB du CHU de la Réunion: (passe vite)• a obtenue la certification en mai 2015• a déclaré ses activités et a obtenue son autorisation par le Ministère de la Recherche• a déclaré CNIL ses fichiers informatisés• a publié ses collections sous forme de catalogue • a mis en place une grille tarifaire• participeà des appels à projets• a observe l’augmentation des sollicitations pour des recherches locales et nationales étant donné l'originalité de nos collections.

Les moyens d'obtention des ressources biologiques locaux sont assez similaires à ceux utilisés en metropole: (passe vite)• Utilisation de collection(s) existante(s) recherche dans l’établissement ou d’échantillons recueillis dans le cadre du soin ou du don.• Projets de recherche bio médicales/cohorts.• Via transfert de ressoures biologiques provenant d'autres centre de ressources biologiques (cession entre structures de recherche).

Le CRB de la reunion possède également une collection de diversités génétiques. Cette collection regroupe des prélèvement ADN de personnes non malades. Il ne s'agit pas de patients, mais de don-neurs que l'on a convoqué uniquement pour observer la diversité génétique de la population réunionnaise.La determination de l'origine ethnique du donneur dans le cadre de cette recherche est très régle-mentée. Dans cette étude, les chercheurs ont choisit de se baser sur la perception du donneur. Seule sa déclaration les autorise à discriminer l'origine ethnique (« si elle nous dit qu'elle est kafrine alors qu'elle est blanche, on coche kafrine »). On est obligé de travailler dans ce cadre là. Le patient a consenti à participer à cette étude, il est donneur, il a déclaré être chinois, cafre, arabe ... Même si il n'en a pas l'air, on le considérera selon sa déclaration.

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II. Matériel anapath standard

1. Prélèvement de tissus et de cellules Les prélèvements de tissus et de cellules sont en général traités et analysés dans le service d'anatomie cytologie pathologique, sauf :

– Les prélèvements sanguins ou médullaires (labo de biologie, hématologie)– Cytogénétique, caryotype, analyses constitutionnelles ou somatiques (service de génétique

au CHFG)– Les analyses en génétique germinale ou somatique– Les prélèvements pour la mise en culture, pour les greffes, sang de cordon, banque de

sperme (banque de cellules in situ)

Tous les prélèvements doivent être conditionnés de manière bien définie pour pouvoir être ensuite analysés. Le conditionnement doit être adapté à l'analyse demandée (flacon, milieu de trans-port, fixateur...).

Ce schéma nous permet de voir ce que l’on peut faire avec des organes, des tissus, des cellules.

Fixé: on pourra faire de la microscopie classique.Frais: on pourra faire:

- de la greffe ou de la biothérapie.- de la congélation dans le labo d'anapath, pour ensuite faire de la microscopie, des cry-

ocoupes, des extractions, voire même des analyses moléculaires (ADN natif non coupé par formol).

- de la dissociation, cytométrie, de la culture cellulaire...

Pour le labo d'anapath, la plus grosse partie de l'activité reste la fixation au formol puis l'inclusion en paraffine pour pouvoir faire des microscopies, des colorations diverses et variées qui permettent de mettre en avant certaines pathologies après analyse.

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2. Banques de tissus en anatomie pathologique/stratégie de constitution et de gestion

En anatomo-pathologie, la stratégie de constitution et de gestion des collections est la suivante:

– on fait des diagnostics et on cherche des facteurs pronostics.– l’analyse se fait sur des prélèvements à durée de vie très longue (car ils sont fixés et inclus

en paraffine). On pourra réutiliser des vieux échantillons de patients qui sont passés il des dizaines d'an-nées afin de comparer l'état des tissus entre il y a 10 ans et aujourd'hui.

– les échantillons ont également une grande valeur médico-légale.– ils sont de plus en plus utilisées pour la recherche.

Tout ceci nécessite un archivage organisé. Le matériel (standard) peut être réutilisé à volonté (sous certaines conditions), et on a de plus en plus accès à des tissus et des cellules cryoconservées (de-puis 2010 au CHU de La Réunion).

3.Rappel technique ACP

. Le prélèvement arrive, on fait la macroscopie, on mesure, on pèse...

. Ensuite on va faire la fixation avec du formol tamponné 10%, c'est ce qui permet de faire des ana-lyses diverses et variées par la suite (pas de liquide de Bouin car ça détruit l'ADN).

On peut aussi utiliser un «milieu de transport»: le RNALater, qui va éviter la dégradation des ARN et permettre d'avoir accès à certaines analyses à partir d'ARN. Mais le RNALater n'est pas un fixa-teur!

. Technique: Le prélèvement sera ensuite préparé pour en faire des blocs et des lames.

. On fait ensuite l’examen microscopique, le diagnostique, le compte rendu écrit, et on archive.

Concernant les fixateurs, c'est très simple: il n'y en a qu’un! Le formol tamponné 10%!

Les « milieux de transport » tel que le RNA later sont également intéressants. Ce dernier permet de conserver un temps l’échantillon lorsque l’on n'est pas directement en mesure de congeler (on congè-lera plus tard). Il maintient les acides nucléiques, ce qui offre la possibilité de réexporter le prélève-ment pour faire des extractions d'ADN ou ARN. Mais le RNALater n'est pas un fixateur!

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Blocs et lames

Blocs de paraffine, lames colorées et compte rendu

En ce qui concerne l'archivage en anatomie-pathologique:

– Seuls les comptes rendus papiers ont une valeur légale (tous les labos d'anapath sont tenus de garder les dossiers papiers)

– Les dossiers et livres de labo doivent être conservés pendant au moins 20 ans.– Pour certains dossiers (notamment les tumeurs détectées chez l'enfant, les mal-

adies chroniques, affections héréditaires) l'archivage doit se faire au minimum 70 ans.

– L’archivage prolongé des lames, blocs et comptes rendus est recommandé (30 ans mini-mum pour les blocs)

– En pratique, l’archivage des blocs dure 10 ans dans les laboratoires privés.

Remarque: on a encore des prélèvements et archives datant de l'ouverture des laboratoires de Saint Pierre et Saint Denis.

Pourquoi?

- Prise en charge des patients en cas de récidive tumorale (à 5 ans, 10 ans...), il faut pouvoir ressortir, refaire quelques lames, relire et essayer de mettre en relation l'état à +5 ans et l'état la première fois qu'on a prélevé le patient. On doit pouvoir comparer et donc disposer de ce matériel.

- Reclassification de certaines tumeurs (car ces classifications ne sont pas figées dans le temps) et donc redéfinissions de certaines entités.

- Etudes rétrospectives pour définir des facteurs pronostiques (risques ou protecteurs)- Test de nouvelles techniques (seulement si tout a été fixé et bien conservé):

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Immunohistochimie, biologie moléculaire, FISH...

Archives conservées au sous-sol du CHU de Bordeaux

III. Les tumoroth èques

1. CRB cancer -Tumoroth èques

« Tumorothèque » et « CRB cancer », double appellation mais tumorothèque plus souvent utilisé quand vi-sée diagnostic et CRB cancer pour tout ce qui est recherche. Les tumorothèques hospitalières ne gèrent que des échantillons biologiques humains avec une double mission :- visée sanitaire (compléments de diagnostic)- visée de recherche

Remarque: difficile d'obtenir le consentement pour garder les échantillons. Le patient est sous le coup de l'annonce. Le bénéfice peut n'être que pour dans 10 ans. C'est le médecin qui fait l'annonce et doit deman-der. On explique que si les traitements sont plus efficaces aujourd'hui c'est parce qu'il y a quelques années des patients ont consenti.

Les financements métropolitains proviennent du DHOS (direction de l’hospitalisation et de l’offre de soins), de l'INCa (Institut National du Cancer, site : http://www.e-cancer.fr )...etc. A la Réunion, nous sommes financés par l'ARS (Agence Régionale de la Santé) qui est le plus souvent localisée dans un service d'anapath.Les tumorothèques sont localisées dans les services d'ACP.

2. Gestion des ressources biologiques

En terme de gestion, cela vaut aussi pour d'autres CRB (au minimum on demande une non opposi-tion) puisque ce sont des étapes quand même assez communes. On aura donc le prélèvement qui va arriver, être traité, réceptionné, on va en évaluer la qualité, la conformité, le congeler, le stocker de manière temporaire ou définitive selon les cas, éventuellement le transformer avant utilisation.

Il y aura donc 2 finalit é s :

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- visée recherche : éventuellement envoyer les échantillons en Métropole ou les utiliser sur place- visée sanitaire (= soins) : recherche de mutations qui permettront de faire des chimiothérapies profilées, personnalisées

ATTENTION - Elle a dit elle pose à l’examen (2017/2018) ; « piège »:exemple : recherche (à visé diagnostique, pronostique, thérapeutique mais pas de recherche) de

mutation sur un prélèvement cancéreux. 90% de cellularité tumorale positive d’après l’anapath. Est-ce de la génétique constitutionnelle, besoin d’un consentement du patient, faut il une autorisa-tion particulière pour avoir le droit de faire ces recherches de mutation sur ce prélèvement (comme pour les caryotypes…)?Réponse : On se trouve au coeur de la tumeur donc dans du non-soi. le génome de la tumeur

n’est pas le reflet du génome des cellules saines. Donc la réponse est non, pas besoin de consente-ment.Mais pour la recherche on peut demander une non-opposition, on ne fait pas signer un consente-

ment de génétique constitutionnelle mais un consentement de recherche c’est à dire un consente-ment de participation à la recherche.Conclusion : dans le cas de diagnostique on a le droit d’utiliser un prélèvement tumoral sans

avoir à faire signer quelque chose au patient : la réponse est oui

3. Pr é l èvement à vis é e de recherche

Un projet de recherche commence à être monté, celui-ci est discuté au sein du CRB. On voit la vali-dité du projet, combien d'échantillons il faudrait, la faisabilité...Quand l'accord préalable est obtenu (entre chercheur et CRB), au niveau du patient, puisqu'on sait déjà qu'il s'agit d'un projet de recherche, le préleveur doit indiquer :- à quel moment le prélèvement a été fait- est ce que le patient était à jeun- le point pharmaceutique : est ce que le patient a reçu tel médicament ou pas avant le prélèvement- est ce que ça a été fait en chambre, au bloc opératoire... (où ?)Tous ces facteurs comptent lorsqu'on étudie différents états biologiques.On va aussi regarder la nature, le nombre de prélèvements, dans quel type de tube on va les

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placer (tubes héparinés...), des précautions immédiates (homogénéisation, est ce qu'il faut le mettre dans de la glace ou pas..) et réfléchir au délai, au mode d’acheminement.

Un radiologue a jugé utile d’envoyé un prélèvement dans du sérum physiologique, or la con-séquence a été l’explosion des cellules lors de l’imprégnation dans l’azote liquide.Ce genre de questionnaire est donc important pour savoir comment on va gérer le prélèvement. Le délai d’acheminement est aussi important (au-delà de 30min, on a une dégradation des ARN)

Les renseignements devant figurer sur la fiche de traçabilité accompagnant le prélèvement avant d'être congeler sont :

– l'identification (étiquettes collées sur les tubes contenant le prélèvement + étiquettes spéciales car il s'agit d'un projet de recherche) lettres /numéro dans un protocole.

– la date, l'heure de l'exerèse, l'opérateur...– correspondance dans le protocole (j1, M1, H12)– le consentement

Image : Importance d’une fiche type d’acheminement (traçabilité). On a toute sortes de rensei-gnements qui permettent de bien caractériser l’échantillon qu’il soit fixé ou congelé.

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4. Réception du prélèvement au CRB

Au niveau du CRB : contrôle qualité, non conformités Algorythme de décision si non conformités

-contenant : nature et état-confrontation prélèvement / fiche de traçabilité-vérification du nombre et de la nature des prélèvements-conditions d'acheminement : délais, température-document d'information / non opposition-Identification : anonymisation / n° dans le protocole.

5. Tumorothèque/procédures écrites

Procédure de fonctionnement :

• Recueil et procédures d’acheminement (fiche de suivi/traçabilité)

• Sélection des fragments à congeler (par le pathologiste)

• Réalisation d’un « bloc miroir » de contrôle :Nous avons une pièce opératoire, on suppose qu'elle est tumorale mais on attend d'en être sûr. Par-fois en regardant la consistance, la couleur et le tissu sain à côté, on voit bien que ce n'est pas pareil, cependant on va congeler « à l'aveugle » c.à.d. qu'on congèle avant d'avoir le diagnostic. Donc pour savoir s'il s'agit bien d'une tumeur lorsqu'on va congeler : on fixe (dans du formol…) une partie de la pièce et l'autre partie est congelée. Lorsque le pathologiste analysera la lame de contrôle (c.à.d. celle qui a été fixée et qui est par conséquent le miroir de ce qui a été congelé), il confirmera ou pas que ce qui a été congelé est bien une tumeur.

Schéma :

• Conditionnement des prélèvements• Entrée des prélèvements en tumorothèque• Enregistrements des données cliniques associées dans un logiciel dédié• Conservation des prélèvements• Sorties des prélèvements (diagnostic? recherche?)

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6. Pourquoi congeler ?

Le but de la congélation est d'étudier principalement en l'état, c'est à dire non fragmenté non dé-gradé, des ADNs, ARNs et autres protéines. (Le formol crée des cassures au niveau des acides nu-cléiques donnant ainsi des fragments de 500-600 pdb maximum). On envoie ensuite en métropole le congelé pour la recherche de mutation, transcrits, etc ...Mais elle a aussi pour but de faire des techniques diverses et variées telles que la fluorescence, l'hybridation in situ (FISH)…C’est une référence interdisciplinaire pour étudier les ADN/ARN et elle permet aussi de faire des appositions (pour repartir sur une analyse anapath).

Bonnes pratiques :• « Prise en charge effective et minutée de l’exérèse » (HAS 2009)• Délais de congélation connu• Délais de congélation le plus court possible• Délais de congélation si possible < 30 minutes• Eventuellement milieu de préservation• Conditionnement « sous vide » non encore validé• pièces chirurgicales : fragments sélectionnés par pathologiste• Biopsies : soit pathologiste soit prélever si prélèvement miroir

7. Qualit é du matériel biologique initial

Point important :Le délai de congélation

Il est important d'acheminer les prélèvements frais rapidement en anapath. (Il y a le facteur temps et le facteur température qui rentrent en jeu. )Car à moins de 30 min, à la fois l'ADN et l'ARN seront dans des qualités analysables. Et comme vous pouvez le voir dans ce tableau, plus le temps passe et moins il devient intéressant de conserver et de congeler la pièce opératoire.

8. Exemples de techniques de biologie mol éculaire

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Soit on fait directement le marquage sur la lame d'histo/soit on fait une extraction d'ADN. La qualité requise va de modérée à de plus en plus exigent si on fait du séquençage ou des puces. L'indication c'est que tant qu'on est sur de la technique in situ on va pouvoir faire de la paraffine

(et congéler en sécurité) et plus on va en exigence plus il va falloir travailler sur du congelé.

9. La cong élation

La congélation a l'avantage :– de s'adapter à toutes les techniques que nous avons vues précédemment (techniques de

biologie moléculaire)– et permet de conserver à peu près toutes les molécules (pas de dégradation des molécules)

La congélation a l'inconvénient :– de devoir tracer les conditions pour évaluer la qualité– devoir contrôler le tissu notamment avec le “bloc miroir”– lourdeur de manipulations (l'azote liquide)– Assurer la chaine du froid (par exemple si l'échantillon prend l'avion pour la métropole,

pour un petit échantillon de 1cm il va falloir 6 kilos de carboglace pour assurer la chaine du froid. C'est indispensable car on ne veut pas de pertes de chance du patient. )

– lourdeur du stockage (il faut de gros congélateurs qui prennent de la place...)

A l'heure actuelle, l'azote liquide (N2) est le moyen le plus utilisé pour la congélation :• car il a un faible coût• mais est dangereux ! Risque de brulure etc... Il faut le faire dans des conditions où le

niveau d'azote dans l'air sera contrôlé (il ne faut pas que ce dernier devienne majori-taire sur l'oxygène là où on le stocke).

• on peut aussi faire de la morphologie mais de qualité variable.

On peut aussi congeler à l'Isopentane (d é riv é d’alcool). On plonge dans de l'isopentane lui même refroidi à l'azote ce qui rend la technique plus rigoureuse.Cela nécessite d'avoir des conditions à – 80°C (avoir N2 + congélateur dans le service). Il est inflammable et toxique. Cependant, il conserve bien la morphologie.Ensuite, en ce qui concerne le s tockage longue duré e , nous avons plusieurs possibilités :

– acquérir un congélateur – 80°C (ici à la Réunion)– un congélateur -140°C– ou conserver directement dans l'azote liquide à - 196°C (top dans la conservation)

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10. Tumoroth èque : logistique et stockage

Image : Tumorothèque du CHU de Bordeaux. Service de Mr Merlio

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Le stockage :

On utilise des petits tubes, des bacs et des boites qui résistent au froid intense (à partir de -80°C)

Image : congélateurs du service de Mr Merlio (-140°C et -80°C)

L’organisation est très importante (pouvoir retrouver rapidement les prélèvements).

Question élève : La tumorothéque est-elle à vision de soin ou de recherche ?Réponse prof : Elle est à double vision. Le premier devoir d’une tumorothéque c’est le diag-nostic, parce qu’on a besoin d’avoir accès tout de suite à cet ADN/ARN non dégradé pour an-alyse et répondre rapidement à la fois aux patients et aux prescripteurs (puisqu’on ne peut pas faire les analyses sur place).

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11. Gestion informatique Elle passe et dit voila je passe vite dessus et ne dit rien…

La gestion informatique de ces prélèvements va se rattacher au tissu cryoconservé qui sera lui- même référencé dans le dossier médical, lui-même rattaché aussi au prélèvement anapath. Dans la hiérarchie de prise en charge d'un prélèvement, si par exemple on nous envoie une biopsie et que nous réalisons qu'il n'y a pas suffisamment de matériel pour faire la tumorothèque, le diagnostic anapath va toujours primer et la tumorothèque vient dans un second plan. Donc s'il y a assez de matériel biologique, on congèle et on fait l'anapath mais en aucun cas on congèle sans faire l'anapath (le diagnostic). C'est toujours l'histologie d'abord et s'il y a possibilité, on fait une congélation.

Les données cliniques et conclusions issues de l’analyse histologique classique permettent de quali-fier le prélèvement conservé : Tumoral? Non tumoral? (intérêt du bloc miroir de contrôle).Quelle pathologie précise?

Image : Logiciel TumoroteK développé par hôpital St Louis (AP-HP).La prof explique que l'on peut supprimer des éléments de sorte que selon le niveau d'accès des per-sonnes, certains ont tous les droits et d'autres non. Ils ne verront qu'une partie des informations. N'importe qui n'a pas accès à tous les éléments du dossier

Gestion informatique du stockage :

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Il y a aussi un référencement dans le logiciel en ce qui concerne le stockage. Pour aller rechercher c'est beaucoup plus facile.

Voilà le type de renseignement que l'on met à l'int érieur du Logiciel :

• Patient• Localisation• Type histologique• Type d’évènement• Traitement avant le prélèvement• Poids matériel congelé

12. Transformation avant mise à disposition : recherche

L'INCa a sorti en 2010 ce qu'on appelle une grille tarifaire de dédommagement des techniques: ils vont coter au minimum-au maximum le coût d'un tissu congelé, d'une coupe, d'un sérum...Cette grille existe non pas parce que l'on va vendre des échantillons humains (illégal) mais ceci est un dédommagement vis-à-vis des différents réactifs que l'on a utilisé, des surcoûts de produc-tion de l'échantillon.Par exemple, l'INCa a estimé que l'on a au maximum 120 euros pour produire un échantillon congelé.Ce sont les couts que facturent l’administration qui met a dispositions des prélèvent a un autre in-

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stitut dans un but de recherche. Exemple : recherche de facteurs prédisposant a un cancer du sein

selon les régions.

Pas de question sur le prix des techniques à l'examen.

13. Transport : recherche et sanitaire

Les conditions de transport pour les échantillons biologiques humains sont réglementées :– transporteur agréé– triple emballage il faut anticiper sur le fait qu'il peut y avoir des décongélations.

Responsabilité de celui qui envoie :– formation du personnel qui prépare le colis

Traçabilité de l'échantillon jusqu'à destination :– confirmation de la réception, état de la réception– archivage des preuves

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14. Tumorothèque : à visée sanitaire

On conserve à visée sanitaire : Recom-manda-tion de 2011

– les

lymphomes– les sarcomes– toutes tumeurs pédiatriques quelques soit la localisation– leucémies et autres hémopathies devraient aussi être gardées (En laboratoire d’hématolo-

gie, pas en anapth/tumotothèque)– Exception : d'un commun accord entre les anapath du Nord et du Sud, on congèle aussi

les tumeurs cérébrales malignes à la demande des cliniciens

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Les autres tumeurs :« Les examens moléculaires/…/ sont réalisables sur des échantillons fixés en formol tamponné »

On va les conserver mais on est pas obligé. C'est à la demande d'un professeur ou d'un PH qui au-rait un projet de recherche et qui fera la démarche auprès du patient pour le consentement. Voici une liste des tumeurs qui peuvent être congelées :

– tumeurs cérébrales (que l'on conserve toujours)– tumeurs recto-coliques, de l'estomac, les GIST– tumeurs dans un syndrome de Lynch– carcinomes pulmonaires– tumeurs du sein– mélanomes

Utilisation sanitaire :L'utilisation sanitaire sert principalement à la recherche de marqueurs. A partir de ces tumeurs congelées ou non congelées (puisque ces marqueurs peuvent se rechercher sur des prélèvements en paraffine).Ce qu'il faut savoir c'est que si on demande du congelé c'est pour des recherches de mutations. Selon que le patient en est porteur ou pas on lui proposera une thérapie ciblée ou pas.Par exemple si il est non porteur de la mutation sur le Kras il aura le droit dans le cas du cancer du colon à une thérapie classique et si il est porteur de la mutation il répondra bien à une thérapie

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IV. L es tumorothèques régionales ( NE TOMBERA PAS A L'EXAMEN)

Le problème c'est que nous sommes situés loin et nous n'appartenons pas pour le moment à un cancéropole. On collabore tout de même avec Mayotte dans la région océan indien.En métropole ils sont organisés par région. Par exemple les CHU du grand Sud Ouest (Toulouse, Bordeaux, Montpellier, Limoges, etc ..) collaborent ensembles. Les tumorothèques sont connectées. Il est possible pour quelqu'un qui va sur biobank-gso.org de savoir ce qu'ils ont en banque et voir quel type des tumeur est conservée à Toulouse, Limoge, Montpellier ...

1. Pourquoi ?

But sanitaire en premier lieu

Prélèvements nécessitant des actes de biologie moléculaire à but diagnostic, pronostique, ou théra-peutique effectués sur tissus congelés.

Pour éviter les pertes de chance des patients hors CHU, il y a des tumeurs qui sont opérés hors CHU. Si une technique est maîtrisée plutôt dans un CHU et pas dans un centre anti cancer ça per-met d'envoyer le prélèvement dans le centre qui maîtrise une technique de biologie moléculaire bien précise, donne accès à une tumorothèque, à certains plateaux de chirurgie qui ne congèlent pas dans leur établissement.(Exemples locaux : clinique de Ste Clotilde, l'hôpital de St Paul...). Donc pour les patients provenant de ces centres, il faut quand même essayer de mettre en place un recueil de prélèvements à visée de congélation pour éviter les pertes de chance et permettre l'accès à tous les patients aux nouvelles technologies afin d'affiner leur diagnostic ou leur permettre par exemple d'accéder à une chimiothérapie plus ou moins ciblée.

Il est important de savoir aussi que l’accès à une tumorothèque est une condition pour pouvoir ob-tenir l'agrément de la pratique des chirurgies des tumeurs (INCa).

Cela concerne les établissements publics et privés en dehors du CHU.

2. Quels pré l èvements concerné s ?

Les tumeurs conservées sont au minimum les mêmes que ceux conservées au CHU : sarcomes, lymphomes...etc.

3. Qui conditionne ?

· Le pathologiste/ Préleveur/chirurgiens (selon les cas)· Délai optimal 15 à 30min (comme extemporané)· Technique de séparation en miroir· Fragment à congeler : immersion en RNA later, 4°C sous 7jours· Fragment miroir fixé + histo

4. Le cancéropôle GSO : exemple de tumorothèques en réseau Elle s’en BLK de ça

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Il s'agit d'un regroupement d'hôpitaux qui vont avoir l'intérêt de travailler tous ensemble sur des thématiques communes.L'avantage de se regrouper dans un cancéropôle est le fait de pouvoir mettre en commun les moyens.

Le cancéropôle GSO est composé de :– 7 universités– 5 CHU– 3 Centres de Lutte Contre le Cancer (L'institut Claudius Régaud...)– Inserm– CNRS

• Les collections de tissus biologiques sont indispensables pour permettre de découvrir de nou-veaux marqueurs diagnostiques, pronostiques et/ou de nouvelles cibles thérapeutiques. Il y a donc là un enjeu fort.

• Le Cancéropôle rassemble de nombreuses collections très bien documentées au plan biologique et clinique dont certaines sont des collections rares.

• Ses objectifs- accroître la visibilité internationale de ses collections jusqu'à une vitrine commune : la Tumorothèque Virtuelle - TVGSO- standardiser les pratiques et méthodes pour aller jusqu'à un « label » GSO et clarifier les proces-sus y compris contractuels, grâce au réseau des TARCs (Technicien Attaché de Recherche Clin-ique) / Responsables Opérationnels• Fin 2010, le Club Tumorothèques est devenu le Club CRB-Cancer (Centre de Ressources Bi-ologiques), afin de s'adapter à l'élargissement de son champ de compétences, notamment par l'in-clusion des hémothèques et d'autres collections de liquides biologiques, au sein de certains CRB

Les thématiques de recherche sont les suivantes :- signalisation cellulaire et cible thérapeutique- instabilité génétique et cycle cellulaire- facteurs prédictifs de la réponse thérapeutique- biothérapies et innovations thérapeutiques

– épidémiologie et sciences Humaines et Sociales

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A l'échelle de la Réunion on a beaucoup moins de prélèvements renseignés. Ça fait 6 ans que ça ex-iste à La Réunion. On essaie doucement d'avoir un champ d'action de plus en plus large.Dernièrement il y a eu un projet sur les tumeurs cérébrales, ce qui a permis d'augmenter le champ de compétence sur certaines pathologies cérébrales. Certes on congelait mais il y a désormais un projet de recherche en collaboration avec le CHU de Bordeaux. Il y a 33 CHU à collaborer avec comme pilote le CHU de Bordeaux. Dans chaque centre on va congeler des tumeurs cérébrales rares dans le but de les mettre en commun et de comparer région par région.

Image : répartition

Tumorothèque virtuelle en ligne :Il s'agit d'un site internet où nous avons un catalogue des ressources biologiques accessibles pour la recherche. Il s'agit d'une ouverture en réseau des catalogues de collections biologiques et notam-ment de collections de tumeurs.

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Annales UE2 : Gestion des prélèvements cellulaires et tissulaires-Bio-collections.

Annales 2015 /201 6   Semestre 1 Session 1   :

52. Concernant les collections biologiques des CRB en santé : A. Elles ne concernent que les échantillons issus de projets de recherche. B. Elles constituent une ressource biologique lorsqu’il y a des données associées. C. Elles peuvent être utilisées sans information du patient au préalable.D. Elles sont exclusivement constituées d’échantillons congelés. E. Les conservations de tissus pour la greffe et de gamètes ne sont pas dans le périmètre des CRB.

53. Concernant les collections biologiques des CRB/qualité : A. La norme qualité des CRB ne s’applique qu’aux prélèvements humains. B. La norme qualité des CRB apporte une reconnaissance du métier et une uniformisation des pra-

tiques des CRB. C. La norme qualité s’applique aux CRB végétaux. D. La norme qualité s’applique aux tumorothèque. E. La norme qualité des CRB n’est pas liée à l’iso 9001.

54. Concernant l’utilisation des ressources biologiques des CRB :A. Les échantillons biologiques provenant du soin ne peuvent jamais être utilisés. B. Les échantillons biologiques peuvent provenir d’une cohorte en recherche. C. La mission d’un CRB consiste uniquement à la conservation des échantillons biologiques. D. Un consentement de patient peut être révoqué uniquement pendant la recherche. E. Le recueil de la non opposition du patient peut se faire également lorsque des caractères géné-

tiques sont recherchés.

55. Concernant les tumorothèques : A. Les prélèvements de tumorothèque ne peuvent être stockés à long terme que dans des congéla-

teurs à -80°C. B. La cryoconservation en tumorothèque concerne uniquement les prélèvements à visée sanitaire. C. La cryoconservation en tumorothèque concerne la prise en charge d’échantillons de sarcomes,

comme recommandés par l’INCa. D. Elles peuvent conserver du tissu sain. E. Ce sont des centres de ressources biologiques à part entière et doivent se conformer à la régle-

mentation en vigueur encadrant ceux-ci.

56. Concernant la congélation d’un échantillon de tissu : A. Elle permet de conserver les acides nucléiques sans dégradation. B. Les tissus fixés au formol et enrobés de paraffine peuvent être utilisés pour la recherche de cer-

tains marqueurs moléculaires. C. La qualité du tissu ou des cellules avant congélation n’a pas d’influence particulière sur les résul-

tats des analyses en biologie moléculaire qui vont suivre. D. La congélation en isopentane est aussi possible pour les tissus.

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E. La conservation longue durée à -80°C est la meilleure technique pour la préservation des tissus et des cellules.

57. Concernant les CRB : A. Une tarification de CRB ne tient compte que de la conservation des échantillons.B. Les données des patients sont enregistrées dans un logiciel dédié. C. Seules les données biologiques sont conservées. D. Il est possible de mettre certaines collections biologiques sur un catalogue accessible sur internet. E. Les échantillons biologiques conservés en CRB humains ne proviennent que de patients ayant

une pathologie.

Annales 2014/2015   Semestre 1 Session 1   :

25. Concernant le CRB : A- Il ne peut pas conserver d’échantillons biologiques issus du soin. B- Il concerne les banques de sperme. C- Il concerne les cellules cultivées en vue d’une greffe (visée thérapeutique). D- Un sérum prélevé en vue du diagnostic et reclassé pour une utilisation a visée scientifique peut y être conservé. E- Il doit remplir des conditions strictes de sécurité et de logistique afin de garantir la qualité des échantillons.

26. Concernant le consentement du patient : A- Il est nécessaire uniquement pour les prélèvements qui feront l’objet de recherche en génétique. B- Dans le cadre de la recherche biomédicale, le consentement du patient est systématiquement de-mandé. C- Le recueil de la non opposition est le minimum requis dans certains cas. D- Le consentement obtenu est toujours définitif. E- Chez les mineurs, il faut le consentement des 2 parents.

27. Concernant la congélation d’un échantillon de tissu : A- Elle permet de conserver les acides nucléiques sans dégradation. B- Elle peut se faire dans un délai supérieur à 30 minutes après l’exérèse. C- Elle est adaptée à toutes les techniques de biologie moléculaire. D- Seule l’utilisation de l’azote liquide est possible pour la congélation des tissus. E- Aucune technique de biologie moléculaire ne peut se faire sur prélèvements fixés au formol et in-clus en paraffine.

28. Les collections biologiques : A- sont la réunion des ressources biologiques et des données cliniques/biologiques qui leurs sont as-sociées. B- sont l’objet de démarches réglementaires spécifiques au près du Ministère de la Recherche. C- peuvent être collectées dans le cadre d’une recherche biomédicale. D- doivent rassembler des échantillons biologiques anonymisés ou partiellement anonymisés, pour une utilisation à des fins de recherche. E- sont encadrées juridiquement par la loi de bioéthique.

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Annales 2014/2015 Semestre 1 Session 2   :

13. Les collections biologiques des CRB en santé : A- Ne concernent que les échantillons issus de projet de recherche. B- Constituent une ressource biologique lorsqu’il y a des données associées. C- Peuvent être utilisées sans information du patient au préalable. D- Sont exclusivement constituées d’échantillons congelés. E- N’incluent pas dans leur périmètre les conservations de tissus pour la greffe et de gamètes..

14. Concernant les tumorothèques : A- Les prélèvements de tumorothèque ne peuvent être stockés à long terme que dans des congéla-teurs à -80°C. B- La cryoconservation en tumorothèque concerne uniquement les prélèvements à visée sanitaire. C- La cryoconservation en tumorothèque concerne la prise en charge d’échantillons de sarcomes, comme recommandés par l’INCa. D- Elles peuvent conserver aussi du tissu sain. E- Elles sont des centres de ressources biologiques à part entière et doivent se conformer à la régle-mentation en vigueur encadrant ceux-ci.

15. Concernant la congélation d’un échantillon de tissu : A- Elle permet de conserver les acides nucléiques sans dégradation. B- Les tissus fixés au formol et enrobé de paraffine peuvent être utilisés pour la recherche de certains marqueurs moléculaires. C- La qualité du tissu ou des cellules avant congélation n’a pas d’influence particulière sur les résul-tats des analyses en biologie moléculaire qui vont suivre. D- La congélation en isopentane est aussi possible pour les tissus. E- La conservation longue durée à -80°C est la meilleure technique pour la préservation des tissus et des cellules.

16. Pour quelle raison un prélèvement de ganglion lymphatique doit-il être envoyé à l’état frais au la-boratoire : A- Pour améliorer la qualité de la fixation. B- Pour permettre éventuellement la réalisation d’un caryotype. C- Pour permettre la réalisation d’empreintes cytologiques. D- Pour permettre d’en réaliser à la fois la fixation et la congélation pour tumorothèque. E- Aucune des réponses précédentes n’est exacte

Annales 2013/2014 Semestre 1 Session 1   :

1. A propos du CRB : A. Il ne peut pas conserver d’échantillons biologiques issus du soin. B. Il concerne les banques de sperme. C. Il concerne les cellules cultivées en vue d’une greffe (visée thérapeutique). D. Un sérum prélevé en vue du diagnostic et reclassé pour une utilisation a visée scientifique peut y être conservé. E. Doit remplir des conditions strictes de sécurité et de logistique afin de garantir la qualité des échantillons.

2. Concernant le consentement du patient :

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A. Il est nécessaire uniquement pour les prélèvements qui feront l’objet de recherche en génétique. B. Dans le cadre de la recherche biomédicale, le consentement du patient est systématiquement de-mandé. C. Le recueil de la non opposition est le minimum requis dans certains cas. D. Le consentement obtenu est toujours définitif. E. Chez les mineurs, il faut le consentement des 2 parents.

3. Concernant la congélation d’un échantillon de tissu : A. Elle permet de conserver les acides nucléiques sans dégradation. B. Elle peut se faire dans un délai supérieur à 30 minutes après l’exérèse. C. Elle est adaptée à toutes les techniques de biologie moléculaire. D. Seule l’utilisation de l’azote liquide est possible pour la congélation des tissus. E. Aucune technique de biologie moléculaire ne peut se faire sur prélèvements fixés au formol et in-clus en paraffine.

4. Les collections biologiques : A. - sont la réunion des ressources biologiques et des données cliniques/biologiques qui leurs sont as-sociées. B. - sont l’objet de démarches réglementaires spécifiques auprès du Ministère de la Recherche. C. - peuvent être collectées dans le cadre d’une recherche biomédicale. D. - doivent rassembler des échantillons biologiques anonymisés ou partiellement anonymisés, pour une utilisation à des fins de recherche. E. - sont encadrées juridiquement par la loi de bioéthique.

5. Concernant les tumorothèques : A. Les prélèvements des tumorothèques ne peuvent être stockés à long terme que dans des congéla-teurs à -80°C. B. La cryoconservation en tumorothèque concerne uniquement les prélèvements à visée sanitaire. C. La cryoconservation en tumorothèque concerne la prise en charge d’échantillons de sarcomes, comme recommandés par l’INCa. D. Elles peuvent conserver aussi du tissu sain. E. Elles sont des centres de ressources biologiques à part entière et doivent se conformer à la régle-mentation en vigueur encadrant ceux-ci.

6. Concernant les ressources/échantillons biologiques/CRB : A. Les techniques de préparation et la conservation des échantillons biologiques peuvent être l’objet d’un dédommagement financier lorsqu’ils sont cédés. B. A la fin d’un projet de recherche biomédicale, si le chercheur n’a pas souhaité une requalification de la collection, une destruction des échantillons biologiques est envisagée. C. Ils sont soumis à une norme qualité spécifique. D. Les données associées sont gérées par le même logiciel que les laboratoires d’analyses médicales. E. La base de données associée doit être déclarée à la CNIL.

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