Bioinformatique =??

Informatique au service de la biologie moléculaire

ADN (ARN) Protéine

génomique protéomique

Génomique= analyse systématique de la composition génétique d’un organisme

Protéomique= ensemble de la composition en protéines d’une cellule

Bioinformatique= analyse et gestion par des méthodes informatiques des données générées par la génomique et la protéomique

Etude et développement statistiques des données

Analyse et interprétation des séquences

Développement de nouveaux outils informatiques

Paradigme de la biologie moléculaire:

Séquençage de génomes

Banque de données :

GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank ): consortium entre NCBI (USA) EMBL (Europe) and DDBJ (Japon)

ORGANISM CHROMOSOMES GENOME SIZE GENESHomo sapiens(Humans) 23 3,200,000,000 ~ 30,000Mus musculus(Mouse) 20 2,600,000,000 ~30,000DrosophilaMelanogaster 4 180,000,000 ~18,000Saccharomycescerevisiae (Yeast) 16 14,000,000 ~6,000

Zea mays (Corn) 10 2,400,000,000 ???

Code génétiqueBases :

A (adénine), G (Guanine): Purine

T (Thymine), C (Cytosine) : Pyrimidine

Correspondance codon-acide aminé

Code des acides aminés

Séquence d’acides aminés: N C

Lien peptidique :

Forme trans (plan)

Séquence linéaire

Structure secondaire

Structure tridimensionnelle (3D)

Structure 3D

Relation Séquence-Structure-Fonction

Plan du cours

Séquence protéique Séquence protéique *propriétés des acides aminés

*quelles infos en tirer sur la fonction de la protéine étudiée?

*notion d’hydrophobicité

*bases de données

Structure secondaireStructure secondaire: définition, prédiction

Structure 3DStructure 3D :

* définition

* bases de données

*prédiction 3D

* par homologie: notion d’alignement de séquences

* threading: notion d’alignement de structures

* ab initio

*Méthodes de prédiction de structure de peptides (Peplook)

Misfolding-désordre Misfolding-désordre : comment le paradigme une séquence = une structure est remis en question

Dynamique moléculaireDynamique moléculaire

Notions de data mining (statistiques)Notions de data mining (statistiques)

Protéine/peptides membranairesProtéine/peptides membranaires

Exemples « pratiques »:Exemples « pratiques »:*Modélisation relation structure 3D/fonction de

protéines

*Modélisation de l’interaction peptide/lipides et leur rôle

Dates des cours:

16/11 : supprimé

23/11: 10h20

30/11: 10h20

01/12: 13h40 (JM Crowet)

3/12: 8h30 (au lieu de 8h)

6/12: supprimé

7/12: 10h20 (S. Steinhauer)

17/12: 8h30 (au lieu de 8h)

22/12: 10h20

23/12: 8h30: questions/réponses (n’a lieu qu’à la demande des étudiants)

24/12: supprimé

Examen:

Travail écrit: analyse d’une séquence protéique et construction d’un modèle 3D

Séquence disponible le 30/11 (sera envoyée par mail)

Travail à remettre pour le vendredi 14/1/2011

à envoyer sous format pdf à l.lins@ulg.ac.be ET à czeches@ulg.ac.be