Bactériologie 8

Introduction

L’examen cytobactériologique des urines (ECBU) re p r é-sente dans un laboratoire de microbiologie clinique une des

principales, sinon la principale activité de diagnostic (5). Du

point de vue quantitatif, ceci contribue dans une large mesureau coût général très élevé de la prise en charge des infectionsu r i n a i res. Les derniers consensus concernant cette patholo-gie recommandent pourtant un recours non systématique àl’ECBU (5, 9). En l’absence de cet examen, le traitement

Profil et sensibilité aux antibiotiques de 2063 b a c t é r i e suropathogènes isolées dans le centre de la Tu n is i e.

Summary: Profile and sensitivity to antibiotics of 2063 uropathogenic bacteria in midTunisia.

Current bacteriological data are very useful when making therapeutic decisions in cases of non com -plicated urinary tract infection. In this article, we present the data gathered by a university hospitallaboratory in mid-Tunisia as well as the results of 17829 urinary cytobacteriological examinationsconducted in a multidisciplinary hospital during the year 2000. Urine was sowed on usual agar. Allbacterium cultivating at least 10 5 bacteria reported to ml and at 37°C in a normal atmosphere wasretained; identification and sensitivity to antibiotics of the bacterium followed the recommendationsof the French Society of Microbiology. We collected 2063 non-redundant bacteria of which 82,3%came from female samples. Gram negative rods were distinctly predominant with 92% of the wholebacterium and Escherichia coli represented 67% of the whole of the germs; Staphylococcus sapro-phyticus with 4,8% and Streptococcus agalactiae with 1% dominated Gram positive bacteria. Thesusceptibility of bacteria to the principal antibiotics used for the treatment of the urinary tract infec -tion was characterised by the low percentage of sensitivity of the Gram negative rods to amoxicil -line (41,2% of sensitivity for Escherichia coli and 22% for the Proteus sp ), and by cotrimoxazolewhich preserved an activity between 63,8% for Escherichia coli and 94,7% for Staphylococcussaprophyticus. The highest percentage of sensitivity was achieved by gentamicine (99,4% of Esche-richia coli and 98,9% of Staphylococcus saprophyticus) and fluoroquinolons (97,8% of Escherichiacoli and 100% of Staphylococcus saprophyticus are sensible); furadoin was active on almost allEscherichia coli and Staphylococcus saprophyticus. Apart from natural resistance, colistin wasconstantly active. Escherichia coli and Staphylococcus saprophyticus were the major agents of theurinary tract infection. Gentamicin and fluoroquinolons showed themselves to be constantly activeantibiotics. Nitrofurans and colistin deserve a better place in therapeutic choice.

Résumé :

Nous présentons les données bactériologiques actuelles fournies par l’examen cytobactériologiqued’urines d’un laboratoire de microbiologie hospitalo-universitaire du centre tunisien. Il s’agit des résul -tats de 17 829 examens cytobactériologiques d’urines réalisés au cours de l’année 2000. La sensibi -lité aux antibiotiques est effectuée selon les recommandations de la Société française de microbiolo -gie. Nous avons collecté 2 063 bactéries non redondantes provenant, dans 82,3 % des cas, d’échan -tillons féminins. Les bacilles à Gram négatif sont nettement prédominants avec 92 % de l’ensembledes bactéries et Escherichia coli représente 67 % du total des germes; Staphylococcus sapro p h y t i c u savec 4,8 % et S t reptococcus agalactiae avec 1 % dominent les bactéries à Gram positif. La sensibi -lité des bactéries aux principaux antibiotiques utilisés pour le traitement de l’infection urinaire se dis -tingue par le faible pourcentage de sensibilité à l’amoxicilline des bacilles à Gram négatif (41,2 % desensibilité pour Escherichia coli et 22 % pour les P ro t e u s) alors que le cotrimoxazole n’est actifqu’entre 63,8 % pour Escherichia coli et 94,7 % pour Staphylococcus sapro p h y t i c u s . Les meilleurspourcentages de sensibilité sont relatifs à la gentamicine (99,4 % des Escherichia coli et 98,9 % desStaphylococcus sapro p h y t i c u s sont sensibles) et aux fluoroquinolones (97,8 % des Escherichia coli e t1 0 0 % des Staphylococcus sapro p h y t i c u s sont sensibles) ; la furadoïne est active sur la quasi totalitédes Escherichia coli et des Staphylococcus sapro p h y t i c u s. En dehors des résistances naturelles, la colis -tine est constamment active. Escherichia coli et Staphylococcus saprophyticus sont les agents majeursde l’infection urinaire. Toute bactéries confondues, la gentamicine, le céfotaxime et les fluoroquino -lones sont les antibiotiques les plus constamment actifs.

BACTÉRIOLOGIE

J. Boukadida* (1), N. Boukadida (2) & S. Elraii (1)(1) Laboratoire de microbiologie, CHU Farhat Hached,4002 Sousse, Tunisie.(2) centre de santé de base de Sousse, Tunisie.* E-mail : jboukadida@lycos.com

Manuscrit n°2356. “Bactériologie”. Reçu le 18 septembre 2001. Accepté le 22 janvier 2002.

urinary cytobacteriological examantibiotic

laboratoryTunisia

Northern Africa

examen cytobactériologique des urinesantibiotique

laboratoire Tunisie

Afrique du Nord

Bull Soc Pathol Exot, 2002, 95, 1, 8-10 9

a n t ibiotique s’appuie sur les données épidémiologiques bac-tériennes actualisées et géographiquement adaptées (2, 14). Detelles données permettent également d’informer les org a n i s m e ss a n i t a i res quant à l’évolution de l’antibiorésistance. Nous pré-sentons dans ce travail le profil et la sensibilité aux antibio-tiques de 2 063 bactéries isolées à partir d’ECBU dans unhôpital universitaire polyvalent du centre tunisien.

Matériels et méthode

La période de l’étude est l’année 2000. Nous avons re ç u1 7 829 échantillons d’urines. Les échantillons analysés

sont des milieux de jet d’urines matinales, des prélèvementspar collecteur chez les nouveau-nés et les nourrissons et excep-tionnellement des ponctions sus-pubiennes. Les échantillonsp roviennent des diff é rents services hospitaliers (néonatalo-gie, pédiatrie, services médicaux, soins intensifs, matern i t é ,c h i ru rgie et consultations externes médicales) et de dispensaire spériphériques (consultations médicales de pre m i è re ligne).Après comptage cellulaire à la cellule de Mallassez, 100µl dechaque échantillon d’urine sont ensemencés sur gélose ordi-n a i re (Sanofi Diagnostics Pasteur - France). Toute bactériequi pousse en 24 h e u res à 37 °C en atmosphère normale àplus de 10 5 colonies/ml est identifiée. La sensibilité aux anti-biotiques est réalisée par la méthode de diffusion en milieugélosé de Mueller Hinton (Sanofi Diagnostics Pasteur – Franceet les disques du même fabriquant) selon les re c o m m a n d a-tions de la SFM (20). L’ensemble des données a été analysé parle logiciel fourni par l’OMS “WHONET 4”.

Résultats

Nous avons collecté 2 063 bactéries non re d o n d a n t e s(tableau I) dominées à plus de 67 % par E s c h e r i c h i a

c o l i . Les bactéries proviennent dans 82,3 % d’échantillonsféminins. Nous avons réparti l’ensemble des bactéries en 7catégories selon la spécialité médicale des patients (tableau II) ;les consultations médicales et les services médicaux adultesdominent, avec plus de 63 % du total des isolats, au niveaude la provenance des ECBU à culture positive. Neuf genre sbactériens dominent le profil bactériologique avec plus de1 % de l’ensemble des bactéries isolées (tableau II). Leur sen-sibilité aux principaux antibiotiques utilisés pour le traite-ment des infections urinaires montre une fréquente eff i c a c i t éde la gentamicine, l’ofloxacine, les furadoïnes, la colis-tine. L’amoxicilline garde une constante eff i c a c i t éessentiellement sur le streptocoque B. Pour les bac-téries nosocomiales, la ceftazidime, mais surtout l’imi-pénème et la colistine, s’avèrent les plus fréquemmentactives in vitro (tableau III). Selon la provenance deséchantillons d’urine, le céfotaxime, la gentamicine etles quinolones sont les plus fréquemment actifs enmilieu médical (tableau IV). Compte tenu des éven-tuelles contre-indications, le choix sera plus re s t re i n ten pédiatrie et pour la femme enceinte ; il sera orientéprincipalement vers les céphalosporines de 3e g é n é-ration ou bien la colistine.

Discussion

L’infection urinaire demeure, partout dans le monde,une pathologie très fréquente (6). C’est l’un des

principaux motifs de consultation, d’explorationsm i c robiologiques et de prescription des antibiotiquesavec, pour cette dern i è re, les conséquences sur le coûtdes soins et du développement de résistances bacté-riennes (2, 6, 9). Les données bactériologiques locales

et actualisées sont indispensables pour l’application efficace desnouveaux consensus de la prise en charge de cette pathologieoù il s’agit en particulier de pre s c r i re une antibiothérapie eff i-cace et de restreindre le recours à l’ECBU. Les deux principales données locales et actualisées à fournirs o n t : le profil bactériologique général et particulier à diff é re n t st e rr a i n s ; la sensibilité des principales bactéries aux antibiotiquespréconisés pour le traitement de l’infection urinaire.

Profil des 2063 bactéries isolées d’ECBU.Profile of the 2 063 bacteria isolated from ECBU.

bactéries à Gram négatif nb d’isolats %Escherichia coli 1383 67Klebsiella sp. 236 11,4Proteus sp. 87 4,2Enterobacter sp. 62 3Citrobacter sp. 61 3Pseudomonas aeruginosa 38 1,8Acinetobacter baumannii 21 1Morganella morganii 4 0,2Serratia sp. 4 0,2Salmonella enterica* 3 0,1Providencia sp. 2 0,1

total bacilles à Gram négatif 1901 92

bactéries à Gram positifStaphylococcus saprophyticus 100 4,8Enterococcus sp. 21 1Streptococcus agalactiae 20 1Streptococcus sp. 7 0,5Staphylococcus aureus 5 0,2Staphylococcus epidermidis 2 0,1Staphylococcus hominis 2 0,1Streptocoque du groupe D 2 0,1Streptocoque du groupe A 2 0,1Staphylococcus xylosus 1 0,05

total des bactéries à Gram positif 162 8

(*) Deux souches de sérotype Enteritidis et une souche de sérotype Braenderup.

Tableau I

Tableau II.

Tableau III.

Répartition des ECBU positifs selon leur provenance des différents services hospitaliers et périphériques.

Distribution of positive ECBU according to their origin (hospital wards, peripheral hospitals)

spécialité médicale nb d’isolats %services externes 841 40,7 services médicaux internes 493 23,9gynécologie-obstétrique 348 16,9pédiatrie 130 6,3réanimation polyvalente 90 4,4réanimation pédiatrique 89 4,3néonatologie 39 1,9chirurgie 33 1,6total des ECBU positifs 2063 100

Pourcentage de sensibilité aux antibiotiques des 9 principales bactéries isolées d’ECBU (proportion > 1 %).Percentage of sensitivity to antibiotics of the 9 main bacteria

isolated from ECBU (proportion > 1%)

nb de souches 1383 236 100 83 62 61 38 21 20amoxicilline 41,2 - 84,2 22 - - - - 100céfalotine 54,4 69,1 94,6 56 - - - - -céfotaxime 99,6 88 - 95,2 82 92,5 - - -amikacine 99,9 95,8 100 95 95,3 100 86,5 55 -gentamicine 99,4 88,4 98,9 91,5 84 90,5 63,2 52,6 90*ac. nalidixique 95,5 85,5 - 78,8 88 90 - - -ofloxacine 97,8 98,1 100 98,7 95,5 95,1 66,7 46,7 -colistine 100 100 - - 100 100 100 100 -furadoïne 99 76,2 100 - 72 88,1 - - 100ticarcilline - - - - 64,5 26 63,9 75 -céftazidime - - - - - - 76,5 47,1 -imipénème 100 100 - 100 100 100 88,2 100 -tétracycline 85,9 20,7 82,1 - 28 41,5 - - -chloramphénicol 88,4 84,7 90,8 71 83,7 95,1 - - 90cotrimoxazole 63,8 67,1 94,7 76,6 67,4 90 - 50 90

*: résistance de type bas niveau pour 90% des souches,(-) antibiotique non testé ou de sensibilité quasi nulle

Bactériologie 10

J. Boukadida, N. Boukadida & S. Elraii

Plusieurs études et organismes dans différents pays, tel quel’AFORCOPIBIO en France, présentent régulièrement l’évo-lution du profil des bactéries uropathogènes et de leur sensi-bilité aux antibiotiques (7, 8, 16, 19). Partout dans le monde,Escherichia coli, avec des pourcentages stables de 60 à 70 %,dominent nettement le profil général des bactéries re s p o n-sables d’infections urinaires. Les bacilles à Gram négatif pré-dominent par rapport aux cocci à Gram positif et sontreprésentés essentiellement par des entérobactéries. Pseudo -monas aeru g i n o s a et Acinetobacter baumanii sont isolés essen-tiellement dans un contexte nosocomial, en particulier chez lesmalades sondés (17). À l'instar des autres infections en néo-natologie (11), Klebsiella est un agent fréquent de l’infectionurinaire néonatale; sa prédominance chez les malades diabé-tiques est également notée dans notre étude. Staphylococcussaprophyticusest le principal coccus à Gram positif respon-sable d’infection urinaire; il est incriminé essentiellement dansla cystite de la jeune femme (18) mais également dans d’autre scontextes (1, 15) comme nous l’avons noté dans notre étude,puisque 4 souches sur les 100 ont été isolées chez des patientsde sexe masculin. Il en est de même pour Streptococcus aga -l a c t i a e (13, 23), deuxième cocci à Gram positif isolé dans notresérie essentiellement en milieu obstétrical, 5 souches ont étéisolées en dehors de ce contexte dont 3 chez des patients desexe masculin.La sensibilité aux antibiotiques des bactéries uropathogènesse rapproche des résultats de plusieurs études (7, 9, 21). Pourles bacilles à Gram négatif, il s’agit en particulier de la pro-portion de plus en plus réduite d’Escherichia colisensibles àl’amoxicilline et la même constatation est valable pour le cotri-moxazole. Les céphalosporines de troisième génération, lagentamicine, les fluoroquinolones et les nitrofuranes sont lesantibiotiques qui s’avèrent actuellement les plus fréquem-ment actives ; elles doivent donc s’envisager en priorité enthérapeutique. La colistine, pour laquelle la résistance acquisereste toujours exceptionnelle et compte tenu de son faiblecoût et de sa tolérance sur certains terrains (femme enceinte),pourrait continuer à avoir certaines indications (3).Pour les cocci à Gram positif, l’amoxicilline demeure l’anti-biotique de choix quand il s’agit de streptocoque et, à unmoindre degré, de S.saprophyticus. Pour ce dernier, les fluo-roquinolones, les furadoïnes, la gentamicine et le cotrimoxa-zole peuvent s’envisager en traitement de première intentionavec une grande marge d’efficacité. La résistance d’entéro-coque vis-à-vis des glycopeptides (22) n’a pas été retrouvéedans notre étude.Enfin, les nitrofuranes, proposées actuellement pour le trai-tement de l’infection urinaire non compliquée (4), et la colis-tine s’illustrent dans notre étude par une re m a rquable activité( h o rmis les résistances naturelles). Ces “anciens” a n t i b i o-tiques connaissent actuellement un regain d’intérêt (10, 12) ;ils méritent réellement de meilleures considérations dans les

schémas thérapeutiques de l’infection urinaire, du moins danssa forme non compliquée : les nitrofuranes et la colistine sontdes antibiotiques à prix intéressant. Alors que la résistancebactérienne inquiète, à juste raison, toutes les autorités sani-taires, leur prescription permet d’alléger la pression de sélec-tion exercée sur les autres antibiotiques (β-lactamines etfluoroquinolones en particulier).

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Tableau IV.

Sensibilité toutes bactéries confondues,selon leur provenance, vis-à-vis de 9 antibiotiques.

Sensitivity of all bacteria taken together, according to their origin, with respect to 9 antibiotics.

EXT G/O MED PED NN CHIRamoxicilline 35,9 % 40,1 30,2 35,5 35,1 25céfalotine 56,2 63,3 50,9 50,4 51,4 54,8céfotaxime 98,2 97,3 97,5 97,5 82,9 87,5gentamicine 98,8 99 95,9 91,9 81,1 94cotrimoxazole 68,8 75,5 64,4 55,9 62,9 62,5ac. nalidixique 93,4 94,4 91,6 97,5 80 84ofloxacine 97,7 98 95,6 100 97,2 97furadoïne 92,1 89,4 90,6 89,4 81,1 94colistine 94 92,1 93,7 91,9 94,2 91

EXT: patients consultants, G/O:maternité,MED:services hospitaliers médicaux,PED : pédiatrie, NN: néonatologie, CHIR : chirurgie