UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Mise à jour le: ED N°2a Diagnostic...

UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

Mise à jour le:

ED N°2a

Diagnostic bactériologique des infections urinaires

ECBU


Objectif et prérequis

Objectif•Savoir interpréter les résultats d'un examen cytobactériologique des urines

Prérequis•Cours 4 et 5, le monde bactérien•Cours 28, antibiotiques: mécanisme d’action, mécanisme de résistance•Polycopié des TP page 28: les principales familles d’antibiotiques


Mme D., 32 ans, consulte pour des brûlures mictionnelles

• Pas d’antécédent médico-chirurgical• Pas de traitement en cours• Apparition brutale de brûlures mictionnelles la

veille• Pas de fièvre• Pas de douleur lombaire

Quel diagnostic évoquez-vous?


Cystite aiguë

• Infection uniquement vésicale

• ≠ Pyélonéphrite aiguë• Atteinte du parenchyme rénal• Clinique: fièvre ± frissons, douleur de la fosse lombaire

irradiant vers le pubis

Quel est le mécanisme physiopathologique habituel des infections urinaires communautaires?

Quelles sont les bactéries habituellement responsables?


Physiopathologie des IU

• Colonisation ascendante des voies urinaires par des bactéries possédant des facteurs de virulence spécifiques:

(adhésines, sidérophores )

• Femme : la longueur réduite de l’urètre favorise l’infection

• Femme enceinte : facteurs favorisants supplémentaires (diminution des défenses immunitaires, compression de l’urètre par l’utérus, imprégnation progestative)


Espèces bactériennes responsables d’infections urinaires

Examen direct(coloration de

Gram)Famille Espèce %

Bacilles Gram négatifEntérobactéries

Escherichia coli 68Proteus mirabilis 8

Klebsiella sp 5

Autres entérobactéries 3

Pseudomonadaceae Pseudomonas aeruginosa 1

Cocci Gram positifen chainettes

Streptococcaceae

Enterococcus (E. faecium, E. faecalis)

5

Streptocoques B (Streptococcus agalactiae)

3

Cocci Gram positif en amas

MicrococcaceaeStaphylococcus aureus 3

S. saprophyticus 3

Autres bactéries 1

84%


Quel examen pour confirmer le diagnostic?

• Examen Cyto-Bactériologique des Urines (ECBU)

• Il permet de mettre en évidence:• Une réaction inflammatoire (cytologie : leucocytes)• Des bactéries dans l’urine vésicale (physiologiquement

stérile)

• Pyélonéphrites aiguës: hémocultures + ECBU

Comment bien réaliser un ECBU?


ECBU – Conditions de recueil

• Conditions standardisées pour :• Eviter une contamination de l’échantillon (bactéries

commensales de l’urètre et du périnée)• Eviter une multiplication ou une destruction des bactéries• Permettre une conservation des leucocytes

• 1ères urines du matin de préférence (concentrées)

• Toilette soigneuse du méat urinaire (femme +++)

• Urine de milieu de jet

• Avant tout traitement antibiotique

• Transport rapide au labo (conservation 2h à T° ambiante, <24h à +4°C)


• Situations modifiant les critères d’interprétation (conditions de recueil différentes) :

– Poche stérile adhésive chez le jeune enfant– Doit être laissée en place moins de 30 min– Fort risque de contamination– Seule une urine négative est facilement interprétable, tout

urine positive prélevée ainsi, devrait être contrôlée++

– Recueil sur sonde urinaire (réanimation, incontinence, …)

– Leucocyturie ininterprétable– Possible contamination de la sonde sans infection

ECBU – Conditions de recueil


Analyse d’un ECBU – J0

1. Cytologie quantitative

- Leucocytes

- Hématies

Par mm3 ou ml attention aux unités!!!!

2. Frottis →Coloration de Gram →Examen au microscope

- Présence de germes

- Morphologie et coloration

3. Ensemencement quantitatif++ sur milieu chromogène

- 10 µL (öse calibrée)

- Incubation 24h à 37°C

- Permet la culture des Gram+ et des Gram-



Interprétation à J0Les normes : leuco <104/ml et abs de germe

•exemples∙ 105 leucocytes/ml ET nombreux bacilles Gram négatif

→ Infection probable

∙Traitement antibiotique probabiliste

∙ 104 leucocytes/ml et plusieurs types de germes au Gram

∙Souillure probable

→ Refaire ECBU



• Numération des bactéries sur les cultures • 1 colonie = 102 bactéries/mL

• Identification bactérienne• Orientation si identification par les caractères biochimiques (galerie

API) grâce aux milieux chromogènes

• Identification définitive si identification par spectrométrie de masse (Maldi-Tof)

• Réalisation d’un antibiogramme


• Interprétation à J1


Leucocyturie/mL

Bactéries/mL Interpretation

< 104 < 104 Pas d'infection

≥ 104 ≥ 105 Infection urinaire

< 104 104 – 105

Bactériurie sans leucocyte∙ Contamination du prélèvement surtout si plusieurs espèces∙ Infection débutante∙ Infection sur terrain particulier : femme enceinte, nourrisson, diabétique ou

aplasique, immunodépriméUn nouveau prélèvement est nécessaire

≥ 104 < 104

Leucocyturie sans germe

∙ Infection décapitée par traitement antibiotique∙ Sécrétions génitales∙ Tuberculose urinaire : bactéries ne cultivent pas sur les milieux usuels (Cf.

cours sur les mycobactéries).∙ Urétrite (Chlamydiae, mycoplasme), donnant signes de cystite chez la

femme∙ Réaction inflammatoire d'origine non infectieuse (traumatisme ou tumeur)


• Identification bactérienne complète

• Antibiogramme


Vérifier la sensibilité du germe à l’antibiotique initialement prescrit +++

E. coli

50 % des E. coli : producteurs de pénicillinase

résistance à l ’ampicilline


• L’ECBU est indiqué pour le diagnostic initial • Des cystites aigues compliquées• Des cystites récidivantes• Des pyélonéphrites aigues simples et compliquées• Des prostatites

• Diagnostic initial des cystites aigues simples • L’ECBU n’est PAS indiqué pour le diagnostic• Le seul examen complémentaire recommandé est le test

par la bandelette urinaire (BU)

ECBU – Indications


Place des bandelettes urinaires

• Détection• Leucocyte estérase produite par les PNN

» Négatifs: infection débutante, neutropénie» Faux négatifs: urine diluée, Vitamine C» Faux positifs: urétrites, inflammation non infectieuses (sonde urinaire +

++)

• Nitrites produits par les bactéries (nitrate réductase)» Négatifs: germes en faible nombre ou non producteur de nitrate

reductase (Enterococcus, S. saprophyticus, Pseudomonas, Acinetobacter, Candida)

» Faux négatifs: Régime végétarien, Vitamine C, pH urinaire < 6» Faux positifs: mauvaise conservation de l’échantillon•Si les 2 tests sont négatifs: pas d’ECBU (VPN = 95% )

• Si 1 des 2 tests est positif : faire un ECBU

• Exception : ECBU d’emblée, sans BU préalable :

- Chez les patients à risque de complications (femmes enceintes, diabétiques, neutropéniques)

- En cas de sondage urinaire


Traitement

• Entérobactéries (BGN)• β-lactamines (pénicillines et céphalosporines)

– Résistance naturelle aux Pénicillines G et M (imperméabilité)– E. coli : 50% de résistance acquise à l’ampicilline/amoxicilline

• Autres antibiotiques– fluoroquinolones, fosfomycine, bactrim, aminosides

• Entérocoques (Cocci à Gram + en chainette)• Résistance naturelle aux céphalosporines+++, bactrim et quinolones• Traitement par amoxicilline

Traitement de la cystite aiguë• 1re intention : Fosfomycine

• 2ième intention: Fluoroquinolone ou Nitrofurantoïne

•Traitement minute possible pour la fosfomycine et les fluoroquinolones si femme jeune non-enceinte sans facteurs de risques

Traitement de la pyélonéphrite aiguë

• Céphalosporine de 3e génération injectable ou fluoroquinolone per os

• + aminoside si sepsis grave


• Règles hygiéno-diététiques

• Mictions fréquentes

• Diurèse abondante

• Traitement d’une constipation

• Contrôle de l’ECBU

• Non recommandé dans les cystites aiguës et les pyélonéphrites aiguës simples

• Sauf en cas de persistance des symptômes 72h après le début du traitement

• Recommandé dans les pyélonéphrites aiguës compliquées (48h à 72h après le début du traitement et 4 à 6 semaines après la fin du traitement)

Traitement


A retenir

• L’ECBU est un examen simple et peu coûteux

• Il peut donner une première indication dès le 1er jour

• Les bactéries les plus fréquemment rencontrées sont des Entérobactéries (E. coli +++)

• L’infection urinaire est très fréquente, généralement peu grave... sauf chez certains patients à risque.


L’ECBU dans ses différentes étapes

Urines de milieu de jet

Examen cytologique Examen bactériologique

Ensemencement(Öse calibrée 10 µL)

QuantitatifLeucocyturie

QualitatifGermes

Dénombrement, différenciation et identification des

colonies

Antibiogramme(s) éventuel(s)

J0

J1 à 2

J2 à 3

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