1999-20101999-2010La cytométrie en flux au La cytométrie en flux au

LEMAR LEMAR État des lieux et prospectivesÉtat des lieux et prospectives

10e0 10e1 10e2 10e3 10e4Red Fluorescence (RED-HLog)

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Plot7: Gated by : Gate 1

"La collecte des données et l’expérimentation ne peuvent se faire que si les recherches s’inscrivent dans le long terme avec du personnel qualifié".

“Comme les 3 autres outils de l’INEE (écotrons, observatoires, base de donnée), les plateformes d’analyse sont au coeur d’une dynamique de recherche

pluridisciplinaire et partenariale.

«Compte rendu du Colloque de prospective de l’Institut Écologie et Environnement du CNRS » (Rennes, 12-13 mai 2009)

Natures Sciences Sociétés 17, 412-416 (2009)

Rappel : principe de base de la Rappel : principe de base de la cytométrie en fluxcytométrie en flux

Un matériel adapté

Facscalibur Becton-Dickinson (1999)

Guava EasyCyte plus (2007)

Deux cytomètres en flux

Laser 488nm, capteurs FSC, SSC, fluo jaune/vert, orange, rouge.Passeur microplaque …

Budget d’achat : ~160 000 €

Acteur important de la diffusion scientifique du LEMAR

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Année

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+ de 80 + de 80 publicationspublications de de

rang A depuis 2000rang A depuis 2000

Plus du 1/3 Plus du 1/3 des publicationsdes publications

du LEMAR du LEMAR en 2008en 2008

Formation

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Année

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+ de 100 + de 100 personnes personnes formées formées

depuis 2000,depuis 2000, dont dont 40 40

doctorantsdoctorants

Un réseau interne, local, national, international

Laboratoires brestois :

- Laboratoire de Toxicologie Alimentaire (UBO)

- Optimisation des Régulations Physiologiques, ORPHY (UBO)

- Centre de Documentation, de Recherche et d'Expérimentations sur les pollutions accidentelles des eaux (Cedre)

- Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments, Plouzané (Afssa)

-UMR1067 Nutrition, Aquaculture et Génomique (Ifremer)

- Laboratoire de Physiologie des Invertébrés Marins (Ifremer)

5 structures IUEM :LEMAR LM2E

LEBHAMDomaines Océaniques Observatoire (Somlit)

6 laboratoires brestois

~20 laboratoires nationaux

~20 laboratoires internationaux

Un positionnement original• LEMAR/ IUEM : cellules d’invertébrés marins, physiologie

du phytoplancton, bactéries marines, virus.

• Station biologique Roscoff : biodiversité phytoplanctonique marine (Daniel Vaulot, Dominique Marie)

• Laboratoire Arago (Banyuls /s mer): structure complexe des peuplements phytoplanctoniques

• Laboratoire génétique et pathologie, Ifremer La Tremblade : interaction pathogènes / espèces aquacoles exploitées (Tristan Renault)

• plateforme régionale de cytométrie en flux (PRECYM) centre d’océanologie de Marseille : microbiologie, marine ou non, bactériologie. (Gérald Gregori)

La cytométrie en flux : Un outil au cœur des problématiques

du laboratoire

Biologie moléculaire

Microscopieconfocale

BiologieBiologieBiogéochimie des OcéansBiogéochimie des Océans

Changement globalChangement global

Étude du Étude du ""biomebiome"" littorallittoral

Molécule - gèneCellule

Individu

Population

Écosystème CouplageCouplage

Cytométrie en fluxCytométrie en flux

Un acteur majeur de l’approche intégrative : du gène à l’écosystème

Quelques exemples de paramètresQuelques exemples de paramètres

• Activité oxydative intracellulaire• Dénombrement de particules virales

• Expérience de grazing (Oxyrrhis / Dunaliella)

• Comptage de cocolithophoridés

Activité oxydative intracellulaire (AOI)

increasing AOI

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FL

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S S C -H

R 1

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+ F S S W , t = 6 0 m in(a )

granulocytes hyalinocytes agranulocytes

Fluorochrome = DCFH-DA (fluorescence verte -FL1)

Projet OXYGENE : Analyses transcriptionnelle et fonctionnelle de l’impact de la

reproduction sur les équilibres énergétique et oxydatif de l’huître creuse Crassostrea gigas.

Axe 1, Gis EUROPÔLE MER, GÉNOMIQUE ET CHIMIE BLEUE EXPLORATION ET VALORISATION DES GÉNOMES MARINS

infecte une microalgue eukaryote Micromonas pusilla.

(Anne-Claire Baudoux) 12/11/2009Marquage Sybr

virus (en rouge)

Bruit de fond

Bactéries

Virus Mpv

Projet d’Anne Claire-Baudoux :Implication des virus dans la biogéochimie des océans

Grazing: Oxyrrhis / Dunaliella

Oxyrrhis sp.

Dunaliella salina

Post doc: Sabine Schultes

Schultes et al. (2010). Recycling and feedback in Si(OH)4 dynamics when protozoan grazers feed on diatoms. Protist 161, 288-303.

Coccolithophoridés

Gephyrocapsa oceanica

Conclusion : la cytométrie en flux au LEMAR Conclusion : la cytométrie en flux au LEMAR

Pérenniser l’acquis Pérenniser l’acquis Faire évoluer l’outil Faire évoluer l’outil

Développer de nouvelles approchesDévelopper de nouvelles approches

Une Une ""plateformeplateforme"" déjà fonctionnelle déjà fonctionnelle•Matériel adapté

•diffusion scientifique, formation des étudiants•Un réseau local, national, international

•Un positionnement original – expertise reconnue•Un outil au cœur de la problématique du laboratoire et au -delà

Reconnaissance : cytométrie en flux outils communReconnaissance : cytométrie en flux outils communAttribuer un personnel dédié (IR)Attribuer un personnel dédié (IR)

Acquis

Objectifs

Moyens

Pour plus d’informationsTélécharger le document

http://pageperso.univ-brest.fr/~clambert/

Image, Aurélie Lelong, Lemar 2009