1

Caractérisation génétique des souches de MSM :Clusters de

transmission

2

Sous-étude du projet ANRS 1297

étude des co- et super-infections VIH

3

Objectifs du projet ANRS..

• Détection de co-infections avec sous-type/CRF différent – Détection des doubles infections avec différents

variants du VIH-1 chez des patients d’Afrique de l’Ouest et du Centre-Ouest

– Développer une méthodologie simple et sensible pour détecter des doubles infections sur un grand nombre d’échantillons

4

A

B

C

D

F

G

H

J

K

CRF01-AE

U

CRF02-AG

CRF06-cpx

MHA

*

Hoelscher

5

A

B

C

D

F

G

H

J

K

CRF01-AE

U

CRF02-AG

CRF06-cpx

MHA

*

Hoelscher

6

*

*

*

A

B

C

D

F

G

H

J

K

CRF01-AE

U

CRF02-AG

CRF06-cpx

Nos objectifs MHA

Hoelscher

7

Zones étudiées en MHA

Zone vpu Zone gag Zone nef12

3

Hoelsher : 5 zones avec 3 sous-types A, C et D

Notre étude : Discriminer 11 variants VIH-1 A, BD, C, F, G, H, A3, A-Cameroun, CRF02, CRF06

8

Résultats du Sénégal

9

Population générale (panel)

• N = 91 échantillons en gag et vpu, typés avec de bonnes sensibilité et spécificité

• 5 doubles infectés probables ==> 5,5%– 2 pour gag– 3 pour vpu– 2 A-A3, 1 A-CRF02, 1 A-CFR06, 1 CRF02-C

• 15 discordants gag/vpu ==> 16,5% recombinants – 2 A/CRF02, 1 A3/CRF02, 4 CRF02/A3, 1 CRF09/CRF02– 1 A3/A, 1 A3/CRF06– 3 A/U, 1 U/A, – 1 C/CRF06

10

Performance de la MHA vpu

• N = 99 échantillons (20 PCD + 79 MSM)– PCD : 90% identifiés

• 12 CRF02 (60%)• 2 A3, 3 CRF02, 1 G

– MSM : 79% identifiés• 28 C (35%)• 18 CRF02 (23%)• 1 H, 1 D, 3 B, 3 B/D, 4 G, 5 CRF06• 1 cas de double-infection probable (B-CRF06)

11

Caractérisation génétique des souches de MSM

12

Problématique

• Sénégal

– Prédominance de CRF02_AG

• Population générale (~80%)

• FSW (~ )

– Pas de données chez les MSM au Sénégal

• Epidémiologie moléculaire est souvent différente

• Clusters de transmission

13

Objectifs

• Caractérisation génétique des souches de

MSM sur le gène Protéase-RT

– Étudier l’épidemiologie moléculaire

– Rechercher eventuellement des clusters de

transmission

– Rechercher les mutations de résistance aux

ARV

14

Méthodologie

• 70 MSM VIH-1 ou dual

• RT-PCR d’un fragment de 1850pb

– gene protease et 440 AA du gène RT

• Séquençage direct des produits de PCR

purifiés sur ABI 3130 XL

15

Méthodologie

• Analyse phylogénétique

– Identification des sous-types et CRF

• Alignement avec Clustal X et NJplot

• Simplot et bootscan pour rechercher les recombinants

16

Méthodologie

• Analyse phylogénétique – Analyse des clusters (Guindon S at al. 2003)

• Analyse phylogénétique en Maximum Likelihood (ML) avec PHYML v2.4.4

• 1000 replicates• Valeur de bootstrap >98% • Distance génétique < ou = 0.015 (longueur de

branche)

17

Méthodologie

• Tests de résistance

– Determination des mutations majeures et/ou

mineures associées à la résistance aux

ARV

• Soumission des séquences à la base de données

de Stanford HIV-1 v6.4.

• Comparaison avec ANRS V2007.7 et Rega v4.1.7

18

Résultats

• Caractéristiques socio-démographique – Cohorte MSM décrite par Wade AS et al.

2005 (projet ANRS) – 95 % de sénégalais– 75% = 18-30 ans– Célibataire = 90% – École = 80%– Partenaires = Sénégalais, Européens,

Africains

19

Sérologie VIH HIV-1 HIV-1/HIV-2

628

Syphilis Positive Negative

7 (10%)63

HSV-2 IgG Positive Negative

37 (53%)33

AgHBs Positive Negative

20 (28,6%)50

PCR N Gonorrhoea Positive Negative

4 (5,7%)66

PCR C trahomatis Positive Negative

4 (5,7%)66

Résultats IST majeures

20

Analyse phylogénétique

• 3 sous-types – B (18.6%) – C (40%) – and G (8.6%)

• 3 CRF– CRF02_AG (25.7%),

CRF06_cpx (2.8%) and CRF09_cpx (4.3%).

26%

40%

19%

9%4%

3% B

C

CRF02_AG

CRF06_CPX

CRF09

G

21

1122

44

88

99

1010

1111

556677

12121313

1414

1515

33 Position des clusters Sous-type

cluster 1

cluster 2

cluster 3

B

cluster 4 Gcluster 5

cluster 6

cluster 7

cluster 8

CRF02

cluster 9 CRF09cluster 10

cluster 11

cluster 12

cluster 13

cluster 14

cluster 15

C

22

L10V K20IR M36IL 71V 82I

8 30 55 3 7

• Au niveau du gène protease - aucune mutation majeure- Mutations de polymorphisme ++++

Analyse des mutations

23

Mutations ANRS HIVDB Rega

115FY - ABC -

210W+215D d4T

AZT

ABC

AZT

d4T

DDI

TDF

AZT

d4T

• Au niveau du gène RT, pas de mutation majeure- 210W+215D (n=1), résistance intermédiaire

aux INRT pour les 3 algorithmes

- 115FY (n=1) résistance intermediaire à ABC avec HIVdb

Analyse des mutations

24

Commentaires

• MSM = groupe vulnérable avec forte prévalence des IST– 53% HSV-2 vs 86% chez TS et 13% Femmes

enceintes (enquête nationale 2006)

– 28% AgHBs vs 17% PvVIH et population générale (JMV, 2008)

– 5,7% CT/NG (urines)• vs 7,1% NG et 4% CT chez les TS

• vs 0,6% chez leurs partenaires

25

Commentaires

• Grande diversité et apparition d’un nouveau profile – Sous-type C est prédominant

• Transmission +++ (TME) Grace C et coll, 2005; • Charge virale au niveau des muqueuses +++

Progression vers SIDA (???) Taylor BS et coll, 2008

– Population générale • CRF02_AG (Toure Kane et al 2000)

– Travailleuses du sexe• CRF02_AG et A3 (Hamel et al 2007)

26

Commentaires

• 15 différents clusters de transmission

– Décrit en UK en 2005 (Pao et coll, 2005)

– Identification des chaînes de transmission

phylogénétique

– Limites: établir les liens phylogénétique entre

les individus

27

Commentaires

• Quasi absence de mutation majeure chez

MSM non traités

– Faible circulation de souches résistantes au

Sénégal

– ANRS 1257 (2003-2005) et 12134(2007)

28

Conclusion

• Vulnérabilité des MSM• Grande diversité génétique et prédominance du

sous-type C et risque elevée de transmission• Infection par 15 clusters distincts de

transmission) • souches (Facteurs associées à clusters de

transmission ???• Absence de mutations majeures de résistance

aux ARV • Besoin de renforcer les interventions auprès des

MSM

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Equipes participantes

Laboratoire Bactériologie-Virologie, Laboratoire Bactériologie-Virologie, CHU A le Dantec, DakarCHU A le Dantec, Dakar, Sénégal, Sénégal

Coumba Toure-Kane, Halimatou DiopHalimatou Diop-Ndiaye-Ndiaye, Oumy Diop Diongue, Sada Diallo, Ndeye Aminata Diaw, Papa Moussa Guindo, Souleymane Mboup, Papa Salif Sow (groupe clinique) )

UMR 145UMR 145 IRD, Montpellier, France IRD, Montpellier, France

Martine Peeters, Nicole Vidal, Celine Montavon, Eric Delaporte

PRESICA, Yaounde, CameroonPRESICA, Yaounde, Cameroon

Eitel Mpoudi-Ngole

Burkina FasoBurkina Faso

Serge Diabouga, Muraz, Bobo

BurundiBurundi

Theodore Nyanboga , CHU , Bujumbura