Service Commun en Biologie

Le SERCOBIO gère actuellement trois services commun :

Centre de Microscopie : CMAB (Claude Imbert)

SCME (Silvio Gianinazzi)

Service Commun en Cytométrie de Flux (Anabelle Legrand)

Service Commun de Séquençage et de Génotypage (Laurent Philippot)

Le SERCOBIO, dirigé par Fabrice Martin-Laurent, lie par une convention l ’INRA, l ’Université de Bourgogne, l’INSERM, le CNRS et l’ENSAD. Cette structure gère l ’investissement d’équipements lourds ainsi que leur mise en place et leur fonctionnement dans le cadre de services communs.

Service de Séquençage et de Génotypage

Service de Séquençage et de Génotypage

Le SSG c ’est quoi?Dernier service commun du SERCOBIO (début de l’aventure décembre 2000)

Le SSG sert à quoi?réalisation de séquences nucléotiques d ’ADN

analyse de fragments d ’ADN pour le génotypage

quantification de gènes (PCR quantitative)

utilisation de filtres et puces à ADN (détection/transcription de gènes)

développement de techniques nouvelles d ’études des acides nucléiques

participation à l ’enseignement et à la formation permanente

Le SSG c ’est qui?Intervenants du Campus Universitaire Dijonnais Laboratoire de Malherbologie, INRAStation de Génétique et d’Amélioration des Plantes, INRAUMR 692, INRA-UB, Laboratoire PhytopharmacieUMR BBCE-IPM, INRA-UB, UMR CNRS5561, CNRS-UB, Laboratoire d’Ecologie et d’EvolutionUMR MGS, Laboratoire de Microbiologie et Géochimie des Sols CESG

Intervenants « extérieurs »CHU, Faculté de Médecine, Laboratoire de Génétique moléculairePromogène (start up hébergée par l ’Unité INSERM dirigé par Mr Solari)

Service de Séquençage et de Génotypage

Le SSG c ’est quoi pour l ’instant?un séquenceur/génotypeur (Beckman, CEQ2000XL, 2000)

deux séquenceurs/génotypeurs de type LICOR (2003, 2004)

un lecteur de microarrays Affimetrix (juin 2002)

une PCR quantitative ABI7900

Le SSG ce sera quoi à l ’avenir?

2005 un robot pipeteur

2006 un robot extracteur

Service de Séquençage et de Génotypage

Les techniques de génotypage T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism)

Marqueurs micro-satellites (pool-plexage)

AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism Analysis)

A-RISA (Ribosomal Intergenic Spacer Analysis)

Marqueur SNP (Single Nucleotide Polymorphism)

Tilling

Les techniques quantitatives PCR quantitative SYBRGreen et TaqMan

Lecture de puces à ADN

Service de Séquençage et de Génotypage

Comment ça marche ?réservation du séquenceur en ligne via le site web SERCOBIO

mise en route, maintenance et gestion des appareils assurés par D BRU (AI MGS),

préparation des échantillons, lancement de l ’analyse, analyse et/ou transfert des données assurés par l ’utilisateur,

Le coût du fonctionnement du séquenceur/génotypeurSSG ? un abonnement de 250 € (HT)/an,

un coût de 2,30 € (HT) par séparation soit 18,40 € (HT) pour 8 échantillons,

analyse LICOR coût fonction longueur du gel,

Service de Séquençage et de Génotypage

Service de Séquençage et de Génotypage

Quelle perspective pour le SSG ?

vers une plateforme RIO: réponse appel offre

Localisation dans le bâtiment CMSE