NOTIONS EN BACTERIOLOGIE GENERALE2ème partie UE.2.10.S1

Dr Christine VENOT, biologisteLaboratoire GCS de Saintonge

Généralités – définitions

Le diagnostic bactériologique

ensemble de moyens permettant de confirmer que étiologie infectieuse est d'origine bactérienne.

DIAGNOSTIC DIRECT : mise en évidence de la bactérie elle-même

DIAGNOSTIC INDIRECT :

mise en évidence de la réponse de l'organisme à l'infection par la présence d'anticorps spécifiques

DIAGNOSTIC DIRECT :

prescription du clinicien :

réaliser un examen cytobactériologique

Ex : E.C.B.U.

Examen Cyto-Bactériologique des Urines

DIAGNOSTIC DIRECT : les étapes au labo

1. Examen direct JOexamen macroscopiqueexamen macroscopique

2. Culture permet d’’isoler la bactérie J+2/+4

ce qui permettra l'identification ainsi que l’étude de sa sensibilité aux antibiotiques, antibiogramme.

Les étapes du diagnostic direct

aspect macroscopique

présence de leucocytes

polynucléaires

présence de bactéries :

coloration de gram

Examen macroscopique :

• Trouble : urine,• LCR, liquide pleural ou articulaire

Hématique : urine, LCR, liquide pleural ou articulaire

Consistance : Exemple d'une selle liquide.

Examen macroscopique

Examen microscopique

Etat fraisColoration de GRAM

Une préparation est obtenue avec le dépôt d'une goutte du prélèvement entre lame et lamelle,

-présence de bactéries- appréciation semi-quantitative (rares,

peu nombreux, nombreux, très nombreux...) ou mieux quantitative, exprimée par nombre d'éléments / mm3 ou ml ou par champ.

coloration de Gram = oriente le diagnostic

Examen après coloration de Ziehl-Neelsen: Les bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR) compte tenu de la composition de leur paroi sont détectés spécifiquement. Il s'agit du groupe des mycobactéries dont le bacille tuberculeux (Bacille de KOCH/BK) colorées en rouge sur un fonds bleu.EXAMEN /colorant fluorescent (auramine )

 Recherche de leucocytes (polynucléaires neutrophiles): après coloration bleu de methylène ou MGG:

Premières conclusions:

Les éléments récoltés de l'examen macroscopique et surtout microscopique fournissent souvent des arguments diagnostiques de très forte présomption qui vont permettre la mise en route d'une thérapeutique adaptée. La culture ou l'isolement de l'agent causal sera, cependant, essentielle. Elle permettra l'identification ultérieure mais aussi de préciser sa sensibilité aux antibiotiques (Antibiogramme).

Examen macroscopique

Examen microscopique

Etat frais/leucocytesColoration de GRAM

Examens « directs » macroscopiques et microscopiques

rendu J0

Diagnostic direct

"examen cyto-bactériologique" = demande J0

Examen macroscopique J0

Examen microscopique etat frais J0après coloration

Mise en culture identification J+2/J+4antibiogramme

• Identification Par ensemencement d'une galerie biochimique adaptée / automates

ANTIBIOGRAMME

DIAGNOSTIC DIRECT :

1. La bactérie entière = identification + antibiogramme

2. Un constituant (produits) de la bactérie :

. ADN bactérien par PCR,

. Capsule : «antigène soluble du pneumocoque dans les

urines »

DIAGNOSTIC DIRECT : mise en évidence de la bactérie elle-même

DIAGNOSTIC INDIRECT : mise en évidence de la réponse de l'organisme à l'infection par la présence d'anticorps spécifiques

DIAGNOSTIC INDIRECT : sérologie

réponse de l'organisme à l'infection par la

présence d'anticorps spécifiques IgG et IGMIl se base sur les conséquences induites chez l'hôte (réaction

immunologique), à savoir la production d'anticorps IgM et IgG. La réaction immunitaire ne se développe qu'à partir d'un délai, de l'ordre

de 8 à 10 jours.

peu utilisé pour les bactéries

intérêt uniquement pour les bactéries de

croissance difficileExemple : treponema pallidium = syphilis

ANTIBIOGRAMME

Notion de résistance bactérienne

- Antibiogramme

- Spectre clinique

- les Bactéries MultiRésistantes BMR

Antibiogramme = détermination de la sensibilité d’une bactérie aux antibiotiques

Disques imprégnés d’ATB

Absence de croissance =sensible

CroissanceBactérienne =résistant

Réponses de l'antibiogramme à pourbut le classement en catégorie clinique au nombre de trois

1/ SENSIBLE

2/ INTERMEDIAIRE

3/ RESISTANT

SENSIBLE: Les souches S ,probabilité de succès thérapeutique est acceptable. On doit s'attendre à un effet thérapeutique dans le cas d'un traitement à dose habituelle par voie générale.

RESISTANT: Les souches R ,forte probabilité d'échec thérapeutique.On doit s'attendre à un echec thérapeutique

INTERMEDIAIRE: Les souches I, succès thérapeutique est imprévisible. forment un ensemble hétérogène pour lequel la seule valeur de la CMI n'est pas prédictive

• Interprétation de l'antibiogramme (données brutes)

Les résistances ne s'expriment pas toujours.

L'étude des mécanismes de résistance permet d'établir des profils de résistance.

Identification de souches difficiles à identifier.

SPECTRE CLINIQUE DES ANTIBIOTIQUES (SCA)

L'antibiogramme n'est pas nécessaire si il y a prise en compte du spectre clinique des antibiotiques (SCA), Pour deux classes thérapeutique (habituellement sensibles et modérément sensibles) le recours à l'antibiogramme n'est pas nécessaire, cela implique qu'il n'y aura pas d'examen cytobactériologique.La prescription d'un antibiotique sans antibiogramme prend alors en compte la faible probabilité de la présence d'un mécanisme de résistance

Ainsi 4 classes sont proposées au clinicien par espèce bactérienne:

- HABITUELLEMENT SENSIBLE

- MODEREMENT SENSIBLE

- INCONSTAMMENT SENSIBLE

- RESISTANTE

Demander un examen cyto-bactériologique avec antibiogramme est un acte quotidien, banalisé,

Mais

la prescription n'est pas toujours nécessaire, compte tenu de la quasi-certitude d'avoir une souche sensible aux antibiotiques.

«Je suis très inquiet à l’idée de ce qu’il adviendrait d’unepopulation indemne jusqu’ici, si un nouvel agent infectieux, venu

d’ailleurs, venait à s’y propager.»« Les maladies infectieuses ne disparaîtront jamais. Il ennaîtra toujours de nouvelles; il en disparaîtra lentementquelques unes; celles qui subsisteront ne se montrerontplus sous la forme que nousconnaissons aujourd’hui… »Le destin des Maladies Infectieuses.1926 et 1935

Avant la découverte de la pénicilline G

Après la découverte de la penicilline G

BACTERIES MULTI RESISTANTESAux

ANTIBIOTIQUES

Les BMR ne sont plus sensible qu’à un faible nombre d’antibiotiques

d’ ou risque d’impossibilité de traitement

Nécessité de maitriser leur dissémination

Enjeu de santé public

Le problème n’est pas que celui de l’infection

mais celui de la dissémination

Proportion élevée en France

Qui sont elles?

2 types de BMR selon le niveau de l’implication

des soins dans la transmission

BMR Endémiques

responsables d’épidémies

BMR sporadiques (rares)

Autres BMR

BMR Endémiques Staphylococcus aureus Résistant à la

Méticilline SARM ou « staph Meti-R »

Entérobactéries BLSE «  E-BLSE »

BMR sporadiques Acinetobacter baumanii Entérocoques R aux Glycopeptiques ERG

Autres BMR Entérobactéries Hyper productrice de

céphalosporinase Pseudomonas aeruginosa « pyo »

Comment

devient elles résistantes?

Pression de sélection des ATB = création

Dissémination

FranceConsommation d’antibiotique élevée en France… à l’hôpital aussi

Consommation d’Antibiotiques

Pression de sélection sur les bactéries

Apparition de multi résistance.

Déterminants génétiques

Déterminants génétiques

Acquisition de R =

acquisition d’un gène de résistance

MUTATION CHROMOSOMIQUE

Acquisition de matériel génétique

MUTATION CHROMOSOMIQUE

• 15% des R acquises

• Naturelles, Rares, Spontanées

• Spécifiques : 1 ATB / 1espèce

bactérienne

• Sensible à la pression de sélection des

ATB

Apparaît sous traitement dans la

population initiale

• Peu de transmission

Effet de la pression de sélection sur l’émergence

de mutants

Antibiotique 2h

Antibiotique 4j

Déterminants génétiques

MUTATION CHROMOSOMIQUE

Acquisition de matériel génétique

Acquisition de matériel génétique

• 85% des R acquises

• résistances Associées à +sieurs ATB

• N’apparaît pas dans la population

initiale

• Capacité > à disséminer épidémies

• 85% des R acquises

• résistances Associées à +sieurs ATB

• N’apparaît pas dans la population

initiale

• Capacité > à disséminer épidémies

Transfert de matériel génétique par Conjugaison bactérienne

Effet de la pression de sélection sur l’acquisition de

résistance par transfert

Effet de la pression de sélection sur l’acquisition de

résistance par transfert

Effet de la pression de sélection sur l’acquisition de

résistance par transfert

Effet de la pression de sélection sur l’acquisition de

résistance par transfert

Transfert

Antibiotique 2h

Antibiotique 4j

sensible résistant

Comment

devient elles résistantes?

Pression de sélection des ATB = création

Dissémination

Dissémination par manuportage

Réservoirs :excrétas : selles, urines E-BLSE, ERGécoulement, plaie SARM

Fosses nasales SARM

Transmission par manuportage

contact direct avec patient,matériel de soins partagé,environnement proche

Autre patient

Facteurs de risque d’acquisition de BMR

présence dans la même unité de porteurs de BMR

longue durée de séjour

nombre et durée des procédures invasives

ratio charge de travail en soins/personnel inadéquat

Mode de transmission

Multiples vecteurs de résistances Bactéries Eléments transférables portant les gènes de R

Mobilité des patients entre les Hôpitaux,

entre les Hôpitaux et les collectivités (EHPAD..)

Multiplications des voyages et des échanges

…..mondialisation des BMR

Klebsielle pneumoniae résistante aux carbapenemes

Grèce et Israël

E faecium résistant à la Vanco

SARM Staphylococcus Aureus Résistant à la Meticilline

E. Coli R aux C3G

Que faire?

Sélection / création

Bon usage

des antibiotiques

Que faire?

Dissémination /

Transmission

Procédures d’hygiène

Que faire?

Que faire? dissémination

Réservoir Transmission manuportée

Précautions standards

Hygiène des mains / SHA

Ou sont elles?...

- Le plus souvent, on ne connait pas les patients porteurs de BMR : colonisation des fosses nasales, du colon … pas de signes cliniques

- Pas de dépistage systématique

Que faire? dissémination

Réservoir Transmission manuportée

Précautions standards

Hygiène des mains / SHA

BMR identifiée

Précautions complémentaires type contact à définir avec l’Hygiéniste :

- BMR émergente? Épidémiogène?

- résidants EHPAD / Long séjour ?

Bien connaitre, pour mieux maîtriser…