1

Laboratoire National de Référence

Salmonella spp.

Salmonelloses aviaires

Rapport annuel d'activité, année 2013

A. Introduction

Précisez la catégorisation du danger (en SA) sinon la justification de

l'existence du mandat de LNR

Le laboratoire de référence de l’Union européenne pour « l’analyse et les essais sur

les zoonoses (Salmonelles) » ainsi que les 27 LNR ont été nommés en application

du règlement CE N° 2160/2003 et N° 882/2004 modifié par le règlement CE

N°208/2011. Trois autres laboratoires font partie du réseau, en Suisse, Norvège et

Islande. Les taches des LR-UE et des LNR sont décrites dans le règlement CE

N°882/2004 et dans la décision de la commission 2004/564/CE.

En France, dans l’arrêté du 29 décembre 2009 modifié par l’arrêté du 19 octobre

2011, désignant les laboratoires nationaux de référence dans le domaine de la santé

publique vétérinaire, deux LNR sont désignés :

Le LNR-Salmonella sp. est nommé dans le domaine de compétence « Contaminants

biologiques présents dans les denrées alimentaires »,

le LNR-Salmonelloses aviaires est nommé dans le domaine de compétence «

Maladies animales » .La pullorose -typhose (Salmonella Gallinarum, les 2 biovars

Gallinarum et Pullorum) est de deuxième catégorie.

L’Anses a désigné deux unités localisées dans deux de ses laboratoires :

Les activités des deux laboratoires de référence Salmonella sp. et Salmonelloses

aviaires sont intriquées et ne peuvent être séparées. Les deux laboratoires sont

concernés pour les deux missions.

De plus, le réseau Salmonella géré par l’unité CEB et le RNOEA géré par l’unité

EBEAC répondent à des missions des LNR.

Les souches de Salmonella isolées à partir des animaux vivants malades et sains,

des denrées alimentaires, et de l’environnement sont traitées par le Réseau

Salmonella associé au LNR. Les Salmonella isolées chez les humains sont traitées

2

par le Centre National de Référence des Salmonella (CNR– Institut Pasteur Paris).

Des collaborations de longues dates existent entre ces structures.

Les faits marquants de l'année

Les méthodes de détection normalisées : les discussions sur le regroupement des

échantillons sont terminées au sein des organismes de normalisation. Les définitions

des échantillons composites (composite sample) et des échantillons groupés (pooled

sample) sont inscrites dans la future norme ISO 6887-1. Un protocole de vérification

de la possible utilisation des regroupements choisis doit être suivi par les utilisateurs.

La sensibilité de la méthode doit être vérifiée.

ACTEOLab-Salmonella : une nouvelle application dédiée au Réseau Salmonella, en

lien étroit avec le LNR

Le Laboratoire de sécurité des aliments - site de Maisons-Alfort (LSAL) – coordonne

et anime un réseau national d’épidémiosurveillance des salmonelles

(www.ansespro.fr/reseausalmonella), qui regroupe environ 140 laboratoires répartis

sur l’ensemble du territoire français.

La centralisation, selon le volontariat des partenaires, de résultats de caractérisation

concernant plus de 15 000 salmonelles chaque année, permet de suivre les

tendances évolutives d’isolement de ces bactéries dans la chaîne alimentaire et de

détecter l’émergence d’une souche aux caractéristiques critiques pour la santé

humaine.

Une phase de modernisation approfondie du système d’information du réseau a été

entamée en vue d’étendre les capacités de la base de données et de la porter vers

un standard européen (référentiel EFSA, Standard Sample Description disponible

sur le site www.efsa.fr). Un premier palier de développement informatique

d’ACTEOLab (Application pour la Centralisation et le Transfert des données dédiées

à l’épidémiosurveillance opérationnelle des Laboratoires) a été atteint en juillet 2013

: l’application est aujourd’hui opérationnelle pour un usage interne au LSAL.

L’opportunité de poursuivre ce projet dans une seconde phase de développement,

pour mettre en place de nouvelles fonctionnalités partagées en réseau, a été étudiée

au second semestre en collaboration étroite avec l’ensemble des partenaires. Cette

étude devrait déboucher sur un interfaçage Web de cette application en 2014 afin

d’optimiser les liens entre les acteurs du réseau, dans une démarche de recherche

de bénéfice réciproque.

B. Activités de développement, d'analyse et d'EST 1. Méthodes disponibles au LNR

1.1. INDICATEUR COP Référence n°1

Indicateur COP Référence n°1-i) Précisez ici le nombre de méthodes

développées ou révisées que vous avez proposées à l’autorité compétente au

cours de l’année N

3

0

Donner le nom et une brève description de chacune de ces méthodes

Le LNR n'est pas concerné par le développement de méthode de détection, car les

méthodes officielles pour la recherche de Salmonella doivent être des méthodes

normalisées au niveau international. Elles sont établies par les organismes de

normalisation, ISO, CEN, AFNOR.

Le LNR associé (LSAl, Maisons-Alfort) n'a pas développé ni révisé de nouvelles

méthodes.

Indicateur COP Référence n°1-ii) Précisez ici le nombre de méthodes

développées ou révisées qui sont susceptibles d’être prêtes pour être

proposées à l’autorité compétente au cours de l’année N+1

1

Donner le nom et une brève description de chacune de ces méthodes

Sérotypage moléculaire des salmonella, par la méthode Check & Trace Salmonella

utilisant les biopuces et la technologie clondiag de détection des séquences

amplifiées.

1.2. Matériels biologiques ou chimiques, matériaux de référence et échantillons

et souches d'intérêt

Décrire ici les collections d'échantillons biologiques ou d'autre nature

(environnement, aliment...) conservés par le LNR; indiquer les méthodes de

conservation, la température, le nombre de "repositories", le nombre

d'échantillons par souche, l'enregistrement associé...).

Dans le cadre des activités de l'unité HQPAP, sont conservées les souches issues

de la réglementation volailles, des enquêtes européennes et des Plans de

Surveillance. Elles sont conservées pour une part en gélose nutritive à température

ambiante et d'autre part en bouillon glycérolé peptonné à -70°C. Dans le cadre des

activités de sérotypage de l'unité CEB, les isolats reçus sont conservés au froid

positif dans leur tube d’origine pendant un an et un mois afin de palier à tout

réclamation ou contestation de résultat.

Parmi l’ensemble des isolats reçus dans le cadre du réseau Salmonella, une

collection de souches représentatives des sérovars majeurs est constituée

4

annuellement ; de plus certaines souches et ADN associés à des travaux de

recherche ou présentant des caractéristiques biologiques particulières sont

conservées en cryobilles à -70°C.

Nombre de souches/échantillons reçu(e)s et mises en collection dans l'année

6000

Nombre de souches/échantillons maintenus au total

23000

2. Activités d'analyses de première intention pour l'année N

Nombre d'analyses de première intention réalisées dans l'année, de biotypie,

sérotypie, caractérisation moléculaire...

0

3. Activités de confirmation et activités de laboratoire expert

3.1. Analyses de seconde intention

Nombre d'analyses de seconde intention réalisées dans l'année, de biotypie,

sérotypie, caractérisation moléculaire...

11948

Détaillez ici par type d'analyse de confirmation

Le LNR associé a réalisé les analyses suivantes.

Sérotypage des salmonella par méthode conventionnelle par agglutination : 5425

confirmation par serotypage moléculaire ou confirmation de variants: 614

caractérisation moléculaire par PFGE: 394

typage moléculaire par MLVA: 1631

Antibiogramme Salmonella: 3334

CMI Salmonella : 550

Taux de confirmations par type d’analyse (= nombre d’analyses confirmées /

nombre d’analyses de seconde intention réalisées)

5

sans objet. Les analyses de seconde intention ont été réalisées sur des cultures

pures de Salmonella.

3.2. Activités de production et de contrôle de matériaux de référence et de

réactifs biologiques, contribution à l’inspection, AMM

Le LNR produit-il et fournit-il des réactifs ?

Oui

Quelles sont les bases réglementaires ou infra-réglementaires (note de service)

aucune règlementation

Quels sont les types de réactifs produits et fournis (vaccins, kits, autres) ?

sérums anti-Salmonella Gallinarum et sérum anti-Salmonella Abortusovis. Ils servent

de témoins positifs dans la réalisation des normes NF U 47-033, 034 et 014.

Quel est le nombre de lots produits et fournis par an ?

(moyenne sur les 5 dernières années)

Un lot est produit une fois tous les 4 à 5 ans

Quelles sont les quantités produites/fournies par lot ?

(moyenne sur les 5 dernières années)

0

Estimez le temps consacré à la production/mise à disposition ? (moyenne sur

les 5 dernières années)

1 semaine pour répondre aux commandes.

Un lot produit est commercialisé sur plusieurs années.

Quels contrôles internes réalisez-vous sur ces réactifs ?

Vérification du titre tous les 2 ans

6

A quels clients fournissez-vous ces réactifs ?

Laboratoires publics des départements

Sous quelles conditions fournissez-vous ces réactifs (à la demande, à titre

gracieux, autre) ?

commande avec devis

Le LNR fournit-il des matériaux de référence ?

Non

Le LNR réalise-t-il des contrôles de réactifs commerciaux ?

Non

4. Analyse de l'évolution des tendances en termes d'activité

Détaillez ici l'analyse de l'évolution des tendances en termes d'activité

(augmentation, diminution... sur les 5 dernières années)

Le LNR n'a pas réalisé en 2013 d'analyses de recherche de Salmonella dans le

cadre de plan de surveillance fixé par la DGAL.

Les tendances évolutives des sérovars en fonction des espèces animales ou des

catégories d’aliments sont publiées dans l’inventaire annuel du réseau Salmonella.

Depuis maintenant plusieurs années, l’activité du réseau Salmonella est très stable

aussi bien en ce qui concerne le nombre de laboratoires participants (140 en 2013)

que le nombre de données enregistrées en 2013 dont 5425 souches reçues et

environ 13000 données estimées retransmises par les laboratoires.

Souchothèque en filières avicoles : l’unité HQPAP reçoit des souches isolées qui

correspondent aux critères de la règlementation pour intégrer la souchothèque. Leur

nombre d'environ 4500 souches par an est stable depuis 2011. Toutes les souches

isolées en 2013 ne sont pas encore parvenues au LNR.

5. Activités d'expertise scientifique et technique

5.1. Demandes d’expertise scientifique et technique du ministère (chargé de

l’agriculture, santé, etc…) ou d’instances communautaires et internationales

7

qui concernent votre domaine de compétence

Nombre de rapports d'EST rendus dans l'année

1

Détaillez ici les demandes d'EST et les noms des mandataires

AVIS et rapport de l’Anses relatif à «l’identification des variants de Salmonella

Typhimurium et leur prise en compte dans le programme officiel de lutte en élevage

avicole». Saisine adressée par la DGAL en août 2012. Rapport d'EST rendu par le

LNR et LNR Associé à la Direction d'évaluation des risques, en décembre 2012.

Participation des responsables du LNR et LNR Associé à l'expertise collective (M.

Bohnert et R. Lailler). Avis Anses signé le 15/07/2013.

5.2. Autres expertises

Les membres de l'équipe du LNR peuvent avoir des activités d'expertise

(internes: CES, GT ou externe: EFSA...) ou des activités auprès de

commissions de normalisation (Afnor...). Détaillez ici ces activités et estimez le

temps qui y est consacré.

Participation à la commission de Validation d’AFNOR Certification Participation au

Bureau technique « Microbiologie agroalimentaire » NF VALIDATION des méthodes

alternatives (1 à 2 jours tous les 2 mois), expertise de dossiers de validation de

méthodes commerciales et pour la détection des Salmonella dans les aliments.

Participation aux travaux de normalisation de l’AFNOR :

• commission V08B Microbiologie des aliments : 5 réunions d'une journée en 2013.

• groupe de travail GT2 de la commission U47 (uniquement pour Salmonella) :

aucun travail sur Salmonella en 2013

Développement – travaux sur les méthodes normalisées (ISO, CEN) Le LNR

participe aux travaux internationaux de normalisation envisagés par les commissions

ISO/TC 34/SC 9 et CEN /TC275/WG6 sur le sérotypage de Salmonella (création de

l’ISO EN 6579 - partie 3) (groupe TAG10) et à la révision de la norme de recherche

(ISO EN 6579 - partie 1) (groupe TAG 8).

Expert dans les groupes de travail de l’EFSA :

- EFSA : GT sur développement de pathogènes (Salmonella) dans les œufs de table

et risque pour la santé publique

EFSA : GT sur l'évaluation des méthodes de typage moléculaire

Rapports EU :

- De Cesare A., Valero A., Duffy G., Klein G., Lazaro D., Chiek Er., De Medici Dario,

8

Chemaly M. 2013. Report including “safety” criteria for meat products. WP4-

Deliverable D4.3.

- De Cesare A., Valero A., Duffy G., Klein G., Lazaro D., Chiek Er., De Medici Dario,

Chemaly M. 2013. Sampling schemes proposed for studied meat products. WP4-

Deliverable D4.4.

5.3. Dossiers de demande d'agrément

Nombre de dossiers de demande d'agrément étudiés dans l'année

0

C. Animation du réseau de laboratoires officiels

5.4 Organisation d'EILA

INDICATEUR COP Référence n°2

Indicateur COP Référence n°2-a. Précisez ici le nombre d'EILA organisés par le

LNR au cours de l’année N

2

Ces EILA ont-ils été réalisés selon la norme 17043 (avec ou sans accréditation)

?

Oui

Si vous n'êtes pas accrédité 17043, avez-vous bénéficié d'un audit interne ?

Non

Détaillez ici le nombre de laboratoires ayant participé pour chaque EILA; le

nombre de laboratoires ayant obtenu des résultats défavorables pour chaque

EILA; les actions mises en œuvre pour l'identification des causes et des

mesures correctives

Le LNR (unité HQPAP) et le LNR associé (unité CEB) organisent des EILA

annuellement. Les laboratoires agréés et les laboratoires reconnus ont l’obligation

9

de participer pour le maintien de leur agrément 1 ou de leur reconnaissance.

Lorsqu’un laboratoire agréé/reconnu obtient des résultats non satisfaisants à un

EILA, le LNR participe à l’identification par le laboratoire des causes de ces résultats

défavorables et peut aider le laboratoire à l’identification des mesures correctives à

mettre en place.

Nombre d’EILA organisés dans l’année : 1 pour chacun des deux thèmes différents,

détection en productions primaires et sérotypage de souches

Nombre de laboratoires participants en 2013 : respectivement 65 (détection) et 77

(sérotypage). Tous les participants ont obtenu de bons résultats à l’EILA détection

en productions primaires.

Sérotypage : Un panel de 6 souches de sérovar différent est envoyé pour

sérotypage à chaque laboratoire. Une analyse individualisée est effectuée pour

chaque laboratoire et tient compte des sérums détenus par le laboratoire. En 2013,

77.9% des laboratoires participants ont obtenu la totalité des résultats exacts et

93.5% ont obtenu au moins 5 bons résultats sur les 6 souches analysées.

Pour l’unité HQPAP, des propositions d'analyses supplémentaires ont été faites par

courriel aux participants n'ayant pas tous leurs résultats satisfaisants dès la première

session.

Pour l’unité CEB, l’identification des causes et les mesures correctives sont

proposées via un document selon le système Qualité EILA

Indicateur COP Référence n°2-a. Précisez ici le nombre d'EILA que vous

prévoyez d'organiser au cours de l’année N+1

2

Indicateur COP Référence n°2-a. Ces EILA sont-ils réalisés selon la norme

17043 avec ou sans accréditation ?

Oui

Indicateur COP Référence n°2-b. Précisez ici le nombre d'EIL (hors EILA - dont

EILV en lien avec méthodes en cours de validation telles que précisées dans le

paragraphe 1.1) organisés par le LNR au cours de l’année N

0

Indicateur COP Référence n°2-b. Précisez ici le nombre d'EIL (hors EILA) que

vous prévoyez d'organiser au cours de l’année N+1

10

0

Indicateur COP Référence n°3. Le cas échéant, indiquez que le système qualité

en référence à la norme NF EN ISO/CEI 17043 est en place

Oui

Précisez s'il a été évalué par audit interne

Non

5.5. Modalités de diffusion des données de surveillance et production du LNR

Détaillez ici les modalités

• Rétro-information aux partenaires (Unité CEB) et par la diffusion (HQPAP) du

rapport de synthèse des résultats pour l’EILA détection en productions primaires

• Diffusion de documentation scientifique ou d’expertise sur demande

• Rédaction et diffusion de l’Inventaire annuel de l’ensemble des données du réseau

Salmonella

• Organisation de la journée annuelle du réseau Salmonella et du LNR, le 14

novembre 2013

• Diffusion d'informations aux professionnels par l'intermédiaire du site web

http://www.ansespro.fr/reseausalmonella/

• Présentation des données lors de colloques, conférences, etc. (voir liste des

publications et communications)

5.6. Formation, organisation d'ateliers, accueil de stagiaires

Nombre de journées d'échange et de restitution rassemblant les laboratoires

agréés du réseau organisées dans l'année

1

Détaillez ici ces activités et indiquez le nombre de participants par atelier

17ème réunion annuelle du réseau Salmonella (Maisons-Alfort, 14 novembre 2013) :

Le réseau, créé en 1997, a pour objectif de produire des données relatives à la

surveillance des salmonelles de la « fourche à la fourchette ». Complémentaire de la

11

surveillance des salmonelles d’origine humaine, il participe au dispositif de sécurité

sanitaire des aliments (http://www.afssapro.fr/reseausalmonella/).

Le réseau, piloté par l’unité CEB du laboratoire de Sécurité des Aliments, compte

145 laboratoires partenaires, privés et publics, couvrant la quasi-totalité des

départements français. Ces partenaires alimentent le réseau, sur la base du

volontariat, en envoyant des souches à sérotyper ainsi que des récapitulatifs

accompagnés de renseignements épidémiologiques.

L'un des enjeux majeurs du réseau Salmonella est de suivre, au niveau national, les

tendances évolutives et spatio-temporelles des sérovars de Salmonella d'origine non

humaine isolées de 3 secteurs différents (santé et production animale, hygiène des

aliments, écosystème naturel).

La réunion annuelle a rassemblé une soixantaine de participants provenant, pour la

plupart, de province. La DGAL (P. Chasset et F. Guillon), l’InVS (N. Jourdan Da

Silva), le CNR (S. Le Hello) et le LNR (M. Bohnert) étaient représentés. La journée a

permis de faire un point sur le fonctionnement du réseau, de présenter la synthèse

des données de surveillance 2012 (près de 20 000 souches non humaines

sérotypées et 233 foyers de cas groupés de salmonellose notifiés au CNR) et

d’évoquer diverses actualités ayant trait à ce pathogène (antibiorésistance, variant

1,4,[5],12 :i :- et risque associé aux reptiles).

Des perspectives d’évolution telles que l’interface web « ACTEOLab » et le

sérotypage moléculaire ont également été présentées et discutées lors de la table

ronde et au cours des divers temps d’échange prévus tout au long de la journée.

La journée a été clôturée par Laurent. Laloux, directeur du Laboratoire de Sécurité

des Aliments, qui a rappelé toute l’importance du réseau dans le dispositif national

de surveillance des Salmonella et a souligné la richesse des liens tissés depuis de

nombreuses années entre les différents acteurs de ce dispositif. Il a également

souligné l’intérêt croissant des bases de données en lien avec la surveillance des

aliments au niveau européen.

Nombre de sessions de formation des personnels des laboratoires agréés aux

méthodes utilisées pour les contrôles officiels que le LNR a organisées dans

l'année

0

Détaillez ici ces activités et indiquez la durée moyenne des sessions et le

nombre de participants par atelier

Chemaly M. (2013). Filière avicole et sécurité microbiologique : Salmonella et

Campylobacter. Ingénieurs INFSA, Agrocampus.

12

Chemaly M. 2013. Filière avicole et sécurité microbiologique : Salmonella et

Campylobacter. UBO, IUT, Quimper.

Chemaly M. (2013). Sécurité microbiologique de la filière avicole. License

Professionnelle, UPMC, Station Biologique, Roscoff.

Chemaly M. (2013). Salmonella et Campylobacter dans la filière avicole. Master II,

Université François Rabelais, Tours.

Denis M. (2013) Zoonoses alimentaires en filière porcine. 2 heures master 2 de

Tours production animales

Salvat G. (2013). Sécurité sanitaire des produits avicoles : passé, présent et avenir.

CEAV avicole Certificat d'Enseignement Vétérinaire Approfondi

5.7. Activités de conseil aux professionnels

Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est consacré

Les deux unités HQPAP et CEB ont des échanges quotidiens avec des laboratoires

de contrôles, les services de la DGAL, de l'InVS et des instituts techniques. En plus

des adresses courriel personnelles, les deux adresses "reseau Salmonella " pour

l'unité CEB et "LNR-Salmo.Plouf" sont disponibles.

Le réseau Salmonella diffuse ses documents par sa page WEB

'http://www.ansespro.fr/reseausalmonella/

Le LNR de Ploufragan a traité 45 demandes en 2013 (prélèvements prévus par la

règlementation, modalités de préparation des échantillons, points particuliers des

méthodes, interrogation sur la souchothèque).

En janvier 2013, le LNR a diffusé aux laboratoires du SCL l'information technique et

le projet de règlement UE émanent du LR-UE sur la préparation des melons pour la

recherche de Salmonella

Lailler R (21 février 2013) Point sur l'évolution des différentes souches de

Salmonella isolées dans les aliments et sur leurs caractéristiques (notamment

antibiorésistance). SNIV-SNCP, les entreprises françaises des viandes, Paris.

Moury F (24 sept. 2013, Données de surveillance des Salmonella dans la filière

agro-alimentaire, prévalence de sérovars émergents et incidences sur la santé

publique. Point et évolutions réglementaires. Journées pathogènes alimentaires,

ThermoScientific, Nantes

Salvat G. Sécurité sanitaire des produits avicoles : passé, présent et avenir

(intervention au space - Rennes)

Salvat G. (mai 2013) Bilan annuel de la surveillance microbiologique de la filière

volailles label rouge. Synalaf

13

5.8. EILA auxquels le LNR a participé dans l'année

Détaillez les EILA auxquels vous, en tant que LNR, vous avez participé dans

l'année

1) Participations aux trois EILA organisés par le LR-UE-Salmonella :

• Interlaboratory Comparison study Food VI (2013) on detection of Salmonella in

minced chicken meat.

• Interlaboratory Comparison study Primary production XVI (2013) on detection of

Salmonella from boot socks with chicken faeces

• Interlaboratory comparison study on typing of Salmonella spp. organized by EU-RL

Salmonella XVIII Study (novembre 2013): serotyping and PFGE -typing (unité CEB)

2) Participation à l'EILA organisé par le SSI (Danemark) pour la méthode MLVA

de typage de salmonella Typhimurium (Salmonella EQA 5-2013-2014)

3) Participations à des EILA dans le cadre de l'accréditation, l'organisateur est

en France :

• Comparaison interlaboratoires “RAEMA” campagne N°57 (détection Salmonella)

• Essai interlaboratoire d’aptitude (EIL IX) organisé par le LNR Salmonella :

Détection de Salmonella dans les échantillons de productions primaires selon deux

méthodes. Méthode 1 : NF U 47-100, 101 (dépistage) et 102 (dépistage) Méthode 2

: le protocole NF U 47-100-adaptée, la norme NF EN ISO 6579/A1.

• Essai interlaboratoire de sérotypage 2013, organisé par le réseau Salmonella

4) Participation à l'EILA de sérotypage des Salmonella et de détermination de la

résistance aux antibiotiques organisé par le Global Foodborne infection Network

piloté par l'OMS (Unité CEB)

5) L'unité HQPAP a été sollicitée par une équipe italienne de l'ISS pour participer à

un EILA dans le cadre d'un projet européen "Baseline" pour valider une méthode

PCR de détection de Salmonella sur des produits de découpe de porcs.

D. Participation aux activités de surveillance 6. Existence et gestion d'un réseau

6.1. Indiquer si le LNR est intégré à un (ou des) dispositif(s) de surveillance ?

Oui, 1

Quelle est la dénomination spécifique de ce dispositif ?

réseau Salmonella

14

6.2. Indiquer qui est le gestionnaire de ce dispositif

l'unité CEB du Laboratoire de Sécurité des Aliments - site de Maisons-Alfort

6.3. Préciser si d'autres unités/entités de l'agence sont intégrées dans ce

dispositif à vos cotés

Non

7. Les partenaires et acteurs de ce dispositif de surveillance

Sont acteurs ou partenaires de ce dispositif (plusieurs réponses possibles) :

Le réseau de laboratoire du LNR

Autre, précisez...

Les laboratoires adhérents au réseau Salmonella peuvent ne pas être agréés, ni

reconnus par la DGAL. Il peut s’agir de laboratoires publics ou privés d'analyses

vétérinaires et agro-alimentaires. D’autre part, d’autres instituts ou organismes sont

partenaires du réseau et reçoivent les informations associées tels que l’InVS, le

CNR et la DGAL.

8. Modalités de surveillance

Préciser si ce dispositif repose (plusieurs réponses possibles) :

Sur des modalités de surveillance événementielles (notification de cas par des

acteurs de terrain)

Sur des modalités de surveillance programmées (active)

9. Autres activités du LNR en matière de surveillance

En dehors des aspects analytiques, quelles sont les autres activités auxquelles

le LNR (avec éventuellement les autres unités de l'agence impliquées) participe

dans le cadre de la surveillance ? (plusieurs réponses possibles)

15

Participation au comité de pilotage du dispositif

Appui scientifique et technique

Retour d'information aux acteurs de terrain

Parmi ces activités, certaines mériteraient-elles une attention ou un

investissement plus particulier de l'Agence et pourquoi ?

Nécessité d'un investissement plus important en ressources humaines pour la saisie

des données, l'analyse des données et la diffusion/ restitution à travers l'inventaire

du réseau. Objectif: Réduire le temps entre la compilation, la saisie, l'analyse et la

diffusion

E. Activités de recherche en lien avec l’activité de référence

10.1. Recherches méthodologiques pour la référence

Détaillez ici les recherches méthodologiques que vous avez réalisées dans

l'année : objectifs, partenariats, apports du LNR, projets retenus dans le cadre

d'appels à projets...

- participation aux groupes de travail de révision/rédaction des normes ISO 6579

partie 1, et 3.

- Développer les recherches méthodologiques visant à définir des méthodes

alternatives au sérotypage conventionnel des salmonella basées sur la biologie

moléculaire, NGS, participation au projet 100K genome, à un consortium COMPARE

pour H2020.

10.2. Recherches associées pour la référence

Détaillez ici les recherches associées auxquelles vous avez participé dans

l'année (participations à des études cliniques, études d'incidences, modèles

d'infections expérimentales, études toxicologiques, essais vaccinaux...):

objectifs, partenariats, apports du LNR, projets retenus dans le cadre d'appels

à projets...

Le LNR Salmonella a été sollicité par l'InVS à une enquête au CHU de Limoges pour

réaliser une recherche dans l'environnement d'une unité psychiatrique mère - enfant,

contaminée par S. Montevideo depuis 2011.

Au total 105 prélèvements environnementaux ont été réalisés: un seul prélèvement

était positif, correspondant à une pédichiffonnette réalisée sur le sol de la chambre

16

d’un enfant porteur. La souche a été analysée par le CNR, elle est non BLSE, tout

comme la souche portée par l'enfant.

A travers ces résultats, aucun réservoir environnemental de Salmonella n’a pu être

identifié dans les locaux de l’unité.

Réseau Salmonella, unité CEB, sollicitations DGAl / InVS/ CNR en terme de

consultation de la base de données du réseau, et /ou de consultation de la base de

données des profils moléculaires PFGE et MLVA (Bionumerics), et/ ou de réalisation

d'analyses de typage PFGE et MLVA dans le cadre des investigations suivantes

ayant donné lieu à des rapports d'études :

- Caractérisation de souches d’origine non humaine de Salmonella enterica sérovar

Bovismorbificans dans le cadre d’une augmentation de cas humains en France en

2013 (février 2013)

- Caractérisation de souches d’origine humaine et non humaine de Salmonella

enterica sérovar Abony isolées dans le cadre d’investigations relatives à la survenue

de cas groupés dans le département 44 (Septembre 2013)

- Caractérisation de souches d’origine non humaine de Salmonella enterica sérovar

Infantis à la demande de la DDPP44 en juillet 2013

- Caractérisation de souches d’origine non humaines de Salmonella enterica sérovar

Muenster isolées dans le cadre d’investigations relatives à la survenue de cas

groupés (dpt. 83, sept. 2013)

-Caractérisation de souches d’origine non humaine de Salmonella enterica sérovar

Putten (novembre 2013)

- Caractérisation de souches d’origine non humaine de Salmonella enterica sérovar

Typhimurium isolées dans le cadre des investigations relatives à la survenue de cas

groupés dans le 75 (Janvier 2013)

- Interrogation de la base de données sur la présence du sérovar Ibadan (septembre

2013)

- interrogation de la base de données sur la présence du serovar Mikawasima

(novembre 2013)

- Interrogation de la base de données sur la présence du serovar Szentes (juillet

2013)

- Fiche d'Etonnement et d'Alerte sur la présence de S. Kentucky cipro-R en élevage

de dindes (janvier et juin 2013)

F. Liste des publications et communications dans le cadre du mandat

Publications de l'année destinées aux professionnels (Les publications qui

figureront dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.)

17

Articles :

Chasset P., Pinson M., Montaut L., Guillon F., Bohnert M. (2012). "Bilan d'exécution

du programme de lutte contre Salmonella dans les troupeaux des espèces Gallus

gallus et Meleagris gallopavo 2012." Bulletin épidémiologique, santé animale et

alimentation no 59/Spécial MRE - Bilan 2012. 59-66.

Lailler R., Grout J., Marault M., Oudart C., Moury F., Brisabois A. Méthode de

confirmation moléculaire des souches de Salmonella variants monophasiques et

immobiles du sérovar Typhimurium. N° 11, Hiver 2013, pp. 14-17

Publications scientifiques internationales de l'année (Les publications qui

figureront dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.)

Articles

Chemaly M., Boumart Z., Le Hello S. (2014). Salmonella. In: Sécurite des aliments : «entre épidemiologie et principaux pathogènes – quels risques et quels moyens de lutte ». Edition Economica. In press.

David J.M., Guillemot D., Bemrah N., Thébault A., Danan C., Chemaly M., Weill FX., Jourdan N., Sanders P., Watier L. (2013). Bayesian microbial subtyping attribution model: robustness to prior information and a proposition. Risk Analysis. DOI: 10.1111/j.1539-6924.2012.01877.x

David J.M., Sanders P., Bemrah N., Granier S., DENIS M., Weill F-X, Guillemot D., Watier L. (2013) Attribution of the French human Salmonellosis cases to the main food-sources according to the type of surveillance data. Preventive Veterinary Medicine, 110:12-27

Delibato E., Rodriguez-Lazaro D., V Gianfranceschi M., De Cesare A., Comin D., Gattuso A., Hernandez M., Sonnessa M., Pasquali F., Sreter-Lancz Z., Saiz-Abajo M. J., Pérez-De-Juan J., Butrón J., Prukner-Radovcic E., Horvatek D., Johannassen G., Jakociune D., Olsen J., Chemaly M., Le Gall F., González-García P., Lettini A. A., Lukac M., Quesne S., Zampieron C., De Santis P., Lovari S., Bertasi B., Pavoni E., Proroga Y. T., Capuano T., Manfreda G., De Medici D. (2014). European validation of Real-Time PCR method for detection of Salmonella spp. in pork meat. International Journal of Food Microbiology. In press.

Guillier L., Danan C., Bergis H., Delignette-Muller M.-L., Granier S., Rudelle S., Beaufort A., Brisabois A., (2013). Use of quantitative microbial risk assessment when investigating foodborne illness outbreaks: The example of a monophasic Salmonella Typhimurium 4,5,12:i:- outbreak implicating beef burgers. Int. J. Food Microbiol. 166, 471-478.

Guillon F., Chasset P., Le Hello S., Granier S.A. (2013). Investigation épidémiologique du premier foyer lié à Salmonella Kentucky hautement résistante aux fluoroquinolones détecté en élevage avicole en France. Bulletin Epidémiologique Santé animale - alimentation 57, 22-23.

Kerouanton A., Rose V., Weill F-X., Granier S.A., DENIS M. (2013) Genetic diversity and antimicrobial resistance profiles of Salmonella enterica serotype Derby isolated

18

from pigs, pork and humans in France. Foodborne Pathogens and Disease 10:977-983

Le Hello S., Bekhit A., Granier S.A., Barua H., Beutlich J., Zajac M., Münch S., Sintchenko V., Bouchrif B., Fashae K., Pinsard J.-L., Sontag L., Fabre L., Garnier M., Guibert V., Howard P., Hendriksen R.S., Christensen J.P., Biswas P.K., Cloeckaert A., Rabsch W., Wasyl D., Doublet B., Weill F.-X., (2013a). The global establishment of a highly-fluoroquinolone resistant Salmonella enterica serotype Kentucky ST198 strain. Frontiers in Microbiology 4, 1-10.

Tabo D.-A., Diguimbaye C.D., Granier S.A., Moury F., Brisabois A., Elgroud R., Millemann Y., (2013b). Prevalence and antimicrobial resistance of non typhoidal Salmonella serotypes isolated from laying hens and broiler chicken farms in N’Djamena, Chad. Vet. Microbiol. 166, 293-298.

Poster

Poster liste provenant de la copie de SPHINX

Bugarel Marie, Vignaud Marie Léone, Mouy Frédérique, Fach Patrick, Brisabois Anne. (2013).Molecular identification in monophasic and non-motile variants of Salmonella enterica serovar Typhimurium In I3S (Saint Malo, France).

CADEL SIX Sabrina, GLASSET Benjamin, AUVRAY Frédéric, BRISABOIS Anne. (2013).Stability study of the MLVA profiles In I3S (Saint Malo, France).

DENIS M., Le Gall F., Rouxel S., Bougeard S., Chemaly M. (2013) Performance of media plates for detection of Salmonella. Proceeding I3S, Saint-Malo, Mai 2013, pages 133-134

Denis M., Le Gall F., Rouxel S., Bougeard S., Chemaly M. (2013). Evaluation de milieux d’isolement pour la détection de Salmonella. 9ème congrès de la SFM - Lille – 7 et 8 février 2013

Denis M., Le Gall F., Rouxel S., Bougeard S., Chemaly M. (2013). Evaluation de la performance de milieux d’isolement pour la détection de Salmonella. Congrès de la SFM, Lille.

Denis M., Le Gall F., Rouxel S., Chemaly M. (2013). Performance media plates for detection of Salmonella. International Symposium Salmonella and Salmonellosis, Saint-Malo.

Fablet A., Rouxel M., DENIS M (2013) Development of MPN-real time PCR for quantification of Salmonella from pork meat. Proceeding I3S, Saint-Malo, Mai 2013, pages 185-186

Kerouanton A., Rose V., Even M., Houard E., DENIS M. (2013) Occurrence and genetic diversity of Salmonella in organic and conventional pig productions in France. IMMEM, Paris, 2-5 oct 2013

Kerouanton A., Rose V., Even M., Houard E., DENIS M. (2013) Prevalence and genetic diversity of Salmonella in organic and conventional pig productions in France. Proceeding I3S, Saint-Malo, Mai 2013, pages 279-280

Lailler R., Moury F., Grout J., Laporte C., Morel V., Oudart C., Piquet C., Brisabois A. (2013b). Monitoring of monophasic and non-motile variants of serotype Typhimurium among non-human strains collected by the French Salmonella Network. In I3S (Saint Malo, France).

19

Le Gall F., Poëzévara T., Chemaly M. (2013). Tracing Salmonella contamination from farm to fork in the broiler production. WPSA, Egg meat Symposium, Bergamo.

Marault M., Le Hello S., Cadel-Six S., Pfister S.C., Malek T., Dutailly R., Weill F.-X., Brisabois A. (2013a). CRISPR-based sub-typing method for differentiating Salmonella serovar Typhimurium from food and animal sources In IMMEM-10 (Paris, France).

Marault M., Le Hello S., Cadel-Six S., Pfister S.C., Malek T., Dutailly R., Weill F.-X., Brisabois A. (2013b). Fast Salmonella Typhimurium sub-typing method based on CRISPR polymorphisms In I3S (Saint Malo, France).

Moury F., Lailler R., Laporte C., Morel V., Oudart C., Piquet C., Brisabois A. (2013). Monitoring of Salmonella in food, feed and veterinary samples by the French Salmonella network. In I3S (Saint Malo, France).

Poëzévara T., Le Gall F., Chemaly M. (2013). Prevalence of Salmonella spp. on duck products at the retail level. International Symposium Salmonella and Salmonellosis, Saint-Malo.

Roussel S., Danan C., Félix B., Cadel-Six S., Borrel S., Brisabois A., Feurer C. (2013). Set up of a National molecular typing database for Salmonella surveillance. In I3S (Saint Malo, France).

Tabo D.-A., Diguimbaye C.D., Granier S.A., Moury F., Brisabois A., Elgroud R., Milleman, Y. (2013a). Epidemiology and antimicrobial resistance of human and avian Salmonella isolated in N'Djamena, Chad. In I3S (Saint Malo, France).

Tessier C., Atiania L., DENIS M.., Cardinale E., (2013) Longitudinal investigation of Salmonella spp. from farm to fork in the pig industry of Reunion Island. Proceeding I3S, Saint-Malo, Mai 2013, pages 273-274

Communications nationales de l'année (Les publications qui figureront dans le

rapport doivent être sous presse ou publiées.)

Bassi C., Lailler R., Le Bail M., Boo N., Fuertes C., Merl, C., Le Hello S., Blanc-

Gonnet A., Delmotte M., Passerini C., Melik N., Simon E., Donguy M.-P., Renard O.,

Jourdan-Da Silva N., Riou J., Fenières A. (2013). Investigation d’un épisode de cas

groupés de salmonellose à Paris 7e, Novembre 2012 à février 2013 (Saint-Maurice,

Institut de veille sanitaire), 40.

Bohnert M. (2013). "Information du LNR. Actualités en Normalisation et

Réglementation." (17ème Journée du Réseau Salmonella - Maisons-Alfort).

Brisabois A. (2013) Présentation d'une méthode moléculaire de sérotypage. (17ème

Journée du Réseau Salmonella - Maisons-Alfort)

Colomb-Cotinat M., Le Hello S., Rosieres X., Lailler R., Evreux F., Weill F.-X.,

Jourdan-Da Silva N. (2013). Reptiles à domicile : un risque de salmonellose parfois

sévère chez les jeunes enfants en France. . In 14e Journées Nationales

d'Infectiologie (Clermond-Ferrand, France).

Granier S. (2013) Salmonella Kentuky CIP-R et réseau Salmonella. (17ème Journée

du Réseau Salmonella - Maisons-Alfort).

Guillon F., Chasset P., Le Hello S., Granier S.A., 2013. Investigation

20

épidémiologique du premier foyer lié à Salmonella Kentucky hautement résistante

aux fluoroquinolones détecté en élevage avicole en France. Bulletin

Epidémiologique Santé animale - alimentation 57, 22-23.

Lailler R. (2013) ActéoLab : un nouveau système d'information dédié au réseau

Salmonella (17ème Journée du Réseau Salmonella - Maisons-Alfort)

Lailler R., Grout J., Marault M., Oudart C., Moury F., Brisabois A., (2013a). Méthode

de confirmation moléculaire des souches de Salmonella variants monophasiques et

immobiles du sérovar Typhimurium. Euroreference 11, 14-18.

Moury F. (2013) Actualités sur le fonctionnement du réseau Salmonella. Résultats

de l’EILA de sérotypage 2013. (17ème Journée du Réseau Salmonella - Maisons-

Alfort).

Moury F., Lailler R. (2013) Synthèse des données collectées en 2012 par le réseau

Salmonella et actualités. (17ème Journée du Réseau Salmonella - Maisons-Alfort).

Salvat G. et Bresson B. (2013) La décontamination des carcasses: conséquences

sur l’écologie microbienne des carcasses (JRA 2013)

Communications internationales de l'année (Les publications qui figureront

dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.)

Communications orales :

CADEL-SIX Sabrina, GLASSET Benjamin, LAILLER Renaud, GRANIER Sophie,

BRISABOIS Anne, Multiple loci VNTR Analysis (MLVA) for molecular

characterization of the emerging monophasic variants of Salmonella enterica

serotype Typhimurium recovered during the 2011’s outbreaks.I3S, Saint-Malo, Mai

2013

Chemaly M. (201)3. Campylobacter and Salmonella in meat and eggs: the risk from

farm to fork. Baseline EU project, training session WP2 and WP4, Bergamo, Italy.

De Cesare A., Valero A., Chemaly M., Rodriquez-Lazaro D., Hernandez M., Pasquali

F., Lucchi A., Manfreda G. (2013). Performance Objectives and sampling plans for

selected biological hazards in meat products. Final Conference, Baseline.

Granier, S.A., Danan, C., Fremy, S., Grout, J., Oudart, C., Piquet, C., Laporte, C.,

Morel, V., Lailler, R., Brisabois, A. 2013. Monitoring 3rd generation cephalosporin

resistance in French non-human Salmonella: 2010-2012 overview. In I3S (Saint

Malo, France).

Le Hello, S., Granier, S.A., Tapprest, J., Danan, C., Carrillo-Santisteve, P., Dusch,

V., Guibert, V., Laugier, C., Jourdan-Da Silva, N., Weill, F.-X., Brisabois, A. (2013b).

Nationwide human outbreak of multidrug resistant Salmonella serotype Typhimurium

in France associated with consumption of unpasteurized cheese : a link with a

racehorse reservoir? . In I3S (Saint Malo, France).

Le Hello, S., Marault, M., Fabre, L., Cadel-Six, S., Jourdan-Da Silva, N., Sontag, L.,

21

Brisabois, A., Weill, F.-X. (2013c). One-year surveillance of human and non-human

Salmonella enterica serotype Typhimurium and its monophasic variant based on

CRISPOL subtyping, France, 2011. In I3S (Saint Malo, France).

Mouly D., Baud O., Thiolet J-M, Bernet C., Besson M., DENIS M., Guillerm P-H,

Vaillant V., Maillard F., Jourdan-Da Silva N., Le Hello S. (2013) Salmonella

Brandenburg resistant to ciprofloxacin in patients hospitalized in the same clinic,

France, 2000-2012. Proceeding I3S, Saint-Malo, Mai 2013, pages 411-416

SALVAT G.: Microbiological Safety Of Poultry Products : Past, Present And Future :

(conférence introductive WVPA 2013 aout 2013 session Hygiène and safety)

Tessier C., Atiana L., DENIS M., Cardinale E. (2013) Longitudinal investigation of

Salmonella spp. from the farm to the fork in the pig industry of Reunion Island.

AITVM, 25-29 August 2013, Afrique du Sud

Tessier C., Atiana L., DENIS M., Cardinale E. (2013) Longitudinal investigation of

Salmonella spp. from the farm to the fork in the pig industry of Reunion Island.

Safepork, Portland, 09-12 September 2013

Tessier C., Atiana L., DENIS M., Cardinale E. (2013) Salmonella in pig farms in

Reunion Island: Prevalence assessment and identification of risk factors. AITVM, 25

-29 August 2013, Afrique du Sud

Tessier C., Atiana, L., DENIS M., Cardinale, E. (2013) Prevalence and risk indicators

associated with Salmonella infection in farrow-to-finish farm in Reunion Island.

Safepork, Portland, 09-12 September 2013

G. Activités du LR-UE

Avez-vous également des activités de LR-UE ?

Non

H. Détention d'autres mandats de référence

Le LNR détient-il d'autres mandats de référence dans le même domaine de

compétences

Oui