RÉUNION DE RENTRÉE2020-2021 MASTER … · 2020. 9. 4. · Déroulement de l’année 1 er...

RÉUNION DE RENTRÉE 2020-2021

MASTER BIOLOGIE STRUCTURALE, GÉNOMIQUE

OUTILS DE COMMUNICATIONS

� Personnes à contacter :

� Responsable du M2 : Christophe BORDI [email protected]

� Sécretariat Pédagogique Patricia VIOLLAND [email protected] (absente)

MARCHETTI Audrey [email protected]

� Mode de comunication:

� Mailing List -> consulter regulierement votre Mail etudiant

� Délégué d’Amphi

� Lieux incontournables

� L’environnement numérique de travail ENT

� Le site web du master: https://bio-sciences.univ-amu.fr/master-biologie-structurale-genomique

Site web de la formation

https://bio-sciences.univ-amu.fr/master-biologie-structurale-genomique

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Planning des

enseignement

Pas a jours

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Liste des stages

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Description des

enseignements

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Choix des

options Que les étudiants

du parcours GAD

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Choix des

options EU PRO

Déroulement de l’année1

er

sem

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Tronc communProject bibliographique en anglais (6 crédits)

Enseignement professionnel (3 crédits)


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Parcours biochimie structurale (BS) • Résolution des structures (9 ECTS)

• Dynamique fonctionnelle (6 ECTS)

• Biologie structurale intégrative (3 ECTS)

• Diversité des Macromolécules (3 ECTS)

Parcours génomique et analyse des données (GAD)• De la génomique à la biologie des systèmes (6 ECTS)

Options : 15 ECTS à choisir parmi :• Analyses expérimentales, statistiques et bioinformatiques

des variations génomiques (6 ECTS)

• Atelier de génomique et transcriptomique (6 ECTS)

• Biostatistiques approfondies (3 ECTS)

• Génomique des Organismes Modèles (3 ECTS)

• Génomique comparative et évolutive (3 ECTS)


er

sem

est

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Stage en Laboratoire ou en Entreprise (30 crédit)

Mémoire & Oral














2 e

me

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Calendrier de l’année 2020-2021

� Enseignements: � du 7 septembre au 04 décembre 2020

� Révisions/Examens� du 9 décembre au 18 décembre 2020

� Vacances: � du 18 décembre 2020 au 4 Janvier 2021

� Stage: � du 4 Janvier au alentour 15 Juin 2021

Emploi du temps sur ADE

Conditions de réussite du Master 2

� Pas de compensation des semestres

� Une UE avec une note < 6/20 est ELMININATOIRE

o Réussir chacun des semestres avec une moyenne minima l de 10/20

o Réussir chacun des semestres sans aucune UE avec un e note < 6/20 et < 10/20 en PBA

o Il n’y a pas de session de rattrapage en Master 2

o Il n’y a pas redoublement automatique en Master 2 ( décision d’une commission)

� Une note < 10/20 au stage est ELMININATOIRE

o Se présenter à tous les examens et rendre l’ensembl e des travaux

o Valider au minimum 60 crédits


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Stage en Laboratoire ou en Entreprise (30 crédit)

Mémoire & Oral














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Description des EUs

Project bibliographique en anglais (PBA) (6 crédits)

Objectif de l’UE : Découverte des notions et outils élémentaires en bioinformatique

Contenu :

Ecrire une revue bibliographique de 5 pages en anglais sur un sujet défini soit avec le maitre de stage soit avec le responsable de l’UE

Modalité de contrôle des connaissances: note finale = Présentation oral+ revue

Responsables de l’UE : Christophe BORDI

Note seuil : 10/20

Unité d'enseignement de professionnalisation (3 crédits)

Objectif de l’UE: Ensemble UEs dédiées à l’insertion professionnelle afin de se former au monde de l’entreprise

Choisir une UE par les 3 suivantes

◦ UE 1 : Droit du travail, Propriété Intellectuelle, Ethique Professionnelle

◦ UE 2 : Qualité, Sécurité et risques professionnels

◦ UE 3 : Management de projets et ressources humaines

Modalité de contrôle des connaissances: Voir l'enseignant de l'option

Responsables de l’UE : Valérie Derys

Parcours Biochimie Structurale

Parcours Biochimie Structurale

• Résolution des structures (9 ECTS) Responsable Garron [email protected]

• Dynamique fonctionnelle (6 ECTS) Responsable Jean-pierre [email protected]

• Biologie structurale intégrative (3 ECTS) Responsable Eric [email protected]

• Diversité des Macromolécules (3 ECTS) Responsable James [email protected]

Résolution de structure

Objectifs/Contenu de l’UE:

Etudes des des 2 techniques principales de résolution de structure à un niveau atomique :

- Cristallographie et diffraction des rayons X

- Résonance Magnétique Nucléaire

Ce cours reprendra les bases vues en M1 et proposera un approfondissement de ces bases. Le but est que l’étudiantsoit capable d’appréhender les techniques et de comprendre des articles scientifiques utilisant cette technique.

Modalités de contrôle des connaissances:

Note finale = 80% Examen terminal + 20% Oral Analyse Articles

60h CM, 30h TD (9 ECTS)

Responsable: Garron Marie-Line- Intervenants principaux: Latifa Elantak et Marie-Line Garron

Dynamique fonctionnelle


Dynamique des réseaux d'interactions moléculaires : - Approches biochimiques - Co-évolutions et approches théoriques

Dynamique enzymatique : - Réaction à 2 substrats (enz. Formelle) - Etat prestationnaire (Stop flow et temp. Jump,relaxation cinétique) - Effets isotopiques (y compris mécanismes) - Régulation

Dynamique et thermodynamique : - FRAP, FCS - EPR et marquage de spin

Simulations : - Relation structure-dynamique fonction - Champs de forces - Principes et mise en œuvre - TP de simulationde dynamique moléculaire


Note finale = 65% Examen terminal + 10% TP + 25% Oral Analyse Articles

40h CM, 20H TD/TP (6 ECTS)

Responsable: Jean-Pierre Duneau - Intervenants: James Sturgis, Corinne Kreuzer, Eric Pilet, Gilles Breuzard et Marlène

Martinho

•Diversité des Macromolécules



20h CM, 10H TD (3 ECTS)

Responsable: James Sturgis

Cryo-Microscopie Electronique


• Comprendre le rôle intégratif de la cryo-EM dans la biologie structurale: présentation des différentes disciplines,résolution de structure en cryo-EM, cryo-tomographie...

• Comprendre le fonctionnement du microscope: anatomie d’un microscope électronique, formation de l’image en TEM,préparation des échantillions, contraste d’amplitude vs contraste de phase, analyse de particule isolée vs tomographie,coloration négative vs vitrification.

• Préparation des échantillons et imagerie (TP): coloration négative et & vitrification, congélation à haute pression & coupescryo, microscopie électronique à balayage (SEM).

• De la formation de l’image à la reconstruction 3D: analyse de particule isolée (SPA), traitement des données,interprétation des cartes de densité électronique, logiciels...


Note finale = 50% examen terminal + 50% participation orale durant le cours + TP

14h CM, 16h TP (3 ECTS)

Responsable: Eric Durand- Intervenants: Adeline Goulet et Artemis Kosta

Parcours Génomique

Parcours Génomique

• De la génomique à la biologie des systèmes (6 Crédits)Responsable Pascal Rihet

[email protected]

• Analyses expérimentales, statistiques et bioinformatiques

des variations génomiques (6 Crédits)

Responsable Pascal [email protected]

• Atelier de génomique et transcriptomique (6 Crédits) Responsable Christophe [email protected]

• Génomique des Organismes Modèles (3 Crédits) Responsable Laurence [email protected]

• Génomique comparative et évolutive (3 Crédits)

• Biostatistiques approfondies (3 Crédits)

Responsable Emmanuel Tallaemmanuel.talla @univ-amu.fr

Responsable Aitor [email protected]

De la génomique à la biologie des systèmes (6 Crédits)

Objectif de l’UE: Etude du génome, du transcriptome, du protéome, de l’interactome

Contenu: Le génome, transcriptome, le protéome, et les réseaux seront abordés. L’idéeest notamment de montrer comment on peut chercher à expliquer les variationsphénotypiques au niveau de la cellule, des tissus, des organismes et des populationssur la base d’une recherche ciblée sur les variations des séquences d’ADN, du tauxd’ARN ou de la quantité des protéines, et sur une meilleure connaissance des réseaux(ADN-ARN, ADN-protéines, protéines-protéines, protéine-ARN). Différents concepts etprocédures d’analyse et d’interprétation des données liés à la bioinformatique serontabordés. Les approches téchnologiques les plus récentes de la génomique ainsi que desapplications dans les domaines de la santé, de la microbiologie, de l'environnement, del'agronomie seront présentées.

Modalité de contrôle des connaissances: note finale = Examen terminal + Note Tp

Responsables de l’UE : Pascal Rihet

Analyses expérimentales, statistiques et bioinformatiques des variations génomiques (6 Crédits)

Objectif de l’UE: Apprendre les notions fondamentales à la base des études du des polymorphismes

Contenu:Le module inclus un atelier expérimental visant à identifier des variants génétiques et un atelier pratique pour l'analyse statistique (liaison génétique, association génétique, déséquilibre de liaison génétique) et bioinformatique (exploration des bases de données etc) des variations génomiques (identification des variants, effet fonctionnel, eQTLs etc).

Cours magistraux et Travaux dirigés: ◦ Savoir utiliser des ressources et outils bioinformatiques pour l’étude des SNPs

◦ Savoir évaluer une liaison génétique d’une part et l’association génétique entre des polymorphismes et des phénotypes

Travaux Pratiques: ◦ Samples preparation

◦ Detection of polymorphism (RFLP, sequencing)

◦ Analysis of microsatellites markers


Responsables de l’UE : Pascal Rihet et Lydie Pradel

Atelier de génomique et transcriptomique (6 Crédits)

Objectif de l’UE: Réaliser en pratique des expériences de transcriptome et de CHip-seq et utiliser un séquenceur NGS

Contenu: L’objectif de cet atelier est de permettre aux étudiants de réaliser l’étude du transcriptome d’un organisme procaryote en réponse à une modification de son environnement et d’etudier la fixation d’un marqueur épigénétique de type histone par Chip-seq.

Travaux Pratiques: ◦ Etude du transcriptome bactérien

◦ Extraction des ARN bactérien

◦ Construction d'un Banque d'ADNc

◦ Sequençage sur illimuna Myseq

◦ Analyse des données avec Galaxie

◦ Etude De fixation d'une protéine par CHip-seq◦ Sample preparation (fixation, sonication)

◦ Immunoprecipitation

◦ Controls (Bioanalyzer)

◦ Sequencing (Illumina NextSeq 500)



Génomique des Organismes Modèles (3 Crédits)

Objectif de l’UE: Cours de statistique avancé pour les approches de génomique

Contenu: Apport des approches de génomique pour l’analyse fonctionnelle de l’ensembledes gènes chez différents systèmes modèles animaux. Compréhension des mécanismesgénétiques et moléculaires à la base des maladies humaines grâce à l’utilisation de modèlesanimaux. Seront en particulier abordées dans ce module les notions d’organismes modèlesen physiologie animale (modèle animaux eucaryotes : souris, nématode, drosophile,levure), modèles animaux transgéniques, techniques de transgénèse, stratégies à grandeéchelle: inactivation génique, expression ectopique de gène,recherche de gènesmodificateurs, crible de molécule chimique , « drug discovery »…

Modalité de contrôle des connaissances: Oral

Responsables de l’UE : Laurence Roder

Génomique comparative et évolutive (GECO)


Ce module s’inscrit à la suite des modules de M1 intitulés « Phylogénie et évolution moléculaire » et « Plasticité des génomes ».

L' objectif principal du module est d'approfondir les concepts de génomique et les applications dans l'analyse comparée desgénomes (ex. Pan/Core génome, co-occurence des gènes, classification COG, profils phylogénétiques, reconstruction du génomeancestral, ...).

Les cours seront ponctués par l'utilisation en TP des outils et programmes d'analyses comparatives des génomes.

Les étudiants (en binôme) effectuent de manière autonome une analyse d’article de leur choix (dans une sélection d’articles) etqui fera l’objet d’une présentation orale.


Note finale = 50% Examen terminal + 25% TP + 25% Oral Analyse Articles

14h CM, 16h TP (3 ECTS)

Responsable: Emmanuel Talla - Intervenants: François Coulier et André Gilles

Biostatistiques approfondies (3 Crédits)

Responsables de l’UE : Aitor Gonzales

ObjectifConnaître les méthodes d’apprentissage et pouvoir les mettre en

place un systèmes d’apprentissage

Contenu de l’UE:Systèmes d’apprentissage automatique

Ajustement de courbe polynomiale, régression linaire et logistique

Méthodes basés sur des arbres de décision, réseaux neuronales

PCA

Modalités de contrôle des connaissances:Note seuil : 5/20

Note finale : 50% Examen terminal + 50% M

Comment choisir mes option

A renvoyez par mail à

Madame MARCHETTI Audrey

[email protected]

avant le 18 septembre 2020

Télécharger le formulaire sur le site du master

Stage (30 Crédits)

� Stage: � du 4 Janvier au alentour 15 Juin 2021


Modalité de contrôle des connaissances: note finale = Présentation oral+ rapport

note seuil <10/20

Contenu: stage en laboratoire de recherche ou en entreprise (pro)

� https://bio-sciences.univ-amu.fr/master-biologie-structurale-genomique

25 stages actuellement publiés

Concours de l’école doctorale

• Condition d'admissibilité a participer au concours de l’école doctorale

� Avoir une mention minimum d’Assez Bien (moyenne >= 12)

� Être dans le 1/3 supérieur de la promotion (GAD+BS)

• Concours de l’EDT

� Oral de 15 min

� Questions durant 20 min

Crise sanitaire: Port du Masque

Le port du masque est OBLIGATOIRE dans tous les bâtiments de l’université tel que :

•Les couloirs, les ascenseurs,

•Les salles de réunions,

•Les salles de cours, de TD, de TP, les amphithéâtres,

•Les bureaux partagés,

Le port du masque est OBLIGATOIRE à l’extérieur des bâtiments dans l’enceinte des sitesLes lieux de convivialité disposant d’une aération naturelle peuvent être utilisés avec la possibilité d’y enlever temporairement son masque, à condition :•D’aménager la salle afin que les agents ne déjeunent pas en face à face

•De limiter le nombre de personnes en pause-déjeuner en fonction de la superficie de la salle afin de limiter le risque

de transmission du virus.

•De respecter la distanciation physique d’1 mètre minimum entre deux personnes.

Rappel : le port du masque ne remplace pas les autres gestes barrières (distanciation physique, lavage régulier des mains….). Il ajoute une barrière physique supplémentaire lorsque vous êtes en contact avec une ou plusieurs personnes.

Masque (appariteur) et gels (scolarité)

En cas de suspicion ou de cas avéré de COVID-19 chez les étudiants AMUTous les étudiant(e)s présentant des symptômes sont encouragés à ne pas se rendre en cours, à appeler leur médecin, à fournir un certificat médical et à suivre les consignes suivantes :•J’informe la scolarité

•Je me rends chez un médecin. S’il me délivre un certificat médical d’arrêt, ce dernier doit être

envoyé à mon service de scolarité pour justifier de mon absence.

•Je réalise le test de dépistage suivant les consignes données par mon médecin

•Vous trouverez la liste des centres de dépistages proche de chez vous à l’adresse suivante :

https://sante.fr/recherche/trouver/DepistageCovid)

Crise sanitaire : Si je pense être malade

Dès la réception du résultat du test, j’informe le service scolarité du résultat du test•Si le résultat est négatif : je reviens en cours

•Si le résultat est positif : Si je ne l’ai pas déjà fait, je transmets le certificat médical et je reste en

quatorzaine à domicile en protégeant mes proches.

Le service de la scolarité :•Informe la direction de la composante qui effectuera, en lien avec le référent universitaire Covid-

19 ([email protected]) un suivi pour identifier l’émergence éventuelle d’un cluster (soit

plus de 4 cas de Covid-19 positifs).

Crise sanitaire: Si je suis malade

TOUTES LES INFOS SUR LE SITE DU MASTER et sur le site https://www.univ-amu.fr/node/4402

Crise sanitaire: toute les infoshttps://www.univ-amu.fr/node/4402

Bonne rentrée à tous

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