Réunion plénière Ragtime 13 février 2004 Laboratoire CREATIS.

Réunion plénière Ragtime

13 février 2004

Laboratoire CREATIS

Objectifs de la réunion

Préparation du rapport (5 mars)– Bilan de l’année 1 et perspectives pour l’année 2– résultats « du » thésard Ragtime (Yonny Cardenas)– Demandes de financements (équipement /

fonctionnement)– Demandes de bourses (ARD, BIR, BAC)

Présentation à la région (20 avril)– Idem– Invitation des partenaires industriels(Sun

obligatoire)

Eléments du rapport

- Planning des tâches effectuées en année 1, prévues en année 2

- Liste et description des tâches pour chaque partenaire et pour le collectif

- Plan de travail pour le management du projet

- Liste de produits finaux en terme de délivrables

- Actions d’exploitation et de dissémination

Partenaires socio-économiques

Moyens mis en oeuvre

Implication financière

Objectifs et Attentes pour l’année 2 (critères quantifiables et qualifiables)

Partenaires socio-économiques (suite)

Objectifs– Présentation des objectifs (veille technologique, applications

envisagées…)– Positionnement du programme de recherche au sein des projets de

développement de l’entreprise Transfert technologique

– Protection industrielle des résultats futurs (qui déposera les brevets ?)

– Engagements contractuels envisagés– Positionnement en termes de liberté d’exploitation

Présentation des modalités de coopération– Modes de financement– Echanges d’information– Règles relatives à la publication des résultats

Partenariat avec les mathématiques

Roland Gillard — Institut Fourier (prend la suite de Franck Leprévost) :– applications cryptologiques du projet

RAGTIME Jean Della-Dora, Aude Maignan —

LMC-IMAG– Calcul cellulaire (CALCEL) Soumis en

octobre 2003, retenu !

Bilan de l’année 1Constitution desbases de donnéesConstitution desbases de donnéesApplicationsApplicationsAccès aux donnéeset sécuritéAccès aux donnéeset sécurité

Gestion deRessources decalculsGestion deRessources decalculs

InfrastructureTraitementd’informationsmédicales

Middlewarede grilles

Implication des partenaires

LIRIS LIP IBCP CREATIS IN2P3 ID TIMC

Applications X X X XBases de données X XAccès aux données X X XRessources de calcul X X X

Infrastructure X X X X X X

Tâche 1: les applications (1/5)

2003 2004 2005A1 Etudes fondamentales sur les formes et

leur analyse statistique.Segmentation de volumes scanner àl’aide d’une forme générique.

Extraction de formes sur une grille dans lecas de la vertèbre

Transport sécurisé des données.

Automatisation dela segmentation ettests sur la grille.

Test des modèles statistiquessur la plate-forme de chirurgieassistée par ordinateur de lasociété PRAXIM.

Application A1 :

contribution à un atlas statistique

Application A2 :analyse d’images mammographiques

M3 Hébergement sur les éléments de stockage de la grille de la base de données DDSMM9 Elaboration d’outils séquentiels d’indexation des mammographiesM12 Mise en place des stratégies de stockage des méta-données

2003

M12 Expérimentation sur clusters locaux2004 Exécution sur la grille des outils d’indexation. Etude des performance en fonction des

stratégies de distribution et de réplication des données.

A2

2005 Intégration des mécanismes d’accès sécurisé aux données. Elaboration de requêteshybrides sur le contenu des images et les méta-données.



M3 Étude des bibliothèques numériques de résolution de systèmes linéaires.M9 Parallélisation du modèle biomécanique du cœur par utilisation d’une bibliothèque

parallèle.M12 Tests sur un cluster de calcul de PCs disponible à CREATIS.

2003

M12 Étude des possibilités de distribution du modèle et/ou des données sur plusieurs nœudsde calcul. On peut envisager le découpage de l’image à t raiter sur plusieurs nœuds afinde réduire l’espace mémoire nécessaire aux calculs.

2004 Segmentation d’images 3D du cœur sur la grille. Analyse des performances en fonctiondes ressources de calcul disponibles.

A3

2005 Extension du modèle par l’ajout d’informations a priori supplémentaires telles quel’orientation privilégiée des fibres cardiaques.

Application A3 :Modélisation de la dynamique cardiaque


Application A4 :

Simulation d’images par résonance magnétique

M6 Déploiement du simulateur IRM sur une grille de calcul.M6 Exécution sur l’infrastructure proposée dans le projet en utilisant la bibliothèque d’échange

de message MPI-CHG2 (une implémentation de MPI sur globus 2).M9 Comparaison des exécutions en utilisant MPI et MPICH-G2.

2003

M12 Étude de l’incidence de l’architecture de grille sur la parallélisation.2004 Analyse des performances en fonction des ressources disponibles. Production d’images 3D

de dimensions réalistes.

A4

2005 Améliorations du simulateur par ajout d’artefacts de susceptibilité magnétique. Etude dusurcoût de calcul.


Application A5 : Analyse des protéines

M6 Déploiement des middlewares sur le siteM6 Déploiement rudimentaire des données sur la grille

2003

M12 Déploiement et adaptation de l'application sur la grille2004 Etude des performances en fonction des ressources disponibles. Etude de

la distribution des données et de leur sécurité sur la grille.

A5

2005 Optimisation de la distribution de l'algorithme sur la grille en fonction desparamètres biologiques, des données à traiter et du niveau de sécuritésouhaité. Recommandations pour la gridification d'algorithmes et dedonnées biologiques analogues.

Tâche 2 :Constitution des bases de données

2003 2004 2005BD1 Etude de l'existant et des besoins

(BD, PACS).Portage des données sur la grille. Interopérabilité, intégration.

BD2 Etude de la liaison des cartes deconcepts avec la grille de calcul

Analyse de la sémantique globalede l’interface – Analyse multi-facettes de l’interface (profilsutlisateurs)

Etude de comparaisons de cartesde concepts en fonction decritères de recherche

BD3 Définition et modélisationmultidimensionnelle des vuesutilisateurs.

Spécification et conception d'unentrepôt virtuel. Etude desmécanismes de propagation demises à jour.

Exploitation d'un entrepôtvirtuel : navigation et traitementdistribué des requêtes.

• BD1 : Structure des BD et connexion à la grille

•BD2 : Visualisation, recherche, manipulation

•BD3 : Exploitation, entrepôts, requêtes OLAP

Tâche 3 : mécanismes d’accès aux données

2003 2004 2005

ADS1 Etude de l’existant. Système d’indexation desimages.

protocoles de gestion decaches collaboratifs.

ADS2 Protocole sécurisé d’accèsaux données.

Système de définition degroupes et de droits d’accès.

Protocoles pour assurerl’intégrité et la non répudiationdes accès.

• ADS1 : Accès efficace aux bases distantes

• ADS 2 : Sécurisation des données et des accès

Tâche 4 : Middleware — gestion des ressources de calculs

2003 2004 2005MW1 Etude des besoins des

applications en vue del’intégration à CLIC et DataGrid.

Mise en œuvre expérimentaled’applications à l’échelle de la

région.

Validation complète de la suiteapplicative RAGTIME.

MW2 Analyse qualitative etquantitative des services réseauofferts par les infrastructures.

Spécification de la couched’adaptation réseau et prototype

de transport polymorphe.

Evaluation de la nouvelleinfrastructure réseau sur la suite

applicative.MW3 Déploiement des composants

DIET pour CLIC et DataGrid.Prototypage et installation desagents DIET interopérant avec

CLIC et DataGrid.

Comparaison des approches etvalidation applicative.

• MW1 - Clic et EDG-Testbed à l’échelle de la région

• MW2 - Nouveaux protocoles réseaux. Accès à délai contrôlé aux bases de données

• MW3 - DIET au dessus de Clic & Datagrid

Tâche 5 : Infrastructure

2003 2004 2005I1 Mise en place de protocoles

d’utilisation commune desressources.

Outil de gestion et de supervisionde la grille RAGTIME.

Evaluation d’un modèleéconomique de la grille

RAGTIME.I2 Formation des usagers à

l’utilisation des grappes.Formation des usagers à la mise enœuvre des applications sur la grille

RAGTIME.

Valorisation et disséminationdes résultats obtenus.

• I1 : Outil de gestion et de supervision de la grille médicale à échelle régionale

• I2 : Dissémination et valorisation des résultats du projet. Formation des utilisateurs

Intéractions entre partenaires pendant l’année 1

LIRIS LIP IBCP CREATIS IN2P3 ID TIMC

Applications X X X XBases de données X X

Accès aux données X X X

Ressources de calcul X X X

Infrastructure X X X X X X

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